#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 14:59 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Etter R.J., Boyle E.E., Glazier A., Jennings R.M., Dutra E., & Chase M.R. 2011. Phylogeography of a pan-Atlantic abyssal protobranch bivalve: implications for evolution in the Deep Atlantic. Molecular Ecology, 20(4): 829-843. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12828] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=49; TAXLABELS Ledella_ultima_L1 Ledella_ultima_L10 Ledella_ultima_L11 Ledella_ultima_L12 Ledella_ultima_L13 Ledella_ultima_L14 Ledella_ultima_L15 Ledella_ultima_L16 Ledella_ultima_L17 Ledella_ultima_L18 Ledella_ultima_L19 Ledella_ultima_L2 Ledella_ultima_L20 Ledella_ultima_L21 Ledella_ultima_L22 Ledella_ultima_L23 Ledella_ultima_L24 Ledella_ultima_L25 Ledella_ultima_L26 Ledella_ultima_L27 Ledella_ultima_L28 Ledella_ultima_L29 Ledella_ultima_L3 Ledella_ultima_L30 Ledella_ultima_L31 Ledella_ultima_L32 Ledella_ultima_L33 Ledella_ultima_L34 Ledella_ultima_L35 Ledella_ultima_L36 Ledella_ultima_L37 Ledella_ultima_L38 Ledella_ultima_L39 Ledella_ultima_L4 Ledella_ultima_L40 Ledella_ultima_L41 Ledella_ultima_L42 Ledella_ultima_L43 Ledella_ultima_L44 Ledella_ultima_L45 Ledella_ultima_L47 Ledella_ultima_L48 Ledella_ultima_L49 Ledella_ultima_L5 Ledella_ultima_L50 Ledella_ultima_L6 Ledella_ultima_L7 Ledella_ultima_L8 Ledella_ultima_L9 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M13170] TITLE LultimaHaplotypes; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=150; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150] [ . . . . . . . . . . . . . . .] Ledella_ultima_L1 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAA-TA-CA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L10 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-CA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L11 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTAAATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L12 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAGAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L13 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-CA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L14 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAA-TA-CA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAATTTAGAAT Ledella_ultima_L15 TTTAATT-ATTATA-TATAAAAGTGAAA-TA-TA-CAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L16 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTAATAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L17 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGACCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L18 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAGA-TA-CA-AGATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L19 TTTAATT-ATTATA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L2 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L20 TTTAATT-ACCATA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L21 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTGTGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L22 TTTAATT-ACCATA-TATAAAAATGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAATTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L23 TTTAATT-ATCACA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L24 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTGA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L25 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATATAATCATTCA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L26 TTTAATT-ATCGTA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L27 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-CA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGAAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L28 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAA-TA-CA-AGATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L29 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAA-TA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L3 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L30 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGTAA-TA-CA-AGATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L31 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATCTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L32 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTCAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L33 TTTAATT-ATCATAATATAAAAGTGAAA-TA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L34 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAA-TA-CA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATCAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTACGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L35 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCGTTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L36 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAA-TA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L37 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAA-TA-CA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATCAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTAGGATCCAAATT-AGTTGATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L38 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAA-TA-CA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAAATTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L39 TTTAATT-ATTATA-TATAAAAGTGAAAATA-CA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L4 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAATTTAGAAT Ledella_ultima_L40 TTTAATT-ATTATA-TATAAAAGTGAAA-TA-CA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L41 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAA-TA-TA-AAATATAATTTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L42 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAA-TA-CA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTATGATCCAAACT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L43 TTTAATTTATCATA-TATAAAAGTGAAA-TA-CA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L44 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAA-TACGA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L45 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATACTACAAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTCAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAATTTAGAAT Ledella_ultima_L47 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAG Ledella_ultima_L48 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGACGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L49 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAA-TA-CA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAGCTTAGAAT Ledella_ultima_L5 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATATATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L50 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-TA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGAGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAATTTAGAAT Ledella_ultima_L6 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAA-TA-CA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAGTAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L7 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAA-TA-CA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTATGATCCAAATT-GGTTAATTTTGAACTTAGAAT Ledella_ultima_L8 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAA-TA-CA-AGATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTATGATCCAAATTTAGTTAATTTTGAATTTAGAAT Ledella_ultima_L9 TTTAATT-ATCATA-TATAAAAGTGAAAATA-CA-AAATATAAATTAATTTTAGTTGGGGCAACTGGGAGGGATAAAAATCTTTTATTAAATCATTTA-TAATAATATTTATATTTATGATCCAAATT-AGTTAATTTTGAATTTAGAAT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = LultimaHaplotypes) = N: 1-150; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = LultimaHaplotypes) = N: 1-150; END; BEGIN TREES; TITLE Lultima_Haplotypes; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Ledella_ultima_L3, 2 Ledella_ultima_L1, 3 Ledella_ultima_L2, 4 Ledella_ultima_L4, 5 Ledella_ultima_L5, 6 Ledella_ultima_L6, 7 Ledella_ultima_L7, 8 Ledella_ultima_L8, 9 Ledella_ultima_L9, 10 Ledella_ultima_L10, 11 Ledella_ultima_L11, 12 Ledella_ultima_L12, 13 Ledella_ultima_L13, 14 Ledella_ultima_L14, 15 Ledella_ultima_L15, 16 Ledella_ultima_L16, 17 Ledella_ultima_L17, 18 Ledella_ultima_L18, 19 Ledella_ultima_L19, 20 Ledella_ultima_L20, 21 Ledella_ultima_L21, 22 Ledella_ultima_L22, 23 Ledella_ultima_L23, 24 Ledella_ultima_L24, 25 Ledella_ultima_L25, 26 Ledella_ultima_L26, 27 Ledella_ultima_L27, 28 Ledella_ultima_L28, 29 Ledella_ultima_L29, 30 Ledella_ultima_L30, 31 Ledella_ultima_L31, 32 Ledella_ultima_L32, 33 Ledella_ultima_L33, 34 Ledella_ultima_L34, 35 Ledella_ultima_L35, 36 Ledella_ultima_L36, 37 Ledella_ultima_L37, 38 Ledella_ultima_L38, 39 Ledella_ultima_L39, 40 Ledella_ultima_L40, 41 Ledella_ultima_L41, 42 Ledella_ultima_L42, 43 Ledella_ultima_L43, 44 Ledella_ultima_L44, 45 Ledella_ultima_L45, 46 Ledella_ultima_L47, 47 Ledella_ultima_L48, 48 Ledella_ultima_L49, 49 Ledella_ultima_L50; TREE UNTITLED = [&R] (28,(30,(2,((34,37),((7,10),(((8,14),9),((((((12,((21,(20,22)),16)),(31,((4,(15,19)),((((((33,36),3),(24,(25,17))),(23,35)),11),((26,(29,(32,1))),5))))),(6,(39,18))),27),13),38))))))); END;