#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 10:18 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Sauquet H., Ho S.Y., Gandolfo M.A., Jordan G.J., Wilf P., Cantrill D.J., Bayly M.J., Bromham L., Brown G.K., Carpenter R.J., Lee D.M., Murphy D.J., Sniderman J.K., & Udovicic F. 2012. Testing the impact of calibration on molecular divergence times using a fossil-rich group: the case of Nothofagus (Fagales). Systematic Biology, 61(2): 289-313. 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Alfaropsis_roxburghiana 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Carpinus_betulus 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Carya_illinoinensis 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Castanea_sativa 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Chrysolepis_sempervirens 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Comptonia_peregrina 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Cucumis_sativus 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Cyclocarya_paliurus 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Engelhardia_fenzelii 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Fagus_grandifolia 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Juglans_nigra 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Lithocarpus_henryi 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Lotus_japonicus 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Morella_cerifera 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Nothofagus_alessandri 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Nothofagus_alpina 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Nothofagus_antarctica 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Nothofagus_balansae 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Nothofagus_baumanniae 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Nothofagus_betuloides 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Nothofagus_brassii 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Nothofagus_carrii 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Nothofagus_cliffortioides 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Nothofagus_codonandra 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Nothofagus_cunninghamii 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Nothofagus_discoidea 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Nothofagus_dombeyi 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Nothofagus_fusca 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Nothofagus_glauca 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Nothofagus_grandis 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Nothofagus_gunnii 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Nothofagus_menziesii 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Nothofagus_moorei 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Nothofagus_nitida 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Nothofagus_obliqua 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Nothofagus_perryi 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Nothofagus_pumilio 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Nothofagus_resinosa 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Nothofagus_solandri 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Nothofagus_truncata 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Phaseolus_vulgaris 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Platycarya_strobilacea 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Ticodendron_incognitum 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Trigonobalanus_verticillata GGAAAAATGCCTAATATTTACAACGCTCTGGTAGTTAAGG?TCGAGATACTGCCGGTCAACAAATTAATGTGACTTGTGAAGTACAACAATTATTAGGAAATAATCGAGTTAGAGCTGTAGCTATGAGTGCTACAGATGGTCTAATGAGAGGAATGGAAGTGATTGACACGGGAGCTCCTTTAAGCGTTCCGGTCGGCGGAGCGACTTTAGGACGAATTTTCAACGTGCTTGGAGAGCCCGTTGACAATTTAGGTCCTGTAGATACTCGCACAACATCTCCTATTCATAGATCTGCGCCTGCTTTTATACAGTTAGATACAAAATTATCTATTTTTGAAACAGGAATTAAAGTAGTAGATCTTTTAGCCCCTTATCGCCGTGGAGGAAAAATAGGACTATTCGGGGGAGCTGGAGTGGGTAAAACAGTACTCATTATGGAATTGATCAACAACATTGCCAAAGCTCATGGGGGTGTATCTGTATTTGGCGGAGTAGGTGAACGTACTCGTGAAGGAAATGATCTTTACATGGAAATGAAAGAATCTGGAGTAATTAATGAACAAAATATTGCAGAATCGAAAGTAGCTCTAGTATATGGTCAGATGAATGAACCGCCTGGAGCTCGTATGAGAGTTGGTTTAACTGCCCTAACCATGGCAGAATATTTCCGAGATATTAATGAACAAGACGTACTTCTATTTATCGACAATATCTTCCGTTTCGTTCAAGCAGGATCCGAAGTATCTGCCTTATTGGGTAGAATGCCTTCCGCTGTGGGTTATCAACCCACCCTTAGTACCGAAATGGGTTCTTTACAAGAAAGAATTACTTCTACCAAAGAAGGATCCATAACTTCTATTCAAGCAGTTTATGTGCCTGCGGACGATTTGACCGATCCTGCTCCTGCCACGACATTTGCACATTTAGATGCTACTACCGTACTATCAAGAGGATTAGCTGCCAAAGGTATCTATCCAGCAGTCGATCCTTTAGATTCAACTTCAACTATGCTCCAACCTCGGATCGTTGGTGAAGAACATTATGAAACTGCGCAAAGAGTTAAACAAACTTTACAGCGGTACAAAGAACTTCAGGACATTATAGCTATCCTTGGATTGGACGAATTATCCGAAGAGGATCGCTTAACCGTAGCAAGAGCACGAAAAATTGAGCGTTTCTTATCACAACCTTTTTTCGTAGCAGAAGTATTTACGGGATCCCCGGGAAAATATGTTGGTCTATCAGAAACCATTAGGGGGTTTAAATTGATCCTTTCCGGAGAATTAGATGGTCTTCCTGAACAGGCTTTTTATTTAGTAGGTAACATCGATGAAGCTACTGCGAAGGCTACAATGTCACCACAAACAGAGACTAAAGCAAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTATAAATTGACCTATTATACTCCTGACTATCAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCCTTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGAGTTCCGCCCGAGGAAGCAGGGGCCGCGGTAGCTGCTGAATCTTCCACTGGGACATGGACAACTGTGTGGACTGACGGGCTTACCAGTCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAGCCGGTTGCTGGAGAAGAAAATCAATTTATTGCTTATGTAGCTTACCCCTTAGACCTCTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGATTCAAGGCCCTGCGCGCTCTACGTCTGGAGGATTTGCGAATCCCTCCTTCTTATTCTAAAACTTTCCAAGGTCCGCCTCATGGCATCCAAGTTGAGAGGGATAAATTAAACAAGTATGGCCGCCCCCTATTAGGATGTACTATTAAACCTAAATTGGGATTATCCGCTAAGAATTACGGTAGAGCGGTTTATGAATGTCTCCGCGGTGGGCTTGATTTTACCAAAGATGATGAGAACGTTAATTCCCAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCATATTTTGTGCCGAAGCAATTTATAAAGCGCAGGCTGAAACAGGTGAAATCAAAGGGCATTACTTGAATGCTACTGCAGGTACATGCGAAGAAATGATCAAAAGGGCTGTATTTGCCAGAGAACTGGGAGTTCCTATCGTAATGCATGACTACTTAACCGGGGGGTTCACTGCAAATACTAGCTTGGCTCATTATTGCCGAGATAATGGTCTACTTCTTCACATCCATCGTGCAATGCATGCAGTTATTGATCGACAGAAGAATCATGGTATACACTTTCGTGTACTAGCTAAAGCATTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCATTCCGGTACCGTAGTAGGTAAACTTGAAGGGGAAAGAGAAATCACTTTAGGCTTTGTTGATTTACTACGCGATGATTATATTGAAAAAGATCGAAGCCGCGGTATTTATTTCACTCAAGATTGGGTCTCTTTGCCAGGTGTTCTGCCCGTGGCTTCAGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTCTGACCGAAATCTTTGGAGATGATTCCGTACTACAATTTGGCGGAGGAACTTTGGGGCACCCTTGGGGAAATGCACCTGGTGCCGTAGCTAATCGAGTAGCTCTAGAAGCATGTGTACAAGCTCGTAATGAGGGACGTGATCTTGCTCGTGAGGGTAATGAAATTATTCGTCAGGCTGCTAAATGGAGTCCTGAGCTAGCTGCTGCTTGTGAAGTATGGAAAGAGATCAAATTTGAATTCCCAGCAATGGATACTTTG---TAAGCGAAAATTA--------TTGAAATAAAAAAAAT-------GTTCGATAGAAAAGCAAGTTGATCGGTTAATTCAATAATAATTCCATAAT-----AAATGGGGTTTCGCACTGCACTA-----GATTTCGTTGGTACCATCCAATCGAATCCAATTCTATTGTTTATTTA----TTCAATTTC-------------------AATGAGTTAATTTTCAAGTTCAACCAA---CTCATTTTCAAAATATCAGGCGGATCAATAAAAGTCTT-----GAGAAAATCTTTCG--------------------TTTGATTATCATTATAGACAAA-ATCGTCC-ATATTATTTATC-------GAATTCGAACC-G----GAACTCTATTTCTATTTACG-ATTCATTTTTTCTATCTTATTGGTGCTCTTATCTC--ATTTCTT----------------AGTTAATATTTCAGCCTATCTA----TTTATG-CCTAGCCTATTTTTTTT------ACCTATACCCTTTAGTTTTAAGTTTTAGAGTTTTAGTTTCATGCTTTGCTTTTCATGGACGAACTCTTCAT----ATTTTCACATCTAGGATTTACATATACAACATATATCAC----------------------TGTCAAGAGTT-AATTTCTTATTATTTAGATATTCCAAT-----------------------GGGGGGC---------------------GATTAGAAACTTGAGAAAA-CAAGGATTGGGTTGCGCCATACATATGAAAGAGTATACAATAATGATG-----TATTTGGCGAATCAAATATCATGGTCTAATAACGAACCATTCTAA------------------TTAGTTGATAATTTTTTGAAAGGGTCCCT-TGAAAGGTTTCATTAACTCC-TAATTCATGTCGAGTAGACCTTGTTGTTGCGAAAATTCTTAATTCATGAGT----------------------CCCGTTTGATTCCCCAATTATTTATCCGATCCGTTCTTTTCGTTTCGTTAGCGGTTTAAAA----TTCGTTAT------GTTTTTCAATCATTCTACTCTTTTACAAA-T----------------GGATCTGATTGG--AAATTTTTTTTT---------------CTTATTACAATATTTGTGAT-------------ATATATGATACGC-------GTACAAATGAACAT------CTTTGAGGAAGGTATCCCCAC-TTCCAATTTGAATGATTAACAATACA-----TATCATTTCTTGTACTGTATTAAAACTTATTTCTAAAGTTTTCTTTTT-----GAAGATCC-AAGAAATTAC-AAGGTCTGGATAAAGCTTTGTAAGACTTT-------TTTT--GTCTTTTTAATTGACATAAACTCAAGTTATCTATTAAA-----ATAAGGACGATGCACGGATAATGAATTGGATTGAGCCTTGGTATGGAAACTTACCAAGCGATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAAAAATGGGCAATCCTGAGCCAAATCCTATTTTACGAAAACAAAT-----------AAGGGTTCAG--AAGAAAGCGAGAATAAAAAAA-----------GGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACAAGTGGTGTTGACTTCTTTACG-------TTATTACATTAACGTAATCC-TTCTATCAAAACTACAGAA--TAAACC--------TATATACATACGTATATGTACTGAAACCCTATC-TCAAATGATTAATGACGACCCGAATCGAAAGA----GTTGTTGTGAATCGA----------TCCAAATTGAAGAAAGAATCGAATATTTATTAATAAAATTT------------------------------------------------------------ATCGTACGAGAATAAAGATAGAGTCCCATTCCACACGTCAATACCGACAAGAATGAAATTTATAGGAATAGGTCGAAACCTGCC-CTGCAGAACGACCCGCGAACTGGT--------------------------------------------------------------------------------------AA-ACTGAACCCCGGCGCGGAATGCGC-AAGGAAATCGAA-CAAA--GAGAAGCCCCGCCC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; END; BEGIN TREES; TITLE Figure_1; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Lotus_japonicus, 2 Phaseolus_vulgaris, 3 Cucumis_sativus, 4 Nothofagus_discoidea, 5 Nothofagus_baumanniae, 6 Nothofagus_balansae, 7 Nothofagus_aequilateralis, 8 Nothofagus_codonandra, 9 Nothofagus_brassii, 10 Nothofagus_perryi, 11 Nothofagus_grandis, 12 Nothofagus_carrii, 13 Nothofagus_resinosa, 14 Nothofagus_betuloides, 15 Nothofagus_nitida, 16 Nothofagus_dombeyi, 17 Nothofagus_pumilio, 18 Nothofagus_antarctica, 19 Nothofagus_alessandri, 20 Nothofagus_fusca, 21 Nothofagus_solandri, 22 Nothofagus_truncata, 23 Nothofagus_cliffortioides, 24 Nothofagus_gunnii, 25 Nothofagus_cunninghamii, 26 Nothofagus_moorei, 27 Nothofagus_menziesii, 28 Nothofagus_alpina, 29 Nothofagus_obliqua, 30 Nothofagus_glauca, 31 Fagus_grandifolia, 32 Lithocarpus_henryi, 33 Quercus_rubra, 34 Chrysolepis_sempervirens, 35 Castanea_sativa, 36 Trigonobalanus_verticillata, 37 Comptonia_peregrina, 38 Morella_cerifera, 39 Casuarina_equisetifolia, 40 Ticodendron_incognitum, 41 Carpinus_betulus, 42 Betula_platyphylla, 43 Rhoiptelea_chiliantha, 44 Alfaropsis_roxburghiana, 45 Engelhardia_fenzelii, 46 Alfaroa_williamsii, 47 Oreomunnea_mexicana, 48 Platycarya_strobilacea, 49 Carya_illinoinensis, 50 Juglans_nigra, 51 Cyclocarya_paliurus; TREE Fig._1 = [&R] ((1:0.20495955207172017,2:0.18464818060133797):0.04762801959212909,(3:0.17677682456977212,(((31:0.0606487131232224,(36:0.019483424395945526,(35:0.0075339038531404,(32:0.013069410629642508,(33:0.013641820407468863,34:0.01563527742793247):9.768088271962516E-4):2.8028360855886225E-4):0.0030820087432313903):0.054467575624646214):0.025112176696303445,(((37:0.008790655669333403,38:0.006430461486361283):0.036377412484703386,(39:0.09363462628433061,(40:0.04757658582708724,(41:0.026814505592703708,42:0.018352566225941336):0.015909572246722292):0.007455787223319799):0.0075732551049642605):0.0014840335240467462,(43:0.017648194927295968,(((44:0.0027710734317679675,45:0.0020623417687762324):0.005093674487003486,(46:0.009144805097401287,47:0.004034544405098761):0.01377549109225673):0.0206146719758713,((48:0.02878305138262449,49:0.006427915949433427):5.706820407358482E-4,(50:0.005278664643806441,51:0.009173072570137386):0.003969524764514121):0.004724903984423934):0.02211932605785344):0.023515679765192976):0.016285354222836612):0.02849398622829047,(((27:0.005011650062086592,(25:0.0015537699056055732,26:0.004897404468258426):0.0016582045037928927):0.0037757343529832843,(28:0.00684843230732235,(29:0.001371421264600381,30:0.0012994567138368551):6.120378124716552E-4):0.006134368465405771):0.016212863380334452,((19:0.005143407637795971,(24:0.002399705536274166,((20:0.0010162938571573465,21:9.93211159538987E-7):3.4869388138913937E-4,(22:2.989564392230082E-4,23:9.932111594834758E-7):2.9673971133792332E-5):0.005148419462598475):0.0034714892049724777):0.0037808572059605527,(((14:0.004875006160888706,15:0.0014796485322219888):0.002556974840614512,(18:0.003147399295572284,(16:0.0023602636610977057,17:0.012795751807953337):0.0017859882626361512):4.198571480228397E-4):0.004890684859761518,((4:0.003759384556956291,(8:0.005412129170747737,(7:0.0017684912131184505,(5:0.0021125062173943943,6:9.932111594834758E-7):9.93211159538987E-7):0.005276692310188458):6.827636016831784E-4):0.004255740646015194,(9:0.0011968933561216089,(13:0.006661648849745405,(10:0.0017039681013426566,(11:0.0018297149350688935,12:9.932111594834758E-7):8.839246828395431E-4):6.429516850653405E-4):0.0014222414670583827):7.298902853339895E-4):0.00932985883243398):0.004098291516303754):0.008989277072462831):0.05652393726364752):0.05514938118149931):0.049966935117881306); END;