#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 24, 2024; 14:28 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Galewski T., Mauffrey J., Leite Y., Patton J., & Douzery E. 2004. Ecomorphological diversification among South American spiny rats (Rodentia; Echimyidae): a phylogenetic and chronological approach. Molecular Phylogenetics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1297] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=25; TAXLABELS Abrocoma_bennettii Capromys_pilorides Cavia_porcellus Chinchilla_lanigera Clyomys_laticeps Ctenomys_maulinus Dactylomys_boliviensis Echimys_chrysurus Euryzygomatomys_spinosus Isothrix_bistriata Isothrix_sinnamariensis Kannabateomys_amblyonyx Makalata_didelphoides Makalata_macrura Mesomys_hispidus Myocastor_coypus Octodon_lunatus Phyllomys_blainvilii Proechimys_quadruplicatus Proechimys_roberti Proechimys_simonsi Thrichomys_aperoides Trinomys_paratus Trinomys_setosus Trinomys_yonenagae ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=37; TAXLABELS Abrocoma_bennetti Capromys_pilorides Cavia_porcellus Clyomys_laticeps Ctenomys_sp Dactylomys_boliviensis Dactylomys_dactylinus Echimys_chrysurus Euryzygomatomys_spinosus Hoplomys_gymnurus Isothrix_bistriata Isothrix_pagurus Isothrix_sinnamariensis Kannabateomys_amblyonyx Lonchothrix_emiliae Makala_macrura Makalata_didelphoides Mesomys_hispidus Mesomys_occultus Myocastor_coypus Octodon_sp Phyllomys_blainvilii Proechimys_cuvieri Proechimys_guyannensis Proechimys_longicaudatus Proechimys_quadruplicatus Proechimys_roberti Proechimys_simonsi Thrichomys_aperoides Trinomys_U34856 Trinomys_dimidiatus Trinomys_eliasi Trinomys_gratiosus Trinomys_iheringi Trinomys_paratus Trinomys_setosus Trinomys_yonenagae ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2713] TITLE vWFDNA; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1173; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Capromys_pilorides 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Cavia_porcellus 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Chinchilla_lanigera 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Clyomys_laticeps 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Ctenomys_maulinus GCCACCCCATACCTGGAAGACACCGCGGAGCTGCCCCTGCACGACTTCTACTGCAGCAAGCTGCTGGATTTGGTCTTCCTGCTGGACGGCTCCTCCCGGCTCTCAGAGGCGGATTTCGAGGTGCTGAAGGCCTTTGTGGTGAGCGTCATGGAGCGGCTGCACATCTCCCAGAAGCGGATCCGGGTGGCCGTGGTGGAGTACCACGACGGCTCCCACGCCTACCTTGAGCTCAGCGCCCGGAAGCGGCCCTCGGAGCTGCGGCGCATCGCCAGCCAGGTGAAGTATGTGGGCAGCCAGGTGGCCTCCACCAGCGAGGTCTTGAAGTACACGCTCTTCCAGATCTTTGGCAAAATCGAGCGCCCCGAAGCCTCCCGCATTGTGCTGCTCCTGACTGCCAGCTCAGAGCCCAAGCAGATGACCCGAAATTTGGTCCGCAGTGTTCAGGGCCTGAAGAAGAAAAAGGTCATTCTGATGCCAGTGGGCATCGGGCCACATGTCAACCTCCAGCAGATCCGTCTCATTGAGAAGCAGGCCCCCGAAAACAAAGCCTTCCTCCTCAGCGGTGTGGATGAGCTGGAGCAGCGGAGGGACGAGATTATCAACTACCTCTGTGACCATGCGCCCGAGGCTCCCGCCCCAACACAGCACCCTCCAGTGGCACAGGTCACTGTGGGGCCAAGGGTCTCAGAGATTTTGTCCCCAGAACCCAAGAGAAAGCCCATGGTTCTGGATGTGGCATTTGTCCTGGAGGGCTCGGACAAAGTTGGAGAGGCCAACTTCAACAGGAGCAAGGAGTTCGTGGCGGAGGTGATCCAGCGCATGGATGTGGCCCAGGACGGCATCCACGTCACAGTGCTGCAGTACTCGTACATGGCGGCCGTGGAGTACACCTTCCGAGAGGCCCAGTCCAAGGGGGACGTGCTGCAGCACGTGCGAGAGATCCAGTTCCGGGGTGGCAACCAGACCAATACCGGGCTGGCCCTGCAGTACTTGTCCGAGCACAGTTTCTCTGCCAGTCAGGGCGACCGGGAGCAGGCACCAAACCTGGTCTACATGGTAACAGGAAATCCTGCCTCCGATGAGATCAGGCGGTTGCCTGGAGACATCCAAGTGGTGCCCATTGGAGTGGGCCCTGGTGCCAACAGGCAGGAGCTGCAGAGGGTCAGCTGGCCC Dactylomys_boliviensis 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Echimys_chrysurus ACCACCCCATACCTGGAAGATGCCCCGGAGCTGCCCCTGCATGACCTCTACTGCAGCAAGCTGCTGGATCTGGTCTTCCTGCTGGACGGCTCCTCCAGGCTCTCGGAGGCCGATTTCGAGGTGCTGAAGGCCTTCGTGGTGAGCGTCATGGAGCGCCTGCACATCTCCCAGAAGCGGATCCGGGTGGCGGTGGTCGAGTACCACGACGGCTCCCATGCCTACCTCGAGCTCAAGGCCCGGAAGCGGCCCTCGGAGCTGCGGCGCATCGCCAGCCAGGTGAAGTACGTGGGCAGCCAGGTGGCCTCCATCAGCGAGGTCCTCAAGTACACGCTGTTCCAGATCTTCAGCAAAATTGAGCGCCCCGAGGCCTCCCGCATCGTGCTGCTCCTGACTGCTAGCTCAGAGCCCAGGCGGATGGCCCAGAATTTGCTCCGCAGTGTCCAGGGCCTGAAAAAGAAAAAGGTCATCCTGATGCCAGTGGGCATCGGGCCGCATGTCAACCGCCAGCAGATCCGACTCATTGAGAAGCAGGCCCCGGAAAACAAGGCCTTCATGCTCAGCGGTGTGAATGAGCTGGAGGAGAGGAGGGACGAGATCGTCAACTACCTCTGTGACCATGCGCCTGAGGCCCCTGCCCCGACGCAGCACCCCCCGGTGGCACAGGTCACTGTGGGGCCAAGGCTCTCAGAGAGTTTGTCCCCAGAACCCAAGAGAAAGTCCATGGTTCTGGATGTGGCATTTGTCCTGGAGGGCTCTGACAAAGTGGGAGAAGCCAACTTCAACAGGAGCAAGGAGTTCGTGGCAGAGGTGATCCAGCGCATGGCCGTGGGCCAGGACGGCGTCCACGTCACGGTGCTGCAGTACTCGTACATGGTGGCCGTGGAGTACACCTTCCGTGAGGCCCAGTCCAAGCGGGATGTGCTGCAGCATGTGCGAGAGATCCAATTCCGGGGTGGCAACCAGACGAACACCGGGCTGGCCTTGCAGTACTTGTCTGAGCACAGCTTCTCTGCCAGCCAGGGTGACCGGGAGCAGGCGCCAAACCTGGTTTACATGGTCACAGGAAATCCTGCCTCTGATGAGATTAGACGGTTGCCTGGAGACATCGAGGTGGTGCCCATTGGAGTGGGCCCTGATGCCAACATGCAGGAACTGCAGAGGGTCAGCTGGCCC Euryzygomatomys_spinosus 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Isothrix_bistriata 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Isothrix_sinnamariensis ACCACCCCATACCTGGAAGACGCCCCGGAGCTGCCCCTGCATGACTTCTACTGCAGCAAGCTGCTGGATCTGGTCTTCCTGCTGGATGGCTCCTCCAGGCTCTCCGAGGCGGATTTTGAGGTGCTGAAGGCCTTTGTGGTGAGCGTCATGGAGCGGCTGCACATCTCCCAGAAGCGGATCCGGGTGGCCCTGGTCGAGTACCATGACGGCTCCCATGCCTACCTCGAGCTCAAGGCCCGAAAGCGGCCCTCAGAGCTGCGGCGCATCGCCAGCCAGGTGAAGTACGTGGGCAGCCAGGTGGCCTCCGTCAGCGAGGTCCTGAAGTACACGCTGTTCCAGATCTTCAGCAAAATCGAGCGCCCCGAGGCCTCCCGCATCGTGCTGCTCCTGACTGCTAGCTCAGAGCCCAAGCAGATGACCCGGAATTTGGTCCGCAGTGTCCAGGGCCTGAAGAAGAAAAAGGTCATCCTGATGCCAGTGGGCATCGGGCCGCACGCCAACCTCCAGCAGATACGACTCATTGAGAAGCAGGCCCCCGAAAACAAGGCCTTCATACTCAGCGGTGTGGATGAGCTGGAGCAGCGGAGGGACGAGATCATCAACTACCTCTGTGACCATGCGCCCGAGGCCCCCGCCCCGACGCAGCACCCGCTGGTGGCGCAGGTCACTGTGGGGCCTAGGCTCTCAGAGAGTTTGTCCCCAGAACCCAAGAGAAAGTCCATGGTTCTGGATGTGGCATTCGTCCTGGAGGGCTCTGACAAAGTAGGAGAGGCCAACTTCAACAGGAGCAAGGAGTTCATGGCGGAGGTGATCCAGCGCATGGATGTGGGCCAGGACGGCGTCCACGTCACGGTGCTGCAGTACTCGTACATGGTGGCCGTGGAGTACACCTTCCGTGAGGCCCAGTCCAAGGGGGATGTGCTACAGCATGTGCGAGAGATCCGATTCCGGGGTGGCAACCAGACAAACACCGGGCTGGCCTTGCAGTACTTGTCTGAGCACAGCTTCTCTGCCAGCCAGGGTGACCGGGAGCAGGCGCCAAAC?TGGTTTA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Makalata_didelphoides ?????????????????????GCCCCGGAGCTGCCCCTGCATGACTTCTACTGCAGCAAGCTGCTGGATCTGGTCTTCCTGTTGGATGGCTCCTCCAGGCTCTCGGAGGCTGATTTCGAGGTGCTGAAGGCCTTTGTGGTGAGCGTCATGGAGCGGCTGCACATCTCCCAGAAGCGGATCCGGGTGGCTGTGGTCGAGTACCATGATGGCTCCCATGCCTACCTCGAGCTCAAGGCCCGGAAGCGGCCCTCAGAGCTGCGGCGCATTGCCAGCCAGGTGAAGTACGTGGGCAGCCAGGTGGCCTCCATCAGTGAGGTCCTGAAGTACACGCTGTTCCAGATCTTCAGCAAAATCGAGCGCCCTGAGGCCTCCCGCATTGTGCTGCTCCTGACTGCTAGCTCAGAGCCCAAGCAGAGGGCCCCGAATTTGTTCCGCAGCATCCAGGGCCTGAAGAAGAAAAAGGTCATCCTGATGCCAGTGGGCATCGGGCCGCATGTCAACCTCCAGCAGATCCAGAAAATGGAGAAGCAGGCCCCGGAAAACAAGGCCTTCATGCTCAGCAGTGTGAATGAACTGGAGCAGAGGAGGGACGAGATTGTCAACTACCTCTGTGACCATGCGCCTGAGGCCCCTGCCCCGACGCAGCATCCCCCGGTGGCACAGGTCACTGTGGGGCCAAGGCTCTCAGAGAGTTTGTCCCCAGAACCCAAGAGAAAGTCCATGGTTCTGGATGTGGTATTCGTCCTGGAGGGCTCTGACAAAGTAGGAGAGGCCAACTTCAACAGGAGCAAGGAGTTCATGGCAGAGGTGATCCAGCGCATGGACGTGGGCCAGGATGGCGTCCACATCACGGTGCTGCAGTACTCGTACATGGTGGCTGTGGAGTATACCTTCCGTGAGGCCCAGTCCAAGGGGGATGTGCTACAGCATGTGCGAGAGATCAAGTTCCGGGGTGGCAACCAGACGAACACCGGGCTGGCCTTGCAGTACTTGTCTGAGCACAGCTTCTCTGCCAGCCAGGGTGACCGGGAGCAGGCGCCCAACTTGGTTTACATGGTCACAGGAAATCCTGCCTCTGATGAGATTAGACGGTTGCCTGGAGACATCGAGGTGGTGCCCATCGGAGTGGGCCCTCATGCCAACATGCAGGAACTGCAGAGGGTCAGCTGGC?? 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Makalata_didelphoides 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Mesomys_hispidus 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Mesomys_occultus 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Proechimys_cuvieri 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Proechimys_guyannensis 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Proechimys_longicaudatus 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Proechimys_simonsi 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Trinomys_dimidiatus 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Trinomys_eliasi 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Trinomys_iheringi 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Trinomys_setosus 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Trinomys_yonenagae 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; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7182; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Octodon_lunatus, 2 Abrocoma_bennettii, 3 Ctenomys_maulinus, 4 Proechimys_roberti, 5 Myocastor_coypus, 6 Capromys_pilorides, 7 Chinchilla_lanigera, 8 Cavia_porcellus, 9 Kannabateomys_amblyonyx, 10 Isothrix_bistriata, 11 Dactylomys_boliviensis, 12 Thrichomys_aperoides, 13 Trinomys_setosus, 14 Isothrix_sinnamariensis, 15 Trinomys_yonenagae, 16 Proechimys_quadruplicatus, 17 Proechimys_simonsi, 18 Makalata_macrura, 19 Makalata_didelphoides, 20 Euryzygomatomys_spinosus, 21 Clyomys_laticeps, 22 Phyllomys_blainvilii, 23 Trinomys_paratus, 24 Mesomys_hispidus, 25 Echimys_chrysurus; TREE Fig._2 = [&R] (8,7,((3,(6,((((24,((25,22),(19,18)Makalata)),((14,10)Isothrix,(11,9))),(5,(12,(17,(16,4))Proechimys))),((15,(23,13))Trinomys,(21,20)))Echimyidae)),(2,1))Octodontoidea); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7183; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Myocastor_coypus, 2 Phyllomys_blainvilii, 3 Trinomys_yonenagae, 4 Trinomys_setosus, 5 Trinomys_paratus, 6 Trinomys_iheringi, 7 Trinomys_gratiosus, 8 Trinomys_eliasi, 9 Trinomys_dimidiatus, 10 Trinomys_U34856, 11 Thrichomys_aperoides, 12 Proechimys_simonsi, 13 Proechimys_roberti, 14 Proechimys_longicaudatus, 15 Proechimys_cuvieri, 16 Proechimys_guyannensis, 17 Proechimys_quadruplicatus, 18 Octodon_sp, 19 Mesomys_occultus, 20 Mesomys_hispidus, 21 Makala_macrura, 22 Makalata_didelphoides, 23 Lonchothrix_emiliae, 24 Kannabateomys_amblyonyx, 25 Isothrix_sinnamariensis, 26 Isothrix_pagurus, 27 Isothrix_bistriata, 28 Hoplomys_gymnurus, 29 Euryzygomatomys_spinosus, 30 Echimys_chrysurus, 31 Dactylomys_dactylinus, 32 Dactylomys_boliviensis, 33 Ctenomys_sp, 34 Clyomys_laticeps, 35 Capromys_pilorides, 36 Cavia_porcellus, 37 Abrocoma_bennetti; TREE Fig._3 = [&R] (36,(33,((((35,(34,29)),(((3,(10,4)),(8,5)),(7,(9,6)))Trinomys),((11,(1,(28,((15,16),((12,14),(17,13)))Proechimys))),(((23,(20,19)Mesomys),(26,(27,25))Isothrix),((24,(32,31)Dactylomys),((22,21)Makalata,(30,2))))))Echimyidae,(18,37)))Octodontoidea); END;