#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 6:33 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Wilson N., & Lee M. 2005. Molecular phylogeny of Chromodoris (Mollusca, Nudibranchia) and the identification of a planar spawning clade. Molecular Phylogenetics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1311] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=27; TAXLABELS Actinocyclus_verrucosus Cadlina_laevis Cadlina_luarna Cadlina_luteomarginata Cadlinella_ornatissima Chromodoris_alternata Chromodoris_ambiguus Chromodoris_aspersa Chromodoris_collingwoodi Chromodoris_daphne Chromodoris_epicurea Chromodoris_geometrica Chromodoris_krohni Chromodoris_kuiteri1 Chromodoris_kuiteri2 Chromodoris_kuniei Chromodoris_leopardus Chromodoris_lochi Chromodoris_luteorosa Chromodoris_magnifica Chromodoris_purpurea Chromodoris_quadricolor Chromodoris_roboi Chromodoris_splendida Chromodoris_striatella Chromodoris_strigata Chromodoris_tasmaniensis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1340] TITLE 16S_rDNA; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=485; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Actinocyclus_verrucosus AGCTT?GGG-AAATTAT-CCAAGG-TTAGACC-TGCCC-AATGTTTATTCG--TATATCAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCGCAATCAGTTGGCTTTTAATTGGAGTCAGGTATGAATGGAGTC--ACGTGGTTTAGCTGTCTCTT-AATTATTTTATTGAAATTACTTTTTAGGTGAAAAAGCCTAAT-TTTAGAAGAAGG-ACGAGAA-GACCCTTAGAGTTTTGCTAAATTTAGATACGATAGACCAT----TTATCTGAGCAGTTTGGTTGGGGCAACTTTGGGGCA---------T--TGTCAAACCCCCTTAAACTCA-TAGGCCGATTTTTATATGAATGGATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTT-ATTAGTTAAGTTTGTGAC-CTCGATGTTGGACTAGGAAACCAGCAGGTTAGCCGCCTTCT-GGGTAGGTTCTGTTCCGAACCTTTATT-CCT? Cadlina_laevis ????????????????????????????????????????????????????????ATGAATGGCCGCGGTACCTTGACCG?GCTAAGGTAGCGCAATAAATTGGCCTTTAAATGAGGCCATGTATGAATGGAATC--ACGGAGTTTAGCTGTCTCTAGAATTAATTTATTG?AATTACTATACAGGTGAAAAAGCCTGTT-CTAAGAAAAAGG-ACGAGAA-GACCCTTAGAGCTTTACTA--AGTTGA--AAATTTTTTA-----TTTTCAAGACAGTTTTGTTGGGGCAACATAGGAACACT------GAA-------ATTTCCTTAAGTTTAATTTACCGATACTTATAAATTTGAATAAGCTACCTTAGGGATAACAGCAAAATTT-TATAAATTAGTTTGTGAC-CTCGATGTTGGACTAGGAAACTGCTAGGCTAGCCGCTTATT-AGATAAGTTCTGTTC-GAAC???????????? 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Chromodoris_aspersa AGCCTCTGG-AAGCGAT-TAGAGG-TTATACC-TGCCC-AATGT-TACA------TATTAATGGCCGCGGTACTCTGACCGTGCTAAGGTAGCACAATCAATTGGCCCTTAATTAGGGTCAGGTATGAATGGAGTT--ACGGGGTTTAGCTGTCTCCT-AATTATTTTTTTGAAGTTGCTGAATAGGTGAAAAAGCCTGTA-TGAAGAAAAAAG-ACGAGAA-GACCCTTAGAGTTTTACTT-AAAAAGA---AAAAG---------TTTTCTGACTGGTTTTGTTGGGGCAACATAGGAA---------GAAATAA---AACCTCCTAAAACATA-TACACCGATGTTCTTAAATTTGGATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTT-TAAAAATAAGTTTGTGAC-CTCGATGTTGGACTAGGGAACTAAAGGGCTAGCCGCCTTTT-AGTAAGGTTCTGTTC-GAACTATTATT-CCT? Chromodoris_collingwoodi AGCTTTTGGGAATGA-T-C-AAAG-TTGTACC-TGCCC-AATGTGTT-ATA-TATTATGAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCGCAATCAATTGGCTCTTAATTGGGGTCAGGAATGAATGGAGTT--ACGTGGTCCAGCTGTCTCTT-AATTAATTAGTTGAAGTTACTATGTAGGTGAAAAAGCCTGCA-AGAAGAAAAAGG-ACGAGAAAGACCCTTAGAGTTTTACTT-AATGT-AA-GAACAAG-TTGTGTATTCTTATACTGGTTTTGTTGGGGCAACATAGGAGCAAGCAT----AATTA----ATCTCCTCAATTAAA-TTTACCGATTTTCTTAAATTTAAATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTT-AAAAATTAAGTTTGTGAC-CTCGATGTTGGACTAGGAAACTTGAAGGCT???????????????????????????????????????????? Chromodoris_daphne AGCCTTAGGAAGAGA-T-CTAAGG-TTATACC-TGCCC-AATGTGCA-AA---ATTATGAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCGCAATCAATTGGCTCTTAAATGGGGTCAGGAATGAAAGGAGTTT-ACGTGGTTTAGCTGTCTCTT-AATTAATTACTTGAAGTTACTATGTAGGTGAAAAAGCCTACT-ATAAGAAAAAGG-ACGAGAA-GACCCTTAGAGTTTTTCTA-AATGTGA---AATCAC---GTGTATATTCATACTGGTTTTGTTGGGGCAACATGGGAGCAGTTTT---GAAAAAA---ATCTCCTTTATTAAA-CACACCGAAAGTTTTAAATTTGTATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTT-TAAAAATAAGTTTGTGAC-CTCGATGTTGGACTAGGAAACTTAAAGGCTAGCCGTCTTTA-AGGAAAGTTCTGTTCCGAACTATTATT-CCT? Chromodoris_epicurea AGCTTTAGGAAAATA-T-CTAAGG-TTATACC-TGCCC-AATGTATA-AA---ATTATCAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCGCAATTAATTGGCTTTTAAATGGAGTCAGGAATGAATGGAGTT--ACGTGATTTAGCTGTCTCTT-ATCTAATTAATTGAAGTTACTATATAGGTGAAAAAGCCTATT-TTAAGAAAAAGG-ACGAGAA-GACCCTTAGAGTTTTATTT-AATGTGA---AATATATAATTG--TTTTCATACTGATTTTGTTGGGGCAACATAGGAACATAC------AAAAA----ATTTCCTAATTTAAA-TACACCGAGAGTTTTAAATTTGAATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTT-TAAAAATAAGTTTGTGAC-CTCGATGTTGGACTAGGAAACTTAAAGGCTAGCCGTTTTTA-AGGAAAGTTCTGTTC-GAACTATTATT-CCT? Chromodoris_geometrica A?C?T?AGGAAATAGAT-CTAAGGGTTATACC-TGCCC-AATGTGAT-AT--TATAATGAATGGCCGCGGTACTCTGACCGTGCTAAGGTAGCGCAATCAATTGGCTCTTAATTGGGGTCAG{AG}AATGAATGGAGTTT-ACGTGGTTCAGCTGTCTTTT-AGTTAATATATTGAAATTACTATGTAAGTGAAAAAGCTTATT-ATTTGAAAAAGG-ACGAGAA-GACCCTTAGAGTTTTGCTT-AATGTGAA-CAGTTTA-TGTTAAG-GTTCACAATGGTTTTGTTGGGGCAACATAGGAGCAATAGAA-AAAAGCGAA-AATCTCCTAAATTTTA-CTTACCGAAATA-TTAAATCTGAATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTT-AAAAAATAAGTTTGTGAC-CTCGATGTTGGACTAGGAAACTTAAAGGCTAGCCGTCTTTA-AGGAAAG?TCTGTTC-GAACTGTAATT-CCT? Chromodoris_krohni TGCTTTAGGAACGGATT-CTAAAG-TTATACC-TGCCC-AATTGTGTTT----TTCATGAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTGGCGCAATCAATTGGCCCTTAATTGGGGTCAGGAATGAATGGAGTT--CCGGGGTACAGCTGTCTCTT-TACTAATTATTTGAAGTTCCTATGTAAGTGAAAAAGCTTATG-TTGAGAAAAAGGGACGAGAA-GCCCCTTAGAGTTTTACTT-ACTGTGAT--GATTATATTTAAGTTACTCATAATGGTTTAGTTGGGGCAACATGGGAGCAA------AGCAGTAATTAACCTCCCAAATAGGA-TTAACCGATAATTTTAAATTTGGATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTT-TAGAAATAAGTTTGTGAC-CTCGATGTTGGACTAGGAAACTTAAAGGCTAGCCGTCTTTA-AGGGAAGTTCTGTTC-GAACTATTATT-CCT? Chromodoris_kuiteri1 AGCCTTTGG-AGAGGAT-TAAAGG-TTATACC-TGCCC-AATGT-TA--------TATTAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCACAATCAATTGGCCCTTAATTAGGGTCAGGTATGAATGGAGTT--ACGGGGCTTAGCTGTCTCTA-AACTATTTAATTGAAGTTGCTATATAGGTGAAAAAGCCTATA-CTAAGAAAAAAG-ACGAGAA-GACCCTTAGAGTTTTACTT-AAGAAAG---AATTA---------TTTCTTCACTAGTTTTGTTGGGGCAACATAGGAG-A-------AGAATTA---AACCTCCTGAAGGATA-TAAACCGATGATTTTAAATGTGAACAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTT-TAAAAGTAAGTTTGTGAC-CTCGATGTTGGACTAGGAAGCTTAAGGGCTAGCCGCCTTTT-GGTAAGGTTCTGT??????????????????? Chromodoris_kuiteri2 AGCCTTTGG-AGAGGAT-TAAAGG-TTATACC-TGCCC-AATGT-TA--------TATTAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCACAATCAATTGGCCCTTAATTAGGGTCAGGTATGAATGGAGTT--ACGGGGCTTAGCTGTCTCTA-AACTATTTAATTGAAGTTGCTGTATAGGTGAAAAAGCCTATA-TTAAGAAAAAAG-ACGAGAA-GACCCTTAGAGTTTTACTT-AGGAAAG---AATTA---------TTTCTTCACTAGTTTTGTTGGGGCAACATAGGAG---------AAAATTA---AACCTCCTAAAGGATA-TAAACCGATGATTTTAAATATGAACAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTT-TAAAAGTAAGTTTGTGAC-CTCGATGTTGG?CTGGGAAGCTTAAGGGCTAGCCGCCTTTT-GGTAAGGTTCTGTTC-GAACTATAATT-CCT? 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Chromodoris_lochi AGCCTTTGG-AAAGGAT-TAAAGG-TTATACC-TGCCC-AATGT---------TATATTAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCACAATCAATTGGCCCTTAATTAGGGTCAGGTATGAATGGAGTT--ACGGGGCTTAGCTGTCTCTA-AACTATTTATTTGAAGTTGCTATATAGGTGAAAAAGCCTATA-TTAAGAAAAAAG-ACGAGAA-GACCCTTAGAGTTTTACTT-AAAAAAG---ACCTA-----T---TTTTTTCACTAGTTTTGTTGGGGCAACATAGGAGAA--------AACTCAA---ACCTCCTAAAGAATA-TAAACCGATATTTTTAAATGTGAATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTT-TAAAAATAAGTTTGTGAC-CTCGATGTTGGACTAGGAAACTTAAGGGCTAGCCGCCTTTTTGGGAAGGTTCTGTTC-GAACTATAATTTCCT? 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Chromodoris_magnifica AGCCTTTGGAAAGGA-T-TAAAGG-TTATACC-TGCCC-AATGT---------TATATTAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCACAATCAATTGGCCCTTAATTAGGGTCAGGTATGAATGGAGTT--ACGGGGCTTAGCTGTCTCTA-GACTATTTAATTGAAGTTGCTATATAGGTGAAAAAGCCTGTA-TTAAGAAAAAAG-ACGAGAA-GACCCTTAGAGTTTTACTT-AA-----A-AAAGAG----TTAT-TTCTTC-ACTAGTTTTGTTGGGGCAACATAGGAGAAG--------AACCAA---ACCTCCTAAAGGATA-TAAACCGATGTTTTTAAATATGAATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTT-TAAAAATAAGTTTGTGAC-CTCGATGTTGGACTAGGAAACTTAAGGGCTAGCCGCCTTTT-GGTAAGGTTCTGTTC-GAACTATAATT-CCT? 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Chromodoris_quadricolor AGCCTTTAAGAAAGGAT-TAAAGG-TTATACCCTGCCCCAATGT-TTTT------AATTAATGGCCGCGGTACCTTGACCGTGCTAAGGTAGCACAATCAATTGGCCCTTAATTAGGGTCAGGTATGAATGGAGTT--ACGGGGCTTAGCTGTCTCTA-AACTATTTAATTGAAGTTGCTGTATAGGTGAAAAAGCCTATA-TAAAGAAAAAAG-ACGAGAA-GACCCTTAGAGTTTTACTT-AAAAAAG---AGTTA---------CTTCTTCACTAGTTTTGTTGGGGCAACATGGGAG-A-------AAAATTA---AACCTCCTAAAATATA-TAAACCGATTTTTTTAAATGTGAATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTT-TAAAAATAAGTTTGTGACGCTCGATGTTGGACTAGGAAACTTAAAGGCTAGCCGCCTTTT-GGCAAGGTTCTGTTC-GAACTATAATT-CCT? Chromodoris_roboi AGCTTTAGGAAAGA--T-?TAAGG-TTATACC-TGCCC-AATGTGT--AAA-TAAAATGAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCGCAATCAATTGGCTCTTAATTGGGGTCAGGAATGAATGGAGTTT-TCGTGGTCCAGCTGTCTTTT-AGTTAGTATATTGAAGTTACTATATAGGTGAAAAAGCCTATA-ATTTGAAAAAGG-ACGAGAA-GACCCTTAGAGTTTTACTT-AGTGTGAA-CAATTTA-TATTGTA-GTTCATAATGGTTTTGTTGGGGCAACATAGGAGCAATAAAATAAAAACAAA-AATCTCCTAAATTAAA-CTTACCGAAGTA-TTAAAACTGAATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTT-TAAAAATAAGTTTGTGAC-CTCGATGTTGGACTAGGAAACTTAAAGGCT???????????????????????????????????????????? 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Chromodoris_striatella AGCCTTTGG-AGAGGAT-CAAAGG-TTATACC-TGCCC-AATGT-TATA-------ATTAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCACAATCAATTGGCTCTTAATTAGGGTCAGGTATGAATGGAGTT--ACGGGGCTTCGCTGTCTCTA-AACTATTTAATTGAAGTTGCTGTATAGGTGAAAAAGCCTGTA-TTAAGAAAAAAG-ACGAGAA-GACCCTTAGAGTTTTACTT-AAAAAAG---AGCTA---------TCTCTTCACTAGTTTTGTTGGGGCAACATAGGAG-A-------AAACTTA---AACCTCCTAAAGTATA-TAAACCGATGTTTTTAAATATGAATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTT-TAAAAATAAGTTTGTGAC-CTCGATGTTGGACTAGGAAACTTAAGGGCTAGCCGCCCTTT-GGTAAGGTTCTGTTC-GAACTATAATT-?CT? Chromodoris_strigata AGCCTTTGG-TAAGGAT-CAAAGG-TTATACC-TGCCC-AATGT-TATA--------TTAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCACAATCAATTGGCCCTTAATTAGGGTCAGGTATGAATGGAGTT--ACGGGGCTTAGCTGTCTCTA-GACTATTTAATTGAAGTTGCTGTATAGGTGAAAAAGCCTATA-TAAAGAAAAAAG-ACGAGAA-GACCCTTAGAGTTTTACTT-AAAAAAG---AATTA---------TTTCTTTAACAGTTTTGTTGGGGCAACATGGGAG-A-------AGAATTA---AACCTCCTAAAGTATA-TAAACCGATATTTTTAAATGTGAATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTT-TAAAAATAAGTTTGTGAC-CTCGATGTTGGACTAGGAAGCCTAAAGGCTAGCCGCCTTTT-GGTAAGGTTCTGTTC-GAACTACAATT-CCT? Chromodoris_tasmaniensis AGCTTTAGGGAAAGAT--CTAAGG-TTATACC-TGCCC-AATGACAAGA----TTATCAAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCGCAATAAATTGGCTTTTAAATGGAGTCAGGAATGAATGGAGTT--ACGTGGTTTAGCTGTCTCTT-ATCTAATTAATTGAAGTTACTATATAGGTGAAAAAGCCTATT-TTAAGAAAAAGG-ACGAGAA-GACCCTTAGAGTTTTACTT-AATGTGAA--ATATTTAGTTA---TTTTCATACTGGTTTTGTTGGGGCAACATAGGAACA-------ATTAAAAA---ATTTCCTAATTTAAA-TATACCGATAATTTTAAATTTGAATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTT-TAAAAATAAGTTTGTGAC-CTCGATGTTGGACTAGGAAACTTAAAGGCTAGCCGTCTTTA-AGGAAAGTTCTGTTC-GAACTATTATT-CCT? ; END; BEGIN SETS; CHARSET BasesAlignable (CHARACTERS = 16S_rDNA) = 1-9 21-44 57-199 206-245 266-301 322-485; CHARSET gaps (CHARACTERS = 16S_rDNA) = ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 16S_rDNA) = N: 1-485; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 16S_rDNA) = N: 1-485; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7217; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Chromodoris_aspersa, 2 Chromodoris_alternata, 3 Chromodoris_ambiguus, 4 Cadlina_luteomarginata, 5 Cadlina_laevis, 6 Cadlina_luarna, 7 Cadlinella_ornatissima, 8 Actinocyclus_verrucosus, 9 Chromodoris_kuniei, 10 Chromodoris_collingwoodi, 11 Chromodoris_geometrica, 12 Chromodoris_roboi, 13 Chromodoris_leopardus, 14 Chromodoris_daphne, 15 Chromodoris_epicurea, 16 Chromodoris_purpurea, 17 Chromodoris_krohni, 18 Chromodoris_luteorosa, 19 Chromodoris_tasmaniensis, 20 Chromodoris_splendida, 21 Chromodoris_lochi, 22 Chromodoris_magnifica, 23 Chromodoris_kuiteri2, 24 Chromodoris_kuiteri1, 25 Chromodoris_strigata, 26 Chromodoris_striatella, 27 Chromodoris_quadricolor; TREE Fig._2_MB = [&R] (8,7,(((6,(4,5)),(3,2)),((((((1,26),22),(24,23)),(27,25)),21),((18,(17,16)),(((12,(11,13)),((20,14),(19,15))),(10,9)))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7216; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Chromodoris_aspersa, 2 Chromodoris_alternata, 3 Chromodoris_ambiguus, 4 Cadlina_luteomarginata, 5 Cadlina_laevis, 6 Cadlina_luarna, 7 Cadlinella_ornatissima, 8 Actinocyclus_verrucosus, 9 Chromodoris_kuniei, 10 Chromodoris_collingwoodi, 11 Chromodoris_geometrica, 12 Chromodoris_roboi, 13 Chromodoris_leopardus, 14 Chromodoris_daphne, 15 Chromodoris_epicurea, 16 Chromodoris_purpurea, 17 Chromodoris_krohni, 18 Chromodoris_luteorosa, 19 Chromodoris_tasmaniensis, 20 Chromodoris_splendida, 21 Chromodoris_lochi, 22 Chromodoris_magnifica, 23 Chromodoris_kuiteri2, 24 Chromodoris_kuiteri1, 25 Chromodoris_strigata, 26 Chromodoris_striatella, 27 Chromodoris_quadricolor; TREE Fig._1_MP = [&R] (8,7,(((6,(4,5)),(3,2)),((1,(22,(26,((24,23),(21,(27,25)))))),(((20,14),(19,15)),((10,9),((18,(17,16)),((11,12),13))))))); END;