#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 15:12 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Weisrock D., Harmon L., & Larson A. 2005. Resolving Deep Phylogenetic Relationships in Salamanders: Analyses of Mitochondrial and Nuclear Genomic Data. Systematic Biology, 54(5): 758-777. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1317] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=38; TAXLABELS Ambystoma_californiense Ambystoma_tigrinum Amphiuma_means Amphiuma_pholeter Amphiuma_tridactylum Andrias_davidianus Batrachuperus_mustersi Chioglossa_lusitanica Cryptobranchus_alleganiensis Desmognathus_ochrophaeus Dicamptodon_aterrimus Dicamptodon_tenebrosus Eurycea_longicauda Hynobius_leechii Hynobius_nebulosus Necturus_alabamensis Necturus_beyeri Necturus_lewisi Notophthalmus_viridescens Onychodactylus_fischeri Onychodactylus_japonicus Parvimolge_townsendii Pleurodeles_waltl Proteus_anguinus Pseudoeurycea_rex Pseudotriton_montanus Rana_catesbeiana Rhyacotriton_variegatus Salamandra_salamandra Salamandrella_keyserlingii Salamandrina_terdigitata Siren_intermedia Siren_lacertina Stereochilus_marginatus Taricha_rivularis Typhlonectes_compressicauda Typhlonectes_natans Xenopus_laevis ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=26; TAXLABELS Ambystoma_californiense Ambystoma_maculatum Ambystoma_tigrinum Amphiuma_means Amphiuma_tridactylum Andrias_davidianus Batrachuperus_mustersi Cryptobranchus_alleganiensis Desmognathus_ocrophaeus Dicamptodon_aterrimus Eurcyea_longicauda Hynobius_leechii Hynobius_nebulosus Necturus_beyeri Notophthalmus_viridescens Onychodactylus_japonicus Pleurodeles_waltl Pseudoeurycea_rex Pseudotriton_montanus Rhyacotriton_kezeri Salamandrella_keyserlingii Siren_intermedia Siren_lacertina Taricha_rivularis Typhlonectes_compressicauda Xenopus_laevis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1366] TITLE Caudata_Nuclear_rRNA; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=2819; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Ambystoma_maculatum 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Ambystoma_tigrinum 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Andrias_davidianus 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Hynobius_nebulosus 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Necturus_beyeri 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Xenopus_laevis 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Andrias_davidianus 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Batrachuperus_mustersi 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Chioglossa_lusitanica 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Cryptobranchus_alleganiensis 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Desmognathus_ochrophaeus ACAAATCGAGCCCCATTTGACTTAACAGAGGGAGAGTCAGAATTAGTATCAGGCTTTAATGTTGAATACGCAGGAGGACCATTTGCGCTATTCTTTTTAGCAGAATACGCAAATATTTTAATAATAAATATATTATCAACA---GTTCTCTTTTTAGGAACAACATTTCATCATCTACACCCAGAACTATCAGTGATTAATTTAATTATCAAAGCTTCCACCCTATCAATCTTATTTTTATGAACTCGAGCCTCATATCCACGATTTCGATATGATCAATTAATACATCTAGTATGAAAAAATTTTTTACCTATCACAATTTCAATAACCATACTTCACCTCTCCCTTCCAATTATAATAATAGGACTTCCATCAATATTATA-----GGAAATATGCCCGAAAA-TTAAGGGTCACTTTGATAGAGTGAACAATAGGGGCTCAAATCCCCCTTATTTCC-------TAAAAAAATAGGGTTTGAACCTATACAATGAAGATCAAAACTTCAAGTGCACCCA-CTACACCATTTCTTA-------ATAAGATAAGCTAAAT-AAGCTTTTGGGCCCATACCCCAAAAATGTTGGTTAACCCCCCTCTTTTATTAATGAACCCATATGCCCTATCAATATTAATTTCAAGTTTATCTGCCGGAACAATCATTACCTTTGTTAGTAACCATTGATTTTTAGCCTGAATTGGACTTGAACTAAACACACTAGCTATTATTCCAATTATATCTAAAATACACCACCCCCGGTCAACAGAAGCAGCAATTAAATATTTTCTAATTCAATCAATAGCATCTGCCCTATTATTATTTGCAACAATACTAAATGCATGATATACTGGAGAATGAACTATTATTAATATACAAACCCAAACTCCACTACTACTATTAATAACAGCTTTAATAATTAAACTAGCAGTAGCTCCCTTCCACATATGACTCCCAGATGTAATTCAAGGACTAGATTTAATAACCTGCTTAATTCTTTCAACATGACAAAAACTTGCACCAATAACATTAATAATTCAAGTAAGCCCAGAAATTAATACAACATTAATTATATTATTAGGAATATTATCTTTATTGATTGGGGGATGGGGAGGATTAAATCAACCCCAACTTCGTAAAATAATAGCCTATTCTTCTATCGCTCATTTAGGCTGAATAATAATTGTAATATCATATTCTCAAAATTTAACAATACTTAATCTTATAGTTTATTTATTATTAACTACATCAATATTTTTAGTCATAATAAAATTATTATCAACTAACATTAATAAAATAGCCTCTTCATGAATAAAAAACTTATCACTTACCTCAACAATAATTATTATTTTAATATCTTTAGGGGGACTTCCTCCACTATCCGGATTTATACCTAAATGGTTAATTTTAGAAGAAATCATTAAACAAAACATT---CCACTAGCCTCAATAGCAGCAATATCAGCCCTATTAAGTTTATTTTTTTATCTACGCTTATCTTATATAACATCATTAACTACCCCCCCATCTATAATAAATTTAAAACTAATATGACGATTAAAAATAAAA---TTAAATATATTATCAACAACA---ATTATTATATCAACAATACTATTACCAATCACACCATTAATTTTAAATATAATTTA-------AAAGATTTAAGTTA--TAAGACTAAAAGCCTTCAAAGCCTAAAGCAGGAGTTAAATTCCCCTAATCTTTG-------ATTAAGGTCTGCAAGACTTTATCTTACATAATCTGAATGCAACCCAGATACTTTAATTAAGATAAAACCTT-----ACTAGATTAGAAGGC-TTTATCCTACAATCTTTTAGTTAACAGCTAAAAACCTAAACT---AGGCTTTAATCTA----------CTTCTCCCGCTTTGTGGGGGGGGAAA----AAGCGGGAGA--AGCCCCGGCAGGAA-TTAGTCCGCTC-TTTAAGATTTGCAATTTTATGTGCTG--TACACCACAAGGCT-TGGTATAGAAAGGATTTAAACCTTTATTATTAAGGCTACAACTTAACACCT---GTTCGGCCACTTTACCT-GTGATAACACCTCGATGACTATACTCAACA Dicamptodon_aterrimus 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Dicamptodon_tenebrosus 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Eurycea_longicauda 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Hynobius_leechii 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Hynobius_nebulosus 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Necturus_alabamensis 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Necturus_beyeri 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Necturus_lewisi 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Notophthalmus_viridescens 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Onychodactylus_fischeri 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Pleurodeles_waltl 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Proteus_anguinus 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Pseudoeurycea_rex 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Pseudotriton_montanus 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Rhyacotriton_variegatus 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Salamandra_salamandra 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Salamandrina_terdigitata 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Siren_intermedia 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Siren_lacertina 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Stereochilus_marginatus 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Taricha_rivularis 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Xenopus_laevis ACCAACCGAGCACCTTTTGACCTTACAGAAGGAGAATCTGAACTTGTTTCAGGTTTTAATGTAGAATACGCAGGTGGACCTTTCGCTTTATTTTCCTTAGCCGAATACGCTAATATCCTAATAATAAATACACTTTCTTACTTGATTCTCTTCCTCGGATCTTCATTTATAAAC---CAACCGGAACTAACTACTATTTCCTTAATAATTAAATCATCCATCTTATCAATAATTTTCCTATGAGTTCGAGCATCATACCCACGATTTCGATATGATCAACTTATACACCTAGTATGAAAAAACTTCCTCCCAATCACACTAGCCATAACATTATGACATATCTCATTACCAATTTCTATGCTAGGCCTACCATCACAAACCTA-----GGAAATGTGCCCGAAAG-TCAGGGATCACTTTGATAGAGTGAAATATATGGGTTCAAA-CCCCATCATCTCCT------TAGAAAGACAGGAATTGAACCTGCACCTGAGAGATCAAAACCCTCCGTACTCCCA-CTATACCACTTCCTA-------GTAAAGTCAGCTAAAA-AAGCTTTTGGGCCCATACCCCAAACATGTTGGTTAAACCCCTTCCTTTACTAATGAACCCAATCACATTTTCAGTTGTACTAACCAGCCTTGCTTCGGAACAATTTTTAGCTGTATCAAGTAGCCACTGACTTTTAGCCTGAATAGGCTTAGAAATTAACACATTAGCAATCATTCCACTTATAACCCAACATAAACACCCACGAGCCATTGAAGCCTCAACAAAATATTTTTTAACACAAGCAGCAGCATCTGCACTTCTCCTCTTCTCTAGTTTAAATAATGCCTGACTCACCGGAGAATGGTCAATTTTAGATTTAACAAACCCTCTGTCATGCGCAACTATAACCATTGCAATCTGTATAAAACTAGGACTTGCACCTTTCCACTTCTGATTACCTGAAGTCCTTCAAGGACTTAGTTTAACAACAGGATTAATCCTATCCACATGACAAAAACTCGCCCCAATAGCTATCTTATATCAAATCGCTCCAATATTAAATACACCACTTCTTCTCACTCTAGGTCTCACATCAACACTTATCGGCGGATGAGGGGGACTCAATCAAACTCAACTACGAAAAATCTTAGCTTTCTCATCTATTGCCCATCTTGGTTGAATAATTTCTATTCTCCCATTCTCACCCCAGTTAATAATTTTAAACTTAACAATTTACTTAATTATGACCTCCACGATATTCCTTGTACTAAAAACTATCTCATCCACAAAAATTTCTTCTTTAGCTACCTCGTGATCTAAAACCCCATCCACTACGGCACTCTCACTTTTAACTCTTCTTTCTTTAGGTGGCCTTCCACCTCTTTCAGGGTTTGTACCAAAATGATTTATTATTCAAGAATTGACAAGCCAAAACACAACTATTCTAGCCACAACACTAGCTCTGTCAGCACT?CTCAGCCTATTTTTCTACCTTCGCCTAACTTATATTGTCACACTAACATCATCACCAAATACATCAAACGCATCATTAACATGACGACACCACTCTAAACAACCAACACTTTTATTATCAATCGCATTAATCCTATCCTCATTTATTATTCCAATTTCACCATTAACTTTAACAT--------------AGAGATTTAAGTTAA-CAAGACTAAGAGCCTTCAAAGCCCTAAGCAGGAGTTAGAATCTCCTAATCTCTG-------AATAAGGCTTGCAGGATTTTATCCAACATCAATTGAATGCAACTCAAACACTTTAATTAACGTAAAGCCTT-----TCTAGAAAGACGGGCCTCGATCCCGCAACATTTTAGTTAACAGCTAAACTCAAT--CCAACGAGCTTCATTCTA----------CTTCTCCCGTTTATTAAGCCAAAAA-----AACCGGGAGA--AGCCCGGCAAACCT---TCGTTTGCTTCTCGAGATTTGCAATCTGGCATGTCA--AACACCGCAGGCTT--GATAAGAAGAGGACTTGAACCTCTGTACACGGAGCTACAATCCGCCGCCTATTACTCGGCCACCTTACCTGATGGCAATTACTCGTTGATTATTCTCAACA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'Caudata ND1-ND2-COI mtDNA') = N: 1-2115; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'Caudata ND1-ND2-COI mtDNA') = N: 1-2115; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7231; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Proteus_anguinus, 2 Necturus_beyeri, 3 Necturus_alabamensis, 4 Necturus_lewisi, 5 Siren_lacertina, 6 Siren_intermedia, 7 Cryptobranchus_alleganiensis, 8 Andrias_davidianus, 9 Amphiuma_means, 10 Amphiuma_tridactylum, 11 Amphiuma_pholeter, 12 Batrachuperus_mustersi, 13 Onychodactylus_fischeri, 14 Onychodactylus_japonicus, 15 Salamandrella_keyserlingii, 16 Hynobius_nebulosus, 17 Hynobius_leechii, 18 Salamandrina_terdigitata, 19 Salamandra_salamandra, 20 Chioglossa_lusitanica, 21 Taricha_rivularis, 22 Pleurodeles_waltl, 23 Notophthalmus_viridescens, 24 Pseudoeurycea_rex, 25 Parvimolge_townsendii, 26 Eurycea_longicauda, 27 Stereochilus_marginatus, 28 Pseudotriton_montanus, 29 Desmognathus_ochrophaeus, 30 Rhyacotriton_variegatus, 31 Dicamptodon_tenebrosus, 32 Dicamptodon_aterrimus, 33 Ambystoma_tigrinum, 34 Ambystoma_californiense, 35 Rana_catesbeiana, 36 Xenopus_laevis, 37 Typhlonectes_natans, 38 Typhlonectes_compressicauda; TREE Fig._5b = [&R] (38,(37,(36,(35,(((((((34,33),(6,5)),(4,(3,2))),1),((32,31),((((23,21),22),18),(20,19)))),(((((17,16),15),12),(14,13)),(8,7))),(30,((29,(((28,27),26),(25,24))),((11,9),10)))))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7230; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Proteus_anguinus, 2 Necturus_beyeri, 3 Necturus_alabamensis, 4 Necturus_lewisi, 5 Siren_lacertina, 6 Siren_intermedia, 7 Cryptobranchus_alleganiensis, 8 Andrias_davidianus, 9 Amphiuma_means, 10 Amphiuma_tridactylum, 11 Amphiuma_pholeter, 12 Batrachuperus_mustersi, 13 Onychodactylus_fischeri, 14 Onychodactylus_japonicus, 15 Salamandrella_keyserlingii, 16 Hynobius_nebulosus, 17 Hynobius_leechii, 18 Salamandrina_terdigitata, 19 Salamandra_salamandra, 20 Chioglossa_lusitanica, 21 Taricha_rivularis, 22 Pleurodeles_waltl, 23 Notophthalmus_viridescens, 24 Pseudoeurycea_rex, 25 Parvimolge_townsendii, 26 Eurycea_longicauda, 27 Stereochilus_marginatus, 28 Pseudotriton_montanus, 29 Desmognathus_ochrophaeus, 30 Rhyacotriton_variegatus, 31 Dicamptodon_tenebrosus, 32 Dicamptodon_aterrimus, 33 Ambystoma_tigrinum, 34 Ambystoma_californiense, 35 Rana_catesbeiana, 36 Xenopus_laevis, 37 Typhlonectes_natans, 38 Typhlonectes_compressicauda; TREE Fig._5a = [&R] (38,(37,((36,35),(((((((((34,33),(4,(3,2))),(32,31)),(29,(((28,27),26),(25,24)))),(((((17,16),15),12),(14,13)),(8,7))),(30,(6,5))),((((23,21),22),(20,19)),18)),((11,9),10)),1)))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7229; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Dicamptodon_aterrimus, 2 Ambystoma_tigrinum, 3 Ambystoma_maculatum, 4 Ambystoma_californiense, 5 Taricha_rivularis, 6 Pleurodeles_waltl, 7 Notophthalmus_viridescens, 8 Necturus_beyeri, 9 Onychodactylus_japonicus, 10 Salamandrella_keyserlingii, 11 Batrachuperus_mustersi, 12 Hynobius_nebulosus, 13 Hynobius_leechii, 14 Cryptobranchus_alleganiensis, 15 Andrias_davidianus, 16 Siren_lacertina, 17 Siren_intermedia, 18 Rhyacotriton_kezeri, 19 Amphiuma_tridactylum, 20 Amphiuma_means, 21 Desmognathus_ocrophaeus, 22 Pseudotriton_montanus, 23 Pseudoeurycea_rex, 24 Eurcyea_longicauda, 25 Xenopus_laevis, 26 Typhlonectes_compressicauda; TREE Fig._4 = [&R] (26,(25,((((24,23,22),21),(18,((((17,16),(((7,5),6),((4,(3,2)),1))),8),((15,14),(((13,12,10),11),9))))),(20,19)))); END;