#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 27, 2024; 4:33 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Crawford A., & Smith E. 2005. Cenozoic biogeography and evolution in direct-developing frogs of Central America (Leptodactylidae: Eleutherodactylus) as inferred from a phylogenetic analysis of nuclear and mitochondrial genes. Molecular Phylogenetics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1325] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=55; TAXLABELS Eleutherodactylus_augusti_Mexico Eleutherodactylus_augusti_United_States Eleutherodactylus_bocourti Eleutherodactylus_bransfordii Eleutherodactylus_chac Eleutherodactylus_crassidigitus_FMNH257676_Panama Eleutherodactylus_crassidigitus_FMNH257693_Panama Eleutherodactylus_crassidigitus_FMNH257695_Panama Eleutherodactylus_daryi Eleutherodactylus_dilatus Eleutherodactylus_fitzingeri Eleutherodactylus_gaigei Eleutherodactylus_gollmeri_FMNH257561_Panama Eleutherodactylus_gollmeri_FMNH257696_Panama Eleutherodactylus_ibischi Eleutherodactylus_laticeps Eleutherodactylus_lauraster Eleutherodactylus_lineatus Eleutherodactylus_loki Eleutherodactylus_longirostris Eleutherodactylus_megacephalus Eleutherodactylus_mexicanus Eleutherodactylus_mimus Eleutherodactylus_museosus Eleutherodactylus_noblei_FMNH257616_Panama Eleutherodactylus_noblei_USNM534195_Honduras Eleutherodactylus_omiltemanus Eleutherodactylus_pantoni Eleutherodactylus_pardalis Eleutherodactylus_persimilis Eleutherodactylus_pipilans Eleutherodactylus_podiciferus_FMNH257595_Costa_Rica Eleutherodactylus_podiciferus_FMNH257653_Costa_Rica Eleutherodactylus_polyptychus_FMNH257555_Panama Eleutherodactylus_pygmaeus_ENS9492_Mexico Eleutherodactylus_pygmaeus_ENS9595_Mexico Eleutherodactylus_ranoides Eleutherodactylus_rhodopis_ENS10024_Mexico Eleutherodactylus_rhodopis_ENS10311_Mexico Eleutherodactylus_rhodopis_GAR400_Guatemala Eleutherodactylus_ridens Eleutherodactylus_saltator Eleutherodactylus_sartori Eleutherodactylus_sp._A_ENS9698_Mexico Eleutherodactylus_sp._B_FMNH257689_Panama Eleutherodactylus_sp._Brazil_ZUFRJ7861 Eleutherodactylus_sp._C_FMNH257760_Costa_Rica Eleutherodactylus_stejnegerianus_FMNH257801_Costa_Rica Eleutherodactylus_stejnegerianus_FMNH257803_Costa_Rica Eleutherodactylus_tabasari Eleutherodactylus_talamancae Eleutherodactylus_trachydermus Eleutherodactylus_xucanebi Leptodactylus_labialis Leptodactylus_melanonotus ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Eleutherodactylus_megacephalus 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Eleutherodactylus_mexicanus 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Eleutherodactylus_mimus 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Eleutherodactylus_rhodopis_GAR400_Guatemala 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Eleutherodactylus_ridens 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Eleutherodactylus_saltator 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Eleutherodactylus_sartori 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Eleutherodactylus_sp._A_ENS9698_Mexico 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Leptodactylus_labialis 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Leptodactylus_melanonotus CCAAACATGTTGGTTAAACCCCCTCCTTTACTA------------------------------------------------------ATTAATCCGTACGCTCTTTCCATTATTATTTCTAGCTTAGCATTAGGAACCATTACCACTCTCACCAGCTTCCACTGACTCCTAGCCTGAATTGGTTTAGAAATTAATACTTTAGCAGTTATTCCTTTAATAACTAAAACACCTCACCCGCGAGCCATTGAAGCAGCCACTAAGTATTTTCTTACACAAGCTGCTGCCTCAGCTCTAATTCTTTTTTCCAGCTCCATAAATGCATGACTTACAGGAGAATGAGCTATTAATATTTTTATTCATCCTGCCCCTGCAATCCTCTTGACAATTGCCCTTGCAATAAAATTAGGTATTGCCCCGTTTCATTTTTGGCTCCCAGAAGTACTGCAAGGAATCTCTTTATCAACTGGCTTAATCTTATCCACATGACAAAAGCTAGCCCCAATAGCACTTTTTATTCAACTTGCTCAATCTACTAATCTCTCCTTAATACTTATTCTAGGCCTTGTTTCTACAATTATTGGAGGGTGAGGAGGAATCAACCAAACACAAGTCCGAAAAATTTTAGCATTCTCATCAATTGCCCACTTAGGTTGAATGGTCGCAATCCTTAAAATTTCCCCTGAACTCTCATTATTTAACTTCATCCTCTACATTTTAATAACACTATCCTTATTCTTAACTTTTTTACTCATTGATACAAAAAGTATCAACGAGCTTTCTACTGCTTGAACTAAAACCCCAACTCTCACTGCCATAACACTTCTTACCTTATTATCTTTAAGCGGCCTACCTCCTTTAACAGGATTTCTACCAAAATGATTAATTGCCCAAGAAATAATTAAACAAGACCTCACACTATTTGCTTTGACCATCTTAATATCTACCCTCCTAAGCCTATTTTTTTATTTACGCCTAACCTACTCTATATCACTCACTTTAGCCCCCAACACAACTTCCTCTAGCCCATCATGATCTTCCCCTTTAAAAAACTATATCGCTACTCCTATAATTTTGTCTCTTTTTCTTCTTCCAATGACCCCGACAATTTTAATTCTTATCT-----------------------------AGAAACTTAGGATAAC--TAGACCAAGAGCCTTCAAAGCCCTAAG-TAAGAGTTA-AACTCTCTTAGTTTCTGTAAGACTTGCAGGACATTAACCTACATCTTCTGAATGCAACTCAGACACTTTAATTAAATTAAAGTCTT-CTAGAAAGACGGGCCTCGATCCCGTAAAACTTTAGTTAACAGCTAAAAACTCTATCCAGCGAGCTTCATTCTA-------------CTTCTCCCGCTTAAAA---AAACGGGAGAAGCCCCGGCAGAAT--TTCCTCTGC-TTCTTGGGATTTGCAATCCCAC-GTGTGACACCCCGGAACC-TGGGAAGAAGAGGACTTTAACCTCTGTAT-GTGGGGCTACAATCCACCGCCTT----GCTCTCGGCCATCTTACCTGTGATAATTACCCGATGATTATTTTCTACTTGA{GT}CTGTTGCCTACCGCACCACGGTCTCCTAGCCGTAGAGCTAGCCTGTCCAGCCTTTTTCCTTCTACT---GACCAGCTGGAGATGGTCACAGAGTTCTTGGGAGGGGACATGGTGAATCAAAGCTTCATCTGTGACCAGGATGACGAG---ACACTTGTGATGTCAATCATCATTCAGGACTGTATGTGGAGTGGCTTTTCGGCAGCAGCCAAGCTAGAGAAAGTAGTGTCGGAAAAGCTTGCATCTTACCAGGCTTCTAGGAAGGAGAGCTTTATGTCCGCCCAAAAC------CAGCTGCAA---AACCCAGAG------AAGTCTCCCACCTGCCAGGGGAACCTCAGCCCCATTGGAACCAGTAGAACCAGC---AGTGGTTACCTACAGGATCCAAGTTCT---GAATGCATTGACCCTTCAGTGGTCTTCCCTTACCCATTGAATGACAGCATTTCCAAAGTTAGCCCTCAATGCCTGGATCAGGAGCTCAGTATGGAAACGCCACCCATCAGCGGCAACGGCAGCAGCTCAGAATCTGGTGAGTACAGATCTAGATTATTTTT-------------ACTGCATTGCTAAGGG-GT--GGTTGTTATTTTTTTTTTTAATTCAAG-CATTGACTGTCCCCAATGTTGG---GA-GGGGGT----CC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-???????????????????????????????---???--------??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTAACCTGTTTGCA---------------TTTCTATTCCAGAAGAGAAGCAAGAGGAGGAGGATGAAGAGGAAGAGGAGGATGAGGAGGATGAAGAA------------------GAGATTGATGTTGTTACCGTAGAGAAAAGATACTTGGCTTCCAAGAAAAACAAA---TCCTACTCCCATCAG---TCCAG{AG}CCTCACCACAGCCCTCTGGTCCTCAAGAGGTGTCATGTCCCTATCCATCAGCACAACTACGCGGCACCTCCTTCAACTAAAATGGACTATCCTTCTTCCAAAAGGGCAAAGCTCGAAAGCAACGGAAGAGTTCTCAAACAGATTAGCAACAACCGCAAGTGTTCGAGCCCCAGGTCATCTGACAGT ; END; BEGIN SETS; CHARSET exon2 (CHARACTERS = 'ND2-WANCY + c-myc') = 1582-2135; CHARSET tRNAs (CHARACTERS = 'ND2-WANCY + c-myc') = 1152-1581; CHARSET goodND2 (CHARACTERS = 'ND2-WANCY + c-myc') = 88-1032; CHARSET introngood (CHARACTERS = 'ND2-WANCY + c-myc') = 2284-2447; CHARSET ND2end (CHARACTERS = 'ND2-WANCY + c-myc') = 1033-1151; CHARSET exon3 (CHARACTERS = 'ND2-WANCY + c-myc') = 2665-2928; CHARSET intron2 (CHARACTERS = 'ND2-WANCY + c-myc') = 2136-2664; CHARSET tRNAloops (CHARACTERS = 'ND2-WANCY + c-myc') = 1163-1169 1202-1209 1388-1400 1420-1427 1489-1495 1501-1505 1528-1537; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'ND2-WANCY + c-myc') = N: 1-2928; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'ND2-WANCY + c-myc') = N: 1-2928; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7246; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Leptodactylus_melanonotus, 2 Eleutherodactylus_augusti_Mexico, 3 Eleutherodactylus_augusti_United_States, 4 Eleutherodactylus_bocourti, 5 Eleutherodactylus_bransfordii, 6 Eleutherodactylus_chac, 7 Eleutherodactylus_crassidigitus_FMNH257676_Panama, 8 Eleutherodactylus_crassidigitus_FMNH257693_Panama, 9 Eleutherodactylus_crassidigitus_FMNH257695_Panama, 10 Eleutherodactylus_daryi, 11 Eleutherodactylus_dilatus, 12 Eleutherodactylus_fitzingeri, 13 Eleutherodactylus_gaigei, 14 Eleutherodactylus_gollmeri_FMNH257561_Panama, 15 Eleutherodactylus_gollmeri_FMNH257696_Panama, 16 Eleutherodactylus_ibischi, 17 Eleutherodactylus_laticeps, 18 Eleutherodactylus_lauraster, 19 Eleutherodactylus_lineatus, 20 Eleutherodactylus_loki, 21 Eleutherodactylus_longirostris, 22 Eleutherodactylus_megacephalus, 23 Eleutherodactylus_mexicanus, 24 Eleutherodactylus_mimus, 25 Eleutherodactylus_museosus, 26 Eleutherodactylus_noblei_FMNH257616_Panama, 27 Eleutherodactylus_noblei_USNM534195_Honduras, 28 Eleutherodactylus_omiltemanus, 29 Eleutherodactylus_pantoni, 30 Eleutherodactylus_pardalis, 31 Eleutherodactylus_persimilis, 32 Eleutherodactylus_pipilans, 33 Eleutherodactylus_podiciferus_FMNH257595_Costa_Rica, 34 Eleutherodactylus_podiciferus_FMNH257653_Costa_Rica, 35 Eleutherodactylus_polyptychus_FMNH257555_Panama, 36 Eleutherodactylus_pygmaeus_ENS9595_Mexico, 37 Eleutherodactylus_pygmaeus_ENS9492_Mexico, 38 Eleutherodactylus_ranoides, 39 Eleutherodactylus_rhodopis_ENS10024_Mexico, 40 Eleutherodactylus_rhodopis_ENS10311_Mexico, 41 Eleutherodactylus_rhodopis_GAR400_Guatemala, 42 Eleutherodactylus_ridens, 43 Eleutherodactylus_saltator, 44 Eleutherodactylus_sartori, 45 Eleutherodactylus_sp._A_ENS9698_Mexico, 46 Eleutherodactylus_sp._B_FMNH257689_Panama, 47 Eleutherodactylus_sp._Brazil_ZUFRJ7861, 48 Eleutherodactylus_sp._C_FMNH257760_Costa_Rica, 49 Eleutherodactylus_stejnegerianus_FMNH257801_Costa_Rica, 50 Eleutherodactylus_stejnegerianus_FMNH257803_Costa_Rica, 51 Eleutherodactylus_tabasari, 52 Eleutherodactylus_talamancae, 53 Eleutherodactylus_trachydermus, 54 Eleutherodactylus_xucanebi, 55 Leptodactylus_labialis; TREE Fig._2 = [&R] (1,55,(((53,10)Eleutherodactylus_milesi_group,(((4,54)Eleutherodactylus_alfredi_group,(2,3)Eleutherodactylus_augusti_group),(((15,14),((17,(24,(26,27))),(19,6)))Eleutherodactylus_gollmeri_group,(((40,(39,(41,20)))Eleutherodactylus_rhodopis_group,(46,(((48,(35,5)),(31,(49,(50,18)))),(34,33)))5_group),((44,(23,((37,43),(28,(36,45)))))23_group,((22,38),(((52,(9,12)),(7,8)),(51,21))12_group))))))Craugastor,((30,(42,(25,(47,13)))),(16,(29,(32,11)Eleutherodactylus_subg._Syrrhophus)))Eleutherodactylus)); END;