#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 27, 2024; 19:49 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Sato S. 2013. Morphology and life history of Amphora commutata (Bacillariophyta) I: The vegetative cell and phylogenetic position. Phycologia, 52(2). TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S13483] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=63; TAXLABELS Amphiprora_paludosa_var._hyalina_FR865482 Amphora_arcus_S0822_AB754834 Amphora_cf._capitellata_AJ535158 Amphora_cf._fogediana_AM502022 Amphora_cf._proteus_AJ535147 Amphora_coffeaeformis_FR865481 Amphora_coffeaeformis_HM805019 Amphora_coffeaeformis_HQ912602 Amphora_commutata_S0876_AB754836 Amphora_copulata_S0992_AB754831 Amphora_graeffeana_S0824_AB754835 Amphora_libyca_AM501959 Amphora_marina_S0907_AB754837 Amphora_montana_AJ243061 Amphora_normanii_AM501958 Amphora_pediculus_AM501960 Amphora_pediculus_HQ912417 Amphora_sp._AT.221.04_AM501957 Amphora_sp._MBIC10098_AB183590 Amphora_sp._s0915_AB754838 Amphora_sp._s0916_AB754830 Bacillariophyta_sp._A2_FR744763 Bacillariophyta_sp._MBIC10806_AB183641 Bacillariophyta_sp._MBIC10809_AB183642 Bacillariophyta_sp._MBIC10814_AB183644 Bacillariophyta_sp._MBIC10815_AB183645 Bacillariophyta_sp._MBIC10819_AB183647 Caloneis_lewisii_HQ912580 Campylodiscus_clypeus_HQ912412 Craticula_cuspidata_HQ912581 Cymatopleura_elliptica_HQ912659 Entomoneis_cf._alata_AJ535160 Entomoneis_ornata_HQ912411 Entomoneis_punctulata_HM805031 Entomoneis_sp._CCMP1693_EF585586 Entomoneis_sp._CS782_HQ912631 Epithemia_argus_HQ912408 Epithemia_sorex_AB546734 Epithemia_turgida_AB546735 Epithemia_turgida_AB546736 Epithemia_turgida_HQ912410 Fallacia_monoculata_HQ912596 Fallacia_pygmaea_HQ912605 Halamphora_cf._fluminensis_s0314_AB754832 Halamphora_sp._s0028_AB754833 Pinnularia_brebissonii_HQ912604 Pinnularia_termitina_HQ912601 Rhopalodia_contorta_HQ912406 Rhopalodia_gibba_AB546737 Rhopalodia_gibba_AB546738 Rhopalodia_gibba_HQ912407 Rhopalodia_sp._9vi08.1F.2_HQ912405 Stauroneis_acuta_HQ912579 Stauroneis_kriegeri_AM501990 Stenopterobia_curvula_HQ912416 Surirella_fastuosa_var._cuneata_AJ535161 Surirella_minuta_HQ912658 Surirella_sp._CCAP_1071.2_FR865515 Surirella_sp._DA1_HQ912414 uncultured_marine_eukaryote_DQ310276 uncultured_marine_picoeukaryote_FR874816 uncultured_marine_picoeukaryote_FR874818 uncultured_stramenopile_FN690583 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=63; TAXLABELS Amphiprora_paludosa_var._hyalina_FR865482 Amphora_arcus_S0822_AB754834 Amphora_cf._capitellata_AJ535158 Amphora_cf._fogediana_AM502022 Amphora_cf._proteus_AJ535147 Amphora_coffeaeformis_FR865481 Amphora_coffeaeformis_HM805019 Amphora_coffeaeformis_HQ912602 Amphora_commutata_S0876_AB754836 Amphora_copulata_S0992_AB754831 Amphora_graeffeana_S0824_AB754835 Amphora_libyca_AM501959 Amphora_marina_S0907_AB754837 Amphora_montana_AJ243061 Amphora_normanii_AM501958 Amphora_pediculus_AM501960 Amphora_pediculus_HQ912417 Amphora_sp._AT.221.04_AM501957 Amphora_sp._MBIC10098_AB183590 Amphora_sp._s0915_AB754838 Amphora_sp._s0916_AB754830 Bacillariophyta_sp._A2_FR744763 Bacillariophyta_sp._MBIC10806_AB183641 Bacillariophyta_sp._MBIC10809_AB183642 Bacillariophyta_sp._MBIC10814_AB183644 Bacillariophyta_sp._MBIC10815_AB183645 Bacillariophyta_sp._MBIC10819_AB183647 Caloneis_lewisii_HQ912580 Campylodiscus_clypeus_HQ912412 Craticula_cuspidata_HQ912581 Cymatopleura_elliptica_HQ912659 Entomoneis_cf._alata_AJ535160 Entomoneis_ornata_HQ912411 Entomoneis_punctulata_HM805031 Entomoneis_sp._CCMP1693_EF585586 Entomoneis_sp._CS782_HQ912631 Epithemia_argus_HQ912408 Epithemia_sorex_AB546734 Epithemia_turgida_AB546735 Epithemia_turgida_AB546736 Epithemia_turgida_HQ912410 Fallacia_monoculata_HQ912596 Fallacia_pygmaea_HQ912605 Halamphora_cf._fluminensis_s0314_AB754832 Halamphora_sp._s0028_AB754833 Pinnularia_brebissonii_HQ912604 Pinnularia_termitina_HQ912601 Rhopalodia_contorta_HQ912406 Rhopalodia_gibba_AB546737 Rhopalodia_gibba_AB546738 Rhopalodia_gibba_HQ912407 Rhopalodia_sp._9vi08.1F.2_HQ912405 Stauroneis_acuta_HQ912579 Stauroneis_kriegeri_AM501990 Stenopterobia_curvula_HQ912416 Surirella_fastuosa_var._cuneata_AJ535161 Surirella_minuta_HQ912658 Surirella_sp._CCAP_1071.2_FR865515 Surirella_sp._DA1_HQ912414 uncultured_marine_eukaryote_DQ310276 uncultured_marine_picoeukaryote_FR874816 uncultured_marine_picoeukaryote_FR874818 uncultured_stramenopile_FN690583 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Entomoneis_ornata_HQ912411 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Entomoneis_punctulata_HM805031 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uncultured_marine_picoeukaryote_FR874818 TAGTCATACG-CTCGTCTCAAAG-ACTAAGCCATGCACGTCTAAGTATAAATCTTTTACTTTGAAA-CTGCGAATGG-CTCATTATATCAGTTATAGTTTATTTGATAGTCCCTTACTAC-TTGGAT-AACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCGCT-AACACCGGTGGTATTTATTAGATGGAAACCAACCCCTTCGGGGTGATGTGGTGATTCATAATAAGCATGCGGATCGCGCGGCGGCGACGGATCATTCAAGTTTCTGCCC-TATCAGCTTTGGACGGTAAGGTATTGGCTTACCGTGGCTTTAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAGATGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGTAAATTACCCAATCTTGAAACAAGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATGCCGGGCCTTAGGTCTGGCAATTGGAATGAGAACAATTTAAATCCCTTGTCGAGGATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGACCTGTGCATGCATCCTTGGGTGGAACCTGTGTGGCATTAGGTTGTCGTGCAGGGGATGCTCATCGTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCTTATGCCGTTGAATATATTAGCATGGAATAATAAGATAGGACCTTGGTACTATTTTGTTGGTTTGCGCACCGAGGTAATGATTAACAGGGACAGTTGGGGGTATTC-GTATTCCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTCTGGAAGA-CGAACTACTGCGAAAGCATTTACCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGATGATTAGATACCATCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCAACAAGGGATTGGCGGGGTCGTTACGTCTCCGTCAGCACCTTATGAGAAATCAA-AAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAATATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCC-TGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACC-AGGTCC-AG-ACATAGTG-AGGATTGACAGATTGA-GA-GCTCTTT-CTTGATTCT-ATGGGTGGTAGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGA--ACGAGACCCCTG-CCTGCTAAATAGTCTGGTGAGTGATCTCCACTGACCATGGCTTCTTAGAGGGACGTGCATTCGACTAGTTGCAGGAAGATAGGGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGCATTCAACGAGTCCTTGGCCGAGAGGCCTGGGCAATCTTTTGAACGTGCATCGTGATAGGGATAGATTATTGCAATTATTAATCTTGAACGAGGAATTCCTAGTAAACGCAGATCATCAATCTGCATTGATTACGTCCCTGCTCTTTGTACACACCGCCCGTCGCACCTACCGATTGGATGGTCCGGTGAAGCCTCGAGATTGTGACTGTCGCCTTTATTGGTGGCGGTTGCAAGAACTTGTCTAAACCTTATCATCTAGAGGAAGGTGAA uncultured_stramenopile_FN690583 ---------------------------------TGCACGTCTAAGTATAAATCTTTTACTTTGAAA-CTGCGAATGG-CTCATTATATCAGTTATAGTTTATTTGATAGTCCCTTACTAC-TTGGAT-AACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCGTC-GACACCGGTGGTATTTATTAGATGGAAACCAACCCCTTCGGGGTGATGTGGTGATTCATAATAAGCTTGCGGATCGCACGGCGGCGACGGATCATTCAAGTTTCTGCCC-TATCAGCTTTGGACGGTAAGGTATTGGCTTACCGTGGCTTTAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAGACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGTAAATTACCCAATCTTGAAACAAGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATGCCGGGCCTTAGGTCTGGCAATTGGAATGAGAACAATTTAAATCCCTTATCGAGGATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGACTTGTGCGTGCATCCTTGGGTGGAACCTGCGTGGCATTAGGTTGTCGTGCAGGGGATGCTCATCGTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCTTACGCCGTTGAATATATTAGCATGGAATAATAAGATAGGACCTTGGTACTATTTTGTTGGTTTGCGCACCGAGGTAATGATTAACAGGGACGGTTGGGGGTATTC-GTATTCCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTTTGGAAGA-CGAACTACTGCGAAAGCATTTACCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAGCGAAAGTTAGGGGATCGAAGATGATTAGATACCATCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCAACAAGGGATTGGCGGGGTCGTTACGTCTCCGTCAGCACCTTATGAGAAATCAC-AAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCC-TGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACC-AGGTCC-AG-ACATAGTG-AGGATTGACAGATTGA-GA-GCTCTTT-CTTGATTCT-ATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGA--ACGAGACCCCTG-CCTGCTAAATAGTCCGGCGAGTGATCTTCACTGGCCAGGGCTTCTTAGAGGGACGTGCATTCGACTAGTTGCAGGAAGATAGGGGCAATAACAGGTCCGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGCATTCAACGAGTCCTTGGCCGAGAGGCCTGGGCAATCTTTTGAACGCGCATCGTGATAGGGATAGATTATTGCAATTATTAATCTTGAACGAGGAATTCCTAGTAAACGCAGATCATCAATCTGCATTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCACCTACCGATTGGATGGTCCGGTGAAGCCTCGGGATTGTGACTGTTGCCTTTATTGGTGTCGGTTGCGAGAACT-GTCTGAACC-TATCAT--------------- ; END; BEGIN TREES; TITLE Amphora_commutata; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Epithemia_sorex_AB546734, 2 Epithemia_argus_HQ912408, 3 Epithemia_turgida_HQ912410, 4 Epithemia_turgida_AB546735, 5 Epithemia_turgida_AB546736, 6 Rhopalodia_gibba_HQ912407, 7 Rhopalodia_contorta_HQ912406, 8 Rhopalodia_gibba_AB546738, 9 Rhopalodia_gibba_AB546737, 10 Rhopalodia_sp._9vi08.1F.2_HQ912405, 11 Stenopterobia_curvula_HQ912416, 12 Campylodiscus_clypeus_HQ912412, 13 Surirella_fastuosa_var._cuneata_AJ535161, 14 Surirella_minuta_HQ912658, 15 Cymatopleura_elliptica_HQ912659, 16 uncultured_marine_picoeukaryote_FR874816, 17 uncultured_marine_picoeukaryote_FR874818, 18 Surirella_sp._CCAP_1071.2_FR865515, 19 uncultured_marine_eukaryote_DQ310276, 20 Entomoneis_sp._CCMP1693_EF585586, 21 Entomoneis_cf._alata_AJ535160, 22 Entomoneis_ornata_HQ912411, 23 uncultured_stramenopile_FN690583, 24 Amphiprora_paludosa_var._hyalina_FR865482, 25 Entomoneis_punctulata_HM805031, 26 Surirella_sp._DA1_HQ912414, 27 Entomoneis_sp._CS782_HQ912631, 28 Amphora_arcus_S0822_AB754834, 29 Amphora_normanii_AM501958, 30 Halamphora_sp._s0028_AB754833, 31 Amphora_coffeaeformis_FR865481, 32 Amphora_cf._capitellata_AJ535158, 33 Amphora_coffeaeformis_HM805019, 34 Bacillariophyta_sp._MBIC10814_AB183644, 35 Halamphora_cf._fluminensis_s0314_AB754832, 36 Amphora_coffeaeformis_HQ912602, 37 Bacillariophyta_sp._A2_FR744763, 38 Bacillariophyta_sp._MBIC10806_AB183641, 39 Amphora_montana_AJ243061, 40 Amphora_sp._MBIC10098_AB183590, 41 Bacillariophyta_sp._MBIC10819_AB183647, 42 Bacillariophyta_sp._MBIC10815_AB183645, 43 Bacillariophyta_sp._MBIC10809_AB183642, 44 Amphora_graeffeana_S0824_AB754835, 45 Amphora_commutata_S0876_AB754836, 46 Amphora_cf._proteus_AJ535147, 47 Amphora_marina_S0907_AB754837, 48 Amphora_sp._s0915_AB754838, 49 Amphora_pediculus_HQ912417, 50 Amphora_pediculus_AM501960, 51 Amphora_cf._fogediana_AM502022, 52 Amphora_sp._s0916_AB754830, 53 Amphora_copulata_S0992_AB754831, 54 Amphora_sp._AT.221.04_AM501957, 55 Amphora_libyca_AM501959, 56 Craticula_cuspidata_HQ912581, 57 Stauroneis_acuta_HQ912579, 58 Stauroneis_kriegeri_AM501990, 59 Fallacia_monoculata_HQ912596, 60 Fallacia_pygmaea_HQ912605, 61 Caloneis_lewisii_HQ912580, 62 Pinnularia_brebissonii_HQ912604, 63 Pinnularia_termitina_HQ912601; TREE Bayesian = [&R] ((((((19:0.004754,16:0.007164,18:0.001201,17:0.00594):0.005844,14:0.060442,15:0.066108):0.01556,13:0.07512,26:0.035609,12:0.044157,20:0.014658,(23:0.010385,(24:0.009193,25:0.003921):0.013021):0.003453,22:0.012163,21:0.007286,11:0.062751):0.004772,(((6:0.011041,7:0.036122):0.008764,(8:0.003509,9:0.001144):0.012437):0.004647,(10:0.01428,((3:0.002713,4:0.002804):0.005618,5:0.002338,(1:0.007066,2:0.007026):0.00271):0.005514):0.003061):0.014714,27:0.010232):0.024736,(28:0.045889,(29:0.02742,32:0.004303,((33:0.010059,34:0.036105):0.007998,35:0.013896):0.004671,30:0.008624,36:0.018226,31:0.019461,(37:0.011662,(38:0.01197,(40:0.019499,39:0.033296,(41:0.002313,42:0.001146,43:0.001141):0.007164):0.004662):0.004078):0.005973):0.005977):0.013481):0.005352,(44:0.01692,(45:0.028948,46:0.026079,((47:0.025679,48:0.002158):0.06279,((49:0.003466,50:0.00367):0.005178,(51:0.002457,54:0.012175,55:0.001195,52:0.025569,53:0.002336):0.003775):0.006469):0.015022):0.00574):0.016533,(((58:0.003606,56:0.022496):0.0039,57:0.035098):0.048769,((59:0.035795,60:0.02483):0.019747,(61:0.013468,(62:0.07325,63:0.044329):0.010878):0.026609):0.015812):0.012711); TREE ML = [&R] ((((((((((((((1:0.00872169,2:0.00819409):0.00214033,(3:0.00202051,4:0.00226216):0.0068191):1.28E-6,5:0.00179298):0.00629492,((6:0.01387181,7:0.05229782):0.01081685,(8:0.00359396,9:1.28E-6):0.01666048):0.00707623):0.00264813,10:0.01673449):0.01836335,(11:0.08314701,12:0.06026202):0.00480226):0.00507689,(13:0.10889383,((14:0.08604909,15:0.09325066):0.00301349,(16:0.00904618,(17:0.00717622,(18:1.28E-6,19:0.00536826):1.28E-6):1.28E-6):0.00679013):0.02191899):0.00202458):1.28E-6,20:0.01967171):0.00198432,21:0.00974971):0.00183926,(22:0.01694164,(23:0.01197997,(24:0.01277564,25:0.00357839):0.01787014):0.00340253):0.00189536):0.00206279,26:0.05401809):0.0048998,27:0.01251901):0.03395105,(28:0.06526391,(((29:0.03791183,30:0.01145212):0.0031538,(31:0.02909535,32:0.00258462):0.00207485):0.00195819,((((33:0.01308765,34:0.05229608):0.0099825,35:0.01855576):0.00556536,36:0.02748472):0.00135439,(37:0.01454903,(38:0.01626617,(39:0.04850658,(40:0.02785122,(41:0.00177413,(42:1.28E-6,43:1.28E-6):1.28E-6):0.00981525):0.00114566):0.00471616):0.00398354):0.00586827):0.0029896):0.00604714):0.01837885):0.00481551,(44:0.02001119,((45:0.03900995,46:0.0353771):0.00663677,((47:0.03702584,48:6.801E-4):0.08874114,((49:0.00358284,50:0.00360236):0.00627644,(51:0.00184682,(52:0.03608777,(53:0.00179669,(54:0.01652731,55:1.28E-6):1.28E-6):1.28E-6):0.00907268):0.00345597):0.00894207):0.01823236):0.00925215):0.02104296,(((56:0.02958703,57:0.05025694):0.00576116,58:0.00233808):0.07233615,((59:0.05138273,60:0.0365843):0.02630264,(61:0.01824038,(62:0.10405559,63:0.06244959):0.01432474):0.03801459):0.0215061):0.01758479); END;