#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 12:13 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Persson J., & Pleijel F. 2005. On the phylogenetic relationships of Axiokebuita, Travisia and Scalibregmatidae (Polychaeta). Zootaxa, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1364] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=28; TAXLABELS Amphiporus_sp Arenicola_marina Axiokebuita_sp Barantolla_lepte Branchiomaldane_vincenti Cirrophorus_lyra Clymenura_clypeata Dasybranchus_caducus Dodecaceria_concharum Hyboscolex_sp Lipobranchius_jeffreysii Lobochesis_bibranchia Macrochaeta_clavicornis Maldane_sarsi Neolipobranchius_sp Nereis_pelagica Notomastus_latericeus Ophelia_neglecta Ophelina_acuminata Owenia_fusiformis Phylo_norvegica Polyophthalmus_pictus Polyphysia_crassa Questa_paucibranchiata Sabella_pavonina Scalibregma_inflatum Sclerobregma_branchiata Travisia_brevis ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=28; TAXLABELS Amphiporus_sp Arenicola_marina Axiokebuita_sp Barantolla_lepte Branchiomaldane_vincenti Cirrophorus_lyra Clymenura_clypeata Dasybranchus_caducus Dodecaceria_concharum Hyboscolex_sp Lipobranchius_jeffreysii Lobochesis_bibranchia Macrochaeta_clavicornis Maldane_sarsi Neolipobranchius_sp Nereis_pelagica Notomastus_latericeus Ophelia_neglecta Ophelina_acuminata Owenia_fusiformis Phylo_norvegica Polyophthalmus_pictus Polyphysia_crassa Questa_paucibranchiata Sabella_pavonina Scalibregma_inflatum Sclerobregma_branchiata Travisia_brevis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1453] TITLE 28S; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=471; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Amphiporus_sp ------------------TATTACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGAATCCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGGAATAGCCCAGCGCTGAATCGCGAT-GCTTT---{CT}AGTATCT--GCGAAATGTAGCGTTTAGGTGAATC--------------GTCGGGGCGGTTGATCGTT-GCCCAAGTCCTCCTGAACGGGGC----TTTA-CCCATGGCGGGTGTCAGGCCTCT--GGA-GGCGTCGATCTCCGTCTCCCCGGTCTACCTTGGAGTCGGGTTGTTTGAGAATGCAGCCCAAAGCGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACTTGCACGAGTCCGATAGCCAACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAATAGTACGTGAAACCG-TTTATAGGTAAACGAATGGAGTCGTA-AAGTGGCCTAGATAGATTCAAC Arenicola_marina ACCCGCTGAATTTAAGCATATTATTAAGCGGAGGAAAAGGAACAAACTTGGATTCTCCCAGTAACGGCGAGTGAAGTGGGAAGTGCTCAGCGCTGAATCCCCCG-GCCTA--ACAGCCGAC--GGGAACTGTAGCGTTCGGGCCGGAC--------------CCTGCGTCTGCCTACCA{CG}G-GCCAAAGTCCTCCTGATCGGGGC----TTGT-CCTAGAGCTGGTGTCAGGCCCATATGGCT--GTGGCGGGT--GGCGCGCTGTTCGGCCCAAGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCAAAGCAGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCGAAATACAGGCACGAGTCCGATAGCGGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGTACGTGAAACCG-TTTAGAGGCAAACGAATGGGACCGTA-GCTTGTTCCCCGGCTATTCAAC Axiokebuita_sp ACCCGCTGAATTTAAGCATATTACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGGAAGAGCCCAGCACCGAATCCCCCG--TCGTCT-----CGGCGAGGGAACTGTGGGGTTGTGGACATCC--------------GCTGGGAGGGCG-GTCCGACGCTTGAGTTCTCTTGATTGGGGC----TCCA-CCCAGAGTGGGTGTCAGGCCTGTACGGCG--TCGGGTGCC--TTTCCTTGAGGTGTCCTCGGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCAAAGCGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTACATACCGACACGAGTCCGATAGCGGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGGACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGTACGTGAAACCG-TTCAGAGGCAAACGGATGGCACCGT-CAGGTCAGCCCGTGCAATTCAGC Barantolla_lepte ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Branchiomaldane_vincenti ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Cirrophorus_lyra ACCCGCTGAATTTAAGCATATCACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGGAACAGCCCAGCGCTGAATCCCTCG--CCTGC-GAGG-CGAC--GGGAACTGTGGCGTTTAGGAGAGTC--------------TCTG-CATTG-ACTTCGGGCGTCCGAGTCCTCCTGATCGGGGC----TTCA-CCCAGAGCGGGTGTCAGGCCTCTACGGCC--CCGTCCGTC--ATTGCTCTGAGCCTCCTTGGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCAAAGTGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACCGACACGAGTCCGATAGCGGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGTACGTGAAACCG-TTTAGAGGCAAACGGATAGGACCGCA-AATTAGGCTCGTGGAATTCAAC Clymenura_clypeata -------------------ATTACTAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACTTGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGCAGAGCCCATCACCGAATCCCCCG--CCCT--CGGGGCGGC--GGGAACTGTGGTGTTTAGGACGCCGA---------------CTGTGGCGATCGCTGGACGTCCGAGTCCTCCTGATTGGGGC----TTCA-CCCAGAGCGGGTGTCAGGCCTCTACGGCTTCCGCGGTCGTGGC--TGCAGGC--GTCCTTGGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCAAAGTGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACTGGCACGAGTCCGATAGCGGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTT-------------------------------------------------------------------------------------------- Dasybranchus_caducus ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Dodecaceria_concharum ACCCGCTGAATTTAAGCATATCACTAAGGGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGTGGGAAGAGCCCAGCACCGAATCCCCCA--CCCAA-AAGGGTGAT--GGGAGCTGTGGTGTTTAGGAGAACC--------------CTTG-CGTGG-AACTGCGGCATCCGAGTCTCTCTGATCGGGGC----TTTA-CCCATAGCGGGTGTTAGGCCTCTACGGTG--GCGCCGTTC--TTCGCTCGGAGCCTCCTTGGAGTCGGGTTGTTTGAGAATGCAGCCCAAAGTGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACCGACACGAGTCCGATAGCGGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAATAGTACGTGAAACCG-CTTAGAGGTAAACGGATGGGACCGCA-AAGTCTACCCGTGGAATTCAAC Hyboscolex_sp --------------------TCATTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGGAACAGCCCAGCACCGAATCGCCTG---GCGT-ACAGCTAGC--GTGAACTGTGGTGTTTAGGACAGCC---------------CCTGCCGGCTCGCGCGGACGCCCAAGTCCTCCTGATCGGGGC----CTTT-CCCATAGTGGGTGTTAGGCCTGTACTGGCGACCGTCGAGCCTGC-T?GGAGC--GTCCTGGGAGTCGGGTTGCTTGTGAGTGCAGCCCAAAGTGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATAC-AACAC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Lipobranchius_jeffreysii ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Lobochesis_bibranchia ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Macrochaeta_clavicornis ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Maldane_sarsi ------------------------------------------CCAACTTGGATTCCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGATTAGCCCAGCACCGAATCCCCCG--CCTCC-G-GGGCGGC--GGGAAATGTGGTGTTTAGGACGCTA--------------ACTGTGGCGA-CCGTCGGACGTCCGAGTCCTCCTGATTGGGGC----TTCA-CCCGGAGCGGGTGTCAGGCCTCTACGGCTT-CCG-CGGTC--GTGGCTGTAGGTGTCCTTGGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCAAAGTGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACTGGCACGAGTCCGATAGCGGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGTACGTGAAACCG-TTTAGAGGCAAACGGATGGGACCGCA-AGGTTGTCCCCGGCAATTCAAC Neolipobranchius_sp -----------------------------------AAAGAAACTAACGAGGATTCCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGGAATAGCCCAGCACCGAATCCTCCG--CTCGT-T-GGGCGGC--AGGAACTGTGGTGTTTAGGATACCA--------------GCTGAAGCGA-GTGCGGGTCGTCCGAGTCCTCCTGATCGGGGC----TTCA-CCCAGAGCGGGTGTCAGGCCTCTAGGGCCAGCCG-CA-TC--GTTTCTTTAGGTCTCCTCGGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCAAAGCGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACTGACACGAGTCCGATAGCGGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGGACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGTACGTGAAACCG-TTTAGAGTCAAACGGATGGGACCGCA-ATGTCGACCCGCGCAATTCAAC Nereis_pelagica -CCCGCTGAATTTAAGCATATCACTAAGCGGAGG-AAAGAAACTAACCAGGATTCCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGGAAGAGCCCAGCGCCGAATCCCCCCGGCCCCT---GCCGGGC--GGGAACTGTGGCGTTCGGGACGTCG--------------ATCGGC-GGTCGGCCACGGAGCCCGAGTCCTCCTGATCGGGGC----CCCT-CCCATGGCGGGTGTCAGGCCTCTACTGGCT-CCGGGCCGTCAGCCGTCTCGGCCGTCCCTAGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCAAAGCGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACGGGCGCGAGTCCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGGAGAGAGAGTTCAACAGTACGTGAAACCG-{AT}TCAGGGGCAAACGGACGGGACCGCA-AAGTCCGCCCCCGGCATTCAGC Notomastus_latericeus ACCCGCTGAATTTAAGCATATTACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACCAGGATTCCCTCGGTATCGGCGAGTGAAGCGGGAAGAGCCCAGCGCCGAATCCCCCG--CCCCTCGAGGGCGGC--GGGAGCTGTGGCGTGAGGGACGAGCCAT-----------GCCCACGTGCTGCTCCGGGCGCCTAGGTCCTCTTGACGGAGGCCGCATCGCATCCACAGAGGGTGTCAGGCCCGTGCGGCGC-CCGGCGGTCG-G-GGCGCGGCCAGTCTCCAGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCAAATGGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACGGTCGTGAGTCCGATAGCAGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGTACGTGAAACCGATTCAGAGGTAAACGGATGGGACCGCA-AACTCTCCCGTCGGAATTCAAC Ophelia_neglecta ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Ophelina_acuminata ACCCGCTGAATTTAAGCATATTACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGGAAGAGCCCAGCACCGAATCCCCCG--GCC-T-GTGT-CGGT--GGGAACTGTGGTGTTTAGGCCGGCT--------------ATTGTCGTCG-GTGCGGAGCGTCCGAGTCCTCCTGATCGGGGC----TTCA-CCCAGAGCGGGTGTCAGGCCTCTACGGCCCTCCGCCCGTC--G--GCTATCACCGTCCTTGGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCTAAGTGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACTGACACGAGTCCGATAGCGGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGTACGTGAAACCG-TTTAGAGGCAAACGGATGGGACCGCA-AAGTCGACCCGCGGAATTCAAC Owenia_fusiformis ACCCGCTGAATTTAAGCATATCACTAAGCGGAGGAAGAGAAACTAACAAGGATTCCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGGAAGAGCCCAGCACCGAATCGCCCG-GCCTCT---GGTCGGC--GCGAACTGTGGTGTTTAGGACAGCC--------------TCTGAGGCGGCGTAC-GGGTGTCCGAGTCCTTCAGAACGGGGC----TTTA-CCCACGGCGGGTGATAGGCCTCTACCGGCCCCCG-TCGCC--GTCCCTTTGAGCGTCCTCGGAGTCGGGTTGTTTGTAAATGCAGCCCAAAGTGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACGGACACGAGGCCGATAGCGGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAATAGTACGTGAAACCG-CTTAGAGGCAAACGGGTGGAACCGCAAAGTCTCCGGCTCGGGATTCAAC Phylo_norvegica ACCCGCTGAATTTAAGCATATCAGTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACGAGGATTCCCCTAGTAGCGGCGAGTGAAGCGGGAATAGCCCAGCACCGAATCCACTG--TCCGA-GAGG-CAGC--TGGAACTGTGGTGTTTGGGACGATC--------------GTTGGCG-AGTCTACTCGGCGTCTAAGTTCTCTCGAATGGGGC---ATCTATCCCACGGCGGGTGTCAGGCCCTTGGTG-ACGTCGGGTGA-G-TCGACTGCGGTCGTCCTAGGAGTCGGGTTGCTTGAGAATGCAGCCTAAAGCGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACTGGCACGAGTCCGATAGCGGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGTACGTGAAACCG-TCTAGAGGTAAACAGATGGGACCGCAATAGTCAGCCCGTGGGATTCAAC Polyophthalmus_pictus -------------------ATTACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGGAAGAGCCCAGC?CCGAATCCCCCG--GCCTT--G-GTCGGC--GGGAACTGTGGTGTTTAGGACGTCT---------------GTTGTCGCCGGCGTGGAGCGTCCGAGTCCTCCTGATCGGGGC----TTCA-CCCAGAGCGGGTGTCAGGCCTCTACGGCC-CTCCGCCCGGCGGC-TTTCG--CCGTCCTTGGAGTCGGGTTGTT?GGGAATGCAGCCCTAAG?GGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTA?ATACCGACACGAGTCCGATAGC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Polyphysia_crassa ACCCGCTGAATTTAAGCATATTACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGGATCAGCCCAGCACCGAATCCCTGG--TCGCT--AGCGCAGCCAGGGAACTGTGGCGTTGGGGACATCC--------------GCTTGCTTGGCATGCCGCGCGCTCGAGTTCTCTTGATTGGGGC----TTCG-CCCAGAGTGGGTGTCAGGCCTGTACGGCGCGTTTGGCTGC--TCGGCTTGAGGTGTCCCAGGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCTAAGTGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACTGACACGAGTCCGATAGCGGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGGACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGTACGTGAAACCG-TTTAGAGGCAAACGGATGGCACCGTGCAGTTCAGCCCACGCAATTCAGC Questa_paucibranchiata -------------------ATCAGTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACGAGGATTCCCTCAGTAGCGGCGAGTGAAGCGGGAAGAGCCCAGCACCGAATCCCGCG--TCCGT-AGGGGCGCC--GGGAACTGTGGTGTTCGGGACGACCGTCTTTGAGGGGACGGCCCTTGTCTCTGTCAGGCGTCCAAGTCCTCCTGAACGGGGC----CCCATCCCACGGCGGGTGTCAGGCCCTTGGTGACGCCGGGCCGCCCCTC-TCCGGGCACGTCCCAGGAGTCGGGTTGCTTGAGAATGCAGCCCAAAGCGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACGGGCACGAGTCCGATAGCGGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTT-------------------------------------------------------------------------------------------- Sabella_pavonina ------------------------------------AAGAAACTAACAAGGATTCCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGGAAGAGCCCAGCACCGAATCCCCCG--CCTCT-G-GG-CGGT--GTGAACTGTGGTGTTTGGGAGAGCC--------------TCTGGAGTGT-GTGGCTGGCGTCCGAGTCCTCCTGATTGGGGC----TTCA-CCCAGAGCGGGTGTCAGGCCTCTACGGCCC--CGGCCTCC--ACTTCTCTGAGCCTCCCCGGAGTCGGGTTGTTTGAGAATGCAGCCCAAAGTGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACTGACACGAGTCCGATAGCGGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGTACGTGAAACCG-TTTAGAGGCAAACGGATGGGACCGCA-AAGTCTGCCCGGGGAATTCAAT Scalibregma_inflatum ACCCGCTGAATTTAAGCATATTACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCTCTAGTAACGGCGAGTGAAGCAGGAATAGCCCAGCACCGAATCCCTGG--TTGCT--AACGCGGCCAGGGAACTGTGGCGTTGGGGACATCC--------------GCTTGCTTGGTGTACACGACGCTCGAGTTCTCTTGATTGGGGC----TTCG-CCCATAGTGGGTGTTAGGCCTGTACGGCG--TCGAGTCAC--CTGGCTTGAGGTGTCCCGGGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCTAAGCGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACCGACACGAGTCCGATAGCGGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGGACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGTACGTGAAACCG-TTTAGAGGCAAACGGATGGCACCGTGCAGTTGAGCCCGTGCAATTCAGC Sclerobregma_branchiata -----------------------------------AAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGGAAAAGCCCAGCACCGAATCCCTGG--TCGCT--GACGTGGCCAGGGAACTGTGGCGTTGGGGACATTC--------------GCTTGCTTGGCATGCCTCGCGCTCGAGTTCTCTTGATTGGGGC----TTCG-CCCATAGTGGGTGTCAGGCCTGTACGGCGCGTTGGGCTGC--TGAGCTTGAGGTGTCCCGGGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCTAAGCGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACCGACACGAGTCCGATAGCGGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGGACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGTACGTGAAACCG-TTTAGAGGCAAACGGATGGCACCGTGCAGTTCAGCCCGCGCAATTCAGC Travisia_brevis --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 28S) = N: 1-471; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 28S) = N: 1-471; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1454] TITLE 18S; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1895; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=. GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Amphiporus_sp --TCATATGCTTGTCTC-AAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTACAAACT--TTTACACGGTGAAACCGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATGGTTTATTAGATGGTGCTA---TCCTACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCGAC-AAAGCTCCGACCCT---------CGTTGGAAAGAGCGCTTTTATTAGATCA-AGACCAACCGGT-------------ATCGCTTTCGGGTGTGCCGTCG---------GATTGATGACTCTGGATAAC-CTTTGCCGATCGTATGGCCCC--GAGCCGACGACGCATCTTTCAAATGTCTGCCCTATCAACTTTCGTTGGTAGGTGATTTGCCTACCAAGGTGTTTACGGGTAACGGGGGATCAGGGTTCGATCCCGGAGAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCTTAGCACGAGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTCTTT--CGAGGCCCCGTAATTGGAATGAGTACACTCTAAACCCGTTAACGAGGATCTATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGCTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTCGGATTTCGGGCGGCGGCCAATGGTT--CGGCTCCGT-GCCGATACTGCTG-GT----CG------CGGCCT-CC-ACGCCGGTCGTCTTTCG---GTGCTCTTAACT-GAGT--GCCTTAAGTAGCCGGA-GCGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAGGCAGGCCTCGA----GCC-TGAAT-GATGGT-GCATGGAATAATGGAATAGGACCTCGG-TTCTATTTTGTTGGTCTTC-GGAACTGGAGGTAATGATTAATAGGGACGG-ACGGGGGCATTCGTATTGCGGCGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATCGTCGCAAGACGGACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTGATCAAGAGCGAAAGTCAGAGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTT-CTGACCATAAACGATGCC-AACTAGCGATCCGGCTCCGTTGCTTTATAAGACTGGCCGGGCAGCT-CCC-GGGAAACC--AAAGTCTATGGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACCGTAAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTT-CTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGA-GCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTAGCCGGCTAACTAGTCCGTCGATG-------------------------CCATATGT-----------CGTCGG-CG---CATACGACTTCTTAGAGGGACCAGTGGCGTTTAGCCACGCGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAACGTGTCCA--TTGTCCCGCCTCGAAAGGGGT-GGGTAATCCG-TTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGCAATTCTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAG-TAAGCGCGAGTCATAAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCG-TCGCTACTACCG-ATTGAATGGTTTAG-TGAG-GTCCTCGGACTGGTGG-CGTT----CGCATTCCTCGTGTTTGTGGACGTCCTGCCGGGAAGACGATC-GAACTTGATCATTTA Arenicola_marina 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Axiokebuita_sp 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Barantolla_lepte 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Branchiomaldane_vincenti 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Cirrophorus_lyra 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Clymenura_clypeata 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Dodecaceria_concharum 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Macrochaeta_clavicornis 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Maldane_sarsi 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Neolipobranchius_sp 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Nereis_pelagica 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Notomastus_latericeus 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Owenia_fusiformis 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Phylo_norvegica 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Polyphysia_crassa 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Questa_paucibranchiata 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Sabella_pavonina ---------------------------------------TAAGTACATACC--TTAACACGGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCATATGTTATTTCTTAGATCGTACAA---TCCTACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATC-AAAGCTCCGACCTC----------CGGGGAA-GAGCGCTTTTATTAGACCA-AAACCAATCGT-----C--CTCTC----------GGGG------GCGTCC------CGTTGGTGACTCTGAATAACTTTAAGCTGATCGCATGGCCTC--GTGCCGGCGACGTATCTTTCAAGTGTATGCCCTATCAATTGTCGAAGGTAAGTGACTTGCTTACCTTGATGATAACGGGTAGCGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTGACACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTCTTT--CGAGGCCCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCTATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTCGGGTCCGGACTGGCGGTCC-TAT-TCA--CGT---AGGTACTG-CT----TG---TTCCGACCT-CC-CCGCCGGTTTTCCCTTG---GTGCTCTTCACT-GAGT--GCCTTGGGTGGCCGGA-ACGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAGGCAGGCGTCTC----GCC-TGAAT-ATTGTT-GCATGGAATAATGGAATAGGACCTCGG-TTCTATTTTGTTGGTTTTC-GGGACTGGAGGTAATGATTAAGAGGGACAG-ACGGGGGCATTAGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATCGCCGTAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTATTCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTT-CTGACCATAAACGATGCC-AGCTAGGGATTGGCGGGAGTTGT-TTTTGTGACTCCGCCAGCACCT-TCC-GGGAAACC--AAAGCTTTTGGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGTTAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTT-CTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGA-GCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTAGTCTATTAAATAGTTCACGGTTC-------------------------TCGGTTA-------------GACCGTGT-------TAACTTCTTAGAGGGACAAGTGGCGTTTAGCCAACCGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAACGTGTATC---TGTTCTGGCCCGGAAGGTT--GGGTAACCCGCTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTATTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAG-TAAGCGCGAGTCATAAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCG-TCGCTACTACCG-ATTGGATGATTTAG-TGAG-GCCCTCGGACTGGTCC-GGA-CGGGGGGGTCGCCCCTCC---GTTT-AG-GCGCCGGGAAGACGGCC-AAACTTGATTATCTA Scalibregma_inflatum 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Sclerobregma_branchiata AGTCATATGCTTGTCTC-AAAGATTAAGCCATGCATGTGTAAGTCCATACT--ATACAACGGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTCAAGGTTCCTTAGATCGTACAA--ATCCTACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCAAG-CAAGCTCCGACCTTCC----------GGGAA-GAGCGCTTTTATTAGATCA-AAACCAATCGGT---------TTCCGCG---GTCAAACGTGGGGCCGTCC------TCTTGGTGACTCTGAATAACTTTGTGCTGATCGCAGCGGCCTC-GCGCCGGCGACGTATCTTTCAAATGTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGTGATATGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTGACACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGAGCGTCTAT--CGAGGCCTCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTCGGGCGCCGGCCGGCGGTCC-GCCCTC-ACCGGGC-GGC-ACTG-CCG---CGC--TCCGGGCCT-AC-CATCCGGTCGCGGCCGGTTTGTGCTCTTGGTT-GAGT--GCCCGGTCTGGCCGGA-ACGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCTCGAC---GGCC-TGAAT-AATGGT-GCATGGAATAATGGAATAGGACCTCGG-TTCTATTTTGTTGGTTTTC-GGAACTGGAGGTAATGATTAAGAGGGACAG-ACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAGTCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTT-CTGACCATAAACGATGCC-AACTAGCGATCCGCCGGTGTTGT-TCTCTTGACTCGGCGGGCAGCT-CCC-GGGAAACCTTTGAGTCTTTGGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACCGTGAGGATTGACAGATCGAGAGCTCTTT-CTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGA-GCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTAGCCTATTAACTAGTTCACCCGTA-------------------------CATGCTG-------------GCGGGTGT-------CAACTTCTTAGAGGGACAAGTGGCGTTTAGCCACGCGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAAGAATCAACGTGTGTC--CTCCCCTGGTCCGGTAGGATC-GGGTAACCCG-TTGAACCTCTTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTGTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAG-TAAGCGCGAGTCATAAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCG-TCGCTACTACCG-ATTGGATGGTTTAG-TGAG-ATCCTCGGATTGGTCCCGGCCGTGCTGGG-TTCGCCTGGCG-GCCGGT--GCGCCGAGAAGACGATC-AAACTTGATCATCTA Travisia_brevis AGTCATATGCTTGTCTC-AAAGATTAAGCCATGCATGTGTAAGTACAAACT--TTGACCCAGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATGGTTCCTTAGATCGTACA----TGCTACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCGAG-CAAGCTCCGACCTTTTCTT------AGGGAA-GAGCGCTTTTATTAGATCA-AAACCAATCGGGG-------------------------CTTGCCCCGTCC------TCTTGGTGACTCTGGATAACTTTTTGCGGATCGAATAGCCTTC-GTGCTGACGACGTATCTTTCAAATGTCTGCCCTATCAACTTTCGACGGTACGTGACATGCCTACCGTGGTTGTAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTGACACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGCGTCTAT--CGAGGCCCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTCAGGTTCCGGCTTGCGGTCCGCTTCACGG-CGG------TACTG-CT----CG---TCCTGACCT-AC-CCGCCGATTGTCCCTTT---ATCCTCTTCGTT-GAGT--GTAGAGGGTGGTCGGA-ACGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCGTTT----GCC-TGAAT-AATGGT-GCATGGAATAATGGAATAGGACCTCGG-TTCTATTTTGTTGGTTTTC-GGAAGATGAGGTAATGATTAAGAGGGACAG-ACGGGGGCATTCGTATTACGGTGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATCGCCGTAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTT-CTGACCATAAACGATGCC-GACTAGCGATCTGCCGGAGTTGT-TTCCTTGACTCGGCAGGCAGCT-TCC-GGGAAACC--AAAGTCTATGGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAATATCACCTGGCCCTGACACCGTAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGA-GCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTAGCCTATTAAATAGTTCATCGATT-------------------------CGTCGTGT--------------CGATGT-------CAACTTCTTAGAGGGACAAGTGGCGTTTAGCCACACGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCAGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAGTCAGCGTGTGTC----TTCCTGGTCCGGAAGGATT-GGGTAACCCG-TTGAACTTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGTAATTATTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAG-TAAGCGCGAGTCATAAGCTGGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCG-TCGCTACTACCG-ATTGGATGGTTTAG-TGAG-ATCCTCGGATTGGTCCCGGC-CCGTTGGGCAACCTTCGG---GCCGGT--GTGCCGAGAAGACGATC-AAACTTGATCCTCTA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 18S) = N: 1-1895; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 18S) = N: 1-1895; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7333; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Phylo_norvegica, 2 Polyophthalmus_pictus, 3 Polyphysia_crassa, 4 Questa_paucibranchiata, 5 Sabella_pavonina, 6 Scalibregma_inflatum, 7 Sclerobregma_branchiata, 8 Travisia_brevis, 9 Amphiporus_sp, 10 Arenicola_marina, 11 Axiokebuita_sp, 12 Barantolla_lepte, 13 Branchiomaldane_vincenti, 14 Cirrophorus_lyra, 15 Clymenura_clypeata, 16 Dasybranchus_caducus, 17 Dodecaceria_concharum, 18 Hyboscolex_sp, 19 Lipobranchius_jeffreysii, 20 Lobochesis_bibranchia, 21 Macrochaeta_clavicornis, 22 Maldane_sarsi, 23 Neolipobranchius_sp, 24 Nereis_pelagica, 25 Notomastus_latericeus, 26 Ophelia_neglecta, 27 Ophelina_acuminata, 28 Owenia_fusiformis; TREE Fig._3B_MP = [&R] (9,((((10,13),(15,22)),(((11,((3,7),6)),(18,19)),(23,8)),(12,(16,25)),14,17,(((20,26),27),2),5),21,24,28,(1,4))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7332; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Amphiporus_sp, 2 Arenicola_marina, 3 Axiokebuita_sp, 4 Barantolla_lepte, 5 Branchiomaldane_vincenti, 6 Cirrophorus_lyra, 7 Clymenura_clypeata, 8 Dasybranchus_caducus, 9 Dodecaceria_concharum, 10 Hyboscolex_sp, 11 Lipobranchius_jeffreysii, 12 Lobochesis_bibranchia, 13 Macrochaeta_clavicornis, 14 Maldane_sarsi, 15 Neolipobranchius_sp, 16 Nereis_pelagica, 17 Notomastus_latericeus, 18 Ophelia_neglecta, 19 Ophelina_acuminata, 20 Owenia_fusiformis, 21 Phylo_norvegica, 22 Polyophthalmus_pictus, 23 Polyphysia_crassa, 24 Questa_paucibranchiata, 25 Sabella_pavonina, 26 Scalibregma_inflatum, 27 Sclerobregma_branchiata, 28 Travisia_brevis; TREE Fig._3A_ML = [&R] (1,(20,((9,(4,(8,17))Capitellidae),(6,25,(22,(19,(12,18)))Opheliidae,((((10,11),(3,(23,(26,27)))),(15,28))Scalibregmatidae,((2,5)Arenicolidae,(7,14)Maldanidae))))),(16,(13,(21,24)))); END;