#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 23:46 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Fernandez brime S., Llimona X., Lutzoni F., & Gaya E. 2013. Phylogenetic study of Diploschistes (lichen-forming Ascomycota: Ostropales: Graphidaceae), based on morphological, chemical, and molecular data. Taxon, 62(2): 267-280. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S13666] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=73; TAXLABELS Acanthothecis_aurantiaca Acanthotrema_frischii Acarosporina_microspora Ampliotrema_auratum Chapsa_astroidea Chapsa_leprocarpa Chapsa_phlyctidioides Chapsa_pulchra Chroodiscus_coccineus Chroodiscus_defectus Coenogonium_leprieurii Coenogonium_luteum Diorygma_circumfusum Diorygma_sipmanii Diploschistes_caesioplumbeus_3 Diploschistes_cinereocaesius Diploschistes_diploschistoides_1 Diploschistes_gypsaceus_1 Diploschistes_gypsaceus_4 Diploschistes_interpediens_2 Diploschistes_muscorum_1 Diploschistes_ocellatus_4 Diploschistes_rampoddensis_3 Diploschistes_scruposus_1 Diploschistes_thunbergianus Dyplolabia_afzelii Fibrillithecis_halei Fissurina_insidiosa Glyphis_cicatricosa Glyphis_scyphulifera Graphis_chrysocarpa Graphis_ruiziana Graphis_scripta Gyalecta_hypoleuca Gyalecta_jenensis Gyalecta_ulmi Leiorreuma_hypomelaenum Leucodecton_subcompunctum Myriotrema_minutulum Myriotrema_olivaceum Nadvornikia_hawaiiensis Ocellularia_cavata Ocellularia_chiriquiensis Ocellularia_massalongoi Ocellularia_perforata Ocellularia_postposita Ocellularia_profunda Ocellularia_thelotremoides Phaeographis_brasiliensis Phaeographis_caesioradians Phaeographis_lecanographa Phlyctis_agelaea Phlyctis_argena Platygramme_australiensis Platygramme_caesiopruinosa Ramonia Sarcographa_fenicis Sarcographa_ramificans Stegobolus_fissus Stegobolus_subcavatus Stictis_populorum Stictis_radiata Thelotrema_bicinctulum Thelotrema_diplotrema Thelotrema_gallowayanum Thelotrema_lepadinum_2 Thelotrema_monosporum Thelotrema_nureliyum Thelotrema_subtile Thelotrema_suecicum Topeliopsis_muscigena Wirthiotrema_glaucopallens Wirthiotrema_trypaneoides ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=56; TAXLABELS Diploschistes_actinostomus_1 Diploschistes_actinostomus_2 Diploschistes_caesioplumbeus_1 Diploschistes_caesioplumbeus_2 Diploschistes_caesioplumbeus_3 Diploschistes_candidissimus_1 Diploschistes_candidissimus_2 Diploschistes_diacapsis_1 Diploschistes_diacapsis_2 Diploschistes_diacapsis_3 Diploschistes_diacapsis_4 Diploschistes_diacapsis_5 Diploschistes_diacapsis_6 Diploschistes_diploschistoides_1 Diploschistes_diploschistoides_2 Diploschistes_euganeus Diploschistes_gypsaceus_1 Diploschistes_gypsaceus_2 Diploschistes_gypsaceus_3 Diploschistes_gypsaceus_4 Diploschistes_gypsaceus_5 Diploschistes_interpediens_1 Diploschistes_interpediens_10 Diploschistes_interpediens_2 Diploschistes_interpediens_3 Diploschistes_interpediens_4 Diploschistes_interpediens_5 Diploschistes_interpediens_6 Diploschistes_interpediens_7 Diploschistes_interpediens_8 Diploschistes_interpediens_9 Diploschistes_muscorum_1 Diploschistes_muscorum_2 Diploschistes_muscorum_3 Diploschistes_muscorum_4 Diploschistes_muscorum_5 Diploschistes_ocellatus_1 Diploschistes_ocellatus_2 Diploschistes_ocellatus_3 Diploschistes_ocellatus_4 Diploschistes_ocellatus_5 Diploschistes_rampoddensis_1 Diploschistes_rampoddensis_2 Diploschistes_scruposus_1 Diploschistes_scruposus_10 Diploschistes_scruposus_11 Diploschistes_scruposus_2 Diploschistes_scruposus_3 Diploschistes_scruposus_4 Diploschistes_scruposus_5 Diploschistes_scruposus_6 Diploschistes_scruposus_7 Diploschistes_scruposus_8 Diploschistes_scruposus_9 Thelotrema_lepadinum_1 Thelotrema_suecicum_1 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M15253] TITLE Concatenated_nuITS_mtSSU_56taxa; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=1714; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Acanthotrema_frischii 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Acarosporina_microspora 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Ampliotrema_auratum 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Chapsa_astroidea 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Chroodiscus_defectus 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Coenogonium_leprieurii 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Coenogonium_luteum 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Diorygma_sipmanii 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Diploschistes_caesioplumbeus_3 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Diploschistes_cinereocaesius 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Diploschistes_gypsaceus_1 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Diploschistes_rampoddensis_3 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Diploschistes_thunbergianus 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Fissurina_insidiosa 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Glyphis_scyphulifera 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Graphis_chrysocarpa 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Graphis_ruiziana 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Gyalecta_hypoleuca 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Myriotrema_olivaceum 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Phaeographis_caesioradians 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Platygramme_australiensis 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Stictis_radiata 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Thelotrema_bicinctulum 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Thelotrema_diplotrema 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Thelotrema_gallowayanum 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Thelotrema_monosporum 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Thelotrema_nureliyum 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Thelotrema_subtile 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Thelotrema_suecicum 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Topeliopsis_muscigena 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Wirthiotrema_glaucopallens 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Wirthiotrema_trypaneoides 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; END; BEGIN SETS; CHARSET nucLSU.excluded (CHARACTERS = Concatenated_mtSSU_nuLSU_73taxa) = 1277-1357 1404-1424 1445-1447 1453-1473 1477-1478 1509-1532 1534-1537 1681-1685 1726-1787 1828-1873 1891-1916 1935-1938 1965-2023 2044-2063 2066-2073 2087-2092 2097-2129 2146-2163 2197-2251 2255-2307 2309-2369 2373-2429 2449-2506 2518-2577 2642-2805 2807-2876 2891-3320 3347-3404 3408-3461 3464-3516 3518-3567 3581-3591 3600-3658 3668-3670 3695-3696 3771-3773 3817-5526; CHARSET mtSSU (CHARACTERS = Concatenated_mtSSU_nuLSU_73taxa) = 1-1276; CHARSET nuLSU (CHARACTERS = Concatenated_mtSSU_nuLSU_73taxa) = 1277-5526; CHARSET mitSSU.excluded (CHARACTERS = Concatenated_mtSSU_nuLSU_73taxa) = 1-183 188-231 268-275 320-359 365-390 411-433 438-442 452-468 488-505 553-714 847-1004 1059-1065 1082-1137 1181-1276; END; BEGIN TREES; TITLE Graphidaceae_Bayesian_result_from_mtSSU_nuLSU_73taxa; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Ampliotrema_auratum, 2 Acanthotrema_frischii, 3 Acarosporina_microspora, 4 Acanthothecis_aurantiaca, 5 Chroodiscus_coccineus, 6 Chroodiscus_defectus, 7 Chapsa_astroidea, 8 Chapsa_leprocarpa, 9 Chapsa_phlyctidioides, 10 Chapsa_pulchra, 11 Coenogonium_leprieurii, 12 Coenogonium_luteum, 13 Diploschistes_caesioplumbeus_3, 14 Diploschistes_diploschistoides_1, 15 Diploschistes_cinereocaesius, 16 Diploschistes_gypsaceus_1, 17 Diploschistes_gypsaceus_4, 18 Diploschistes_interpediens_2, 19 Diploschistes_muscorum_1, 20 Diploschistes_ocellatus_4, 21 Diploschistes_rampoddensis_3, 22 Diploschistes_scruposus_1, 23 Diploschistes_thunbergianus, 24 Dyplolabia_afzelii, 25 Diorygma_circumfusum, 26 Diorygma_sipmanii, 27 Fibrillithecis_halei, 28 Fissurina_insidiosa, 29 Glyphis_cicatricosa, 30 Glyphis_scyphulifera, 31 Graphis_chrysocarpa, 32 Graphis_ruiziana, 33 Graphis_scripta, 34 Gyalecta_hypoleuca, 35 Gyalecta_jenensis, 36 Gyalecta_ulmi, 37 Leiorreuma_hypomelaenum, 38 Leucodecton_subcompunctum, 39 Myriotrema_minutulum, 40 Myriotrema_olivaceum, 41 Wirthiotrema_trypaneoides, 42 Nadvornikia_hawaiiensis, 43 Ocellularia_cavata, 44 Ocellularia_chiriquiensis, 45 Ocellularia_massalongoi, 46 Ocellularia_perforata, 47 Ocellularia_postposita, 48 Ocellularia_profunda, 49 Ocellularia_thelotremoides, 50 Phaeographis_brasiliensis, 51 Phaeographis_caesioradians, 52 Phaeographis_lecanographa, 53 Phlyctis_agelaea, 54 Phlyctis_argena, 55 Platygramme_australiensis, 56 Platygramme_caesiopruinosa, 57 Ramonia, 58 Sarcographa_fenicis, 59 Sarcographa_ramificans, 60 Stegobolus_fissus, 61 Stictis_populorum, 62 Stictis_radiata, 63 Stegobolus_subcavatus, 64 Thelotrema_bicinctulum, 65 Thelotrema_diplotrema, 66 Thelotrema_gallowayanum, 67 Wirthiotrema_glaucopallens, 68 Thelotrema_lepadinum_2, 69 Thelotrema_monosporum, 70 Thelotrema_nureliyum, 71 Topeliopsis_muscigena, 72 Thelotrema_subtile, 73 Thelotrema_suecicum; TREE con_50_majrule = [&R] ((3:0.058884,61:0.03314,62:0.046326)1.00:0.0319295,(((57:0.073232,(11:0.106802,12:0.049947)1.00:0.127805)0.58:0.013137,(36:0.055616,(34:0.056925,35:0.040595)1.00:0.063705)1.00:0.029877)0.90:0.016038,((53:0.004593,54:0.004181)1.00:0.101263,((24:0.023662,28:0.034233)1.00:0.053996,((31:0.047423,32:0.083607)1.00:0.042168,((4:0.077958,((48:0.060005,(27:0.037663,40:0.05221)0.58:0.006176)1.00:0.011214,(60:0.043593,((1:0.033455,44:0.05481):0.014279,(63:0.022004,(39:0.010483,47:0.030211)1.00:0.021618,((43:0.050978,45:0.048608)0.76:0.010962,(46:0.028891,49:0.015421)1.00:0.028808)0.94:0.010519)0.78:0.00847)1.00:0.009953)0.65:0.010821)0.86:0.014153)0.90:0.010984,((33:0.103184,(5:0.020607,6:0.119407)0.96:0.081517)0.87:0.017261,(((25:0.05886,26:0.030757)1.00:0.037103,(29:0.005532,30:0.024121)1.00:0.038114)0.89:0.008161,((52:0.068495,(50:0.034238,51:0.009529)1.00:0.01598)0.90:0.009858,((55:0.015882,56:0.027689)1.00:0.021518,(58:0.020071,(37:0.010322,59:0.006763)1.00:0.019816)1.00:0.036599)0.99:0.011844)0.87:0.010555)0.71:0.00567)0.82:0.008624,((71:0.045893,((41:0.012882,67:0.02072)1.00:0.018534,(42:0.04439,64:0.032263)1.00:0.025848)0.58:0.006362)0.65:0.008804,(2:0.101504,(20:0.02826,(14:0.003897,(13:0.004844,((15:0.004392,21:0.010062)0.65:0.002946,(19:0.003043,(16:0.001353,17:0.001444,18:0.001401,22:0.001356,23:0.008267)0.52:0.002797)0.58:0.00333)0.89:0.008354)0.67:0.006636)1.00:0.053809)1.00:0.022628)0.69:0.007851,((7:0.10906,(38:0.149111,(10:0.041954,(8:0.014805,9:0.032305)1.00:0.042238)1.00:0.055647)0.96:0.024764)0.68:0.013251,(66:0.05724,(70:0.013131,(65:0.025775,(72:0.028694,(69:0.025524,(68:0.009718,73:0.022447)1.00:0.011805)1.00:0.011438)0.99:0.010205)0.67:0.005283)1.00:0.017336)1.00:0.043453)0.96:0.055088)0.52:0.007973)0.78:0.009943)0.67:0.041893)1.00:0.033994)1.00:0.024478)1.00:0.0319295); END; BEGIN TREES; TITLE Diploschistes_MP_strict_consensus_from_nuITS_mtSSU_56taxa; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Diploschistes_actinostomus_1, 2 Diploschistes_actinostomus_2, 3 Diploschistes_caesioplumbeus_1, 4 Diploschistes_caesioplumbeus_2, 5 Diploschistes_caesioplumbeus_3, 6 Diploschistes_candidissimus_1, 7 Diploschistes_candidissimus_2, 8 Diploschistes_diacapsis_1, 9 Diploschistes_diacapsis_3, 10 Diploschistes_diacapsis_2, 11 Diploschistes_diacapsis_6, 12 Diploschistes_diacapsis_4, 13 Diploschistes_diacapsis_5, 14 Diploschistes_diploschistoides_2, 15 Diploschistes_diploschistoides_1, 16 Diploschistes_euganeus, 17 Diploschistes_gypsaceus_3, 18 Diploschistes_gypsaceus_4, 19 Diploschistes_gypsaceus_5, 20 Diploschistes_gypsaceus_1, 21 Diploschistes_gypsaceus_2, 22 Diploschistes_rampoddensis_2, 23 Diploschistes_rampoddensis_1, 24 Diploschistes_interpediens_1, 25 Diploschistes_interpediens_2, 26 Diploschistes_interpediens_3, 27 Diploschistes_interpediens_9, 28 Diploschistes_interpediens_4, 29 Diploschistes_interpediens_5, 30 Diploschistes_interpediens_6, 31 Diploschistes_interpediens_7, 32 Diploschistes_interpediens_8, 33 Diploschistes_interpediens_10, 34 Diploschistes_muscorum_4, 35 Diploschistes_muscorum_5, 36 Diploschistes_muscorum_1, 37 Diploschistes_muscorum_2, 38 Diploschistes_muscorum_3, 39 Diploschistes_ocellatus_1, 40 Diploschistes_ocellatus_5, 41 Diploschistes_ocellatus_2, 42 Diploschistes_ocellatus_3, 43 Diploschistes_ocellatus_4, 44 Diploschistes_scruposus_11, 45 Diploschistes_scruposus_1, 46 Diploschistes_scruposus_3, 47 Diploschistes_scruposus_10, 48 Diploschistes_scruposus_2, 49 Diploschistes_scruposus_4, 50 Diploschistes_scruposus_5, 51 Diploschistes_scruposus_6, 52 Diploschistes_scruposus_7, 53 Diploschistes_scruposus_8, 54 Diploschistes_scruposus_9, 55 Thelotrema_lepadinum_1, 56 Thelotrema_suecicum_1; TREE Strict = [&R] (((((((1,2),(((3,4,5),(6,7)),16)),(14,15)),(((((((8,10),9),((17,18,19,20,21,49,50,54),(47,48,51)),(26,27)),((((24,29,32),(25,28,30,31,33)),(37,38),52,53),((34,35),36))),(44,45,46)),(11,12,13)),(22,23))),((39,(40,41)),(42,43))),56),55); END;