#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 7:57 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Steppan S., Adkins R., Spinks P., & Hale C. 2005. Multigene phylogeny of the Old World mice, Murinae, reveals distinct geographic lineages and the declining utility of mitochondrial genes compared to nuclear genes. Molecular Phylogenetics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1366] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=44; TAXLABELS Acomys_ignitus Aethomys_namaquensis Anisomys_imitator Apodemus_agrarius Apodemus_semotus Apomys_hylocoetes Archboldomys_luzonensis Arvicanthis_somalicus Batomys_granti Berylmys_bowersi Chrotomys_gonzalesi Conilurus_penicillatis Dacnomys_millardi Deomys_ferrugineus Gerbillurus_vallianus Gerbillus_gerbillus Hybomys_univattus Hylomyscus_parvus Leggadina_forresti Lemniscomys_barbarus Lophuromys_flavopunctatus Malacomys_longipes Mastomys_natalensis Maxomys_bartelsii Meriones_shawi Mus_musculus Niviventer_culturatus Oenomys_hypoxanthus Parotomys_sp. Phloemys_sp. Praomys_jacksoni Praomys_tullbergi Pseudomys_australis Rattus_exulans Rattus_norvegicus Rhabdomys_pumilio Rhynchomys_isarogensis Stochomys_longicaudatus Sundamys_muelleri Tatera_robusta Taterillus_emini Uranomys_ruddi Uromys_caudimaculatus Zelotomys_hildegardeae ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=37; TAXLABELS Aethomys_namaquensis Anisomys_imitator Apodemus_agrarius Apodemus_semotus Apomys_datae Apomys_hylocoetes Archboldomys_luzonensis Arvicanthis_somalicus Batomys_granti Chrotomys_gonzalesi Conilurus_penicillatis Dacnomys_millardi Gerbillus_gerbillus Hybomys_univattus Hylomyscus_parvus Leggadina_forresti Lemniscomys_barbarus Malacomys_longipes Mastomys Maxomys_bartelsii Mus_musculus Niviventer Oenomys Parotomys_sp Phloemys Praomys_jacksoni Praomys_tullbergi Pseudomys_australis Rattus_exulans Rattus_norvegicus Rhynchomys_isarogensis Stochomys_longicaudatus Sundamys_muelleri Thallomys_paedulcus Uranomys_ruddi Uromys_caudimaculatus Zelotomys_hildegardeae ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=66; TAXLABELS Aethomys_namaquensis Anisomys_imitator Apodemus_agrarius Apodemus_semotus Apomys_datae Apomys_hylocoetes_147871 Apomys_hylocoetes_148149 Archboldomys_luzonensis Arvicanthis_somalicus Batomys_granti Chrotomys_gonzalesi Conilurus_penicillatis Dacnomys_millardi Gerbillus_gerbillus Hybomys_univattus_SP10553 Hybomys_univattus_SP10599 Hylomyscus_parvus_SP10502 Hylomyscus_parvus_SP10514 Hyomys_goliath Leggadina_forresti Lemniscomys_barbarus_SP5204 Lemniscomys_barbarus_SP5213 Leporillus_conditor Malacomys_longipes_SP10597 Malacomys_longipes_SP10598 Mastacomys_fuscus Mastomys_natalensis_166943 Mastomys_natalensis150104 Maxomys_bartelsii Mesembriomys_gouldii Mus_caroli Mus_musculus Mus_musculus_AF196855 Mus_pahari Mus_spicilegus Niviventer_culteratus Notomys_fuscus Oenomys_hypoxanthus_SP5096 Oenomys_hypoxanthus_SP5097 Parotomys Phloemys_931080 Praomys_jacksoni_SP5001 Praomys_jacksoni_SP5002 Praomys_tullbergi_SP10511 Praomys_tullbergi_SP10523 Pseudomys_australis_35938 Pseudomys_australis_35951 Rattus_exulans Rattus_norvegicus Rattus_norvegicus_AF196852 Rattus_villosissimus Rhynchomys_isarogensis_EAR1840 Rhynchomys_isarogensis_EAR1857 Stochomys_longicaudatus_SP10564 Stochomys_longicaudatus_TK21562 Sundamys_muelleri Taterillus_emini Thallomys_paedulcus_SP5269 Thallomys_paedulcus_SP5270 Uranomys_ruddi_SP11148 Uranomys_ruddi_SP11151 Uromys_caudimaculatus Xeromys_myoides Zelotomys_hildegardeae_SP5147 Zelotomys_hildegardeae_SP5149 Zyzomys_argurus ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa4; DIMENSIONS NTAX=45; TAXLABELS Acomys_ignitus Aethomys_namaquensis Anisomys_imitator Apodemus_agrarius Apodemus_mysticinus Apodemus_semotus Arvicanthis_somalicus Batomys_granti Berylmys_bowersi Conilurus_penicillatis Dacnomys_millardi Desmodillus_auricolarus Gerbillus_gerbillus Hybomys_univattus Hylomyscus_parvus Leggadina_forresti Lemniscomys_barbarus Leopoldamys_sabanus Lophuromys_flavopunctatus Malacomys_longipes Mastomys_hildebranti Maxomys_bartelsii Maxomys_surifer Meriones_shawi Mus_musculus Niviventer_cremoriventer Niviventer_culterotus Oenomys_hypoxanthus Parotomys_sp. Phloemys_sp. Praomys_jacksoni Praomys_taitae Praomys_tullbergi Pseudomys_australis Rattus_exulans Rattus_norvegicus Rhabdomys_pumilio Rhynchomys_isarogensis Stochomys_longicaudatus Sundamys_muelleri Tatera_robusta Taterillus_emini Uranomys_ruddi Uromys_caudimaculatus Zelotomys_hildegardeae ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa5; DIMENSIONS NTAX=51; TAXLABELS Acomys_ignitus Aethomys_namaquensis Anisomys_imitator Apodemus_agrarius Apodemus_mysticinus Apodemus_semotus Apomys_datae Apomys_hylocoetes Archboldomys_luzonensis Arvicanthis_somalicus Batomys_granti Berylmys_bowersi Chrotomys_gonzalesi Conilurus_penicillatis Dacnomys_millardi Deomys_ferrugineus Desmodillus_auricolarus Gerbillurus_vallianus Gerbillus_gerbillus Hybomys_univattus Hylomyscus_parvus Leggadina_forresti Lemniscomys_barbarus Leopoldamys_sabanus Lophuromys_flavopunctatus Malacomys_longipes Mastomys Maxomys_bartelsii Maxomys_surifer Meriones_shawi Mus_musculus Niviventer_cremoriventer Niviventer_culterotus Oenomys_hypoxanthus Parotomys_sp. Phloemys_sp. Praomys_jacksoni Praomys_taitae Praomys_tullbergi Pseudomys_australis Rattus_exulans Rattus_norvegicus Rhabdomys_pumilio Rhynchomys_isarogensis Stochomys_longicaudatus Sundamys_muelleri Tatera_robusta Taterillus_emini Uranomys_ruddi Uromys_caudimaculatus Zelotomys_hildegardeae ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa6; DIMENSIONS NTAX=49; TAXLABELS Acomys_ignitus Aethomys_namaquensis Anisomys_imitator Apodemus_agrarius Apodemus_mysticinus Apodemus_semotus Apomys_hylocoetes Arvicanthis_somalicus Batomys_granti Berylmys_bowersi Conilurus_penicillatis Dacnomys_millardi Deomys_ferrugineus Desmodillus_auricolarus Gerbillurus_vallianus Gerbillus_gerbillus Hybomys_univattus Hylomyscus_parvus Leggadina_forresti Lemniscomys_barbarus Leopoldamys_sabanus Lophuromys_flavopunctatus Malacomys_longipes Mastomys_hildebranti Maxomys_bartelsii Maxomys_surifer Meriones_shawi Mus_musculus Niviventer_cremoriventer Niviventer_culterotus Oenomys_hypoxanthus Parotomys_sp. Phloemys_sp. 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Aethomys_namaquensis ?????????????????????GGCATTCATGATAACTACAAACCCGACTTCTACAATGATGACTCCTGGGTTGAGTTCATTGAGCTAGATATTGATGACGTGGAT------------GAGAAGACTGAAGGGTCAGACACAGACAGACTTCTAAGCGATGACCAT---GAGAAATCAGCTGGTATC---CTTGGAGCAAAGGATGACGATTCTGGACGTACCAGCTGTTATGACCCTGAC---ATTTTGGATACTGATTTCCACACCAGTGACATGTGTGATGGTACCTTGGAGTTTGCTCAGCCACAGAAGTTAAATGCGGAAACTGATCTCTTGTGCCTTGACCAGAAGAATCTGAAGAACTCGCCT------TATGATGCTTCCCTTGGC---TCCCTGCACCCGTCCATTGCCCTGACAGGGGAA---GATAAGCCACAGCCACTTCTGGGCAGTGAAACTGAGTCAATCCACCAACTGACCTCTAC{AC}CCAATGAGCAATCCCGTGTCACTGGCAAACATTGACTTTTATGCCCAAGTGAGCGACATTACACCAGCAGGTGGTGTAGTCCTTTCCCCAGGCCAAAAGATTAAGGCA---GGG---ATAGCCCAGGGCAACACCCAG---------CTGGAGGTGGCC---ACGCCCTGCCAAGAGAATTACAGCATGAACAGTGCCTACTTCTGTGAGTCAGATGCCAAAAAGTGCATCTCTGTGGCCCCTTGCATGGAGGCCACGTCATGTGTAAAACCAAGCTTTAATCAAGAGGACATTTACATCACCACAGAAAGCCTTACCACTACTCCCCGGATGTCCGAGACAGCAGATACTGCTCCAGATGCTGAGATGCCTGTCCCAGACTACACCACGGTTCACACCGTGCAGTCTCCAAGGGGCCTTATACTCAATGCGACTGCTTTG------CCTTTGCCTGACAAAAAGAAGTTTCTCTCCTCATGTGGCT?? Anisomys_imitator ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????AGTTCATTGAGCTAGATATTGATGACCCGGAT------------GAGAAGACTGAAGGGTCAGACACAGACAGACTTCTAAGTGATGACCAT---GAGAAATCAGCTGGTATC---CTTGGAGCAAAGGATGATGATTCTGGACGTACCAGCTGTTATGACCCTGAC---ATTTTGGATACTGATTTCCACACCAGTCACATGTGTGATGGTACCTCGGAGTTTGCTCAGCCAGAGGTGTTAAAATCAGAAGCTGATCTCTTGTGCCTTGACCAGAAGAATCTGAAGAACTCGCCT------TATGATGCTTCCCTTGGC---TCTCTGCACCCCTCCATTACCCTGACAGTGGAA---GACAAGCCACAGCCACTTCTAGGCAGTGAAACCGAGTCAACCCACCAACTCGCCTCTACACCGATGAGCAATCCCGCGTCACTGGCAAACATTGACTTTTATGCCCAAGTAAGTGATATTACACCAGCAGGTGGTGTAGTCCTTTCCCCAGGCCAAAAGATTAAGGCA---AGG---ATAGCCCACGGCAACACCCAG---------CAGGAGGTGGCC---ACGCCCTGCCAAGAAAATTACAGCATGAACAGTGCCTATTTCTGTGAGTCAGATGCCAAAAAGTGCATCTCTGTGGCCCCTCGCATGGAGGCCACGTCATGTGTAAAACCAAGCTTTAACCAAGAGGACATTTACATCACCACAGAAAGCCTTACCACGACTGCCCGGATGTCCGAGACAGCAGATACTGATCCAGATGCTGAGATGCCTGTCCCAGACTACACCACGGTTCACACAGTGCAGTCTCCAAGGGGCCTTATACTCAACGCGACTGCTTTG------CCTTTGCCTGACAAAAAGAACTTTCTCTCCTCCTGTGGCTA? Apodemus_agrarius ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTTCATTGAGCTAGATATTGATGACGCCGATGCTGAT------GAGAAGACTGAAGGGTCAGACACAGACAGACTTCTAAGTGATGA{CT}CAT---GAGAAATCAGCTGGTACC---CTTGGCGCAAAGGATGATGATTCTGGTCGTACCAGCTGTTATGACCCTGAC---ATTTTGGATTCTGATTTCCACACCAGTGACATGTGTGATGGTACCTCGGAGTTTGCTCAGCCACAGAAGTTAAAAGCGGAAGCTGATCTCTTGTGCCTTGACCAGAGGAATCTGAAGAACTTGCCT------TA{CT}GATGCTTCCCTTGGC---TCTCTGCACCCCTC{CT}GTTACCCTGACGGTGGAA---{AG}ACAAGCCCCAGCCACTTTCGAGCGGTGAAACTGAGTCAGCTCACCCACTCGCCTCTACACCGACGAGCAGTCCCGCGTCACTGGCAAACATTGACTTTTATGCCCAAGTAAGCGACATTACACCAGCAGGTGGTGTAGTCCTTTCCCCAGGCCAAAAGATTAAGGCA---GGG---ATAGCCCAGGGCAACACCCAG---------CCGGAAGTGGCC---AC{AG}CCCTGCCAAGACAATTACAGCATGAATAGTGCCTACTTCTGTGAGTCAGATGCCAAAAAGTGCATCGCTGTGGGCCCTAGAAAGGAGGCCACGTCATGTGTAAA{AG}CCAAGCTTTAACCAAGAGGACATTTACATCACCACAGAAAGCCTTACCACTACTGCCCGGATGTCCGAGACAGCAGATACTGCTCCCGAT{CG}CTGAGATGCCTGTCCCAGACTACACCACGGTTCACACTGTGCAGTCTCCAAGGGGCCTTATACTCAATGCGACTGCT-TG------CCTTTGC??????????????????????????????????? Apodemus_mysticinus ????????????????????AGGCATTCATGATAACTACAAACCCGACTTCTACAATGATGACTCCTGGGTTGAGTTCATTGAGCTTGACATTGATGACGCAGATGCGGATGCGGATGAGAAGACTGAAGGGTCAGACACGGACAGACTTCTAAGTGATGACCAT---GAGAAATCAGCTGGTACC---CTAGGAGCAAAGGATGATGATTCTGGTCGTACCAGCTGTTATGACCCTGAC---ATTTTGGATACTGATTTCCACACCAGTGACATGTGTGATGGTACCTCGGAGTTTGCTCAGCCACAGAAGTTAAAAGCGGAAGCTGATCTCTTGTGCCTTGACCAGAAGAATCTGAAGAACTTGCCT------TATGATGCTTCCCTTGGC---TCTCTGCACCCCTCCATTACCCTGACAGTGGAA---GGCAAGCCACAGCCGCTTTCGAGCAGTGAAACTGAGTCAGCTCACCAACTCGCCTCTACACCGATGAGCAGTCCTGCATCACTGGCAAACATTGACTTTTATGCTCAAGTAAGCGACATTACACCAGCAGGCGGTGTAGTCCTTTCCCCAGGCCAAAAGATTAAGGCA---GGG---ATAGCCCAGGGCAACACCCAG---------CCGGAAGTGGCC---ACGCCCTGCCAAGACAATTACAGTATGAATAGTGCCTACTTCTGTGAGTCAGATGCCAAAAAGTGCATCGCTGTGGCCCCTAGAAAGGAGACCACGTCATGTGTAAAACCAAGCTTTAACCAAGAGGACATTTACATCACCACAGAAAGCCTTACCACTACTGGCCGGATGTCCGAGACAGCAGATATTGCTCCGGATGCTGAGATGCCTGTCCCAGACTACACCACGGTTCACACTGTGCAGTCTCCAAGGGGCCTTATACTCAATGCGACTGCTTTG------CCTTTGCCTGACAAAAAGAAGTTTCTCTCCTCATGTGGCTA? Apodemus_semotus ????????????????????????????????????????????????????????????????????????GAGTTCATTGAGCTAGATATTGATGACGCGGATGTGGAT------GAGAAGACTGAAGGGTCAGACACAGACAGACTTCTAAGTGATGACCAT---GAGAAATCAGCTGGTACC---CTTGGAGCAAAGGATGATGATTCTGGTCGTACCAGCTGTTATGACCCTGAC---ATTTTGGATACTGATTTCCACACCAGTGACATGTGTGATGGTACCTCGGAGTTTGCTCAGCCACAGAAGTTAAAAGCGGAAGCTGATCTCTTGTGCCTTGACCAGAAGAATCTGAAGAACTTGCCT------TATGATGCTTCCCTTGGC---TCTCTGCACCCCTCCGTTACCCTGACAGTGGAA---GACAAGCCACAGCCACTTTTGAGCAGTGAAACTGAGTCAACTCACCAACTTGCCTCTACACCGATGAGCAGTCCCGCGTCACTGGCAAACATTGACTTTTATGCCCAAGTAAGCGACATTACACCAGCAGGTGGTGTAGTCCTTTCCCCAGGCCAAAAGATTAAGGCA---GGG---ATAGCCCAGGGCAACACCCAG---------CTGGAAGTGGCC---ACGCCCTGCCAAGACAATTACAGCATGAATAGTGCCTACTTCTGTGAGTCAGATGCCAAAAAGTGCATCGCTGTGGCCCCTAGAAAGGAGGCCACGTCATGTGTAAAACCAAGCTTTAACCAAGAGGACATTTACATCACCACAGAAAGCCTTACCACTACTGCCCGGATGTCCGAGACAGCAGATACTGCTCCGGATGCTGAGATGCCTGTCCCAGACTACACCACGGTTCACACTGTGCAGTCTCCAAGGGGCCTTATACTCAATGCGACTGCTT-G------CCTT?????????????????????????????????????? Apomys_hylocoetes ????????????????????AGGCATTCATGATAACTACAAATCCGACTTCTATAATGATGACTCCTGGGTTGAGTTCATTGAGCTAGATATTGATGACCCGGAT------------GAGAAGACTGAAGGGTCAGACACAGACAGACTTCTAAGTGATGACCAT---GAGAAATCAGCTGGTATC---CTTGGAGCAAAGGATGATGATTCTGGACGGACCAGCTGTTATGACCCTGAC---ATTTTGGATACTGATTTCCACACCAGTGACATGTGTGATGGTACCTCGGAATTTGCTCAGCCAGAGATGTTAAAATCGGAAGCTGATCTCTTGTGCCTTGACCAGAAGAATCTGAAGAACTCGCCT------TATGATGCTTCCCTTGGC---TCTCTGCACCCCTCCATTACCCTGACAGTGGAA---GACAAGCCACAGCCACTTCTGGGCAGTGAAACTGAGTCAACCCACCAACTCGCCTCTATACGGATGAGCAATCCTGCATCACTGGCAAACATTGACTTTTATGCCCAAGTAAGTGACATTACACCAGCAGGTGGTGTAGTCCTTTCCCCAGGCCAAAAGATTAAGGCA---GGG---ATAGCCCAGGGCAACACCCAG---------CTGGAGGTGGCC---ACGTCCTGCCAAGAAAATTACAGCATGAACAGTGCCTACTTCTGTGAGTCAGATGCCAAAAAGTGCATCTCTGTGGCCCCTCGCATGGAGGCCACGTCATGTGTAAAACCAAGCTTTAACCAAGAGGACGTTTACATCACCACAGAAAGCCTTACCACTACTGCCCGGATGTCCAAGACAGCAGAGACTGCTCCTGATGCTGAGATGCCTGTCCCAGACTACACCACGGTTCACACCGTGCAGTCTCCAAGGGGCCTTATACTCAACGCAACTGCTTTG------CCTTTGCCTGACAAAAAGAAGTTTCTCTCCTCATGTGGCTAT Arvicanthis_somalicus ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATATTGATGACGCGGAT------------GAGAAGACTGAAGGGTCAGACACAGACAGACTTCTAAACGATGACCAT---GAGAAGTCAGCTGGTATC---CTTGGAGCAAAGGATGACGATTCTGGACGTACCAGCTGTTATGACCCTGAC---ATTTTGGATACTGATTTCCACACCAGTGACGTGTGTGATGGTACCTTGGAGTTTGCTCAGCCACAGAAGTTAAATGCGGAAGCTGATCTCTTGTGCCTTGACCAGAAGAATCTGAAGAACTCGCCT------TACGATGCTTCCCTTGGC---TCC------------------CTGACAGGCGAA---GATAAGCCACAGCCACTTCTGGGCAGTGAAACTGAGTCAACCCACCAACTCACCTCTACACTGGTGAGCAATCC{CT}GTGTCACTGGCAAACATTGACTTTTATGCCCAAGTAAGTGACATTACACCAGCAGGTGGTGTAGTCCTTTCTCCAGGCCAAAAGATTAAGGCA---GGG---ATAGCCCAGGGCAACACCCAG---------CTGGAGGTGGCC---ACGCCCTGCCAAGAGAATTACAGCATGAACAGTGCCTACTTCTGTGAGTCAGATGCCAAAAAGTGCATCGCTGTGGCCCCTTGCATGGAGGCCACGTCATGTGTAAAACCAAGCTTTAACCAAGAGGACATTTACATCACCACAGAAAGCCTTACCACTACTCCCCGGATGTCCGAGACAGCAGATACTGCTCCAGATACTGAGATGCCTGTCCCAGACTACACCACGGTTCACACCGTGCAGTCTCCAAGGGGCCTTATACTCAACGCGACTGCTTTG------CCTTTGCCTGACAAAAAGAAGTTTCTCTCCTCGTG??????? 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Gerbillus_gerbillus ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GAGCTAGATATTGATGACCCAGAT------------GAAAAGACTGAAGGGTCAGACACAGACAGACTTCTAAGCAAAGACCAT---GAGAAATCAGTTAATATC---CTTGGAGCAAAAGACGATGATTCCGGACGTACCAGCTGTTATGATCCTGAA---ATCTTGGACACTGATTTCCACACCAGTGACATGGGTGATGGTACCTCACAGATTACTCAGTCACAGAAGTTAAGAGCGGAAGCCGATCTCTTGTGCCTTGACCAGAAGAATCTAAAAAGCTCACCT------TATGATGCTTCCTTTGGC---TCTCTGCACCCATGCATTACTCTAGCGGTGGAAGAAGATAAACCACAGGCACTTGTGAGCAGTGAAACTGAATCAACCCACCAGCTGGCCTCTCCACTGACGAGCAATCCCGCTTCACTTGCTAACATTGACTTCTATGCCCAAGTAAGCGATATTACACCAGCAGGCAGTGTAGTCCTTTCCCCAGGTCAGAAGATTAAGGCA---GGA---ATAGCCCAGTGCAACACGCAG---------CCAGAGGCGGCC---GCACCCTGCCAAGAAAATTACGGCATGAATAGTGCCTACTTCTGTGAGTCAGATGCCAAAAAGTGCATCGCTGTGGCCCCTCACGTGGAGGCCAGGTCATGTGCGAAACCAGACTTCAACCAGGAGGACATTTATATCACCACAGAAAGCCTTACCACTGCCACACGGATGTCCAAGACACCAGAGCTTGCCCCAGACGCTGAGGCACCTGTCCCAGACTACACCGCGGTTCACACCGTGCAGTCTCCACGGGGCCTTATACTCAACGCGACCGCTTTG------CCTCG????????????????????????????????????? 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Apodemus_agrarius ??????????????????????????????????????TTGAAAAGGCACCCGAAGAAGCACAGAAGGAGAAG---GAGTCCCCAGAGGGGAAACCTTATCTAGAGCAGTCTCCGGTAGTTCCG---------GAGAAGCCTGGCGGTCAGAACTCAGTTCTGACCCAACGAGCATTGAAACTCCATCCTAAATTTTCAAAGAAATTTCATGCTGATGGGAAATCAAGCGACAAAGCAATTCACCAAGCCAGGCTTAGACACTTGTGCCGCATCTGTGGGAATCGTTTCAAGAACGACGGGCACAACCG{AG}AGATACCCAGTCCATGGGCCCGTGGACGC{AT}AAAACCCAAAGCCTTTTGCGAAAGAAGGAAAAAAGAGTCACTTCCTGGCCAGACCTCATCGCCAGGATTTTCCGGATTGATGTGAAGGCAGATGTTGACTCCATCCACCCCACCGAATTCTGCCACGGCTGCTGGAGCATTATGCACAGAAAGTTCAGCAGTGCCCACGGTCAGGTCTACTTGCCGAGGACTGTGACCGCGGAATGGCACCCCCACACACCGTCCTGTGACATCTGCTTCGCTGCCCATCGCGGGCTGAAGAGG---AAGAGACATCAGCCCAACGTGCAGCTCAGCAAGAAACTAAAGACTGTGCTCAACCACGCGAGACGGGACC{GT}T---CGC---------AAGAGA---ACGCAGGCTAGGGTCAGCAGC---AAGGAAGTCCTGAAGAGGATCTCCAACTGCGGTAAGATCCACCTCAGTACCAAGCTTCTTGC{AT}GTGGACTTCCCGGCACACTTTGTGAAATCCATCTCCTGCCAGATATGTGAACACATTCTGGCCGA{CT}CCCGTGGAGACCAGCTGTAAGCACCTATTTTGTAGGATCTGCCTTCTCAGGTGCCTCAAAGTCCTGGGCAGCTATTGTCCATCTTGCCGGTATCCGTGCTTTCCTACTGACCTGGAGAGTCCAGTCAAGTCCTTCATGAGCATCTTGAATTCTCTG{AG}TGGTGAAGTGTCCTGCCCAAGAGTGCGATGAGGAAGTGAGTCTGGAAAAATATAACCACCACGTCTCAAGCCACAAAGAATCTAAAGAGACTTTGGTGCATATTAACAAAGGGGGGCGGCCTCGCCAGCATCTCCTGTCACTGACGCGCAGGGCGCAGAAGCATCGGCTGAGGGAGCTCAAGATTCAAGTCAAAGAATTCGCTGACAAGGAAGAAGGTGGAGACGTGAAGT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Apodemus_semotus 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Apomys_hylocoetes 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Archboldomys_luzonensis 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Arvicanthis_somalicus 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Batomys_granti 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Berylmys_bowersi 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Chrotomys_gonzalesi 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Phloemys_sp. 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Pseudomys_australis 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Anisomys_imitator 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Apodemus_agrarius 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Apodemus_semotus 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Apomys_datae 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Apomys_hylocoetes 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Archboldomys_luzonensis 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Arvicanthis_somalicus 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Batomys_granti 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Dacnomys_millardi 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Gerbillus_gerbillus 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Hybomys_univattus 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Hylomyscus_parvus 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Leggadina_forresti 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Malacomys_longipes 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Mastomys 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Maxomys_bartelsii 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Maxomys_surifer 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Meriones_shawi 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Oenomys_hypoxanthus 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Parotomys_sp. 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Praomys_jacksoni 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Pseudomys_australis 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Rattus_exulans 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Taterillus_emini 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Uranomys_ruddi 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Uromys_caudimaculatus 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Zelotomys_hildegardeae 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Conilurus_penicillatis 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Dacnomys_millardi 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Desmodillus_auricolarus 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Gerbillus_gerbillus 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Hylomyscus_parvus 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Leggadina_forresti 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Lophuromys_flavopunctatus 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Malacomys_longipes 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Mastomys_hildebranti 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Maxomys_bartelsii 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Maxomys_surifer 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Meriones_shawi 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Mus_musculus 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Pseudomys_australis 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Tatera_robusta 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Taterillus_emini ---------------------CACTTTACTATTATATTTGTAGGAGTAAACATAACATTTTTTCCCCAACACTTTCTAGGACTTTCAGGAATACCCCGACGATATTCTGACTACCCAGATGCTTATACTACATGAAATATAGGGTCTTCTATAGGATCCTTTATCTCCCTTACAGCAGTCCTAATTATAATTTTCATCATTTGAGAAGCACTAGCCTCAAAACGAGAAGTTGTTTCAATTCCCTACTCTTCCACAAATTTAGAATGACTTCACGGCTGTCCTCCACCATATCACACATTTGAAGAACCAGCATTCGTTAAAGTTATCTAAATGGCTTATCCACTCCAACTAGGCTTACAAGACGCCTCGTCCCCAATCATAGAAGAACTAATAAATTTCCATGATCATACACTAATAATTGTTTTCCTAATTAGTTCCTTAGTACTTTATCTTATTTCACTAATACTTACCACGAAACTTATTCACACAAGCACTATAGATGCCCAAGAAGTAGAGACAGTCTGAACAATTTTACCTGCCATTATTCTAATTCTAATTGCCCTACCCTCTCTTCGCATCCTATACATAATAGATGAAATCAACAACCCAGTTTTAACAGTAAAAACTATAGGACACCAATGATATTGAAGCTATGAGTATACAGACTTCGAAGACCTCTCTTTTGATTCATACATAATCCCAACTAACGAACTTAAACCAGGAGAACTCCGTCAATTAGAAGTAGACAATCGAATAGTTCTTCCAATAGAACTCCCAATCCGTATGCTCATCTCATCAGAAGATGTTCTTCACTCATGAGCTGTCCCTTCTTTAGGTTTAAAAACAGATGCAATCCCAGGACGACTCAACCAAGCTACAGTAACATCCAATCGTCCAGGAGTTTTTTATGGCCAATGCTCAGAAATCTGTGGCTCTAATCACAGCTTCATACCTATTGTCCTCGAAATAATCCCACTAAAACTATTTGAAAATTGATCCTTATCACTAACTTAGATGCCTCAACTAGATACATCTACATGATTTATTACTATAATCTCCTCAATTATTACCCTATTTATCTTATTTCAACTAAAACTTTCAACTCAAAATTTCCCACTAATACCAATAGCAAAA------------------------ Uranomys_ruddi ---------------------CATTTTGCCGTTATATTTGTAGGTGTAAACATAACTTTCTTCCCCCAACATTTTTTAGGTTTATCAGGCATACCACGACGATATTCAGACTATCCAGATGCCTATACCACATGAAATATAGTATCATCCATAGGATCTTTTATTTCACTAACAGCAGTTATTATTATAATATTTATAATCTGAGAAGCCTTTGCCTCCAAACGAGAAGTTCTCTTTATTTCATATTCATCAACAAATCTAGAATGACTTCACGGATGTCCTCCACCATATCACACATTCGAAGAACCCACTTTCGTAAAAATTAAATAAATGGCTTATTCTTCCCAATTAGGCTTACAAGACGCAACATCTCCTATTATAGAAGAATTAATAAATTTTCATGATCATACATTAATAATTGTTTTTTTAATTAGTTCCTTAGTTCTTTACATTATTTCATCTATACTTACTACAAAAATAACACATACTAACACAATAGATGCCCAAGAAGTAGAAACTATTTGAACTATCTTACCAGCTGTTATTTTAGTTATAATTGCCCTTCCATCCTTACGAATTCTATATATAATAGATGAGATTAATAATCCAGTATTAACAGTAAAAACAATAGGTCACCAATGATACTGAAGCTATGAGTATACAGATTATGAAGACCTAAATTTTGACTCCTATATAACACCTACAAATGAGTTAAAACCAGGAGAACTTCGCCTACTAGAAGTAGATAACCGAGTTGTTTTACCAATAGAACTACCAATTCGAATACTAATTTCATCTGAAGATGTGTTACACTCATGAGCAGTACCATCTCTAGGGCTTAAAACTGACGCAATTCCTGGTCGCCTTAATCAAGCTACATTATCATCAAACCGACCAGGGTTATTTTATGGGCAATGCTCAGAAATCTGTGGTTCTAATCACAGCTTTATACCTATTGTCCTTGAAATAGTACCACTAAAACATTTCGAGAGTTGATCTACTTCAATAACCTAAATGCCCCAATTAGATACATCAACATGATTTACAACTACTCTATTTTCAATTATTACATTATTTATTTTATTTCAATTAAAATTATCTGCACAAACATTTCCACTAACCCCATCACCAAAAATAATTCAAACTCTA--------- Uromys_caudimaculatus ------------------------------------------------------------TTCCCTCAACACTTCTTAGGCCTATCCGGTATACCTCGACGATACTCAGATTATCCTGATGCCTATACCACATGAAATACTATTTCTTCTATAGGCTCATTCATTTCACTAACAGCCGTACTCGTAATAATCTTTATGATCTGAGAAGCTTTCGCCTCTAAACGAGAAGTCTTATACGTCCCTCATACATCAACAAACCTCGAATGACTTCACGGATGTCCCCCACCTTATCATACATTTGAAGAGCCTTCTTACGTAAAAACAAAATAAATGGCATATCCATTTCAACTAGGTCTACAAGACGCCACATCCCCTATTATAGAAGAACTAACAAACTTTCATGATCACACATTAATAATTGTATTCCTTATTAGCTCATTAGTACTATATATTATTTCACTAATGTTAACAACCAAATTAACCCACACAAGCACAATAGATGCTCAAGAAGTCGAAACCATCTGAACCATCCTGCCAGCCGCAATTCTTGTACTGATCGCCCTTCCATCTTTACGAATTTTATACATAATAGACGAAATTAATAACCCAGTTTTAACAGTAAAAACTATAGGACATCAATGATATTGAAGTTATGAATATACTGATTATGAAGATCTATGCTTCGATTCTTATATAATTCCCACAAACGAACTAAAACCAGGGGATCTACGCCTTTTAGAAGTTGATAACCGAGTTGTCCTACCTATAGAACTTCCAATTCGAATATTAATTTCATCTGAAGACGTATTACACTCATGAGCTGTTCCATCACTAGGACTTAAAACTGATGCTATCCCAGGACGTCTAAATCAAGCCACAGTCACATCAAATCGTCCAGGATTATTCTACGGCCAATGCTCTGAAATCTGTGGAGCTAATCATAGTTTTATGCCTATTGTACTTGAAATAGTACCACTAAAGCATTTCGAAAACTGATCCGCTTCAATAGTCTAAATGCCACAGCTAGACACATCTACATGATTTACTACAATTGTCTCATCAATAATTACACTTTTCATTCTATTCCAACTAAAAATCTCTTCACAAACATTCCCAATGGCCCCCTCA------------------------------ Zelotomys_hildegardeae ------------------GCCCACTTCGCAATCATATTTGTTGGAGTTAATATAACATTCTTTCCTCAACACTTCCTAGGCCTCTCAGGAATACCACGACGATATTCAGATTACCCAGATGCTTATACTACATGAAACTCAGTATCTTCCATAGGATCATTCATTTCATTAACAGCTGTCCTCCTAATAATCTTTATAATTTGAGAGGCCTTCGCCTCCAAACGTGAAGTCTTATCAGTATCCTACTCTTCAACTAACCTAGAATGACTTCACGGTTGTCCACCACCATATCATACATTTGAAGAACCTTCCTACGTAAAAGTAAAATAAATGGCTTACCCCCTTCAACTAGGCTTACAAGACGCTACATCCCCTATTATAGAAGAACTAATAAACTTTCATGACCATACATTAATAATCGTTTTCCTCATTAGCTCTTTAGTACTTTATATTATTTCACTAATATTAACAACAAAACTAACCCACACTAGTACAATAGACGCCCAAGAAGTAGAAACTATCTGAACTATTCTCCCAGCTGTAATTCTCATTATAATTGCCCTCCCATCATTACGAATTTTATATATAATAGATGAAATCAATAACCCAGTATTAACAGTAAAAACCATAGGGCATCAATGATACTGAAGCTACGAATATACAGATTACGAAGACCTATGCTTTGACTCATATATAGTGCCAACAAACGACCTGAAACCAGGAGAACTACGACTCCTAGAAGTAGACAACCGAGTAGTTCTTCCAATAGAACTTCCTATTCGCATACTAATCTCATCTGAAGATGTTCTTCACTCATGGGCAGTTCCATCATTAGGATTAAAAACCGACGCAATTCCAGGCCGCCTAAATCAAGCAACAGTAACATCTAATCGACCAGGATTATTTTACGGTCAATGTTCAGAAATCTGCGGATCAAATCACAGTTTTATACCAATCGTCCTTGAAATAGTACCACTAAAACATTTTGAAAATTGATCAGCTTCAATAATTTAAATGCCACAACTAGACACATCCACATGATTCATTACTATTATCTCATCAATGATAACCTTATTTATTATTTTTCAATTAAAAATTTCATCACAGTCATACCCACTTTCACCATCACCAAAAACAACAACAACTCTAACAATA--- ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'mtDNA (COI, COII, ATPase 8)') = 1: 1-1156\3, 2: 2-1157\3, 3: 3-1158\3; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'mtDNA (COI, COII, ATPase 8)') = 1: 1-1156\3, 2: 2-1157\3, 3: 3-1158\3; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7339; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Aethomys_namaquensis, 2 Anisomys_imitator, 3 Apodemus_agrarius, 4 Apodemus_semotus, 5 Apomys_datae, 6 Apomys_hylocoetes_147871, 7 Apomys_hylocoetes_148149, 8 Archboldomys_luzonensis, 9 Arvicanthis_somalicus, 10 Batomys_granti, 11 Chrotomys_gonzalesi, 12 Conilurus_penicillatis, 13 Dacnomys_millardi, 14 Gerbillus_gerbillus, 15 Hybomys_univattus_SP10553, 16 Hybomys_univattus_SP10599, 17 Hylomyscus_parvus_SP10502, 18 Hylomyscus_parvus_SP10514, 19 Hyomys_goliath, 20 Leggadina_forresti, 21 Lemniscomys_barbarus_SP5204, 22 Lemniscomys_barbarus_SP5213, 23 Leporillus_conditor, 24 Malacomys_longipes_SP10597, 25 Malacomys_longipes_SP10598, 26 Mastacomys_fuscus, 27 Mastomys_natalensis_166943, 28 Mastomys_natalensis150104, 29 Maxomys_bartelsii, 30 Mesembriomys_gouldii, 31 Mus_caroli, 32 Mus_musculus, 33 Mus_musculus_AF196855, 34 Mus_pahari, 35 Mus_spicilegus, 36 Niviventer_culteratus, 37 Notomys_fuscus, 38 Oenomys_hypoxanthus_SP5096, 39 Oenomys_hypoxanthus_SP5097, 40 Parotomys, 41 Phloemys_931080, 42 Praomys_jacksoni_SP5001, 43 Praomys_jacksoni_SP5002, 44 Praomys_tullbergi_SP10511, 45 Praomys_tullbergi_SP10523, 46 Pseudomys_australis_35938, 47 Pseudomys_australis_35951, 48 Rattus_exulans, 49 Rattus_norvegicus, 50 Rattus_norvegicus_AF196852, 51 Rattus_villosissimus, 52 Rhynchomys_isarogensis_EAR1840, 53 Rhynchomys_isarogensis_EAR1857, 54 Stochomys_longicaudatus_SP10564, 55 Stochomys_longicaudatus_TK21562, 56 Sundamys_muelleri, 57 Taterillus_emini, 58 Thallomys_paedulcus_SP5269, 59 Thallomys_paedulcus_SP5270, 60 Uranomys_ruddi_SP11148, 61 Uranomys_ruddi_SP11151, 62 Uromys_caudimaculatus, 63 Xeromys_myoides, 64 Zelotomys_hildegardeae_SP5147, 65 Zelotomys_hildegardeae_SP5149, 66 Zyzomys_argurus; TREE Fig._5 = [&R] (((57,14),(60,61)),(((10,41),(1,((((38,39),(54,55)),(16,15)),((58,59),(9,(21,22)))),40)),(((13,(36,((((50,49),51),56),48))),29),((((((53,52),8),11),(5,(6,7))),19,(((23,30),12),((20,46),((47,26),37),66),62,63)),2),((((((35,(33,32)),31),34),(((27,28),(64,65)),(17,18),((42,43),44,45))),(4,3)),(24,25))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7335; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Acomys_ignitus, 2 Aethomys_namaquensis, 3 Anisomys_imitator, 4 Apodemus_agrarius, 5 Apodemus_semotus, 6 Apomys_hylocoetes, 7 Archboldomys_luzonensis, 8 Arvicanthis_somalicus, 9 Batomys_granti, 10 Berylmys_bowersi, 11 Chrotomys_gonzalesi, 12 Conilurus_penicillatis, 13 Dacnomys_millardi, 14 Deomys_ferrugineus, 15 Gerbillurus_vallianus, 16 Gerbillus_gerbillus, 17 Hybomys_univattus, 18 Hylomyscus_parvus, 19 Leggadina_forresti, 20 Lemniscomys_barbarus, 21 Lophuromys_flavopunctatus, 22 Malacomys_longipes, 23 Mastomys_natalensis, 24 Maxomys_bartelsii, 25 Meriones_shawi, 26 Mus_musculus, 27 Niviventer_culturatus, 28 Oenomys_hypoxanthus, 29 Parotomys_sp., 30 Phloemys_sp., 31 Praomys_jacksoni, 32 Praomys_tullbergi, 33 Pseudomys_australis, 34 Rattus_exulans, 35 Rattus_norvegicus, 36 Rhabdomys_pumilio, 37 Rhynchomys_isarogensis, 38 Stochomys_longicaudatus, 39 Sundamys_muelleri, 40 Tatera_robusta, 41 Taterillus_emini, 42 Uranomys_ruddi, 43 Uromys_caudimaculatus, 44 Zelotomys_hildegardeae; TREE Fig._1 = [&R] ((((((((35,34),39,10),(27,13)),24),(29,((((36,(8,20)),2),28),(17,38))Murinae_arvicanthine_group)),(((6,(7,(11,37))),(((12,19),33,43),3)),((((4,5),26),((23,44,(31,32)),18)Murinae_Praomys_group),22))),(9,30))Murinae,(((25,(16,41)),(15,40))Gerbillinae,(((14,21),1),42)Deomyinae))Muridae; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7337; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Acomys_ignitus, 2 Aethomys_namaquensis, 3 Anisomys_imitator, 4 Apodemus_agrarius, 5 Apodemus_mysticinus, 6 Apodemus_semotus, 7 Arvicanthis_somalicus, 8 Batomys_granti, 9 Berylmys_bowersi, 10 Conilurus_penicillatis, 11 Dacnomys_millardi, 12 Desmodillus_auricolarus, 13 Gerbillus_gerbillus, 14 Hybomys_univattus, 15 Hylomyscus_parvus, 16 Leggadina_forresti, 17 Lemniscomys_barbarus, 18 Leopoldamys_sabanus, 19 Lophuromys_flavopunctatus, 20 Malacomys_longipes, 21 Mastomys_hildebranti, 22 Maxomys_bartelsii, 23 Maxomys_surifer, 24 Meriones_shawi, 25 Mus_musculus, 26 Niviventer_cremoriventer, 27 Niviventer_culterotus, 28 Oenomys_hypoxanthus, 29 Parotomys_sp., 30 Phloemys_sp., 31 Praomys_jacksoni, 32 Praomys_taitae, 33 Praomys_tullbergi, 34 Pseudomys_australis, 35 Rattus_exulans, 36 Rattus_norvegicus, 37 Rhabdomys_pumilio, 38 Rhynchomys_isarogensis, 39 Stochomys_longicaudatus, 40 Sundamys_muelleri, 41 Tatera_robusta, 42 Taterillus_emini, 43 Uranomys_ruddi, 44 Uromys_caudimaculatus, 45 Zelotomys_hildegardeae; TREE Fig._3 = [&R] (((((((36,35),(40,9)),((18,11),(26,27))),(23,22)),(((29,(37,((7,17),2)),(14,39)),28),(((38,3),(((10,44),16),34)),((((5,(4,6)),20),25),((((21,15),32),45),(31,33)))))),(8,30)),((((24,13),42),(41,12)),((1,43),19))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7336; LINK TAXA = Taxa6; TRANSLATE 1 Acomys_ignitus, 2 Aethomys_namaquensis, 3 Anisomys_imitator, 4 Apodemus_agrarius, 5 Apodemus_mysticinus, 6 Apodemus_semotus, 7 Apomys_hylocoetes, 8 Arvicanthis_somalicus, 9 Batomys_granti, 10 Berylmys_bowersi, 11 Conilurus_penicillatis, 12 Dacnomys_millardi, 13 Deomys_ferrugineus, 14 Desmodillus_auricolarus, 15 Gerbillurus_vallianus, 16 Gerbillus_gerbillus, 17 Hybomys_univattus, 18 Hylomyscus_parvus, 19 Leggadina_forresti, 20 Lemniscomys_barbarus, 21 Leopoldamys_sabanus, 22 Lophuromys_flavopunctatus, 23 Malacomys_longipes, 24 Mastomys_hildebranti, 25 Maxomys_bartelsii, 26 Maxomys_surifer, 27 Meriones_shawi, 28 Mus_musculus, 29 Niviventer_cremoriventer, 30 Niviventer_culterotus, 31 Oenomys_hypoxanthus, 32 Parotomys_sp., 33 Phloemys_sp., 34 Praomys_jacksoni, 35 Praomys_taitae, 36 Praomys_tullbergi, 37 Pseudomys_australis, 38 Rattus_exulans, 39 Rattus_norvegicus, 40 Rhabdomys_pumilio, 41 Rhynchomys_isarogensis, 42 Stochomys_longicaudatus, 43 Sundamys_muelleri, 44 Tatera_robusta, 45 Taterillus_emini, 46 Thallomys_paedulcus, 47 Uranomys_ruddi, 48 Uromys_caudimaculatus, 49 Zelotomys_hildegardeae; TREE Fig._2 = [&R] (((((((((((39,38),43),10),((21,12),(29,30))),(26,25)),(32,(46,(40,(8,20)),(2,((17,42),31))))),(((7,41),((11,19,37),48)),3)),(((5,4),6),23)),(28,(((24,49),35,18),34,36))),(9,33)),(((27,(16,45)),(15,(44,14))),((13,(1,22)),47))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7338; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Aethomys_namaquensis, 2 Anisomys_imitator, 3 Apodemus_agrarius, 4 Apodemus_semotus, 5 Apomys_datae, 6 Apomys_hylocoetes, 7 Archboldomys_luzonensis, 8 Arvicanthis_somalicus, 9 Batomys_granti, 10 Chrotomys_gonzalesi, 11 Conilurus_penicillatis, 12 Dacnomys_millardi, 13 Gerbillus_gerbillus, 14 Hybomys_univattus, 15 Hylomyscus_parvus, 16 Leggadina_forresti, 17 Lemniscomys_barbarus, 18 Malacomys_longipes, 19 Mastomys, 20 Maxomys_bartelsii, 21 Mus_musculus, 22 Niviventer, 23 Oenomys, 24 Parotomys_sp, 25 Phloemys, 26 Praomys_jacksoni, 27 Praomys_tullbergi, 28 Pseudomys_australis, 29 Rattus_exulans, 30 Rattus_norvegicus, 31 Rhynchomys_isarogensis, 32 Stochomys_longicaudatus, 33 Sundamys_muelleri, 34 Thallomys_paedulcus, 35 Uranomys_ruddi, 36 Uromys_caudimaculatus, 37 Zelotomys_hildegardeae; TREE Fig._4 = [&R] ((((((((30,33),29),22),12),20),((((5,6),(10,(7,31))),(11,16,28,36)),2),(18,((3,4),(21,((19,37),(15,(26,27))))))),(((((8,17),34),(14,(32,23))),24,1),(9,25))),(13,35)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7340; LINK TAXA = Taxa5; TRANSLATE 1 Acomys_ignitus, 2 Aethomys_namaquensis, 3 Anisomys_imitator, 4 Apodemus_agrarius, 5 Apodemus_mysticinus, 6 Apodemus_semotus, 7 Apomys_datae, 8 Apomys_hylocoetes, 9 Archboldomys_luzonensis, 10 Arvicanthis_somalicus, 11 Batomys_granti, 12 Berylmys_bowersi, 13 Chrotomys_gonzalesi, 14 Conilurus_penicillatis, 15 Dacnomys_millardi, 16 Deomys_ferrugineus, 17 Desmodillus_auricolarus, 18 Gerbillurus_vallianus, 19 Gerbillus_gerbillus, 20 Hybomys_univattus, 21 Hylomyscus_parvus, 22 Leggadina_forresti, 23 Lemniscomys_barbarus, 24 Leopoldamys_sabanus, 25 Lophuromys_flavopunctatus, 26 Malacomys_longipes, 27 Mastomys, 28 Maxomys_bartelsii, 29 Maxomys_surifer, 30 Meriones_shawi, 31 Mus_musculus, 32 Niviventer_cremoriventer, 33 Niviventer_culterotus, 34 Oenomys_hypoxanthus, 35 Parotomys_sp., 36 Phloemys_sp., 37 Praomys_jacksoni, 38 Praomys_taitae, 39 Praomys_tullbergi, 40 Pseudomys_australis, 41 Rattus_exulans, 42 Rattus_norvegicus, 43 Rhabdomys_pumilio, 44 Rhynchomys_isarogensis, 45 Stochomys_longicaudatus, 46 Sundamys_muelleri, 47 Tatera_robusta, 48 Taterillus_emini, 49 Uranomys_ruddi, 50 Uromys_caudimaculatus, 51 Zelotomys_hildegardeae; TREE Fig._6 = [&R] ((((((((((((27,21),38),51),(37,39))Murinae_Praomys_group,31),(5,(4,6))Apodemus),26),(35,(((20,45),34),((43,(10,23)),2))Murinae_arvicanthine_group)),((((44,13),9),(7,8)Apomys),(3,(((50,14),22),40)))),(((((42,41),46),12),((15,24),(32,33)Niviventer)),(29,28)Maxomys)),(11,36))Murinae,((((19,48),30),(17,(47,18)))Gerbillinae,(49,(1,(16,25)))Deomyinae))Muridae; END;