#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 17:41 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Petersen G., Seberg O., Yde M., & Berthelsen K. 2006. Phylogenetic relationships of Triticum and Aegilops and evidence for the origin of the A, B, and D genomes of common wheat (T. aestivum). Molecular Phylogenetics and Evolution, 39(1): 70-82. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S13679] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=57; TAXLABELS Aegilops_bicornis Aegilops_caudata Aegilops_comosa_H6606 Aegilops_comosa_H6673 Aegilops_longissima Aegilops_searsii_H6605 Aegilops_searsii_H6683 Aegilops_sharonensis Aegilops_speltoides_H4523 Aegilops_speltoides_H6797 Aegilops_tauschii Aegilops_umbellulata Aegilops_uniaristata Agropyron_cristatum Amblyopyrum_muticum Australopyrum_pectinatum Australopyrum_retrofractum Australopyrum_velutinum Bromus_arvensis Bromus_sterilis Crithopsis_delileana Dasypyrum_villosum Eremopyrum_distans Eremopyrum_triticeum Festucopsis_serpentini Henrardia_persica Heteranthelium_piliferum Hordeum_brachyantherum Hordeum_erectifolium Hordeum_marinum Hordeum_murinum Hordeum_vulgare Lophopyrum_elongatum Peridictyon_sanctum Psathyrostachys_fragilis_ssp._fragilis Psathyrostachys_fragilis_ssp._villosus Psathyrostachys_stoloniformis Pseudoroegneria_spicata Secale_strictum 'Taeniatherum caput-medusae' Thinopyrum_bessarabicum Triticum_aestivum_A Triticum_aestivum_B Triticum_aestivum_D Triticum_monococcum Triticum_turgidum_ssp._dicoccoides_H6840A Triticum_turgidum_ssp._dicoccoides_H6840B Triticum_turgidum_ssp._dicoccoides_H6841A Triticum_turgidum_ssp._dicoccoides_H6841B Triticum_turgidum_ssp._durum_H6838A Triticum_turgidum_ssp._durum_H6838B Triticum_turgidum_ssp._durum_H6842A Triticum_turgidum_ssp._durum_H6842B Triticum_turgidum_ssp._turgidum_A Triticum_turgidum_ssp._turgidum_B Triticum_urartu_6664 Triticum_urartu_H665 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M15317] TITLE Triticum_and_Aegilops; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=3190; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Aegilops_uniaristata 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Australopyrum_pectinatum GACAATGTATGGCTCCTTTTACATCTCTCTT--AACCCATTTAAGGAAGAATAGATCGAGATCTTTGTTTAATTCGTGATCTTTCTGTTTTAGATCATATACGCTCGCGCATACACCTATGAGCACCAGTACAACTTACTCCTGGGCCTTGCTGCCAAGATGGCTGAAGAGCCTTTCAGGCTTCTGGTACGCATGACTTT-GCTGCCATGTA------AATTTACAAGTTGATAGATCTCAACTGTGCTCATGTGATCT-TTATTTAACTTGGAAATGATAGATCGTGGATTCTGTTATTGCGCTATTCCGTGTAGATTTCAGTGGTAGGGGTGAACTTGCAGAGCGTCAGGTATTCTACTGTAACTAGCTAACTACGTG-------AAAAAAT-AAGCAACTCAGGTAGTAGTCGAATGC---TT-GCATTTTATACACTTGCTTT-AAGTGCTGTGCTCTGGAACTGCAGCAAAAACTGGCACAAATGCTGTCCCGCCTTAC?AAGATTGCTGAGGAGTTCAATGTTGCAGTGTACATCACCAACCAAGGTGTGCTTT-CCAATCT-AA------TCC--------------------------------------------TGTCTGTTCCAAGAAAGAGCTCCTTATATTCGTGGATTTAAAATCAT--AAGTTGTGT----CCTTGTTCCAGTGATTGCGGACCCA{CG}GTGGTGGTATGTTCATAACTGACCCCAAAAAGCCGGCGGGAGGCCACGTGCTGGCACATGCAGCCACCATCCGGTTGATGCTGAGGAAAGGCAAAGGGGAGCAGCGTGTCTGCAAGATCTTTGACGCCCCTAACCTTCCCGAGGGAGAAGCTATATCCTTTT-GCTCTATATATACTCCCTCTATAAAGAAA--------TATAAGAGCGTTTAGATC-----------------TCTTTTATTTCTTTACAGAGGGAGTACTTGTTTACTGCTT-GT--GCTATTCATTGCTTTAATTTGTTT-GGTTGTT--GAACTCTTGATAAAAAT-------------------------------GTTTTTCCCAGACTTGCACAGCAAAGTTTATAATTTAATTC-TA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTTGCTAACCTCCATGA{CT}TGAAGTTTCACTTTGCACAAATTAGCAATGATCAGAT--GT-TGAGAAATTGTTTCCCTT?????????????GGGGGCCTTCCGTGAAGGATTGAGGAAAGCTGGCCCACGACTCTTGGAACCTATAATGAGGGTTGAAGTGATTACCCCTGAGGAGCATTTGGGTGATGTTATTGGTGACTTGAACTCTAGAAGAGGACAAGTTA-CAG-TTCG-AGATAAGCCAGGCGGACTTAAGGTATTAAGCAGTAC------TCC-TTTATGGCCTTCTATTACTA-CTAATACTA---------CTTTGACTAACACTATGA-CAACATGAGTAAAATCGA-------ACAAATTGCAGTATGATTATGCATTTAT----ATTTGACCTCTCAGATGTACTAATTCT-GAGTCTAGT-GCACCAAATCTTCCTGATGCACTT---AACATCCATTGTCAGCT-----ATAGCCGAGCATCTAACATTCAATAACCCTTTTATTCATTTTCTTTTTTG--GTCGAGAGATAGCCATTTTATTCTCGGAGTTATTTG-TCCAATTAGACTTG-TAGTTTGCCAGGATCTGCTGTCTGAAATGTATCTCGAGAATTG-AACTT-GCTTTGCTGTT-GACTGCAGGTGGTTGATGCTTTCGTGCCGCTGGCCGAGATGTTCCAGTATGTCAGCACTCTGAGGGGAATGTCCAAGGGGCGCGCGTCGTACACAATGCAGCTTGCCAAGTTCGACGTTGTCCCACAGCATATCCAGAACCAGCTTTCTGCGGCAAAA---GAGGAAGCTGCTGCTTAAATCTTCAGTATT-CGTAGATAATATATAT--GAGGACGGCAGAGCAGGTGAGTATAGG---ACATCAAGGTGTATGTAGCTTTGTAGTATCGAACCCAGTGGGTGATATTATTTGCCATTGTTTTT-GGACCTGATAATGTCCATAATTTTGCAAGCTGTTCTAATTTCATAAGACC????ATATTTACTTACATTTGGCGGGTATTTGCGTGTTCATTTTCAAAATTACAGTAGCACTAAAGAGAGTTCCTTGTATTCAATATCCTTATGGGGAAAAAGGATACCCAAAGGAGTGAATAGGGATTTCGTTTTATCAACAACGAAGAGTGGAGTTTCTTTTTTTTCACAAAATATACCCAAGATTCAAGGTAATACAAGAAATAGGATAGGATCCTTTACTACGTCTTTTGGGGCTAAAAACACTTTTGCCTATCCGCATGAAACGGGAAATACTATGTTATTTCCTCTTCTTATATTACTACTTTTCACTTTGTTCATTGGATTCATAGGAATCTCTTTTGATAATGGAGGAATGGATAATGGAATAGCAGAGTTAACCATATTATCAAAGTGGTTAACTCCCTCAATAAACTTTACCCAGGAAAGTTCTAATTCTTTTGTAAATTCATATGAATTTATTACTAATGCAATTTCTTCTGTAAGTCTAGCTATCTTTGGTTTATTCATAGCATATATCTTCTATGGATCCGCTTATTCTTTTTTTCAGAATTTGGATTTAATAAACTCTTTTTACAAAGGAAATTCTAAAAAAGAATTTTTAGATCAAGTAAAAAAAAATATATATAGTTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATATTTTCTATACTAGGGTCTTTACCCTCGGTATAAGAGGGTTAACCGAACTAACGGAGTTTTTTGATAAGGGTGTTATTGATGGAATTACCAATGGAGTGGGTCTTGCTAGTTTTTGTAT? Australopyrum_retrofractum 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Australopyrum_velutinum 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Bromus_arvensis 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Dasypyrum_villosum ???????????GCTCCTTTTACATCTATCTT--AACCCATTTAAGGAAGAACAGATCAATATCTTTGTTTAATTCTTGATCTTTCTGTTTCAGATCATATACGCTCGCGCATACACGTATGAGCACCAGTACAACTTACTCCTTGGCCTTGCTGCCAAGATGGCTGAAGAGCCTTTCCGGCTTCTGGTACGCATGACTTTTCCTGCCATGTA------AATTTACAAGTCGATAGATCTCAACTGTGCTCATGTGATCT-TTGTTTGACTTGAAAATGATAGATCGTGGATTCTGTGATTGCGCTGTTCCGTGTTGATTTCAGTGGTAGGGGTGAACTTGCAGAGCGTCAGGTATTCTACTGTAACTAGCTAACTATGTG-----AAAAAAATTCAAGCAACTCATGATGTAGTCGAATGC---TT-GCATTTTATATACTTGCTTT-AAGTGATGTGCTCTGGAACTGCAGCAAAAACTGGCACAAATG{AC}TGTCCCGC????????GATTGCTGAGGAGTTCAATGTTGCAGTGTACATCACCAACCAAGGTGTGCTTT-CCAATCT-AA------TCC--------------------------------------------TGTCTGTTCCAAGAAAGAGCTCCTTATATTCGTGGATCTCAAATCATATAAGTTGTGT----CCTTGTTTCAGTGATTGCGGACCCAGGTGGTGGTATGTTCATCACTGACCCCAAAAAGCCGGCGGGAGGCCACGTGCTGGCGCATGCAGCCACCATCCGGTTGATGCTGAGGAAAGGCAAAGGGGAGCAGCGTGTCTGCAAGATCTTTGACGCCCCTAACCTTCCAGAGGGAGAAGCTATATCCTTTT-GCTCTATA------------------------------------------------------------------------------------------CATGTTTACTGCTT-GT--GCTATTCATTGCTTTAATTTGTTC-GGTTGTT--AAACTCTTGATAAATTT-------------------------------GTTTTACTTAGACTTGCACAGCAAAGTTAAAGATTTAATTC-TAC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTAGTTGCTAACCTCCATGACTGAAGCTTCACGTAGCACAAATTAGGAATGTTCAGAT--GT-CAAGAAATTGTTTCCCTTGACCACCAACACG?GGGGCCTTCCGTGAAGGATTGAGGAAAGCTGGCCCACGACTCCTGGAACCTATAATGAGGGTTGAAGTGATTACCCCTGAGGAGCATTTGGGTGATGTTATTGGTGACTTGAACTCTAGAAGAGGACAAGTTAACAGCTTCGGAGATAAGCCAGGTGGACTTAAGGTATCAAGCAGTAC------TCC-TTTATGGCCTTCTATTACTA-CTAATACTA---------CTTTGACTGACACTATAA----CATGAGTAAAATCGA-------ACAAATTGCAGTATGATTATGCATTTAT----ATTTGACCTC-------TACTAATTTT-GAGTCTAGT-GCACCAAATCTTCCTGCTGCACTT---AACATCCATTGTCAGCT-----ATAGCCGAG{CT}ATCTAACATTCAATAACCCTTTTATTATTTTTCTTTTTTG--GTCGAGAGATAGCCATTTTATTCTCGGAGTTATTTC-TCCAATTAAACTTG-TAGTTTGCCAGGATCTGCTGTCTGAAATATTTCTTGAGAATTG-AACTT-GCTTTACTGTT-GACTGCAGGTGGTTGATGCTTTCGTGCCGCTGGCCGAGATGTTCCAGTATGTCAGCACTCTGAGGGGAATGTCCAAGGGGCG{CT}GCGTCGTACACAATGCAGCTTGCCAAGTTCGACGTTGTCCCACAGCATATCCAGAACCAGCTTTCTGCGGCAAAA---GAGGAAGCTGCTGCTTAAATCTTCAGTATT-CGTAGATAATATATAT--GAGGACGC???????????????????---?????AAGGTGTATGTAGCTTTGTAGTGTTGAACCCAGTGGGTGATATTATTTGCCATTGTTTTT-GGACCTGATAATGTCCATAATTTTGCAAGCTGTTATAATTTCATAATGACCTATATATTTACTTACATTTGATGGGTATTTGCGTGTTCATTTTCAAAATTACAGTAGCACTAAAGAGAGTTCCTTGTATTCAATATCCTTATGGGGAAAAAGGATACCCAAAGGAGTGAATAGGGATTTCCTTTTATCAACAACGAAGAGTGGAGTTTCTTTTTTTTCACAAAATATACCAAAAATTCAAGGTAATACAAGAAATAGGATAGGATCCTTTACTACGTCTTTTGGGGCTAAAAACACTTTTGCCTATCCGCATGAAACGGGAAATACTATGTTATTTCCTCTTCTTATATTACTACTTTTCACTTTGTTCATTGGATTCATAGGAATCTCTTTTGATAACGGAGGAATTGATAATGGAATAGCAGAGTTAACCATATTATCAAAGTGGTTAACTCCCTCAATAAACTTTACCCAGGAAAGTTCTAATTCTTTTGTAAATTCATATGAATTTATTACTAATGCAATTTCTTCTGTAAGTCTAGCTATCTTTGGTTTATTCATAGCATATATCTTCTATGGATCCGCTTATTCTTTTTTTCAGAATTTGGATTTAATAAACTCTTTTTACAAAGGAAATCCTAAAAAAGAATTTTTAGATCAAGTAAAAAAAAATATATACAGTTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATATTTTCTATACTAGGGTCTTTACCCTCGGTATAAGAGGGTTAACCGAACTAACGGAGTTTTTTGATAAAGGTGTTATTGATGGAATTACCAATGGAGTGGGTCTTGCTAGTTTTTGTA?? 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Festucopsis_serpentini GACAACGTATGGCTCCTTTTACATCCCTTTT--AACCCATTTAAGGAAGAATAGATCAAGATCTTTGTTTAATTCGTGGTCTTTCTGTTTTAGATCATATACGCTCGCGCATACACCTATGAGCACCAGTACAACTTACTCCTGGGCCTTGCTGCCAAGATGGCTGAAGAGCCTTTCAGGCTTCTGGTACGCATGACTTT-GTTGCCATGTA------AATTTACAAGTTGATAGATCTCAACTGTGCTCATGTGATCT-TTGTTTGACTTGGAAATGATAGATCGTGGATTCTGTGATTGCGCTATTCCGTGTTGATTTCAGTGGTAGGGGTGAACTTGCAGAGCGTCAGGTATTCTACTGTAACCAGCTAACTATGTG-------AAAAAATCAAGCAACTCATGAAGTAGTCGAATGC---TT-GCATTTTATACACTTGCTTT-AAGTGATGTACTCTGGAACTGCAGCAAAAACTGGCCCAAATGCTGTCCCGCCTTAC???????GCTGAGGAGTTCAATGTTGCAGTGTACATCACCAACCAAGGTGTGCTTT-CCAATCT-AA------TCC--------------------------------------------TGTATGTTCCAAGAAAGAGCTCCTTATATTCGTGGATCTCTAATCATATAAGTTGTGT----CCTTGTTCCAGTGATTGCGGACCCAGGTGGTGGTATGTTCATAACTGACCCCAAAAAGCCAGCGGGAGGCCATGTGCTGGCGCATGCAGCCACCATCCGGTTGATGCTGAGGAAAGGCAAAGGCGAGCAGCGTGTCTGCAAGATCTTTGACGCCCCTAACCTTCCCGAGGGAGAAGCTATATCCTTTT-GCTCTATA------------------------------------------------------------------------------------------CTTGTTTACTGCTTTGG--GCTATTCATTGCTTTAATTTGTTC-GGTTGTT--AAACTCTTGATAAAATT-------------------------------GTTTTGCTCAGACTTGCACAGCAAAGTTTATGATTTAATTC-TG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTTGCTAACCTCCATGACTGAAGCTTCACGTAGCACAAATTAGCAATGATCAGAT--GT-CGAGAAATTGTTTCCCTTGACCACCAACACG?GGGGCCTTCCGCGAAGGATTGAGGAAAGCTGGCCCACGACTCCTGGAGCCTATAATGAGGGTTGAAGTGATTACCCCTGAGGAGCATTTGGGTGATGTTATTGGTGATTTGAACTCTAGAAGAGGACAAGTTAACAGCTTCGGAGATAAGCCAGGTGGACTGAAGGTATTAAGCTGTACATTTTCTCCATTTATGGCCTTCTACTACTA-CTAATACTA---------CTTTGACTAACAC--TAA-CAATATGAGTAATATTGA-------GCAAATTGGAGTATGATTATGCATTTTTTT--ATTTGACCTCTCAAA--TACTAATTTT-GAGTCTAGT-CCACCAAATCTTCCGGCTGCACTTCTTAATATCCATTGTCAGCT-----ACAGCCGAGCATCTGTAATTCAGTAACCCTTTTATTATTTT-CTTTTTTGTTGTTGAAGGATAGCCATTTTATTCTCGTAGTTATTTC-TCCAATTAGACTTT-TAGTTTGCCAGGATCTGCTGTCTGAAATGTATCTCGAGAATTT-AACTT-GCTTTGCTGTT-GACTGCAGGTGGTTGATGCTTTCGTGCCGCTGGCCGAGATGTTCCAGTA{CT}GTCAGCACTCTGAGGGGAATGTCCAAGGGGCGTGCGTCATACACAATGCAGCTTGCCAAGTTCGACGTTGTCCCACAGCATATCCAGAACCAGCTTTCTGCGGCAAAACAAGAGGAAGCTGCTGCTTAAATCTTTGGTATT-CGTAGATAATATATAT--GAGGACGGCAGAGCAGGTGAGTATAGG---ACATCAAGGTGTATGTAGCTTTGTAGTGTCGAACCCAGTGGGTGATATTATTTGCCATTGTTTTT-GGACCTGATAATGTCCATAATTTTGCAAGCTGTTATAATTTCATAATGACC?ATATATTTACTTACATTTGATGGGTATTTGCGTGTTCATTTTCAAAATTACAGTAGCACTAAAGAGAGTTCCTTGTATTCAATATCCTTATGGGGAAAAAGGATACCCAAAGGAGTGAATAGGGATTTCGTTTTATCAACAACGAAGAGTGGAGTTTCTTTTTTTTCACAAAATATACCAAAAATTCAAGGTAATACAAGAAATAGGATAGGATCCTTTACTACGTCTTTTGGGGCTAAAAACACTTTTGCCTATCCGCATGAAACGGGAAATACTATGTTATTTCCTCTTCTTATATTACTACTTTTCACTTTGTTCATTGGATTCATAGGAATCTCTTTTGATAATGGAAGAATTTTTAATGGAATAGCAGAGTTAACCATATTATCAAAGTGGTTAACTCCCTCAATAAACTTTACCCAGGAAAGTTCTAATTCTTTTGTAAATTCATATGAATTTATTACTAATGCAATTTCTTCTGTAAGTCTAGCTATCTTTGGTTTATTCATAGCATATATCTTCTATGGATCCGCTTATTCTTTTTTTCAGAATTTGGATTTAATAAACTCTTTTTACAAAGGAAATCCTAAAAAAGAATTTTTAGATCAAGTAAAAAAAAATATATACAGTTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATATTTTCTATACTAGGGTCTTTACCCTCGGTATAAGAGGGTTAACCGAACTAACGGAGTTTTTTGATAAGGGTGTTATTGATGGAATTACCAATGGAGTGGGTCTTGCTAGTTTTTGTA?? 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Heteranthelium_piliferum 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Hordeum_vulgare GACAATGTATGGCTCCTATTACATCTCTCTT--GACCCATTTAAGGAAGAACGGATCAACATCTTTGTTTAATTCGTGATCTTTCTGTTTTAGATCATATACGCTCGCGCATACACCTATGAGCACCAGTACAACTTACTCCTGGGCCTTGCTGCCAAGATGGCTGAAGAGCCTTTCAGGCTTCTGGTACGCATGACTTT-GCTGCCATGTA------AATTTACAAATTGATAGATTTCAACTGTGCTCATGTGATCT-TTGTTTGACTTGGAAATGATAGATTGTGGATTCTGTGATTGCGCTATTCCGTGTTGATTTCAGTGGTAGGGGTGAACTTGCAGAGCGTCAGGTATTCTACTGTAACTAACTAACTACGTG-------AAAAAATCAAGCAACTCAGGAAGTAGTCGAAGGC---TT-GCATTTTATACACTT--TTTTAAGTGATGTGTTCTGTGACTGCAGCAAAAACTGGCACAAATGCTGTCCCGCCTTACAAAGATTGCTGAGGAGTTCAATGTTGCAGTGTACATCACCAACCAAGGTGTGCTTT-CCAATCT-AA------TCC--------------------------------------------TATCTTTTCCAAGAAAGAGCTCCTTATATTCGTGGATCTCAAATCAT--AAGTTGTGT----CCTTGTTCCAGTGATTGCGGACCCAGGTGGTGGTATGTTCATAACTGACCCCAAAAAGCCGGCGGGAGGCCACGTGTTGGCGCATGCAGCCACCATCCGGTTGATGCTGAGGAAAGGCAAAGGCGAGCAGCGCGTCTGCAAGATCTTTGACGCCCCTAACCTACCCGAGGGAGAAGCTATATCCTTTT-GCTCTATA------------------------------------------------------------------------------------------CTTGTTTACTGCTT-GT--GCTATTCATTGCTTTAATTTGTTT-GGTTGTT--AAACTCTTGATAAAATT-------------------------------GTTCTGCTCAGATTTGCACAGCAAAGTTTATGATTTAGTTC-TA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTTGGTAAACTCCATGACTGAAGCTTCACGTAGCAAAAATTAGCAATGATCAGATTTG-CCGAGAAATTGTTTCCCTTGACCACCAACACGGGGGGCCTTCCGTGAAGGATTGAGAAAAGCTGGCCCACGACTCCTGGAACCTATCATGAAGGTTGAAGTGATTACCCCTGAGGAGCATTTGGGTGATGTTATTGGTGACTTGAACTCTAGAAGAGGGCAAGTTAACAGCTTCGGAGATAAGCCAGGTGGACTTAAGGTATTAAGCAGTACATTCTCTCCCTTTATGGCCTTCTTCTACTA-CTAATACTA---------CTTTGATTAACACTATAA-CGACATGAGTAAAATCGA-------ACAAATTGCAGTATGATTATGCATTTTT----GTTTGACCTCTCAGATGTACTAATTTT-GAGTCTAGT-GCACCAAATCTTCCTGCTGCACTT---AACATCCATTGTCAACT-----CTAGCCGGGCATCTAGGATTCAATAACCCTTTTATTCTTTTCCTTTTTTG--GTCAAGCGATAGCCATTTTATTCTCAGAGTTATTTC-TTCAATTAGATTTG-TAGTTTGCCAGGATCTTCTATCTGAAATGTATCTCGAGAATTT-AACTG-GCTTTGCTGTT-GACTGCAGGTGGTTGATGCTTTCGTGCCGTTGGCCGAGATGTTCCAGTATGTCAGCAGTCTGAGGGGAATGTCCAAGGGGCGCGCGTCGTACACAATGCAGCTTGCCAAGTTCGACGTTGTCCCACAGCATATCCAGAACCAACTTTCTGCGGCAAAACAAGAGGAAGCTGCTGCTTAAATCTTCGGCATT-CGTAGATAATATATAT--GAGGACGGCAGAGCAGGTGAGTATAGGAGGACATCAAGGTGTATGTAGCTTTGTAGTATCAAACCCAGTGGGTGATATTATTTGCCATTGTTTTT-GGACCTGATAATGTCCATAATTTTGCAAGCTGGTATAATTTCA?????????ATATATTTACTTACATTTGGTGGGTATTTGCGTGTTCATTTTCAAAATTACAGTAGCACTAAAGAGAGTTCCTTGTATTCAATATCCTTATGGGGAAAAAGGATACCCAAAGGAGTGAATAGGGATTTCGTTTTATCAACAACGAAGAGTGGAGTTTCTTTTTTTTCACAAAATATACCCAAAATTCAAGGTAATACAAGAAATAGGATAGGATCCTTTACTACGTCTTTTGGGGCTAAAAACACTTTTGCCTATCCGCATGAAACGGGAAATACTATGTTATTTCCTCTTCTTATATTACTACTTTTCACTTTGTTCATTGGATTCATAGGAATCTCTTTTGATAATGGAGGAATGGATAATGGAATAGCAGAGTTAACCATATTATCAAAGTGGTTAACTCCCTCAAAAAACTTTACCCAGGAAAGTTCTAATTCTTTTGTAAATTCATATGAATTTATTACTAATGCAATTTCTTCTGTAACTCTAGCTATCTTTGGTTTATTCATAGCATATATCTTCTATGGATCTGCTTATTCTTTTTTTCAGAATTTGGATTTAATAAACTCTTTTGTAAAAAGAAATCCTAAAAAAGAATTTTTGGATCAAGTAAAAAAAAATATATACAGTTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATATTTTCTATACTAGGGTCTTTACCCTCGGTATAAGAGGGTTAACCGAACTAACGGAGTTTTTTGATAAGGGTGTTATTGATGGAATTACCAATGGAGTGGGTCTTGCTAGTTTTTGTA?? Lophopyrum_elongatum 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Peridictyon_sanctum 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Thinopyrum_bessarabicum GACAATGTATGGCTCCTTTTACATCTCTCTT--AACCCATTTAAGGAAGAATAGATCAAGATCTTTGTTTAATTCGTGATCTTTCTGTTTTAGATCATATACGCTCGCGCATACACCTATGAGCACCAGTACAACTTACTCCTGGGCCTTGCTGCCAAGATGGCTGAAGAGCCTTTCAGGCTTCTGGTACGCATGACTTT-GCTGACATGTACTATTTAACTTACAAGTTGATAGATCTTAACTGTGCTCATGTGATCT-TTGTTTGGCTTGGAAATGATAGATCGTGGATTCTGTGATTGCGCTATTCCGTGTTGATTTCAGTGGTAGGGGTGAACTTGCAGAGCGTCAGGTATTCTACTGTAACTAGCTAACTATGTG-------AAAAAATCAAGCAACTCATGATGTAGTCGAATGC---TT-GCATTTTATACACTTGCTCT-AAGTGATGTGCTCTGGAACTGCAGCAAAAACTGGCACAAATGCTGTCCCGCCTTACAAAGATTG{CG}TGAGGAGTTCAATGTTGCAGTGTACATCACCAACCAAGGCGTGCTTT-CCAATCT--A------TCC--------------------------------------------TGTCTGTTCAAAGAAAGAGCTCCTTATATTCGTGGATCTCAAATCATACAAGTTCTTT----CCTTGTTCCAGTGATTGCGGACCCAGGTGGCGGTATGTTCATCACTGACCCCAAAAAGCCGGCGGGAGGCCACGTGCTGGCGCATGCAGCCACCATCCGGTTGATGCTGAGGAAAGGCAAAGGCGAGCAGCGTGTCTGCAAGATCTTTGACGCCCCTAACCTTCCCGAGGGAGAAGCTATATCCTTTT-GCTCTATA-CTA--------------------------------------------------------------------------------------CTTGTTTACTGCTT-GT--GCTATTCATTGCTTTAATTTGTTT-GGTTGCT--GAACTCTTGATACGATT-------------------------------GTTTTGCTCAGACTTGCACAGCAAAGTTTATGATTTAGTTC-TA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTTGTTAACCTCCTTCACTGAAGCTTCATGTAGCACAAATTAGCGACGATCAGAT--GTTCGAGAAATTGTTTCCCTTGACCACCAACACG??GGGCCTTCCGTGAAGGATTGAGGAAAGCTGGCCCACGACTCCTGGAACCTATAATGAGGGTTGAAGTGATTACTCCTGAGGAGCATTTGGGTGATGTTATTGGTGACTTGAACTCTAGAAGAGGACAAGTTAACAGCTTTGGAGATAAGCCAGGTGGACTTAAGGTATTAAGCAGTAC------TCC-TTTATGGCCTTCTATTACTA-CTAATACTA---------CTTTGACTAACACTATAA-CAACATGAGTAAAATCAA-------ACAAATTGCAGTATGATTATGCATTTAT----ATTTGACCTCTCAGATATACTAATTTT-GAGTCTAGC-GCACCAAATCTTCCTGCTGCACTT---AACATCCATTGTCAGCT-----ATAGCCGAGCATCTAACATTCAACAACCCTTTTATTCTTTTTCTTTTTTG--GTCGAGAGATAGCCATTTTATTCTTGAAGTTATTTC-TCCAATTAGACTTG-TAGTTTGCTAGGATCTGCTGTCTGAAATATTTCTCGAGAATTG-AACTT-GCTTTGCTGTT-GACTGCAGGTGGTTGATGCTTTCGTGCCGCTGGCCGAGATGTTCCAGTATGTCAGCACTCTGAGGGGAATGTCCAAGGGGCGCGCGTCGTACACAATGCAGCTTGCCAAGTTCGACGTTGTCCCACAGCATATCCAGAACCAGCTTTCTGCGGCAAAA---GAGGAAGCTGCTGCTTAAATCTTCAGTATT-CGTAGATAATATATAT--GAGGACGGCAGAGCAGGTGAGTATAGG---ACATTAAGGTGTATGTAGCTTTGTAGTGTCGAACCAAGTGGGTGATATTGTTTGCCATTGTTTTT-GGACCTGATAATGTCCATAATTTTGCAAGCAGTTATAATTTCATAAT?????????ATTTACTTACATTTGATGGGTATTTGCGTGTTCATTTTCAAAATTACAGTAGCACTAAAGAGAGTTCCTTGTATTCAATATCCTTATGGGGAAAAAGGATACCCAAAGGAGTGAATAGGGATTTCGTTTTATCAACAACGAAGAGTGGAGTTTCTTTTTTTTCACAAAATATACCAAAAATTCAAGGTAATACAAGAAATAGGATAGGATCCTTTACTACGTCTTTTGGGGCTAAAAACACTTTTGCCTATCCGCATGAAACGGGAAATACTATGTTATTTCCTCTTCTTATATTACTACTTTTCACTTTGTTCATTGGATTCATAGGAATCTCTTTTGATAATGGAGGAATTGATAATGGAATAGCAGAGTTAACCATATTATCAAAGTGGTTAACTCCCTCAATAAACTTTACCCAGGAAAGTTCTAATTCTTTTGTAAATTCATATGAATTTATTACTAATGCAATTTCTTCTGTAAGTCTAGCTATCTTTGGTTTATTCATAGCATATATCTTCTATGGATCCGCTTATTCTTTTTTTCAGAATTTGGATTTAATAAACTCTTTTTACAAAGGAAATCCTAAAAAAGAATTTTTAGATCAAGTAAAAAAAAATATATACAGTTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATATTTTCTATACTAGGGTCTTTACCCTCGGTATAAGAGGGTTAACCGAACTAACGGAGTTTTTTGATAAGGGTGTTATTGATGGAATTACCAATGGAGTGGGTCTTGCTAG?????????? Triticum_aestivum_A GACAATGTATGGCTCCTTTTACATCTCTCTT--AACCCATTTAAGGAAGAATAGATCAAGATCTTTGTTTAATTCGTGATCTTTCTGTTTTAGATCATATACGCTCGCGCATACACCTATGAGCACCAGTACAACTTACTCCTGGGCCTTGCTGCCAAGATGGCCGAAGAGCCTTTCAGGCTTCTGGTACGCATGACTTT-GCTGACATGTACTATCAAACTTACAAGTTGATAGATCTCAACTGTGCTCATGTGATCT-TTGTTTGGCTTGGAAATGATAGATCGTGGATTCTGTGATTGCGCTATTCCGTGTTGATTTCAGTGGTAGGGGTGAACTTGCAGAGCGTCAGGTATTCTACTGTAACTAGCTAACTATGTG-------AAAAAATCAAGCAACTCATGATGTAGTCGAATGC---TT-GCATTTTATACACTTGCTCT-AAGTGATGTGCTCTGGAACTGCAGCAAAAACTGGCACAAATGCTGTCCCGCCTTACAAAGATTGCTGAGGAGTTCAATGTTGCAGTGTACATCACCAACCAAGGTGTGCTTT-CCAATCT--A------TCC--------------------------------------------TGTCTGTTCCAAGAAAGAGCTCCTTATATTCGTGGATCTCAAATCATATAAGTTCTTT----CCTTGTTCCAGTGATTGCGGACCCAGGTGGTGGTATGTTCATCACTGACCCCAAAAAGCCGGCAGGAGGCCACGTGCTGGCGCATGCAGCCACCATCCGGTTGATGCTGAGGAAAAGCAAAGGCGAGCAGCGTGTCTGCAAGATCTTTGACGCCCCTAACCTTCCCGAGGGAGAAGCTATATCCTTTT-GCT---TA-CTA--------------------------------------------------------------------------------------CTTGTTTACTGCTT-GT--GCTATTCATTGCTTTAATTTGTTT-GGTTGCT--GAACTCTTGATAGGATT-------------------------------GTTTTGCTCAGACTTGCACAGC----TTTATGATTTAGTTCTTA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTTGTTAACCTCCTTTGCTGAAGCTTCACGTAGCACAAATTAGCAATGATCAGAT--GT-CGAGAAATTGTTTCCCTTGACCACCAACACGGGGTGCCTTCCGTGAAGGATTGAGGAAAGCTGGCCCACGACTCCTGGAACCTATAATGAGGGTTGAAGTGATTACCCCTGAGGAGCATTTGGGTGATGTTATTGGTGACTTGAACTCTAGAAGAGGACAAGTTAACAGCTTCGGAGATAAGCCAGGTGGACTTAAGGTATTAAGCAGTAC------TCC-TTTATGGCCTTCTATTACTA-CTAATACTA---------CCTTGACTAACACTATAA-TAACATGAGTAAAATTGA-------ACAAATTGCAGTATGATTATGCATT-AT----ATTTGACCTATCTGATGTACTAATTCT-GAGTCTAGT-GCACCAAATCTTCCTGCTGCACTT---AACATCCATTGTCAGCT-----ATAGCCGAGCATCTAACATTCAATAACCCTTT-ATTCTTTTTCTTTTTTG--GTCGAGAGATAGCCATTTTATTCTCGGAGTTATTTC-TCCAATTAGACTTG-TAGTTTGCCAGGATCTGCTGTCTGAAATATTTCTGCAGAATTG-AACTT-GCTTTGCTGTT-GACTGCAGGTGGTTGATGCTTTCGTGCCGCTGGCCGAGATGTTCCAGTATGTCAGCACTCTGAGGGGAATGTCCAAGGGGCGCGCGTCATACACAATGCAGCTTGCCAAGTTCGACGTTGTCCCACAGCATATCCAGAACCAGCTTTCTGCGGCAAAA---GAGGAAGCTGCTGCTTAAATCTTCAGTATT-CGTAGATAATATATAT--GAGGACGGCAGAGCAGGTGAGTATAGG---ACATCAAGGTGTATGTAGCTTTGTAGTGTCGAACCCAGCGGGTGATATTATTTGCCATTGTTTTT-GGACCTGATAATGTCCATAATTTTGCAAGCTGTTATAATTTCATAATGACCT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Triticum_aestivum_B 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Triticum_aestivum_D 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Triticum_monococcum 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Triticum_turgidum_ssp._dicoccoides_H6840A 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Triticum_turgidum_ssp._dicoccoides_H6840B 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Triticum_turgidum_ssp._dicoccoides_H6841A 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Triticum_turgidum_ssp._durum_H6838A 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Triticum_turgidum_ssp._durum_H6838B 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Triticum_turgidum_ssp._durum_H6842A 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Triticum_urartu_6664 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Triticum_urartu_H665 GACAATGTATGGCTCCTTTTACATCTCTCTT--AACCCATTTAAGGAAGAATAGATCAAGATCTTTGTTTAATTCGTGATCTTTCTGTTTTAGATCATATACGCTCGCGCATACACCTATGAGCACCAGTACAACTTACTCCTGGGCCTTGCTGCCAAGATGGCCGAAGAGCCTTTCAGGCTTCTGGTACGCATGACTTT-GCTGACATGTACTATCAAACTTACAAGTTGATAGATCTCAACTGTGCTCATGTGATCT-TTGTTTGGCTTGGAAATGATAGATCGTGGATTCTGTGATTGCGCTATTCCGTGTTGATTTCAGTGGTAGGGGTGAACTTGCAGAGCGTCAGGTATTCTACTGTAACTAGCTAACTATGTG-------AAAAAATCAAGCAACTCATGATGTAGTCGAATGC---TT-GCATTTTATACACTTGCTCT-AAGTGATGTGCTCTGGAACTGCAGCAAAAACTGGCACAAATGCTGTCCCGCCTTACAAAGATTGCTGAGGAGTTCAATGTTGCAGTGTACATCACCAACCAAGGTGTGCTTT-CCAATCT--A------TCC--------------------------------------------TGTCTGTTCCAAGAAAGAGCTCCTTATATTCGTGGATCTCAAATCATATAAGTTCTTT----CCTTGTTCCAGTGATTGCGGACCCAGGTGGTGGTATGTTCATCACTGACCCCAAAAAGCCGGCAGGAGGCCACGTGCTGGCGCATGCAGCCACCATCCGGTTGATGCTGAGGAAAAGCAAAGGCGAGCAGCGTGTCTGCAAGATCTTTGACGCCCCTAACCTTCCCGAGGGAGAAGCTATATCCTTTT-GCT---TA-CTA-----------------------------------------------------------------------------------GTACTTGTTTACTGCTT-GT--GCTATTCATTGCTTTAATTTGTTT-GGTTGCT--GAACTCTTGATAGGATT-------------------------------GTTTTGCTCAGACTTGCACAGC----TTTATGATTTAGTTCTTA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTTGTTAACCTCCTTTACTGAAGCTTCACGTAGCACAAATTAGCAATGATCAGAT--GT-CGAGAAATTGTTTCCCTTGACCACCAACACGGGGTGCCTTCCGTGAAGGATTGAGGAAAGCTGGCCCACGACTCCTGGAACCTATAATGAGGGTTGAAGTGATTACCCCTGAGGAGCATTTGGGTGATGTTATTGGTGACTTGAACTCTAGAAGAGGACAAGTTAACAGCTTCGGAGATAAGCCAGGTGGACTTAAGGTATTAAGCAGTAC------TCC-TTTATGGCCTTCTATTACTA-CTAATACTA---------CCTTGACTAACAATATAA-TAACATGAGTAAAATTGA-------ACAAATTGCAGTATGATTATGCATT-AT----ATTTGACCTATCTGATGTACTAATTCT-GAGTCTAGT-GCACCAAATCTTCCTGCTGCACTT---AACATCCATTGTCAGCT-----ATAGCCGAGCATCTAACATTCAATAACCCTTT-ATTCTTTTTCTTTTTTG--GTCGAGAGATAGCCATTTTATTCTCGGAGTTATTTC-TCCAATTAGACTTG-TAGTTTGCCAGGATCTGCTGTCTGAAATATTTCTGGAGAATTG-AACTT-GCTTTGCTGTT-GACTGCAGGTGGTTGATGCTTTCGTGCCGCTGGCCGAGATGTTCCAGTATGTCAGCACTCTGAGGGGAATGTCCAAGGGGCGCGCGTCATACACAATGCAGCTTGCCAAGTTCGATGTTGTCCCACAGCATATCCAGAACCAGCTTTCTGCGGCAAAA---GAGGAAGCTGCTGCTTAAATCTTCAGTATT-CGTAGATAATATATAT--GAGGACGGCAGAGCAGGTGAGTATAGG---ACATCAAGGTGTATGTAGCTTTGTAGTGTCGAACCCAGCGGGTGATATTATTTGCCATTGTTTTT-GGACCTGATAAT????????????????????????????????????????ATATATTTACTTACATTTGATGGGTATTTGCGTGTTCATTTTCAAAATTACAGTAGCACTAAAGAGAGTTCCTTGTATTCAATATCCTTATGGGGAAAAAGGATACCCAAAGGAGTGAATAGGGATTTCGTTTTATCAACAACGAAGAGTGGAGTTTCTTTTTTTTCACAAAATATACCAAAAATTCAAGGTAATACAAGAAATAGGATAGGATCCTTTACTACGTCTTTTGGGGCTAAAAAAACTTTTGCCTATCCGCATGAAACGGGAAATACTATGTTATTTCCTCTTCTTATATTACTACTTTTCACTTTGTTCATTGGATTCATAGGAATCTCTTTTGATAATGGAGGAATTGGTAATGGAATAGCAGAGTTAACCATATTATCAAAGTGGTTAACTCCCTCAATAAACTTTACCCAGGAAAGTTCTAATTCTTTTGTAAATTCATATGAATTTATTACTAATGCAATTTCTTCTGTAAGTCTAGCTATCTTTGGTTTATTCATAGCATATATCTTCTATGGATCCGCTTATTCTTTTTTTCAGAATTTGGATTTAATAAACTCTTTTTACAAAGGAAATCCTAAAAAAGAATTTTTAGATCAAGTAAAAAAAAATATATACAGTTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATATTTTCTATACTAGGGTCTTTACCCTCGGTATAAGAGGGTTAACCGAACTCACGGAGTTTTTTGATAAGGGTGTTATTGATGGAATTACCAATGGAGTGGGTCTTGCTAGTTTTTGTATA ; END; BEGIN SETS; CHARSET EFG (CHARACTERS = Triticum_and_Aegilops) = 1498-2413; CHARSET MITEstowaway2 (CHARACTERS = Triticum_and_Aegilops) = 1119-1406; CHARSET MITEstowaway1 (CHARACTERS = Triticum_and_Aegilops) = 886-973; CHARSET ndhF (CHARACTERS = Triticum_and_Aegilops) = 2414-3190; CHARSET DMC1 (CHARACTERS = Triticum_and_Aegilops) = 1-1497; END; BEGIN TREES; TITLE Triticum_and_Aegilops; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Bromus_arvensis, 2 Bromus_sterilis, 3 Agropyron_cristatum, 4 Amblyopyrum_muticum, 5 Australopyrum_pectinatum, 6 Australopyrum_retrofractum, 7 Australopyrum_velutinum, 8 Aegilops_comosa_H6673, 9 Triticum_monococcum, 10 Dasypyrum_villosum, 11 Eremopyrum_distans, 12 Eremopyrum_triticeum, 13 Festucopsis_serpentini, 14 Henrardia_persica, 15 Heteranthelium_piliferum, 16 Hordeum_brachyantherum, 17 Hordeum_erectifolium, 18 Hordeum_marinum, 19 Hordeum_murinum, 20 Hordeum_vulgare, 21 Lophopyrum_elongatum, 22 Aegilops_tauschii, 23 Peridictyon_sanctum, 24 Crithopsis_delileana, 25 Psathyrostachys_fragilis_ssp._fragilis, 26 Psathyrostachys_fragilis_ssp._villosus, 27 Psathyrostachys_stoloniformis, 28 Secale_strictum, 29 Pseudoroegneria_spicata, 30 Aegilops_speltoides_H4523, 31 'Taeniatherum caput-medusae', 32 Thinopyrum_bessarabicum, 33 Aegilops_bicornis, 34 Aegilops_searsii_H6605, 35 Aegilops_comosa_H6606, 36 Aegilops_umbellulata, 37 Triticum_urartu_6664, 38 Triticum_urartu_H665, 39 Aegilops_uniaristata, 40 Aegilops_caudata, 41 Aegilops_longissima, 42 Aegilops_sharonensis, 43 Aegilops_searsii_H6683, 44 Aegilops_speltoides_H6797, 45 Triticum_turgidum_ssp._durum_H6838B, 46 Triticum_turgidum_ssp._turgidum_B, 47 Triticum_turgidum_ssp._dicoccoides_H6840B, 48 Triticum_turgidum_ssp._dicoccoides_H6841B, 49 Triticum_turgidum_ssp._durum_H6842B, 50 Triticum_turgidum_ssp._durum_H6838A, 51 Triticum_turgidum_ssp._turgidum_A, 52 Triticum_turgidum_ssp._dicoccoides_H6840A, 53 Triticum_turgidum_ssp._dicoccoides_H6841A, 54 Triticum_turgidum_ssp._durum_H6842A, 55 Triticum_aestivum_B, 56 Triticum_aestivum_A, 57 Triticum_aestivum_D; TREE Fig._4 = [&R] ((1:0.01808113,2:0.0172572):0.029573745,((14:0.02233223,29:0.01341375):0.00327716,((30:0.00173032,44:7.4531E-4):0.00263795,(47:5.497E-4,(48:1.0E-8,(55:1.0E-8,(45:1.0E-8,46:1.0E-8,49:1.0E-8):5.3083E-4):0.00212617):5.2093E-4):0.00509136):0.01816089,((13:0.01141595,23:0.01253834):0.00368368,(28:0.02606687,(((27:0.00860759,(25:0.00382794,26:0.00470386):0.0079342):0.00781386,((12:0.00886397,(3:0.00582786,11:0.00996764):0.0020102):0.01366199,((19:0.02657467,20:0.0242781):0.0038981,(18:0.01212801,(16:0.00472783,17:0.00459252):0.0038018):0.00860301):0.00689478):9.4339E-4):0.00212188,((10:0.01972782,15:0.02600638):0.00402326,(31:0.01308499,(7:0.00248116,(5:0.00247793,6:4.9156E-4):0.00616246):0.00906134):0.00822956,((32:0.01323178,(4:0.01407222,9:0.01050039,((37:1.0E-8,38:1.0E-8):0.00109714,(50:6.1723E-4,51:0.00123565,52:1.0E-8,53:6.1668E-4,54:1.0E-8,56:6.1768E-4):6.0861E-4):0.00710186):0.00118219):0.00180709,(21:0.01468591,(24:0.01070425,((36:0.00660007,40:0.00421855):7.3736E-4,((39:0.00260995,(8:5.2305E-4,35:1.0E-8):0.00366539):0.00217135,((22:1.0E-8,57:0.00124309):0.00587746,((34:1.0E-8,43:1.0E-8):0.0048531,(33:5.226E-4,(41:0.00102458,42:9.1185E-4):0.00216624):7.0853E-4):0.00999198):0.0051525):0.00433551):0.00698203):0.0018124):0.009768):0.0213635):0.00224733):0.00471718):0.00604363):0.00706859):0.029573745); END;