#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 24, 2024; 6:44 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Hsieh H., Lin C., Fang M., Rogers J., Fournier J., Lechat C., & Ju Y. 2010. Phylogenetic status of Xylaria subgenus Pseudoxylaria among taxa of the subfamily Xylarioideae (Xylariaceae) and phylogeny of the taxa involved in the subfamily. Molecular Phylogenetics and Evolution, 54: 957-969. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S13765] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=131; TAXLABELS Amphirosellinia_fushanensis_91111209 Amphirosellinia_nigrospora_91092308 Annulohypoxylon_cohaerens_310 Astrocystis_bambusae_89021904 Astrocystis_mirabilis_94070803 Astrocystis_sublimbata_89032207 Biscogniauxia_arima_122 Biscogniauxia_mediterranea_147 Discoxylaria_myrmecophila_169 Entoleuca_mammata_100 Euepixylon_sphaeriostomum_261 Kretzschmaria_clavus_114 Kretzschmaria_guyanensis_89062903 Kretzschmaria_lucidula_112 Kretzschmaria_megalospora_229 Kretzschmaria_neocaledonica_94031003 Kretzschmaria_pavimentosa_109 Kretzschmaria_sandvicensis_113 Nemania_abortiva_467 Nemania_beaumontii_405 Nemania_bipapillata_90080610 Nemania_diffusa_91020401 Nemania_illita_236 Nemania_macrocarpa_265 Nemania_maritima_89120401 Nemania_primolutea_91102001 Nemania_serpens_Barron_isolate_235 Penzigia_cantareirensis_526 Podosordaria_mexicana_176 Podosordaria_muli_167 Poronia_pileiformis_88113001 Rosellinia_buxi_99 Rosellinia_lamprostoma_89112602 Rosellinia_merrillii_89112601 Rosellinia_necatrix_89062904 Rosellinia_sanctaecruciana_90072903 Stilbohypoxylon_elaeicola_173 Stilbohypoxylon_elaeicola_94082615 Stilbohypoxylon_quisquiliarum_172 Stilbohypoxylon_quisquiliarum_89091608 Xylaria_acuminatilongissima_623 Xylaria_adscendens_570 Xylaria_adscendens_865 Xylaria_allantoidea_94042903 Xylaria_amphithele_529 Xylaria_apoda_90080804 Xylaria_arbuscula_89041211 Xylaria_arbuscula_var_plenofissura_93082814 Xylaria_areolata_543 Xylaria_atrodivaricata_95052001 Xylaria_atrosphaerica_91111214 Xylaria_badia_95070101 Xylaria_bambusicola_162 Xylaria_bambusicola_205 Xylaria_berteri_256 Xylaria_berteri_90112623 Xylaria_brunneovinosa_720 Xylaria_castorea_600 Xylaria_castorea_cf_91092303 Xylaria_cirrata_664 Xylaria_coccophora_786 Xylaria_cranioides_226 Xylaria_crozonensis_398 Xylaria_cubensis_159 Xylaria_cubensis_477 Xylaria_cubensis_515 Xylaria_cubensis_860 Xylaria_culleniae_189 Xylaria_curta_494 Xylaria_curta_92092022 Xylaria_digitata_919 Xylaria_enterogena_785 Xylaria_escharoidea_658 Xylaria_feejeensis_180 Xylaria_feejeensis_565 Xylaria_feejeensis_92092013 Xylaria_fimbriata_491 Xylaria_fissilis_367 Xylaria_frustulosa_771 Xylaria_frustulosa_92092010 Xylaria_glebulosa_431 Xylaria_globosa_775 Xylaria_grammica_479 Xylaria_griseosepiacea_641 Xylaria_haemorrhoidalis_89041207 Xylaria_heliscus_88113010 Xylaria_hypoxylon_152 Xylaria_hypoxylon_95082001 Xylaria_ianthinovelutina_553 Xylaria_intracolorata_90080402 Xylaria_intraflava_725 Xylaria_juruensis_92042501 Xylaria_laevis_419 Xylaria_laevis_95072910 Xylaria_liquidambar_93090701 Xylaria_luteostromata_var_macrospora_508 Xylaria_meliacearum_148 Xylaria_microceras_414 Xylaria_montagnei_495 Xylaria_multiplex_259 Xylaria_multiplex_580 Xylaria_muscula_520 Xylaria_nigripes_653 Xylaria_ochraceostroma_401 Xylaria_oligotoma_784 Xylaria_ophiopoda_93082805 Xylaria_oxyacanthae_859 Xylaria_palmicola_604 Xylaria_papulis_89021903 Xylaria_phyllocharis_528 Xylaria_plebeja_91122401 Xylaria_polymorpha_1012 Xylaria_regalis_920 Xylaria_regalis_92072001 Xylaria_schweinitzii_92092023 Xylaria_scruposa_497 Xylaria_sicula_f_major_90071613 Xylaria_sp_1_642 Xylaria_sp_2_660 Xylaria_sp_3_722 Xylaria_sp_4_646 Xylaria_sp_5_650 Xylaria_sp_6_258 Xylaria_sp_7_90071609 Xylaria_sp_8_519 Xylaria_striata_304 Xylaria_telfairii_421 Xylaria_telfairii_90081901 Xylaria_tuberoides_475 Xylaria_venosula_94080508 Xylaria_venustula_88113002 ; 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Kretzschmaria_guyanensis_89062903 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Kretzschmaria_lucidula_112 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Kretzschmaria_neocaledonica_94031003 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Kretzschmaria_pavimentosa_109 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Podosordaria_mexicana_176 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Xylaria_areolata_543 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Xylaria_bambusicola_162 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Xylaria_brunneovinosa_720 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Xylaria_cubensis_477 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Xylaria_fimbriata_491 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Xylaria_glebulosa_431 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Xylaria_tuberoides_475 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Xylaria_telfairii_421, 28 Xylaria_telfairii_90081901, 29 Xylaria_scruposa_497, 30 Xylaria_atrosphaerica_91111214, 31 Xylaria_polymorpha_1012, 32 Xylaria_ophiopoda_93082805, 33 Xylaria_glebulosa_431, 34 Xylaria_schweinitzii_92092023, 35 Xylaria_haemorrhoidalis_89041207, 36 Xylaria_globosa_775, 37 Xylaria_luteostromata_var_macrospora_508, 38 Xylaria_plebeja_91122401, 39 Xylaria_intracolorata_90080402, 40 Xylaria_heliscus_88113010, 41 Xylaria_allantoidea_94042903, 42 Xylaria_regalis_92072001, 43 Xylaria_regalis_920, 44 Xylaria_montagnei_495, 45 Xylaria_digitata_919, 46 Amphirosellinia_fushanensis_91111209, 47 Amphirosellinia_nigrospora_91092308, 48 Stilbohypoxylon_quisquiliarum_172, 49 Stilbohypoxylon_quisquiliarum_89091608, 50 Xylaria_laevis_419, 51 Xylaria_laevis_95072910, 52 Xylaria_crozonensis_398, 53 Xylaria_berteri_90112623, 54 Xylaria_berteri_256, 55 Xylaria_cubensis_515, 56 Xylaria_cubensis_159, 57 Xylaria_cubensis_477, 58 Xylaria_cubensis_860, 59 Xylaria_castorea_600, 60 Xylaria_castorea_cf_91092303, 61 Discoxylaria_myrmecophila_169, 62 Xylaria_oxyacanthae_859, 63 Xylaria_sp_7_90071609, 64 Xylaria_palmicola_604, 65 Nemania_abortiva_467, 66 Nemania_primolutea_91102001, 67 Nemania_diffusa_91020401, 68 Nemania_illita_236, 69 Nemania_bipapillata_90080610, 70 Nemania_beaumontii_405, 71 Nemania_serpens_Barron_isolate_235, 72 Euepixylon_sphaeriostomum_261, 73 Nemania_maritima_89120401, 74 Nemania_macrocarpa_265, 75 Rosellinia_merrillii_89112601, 76 Entoleuca_mammata_100, 77 Rosellinia_necatrix_89062904, 78 Rosellinia_buxi_99, 79 Rosellinia_sanctaecruciana_90072903, 80 Rosellinia_lamprostoma_89112602, 81 Xylaria_fissilis_367, 82 Xylaria_areolata_543, 83 Xylaria_bambusicola_162, 84 Xylaria_bambusicola_205, 85 Xylaria_striata_304, 86 Xylaria_arbuscula_var_plenofissura_93082814, 87 Xylaria_arbuscula_89041211, 88 Xylaria_venosula_94080508, 89 Xylaria_venustula_88113002, 90 Xylaria_oligotoma_784, 91 Xylaria_coccophora_786, 92 Xylaria_sicula_f_major_90071613, 93 Xylaria_sp_6_258, 94 Xylaria_amphithele_529, 95 Xylaria_meliacearum_148, 96 Penzigia_cantareirensis_526, 97 Xylaria_microceras_414, 98 Xylaria_muscula_520, 99 Xylaria_tuberoides_475, 100 Xylaria_cranioides_226, 101 Kretzschmaria_megalospora_229, 102 Kretzschmaria_guyanensis_89062903, 103 Kretzschmaria_sandvicensis_113, 104 Kretzschmaria_pavimentosa_109, 105 Kretzschmaria_neocaledonica_94031003, 106 Kretzschmaria_clavus_114, 107 Kretzschmaria_lucidula_112, 108 Xylaria_papulis_89021903, 109 Xylaria_adscendens_570, 110 Xylaria_adscendens_865, 111 Xylaria_multiplex_580, 112 Xylaria_multiplex_259, 113 Xylaria_grammica_479, 114 Xylaria_liquidambar_93090701, 115 Xylaria_hypoxylon_95082001, 116 Xylaria_hypoxylon_152, 117 Xylaria_fimbriata_491, 118 Xylaria_cirrata_664, 119 Xylaria_sp_2_660, 120 Xylaria_escharoidea_658, 121 Xylaria_brunneovinosa_720, 122 Xylaria_nigripes_653, 123 Xylaria_acuminatilongissima_623, 124 Xylaria_sp_3_722, 125 Xylaria_sp_4_646, 126 Xylaria_atrodivaricata_95052001, 127 Xylaria_griseosepiacea_641, 128 Xylaria_sp_5_650, 129 Xylaria_ochraceostroma_401, 130 Xylaria_intraflava_725, 131 Xylaria_sp_1_642; TREE MBT = [&R] (1,2,(3,((4,(5,6)),(((((7,((8,((9,(10,11)),(12,13))),(14,15))),((16,(17,(((18,(19,20)),(21,22)),(23,(24,25)),(((((26,(27,28)),(29,(30,(31,(32,(33,(34,(35,36)))))))),((37,38),(39,40))),((41,(42,43)),(44,(45,(46,47))))),((48,49),(((50,51),(52,(53,54))),(((55,56),(57,58)),(59,60)))))))),(61,(62,(63,64))))),((((65,66),(67,(68,69))),(70,(71,72)),(73,74)),((75,76),((77,78),(79,80))))),(81,((82,((((83,84),(85,(86,(87,88)))),(89,(90,91))),((92,(93,94)),(95,(96,(97,98)))),(99,(100,((101,102),(103,(104,(105,(106,107))))))))),(((108,(109,110)),(111,112)),(113,(114,(115,116))))))),(117,((118,(119,120)),(121,(122,(123,124)),((125,(126,127)),((128,129),(130,131)))))))))); END; BEGIN TREES; TITLE MPT; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Biscogniauxia_arima_122, 2 Biscogniauxia_mediterranea_147, 3 Annulohypoxylon_cohaerens_310, 4 Xylaria_acuminatilongissima_623, 5 Xylaria_sp_3_722, 6 Xylaria_nigripes_653, 7 Xylaria_atrodivaricata_95052001, 8 Xylaria_griseosepiacea_641, 9 Xylaria_sp_5_650, 10 Xylaria_ochraceostroma_401, 11 Xylaria_intraflava_725, 12 Xylaria_brunneovinosa_720, 13 Xylaria_sp_4_646, 14 Xylaria_sp_1_642, 15 Xylaria_sp_2_660, 16 Xylaria_escharoidea_658, 17 Xylaria_cirrata_664, 18 Xylaria_fimbriata_491, 19 Rosellinia_merrillii_89112601, 20 Entoleuca_mammata_100, 21 Rosellinia_necatrix_89062904, 22 Rosellinia_buxi_99, 23 Rosellinia_sanctaecruciana_90072903, 24 Rosellinia_lamprostoma_89112602, 25 Nemania_serpens_Barron_isolate_235, 26 Euepixylon_sphaeriostomum_261, 27 Nemania_beaumontii_405, 28 Nemania_abortiva_467, 29 Nemania_primolutea_91102001, 30 Nemania_illita_236, 31 Nemania_bipapillata_90080610, 32 Nemania_diffusa_91020401, 33 Nemania_maritima_89120401, 34 Nemania_macrocarpa_265, 35 Xylaria_berteri_90112623, 36 Xylaria_berteri_256, 37 Xylaria_crozonensis_398, 38 Xylaria_laevis_419, 39 Xylaria_laevis_95072910, 40 Xylaria_castorea_600, 41 Xylaria_castorea_cf_91092303, 42 Xylaria_cubensis_515, 43 Xylaria_cubensis_159, 44 Xylaria_cubensis_477, 45 Xylaria_cubensis_860, 46 Stilbohypoxylon_quisquiliarum_172, 47 Stilbohypoxylon_quisquiliarum_89091608, 48 Xylaria_montagnei_495, 49 Xylaria_digitata_919, 50 Amphirosellinia_fushanensis_91111209, 51 Amphirosellinia_nigrospora_91092308, 52 Xylaria_regalis_92072001, 53 Xylaria_regalis_920, 54 Xylaria_allantoidea_94042903, 55 Xylaria_luteostromata_var_macrospora_508, 56 Xylaria_plebeja_91122401, 57 Xylaria_intracolorata_90080402, 58 Xylaria_heliscus_88113010, 59 Xylaria_haemorrhoidalis_89041207, 60 Xylaria_globosa_775, 61 Xylaria_schweinitzii_92092023, 62 Xylaria_glebulosa_431, 63 Xylaria_ophiopoda_93082805, 64 Xylaria_atrosphaerica_91111214, 65 Xylaria_polymorpha_1012, 66 Xylaria_scruposa_497, 67 Xylaria_telfairii_421, 68 Xylaria_telfairii_90081901, 69 Xylaria_enterogena_785, 70 Xylaria_frustulosa_771, 71 Xylaria_frustulosa_92092010, 72 Xylaria_feejeensis_180, 73 Xylaria_feejeensis_92092013, 74 Xylaria_feejeensis_565, 75 Xylaria_badia_95070101, 76 Xylaria_phyllocharis_528, 77 Astrocystis_mirabilis_94070803, 78 Astrocystis_bambusae_89021904, 79 Astrocystis_sublimbata_89032207, 80 Xylaria_sp_7_90071609, 81 Xylaria_palmicola_604, 82 Xylaria_oxyacanthae_859, 83 Discoxylaria_myrmecophila_169, 84 Xylaria_curta_92092022, 85 Xylaria_curta_494, 86 Xylaria_ianthinovelutina_553, 87 Xylaria_culleniae_189, 88 Stilbohypoxylon_elaeicola_173, 89 Stilbohypoxylon_elaeicola_94082615, 90 Xylaria_juruensis_92042501, 91 Xylaria_sp_8_519, 92 Xylaria_apoda_90080804, 93 Xylaria_oligotoma_784, 94 Xylaria_coccophora_786, 95 Xylaria_venustula_88113002, 96 Kretzschmaria_clavus_114, 97 Kretzschmaria_lucidula_112, 98 Kretzschmaria_neocaledonica_94031003, 99 Kretzschmaria_pavimentosa_109, 100 Kretzschmaria_sandvicensis_113, 101 Kretzschmaria_megalospora_229, 102 Kretzschmaria_guyanensis_89062903, 103 Xylaria_cranioides_226, 104 Xylaria_tuberoides_475, 105 Xylaria_areolata_543, 106 Xylaria_microceras_414, 107 Xylaria_muscula_520, 108 Penzigia_cantareirensis_526, 109 Xylaria_meliacearum_148, 110 Xylaria_bambusicola_162, 111 Xylaria_bambusicola_205, 112 Xylaria_arbuscula_89041211, 113 Xylaria_venosula_94080508, 114 Xylaria_arbuscula_var_plenofissura_93082814, 115 Xylaria_striata_304, 116 Xylaria_sp_6_258, 117 Xylaria_amphithele_529, 118 Xylaria_sicula_f_major_90071613, 119 Xylaria_multiplex_580, 120 Xylaria_multiplex_259, 121 Xylaria_adscendens_570, 122 Xylaria_adscendens_865, 123 Xylaria_papulis_89021903, 124 Xylaria_hypoxylon_95082001, 125 Xylaria_hypoxylon_152, 126 Xylaria_liquidambar_93090701, 127 Xylaria_grammica_479, 128 Xylaria_fissilis_367, 129 Podosordaria_muli_167, 130 Podosordaria_mexicana_176, 131 Poronia_pileiformis_88113001; TREE MPT = [&R] ((3,(1,2)),(((18,((6,(4,5)),(11,12,13,14,(7,8),(9,10)),(17,(15,16)))),(((((19,20),((21,22),(23,24))),((27,(25,26)),((28,29),(32,(30,31))),(33,34))),((((((((37,(35,36)),(38,39)),((40,41),((42,43),(44,45)))),((49,(48,(46,47)),(50,51)),(54,(52,53)),(((55,56),(57,58)),((66,(64,65,(63,(62,(61,(59,60)))))),(69,(67,68)))))),((70,71),(74,(72,73)))),((75,76),(79,(77,78)))),(83,(82,(80,81)))),(92,((84,85),(91,((86,87),(90,(88,89)))))))),(128,((104,105,109,118,(95,(93,94)),(103,((100,((96,97),(98,99))),(101,102))),(108,(106,107)),((110,111),(115,(114,(112,113)))),(116,117)),(((119,120),(123,(121,122))),((124,125),(126,127))))))),(131,(129,130)))); END;