#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 29, 2024; 0:36 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Merville A., Venner S., Henri H., Vallier A., Menu F., Vavre F., Heddi A., & Bel-venner M. 2013. Endosymbiont diversity among sibling weevil species competing for the same resource. BMC Evolutionary Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S13815] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=10; TAXLABELS Blochmania_sp. Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_cameliae Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_dentipes Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_elephas Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_glandium Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_nucum Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_pellitus Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_robustus Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_sikkimensis Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_venosus ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=10; TAXLABELS Curculio_cameliae Curculio_dentipes Curculio_elephas Curculio_glandium Curculio_nucum Curculio_pellitus Curculio_pyrrhoceras Curculio_robustus Curculio_sikkimensis Curculio_venosus ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=15; TAXLABELS Diophrys_sp. Rickettsia_akari Rickettsia_felis Rickettsia_sp._ex._Acyrthosiphon_pisum Rickettsia_sp._ex._Bemisia_tabaci Rickettsia_sp._ex._Curculio_elephas Rickettsia_sp._ex._Curculio_glandium Rickettsia_sp._ex._Curculio_pellitus Rickettsia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone2 Rickettsia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone3 Rickettsia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone7 Rickettsia_sp._ex._Curculio_venosus Rickettsia_sp._ex._Deronectes_platynotus Rickettsia_sp._ex._Kytorhinus_sharpianus Rickettsia_tamurae ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa4; DIMENSIONS NTAX=10; TAXLABELS Blochmania_sp. Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_cameliae Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_dentipes Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_elephas Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_glandium Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_nucum Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_pellitus Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_robustus Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_sikkimensis Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_venosus ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa5; DIMENSIONS NTAX=14; TAXLABELS Mycoplasma_hominis Spiroplasma_citri Spiroplasma_platyhelix Spiroplasma_sp._ex._Anistostica_novemdecimpunctata Spiroplasma_sp._ex._Antonia_crawii Spiroplasma_sp._ex._Curculio_elephas Spiroplasma_sp._ex._Curculio_glandium Spiroplasma_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone8 Spiroplasma_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone9 Spiroplasma_sp._ex._Drosophila_nebulosa Spiroplasma_sp._ex._Entomoplasma_freundii Spiroplasma_sp._ex._Fannia_maricata Spiroplasma_sp._ex._Leucoma_salicis Spiroplasma_sp._ex._Monobia_quadridens ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa6; DIMENSIONS NTAX=34; TAXLABELS Wolbachia_sp._ex._Brugia_pahangi Wolbachia_sp._ex._Culex_quinquefasciatus Wolbachia_sp._ex._Curculio_elephas_clone1594 Wolbachia_sp._ex._Curculio_elephas_clone1654 Wolbachia_sp._ex._Curculio_elephas_clone1836 Wolbachia_sp._ex._Curculio_glandium_clone946 Wolbachia_sp._ex._Curculio_pellitus_clone1024 Wolbachia_sp._ex._Curculio_pellitus_clone118 Wolbachia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone1 Wolbachia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone10 Wolbachia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone2 Wolbachia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone3 Wolbachia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone4 Wolbachia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone5 Wolbachia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone6 Wolbachia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone7 Wolbachia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone8 Wolbachia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone9 Wolbachia_sp._ex._Curculio_venosus_clone1515 Wolbachia_sp._ex._Curculio_venosus_clone237 Wolbachia_sp._ex._Drosicha_pinicola Wolbachia_sp._ex._Drosophila_melanogaster Wolbachia_sp._ex._Drosophila_simulans Wolbachia_sp._ex._Encarsia_formosa Wolbachia_sp._ex._Mansonella_ozzardi Wolbachia_sp._ex._Muscidifurax_uniraptor Wolbachia_sp._ex._Nasonia_giraulti Wolbachia_sp._ex._Nasonia_longicornis Wolbachia_sp._ex._Nasonia_vitripennis_clone1 Wolbachia_sp._ex._Nasonia_vitripennis_clone2 Wolbachia_sp._ex._Onchocerca_gibsoni Wolbachia_sp._ex._Sitophilus_orizae Wolbachia_sp._ex._Tetranychus_urticae Wolbachia_sp._ex._Trichogramma_deion ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M15782] TITLE Matrix_Spiroplasma; LINK TAXA = Taxa5; DIMENSIONS NCHAR=1209; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Mycoplasma_hominis 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Spiroplasma_citri 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Spiroplasma_platyhelix 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Spiroplasma_sp._ex._Anistostica_novemdecimpunctata 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Spiroplasma_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone9 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Spiroplasma_sp._ex._Drosophila_nebulosa 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Spiroplasma_sp._ex._Entomoplasma_freundii 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Spiroplasma_sp._ex._Fannia_maricata 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Spiroplasma_sp._ex._Leucoma_salicis 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Spiroplasma_sp._ex._Monobia_quadridens 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M15777] TITLE Matrix_Rickettsia; LINK TAXA = Taxa3; DIMENSIONS NCHAR=858; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Diophrys_sp. 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CTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCATCCTTAGTTACCATCAGGTAATGCTGGGGACTTTAAGGAAACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGATGTCAAGTCATCATGGCCCTTATGGAGTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTGGCTACAATGGGCTGCAAAGT-CGCGAGGCTAAGCCAATCCCTTAAAAGCCATCTCAGTTCGGATTGTACTCTGCAACTCGAGTGCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGCACGCCACGGTGAATACGTTCTCGGGTCTTGTACACACTGCCCGT Wolbachia_sp._ex._Nasonia_vitripennis_clone2 CTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCATCCTTAGTTGCTATCAGGTAATGCTGAGTACTTTAAGGAAACTGCCAGTGATAAGCTGGAGGAAGGTGGGGATGATGTCAAGTCATCATGGCCTTTATGGAGTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTGTCTACAATGGGCTGCAAGGTGCGCAAGCCTAAGCTAATCCCT-AAAAGACATCTCAGTTCGGATTGTACTCTGCAACTCGAGTACATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGCATGCCACGGTGAATACGTTCTCGGGTCTTGTACACACTGCCCGT Wolbachia_sp._ex._Onchocerca_gibsoni TTCGTGTCGTGAGATGTTAGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGTAACCCTCATCCTTAGTTACCATCAGGTAATGCTGGGGACTTTAAGGAAACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTATGGAGTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTGGCTACAATGGGCTGCAAAGT-CGTGAGGCTAAGCTAATCCCTTAAAAGCCATCTCAGTTCGGATTGCACTCTGCAACTCGAGTGTATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGCATGCCACGGTGAATACGTTCTCGGGTCTTGTACACACTGCCCGT Wolbachia_sp._ex._Sitophilus_orizae CTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCATCCTTAGTTGCCATCAGGTAATGCTGAGCACTTTAAGGAAACTGCCAGTGATAAGCTGGAGGAAGGTGGGGATGATGTCAAGTCATCATGGCCTTTATGGAGTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTGTCTACAATGGGCTGCAAAGT-CGCGAGGCTAAGCTAATCCCT-AAAAAACATCTCAGTTCGGATTGTACTCTGCAACTCGAGTACATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGCATGCCACGGTGAATACGTTCTCGGGTCTTGTACACACTGCCCGT Wolbachia_sp._ex._Tetranychus_urticae CTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCATCCTTAGTTGCCATCAGGTAATGCTGAGTACTTTAAGGAAACTGCCAGTGATAAGCTGGAGGAAGGTGGGGATGATGTCAAGTCATCATGGCCTTTATGGAGTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTGTCTACAATGGGTTGCAAGGTGCGCAAGCCTAAGCTAATCCCT-AAAAGACATCTCAGTTCGGATTGTACTCTGCAACTCGAGTACATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGCATGCCACGGTGAATACGTTCTCGGGTCTTGTACACACTGCCCGT Wolbachia_sp._ex._Trichogramma_deion C?CGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCATCCTTAGTTGCCATCAGGTAATGCTGAGTACTTTAAGGAAACTGCCAGTGATAAGCTGGAGGAAGGTGGGGATGATGTCAAGTCATCATGGCCTTTATGGAGTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTGTCTACAATGGGTTGCAAGGTGCGCAACGCTAAGCTAATCCCT-AAAAGACATCTCAGTTCGGATTGTACTCTGCAACTCGAGTACATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGCATGCCACGGTGAATACGTTCTCGGGTCTTGTACACACTGCCCGT ; END; BEGIN TREES; TITLE Rickettsia; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Rickettsia_sp._ex._Acyrthosiphon_pisum, 2 Rickettsia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone2, 3 Rickettsia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone7, 4 Rickettsia_sp._ex._Bemisia_tabaci, 5 Rickettsia_felis, 6 Rickettsia_tamurae, 7 Rickettsia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone3, 8 Rickettsia_akari, 9 Rickettsia_sp._ex._Curculio_venosus, 10 Rickettsia_sp._ex._Curculio_glandium, 11 Rickettsia_sp._ex._Kytorhinus_sharpianus, 12 Rickettsia_sp._ex._Curculio_pellitus, 13 Rickettsia_sp._ex._Deronectes_platynotus, 14 Diophrys_sp., 15 Rickettsia_sp._ex._Curculio_elephas; TREE ML_Rickettsia_Tree = [&R] (14,(13,((15,(9,(10,(12,11)))),(((8,5),(7,6)),(4,(1,(3,2))))))); TREE Bayesian_Rickettsia_Tree = [&R] (14,(13,((9,10,11,12,15),((1,4,(2,3)),(5,8,(6,7)))))); END; BEGIN TREES; TITLE Spiroplasma; LINK TAXA = Taxa5; TRANSLATE 1 Spiroplasma_sp._ex._Fannia_maricata, 2 Spiroplasma_sp._ex._Anistostica_novemdecimpunctata, 3 Spiroplasma_sp._ex._Antonia_crawii, 4 Spiroplasma_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone8, 5 Spiroplasma_platyhelix, 6 Spiroplasma_sp._ex._Curculio_glandium, 7 Spiroplasma_sp._ex._Curculio_elephas, 8 Spiroplasma_sp._ex._Leucoma_salicis, 9 Spiroplasma_sp._ex._Drosophila_nebulosa, 10 Spiroplasma_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone9, 11 Spiroplasma_citri, 12 Spiroplasma_sp._ex._Monobia_quadridens, 13 Spiroplasma_sp._ex._Entomoplasma_freundii, 14 Mycoplasma_hominis; TREE Bayesian_Spiroplasma_Tree = [&R] (((((8,9,10),11),(12,13)),(5,((4,(6,7)),(1,2,3)))),14); TREE ML_Spiroplasma_Tree = [&R] (((((2,(3,1)),((7,6),4)),5),((13,12),(11,(10,(9,8))))),14); END; BEGIN TREES; TITLE Curculioniphilus_16S; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Blochmania_sp., 2 Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_cameliae, 3 Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_sikkimensis, 4 Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_dentipes, 5 Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_robustus, 6 Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_glandium, 7 Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_nucum, 8 Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_elephas, 9 Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_venosus, 10 Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_pellitus; TREE ML_Cbuchneri_16S_Tree = [&R] (1:0.2586,((2:7.0E-6,(6:7.0E-6,7:0.027529):0.027473):0.141889,(3:7.0E-6,(5:0.057064,(4:0.027557,(8:7.0E-6,(9:0.05738,10:0.027627):7.0E-6):0.027543):7.0E-6):7.0E-6):0.080235):0.2586); TREE Bayes_Cbuchneri_16S_Tree = [&R] (1:0.0234095,((2:0.004175,(6:0.003903,7:0.007532)0.96:0.007559)1.00:0.01905,(3:0.003696,4:0.006882,(5:0.009557,9:0.009436)0.65:0.007484,(8:0.003866,10:0.007013)0.56:0.006614)0.99:0.014731):0.0234095); END; BEGIN TREES; TITLE Curculio; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Curculio_pellitus, 2 Curculio_venosus, 3 Curculio_elephas, 4 Curculio_pyrrhoceras, 5 Curculio_glandium, 6 Curculio_nucum, 7 Curculio_dentipes, 8 Curculio_robustus, 9 Curculio_sikkimensis, 10 Curculio_cameliae; TREE Bayesian_Curculio_COI_Tree = [&R] (4:0.0464575,((10:0.076411,(5:0.055792,6:0.033931)1.00:0.029555)1.00:0.047563,(3:0.047117,(9:0.057813,(1:0.062801,7:0.02525):0.014755,(2:0.030701,8:0.047653)0.83:0.018484)0.51:0.023965)0.86:0.046677)1.00:0.0464575); TREE ML_Curculio_COI_Tree = [&R] (4:0.224701,((10:0.339613,(5:0.174504,6:0.093159):0.076698):0.244359,(3:0.128483,((1:0.183978,9:0.202922):0.031763,(7:0.067743,(2:0.05938,8:0.165746):0.063783):0.017976):0.081437):0.206537):0.224701); END; BEGIN TREES; TITLE Curculioniphilus_GroEL; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_pellitus, 2 Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_dentipes, 3 Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_robustus, 4 Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_elephas, 5 Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_sikkimensis, 6 Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_venosus, 7 Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_glandium, 8 Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_nucum, 9 Curculioniphilus_buchneri_ex._Curculio_cameliae, 10 Blochmania_sp.; TREE ML_Cbuchneri_GroEL_Tree = [&R] (10:0.1582095,((9:0.030412,(7:0.010601,8:0.041902):0.042033)100:0.087046,((3:0.042752,6:0.030845)23:0.007253,((1:0.013702,2:0.018817)42:0.005113,(4:0.026847,5:0.036268)80:0.00924)80:0.009244)98:0.069266)100:0.1582095); TREE Bayes_Cbuchneri_GroEL_Tree = [&R] (10:0.197286,((9:0.033989,(7:0.009794,8:0.046886)1.00:0.046721)1.00:0.095879,((4:0.028791,5:0.036936)0.58:0.009227,((1:0.015623,2:0.01976):0.00598,(3:0.046554,6:0.034008)0.88:0.015244)0.61:0.01024)0.64:0.088414)1.00:0.197286); END; BEGIN TREES; TITLE Wolbachia; LINK TAXA = Taxa6; TRANSLATE 1 Wolbachia_sp._ex._Curculio_venosus_clone237, 2 Wolbachia_sp._ex._Curculio_pellitus_clone118, 3 Wolbachia_sp._ex._Curculio_pellitus_clone1024, 4 Wolbachia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone1, 5 Wolbachia_sp._ex._Drosophila_simulans, 6 Wolbachia_sp._ex._Drosophila_melanogaster, 7 Wolbachia_sp._ex._Nasonia_longicornis, 8 Wolbachia_sp._ex._Nasonia_giraulti, 9 Wolbachia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone8, 10 Wolbachia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone9, 11 Wolbachia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone2, 12 Wolbachia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone3, 13 Wolbachia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone5, 14 Wolbachia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone4, 15 Wolbachia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone7, 16 Wolbachia_sp._ex._Nasonia_vitripennis_clone1, 17 Wolbachia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone6, 18 Wolbachia_sp._ex._Curculio_sikkimensis_clone10, 19 Wolbachia_sp._ex._Curculio_elephas_clone1836, 20 Wolbachia_sp._ex._Curculio_elephas_clone1654, 21 Wolbachia_sp._ex._Curculio_glandium_clone946, 22 Wolbachia_sp._ex._Drosicha_pinicola, 23 Wolbachia_sp._ex._Muscidifurax_uniraptor, 24 Wolbachia_sp._ex._Brugia_pahangi, 25 Wolbachia_sp._ex._Mansonella_ozzardi, 26 Wolbachia_sp._ex._Trichogramma_deion, 27 Wolbachia_sp._ex._Tetranychus_urticae, 28 Wolbachia_sp._ex._Nasonia_vitripennis_clone2, 29 Wolbachia_sp._ex._Culex_quinquefasciatus, 30 Wolbachia_sp._ex._Encarsia_formosa, 31 Wolbachia_sp._ex._Sitophilus_orizae, 32 Wolbachia_sp._ex._Onchocerca_gibsoni, 33 Wolbachia_sp._ex._Curculio_venosus_clone1515, 34 Wolbachia_sp._ex._Curculio_elephas_clone1594; TREE ML_Wolbachia_tree = [&R] ((32,(25,24)),(((1,(34,(2,3))),(31,(30,((29,28),(26,27))))),(9,(11,(8,((7,((6,(13,4)),((15,17),(14,(18,10))))),(5,(12,(16,(33,(23,(22,(21,(19,20)))))))))))))); TREE Bayesian_Wolbachia_Tree = [&R] ((32,(24,25)),(((1,2,3,34),(31,(26,(27,28,29,30)))),(4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,17,18,(16,23,33,(19,20,21,22))))); END;