#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 20:42 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Plume O., Straub S.C., Tel-zur N., Cisneros A., Schneider B., & Doyle J. 2013. Testing a Hypothesis of Intergeneric Allopolyploidy in Vine Cacti (Cactaceae: Hylocereeae). Systematic Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S13843] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=24; TAXLABELS Hylocereus_megalanthus_133_142_144_154_159_165_HMEGhCA Hylocereus_megalanthus_133_142_144_154_159_165_HMEGhCT Hylocereus_megalanthus_133_142_144_154_159_165_HMEGhTA Hylocereus_megalanthus_133_142_144_154_159_165_HMEGhTT Hylocereus_monacanthus_10 Hylocereus_monacanthus_7het1A Hylocereus_monacanthus_7het1C Hylocereus_ocamponis_8 Hylocereus_undatus_117hAA Hylocereus_undatus_117hAT Hylocereus_undatus_117hGA Hylocereus_undatus_117hGT Hylocereus_undatus_22hAA Hylocereus_undatus_22hAC Hylocereus_undatus_22hTA Hylocereus_undatus_22hTC Hylocereus_undatus_26hC Hylocereus_undatus_26hT Hylocereus_undatus_27 Selenicereus_atropilosus_206 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195h1 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195h2 Selenicereus_inermis_209het1C Selenicereus_inermis_209het1T ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=32; TAXLABELS 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Selenicereus_sp_210_Selenicereus_spinulosus_211r Selenicereus_vagans_213r Stenocereus_griseus_CC2 Stenocereus_gummosus_CC6 Strophocactus_testudo_201r ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=44; TAXLABELS Aporberocereus_innesii_208AA Aporberocereus_innesii_208AG Aporberocereus_innesii_208CA Aporberocereus_innesii_208CG Epiphyllum_oxypetalum_217 Hylocereus_costaricensis_3 Hylocereus_costaricensis_4 Hylocereus_escuintlensis_179 Hylocereus_guatemalensis_6 Hylocereus_megalanthus_134_138_142_154_159_HMEGhGG Hylocereus_megalanthus_142_154_159_HMEGhCG Hylocereus_megalanthus_142_154_HMEGhCA Hylocereus_megalanthus_142_154_HMEGhGA Hylocereus_monacanthus_10_19 Hylocereus_monacanthus_112 Hylocereus_monacanthus_7 Hylocereus_monacanthus_9_13 Hylocereus_monacanthus_93CA Hylocereus_monacanthus_93CG Hylocereus_monacanthus_93TA Hylocereus_monacanthus_93TG Hylocereus_ocamponis_8 Hylocereus_triangularis_18_Hylocereus_undatus_21_22_26_27_33_40_43_62_88_91_117 Hylocereus_undatus_20 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Aporberocereus_innesii_208c1 Aporberocereus_innesii_208c2 Aporberocereus_innesii_208c5 Aporberocereus_innesii_208c8 Aporberocereus_innesii_208d2 Aporberocereus_innesii_208e Aporberocereus_innesii_208f2 Aporberocereus_innesii_208g1 Aporberocereus_innesii_208h Hylocereus_bronxensis_178_Hylocereus_guatemalensis_6_Hylocereus_ocamponis_14_HOCA1_ Hylocereus_bronxensis_178HBRO1 Hylocereus_bronxensis_178HBRO2 Hylocereus_bronxensis_178a2 Hylocereus_bronxensis_178d1 Hylocereus_bronxensis_178e2g2 Hylocereus_costaricensis_3 Hylocereus_costaricensis_35_Hylocereus_monacanthus__9_78_Hylocereus_undatus_28_HMON1_ Hylocereus_costaricensis_35_Hylocereus_monacanthus_10_19_HMON3_ Hylocereus_costaricensis_35c5 Hylocereus_costaricensis_35c6 Hylocereus_costaricensis_35d7 Hylocereus_costaricensis_35e Hylocereus_costaricensis_35f7 Hylocereus_costaricensis_35hF Hylocereus_costaricensis_4a Hylocereus_costaricensis_4c Hylocereus_costaricensis_4d Hylocereus_costaricensis_4f Hylocereus_costaricensis_4g 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Hylocereus_monacanthus_112het1a Hylocereus_monacanthus_112het1g Hylocereus_monacanthus_11c Hylocereus_monacanthus_11d Hylocereus_monacanthus_12G3H3 Hylocereus_monacanthus_12H1 Hylocereus_monacanthus_12ds4 Hylocereus_monacanthus_13_78_Hylocereus_undatus_28_HMON2_ Hylocereus_monacanthus_19a7 Hylocereus_monacanthus_19a9 Hylocereus_monacanthus_19b9 Hylocereus_monacanthus_19c7 Hylocereus_monacanthus_19f7 Hylocereus_monacanthus_19g7 Hylocereus_monacanthus_19g8 Hylocereus_monacanthus_78a Hylocereus_monacanthus_78c Hylocereus_monacanthus_78e Hylocereus_monacanthus_78f Hylocereus_monacanthus_78g Hylocereus_monacanthus_7het1t Hylocereus_monacanthus_93_Hylocereus_ocamponis_8_HOCA2_ Hylocereus_monacanthus_93_Hylocereus_sp_1_15_Hylocereus_undatus_22_HSP1_ Hylocereus_monacanthus_9f Hylocereus_ocamponis_8b Hylocereus_ocamponis_8c Hylocereus_ocamponis_8e Hylocereus_ocamponis_8f Hylocereus_ocamponis_8g Hylocereus_sp_1_15_Hylocereus_undatus_22_HSP2_ Hylocereus_sp_108E Hylocereus_sp_108hA 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M15853] TITLE Hylocereeae_PhyC_Alignment; LINK TAXA = Taxa3; DIMENSIONS NCHAR=650; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Hylocereus_ocamponis_14 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Selenicereus_atropilosus_206 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Selenicereus_inermis_214 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; END; BEGIN TREES; TITLE CP_Parsimony_Strict_Consensus; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Stenocereus_gummosus_CC6, 2 Stenocereus_griseus_CC2, 3 Pachycereus_pringlei_CC4, 4 Aporberocereus_innesii_208, 5 Strophocactus_testudo_201r, 6 Selenicereus_inermis_214, 7 Selenicereus_inermis_209, 8 Hylocereus_escuintlensis_179_Hylocereus_sp_1_15_Hylocereus_undatus_22, 9 Hylocereus_undatus_25_26_33_62_117, 10 Hylocereus_monacanthus_7_Hylocereus_undatus_21, 11 Hylocereus_sp_108_Hylocereus_undatus_20_44, 12 Hylocereus_undatus_27_36_38_40_42_44_88_91, 13 Hylocereus_costaricensis_35_Hylocereus_monacanthus_9_10_13_19_78_81_93_Hylocereus_undatus_28, 14 Hylocereus_monacanthus_11_12, 15 Hylocereus_monacanthus_112, 16 Hylocereus_megalanthus_ALLINDS, 17 Hylocereus_costaricensis_3_4, 18 Hylocereus_guatemalensis_6, 19 Hylocereus_ocamponis_14, 20 Hylocereus_bronxensis_178, 21 Hylocereus_ocamponis_8, 22 Hylocereus_triangularis_18, 23 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195_198_Selenicereus_pteranthus_203, 24 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_212, 25 Selenicereus_grandiflorus_subsp_donkelaarii_207, 26 Selenicereus_sp_210_Selenicereus_spinulosus_211r, 27 Selenicereus_vagans_213r, 28 Selenicereus_hamatus_204_Selenicereus_pteranthus_200, 29 Selenicereus_atropilosus_206, 30 Epiphyllum_sp_216, 31 Epiphyllum_sp_219, 32 Epiphyllum_oxypetalum_217; TREE CP_Parsimony = [&R] (1,(2,(3,5,((32,(31,30)),(4,(29,((25,(23,24)),(27,26),28,(6,7,(((((10,9),8,12,11),22),(13,14),15,17),16,((18,(19,20)),21)))))))))); END; BEGIN TREES; TITLE ITSC1_RAxML_Best; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Stenocereus_griseus_CC2ha, 2 Stenocereus_griseus_CC2hb, 3 Pachycereus_pringlei_CC4ha, 4 Pachycereus_pringlei_CC4hb, 5 Selenicereus_atropilosus_206c9, 6 Selenicereus_atropilosus_206SATR2, 7 Selenicereus_atropilosus_206c15, 8 Selenicereus_atropilosus_206c11, 9 Selenicereus_atropilosus_206c3, 10 Selenicereus_atropilosus_206SATR1, 11 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(1,(2,4,5,6,7,9,18,19,20,21,22,23,24,(3,8),(10,11),(12,13),(14,15,16,17))); END; BEGIN TREES; TITLE PhyC_Parsimony_Strict_Consensus; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Pereskia_grandifolia_AY875298_Edwards_et_al_2005, 2 Pachycereus_pringlei_CC4, 3 Stenocereus_gummosus_CC6, 4 Aporberocereus_innesii_208AG, 5 Aporberocereus_innesii_208AA, 6 Aporberocereus_innesii_208CG, 7 Aporberocereus_innesii_208CA, 8 Epiphyllum_oxypetalum_217, 9 Hylocereus_undatus_20, 10 Hylocereus_monacanthus_9_13, 11 Hylocereus_costaricensis_3, 12 Hylocereus_costaricensis_4, 13 Hylocereus_monacanthus_93CG, 14 Hylocereus_monacanthus_93TG, 15 Hylocereus_monacanthus_93CA, 16 Hylocereus_monacanthus_93TA, 17 Hylocereus_undatus_28, 18 Hylocereus_monacanthus_10_19, 19 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195_198_212_SGRAhAA, 20 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195_198_212_SGRAhAG, 21 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195_198_212_SGRAhCA, 22 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195_198_212_SGRAhCG, 23 Selenicereus_grandiflorus_subsp_hondurensis_HQ621133_Arakaki_et_al_2011, 24 Selenicereus_inermis_214, 25 Selenicereus_sp_210, 26 Strophocactus_testudo_201, 27 Selenicereus_inermis_209, 28 Selenicereus_hamatus_204, 29 Selenicereus_atropilosus_206, 30 Selenicereus_pteranthus_200_SPTEhGC, 31 Selenicereus_pteranthus_200_203_SPTEhAC, 32 Selenicereus_pteranthus_200_203_SPTEhAG, 33 Selenicereus_pteranthus_200_SPTEhGG, 34 Selenicereus_spinulosus_211, 35 Hylocereus_megalanthus_134_138_142_154_159_HMEGhGG, 36 Hylocereus_megalanthus_142_154_HMEGhCA, 37 Hylocereus_megalanthus_142_154_HMEGhGA, 38 Hylocereus_megalanthus_142_154_159_HMEGhCG, 39 Hylocereus_ocamponis_8, 40 Hylocereus_triangularis_18_Hylocereus_undatus_21_22_26_27_33_40_43_62_88_91_117, 41 Hylocereus_monacanthus_7, 42 Hylocereus_guatemalensis_6, 43 Hylocereus_escuintlensis_179, 44 Hylocereus_monacanthus_112; TREE PhyC_MPT = [&R] (1,(2,(26,(3,4,5,6,7,8,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,27,28,29,30,31,32,33,34,39,42,(9,40,41,43,44),(35,36,37,38))))); END; BEGIN TREES; TITLE ITSC1_Parsimony_Strict_Consensus; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Stenocereus_griseus_CC2ha, 2 Stenocereus_griseus_CC2hb, 3 Pachycereus_pringlei_CC4ha, 4 Pachycereus_pringlei_CC4hb, 5 Selenicereus_atropilosus_206c9, 6 Selenicereus_atropilosus_206SATR2, 7 Selenicereus_atropilosus_206c15, 8 Selenicereus_atropilosus_206c11, 9 Selenicereus_atropilosus_206c3, 10 Selenicereus_atropilosus_206SATR1, 11 Aporberocereus_innesii_208c1, 12 Aporberocereus_innesii_208f2, 13 Aporberocereus_innesii_208g1, 14 Aporberocereus_innesii_208c8, 15 Aporberocereus_innesii_208b1, 16 Aporberocereus_innesii_208AINN1, 17 Aporberocereus_innesii_208c2, 18 Aporberocereus_innesii_208d2, 19 Aporberocereus_innesii_208e, 20 Aporberocereus_innesii_208h, 21 Aporberocereus_innesii_208b2, 22 Aporberocereus_innesii_208a, 23 Aporberocereus_innesii_208c5, 24 Aporberocereus_innesii_208AINN2, 25 Selenicereus_sp_210a2, 26 Selenicereus_spinulosus_211rf12, 27 Selenicereus_spinulosus_211rc12, 28 Selenicereus_spinulosus_211r_SSPI1, 29 Selenicereus_spinulosus_211rg11, 30 Selenicereus_sp_210h, 31 Selenicereus_sp_210_SSP1, 32 Selenicereus_sp_210b, 33 Selenicereus_sp_210_SSP2, 34 Selenicereus_sp_210f, 35 Selenicereus_inermis_214SINE4, 36 Selenicereus_inermis_214SINE3, 37 Selenicereus_inermis_209SINE2, 38 Selenicereus_inermis_209e, 39 Selenicereus_inermis_209h, 40 Selenicereus_inermis_209SINE1, 41 Selenicereus_inermis_209d, 42 Hylocereus_bronxensis_178a2, 43 Hylocereus_bronxensis_178e2g2, 44 Hylocereus_bronxensis_178d1, 45 Hylocereus_guatemalensis_6het1a, 46 Hylocereus_bronxensis_178HBRO2, 47 Hylocereus_bronxensis_178HBRO1, 48 Hylocereus_bronxensis_178_Hylocereus_guatemalensis_6_Hylocereus_ocamponis_14_HOCA1_, 49 Hylocereus_ocamponis_8f, 50 Hylocereus_monacanthus_93_Hylocereus_ocamponis_8_HOCA2_, 51 Hylocereus_ocamponis_8b, 52 Hylocereus_ocamponis_8c, 53 Hylocereus_ocamponis_8e, 54 Hylocereus_ocamponis_8g, 55 Hylocereus_triangularis_18, 56 Hylocereus_undatus_21x2, 57 Hylocereus_undatus_21c42, 58 Hylocereus_undatus_40g, 59 Hylocereus_undatus_40d, 60 Hylocereus_escuintlensis_179HESC1, 61 Hylocereus_esquintlensis_179c, 62 Hylocereus_esquintlensis_179HESC2, 63 Hylocereus_monacanthus_12H1, 64 Hylocereus_monacanthus_12G3H3, 65 Hylocereus_monacanthus_12ds4, 66 Hylocereus_monacanthus_11d, 67 Hylocereus_esquintlensis_179a2, 68 Hylocereus_esquintlensis_179h2, 69 Hylocereus_esquintlensis_179b2, 70 Hylocereus_sp_15b, 71 Hylocereus_sp_15e, 72 Hylocereus_sp_1_15_Hylocereus_undatus_22_HSP2_, 73 Hylocereus_sp_1h, 74 Hylocereus_sp_1f, 75 Hylocereus_monacanthus_93_Hylocereus_sp_1_15_Hylocereus_undatus_22_HSP1_, 76 Hylocereus_costaricensis_4f, 77 Hylocereus_costaricensis_4c, 78 Hylocereus_monacanthus_11c, 79 Hylocereus_costaricensis_3, 80 Hylocereus_monacanthus_9f, 81 Hylocereus_monacanthus_78f, 82 Hylocereus_costaricensis_35d7, 83 Hylocereus_costaricensis_35c5, 84 Hylocereus_monacanthus_78g, 85 Hylocereus_costaricensis_35f7, 86 Hylocereus_costaricensis_35c6, 87 Hylocereus_costaricensis_35_Hylocereus_monacanthus__9_78_Hylocereus_undatus_28_HMON1_, 88 Hylocereus_monacanthus_78c, 89 Hylocereus_monacanthus_78e, 90 Hylocereus_monacanthus_78a, 91 Hylocereus_monacanthus_13_78_Hylocereus_undatus_28_HMON2_, 92 Hylocereus_monacanthus_19g7, 93 Hylocereus_monacanthus_19a9, 94 Hylocereus_monacanthus_19g8, 95 Hylocereus_costaricensis_35e, 96 Hylocereus_monacanthus_19c7, 97 Hylocereus_monacanthus_19a7, 98 Hylocereus_monacanthus_19f7, 99 Hylocereus_monacanthus_19b9, 100 Hylocereus_monacanthus_10het1c, 101 Hylocereus_costaricensis_35hF, 102 Hylocereus_costaricensis_35_Hylocereus_monacanthus_10_19_HMON3_, 103 Hylocereus_monacanthus_112het1a, 104 Hylocereus_monacanthus_112het1g, 105 Hylocereus_costaricensis_4a, 106 Hylocereus_costaricensis_4d, 107 Hylocereus_costaricensis_4g, 108 Hylocereus_costaricensis_4hVV, 109 Hylocereus_costaricensis_4h, 110 Hylocereus_megalanthus_143rc2, 111 Hylocereus_megalanthus_133e12, 112 Hylocereus_megalanthus_143rg, 113 Hylocereus_megalanthus_152c4a, 114 Hylocereus_megalanthus_152a4, 115 Hylocereus_megalanthus_134a3, 116 Hylocereus_megalanthus_143rf7, 117 Hylocereus_megalanthus_133d12, 118 Hylocereus_megalanthus_134b, 119 Hylocereus_megalanthus_134d2, 120 Hylocereus_megalanthus_138e2, 121 Hylocereus_megalanthus_144d2, 122 Hylocereus_megalanthus_133a12, 123 Hylocereus_megalanthus_133a11, 124 Hylocereus_megalanthus_144e1, 125 Hylocereus_megalanthus_143rc7, 126 Hylocereus_megalanthus_152g6, 127 Hylocereus_megalanthus_133f12, 128 Hylocereus_megalanthus_134c2, 129 Hylocereus_megalanthus_143r_152_HMEG10_, 130 Hylocereus_megalanthus_143r_144_HMEG8_, 131 Hylocereus_megalanthus_134e4, 132 Hylocereus_megalanthus_152d9, 133 Hylocereus_megalanthus_133_134_143r_152_159_HMEG2_, 134 Hylocereus_megalanthus_152c4b, 135 Hylocereus_megalanthus_144b1, 136 Hylocereus_megalanthus_152b10, 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Hylocereus_undatus_20f, 164 Hylocereus_undatus_26f, 165 Hylocereus_undatus_20b2, 166 Hylocereus_undatus_26b2, 167 Hylocereus_undatus_26b, 168 Hylocereus_undatus_26h3, 169 Hylocereus_undatus_26c, 170 Hylocereus_undatus_33_62_HUND4_, 171 Hylocereus_undatus_40f, 172 Hylocereus_undatus_40h, 173 Hylocereus_undatus_25_40_117_HUND1_, 174 Hylocereus_undatus_38c2, 175 Hylocereus_undatus_HZAB1, 176 Hylocereus_undatus_26d2, 177 Hylocereus_undatus_26a2, 178 Hylocereus_undatus_26c2, 179 Hylocereus_undatus_26c3, 180 Hylocereus_undatus_26g, 181 Hylocereus_undatus_26e, 182 Hylocereus_sp_108hA, 183 Hylocereus_sp_108E, 184 Hylocereus_undatus_20h, 185 Hylocereus_undatus_20d2, 186 Hylocereus_undatus_20e2, 187 Hylocereus_sp_108hN, 188 Hylocereus_undatus_44d, 189 Hylocereus_undatus_42d, 190 Hylocereus_undatus_44f, 191 Hylocereus_undatus_44g, 192 Hylocereus_undatus_44h, 193 Hylocereus_undatus_44a, 194 Hylocereus_monacanthus_7het1t, 195 Hylocereus_undatus_42_Hylocereus_sp_108_HUND3_, 196 Hylocereus_undatus_44_Hylocereus_monacanthus_7_HUND6_, 197 Hylocereus_undatus_42e, 198 Hylocereus_undatus_42g, 199 Hylocereus_undatus_27_42_43_HUND2_, 200 Hylocereus_undatus_38e, 201 Hylocereus_undatus_38b, 202 Hylocereus_undatus_91het1a, 203 Hylocereus_undatus_36_88_91_HUND5_, 204 Selenicereus_hamatus_204, 205 Selenicereus_pteranthus_200SPTE1, 206 Selenicereus_pteranthus_200g, 207 Selenicereus_grandiflorus_subsp_donckelaari_207f2, 208 Selenicereus_grandiflorus_subsp_donckelaari_207a, 209 Selenicereus_grandiflorus_subsp_donckelaari_207SGDON1, 210 Selenicereus_grandiflorus_subsp_donckelaari_207h, 211 Selenicereus_grandiflorus_subsp_donckelaari_207SGDON3, 212 Selenicereus_grandiflorus_subsp_donckelaari_207h2, 213 Selenicereus_grandiflorus_subsp_donckelaari_207SGDON2, 214 Selenicereus_pteranthus_200b, 215 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195c10, 216 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195c12, 217 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195c13, 218 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195c19, 219 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195c6, 220 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195c23, 221 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195c4, 222 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195ds13, 223 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_198c8, 224 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_198c9, 225 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_198c13, 226 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_198c19, 227 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_198c2, 228 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_198c5, 229 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_198_Selenicereus_pteranthus_203_SGRA1_, 230 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_198c4, 231 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_198c18, 232 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_198c16, 233 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_198c17, 234 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_198c20, 235 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_198c7, 236 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_198SGRA2, 237 Selenicereus_pteranthus_200SPTE2, 238 Selenicereus_pteranthus_200a, 239 Selenicereus_pteranthus_200d, 240 Selenicereus_pteranthus_200e, 241 Selenicereus_vagans_213rc12, 242 Selenicereus_vagans_213rc20, 243 Selenicereus_vagans_213rc5; TREE ITSC1_Parsimony = [&R] (1,(2,((3,4),(19,20,21,22,23,24,(7,8,9,10,(5,6)),(11,12,13,14,15,16),(17,18),((((25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,241,242,243),(206,(204,205))),(((35,36),(37,(38,(39,40,41)))),(((207,208,209,210),(211,(212,213))),(214,237,238,239,240,(230,231,232,233,234,235,236,(215,216,217,218,219,220,221,222),(223,228,(224,225,226,227,229))))))),(((105,106,107,(103,104),(108,109)),((55,(((56,57),(58,59)),(66,73,74,75,(67,((60,(61,62)),(78,(76,77,79,80)),(83,84,86,87,(88,(81,89,90,91)),(82,85)),(92,93,94,96,97,98,99,100,102,(95,101)))),(63,64,65),(68,69),(70,71,72))),((166,(167,(168,(161,(163,165,170,171,172,173,174,175,(169,178,179,180,181,(176,177)))))),(162,164)),(189,190,191,192,193,194,195,196,(187,188,(182,183),(184,185,186)),(200,201,202,203,(197,198,199))))),(110,111,112,113,114,115,116,117,118,119,120,121,122,123,124,125,126,127,128,129,130,131,132,133,134,135,136,137,138,139,140,141,142,143,144,145,146,147,148,149,150,151,152,153,154,155,156,157,158,159,160))),((42,43,44,45,46,47,48),((49,50),(51,52,(53,54)))))))))); END; BEGIN TREES; TITLE CP_RAxML_Best; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Stenocereus_gummosus_CC6, 2 Stenocereus_griseus_CC2, 3 Pachycereus_pringlei_CC4, 4 Aporberocereus_innesii_208, 5 Strophocactus_testudo_201r, 6 Selenicereus_inermis_214, 7 Selenicereus_inermis_209, 8 Hylocereus_escuintlensis_179_Hylocereus_sp_1_15_Hylocereus_undatus_22, 9 Hylocereus_undatus_25_26_33_62_117, 10 Hylocereus_monacanthus_7_Hylocereus_undatus_21, 11 Hylocereus_sp_108_Hylocereus_undatus_20_44, 12 Hylocereus_undatus_27_36_38_40_42_44_88_91, 13 Hylocereus_costaricensis_35_Hylocereus_monacanthus_9_10_13_19_78_81_93_Hylocereus_undatus_28, 14 Hylocereus_monacanthus_11_12, 15 Hylocereus_monacanthus_112, 16 Hylocereus_megalanthus_ALLINDS, 17 Hylocereus_costaricensis_3_4, 18 Hylocereus_guatemalensis_6, 19 Hylocereus_ocamponis_14, 20 Hylocereus_bronxensis_178, 21 Hylocereus_ocamponis_8, 22 Hylocereus_triangularis_18, 23 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195_198_Selenicereus_pteranthus_203, 24 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_212, 25 Selenicereus_grandiflorus_subsp_donkelaarii_207, 26 Selenicereus_sp_210_Selenicereus_spinulosus_211r, 27 Selenicereus_vagans_213r, 28 Selenicereus_hamatus_204_Selenicereus_pteranthus_200, 29 Selenicereus_atropilosus_206, 30 Epiphyllum_sp_216, 31 Epiphyllum_sp_219, 32 Epiphyllum_oxypetalum_217; TREE CP_RAxML = [&R] ((1:0.0037202639639657763,2:7.520919620058771E-4)100:0.45,(5:0.017756038304614447,(3:0.007161128859699665,((32:0.015428639109100193,(31:0.0023417193217863683,30:0.0023913970765241373)99:0.001862877057560512)100:0.011990955233274161,(4:0.009012026497512473,(29:0.006506742455931889,(((25:4.389682683336435E-4,(23:4.9060145140953E-7,24:4.9060145140953E-7)100:0.0031820669096939273)99:0.004717810818350321,((27:0.0017177254830811105,26:0.0034735812466880436)100:0.006007726782682933,28:0.009967265542927534)59:0.0011269096567979267)23:6.050529768862602E-4,((6:0.0017771606408466412,7:0.002365706623204832)89:0.0022877009400668817,((((((((10:4.9060145140953E-7,9:5.879962382685721E-4)66:5.898352957404933E-4,8:0.002375196652601067)32:4.9060145140953E-7,12:5.90388334576904E-4)2:4.9060145140953E-7,11:4.9060145140953E-7)66:6.507202126298452E-4,22:5.562670123583741E-4)85:0.001901009544694836,((13:4.9060145140953E-7,14:4.9060145140953E-7)98:5.912087905478896E-4,(15:0.007932240097096366,17:0.0012047411085052907)66:5.803039836763616E-4)79:5.341848009973192E-4)83:0.0028033497148911984,16:0.010508762264572058)60:0.0018910685195464455,((18:0.0011698040365423327,(19:5.870995081049748E-4,20:4.9060145140953E-7)87:5.897939095233165E-4)100:0.0030024661075061863,21:0.003157169186103465)92:0.00413103665351586)88:0.004620251204006181)100:0.006569484032281428)100:0.006534484723381586)74:0.0036274020430742673)72:0.0019759337669507356)100:0.011941320326560203)7:0.0012340396121242937)100:0.45); 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