#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 19:35 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Braendli L., Handley L., Vogel P., & Perrin N. 2005. Evolutionary history of the greater white-toothed shrew (Crocidura russula) inferred from analysis of mtDNA, Y and X chromosome markers. Molecular Phylogenetics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1386] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=12; TAXLABELS Crocidura_canariensis Crocidura_leucodon_H11 Crocidura_russula_H1 Crocidura_russula_H10 Crocidura_russula_H2 Crocidura_russula_H3 Crocidura_russula_H4 Crocidura_russula_H5 Crocidura_russula_H6 Crocidura_russula_H7 Crocidura_russula_H8 Crocidura_russula_H9 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=32; TAXLABELS Crocidura_canariensis Crocidura_leucodon_H29 Crocidura_leucodon_H30 Crocidura_leucodon_H31 Crocidura_russula_H1 Crocidura_russula_H10 Crocidura_russula_H11 Crocidura_russula_H12 Crocidura_russula_H13 Crocidura_russula_H14 Crocidura_russula_H15 Crocidura_russula_H16 Crocidura_russula_H17 Crocidura_russula_H18 Crocidura_russula_H19 Crocidura_russula_H2 Crocidura_russula_H20 Crocidura_russula_H21 Crocidura_russula_H22 Crocidura_russula_H23 Crocidura_russula_H24 Crocidura_russula_H25 Crocidura_russula_H26 Crocidura_russula_H27 Crocidura_russula_H28 Crocidura_russula_H3 Crocidura_russula_H4 Crocidura_russula_H5 Crocidura_russula_H6 Crocidura_russula_H7 Crocidura_russula_H8 Crocidura_russula_H9 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=14; TAXLABELS Crocidura_canariensis Crocidura_leucodon_H13 Crocidura_russula_H1 Crocidura_russula_H10 Crocidura_russula_H11 Crocidura_russula_H12 Crocidura_russula_H2 Crocidura_russula_H3 Crocidura_russula_H4 Crocidura_russula_H5 Crocidura_russula_H6 Crocidura_russula_H7 Crocidura_russula_H8 Crocidura_russula_H9 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1499] TITLE Chromosome_Y; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1681; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Crocidura_russula_H7 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Chromosome_Y) = N: 1-1681; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Chromosome_Y) = N: 1-1681; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1500] TITLE Chromosome_X; LINK TAXA = Taxa3; DIMENSIONS NCHAR=832; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Crocidura_russula_H4 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AATAGCTTACAAGATGCCACATCACCTATTATAGAAGAATTGATAAATTTTCATGATCATGCACTAATAATCGTTTTTTTAATCAGCACTTTAGTTTTAGATGTCATTTCCGCTATATTAACTACAAAGCTCACACACACTAGCACAATAGATGCCCAAGCAGTAGAAACAATTTGAACTATTTTACCGGCTATTATTCTAGTTATAATCGCTCTCCCCTCTTTACGTATTCTTTACATAATAGACGAGATTAATAATCCTACTCTAACTATTAAAACCGTAGGTCATCAATGATACTGAAGCTATGAATATACTGACTATGATGAATTAAATTTTGATTCCTATATAATCCCTACTACTGAGTTAAAACCCGGTGACCTTCGCTTACTTGAAGTAGATAACCGCGCAGTTTTACCAATAGAAATAACAATCCGAGTCTTAGTGACGTCTGAAGACGTTCTTCACTCATGAGCAGTCCCTTCCTTAGGGTTAAAAACTGATGCAATCCCTGGGCGACTAAACCAAACCACTCTCTTAGCCACACGCCCAGGCTTGTACTACGGACAGTGTTCCGAAATCTGTGGTTCCAATCACAGTTTCATGCCTATTGTCCTTGAACTTGTACCCCTAAGTATTTTTGAAAAATGATCTTCATCAATAATTTATTCTCATTATGAAGCTATAGTAGCGTTAACCTTTAAGTTAAAGAATGAGAGCTTAGACCTCCCCTTAATGGAATGCCACCAAATCTTAACCGGGCTATTCCTAGCTATACACTATACATCAGACACTATAACAGCCTTCTCCTCCGTCACCCATATTTGCCGTGACGTAAATTACGGCTGATTAATCCGATACCTCCATGCTAACGGCGCCTCAATATTTTTCATTTGCTTATTCCTCCATGTGGGACGAGGCCTTTACTACGGTTCTTATATATTCCTTGAAACATGAAACATCGGCGTCCTACTGTTATTTGCAGTTATAGCTACCGCCTTTATAGGCTATGTCCTTCCTTGAGGCCAAATATCATTTTGAGGAGCAACAGTTATTACTAACCTACTATCAGCTATCCCTTACATTGGTACTAACCTCGTAGAATGAATCTGAGGAGGCTTCTCCGTTGATAAAGCCACCTTAACCCGCTTCTTCGCATTTCACTTTATTCTCCCCTTCATTGTGGCAGCCCTTGCAGGAGTTCACCTTCTATTTCTACATGAAACTGGATCAAACAACCCATCAGGATTAAACTCAGATACAGACAAAATCCCCTTCCATCCTTACTACACTATTAAAGATATCTTAGGAGCATTAATCATAATCACCATACTATCTTCCCTAGTCTTATTCTCCCCCGACATACTAGGGGATCCAGATAACTACATCCCCGCAAACCCCCTTAACACACCACCACATATTAAGCCAGAATGATACTTCCTATTTGCCTATGCAATCCTACGATCAATTCCCAACAAACTTGGAGGGGTCCTGGCGCTCGTTCTATCGATTCTAGTCCTAGCAGTCATTCCGCTACTCCACACAGCTAAACAACGAAGCATAATATTTCGACCAATAAGCCAATGCATATTCTGAATTTTAGTAGCGGACCTCTTTACATTAACATGAATTGGGGGTCAACCAGTTGAACGGGGTATAAATACCCATCTAAGCATTTTCAGTGCTTTGCTTTGTTTAAGCTACATTAACATGTGAATATTT----GGGTGTT------------AATGAACTATCACGTTTGGGTAACTCTATAGAAAATAATATGGGAGGTTATCAATTAATAG-------------------------TTTTAGAGAGTTTTGCTATATAGTCTTGTTTTAGGGGTTTGGCAAGA-GTTAAATAATAGCGTAGGAACTCAACGGGGGTAAGGGGGTTTGTTAAGATAACCTATTGGATTTTCATGCGTGCGTACACTCAGCCCATGCCGACACATAACTGTGGTGTCATACATTTGGTATCTTTAATTTTTTGGGGGGAGAGCTTGCTATGACTCCGCTAACATTTAATCTCGCCAATGCAGTTGTAGCTGGGCTTATTCTCTATGGGGGCCGAAGTAGTTATTACAACCGTACTTATTCTCTTGATATGGTACATATGGTTT-AATGATCTAAAGACATAAC---TTAAGAAGACTCATAAAGTCTATTGTCAGACTTAATTGTATTTACTTGCTAACATACTATTAA-GAGCAATTATTCAGTCAATGGAATCAGGACATAATACTTATTTCCC-ACACACGTGT 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; END; BEGIN SETS; CHARSET CR (CHARACTERS = mtDNA) = 1649-2287; CHARSET Cytb (CHARACTERS = mtDNA) = 746-1648; CHARSET COXII (CHARACTERS = mtDNA) = 1-745; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = mtDNA) = N: 1-2287; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = mtDNA) = N: 1-2287; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7384; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Crocidura_canariensis, 2 Crocidura_leucodon_H11, 3 Crocidura_russula_H7, 4 Crocidura_russula_H6, 5 Crocidura_russula_H2, 6 Crocidura_russula_H5, 7 Crocidura_russula_H1, 8 Crocidura_russula_H4, 9 Crocidura_russula_H3, 10 Crocidura_russula_H10, 11 Crocidura_russula_H9, 12 Crocidura_russula_H8; TREE Fig._2c = [&R] (1,(2,((10,(12,11)),(3,(7,5,6,4,(9,8)))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7382; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Crocidura_canariensis, 2 Crocidura_leucodon_H31, 3 Crocidura_leucodon_H30, 4 Crocidura_leucodon_H29, 5 Crocidura_russula_H28, 6 Crocidura_russula_H27, 7 Crocidura_russula_H26, 8 Crocidura_russula_H10, 9 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Crocidura_russula_H5, 9 Crocidura_russula_H3, 10 Crocidura_russula_H2, 11 Crocidura_russula_H10, 12 Crocidura_russula_H9, 13 Crocidura_russula_H12, 14 Crocidura_russula_H11; TREE Fig._2b = [&R] (1,(2,((14,13),((12,11),(6,7,8,5,4,3,(10,9)))))); END;