#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 29, 2024; 0:38 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Ford B., Iranpour M., Naczi R., Starr J., & Jerome C. 2005. Phylogeny of Carex subg. Vignea (Cyperaceae) Based on non-coding nrDNA Sequence Data. Systematic Botany, 31: 70-82. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1388] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=127; TAXLABELS Carex_aggregata Carex_albata Carex_albolutescens Carex_alopecoidea Carex_annectens Carex_appressa Carex_appropinquata Carex_arcta Carex_arenaria_1 Carex_arenaria_2 Carex_atlantica Carex_bonariensis Carex_brizoides Carex_bromoides_1 Carex_bromoides_2 Carex_brunnescens Carex_canescens Carex_capitata Carex_cephalophora Carex_chihuahuensis Carex_chordorrhiza_1 Carex_chordorrhiza_2 Carex_collumanthus Carex_conferta Carex_conjuncta Carex_cordillerana Carex_cristatella Carex_cruscorvi Carex_curvula Carex_cusickii Carex_decomposita Carex_depauperata Carex_deweyana Carex_diandra Carex_dioica Carex_disperma_1 Carex_disperma_2 Carex_disticha Carex_divisa Carex_douglasii_1 Carex_douglasii_2 Carex_echinata Carex_echinochloe Carex_eleocharis_1 Carex_eleocharis_2 Carex_elongata Carex_exilis Carex_fecunda Carex_filicina Carex_fissa Carex_gibba Carex_gynocrates Carex_hoodii Carex_hookerana Carex_hormothodes Carex_illota Carex_incurviformis Carex_interior Carex_inversa Carex_jonesii Carex_kobomugigood Carex_laeviculmis Carex_laevissima Carex_laevivaginata Carex_leavenworthii Carex_leptopoda Carex_loliacea Carex_mackenziei Carex_macrocephala Carex_marianensis Carex_maritima Carex_mesochorea Carex_monostachya Carex_muhlenbergii Carex_nardina_1 Carex_nardina_2 Carex_neurocarpa Carex_neurophora Carex_nigra Carex_nigricans Carex_occidentalis Carex_oklahomensis Carex_otrubae Carex_pachystachya Carex_paniculata_1 Carex_paniculata_2 Carex_pansa Carex_pauciflora Carex_physodes Carex_planata Carex_potosina Carex_praeceptorum Carex_praecox Carex_praegracilis Carex_prairea Carex_pyrenaica Carex_radiata Carex_remota Carex_rochebruni Carex_rosea Carex_rupestris Carex_ruthii Carex_sartwellii Carex_senanensis Carex_seorsa Carex_shortiana Carex_siccata_1 Carex_siccata_2 Carex_socialis Carex_sororia Carex_sparganioides Carex_spicata Carex_sterilis Carex_stipata_maxima Carex_stipata_stipata Carex_syncnocephala Carex_texensis_1 Carex_texensis_2 Carex_triangularis Carex_trisperma Carex_tumulicola Carex_vallicola_1 Carex_vallicola_2 Carex_vernacula Carex_vulpinoidea Carex_wiegandii Carex_xalapensis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Carex_arenaria_2 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Carex_bonariensis 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Carex_capitata 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Carex_chordorrhiza_1 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Carex_collumanthus 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Carex_conferta 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Carex_conjuncta 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Carex_cristatella 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Carex_cruscorvi 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Carex_curvula 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Carex_cusickii 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Carex_decomposita 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Carex_depauperata 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Carex_echinata 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Carex_echinochloe 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Carex_eleocharis_1 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Carex_eleocharis_2 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Carex_elongata 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Carex_exilis 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Carex_fecunda 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Carex_filicina 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Carex_fissa 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Carex_gibba 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Carex_gynocrates 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Carex_hoodii 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Carex_hookerana 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Carex_incurviformis 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Carex_interior 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Carex_inversa 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Carex_jonesii 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Carex_kobomugigood 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Carex_laeviculmis 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Carex_laevissima 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Carex_laevivaginata 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Carex_leavenworthii 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Carex_leptopoda 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Carex_loliacea 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Carex_mackenziei 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Carex_monostachya 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Carex_muhlenbergii 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Carex_nardina_1 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Carex_nardina_2 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Carex_neurocarpa 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Carex_neurophora 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Carex_nigra 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Carex_nigricans 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Carex_occidentalis 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Carex_oklahomensis 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Carex_otrubae 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Carex_pachystachya 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Carex_pansa 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Carex_pauciflora 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Carex_planata 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Carex_potosina 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Carex_praeceptorum 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Carex_praecox 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Carex_prairea 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Carex_radiata 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Carex_remota 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Carex_rochebruni 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Carex_rosea 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Carex_rupestris 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Carex_ruthii 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Carex_sartwellii 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Carex_senanensis 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Carex_seorsa 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Carex_shortiana 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Carex_siccata_1 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Carex_siccata_2 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Carex_socialis 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Carex_trisperma 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; END; BEGIN SETS; CHARSET ETS_indels (CHARACTERS = nrDNA) = 697-1415; CHARSET ITS_indels (CHARACTERS = nrDNA) = 1-696; CHARSET INDELS (CHARACTERS = nrDNA) = 654-696 1345-1415; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = nrDNA) = N: 1-1415; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = nrDNA) = N: 1-1415; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7387; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Carex_xalapensis, 2 Carex_wiegandii, 3 Carex_vulpinoidea, 4 Carex_collumanthus, 5 Carex_vernacula, 6 Carex_vallicola_2, 7 Carex_vallicola_1, 8 Carex_tumulicola, 9 Carex_trisperma, 10 Carex_triangularis, 11 Carex_texensis_2, 12 Carex_syncnocephala, 13 Carex_stipata_stipata, 14 Carex_stipata_maxima, 15 Carex_sterilis, 16 Carex_spicata, 17 Carex_sparganioides, 18 Carex_sororia, 19 Carex_socialis, 20 Carex_siccata_2, 21 Carex_siccata_1, 22 Carex_shortiana, 23 Carex_seorsa, 24 Carex_senanensis, 25 Carex_sartwellii, 26 Carex_ruthii, 27 Carex_rupestris, 28 Carex_rosea, 29 Carex_rochebruni, 30 Carex_texensis_1, 31 Carex_remota, 32 Carex_radiata, 33 Carex_pyrenaica, 34 Carex_prairea, 35 Carex_praegracilis, 36 Carex_praecox, 37 Carex_praeceptorum, 38 Carex_potosina, 39 Carex_planata, 40 Carex_physodes, 41 Carex_pauciflora, 42 Carex_pansa, 43 Carex_paniculata_2, 44 Carex_paniculata_1, 45 Carex_pachystachya, 46 Carex_oklahomensis, 47 Carex_occidentalis, 48 Carex_otrubae, 49 Carex_nigricans, 50 Carex_nigra, 51 Carex_neurophora, 52 Carex_neurocarpa, 53 Carex_nardina_2, 54 Carex_nardina_1, 55 Carex_muhlenbergii, 56 Carex_monostachya, 57 Carex_mesochorea, 58 Carex_maritima, 59 Carex_marianensis, 60 Carex_macrocephala, 61 Carex_mackenziei, 62 Carex_loliacea, 63 Carex_leptopoda, 64 Carex_leavenworthii, 65 Carex_laevivaginata, 66 Carex_laevissima, 67 Carex_laeviculmis, 68 Carex_kobomugigood, 69 Carex_jonesii, 70 Carex_inversa, 71 Carex_interior, 72 Carex_incurviformis, 73 Carex_illota, 74 Carex_hormothodes, 75 Carex_hookerana, 76 Carex_hoodii, 77 Carex_gynocrates, 78 Carex_gibba, 79 Carex_fissa, 80 Carex_filicina, 81 Carex_fecunda, 82 Carex_exilis, 83 Carex_elongata, 84 Carex_eleocharis_2, 85 Carex_eleocharis_1, 86 Carex_echinochloe, 87 Carex_echinata, 88 Carex_douglasii_2, 89 Carex_douglasii_1, 90 Carex_divisa, 91 Carex_disticha, 92 Carex_disperma_2, 93 Carex_disperma_1, 94 Carex_dioica, 95 Carex_diandra, 96 Carex_deweyana, 97 Carex_depauperata, 98 Carex_decomposita, 99 Carex_cusickii, 100 Carex_curvula, 101 Carex_cruscorvi, 102 Carex_cristatella, 103 Carex_cordillerana, 104 Carex_conjuncta, 105 Carex_conferta, 106 Carex_chordorrhiza_2, 107 Carex_chordorrhiza_1, 108 Carex_chihuahuensis, 109 Carex_cephalophora, 110 Carex_capitata, 111 Carex_canescens, 112 Carex_brunnescens, 113 Carex_bromoides_2, 114 Carex_bromoides_1, 115 Carex_brizoides, 116 Carex_bonariensis, 117 Carex_atlantica, 118 Carex_arenaria_2, 119 Carex_arenaria_1, 120 Carex_arcta, 121 Carex_appropinquata, 122 Carex_appressa, 123 Carex_annectens, 124 Carex_alopecoidea, 125 Carex_albolutescens, 126 Carex_albata, 127 Carex_aggregata; TREE Fig._2 = [&R] ((((((((((((((((((((((127,17),(124,104)),((123,10),79),3),((109,57),64)),59),(95,70)),(55,1)),46),((69,5),51)),((108,(42,35)),(99,34))),98),((114,113),(105,101))),(85,84)),((((((125,74),102),(45,12)),((((120,73),((((((((119,118),(115,36)),(94,77),(39,29)),31),(65,(14,13))),(90,((48,16),(44,43)))),(93,92)),(107,106))),((112,(62,(61,9))),(111,37))),67)),((122,121),(96,(63,24))),(((((117,26),(71,2),15),87),(82,23)),83)),40)),((((116,18),((89,88),(((32,19),28),(30,11)))),38),(68,60))),((126,66),52)),(7,6)),(((91,25),(76,75,47,8)),((72,58),(21,20)))),78),(((((110,56),27),103),((54,53),((49,33),41))),100)),(86,((81,(50,22)),80))),(97,4)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7386; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Carex_xalapensis, 2 Carex_wiegandii, 3 Carex_vulpinoidea, 4 Carex_collumanthus, 5 Carex_vernacula, 6 Carex_vallicola_2, 7 Carex_vallicola_1, 8 Carex_tumulicola, 9 Carex_trisperma, 10 Carex_triangularis, 11 Carex_texensis_2, 12 Carex_syncnocephala, 13 Carex_stipata_stipata, 14 Carex_stipata_maxima, 15 Carex_sterilis, 16 Carex_spicata, 17 Carex_sparganioides, 18 Carex_sororia, 19 Carex_socialis, 20 Carex_siccata_2, 21 Carex_siccata_1, 22 Carex_shortiana, 23 Carex_seorsa, 24 Carex_senanensis, 25 Carex_sartwellii, 26 Carex_ruthii, 27 Carex_rupestris, 28 Carex_rosea, 29 Carex_rochebruni, 30 Carex_texensis_1, 31 Carex_remota, 32 Carex_radiata, 33 Carex_pyrenaica, 34 Carex_prairea, 35 Carex_praegracilis, 36 Carex_praecox, 37 Carex_praeceptorum, 38 Carex_potosina, 39 Carex_planata, 40 Carex_physodes, 41 Carex_pauciflora, 42 Carex_pansa, 43 Carex_paniculata_2, 44 Carex_paniculata_1, 45 Carex_pachystachya, 46 Carex_oklahomensis, 47 Carex_occidentalis, 48 Carex_otrubae, 49 Carex_nigricans, 50 Carex_nigra, 51 Carex_neurophora, 52 Carex_neurocarpa, 53 Carex_nardina_2, 54 Carex_nardina_1, 55 Carex_muhlenbergii, 56 Carex_monostachya, 57 Carex_mesochorea, 58 Carex_maritima, 59 Carex_marianensis, 60 Carex_macrocephala, 61 Carex_mackenziei, 62 Carex_loliacea, 63 Carex_leptopoda, 64 Carex_leavenworthii, 65 Carex_laevivaginata, 66 Carex_laevissima, 67 Carex_laeviculmis, 68 Carex_kobomugigood, 69 Carex_jonesii, 70 Carex_inversa, 71 Carex_interior, 72 Carex_incurviformis, 73 Carex_illota, 74 Carex_hormothodes, 75 Carex_hookerana, 76 Carex_hoodii, 77 Carex_gynocrates, 78 Carex_gibba, 79 Carex_fissa, 80 Carex_filicina, 81 Carex_fecunda, 82 Carex_exilis, 83 Carex_elongata, 84 Carex_eleocharis_2, 85 Carex_eleocharis_1, 86 Carex_echinochloe, 87 Carex_echinata, 88 Carex_douglasii_2, 89 Carex_douglasii_1, 90 Carex_divisa, 91 Carex_disticha, 92 Carex_disperma_2, 93 Carex_disperma_1, 94 Carex_dioica, 95 Carex_diandra, 96 Carex_deweyana, 97 Carex_depauperata, 98 Carex_decomposita, 99 Carex_cusickii, 100 Carex_curvula, 101 Carex_cruscorvi, 102 Carex_cristatella, 103 Carex_cordillerana, 104 Carex_conjuncta, 105 Carex_conferta, 106 Carex_chordorrhiza_2, 107 Carex_chordorrhiza_1, 108 Carex_chihuahuensis, 109 Carex_cephalophora, 110 Carex_capitata, 111 Carex_canescens, 112 Carex_brunnescens, 113 Carex_bromoides_2, 114 Carex_bromoides_1, 115 Carex_brizoides, 116 Carex_bonariensis, 117 Carex_atlantica, 118 Carex_arenaria_2, 119 Carex_arenaria_1, 120 Carex_arcta, 121 Carex_appropinquata, 122 Carex_appressa, 123 Carex_annectens, 124 Carex_alopecoidea, 125 Carex_albolutescens, 126 Carex_albata, 127 Carex_aggregata; TREE Fig._1 = [&R] ((((((((((((127,17),(124,104)),((123,10),79),((109,57),64),3),59),(95,70)),(55,1)),((108,(42,35)),(99,34)),98,69,51,46,5),(((126,66),52),38),(125,102,74,(45,12)),(122,121),((120,73),(((119,118),(115,36)),(94,77),90,(65,14,13),((48,16),(44,43)),(39,29),31),((112,(62,(61,9))),(111,37)),((107,106),((91,25),(76,75,47,8))),(93,92)),(((((117,26),(71,2),15),87),(82,23)),83),((116,18),(89,88),(((32,19),28),(30,11))),(114,113),(105,101),(96,(63,24)),((85,84),((72,58),(21,20))),((68,60),(7,6)),67,40),78),(((((110,56),(54,53)),(103,27)),((49,33),41)),100)),(86,((81,(50,22)),80))),(97,4)); END;