#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 11:43 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Fucikova K., Lewis P., & Lewis L.A. 2013. Putting incertae sedis taxa in their place: a proposal for ten new families and three new genera in Sphaeropleales (Chlorophyta). Journal of Phycology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S13960] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=33; TAXLABELS Ankistrodesmus_falcatus_UTEX101 Ankyra_judai_SAG17_84 Botryococcus_sudeticus Bracteacoccus_aerius_UTEX1250 Bracteacoccus_minor_UTEX66 Bracteamorpha_trainori_CC1VF5A Characiopodium_hindakii Chlorotetraedron_incus_SAG4381 Chromochloris_zofingiensis_UTEX56 Dictyochloris_fragrans_UTEX127 Dictyococcus_varians_UTEXLB62 Hariotina_reticulata_UTEX1365 Kirchneriella_aperta_SAG2004 Mychonastes_homosphaera_CAUPH6502 Mychonastes_jurisii_SAG3798 Neochloris_aquatica_UTEX138 Ourococcus_multisporus Parapediastrum_biradiatum_UTEX37 Pediastrum_duplex_UTEX1364 Planktosphaeria_botryoides_UTEXLB951 Planktosphaeria_gelatinosa_SAG262_1b Planktosphaeria_texensis_UTEX1241 Pseudomuriella_engadinensis_UTEX58 Pseudomuriella_schumacherensis_SAG2137 Radiococcus_polycoccus_SAG217_1c Rotundella_rotunda_WJT54VFNP11 Rotundella_sp_ZNP1VF31 Scenedesmus_obliquus_UTEX393 Scenedesmus_rotundus_SEV3VF49 Schizochlamys_gelatinosa_SAG66_94 Schroederia_setigera_UTEXLB2454 Sphaeroplea_robusta_UTEX2350 Tumidella_tumida_SAG2265 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M18461] TITLE Master_alignment; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=8916; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=- GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 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TCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAACTGCTTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGGT-ACC---TCTACACGG-ATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCGTAAATCCCGACTTCTGGAAGGGACGTATTTATTAGATAAAAGGCCGACCGAGCTTTGCTCGACCCGCGGTGAATCATGATAACTTCACGAATCGCATAGCCTTGTGCTGGCGATGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCC-TACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGATACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCATT-TAATGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCGGGTGGGTTCCAGCGGTCCGCCTAT--GGTGAGTACTG-CTGTGG-CCCTCCTTT--TTGTCGGGGACGGGCTCCTGGGCTTCATTGTCCGGGACT-CGGAGTCGACGATGATACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGAATACTTTAGCATGGAATATCGCGATAGGACTCTGG-CCTATCTCGTTGGTCTGTAGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACTACTGCGAAAGCA-TTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACTAGGGATTGGAGGATGTTCTTTTGATGACTTCTCCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTT-GGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA-GGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTT-GATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATATGTCACA-TTCGCTTTTT-GCGG-ATGGCC-GACTTCTTAGAGGGACTATTGGCGTTTAGTCAATGGAAGTATGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACGCATTCAGCAAGCCTATCCTTGACCGAGAGGTCTGGGTAATCTTTGAAACTGCGTCGTGATGGGGATAGATTATTGCAATTATTAGTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGGGTGTGCTGGTGAAGTGTTCGGATTGGCAGA-GCGGGTGG-CAACACTT-GCTTTT-G-CCGAGAAGTTCATTAAACCCTCCCACCTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGAAAGAAACTAACCAGGATGCGCTTAGTAACGGCGAGCGAACCGCGCAAAGCCCAACTTGAAAATCTCCCTCTGGAGAATTGTAGTCTATAGAAGCATCCTCTGCAGCAGACGGAGCTCAAATCTTCTGGAAAGGAGTGTCAGAGAGGGTGAGAACCCCGTCGGTTCCTGTCTTTGCTGCTTCACGAGGTGCTTTCGAAGAGTCGTGTTGCTTGGGAATGCAGCACTAATTGGGTGGTAAATCCCATCTAAGGCTAAATACTGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGAAAAGAGAGTTAAAAAGTGCTTGAAATTGTTGAGGGGGAAGCGTTTGAATGC-TATGGGTGCGCCTAGGCTTATGGGTCTTTAACGAGCCTCTGTATGTGCTAGGTGCTGGTCAGCATGGGTTAGGCCCGCAGGATAAAAATCGGGATTGTT-ACCCGGTCTATACTGCAGGCCTGACCAAGGTGT--GAAGAGCGCCCTTGTCCTTCGGGAA--------CTGCGTTCTCAAGATGCTGGCAGAAAGTATTCAACCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGTATGCGAGCTGGTGGGTGGAAAACCCATGAAGCGCAAGTAACCTGACTGGTGGGATGGCCTGTGCCTGCACCATCGACCGACCATGAGCTTCTGCGAAAGGTTTGAGTACGAGCATACCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAGCAGGGCGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGTAGATGTGCTGACGTGCAAATCGCTTTTCGGACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCCCAGGATAGCTGGAGCTTGTA-TCAGTAGCGTCAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGTTCGGGGGATGAAACATCCTTCACCTATTCTCAAACTTTAAATAGGCGCGACGGCCGGGTTGCTTGATTGAACCCGTGTCATTCTATGAGAGCTCCAAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGATAGTCGAGTTAAGGTGCCCAACTACACGCTAACCTAGAACCCACAAAGGGTGTTGATTGATATAGACAGCAGGACGGTGGTCATGGAAGTCGAAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATCAATTAGCCCCGAAAATGGATGGCGCTGAAGCGTGTGACCTATACTCGGCCATGGAAGCAAGTGCGAGGCTTCCATGAGTAGGAGGGCGTGGGTGTC-GTTGCGAAGTCCGAGGCGTGAGCCTGGATGAAACGGCATCTAGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATACACAAATGAGA-ACTTTGTGGACTGAAGTGGAGAAAGGTTCCATGTGAACAGCAATTGGACATGGGTTAGTCGA-TCCTAAGAGATAGGCTAATGCTGTATGAAGAGCGCACTT---GTGCGCTGCCTATCGAAAGGGAAAAGGGTTAAGATTCCCTTACCTGGATGAGGGAGCTGGCGGCAACG--CAAGCGAGCCTGCAGACATCGGCATTGACCCTGGGAAGAGTTCTCTTTTCTTTTTAACAGCTCGAAGGCCCTGGAATCGAATCATTCGGAGATAGGGCTCAGAAGCTGGTAAAGCACCGCACGTCTCGCGGTGTCCGGCGCGCCAATGACGGTCCTTGAAAATGCAGGGGAGCAATTACTCATCTCACCAGGTCGTACTCATAACCGCATCAGGTCTCCAAGGTGAACAGCCTCTAGTCGATAGAATAATGTAGATAAGGGAAGTCGGCAAAATGGATCCGTAACTTCGGGAAAAGGATTGGCTCTGAGGGTTGGGTCTAGGGGTCTGCATCTAGAAACCACGGGCTGTCGGCATCCTCAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCTCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCTCGAGCCTTCGGGCAAGAGCACGCCTGCCTCAGCGTC----------------------------------------------------GAGAAACTGACGTATTAGCAGCATTCCGTATGACTCCACAACCAGGTGTTCCACCTGAAGAATGTGGTGCGGCTGTAGCAGCAGAATCTTCAACAGGTACTTGGACAACAGTATGGACAGATGGTTTAACAACATTAGACCGTTACAAAGGACGTTGTTACGATATCGAACCTGTTCCAGGTGAAGATAACCAATACATTGCGTATGTAGCTTACCCTATTGATTTATTTGAAGAAGGTTCAGTAACGAACTTATTCACTTCAATCGTAGGTAACGTATTTGGTTTCAAAGCTTTACGTGCTCTTCGTTTACAAGATCTTCGTATTCCTCCAGCTTACGTTAAAACATTCGAAGGACCTCCACACGGTATCCAAGTAGAACGTGACAAATTAAACAAATATGGCCGTGGTCTTTTAGGTTGTACTATTAAACCTAAATTAGGATTATCAGCTAAAAACTACGGACGTGCTGTTTACGAATGTTTACGTGGTGGTTTAGATTTCACTAAAGACGATGAAAACGTAAACTCACAACCATTCATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTCGTTGCTGAAGCTATTTACAAAGCACAAGCAGAAACTGGTGAAATTAAAGGTCACTATTTAAATGCTACAGCTGGTACTTGTGAAGAAATGTTAAAACGTGCTCAGTGTGCAAAAGATTTAGGTGTACCAATTATTATGCACGACTACTTAACAGGTGGTTTTACTGCTAACACTTCTTTATCTCACTACTGTCGTGATCACGGTTTATTATTACACATTCACCGTGCGATGCACGCTGTAATTGACCGTCAACGTAACCACGGTATTCACTTCCGTGTTTTAGCTAAAGCATTACGTATGTCAGGTGGTGACCACTTACACTCAGGAACTGTTGTAGGTAAACTAGAAGGTGAACGTGAAGTAACTTTAGGTTTCGTAGACTTAATGCGTGACGATTACGTTGAAAAAGACCGTAGCCGTGGTATTTACTTCACTCAAGACTGGTGTTCAATGGCGGGTGTTATGCCAGTTGCTTCTGGTGGTATTCACGTATGGCAC-----------------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Ankyra_judai_SAG17_84 ---------------AAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAACTGCTTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGGT-ACC---TTTACTCGG-ATAACTCTTGGAAATCTAGAGCTAATACGTGCTTAAAGGGTGACTTC-GGAAGCCTTGCACACATTAGACCAAAGGCCGAC-CAGCTCTGCTGGTTTCTCGGTGAATCATGATGTTTTCACGAATCGCATGGCCTAGCGCCGGCGATGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCC-TACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGATACAGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACAAAGGAGGCGCTTA--CGGCTTTCCTATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAAGG-CCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTCGGATTTCGGGCAGGTGTCAGCGGTCCGCCCTTTGGGTGAGTACTG-CTGATG-CTTGCCTTT--CTGTCGGGGACGGGCTCCTGGGCTTCACTGTCCGGGACT-CGGAGTCGGCGAGGTTACTGTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTACGCTCTGAATACGTTAGCATGGAATAACATGATAGGACTCTGG-CCTATCCTGTTGGTCTGTAGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGATGGTGGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACTACTGCGAAAGCA-TTTGCCAACGACATCCTCATTGATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACTAGGGATTGCAGGGTGTTTTTTCGATGACCTCTGCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTT-GGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATT-A-G-AAGGGCACCACCA-GGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAA-ACTTACCAGGTCCAGACACCGGGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTT-GATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGC---A-A-T-C--G-CTTGCCTCT-GCAGGT-GGTT--GACTTCTTAGAGGGACTATTGCCGTTTAGGCAATGGAAGTATGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGCATTCAACGAGCCTATCCTTGACAGAAATGTCCGGGTAATCTTTGAAACTGCATCGTGATGGGGATAGATTATTGCAATTATTAGTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAACCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGGGTGTGCTGGTGAAGTGTTCGGATTGGCTTTAGTTGGGGGCAACCTCGACT--CTTGCTGAGAGAAGAATATTAAACCCTCCCACCTA---------------------------------AAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGCGAAACGGGAATAGCCCAACGTGAAAATCTCCCTTTGGAGAATTGTAGTCTAGAGAAGTGCCCTCTGTAGCGGGCAGTGCTCAAGTCCACTGGAAAGTGGCGTCAAAGAGGGTGAGAACCCCGTCGGCGCTTGCTT-AGCTACTCCACGAGGTGCTTTCCAAGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCAAATTTGGTGGTAAATCCCATCTAAGGCTAAATACCGGCACGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGAAAAGAGAGTTAAAAAGTGCTTGAAATTGTTGAGAGGGAAGCGTTTGAAAGC-TGCGGGTGCACCTGGGCTTATGCATCTCTAACGAGCTGCTGTATGTGCCAGGTGCTGGTCAGAATGGGTTGAGCTGGCGGGATAACAGCAGAGGTTGCT-ACTTTGCCAATGCCGCCGGCTTGACCAAGGCGT--AAGCGACGCCCCAGTCCTTT-GGAT--------CTGCGTCGCAAAGTTTCTGGCGGAAG-CTTTCAAATGGCCCGTCTTGAAACACGGACCGAGGAGTGCATCATGTATGCGAGTTGGTGGGTGGAAAACCCATGAAGCGCAAGTAACCTGACTGGTGGGATGGCCTGTGCCTGCACCATCGACCAACCATGAGCTTCTGCGAAAGGTTTGAGTGCGAGCATACCTGGTGCGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAGCAGGGCGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGTAGATGTGCTGACGTGCAAATCGCTTTTCGGACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCGTCGGAAGTTTCCCCCAGGATAGCTGGAGCTTGTA-TCAGTTTTATCGGGTAAAGCGAATGATTAGAGGTTCGGGGGATGAAACATCCTTCACCTATTCTCAAACTTTAAATAGGTAAGACGTGTACGTTGCTTGATTGAACGTGCA-CACTCAATGAGAGCTCCAAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGATAGTCGAGTTAAGGTGCCCAACTGCGCGCTAACCTAGAACCCACAAAGGGTGTTGATTGATATAGACAGCAGGACGGTGGTCATGGAAGTCGAAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATCAATTAGCCCCGAAAATGGATGGCGCTGAAGCGCGCGACCTATACTCGGCCATGGAGGCAAGTGCGAAGCTTCCATGAGTAGGAGGGCGTGGATGTT-GTTGCGCAGCCTGAGGCGTGAGCCTGGGTGAAACAGCATCTAGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATATTCAAATGAGA-ACTTTGAAGACTGAAGTGGAGAAAGGTTCCATGTGAACAGCAATTGGACATGGGTTAGTCGA-TCCTAAGAGATGGGGTAATCCTGTATCAAGAGCGCA-TT-----GCGCTGCCCATCGAAAGGGAAAGGGGTTAAGATTCCCCTACCTGGACAAGGCGGCTGACGGTAACG--TAAGCGAGACCGGAGACATCGGCAACGACCCTGGGAAGAGTTCTCTTTTCTTTTTAACAGCCCGAAGGCCCTGGAATCGAATCATTCGGAGATAGGGCTCAGAGGCTGGTAAAGCACCGCGCGTTACGCGGTGTCCGGCGCGCCGTTGACGGTCCTTGAAAATCCGGTGGAGCGGCTACCG-TCTTGCCAG-TCGTACTCATAACCCCATCAGGTCTCC-ACGTGAACAGCCTCTAGTCGATAGAACAATGTACATAAGGGAAGTCGGCAAAATGGATCCGTAACT-CGGGAAAAGGATTGGCTCTGAGGGTTGGGCCTAGGGGTCTGGGTCTTGAAGCTTCGGGCTGC-GGTGGACTCAACTCTCAACAATGGATATCTTGGCTCGTGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCTCGAGGCTTCGGCCAAGAGCATGTCTGCCTCAGCGTC----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTGTAGCTGCTGAATCTTCAACTGGTACATGGACAACTGTATGGACAGATGGTTTAACTAGTTTAGACAAATATAAAGGTCGTTGTTTTGACATCGAGCCTGTTGCTGGTGAAGAAAACCAATACATTGCTTATGTAGCATATCCTATCGACTTATTTGAAGAAGGTTCTGTAACTAACTTATTCACTTCAATCGTTGGTAACGTATTTGGTTTCAAAGCTCTTCGTGCACTTCGTTTAGAAGATCTTCGTATTTCAGCTGCGTATGTAAAAACTTTCCAAGGTCCTCCACACGGTATCCAGGTAGAACGTGACAAATTAAACAAATATGGTCGTGGTCTTTTAGGTTGTACAATTAAACCTAAATTAGGTCTTTCTGCTAAAAACTACGGTCGTGCAGTTTATGAATGTTTACGTGGTGGTTTAGACTTTACAAAAGATGACGAGAACGTAACATCACAACCATTCATGCGTTGGAGAGATCGTTTCTTATTCGTAGCTGAAGCAATCTATAAATCACAAGCAGAAACAGGTGAAATTAAAGGTCACTATTTAAATGCTACTGCTGGTACTAGTGAAGAAATGATCAAACGTGCAGTGTGTGCTAAAGAATTAGGTATTCCTATTATTATGCATGACTACCTAACTGGTGGTTTCACTTCTAACACTTCATTAGCTAACTACTGTCGTGACCATGGTTTATTATTACACATTCACCGTGCGATGCACGCTGTAATTGACCGTCAAAGAAACCACGGTATCCACTTCCGTGTTTTAGCTAAAGCTTTACGTTTATCAGGTGGTGACCACCTTCACTCTGGTACTGTTGTAGGTAAATTAGAAGGTGAACGTGAAGTAACTTTAGGTTTCGTTGATTTAATGCGTGATGACTATATTGAAAAAGATCGTAGTCGTGGTATTTATTTCACACAAGATTGGGTTGCTTTACCAGGTACTATGCCAGTTGCTTCTGGTGGTATTCACGTATGGCACATGCCA-----------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Botryococcus_sudeticus 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Chlorotetraedron_incus_SAG4381 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Chromochloris_zofingiensis_UTEX56 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Dictyochloris_fragrans_UTEX127 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Hariotina_reticulata_UTEX1365 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Kirchneriella_aperta_SAG2004 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Neochloris_aquatica_UTEX138 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Ourococcus_multisporus 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Pseudomuriella_schumacherensis_SAG2137 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Radiococcus_polycoccus_SAG217_1c 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Scenedesmus_obliquus_UTEX393 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Scenedesmus_rotundus_SEV3VF49 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Tumidella_tumida_SAG2265 TCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAACTGCTTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGGT-ACCTT-ACTACTCGG-ATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCGTAAATCCCGACTTCTGGAAGGGACGTATTTATTAGATAAAAGGCCGACCGAGCTTTGCTCGACCCGCGGTGAATCATGATAACTTCACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCC-TACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGATACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCATT-CATTGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCGGGTGGGTTCCAGCGGTCCGCCCAT--GGTGAGTACTG-CTGTGG-CCCGCCTTT--CTGCCGGGGACGGGCTCCTGGGCTTCACTGTCCGGGACT-CGGAGTCGGCGAGGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCTTACGCTCTGAATACTTTAGCATGGAATAACACGATAGGACTCTGG-CCTATCTTGTTGGTCTGTAGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACTACTGCGAAAGCA-TTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACTAGGGATTGGCGGAAGTTTTTTCAATGACTCCGCCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTT-GGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA-GGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTT-GATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGT-CACG-ATCGCTTTTT-GCGGT-CGGCT-GACTTCTTAGAGGGACTATTGGCTAA-AGCCAATGGAAGTATGAGGCGATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGCATTCAACGAGCCTATCCTTGACCGAGAGGTCCGGGTAATCTTTGAAACTGCATCGTGATGGGGATAGATTATTGCAATTATTAGTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGGGTGTGCTGGTGAAGTGTTCGGATTGGCGGCTGCGGGTGGTCTCCATCTGCTAC---CGCCGAGAAGTTCATTAAACCCTCCCACCTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAG---------------------------------------------------------TGAAAATCTCCCTTTGGAGAATTGTAGTCTATAGAAGTACCCTCTGTAGCGTGCGGAGCCCAAGTCCCCTGGAAAGGGGCGTCAGAGAGGGTGAGAACCCCGTCGGCTCCGGCAT-AGCTGCCTCACGAGGTGCTTTCGCAGAGTCGGGTTGCTTGGGAATGCAGCCCTAATTTGGTGGTAAATCCCATCTAAGGCTAAATATTGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGAAAAGAGAGTTAAAAAGTGCTTGAAATTGTTGAGAGGGAAGCGATTGGAAGG-TATGGGTGCGCCCAGGCTTATGCGTCTCTAACGAGCCGCTGTATGTGCTGGGTGCTGGTCAGCAAGGGTTAGGTTAGCAGGATAAAAGTAGGGGTTGTT-ACCCTGCCTATACTGCTGGCTTGACCAAGGCGT--GAAGGCTGCCCTTGTCCTTCGGGAA--------CTGCAGCCTCAAGTTGCTGGCGGAAACTTTCCAATCGGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGTATGCGAGTTGGTGGGTGGAAAACCCATGAAGCGCAAGTAACCTGACTGGTGGGATGGCCTGTGCCTGCACCATCGACCGACCATGAGCTTCTGCGAAAGGTTTGAGTGCGAGCATACCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAGCAGGGCGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGTAGATGTGCTGACGTGCAAATCGCTTTTCGGACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCCCAGGATAGCTGGAGCTTGTA-TCAGTTTTATCGGGTAAAGCGAATGATTAGAGGTTCGGGGGATGAAACATCCTTCACCTATTCTCAAACTTTAAATAGGTAAGACGTCCAGGTTGCTTGATTGAACCTGTGGCATTCAATGAGAGCTCCAAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGATAGTCGAGTTAAGGTGCCTAACTGCACGCTAACCTAGATCCCACAAAGGGTGTTGATTGATATAGACAGCAGGACGGTGGTCATGGAAGTCGAAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATCAATTAGCCCCGAAAATGGATGGCGCTGAAGCGTGCGACCTATACTCGGCCATGGAAGCAAGTGCGAGGCTTCCATGAGTAGGAGGGCGTGGATATC-GTTGCGCAGCCTGTGGCGTGAGCCGGGGTGAAACGGTATCTAGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATATTCAAATGAGA-ACTTTGAAGACTGAAGTGGGGAAAGGTTCCATGTGAACAGCAATTGGACATGGGTTAGTCGG-TCCTAAGAGATGGGGTAATCCTGTATCAAGAGCGCGATT----CGCGCTGCCCATCGAAAGGGAAAAGGGTTAAGATTCCCTTACCTGGACAGGGCGGCTGACGGTAACG--TAAGCGAGCCTGCAGACATCGGCATTGGCCCTGGGAAGAGTTCTCTTTTCTTTTTAACAGCTCGAAGGCCCTGGAATCGAATCATTCGGAGATAGGGCTCAGAAGCTGGTAAAGCACCGCACGTCTCGCGGTGTCCGGAGCGCCAATGACGGTCCTTGAAAATGCAGGGGAGCGACTACCGATCCTGCCAGGCCGTACTCATAACCGCATCAGGTCTCCAAGGTGAACAGCCTCTAGTCGATAGAACAATGTAGATAAGGGAAGTCGGCAAAATGGATCCGTAACTTCGGGAAAAGGATTGGCTCTGAGGGTTGGGCCTAGGGGTCTGCGTTCAGAAGCCGGAGGCTGTCGATGGTCTCAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCTCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCAAGGCTTCGGCCGAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCGCTGGTGTAAAAGATTACCGTCTTACTTACTACACTCCTGATTACGTTGTAAAAGATACTGATATTCTAGCAGCATTCCGTATGACTCCACAACCAGGTGTTCCACCTGAAGAGTGTGGTGCAGCTGTAGCAGCTGAATCATCAACAGGTACTTGGACAACTGTATGGACAGATGGATTAACTAGTCTTGACCGTTACAAAGGTCGTTGTTACGAAATCGAGTCTGTGCCAGGGGAAGACAACCAATACATCGCATACGTTGCATACCCTATCGAACTATTCGAAGAAGGTTCAGTAACTAGTTTATTTACTTCAATTGTAGGTAACGTATTTGGATTCAAAGCTCTTCGTGCACTACGTCTAGAAGATCTTCGTATTCCTCCAGCTTACGTTAAAACATTCCAAGGTCCACCGCACGGTATTCAAGTTGAACGTGACAAACTAAACAAATACGGTCGTGGTTTCTTAGGTTGTACAATTAAACCTAAACTAGGTCTTTCAGCTAAAAACTACGGTCGTGCTGTTTATGAATGTTTACGTGGTGGTTTAGACTTCACTAAAGACGACGAAAACGTAACTTCTCAACCATTCATGCGTTGGAGAGACCGTTTCCTTTTCGTTGCTGAAGCTCTTTACAAATCACAAGCAGAGACTGGTGAAATCAAAGGTCACTACCTAAACGTAACTTCTGGTACTTCAGAAGAAATGTTAAAACGTGCAGCTTGTGCTAAAGATTTAGGTGTACCTATTATCATGCACGACTACCTAACAGGTGGTTTCACAGCTAACACATCATTATCTCAATACTGTCGTGACAACGGTCTATTATTACACATTCACCGTGCTATGCACGCAGTTATTGACCGTCAAAGAAACCACGGTATCCACTTCCGTGTTCTAGCTAAAGCTCTTCGTATGTCAGGTGGTGACCACCTTCACTCTGGTACTGTTGTAGGTAAACTAGAAGGTGAACGTGAAGTTACTCTAGGTTTCGTAGACTTAATGCGTGACGAGTACATTGAAAAAGACCGTAGCCGTGGTATCTACTTCACACAAGACTGGTGTGGTATGGGTGGTACAATTCCAGTAGCATCTGGTGGTATTCATGTATGGCACATGCCAGCTCTAGTTGA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; END; BEGIN TREES; TITLE Sphaeropleales; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Bracteacoccus_minor_UTEX66, 2 Bracteacoccus_aerius_UTEX1250, 3 Pseudomuriella_engadinensis_UTEX58, 4 Pseudomuriella_schumacherensis_SAG2137, 5 Bracteamorpha_trainori_CC1VF5A, 6 Radiococcus_polycoccus_SAG217_1c, 7 Planktosphaeria_gelatinosa_SAG262_1b, 8 Planktosphaeria_texensis_UTEX1241, 9 Planktosphaeria_botryoides_UTEXLB951, 10 Chromochloris_zofingiensis_UTEX56, 11 Pediastrum_duplex_UTEX1364, 12 Parapediastrum_biradiatum_UTEX37, 13 Ankistrodesmus_falcatus_UTEX101, 14 Neochloris_aquatica_UTEX138, 15 Botryococcus_sudeticus, 16 Characiopodium_hindakii, 17 Scenedesmus_obliquus_UTEX393, 18 Scenedesmus_rotundus_SEV3VF49, 19 Hariotina_reticulata_UTEX1365, 20 Schizochlamys_gelatinosa_SAG66_94, 21 Dictyococcus_varians_UTEXLB62, 22 Dictyochloris_fragrans_UTEX127, 23 Mychonastes_homosphaera_CAUPH6502, 24 Mychonastes_jurisii_SAG3798, 25 Schroederia_setigera_UTEXLB2454, 26 Chlorotetraedron_incus_SAG4381, 27 Kirchneriella_aperta_SAG2004, 28 Sphaeroplea_robusta_UTEX2350, 29 Ankyra_judai_SAG17_84, 30 Tumidella_tumida_SAG2265, 31 Rotundella_rotunda_WJT54VFNP11, 32 Rotundella_sp_ZNP1VF31, 33 Ourococcus_multisporus; TREE bestREP1 = [&R] (28:0.02844622,(((3:0.02624731,4:0.02336551):0.05294765,((25:0.09718068,((((24:0.0183549,23:0.02369513):0.07541292,21:0.13805524):0.01127786,((13:0.05572217,27:0.05699107):0.00626586,33:0.05132047):0.03286227):0.00753634,((((18:0.046224,19:0.05461064):0.00870169,17:0.03470155):0.02591212,(31:0.00907743,32:0.01313392):0.07698665):0.00830089,(26:0.04379183,((11:0.02947781,12:0.03973145):0.02822821,((16:0.04841436,15:0.04506868):0.01053174,14:0.05642738):0.03067585):0.0060618):0.02404917):0.01097197):0.00357979):0.00842439,((((7:0.04371519,20:0.06060717):0.0328769,((8:0.0158813,9:0.01627901):0.05423472,6:0.07280186):0.01926577):0.00842674,((1:0.05310878,2:0.03639246):0.04642431,(5:0.09760099,30:0.07125323):0.0087405):0.00857001):0.00595212,10:0.09912681):0.00555027):0.00734859):0.01509992,22:0.10187172):0.09038734,29:0.02980768); END;