#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 4:00 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Zhao P., Tian C.M., Yao Y.J., Wang Q., Yamaoka Y., & Kakishima M. 2013. Melampsora salicis-sinicae (Melampsoraceae, Pucciniales), a new species of rust fungus found on willows in China. Mycoscience, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S13965] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=27; TAXLABELS Melampsora_caprearum_NWC_9467 Melampsora_caprearum_TSH_R10194 Melampsora_caprearum_TSH_R10513 Melampsora_caprearum_TSH_R10727 Melampsora_caprearum_TSH_R3879 Melampsora_caprearum_TSH_R7489 Melampsora_caprearum_TSH_R9832 Melampsora_epiphylla_TSH_R7643 Melampsora_epiphylla_TSH_R7661 Melampsora_epiphylla_TSH_R9831 Melampsora_epiphylla_TSH_R9836 Melampsora_epiphylla_TSH_R9837 Melampsora_epiphylla_VMP891_1 Melampsora_epitea_NWC_9533 Melampsora_epitea_NWC_KNW_1 Melampsora_epitea_TSH_R3889 Melampsora_epitea_TSH_R9620 'Melampsora laricis-urbaniana TSH R9834' 'Melampsora laricis-urbaniana TSH R9835' Melampsora_sp._HMAS82384 Melampsora_sp._HNMAP1339 Melampsora_sp._HNMAP1697 Melampsora_sp._HNMAP1710 Melampsora_sp._HNMAP1716 Melampsora_sp._HNMAP3111 Melampsora_sp._HNMAP3140 Melampsora_sp._HNMAP3149 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=46; TAXLABELS Melampsora_amygdalinae_AY444776 Melampsora_caprearum_AY444779 Melampsora_caprearum_NWC_9467 Melampsora_caprearum_TSH_R10194 Melampsora_caprearum_TSH_R10513 Melampsora_caprearum_TSH_R7489 Melampsora_caprearum_TSH_R9832 'Melampsora chelidonii-pierotii AB646769' Melampsora_coleosporioides_AY652948 Melampsora_epiphylla_AY652947 Melampsora_epiphylla_TSH_R7643 Melampsora_epiphylla_TSH_R7661 Melampsora_epiphylla_TSH_R9831 Melampsora_epiphylla_TSH_R9836 Melampsora_epiphylla_TSH_R9837 Melampsora_epitea_AY471628 Melampsora_epitea_AY471629 Melampsora_epitea_AY471630 Melampsora_epitea_AY471645 Melampsora_epitea_AY471646 Melampsora_epitea_AY471647 Melampsora_epitea_NWC_9533 Melampsora_epitea_NWC_KNW_1 Melampsora_epitea_TSH_R3889 Melampsora_epitea_TSH_R9620 Melampsora_epitea_VMP891_1 'Melampsora larici-epitea f.sp. larici-daphnoides AY444777' 'Melampsora larici-epitea f.sp. larici-epitea AY444778' 'Melampsora larici-pentandrae AY444771' 'Melampsora ribesii-purpureae AY444770' 'Melampsora salicis-albae AY444775' Melampsora_sp._HMAS82384 Melampsora_sp._HNMAP1339 Melampsora_sp._HNMAP1690 Melampsora_sp._HNMAP1697 Melampsora_sp._HNMAP1710 Melampsora_sp._HNMAP1716 Melampsora_sp._HNMAP3111 Melampsora_sp._HNMAP3140 Melampsora_sp._HNMAP3149 'Melampsora sp. 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SMD-2008 FJ386432' TTAATACATGTTGAGCGCACTTTAATGTGACTCTTTGTATACCCATTACCACCCCACCCAGAGGTGCATTGTGGCCTTTAACGAGGTTAGCAGTGTATCAGTACGTATCCCAAAGGCAACTTTGAGTTACATTACCCATCATTTACCCCCATTTACACTTAATAAGTTTTAAGAATGATACCTATAAT--TATATAACTTTCAGCAATGGATCTCTAGGCTCTCACGTCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATACGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGGTTTATTCCGAAAGGTACACCTGTTTGAATGTCACAAAACTCCCCTCGGCTCTAATGCTTTCTAAAAGGATTAGAGACGGATTCTGAGTGTTGGCGTGAATACGCCTCGCTTTAAATTGATCAGCACTTTTGGATGGTTGACTATTAGTTCAAAAGACGTACTTGATGTTGTATTTATATGTCATTGAGGCAGTCTTTGGTCGTTCCGACTATCCGCTAATATGAAAACTTGAAGAATAGCTT Melampsora_sp._TSH_R9834 TTAATACATGTTGAGCGCACTTTAATGTGACTCTTTGTATCACTATTACCCCCCCACCCAGAGGTGCATTGTGGCCTTTAACGAGGTTAGCAGTGTATCAGTACGTATCCCAAAGGCAACTTTGAGATACATTACCCATCATTTACCCCCATTTACACTTAATAAGTTTTAAGAATGATACCTATAAT--TATATAACTTTCAGCAATGGATCTCTAGGCTCTCACGTCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATACGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGG-TTATTCCGAAAGGTACACCTGTTTGAATGTCATGAAACCCCCCTCGGCTCTTATTCTTTCTGAAAGGATGGGAGACGGATTCTGAGTGTTGGCGTGATAACGCCTCGCTTTAAATATATCAGCACTTTTGGATGGTTGAATATTAGTTCAAAAGACGTACTTGATGTTGTATTTATATGTCATTGAGGTAGTCTTTGGTCGTTACGACTATCCGCTAATACGAACACTTGAAGAATAGCTT Melampsora_sp._TSH_R9835 TTAATACATGTTGAGCGCACTTTAATGTGACTCTTTGTATCACTATTACCCCCCCACCCAGAGGTGCATTGTGGCCTTTAACGAGGTTAGCAGTGTATCAGTACGTATCCCAAAGGCAACTTTGAGATACATTACCCATCATTTACCCCCATTTACACTTAATAAGTTTTAAGAATGATACCTATAAT--TATATAACTTTCAGCAATGGATCTCTAGGCTCTCACGTCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATACGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGG-TTATTCCGAAAGGTACACCTGTTTGAATGTCATGAAACCCCCCTCGGCTCTTATTCTTTCTGAAAGGATGGGAGACGGATTCTGAGTGTTGGCGTGATAACGCCTCGCTTTAAATATATCAGCACTTTTGGATGGTTGAATATTAGTTCAAAAGACGTACTTGATGTTGTATTTATATGTCATTGAGGTAGTCTTTGGTCGTTACGACTATCCGCTAATACGAACACTTGAAGAATAGCTT Melampsora_yezoensis_AB646768 ---ATACATGTTGAGCGCACTTTAATGTGACTCTTTGTATGAACATTACCACCCAACCCAGAGGTGCATTGTGGCCTTTAACGAGGTTAGCAGTGTATCAGTACGTATCCCAAAGGCAACTTTGAGTTACATTACCCATCATTTACCCCCATTTACACTTAATAAGTTTTAAGAATGATACCCAAAAC--CATATAACTTTCAGCAATGGATCTCTAGGCTCTCACGTCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATACGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGG-TTATTCCGAGAGGTACGCCTGTTTGAATGTCACAAAACTCCCCTCGGCTCTAATGCTTTCTAAAAGGATTGGAGACGGATTCTGAGTGTTGGCGTGAATACGCCTCGCTTCAAATATATCAGCACTTTTGGATGGTTGAATGTTAGTTCGAAAGACGTACTTGATGTTGTATTTATATGTCATTGAGGCAGTCTTTGGTCGTTACGACTATCCGCTAATACGAAAACTTGAAGAATAGCTT TMelampsora_caprearum_SH_R10727 TTAATACATGTTGAGCGCACTTTAATGTGACTCTTTGTATCACTATTACCACCCAACCCAGAGGTGCATTGTGGCCTTT---ATGGTTAGCAGTGTATCAGTACGTATCCCAAAGGCAACTTTGAGTTACATTACCCATAATTTACCCCCATTTACACTTAATAAGTTTTAAGAATGATACCTATAAT--TATATAACTTTCAGCAATGGATCTCTAGGCTCTCACGTCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATACGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGG-TTATTCCGAAAGGTACACCTGTTTGAATGTCACGAAACCCCCCTCGGCTCTAATGCTTTCTAAAAGGATTAGAGACGGATTCTGAGTGTTGGCGTGAATACGCCTCGCTTTAAATATATCAGCACTTTTGGATGGTTTAGAATTAGTTCAAAAGACGTACTTGATGTTGTATTTATATTTCATTGGGGCAGTCTTTGGTCTTTATGACTATCCGCTAATACGAAAACTTGAAGAATAGCTT TMelampsora_caprearum_TSH_R3879 TTAATACATGTTGAGCGCACTTTAATGTGACTCTTTGTATCACTATTACCACCCAACCCAGAGGTGCATTGTGGCCTTT---ATGGTTAGCAGTGTATCAGTACGTATCCCAAAGGCAACTTTGAGTTACATTACCCATAATTTACCCCCATTTACACTTAATAAGTTTTAAGAATGATACCTATAAT--TATATAACTTTCAGCAATGGATCTCTAGGCTCTCACGTCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATACGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGG-TTATTCCGAAAGGTACACCTGTTTGAATGTCACGAAACCCCCCTCGGCTCTAATGCTTTCTAAAAGGATTAGAGACGGATTCTGAGTGTTGGCGTGAATACGCCTCGCTTTAAATATATCAGCACTTTTGGATGGTTTAGAATTAGTTCAAAAGACGTACTTGATGTTGTATTTATATTTCATTGGGGCAGTCTTTGGTCTTTATGACTATCCGCTAATACGAAAACTTGAAGAATAGCTT ; END; BEGIN TREES; TITLE MLT_ITS; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Melampsora_yezoensis_AB646768, 2 'Melampsora chelidonii-pierotii AB646769', 3 'Melampsora ribesii-purpureae AY444770', 4 'Melampsora larici-pentandrae AY444771', 5 'Melampsora salicis-albae AY444775', 6 Melampsora_amygdalinae_AY444776, 7 'Melampsora larici-epitea f.sp. larici-daphnoides AY444777', 8 'Melampsora larici-epitea f.sp. larici-epitea AY444778', 9 Melampsora_caprearum_AY444779, 10 Melampsora_epitea_AY471628, 11 Melampsora_epitea_AY471629, 12 Melampsora_epitea_AY471630, 13 Melampsora_epitea_AY471645, 14 Melampsora_epitea_AY471646, 15 Melampsora_epitea_AY471647, 16 Melampsora_epiphylla_AY652947, 17 Melampsora_coleosporioides_AY652948, 18 'Melampsora sp. SMD-2008 FJ386432', 19 Melampsora_sp._HMAS82384, 20 Melampsora_sp._HNMAP1339, 21 Melampsora_sp._HNMAP1690, 22 Melampsora_sp._HNMAP1697, 23 Melampsora_sp._HNMAP1710, 24 Melampsora_sp._HNMAP1716, 25 Melampsora_sp._HNMAP3111, 26 Melampsora_sp._HNMAP3140, 27 Melampsora_sp._HNMAP3149, 28 Melampsora_caprearum_NWC_9467, 29 Melampsora_epitea_NWC_9533, 30 Melampsora_epitea_NWC_KNW_1, 31 Melampsora_caprearum_TSH_R10194, 32 Melampsora_caprearum_TSH_R10513, 33 TMelampsora_caprearum_SH_R10727, 34 TMelampsora_caprearum_TSH_R3879, 35 Melampsora_epitea_TSH_R3889, 36 Melampsora_caprearum_TSH_R7489, 37 Melampsora_epiphylla_TSH_R7643, 38 Melampsora_epiphylla_TSH_R7661, 39 Melampsora_epitea_TSH_R9620, 40 Melampsora_epiphylla_TSH_R9831, 41 Melampsora_caprearum_TSH_R9832, 42 Melampsora_sp._TSH_R9834, 43 Melampsora_sp._TSH_R9835, 44 Melampsora_epiphylla_TSH_R9836, 45 Melampsora_epiphylla_TSH_R9837, 46 Melampsora_epitea_VMP891_1; TREE PAUP_1 = [&R] (4:0.0209865,((42:0.0,43:0.0):0.020586,(2:0.03092,(1:0.022057,(3:0.01324,(5:0.0058,18:0.014032):0.003387):0.005736,((6:0.003577,17:0.017058):0.013766,(37:0.0,(38:0.001858,(44:0.0,45:0.001854,(30:0.0,29:0.001877,46:0.0,((28:0.0,9:0.001838):0.007676,(7:0.003735,8:0.0):0.001837):0.001895):0.003748):0.001859):0.001866,(16:0.001837,(40:0.0,39:0.001906,35:0.0,((34:0.0,36:0.0,41:0.0,33:0.0,31:0.0,32:0.0):0.003863,(23:0.0,25:0.0,24:0.0,22:0.0,19:0.0,21:0.0,20:0.0,26:0.0,27:0.007816,(13:0.0,14:0.0,15:0.001915):0.001916,(11:0.0,12:0.0,10:0.0):0.001915):0.001933):0.001914):0.012043):0.001881):0.008576):0.009696):0.004775):0.007619):0.0209865); END; BEGIN TREES; TITLE MLT_Whole; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Melampsora_sp._HMAS82384, 2 Melampsora_sp._HNMAP1339, 3 Melampsora_sp._HNMAP1697, 4 Melampsora_sp._HNMAP1710, 5 Melampsora_sp._HNMAP1716, 6 Melampsora_sp._HNMAP3111, 7 Melampsora_sp._HNMAP3140, 8 Melampsora_sp._HNMAP3149, 9 Melampsora_caprearum_NWC_9467, 10 Melampsora_epitea_NWC_9533, 11 Melampsora_epitea_NWC_KNW_1, 12 Melampsora_caprearum_TSH_R10194, 13 Melampsora_caprearum_TSH_R10513, 14 Melampsora_caprearum_TSH_R10727, 15 Melampsora_caprearum_TSH_R3879, 16 Melampsora_epitea_TSH_R3889, 17 Melampsora_caprearum_TSH_R7489, 18 Melampsora_epiphylla_TSH_R7643, 19 Melampsora_epiphylla_TSH_R7661, 20 Melampsora_epitea_TSH_R9620, 21 Melampsora_epiphylla_TSH_R9831, 22 Melampsora_caprearum_TSH_R9832, 23 'Melampsora laricis-urbaniana TSH R9834', 24 'Melampsora laricis-urbaniana TSH R9835', 25 Melampsora_epiphylla_TSH_R9836, 26 Melampsora_epiphylla_TSH_R9837, 27 Melampsora_epiphylla_VMP891_1; TREE PAUP_1 = [&R] ((23:0.0,24:0.0):0.011074,((9:0.00159,((10:7.53E-4,11:0.0,27:0.0):7.53E-4,(25:0.0,(26:7.43E-4,(18:7.52E-4,19:0.001504):0.009493):7.53E-4):7.44E-4):0.001432):6.24E-4,((12:0.0,13:0.0,14:0.0,15:0.0,17:0.0,22:0.0):0.001544,((21:0.003081,(16:0.0,20:7.57E-4):7.61E-4):7.61E-4,(7:0.0,8:0.003068,(1:0.0,2:0.0,3:0.0,4:0.0,5:0.0,6:0.0):0.001525):7.66E-4):0.001514):0.004063):0.011074); END; BEGIN TREES; TITLE Consensus_of_5_MPTs_Whole; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Melampsora_sp._HMAS82384, 2 Melampsora_sp._HNMAP1339, 3 Melampsora_sp._HNMAP1697, 4 Melampsora_sp._HNMAP1710, 5 Melampsora_sp._HNMAP1716, 6 Melampsora_sp._HNMAP3111, 7 Melampsora_sp._HNMAP3140, 8 Melampsora_sp._HNMAP3149, 9 Melampsora_caprearum_NWC_9467, 10 Melampsora_epitea_NWC_9533, 11 Melampsora_epitea_NWC_KNW_1, 12 Melampsora_caprearum_TSH_R10194, 13 Melampsora_caprearum_TSH_R10513, 14 Melampsora_caprearum_TSH_R10727, 15 Melampsora_caprearum_TSH_R3879, 16 Melampsora_epitea_TSH_R3889, 17 Melampsora_caprearum_TSH_R7489, 18 Melampsora_epiphylla_TSH_R7643, 19 Melampsora_epiphylla_TSH_R7661, 20 Melampsora_epitea_TSH_R9620, 21 Melampsora_epiphylla_TSH_R9831, 22 Melampsora_caprearum_TSH_R9832, 23 'Melampsora laricis-urbaniana TSH R9834', 24 'Melampsora laricis-urbaniana TSH R9835', 25 Melampsora_epiphylla_TSH_R9836, 26 Melampsora_epiphylla_TSH_R9837, 27 Melampsora_epiphylla_VMP891_1; TREE 'Default Bush+' = [&R] ((23:0.0,24:0.0):12.4,((9:2.2,((10:1.0,11:0.0,27:0.0):0.6,(25:0.0,(26:1.0,(18:1.0,19:2.0):6.0):0.5):1.0):2.0):2.0,((21:3.4,(16:0.0,20:1.0):0.6):1.25,(12:0.0,13:0.0,14:0.0,15:0.0,17:0.0,22:0.0):2.6,((7:0.0,8:4.0):0.6666666666666666,(1:0.0,2:0.0,3:0.0,4:0.0,5:0.0,6:0.0):0.7):0.5):2.8):12.4):0.0; END; BEGIN TREES; TITLE Consensus_of_82_MPTs_ITS; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Melampsora_yezoensis_AB646768, 2 'Melampsora chelidonii-pierotii AB646769', 3 'Melampsora ribesii-purpureae AY444770', 4 'Melampsora larici-pentandrae AY444771', 5 'Melampsora salicis-albae AY444775', 6 Melampsora_amygdalinae_AY444776, 7 'Melampsora larici-epitea f.sp. larici-daphnoides AY444777', 8 'Melampsora larici-epitea f.sp. larici-epitea AY444778', 9 Melampsora_caprearum_AY444779, 10 Melampsora_epitea_AY471628, 11 Melampsora_epitea_AY471629, 12 Melampsora_epitea_AY471630, 13 Melampsora_epitea_AY471645, 14 Melampsora_epitea_AY471646, 15 Melampsora_epitea_AY471647, 16 Melampsora_epiphylla_AY652947, 17 Melampsora_coleosporioides_AY652948, 18 'Melampsora sp. SMD-2008 FJ386432', 19 Melampsora_sp._HMAS82384, 20 Melampsora_sp._HNMAP1339, 21 Melampsora_sp._HNMAP1690, 22 Melampsora_sp._HNMAP1697, 23 Melampsora_sp._HNMAP1710, 24 Melampsora_sp._HNMAP1716, 25 Melampsora_sp._HNMAP3111, 26 Melampsora_sp._HNMAP3140, 27 Melampsora_sp._HNMAP3149, 28 Melampsora_caprearum_NWC_9467, 29 Melampsora_epitea_NWC_9533, 30 Melampsora_epitea_NWC_KNW_1, 31 Melampsora_caprearum_TSH_R10194, 32 Melampsora_caprearum_TSH_R10513, 33 TMelampsora_caprearum_SH_R10727, 34 TMelampsora_caprearum_TSH_R3879, 35 Melampsora_epitea_TSH_R3889, 36 Melampsora_caprearum_TSH_R7489, 37 Melampsora_epiphylla_TSH_R7643, 38 Melampsora_epiphylla_TSH_R7661, 39 Melampsora_epitea_TSH_R9620, 40 Melampsora_epiphylla_TSH_R9831, 41 Melampsora_caprearum_TSH_R9832, 42 Melampsora_sp._TSH_R9834, 43 Melampsora_sp._TSH_R9835, 44 Melampsora_epiphylla_TSH_R9836, 45 Melampsora_epiphylla_TSH_R9837, 46 Melampsora_epitea_VMP891_1; TREE 'Default Bush+' = [&R] (4:9.0,((42:0.0,43:0.0):9.0,(((1:9.0,2:15.0):1.0,(3:6.0,(5:3.0,18:7.0):2.0):3.0):1.0,((6:3.0,17:7.0):6.0,(16:1.1829268292682926,37:0.0,38:1.4268292682926829,44:0.0,45:1.0,(29:1.0,30:0.0,46:0.0,(7:1.8658536585365855,8:0.08536585365853659):2.121794871794872):1.7183098591549295,((9:1.0,28:0.0):3.5121951219512195,((31:0.0,32:0.0,33:0.0,34:0.0,36:0.0,41:0.0):1.1585365853658536,((35:0.0,39:1.0,40:0.0):0.9583333333333334,(19:0.0,20:0.0,21:0.0,22:0.0,23:0.0,24:0.0,25:0.0,26:0.0,27:4.0,(10:0.0,11:0.0,12:0.0):1.0,(13:0.0,14:0.0,15:1.0):1.2865853658536586):0.573170731707317):1.0):1.4115853658536586):1.875):1.0):2.0):5.0):9.0):0.0; END;