#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 2:50 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Yoo M., Bell C., Soltis P., & Soltis D. 2005. Divergence Times and Historical Biogeography of Nymphaeles. Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1397] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=16; TAXLABELS Amborella Austrobaileya Barclaya Brasenia Cabomba Euryale Ginkgo Gnetum Illicium Larix Nuphar Nymphaea Ondinea Schisandra Taxus Victoria ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3467] TITLE matK.nex; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1701; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Nymphaea 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Ondinea 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Schisandra 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Victoria 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Cabomba 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Illicium 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Schisandra 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Larix AAAGCTAGTGTCGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTACAGATTAACTTATTATACTCCTGAATATCAGACCAAAGATACGGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGGGTGCCGCCCGAGGAAGCGGGAGCAGCAGTAGCTGCTGAATCTTCCACCGGTACATGGACCACTGTTTGGACCGATGGACTTACTAGTCTTGATCGTTACAAGGGACGATGCTATGACATCGAGGCCGTTCCTGGAGAGGAAAGTCAATTTATTGCCTATGTAGCTTACCCCTTAGACCTTTTCGAAGAAGGTTCTGTTACTAACTTGTTCACTTCCATTGTAGGTAATGTATTTGGATTCAAGGCCCTACGGGCTCTACGTTTGGAAGATTTGCGGATCCCCCCTGCTTATTCCAAAACTTTTCAAGGTCCACCTCATGGTATCCAAGTCGAAAGGGATAAATTGAACAAATATGGCCGTCCTTTATTGGGATGTACTATCAAACCAAAATTGGGTCTATCGGCTAAGAACTATGGTAGAGCAGTTTACGAATGTCTCCGTGGTGGACTCGATTTTACCAAGGATGATGAGAACGTAAATTCCCAACCATTCATGCGCTGGAGAGATCGTTTTGTCTTTTGTGCGGAAGCACTTTATAAGGCTCAGGCTGAGACGGGTGAAATTAAGGGACATTACTTGAATGCTACTGCAGGTACATGTGAAGAAATGATGAAAAGGGCAGTATTTGCAAGAGAATTGGGAGTTCCTATCGTTATGCATGACTATCTGACGGGAGGTTTTACTGCAAATACTTCTTTGGCTCATTATTGCCGAGACAACGGCCTACTTCTTCACATTCACCGCGCGATGCATGCAGTTATTGACAGACAAAGAAATCATGGCATGCATTTCCGTGTACTGGCTAAAGCATTGCGTATGTCCGGTGGAGATCATATTCACGCCGGTACTGTAGTAGGTAAACTTGAAGGGGAACGAGACGTCACTTTAGGGTTTGTTGATCTACTGCGTGATGATTTTATTGAAAAAGATCGAAGTCGTGGTATTTACTTCACTCAAGACTGGGTATCTATGCCAGGTGTTCTGCCCGTAGCTTCAGGAGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTCTGACCGAGATCTTTGGGGATGATTCCGTACTACAGTTTGGT Nuphar -----AAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTACAGATTGACTTATTACACTCCTGATTATGAAACCCTTGCTACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGAGTTCCGCCTGAGGAAGCAGGAGCTGCGGTGGCTGCCGAATCTTCCACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGACTTACCAGCCTCGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAGCCAGTTCCTGGGGAGGAAAATCAATATATTGCTTATGTAGCTTACCCTTTGGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTACGAGCTCTACGTCTGGAGGATCTGAGAATTCCTCCTGCTTATTCTAAAACTTTCCAGGGCCCACCTCATGGAATCCAAGTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTATTGGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGGTTATCCGCAAAGAACTATGGGAGAGCGGTTTATGAGTGTCTCCGTGGTGGACTTGATTTTACCAAGGATGATGAGAACGTGAACTCCCAACCGTTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGCGCCGAAGCTCTTTATAAAGCGCAGGCCGAAACAGGTGAAATTAAAGGACATTACTTGAATGCTACTGCAGGTACATCCGAAGAAATGCTCAAAAGGGCGGCATGTGCCCGAGAGTTGGGAGTTCCTATCGTAATGCATGACTACTTAACAGGGGGATTCACCGCAAATACTAGCTTGGCTCATTATTGCCGAGACAATGGCCTACTTCTTCACATCCACCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAGGAATCATGGTATTCACTTCCGTGTACTAGCTAAAGCGTTGCGTATGTCTGGGGGGGATCATATTCACTCTGGTACCGTAGTAGGTAAACTGGAAGGGGAACGAGATGTCACTTTGGGCTTTGTTGATTTACTACGTGATGATTTTATTGAAAAAGACCGGAGTCGCGGTATTTATTTCACTCAAGATTGGGTATCTATGCCAGGTGTTCTGCCCGTGGCTTCAGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCCCTGACCGAGATATTTGGGGATGATTCCGTGCTACAGTTCGGT Nymphaea -----AAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTACAGATTGACTTATTACACTCCTGAGTATGAAACCCTTGCTACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGAGTTCCGCCTGAGGAAGCAGGAGCTGCGGTGGCTGCCGAATCTTCCACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGACTTACCAGCCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAGCCTGTTGCTGGGGAAGAAAATCAATATATTGCTTATGTAGCTTACCCTTTGGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTACGAGCTCTACGTCTGGAGGATCTGAGAATTCCTCCTGCTTATTCTAAAACTTTCCAGGGCCCACCTCATGGAATCCAAGTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTATTGGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGGTTATCTGCAAAGAACTATGGGAGAGCGGTTTATGAGTGTCTCCGTGGTGGACTTGATTTTACCAAGGATGATGAAAACGTGAACTCCCAACCGTTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGCGCCGAAGCTCTTTATAAAGCGCAGGCCGAAACAGGTGAAATTAAAGGACATTACTTGAATGCTACTGCGGGTACATCCGAAGAAATGATCAAAAGGGCGGTCTGTGCCCGAGAGTTGGGAGTTCCTATCGTAATGCATGACTACTTAACAGGGGGATTCACCGCAAATACTAGCTTGGCTCATTATTGCCGAGACAATGGCCTACTTCTTCACATCCACCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAGGAATCATGGTATTCACTTCCGTGTACTAGCTAAAGCGTTGCGTATGTCTGGGGGGGATCATATTCACTCTGGTACCGTAGTAGGTAAACTGGAAGGGGAACGAGATGTCACTTTGGGCTTTGTTGATTTACTACGTGATGATTTTATTGAAAAAGACCGGAGTCGCGGTATTTATTTCACTCAAGATTGGGTATCTATGCCAGGTGTTCTGCCCGTGGCTTCAGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCCCTGACCGAGATATTTGGGGATGATTCCGTGCTACAGTTCGGT Ondinea -----AAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTACAGATTGACTTATTACACTCCTGATTATGAAACCCTTGCTACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGAGTTCCGCCTGAGGAAGCAGGAGCTGCGGTGGCTGCCGAATCTTCCACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGACTTACCAGCCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAGCCTGTTGCTGGGGAGGAAAATCAATATATTGCTTATGTAGCTTATCCTTTGGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTACGAGCTCTACGTCTGGAGGATCTGAGAATTCCTCCTGCTTATTCTAAAACTTTCCAGGGCCCACCTCATGGAATCCAAGTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTATTGGGATGTACTATTAAACCCAAATTGGGGTTATCCGCAAAGAACTATGGGAGAGCGGTTTATGAGTGTCTCCGTGGTGGACTTGATTTTACCAAGGATGATGAAAACGTGAACTCCCAACCGTTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGCGCCGAAGCTATTTATAAAGCGCAGGCCGAAACAGGTGAAATTAAAGGACATTACTTGAATGCTACTGCAGGTACATCCGAAGAAATGATCAAAAGGGCGGTATGTGCCCGAGAGTTGGGAGTTCCTATCATAATGCATGACTACTTAACAGGGGGATTCACCGCAAATACTAGTTTGGCTCATTATTGCCGAGACAATGGCCTACTTCTTCACATCCACCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAGGAATCATGGTATTCACTTCCGTGTACTAGCTAAAGCGTTGCGTATGTCTGGGGGGGATCATATTCACTCTGGTACCGTAGTAGGTAAACTGGAAGGGGAACGAGATGTCACTTTGGGCTTTGTTGATTTACTACGTGATGATTTTATTGAAAAAGACCGGAGTCGCGGTATTTATTTCACTCAAGATTGGGTATCTATGCCAGGTGTTCTGCCCGTGGCTTCAGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCCCTGACCGAGATATTTGGGGATGATTCCGTGCTACAGTTCGGT Schisandra -------GTGTTGGATTCAAGGCTGGTGTTAAAGATTACAGATTGACTTATTATACTCCTGAATATGAAACGAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCCGGAGTTCCGCCCGAGGAAGCGGGAGCTGCGGTAGCTGCGGAATCTTCTACTGGTACCTGGACTACTGTGTGGACTGATGGACTTACCAGCCTCGATCGTTATAAAGGGCGATGCTACCACATTGAGCCCGTTGCTGGGGAGGAAAATCAATATATTGCTTATGTAGCTTACCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGCTCTGTTACTAACATGTTTACTTCTATTGTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTACGAGCTCTGCGTCTGGAAGATTTGCGAATTCCTCCTGCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGCCCACCTCATGGCATCCAAGTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTATTGGGATGTACTATTAAACCAAAATTAGGGTTATCTGCCAAGAACTACGGTAGAGCGGTTTATGAATGTCTCCGCGGTGGACTTGATTTTACCAAGGATGATGAGAACGTGAACTCCCAACCGTTTATGCGTTGGAGGGACCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCTCTTTATAAAGCGCAGGCCGAAACAGGTGAAATTAAAGGACATTACTTGAATGCTACTGCAGGTACATGCGAAGAAATGATGAAAAGGGCTGTATTTGCCAGAGAATTGGGAGTTCCTATCGTAATGCATGACTACTTAACAGGGGGATTCACTGCAAATACTAGCTTGGCTCATTATTGCCGAGACAACGGCCTACTTCTTCACATCCATCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAGGAATCATGGTATCCACTTTCGTGTACTAGCTAAAGCGTTGCGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACTCTGGTACCGTAGTAGGTAAACTGGAAGGGGAACGGGACGTCACTTTGGGTTTTGTTGATTTACTACGTGATGATTTTATTGAAAAAGACCGAAGTCGCGGCATTTATTTCACTCAAGATTGGGTATCTATGCCAGGTGTTCTGCCCGTGGCTTCAGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCCCTGACCGAGATCTTTGGGGATGATTCCGTACTACAGTTCGGT Taxus 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Victoria -----AAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTACAGATTGACTTATTACACTCCTGATTATGAAACCCTTGCTACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGAGTTCCGCCTGAGGAAGCAGGAGCTGCGGTGGCTGCCGAATCTTCCACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGACTTACCAGCCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAGCCTGTTGCTGGGGAGGAAAATCAATATATTGCTTATGTAGCTTACCCTTTGGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTACGAGCTCTACGTCTGGAGGATCTGAGAATTCCTCCTGCTTATTCTAAAACTTTCCAGGGCCCACCTCATGGAATCCAAGTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTATTGGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGGTTATCTGCAAAGAACTATGGGAGAGCGGTTTATGAGTGTCTCCGTGGTGGACTTGATTTTACCAAGGATGATGAAAACGTGAACTCCCAACCGTTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGCACCGAAGCTATTTATAAAGCGCAGGCTGAAACAGGTGAAATTAAAGGACATTACTTGAATGCTACTGCAGGTACATCCGAAGAAATGATCAAAAGGGCGGTGTGTGCCCGAGAGTTGGGAGTTCCTATCGTAATGCATGACTACTTAACAGGGGGATTCACCGCAAATACTAGCTTGGCTCATTATTGCCGAGACAATGGCCTACTTCTTCACATCCACCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAGGAATCATGGTATTCACTTCCGTGTACTAGCTAAAGCGTTGCGTATGTCTGGAGGGGATCATATTCACTCTGGTACCGTAGTAGGTAAACTGGAAGGGGAACGAGATGTCACTTTGGGCTTTGTTGATTTACTACGTGATGATTTTATTGAAAAAGACCGGAGTCGCGGTATTTATTTCACTCAAGATTGGGTATCTATGCCAGGTGTTTTGCCCGTGGCTTCTGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCCCTGACCGAGATATTTGGGGATGATTCCGTGCTACAGTTCGGT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = rbcL.nex) = N: 1-1188; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = rbcL.nex) = N: 1-1188; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7409; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Ginkgo, 2 Larix, 3 Taxus, 4 Gnetum, 5 Amborella, 6 Schisandra, 7 Illicium, 8 Austrobaileya, 9 Victoria, 10 Ondinea, 11 Nymphaea, 12 Nuphar, 13 Euryale, 14 Cabomba, 15 Brasenia, 16 Barclaya; TREE Fig._1 = [&R] ((((2,3),4),1),(5,((8,(7,6)),((14,15),(12,(16,(10,(11,(13,9))))))))); END;