#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 20:59 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Wahlert G.A., Chiarini F., & Bohs L. 2014. Phylogeny of the Carolinense Clade of Solanum Inferred from Nuclear and Plastid DNA Sequences. Systematic Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S14032] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=99; TAXLABELS Solanum_abutiloides Solanum_accrescens Solanum_acerifolium Solanum_adhaerens Solanum_aethiopicum Solanum_agrarium Solanum_arboreum Solanum_argentinum Solanum_aridum_1 Solanum_aridum_2 Solanum_aridum_3 Solanum_asterophorum Solanum_aturense Solanum_bahamense Solanum_betaceum Solanum_buddleifolium Solanum_campechiense Solanum_candidum Solanum_carolinense_1 Solanum_carolinense_2 Solanum_carolinense_3 Solanum_carolinense_4 Solanum_carolinense_floridanum_1 Solanum_carolinense_floridanum_2 Solanum_cinereum Solanum_comptum_1 Solanum_comptum_2 Solanum_comptum_3 Solanum_comptum_4 Solanum_cordovense Solanum_crinitipes Solanum_crinitum Solanum_crotonoides Solanum_dimidiatum_1 Solanum_dimidiatum_2 Solanum_dimidiatum_3 Solanum_dimidiatum_4 Solanum_diploconos Solanum_donianum Solanum_dulcamara Solanum_elaeagnifolium_1 Solanum_elaeagnifolium_2 Solanum_elaeagnifolium_3 Solanum_ensifolium Solanum_euacanthum Solanum_furfuraceum Solanum_glaucophyllum Solanum_glutinosum Solanum_hasslerianum_1 Solanum_hasslerianum_2 Solanum_hieronymi_1 Solanum_hieronymi_2 Solanum_hieronymi_3 Solanum_hindsianum Solanum_hirtum Solanum_hoehnei Solanum_homalospermum Solanum_jamaicense Solanum_juvenale Solanum_laciniatum Solanum_lanceolatum Solanum_lasiocarpum Solanum_lycocarpum Solanum_melongena Solanum_microphyllum Solanum_mitlense Solanum_mortonii Solanum_moxosense_1 Solanum_moxosense_2 Solanum_multispinum_1 Solanum_multispinum_2 Solanum_multispinum_3 Solanum_nemorense Solanum_palinacanthum Solanum_paniculatum Solanum_paraibanum Solanum_perplexum_1 Solanum_perplexum_2 Solanum_perplexum_3 Solanum_piluiferum Solanum_pseudocapsicum Solanum_ptychanthum Solanum_pumilum_1 Solanum_pumilum_2 Solanum_refractum Solanum_reineckii_1 Solanum_reineckii_2 Solanum_rostratum Solanum_rupincola Solanum_sisymbriifolium_1 Solanum_sisymbriifolium_2 Solanum_stagnale Solanum_stenandrum Solanum_stramonifolium Solanum_thomasiifolium Solanum_torvum Solanum_tridynamum Solanum_viarum Solanum_wendlandii ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Solanum_accrescens 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Solanum_acerifolium 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Solanum_adhaerens 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Solanum_aethiopicum 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Solanum_agrarium 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Solanum_arboreum 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Solanum_argentinum 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Solanum_aridum_1 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Solanum_aridum_2 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Solanum_asterophorum 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Solanum_aturense 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Solanum_bahamense 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Solanum_betaceum 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Solanum_buddleifolium 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Solanum_campechiense 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Solanum_candidum 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Solanum_carolinense_1 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Solanum_carolinense_2 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Solanum_carolinense_3 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Solanum_carolinense_4 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Solanum_carolinense_floridanum_1 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Solanum_carolinense_floridanum_2 GGATCATTGTCGAAG-CCTGCACAGCAGAACGACCCGCGAACACGTTCAAA-CACCGGGGG-AGCCGCGCGGCGGGGGCGCTCCGGCGTCGCCCCGCGCGGAAAGCGCCAAGGAATACTCAAAC-GAGAGCCC-TCCGCCCGCGCCCC-GTTGACGGACCGCGCGGGC-GGATGCGTGCTTCTTTCGAAACCATAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCGTCAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCCC-----GCACGCCGCTCGGCGTCGC----GGGGGCGGATGCTGGCCTCCCGTGCGCCT-CGAGCGCGCGGCCGGCCTAAATGCGAGCCCGCGCCGACGGACGTCGCGGCAAGTGGTGGTTGTAA-CTCGA----CTCTCTTAGTGCCGCGGCCACAGCCCGTCGTGCGTGCGTGCTCCCCGACCCT-TTCGGCGCGC-------GAGCGCTCCGACCGCGACCCCAGGT?????AGTTATTAACTAGTCAA---------TATTATATT-GAATATTCTAGAGCATAAGGATTAATATAGCGATCTAGAATTTCGATTTATCACAATTC--------------TAATACTAATATTATTAAATAGTGATTTGATTGTAAATATTGTTA--------------------------------------------------------------------------------------------ATATTCTTTTTCATTTCTTTTTTTGGCATTGGAAATACTTTTT------ATTACAGTTCTATATTTGATTCTATA---------------------TTATATATC------TCTCGCATTCTATATTTAATTTATTTTAAATTCTAATTGTTTAATGGAATGGTTAGTTATAACTAATGAGACATTCCTCCACTTT------CAGGCGAAAGT-----TAAAAAACAAGAATCGATCGTTCAAGTATTCCAAATTGAATGGCAAAATGACAGGAAGCGAGACATATAGATCGGGTATATATCCATCTATATTGAATTGCGGATTCCGAAATGATAAAATCATTTTTGATTGGACAAAACAAAAAAAGGGTCTCCTATAGAAGATAGTTAAGAAAATAAAAGAGGAGAAAACACGTTTTCGAGA-TAGGAATCGGTATCTAATGAATTCAATGGTTCCAGTATAAATGAAAGAAAAAGAAAAAGGAATGACATCCCAACGAGATCCTAATCTCAAAACAAAAAGAAAGGGGG-ATATGGCGAAATCGGTAGACGCTACGGACTTAATTGGATTGAGCCTTGGTATGGAAACTTACTAAGTGATCACTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAACAAAAATGGGCAATCCTGAGCCAAATCCTGTTTTCTCAAAACAAACAAAGGTTCAGAAAAAAAGGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATTCTAACA-----AATGGAGTTAAATGCGTTGGTAGAGGA--CTCTTTACATCGAAACTTCAGAAAGAAAAAGAATGAAGTGAAGGATAAACGTATATACATACGTATTGAATACTATATCAAATGATTAATGACGACCC------GAATCCGTAATTTTTCTATAAAAAATAGAAGAATTGGTGTGAATCCATTCTAC---------------ATTGAAGAAAGAATCGACTATTCATTGATCAAATCATTCACTCCATAGTCTGATAGATCTTTTGAAGAACTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCGTTCTACATGTCAATACCGGCAACAATGAAATTTATAGTAAAAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAAAAGACTATGTTAACTCCCCAACTATTT-ATCCAACACCCTTTCTTTAAC-------AGTTTCAAATTCCTTATCTTTCTCATTCACTCTATTCTTTTAGAAATGGATTTTTTTT--CTAAGCGTAAATGGCTTTCTCTTATCACAAGCCTTTT-----GATATCTATGATACACATA-----------------------------GAAATGAACATCTTTGAGCAAGGAATCCCTAGTTGAATGATTCCCGATCAATACAATATCATTACTCATACTGAAACTTACAAAGTCATCTTTTTGAA-----GATCGAAGAAATTCCCCGGCTTTTATAAAATTTTTTAATCGAC-----------TTACTT-------GACATAGACCC-AGTTCTAGGATCCATTGAGGTACTCCTATCTTAACTGCAGATGATGATACAAT-ATA---TCTCT-TGATTCAAGCACCTTATCCCTACTTTATCTGCAGGTCAAAGTTGGAGACAGCATTGAAATTGTTCGTTTCTTTCACTGCTATAAACGTGGGGTTGATCGTGTTTTTGTTGACCACCCAATGTTCTTGGAGAAAGTAAGCATATTCTGAACCCTTA-GAGAGGTCCTGAGGGATG-----------------------CGCCATTTTTTAA-TTCCTTTTTT-GACTCTGCTGGTGCTTTTATCCTGT-AAGGTTTGGGGCAAAACTGGTTCAAAAATCTATGGCCCCAAAGTTGGACAAGATTATTTGGACAATGAACTTAGGTTCAGCTTGTTGTGTCAAGTAAGTTACTTGCTGTACTG-TTGTTTTGACTTAATGTGGCATTTTACC--TGTCTTTAATCCCTTTTT---AACCTTGTTTTCTTTGTTACTCTCAGGCAGCCCTAGAGGCACCCAGAGTTCTGAATTTGAACTGCAGCAAATACTTCTCAGGACCATATGGTAACACATCCCAGTTTC-AGAAATCTCCTTAGCAATAATAGTATATCCTTGTAGGTAATCGTC---TTTATTTTGCCTATTTCTGCAGGAGAAGATGTTCTCTTCATTGCCAATGATTGGCACACAGCTCTCATTCCCTGCTACTTGAAGTCAATGTACCAGTCAAGAGGAATCTATTTGAATGCCAAGGTAAAATCTCTTTGTATTCACTTGATTGCAC--TTTACCCTGCAAATCAACAACATTGTACTAATATATGATAAATTTCACATTGCCTCCAGGTCGCTTTCTGCATCCATAACATTGCCTACCAAGGCCGATTTGGTTTCTCTGACTTCCCTCTTCTCAATCTTCCCGATGAATTCAGGGGTTCTTTTGATTTCATTGATGGGTATGACA-TTTAATGCTTCAAATCAGACCATCAACTTTAAAAGCTCTTTTGATGCTAGTAAATTGTGTTTTTAATATTTTGCAGATATGAAAAGCCTGTGAAGGGTAGGAAAATCAACTGGATGAAGGCTGGGATATTAGAATCAGACAGGGTGGTTACAGTGAGCCCATACTATGCCCAAGAACTTGTCTCAGCTGTTGACAAGGGTGTTGAATTGGATAATGTCCTTCGTAAAACTAGCATAACTGGGATTGTGAATGGC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Solanum_cinereum 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Solanum_comptum_1 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Solanum_cordovense 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Solanum_crinitipes 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Solanum_crinitum 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Solanum_crotonoides 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Solanum_dimidiatum_1 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Solanum_diploconos 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Solanum_donianum 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Solanum_dulcamara GGATCATTGTCGAAA-CCTGCACGGCAGAACGACCCGCGAACACGTTCAAAACACCGGGGG-AGGCGCGCGACGGGGGTGCTCCGGTGCCCCCTGGCGCGGAAAGCGCCAAGGAATACTGAACTCGAGGGCCTTCCCCCTCGCGCCCC-GTCCGCGGAGCGCGCGGGGGGGACGTGTGCTTCTTTCGAAACCAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCCC-----GCACGCCTCAGGGCGTCGT-----GGGGCGGATACTGGCCTCCCGTGCGCCT-CGAGCCCGCGGCCGGCCCAAATGCGAGTCCACGTCGACGGACGTCGCGGCGAGTGGTGGTTGGAATCTCAA----CTCTCTCTCCGTCGCGGCCACAGCCCGTCGCGCGCTGGGGCTCCCAGACCCTTTTTCGCGCTT-------AGGCGCTCCGACCGCGACCCCAGGTATCTTAGTTATTAACTAGTCAA---------TATTATATT-GAATATTCTAGAGCATAAGGATTAAGATAGCGATCTAGAATTTCGATTTATAACAATTC--------------TAATACTAATATTATTAAATAGTGA-----TTGTAAATATTGTTAATATTCTTTT--------------------------------------------------------------------------------------------TCATTTCTGTTTTTGGCATTTGAAATACTTTTT------ATTACAGTTCTATATTTGATTCTATA---------------------TTATATATA------TCTCTCATTCTAT-----ATTTATTTCAAATTCTAATTGTTTAATGGAATGGTTAGTTATAACTAATGAGACATTCCTCTGCTTT------CAGGCGA---TGAAGATAAAAAACAAGAATCGATCGTTCAAGTATTCCAAATTGAATGGAAAAATGACAGGAAGCGAGACATATAGATCGGGTATATATCCATCTATATTGAATTGCGGATTCCGAAATGATAAAATCATTTTTGATTGGAC-----AAAAAAAGGGTCTCCTATAGAAGATAGTTAATAAAATCAAAGAGGAGAAAACACGTTTTCGAGA-TAGGAATCGGTATCTAATGAATTCCATGGTTCCAGTAGAAATGAAAGAAAAAGAAAAAGGAATGACATCACAACGGGATCCTAATCTCAAAACAAAAAGAAAGGGGG-ATATGGCGAAATTGGTAGACGCTACGGACTTAATTGGATTGAGCCTTGGTATGGAAACTTACTAAGTGATCACTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAACAAAAATGGGCAATCCTGAGCCAAATCCTGTTTTCTGAAAACAAGCAAAGGTTCAGAAAAAAAGGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATTCTAACA-----AATGGAATTAAATGCGTTGGTAGAGGA--CTCTTTACATCGAAACTTCAGAAAGAAAAAGAATGAAGTGAAGGATAAACGTATATACATACGTATTGAATACTATATCAAATGATTAATGACGACCC------GAATCCGTAGTTTTTCTATAAAAAATCGAAGAATTGGTGTGAATCCATTCTAC---------------ATTGAAGAAAGAATCGAATATTCATTGATCAAATCATTCACTCCATAGTCTGATAGATCTTTTGAAGAACTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCGTTCTACATGTCAATACCGGCAACAATGAAATTTCTAGTAAAAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAAAAGACTAT-TTAACTCCCCAACTATTT-ATCCGACCCCCTTTCCTTAGC-------GGTTGCAAATTCCTTATCTTTATCATTCACTCTATTCTTTTAGAAATGGATTTTTTTT--CTAAGCGTAAATGGTTTTCTCTTATCACAAGCCTTTAT----GATATCTATGATACACATA-----------------------------AAAATGAACATCTTTGAGCAAGGAATCCCTAGTTGAATGATTCCCGATCAATACAATATCATTACTCATACTGAAACTTACAAAGTCATCTTTTTGAA-----GATCGAAGAAATTACCCGGCTTTGAGAAAATTTTTTAATCTACTTTGTGTCCTTTTAATT-------GACATAGCCCCCAGTTCTATGATCGGTTGAGGTACTCCTATATTAACTGCATATGAT---GCAAT-ATA---TCTCTTCCATTCAAGCATGTGATCTCTACTTTATCTGCAGGTCAAAGTTGGAGACAGCATTGAAATTGTCCGTTTCTTTCACTGCTATAAACGTGGGGTTGATCGTGTGTTTGTTGACCACCCAATGTTTTTGGAGAAAGTAAGCATATTCTGAACCCTTA-GAGAGGTCCTGAGGGATACTACAATGTGAATACACAGAACATGTCATATT-GAA-TTTCTTTT---GACTCTACTGGTGCTTTTACCCTTG-AAGGTTTGGGGCAAAACTGCTTCAAAAATCTATGGCCCCAAAGCTGGACTAGATTATTTGGACAATGAACTTAGGTTCAGCTTGTTGTGTCAAGTAAGTTACTACTTGTACTC-TTGTCTCGACTTTATGTGGCATTTTACTTTTGTCTTTAATCGTTTTAT---AACCTTGTTTTCTTTGTCACTCTCAGGCAGCCCTAGAGGCACCTAGAGTTCTGAATTTGAACTGCAGCAAATACTTCTCAGGACCATATGGTAACACATCCTAGTTTC-AGAGAACTCCTTAGCA-TCATAGTATATCCTTGTAGGTAATCATC---TTTATTTTGCCTATTTCTGCAGGAGAGGATGTTTTCTTCATTGCCAATGATTGGCACACAGCTCTCATTCCCTGCTACTTGAAGTCAATGTACCAGTCAAGAGGAATGTATTTGAATGCCAAGGTAAAATCTCTTTGTATTCACTTGATTGCAC--TTTACCCTGCAAATCAACAAGGTTGTATTAATATATGATAAATTTCACATTGCCTCCAGGTCGCTTTCTGCATCCATAACATTGCCTACCAAGGCCGATTTGCTTTCTCTGACTTCCCTCTTCTCAATCTTCCTGATGAATTCAGGGGTTCTTTTGATTTCATTGATGGGTATGAA--TTTAATGCTTGAAATCAGACCAACAACTTTAGAAGCTCTTTTGATGCTAGTAAATTGAGTTTTTAAAATTTTGCAGATATGAAAAGCCTGTTAAGGGGAGGAAAATCAACTGGATGAAGGCTGGGATATTAGAATCACATAGGGTGGTTACAGTGAGCCCATACTATGCCCAAGAACTTGTCTCCGCTGCTGACAAGGGTGTTGAATTGGATAATGTCCTTCGTAAGACTTGCATAACTGGAATTGTGAATGGCATGGATACACAAGAGTGGAACCCAGCAACTGACAAATACACAGATGTCAAATATGATATAGCCACTGTAAGATAAGATTTTTCTGACTTCAGTATATACTAAAATATTTTGTATGTTTATGAAATTAAGGAGTTCTTGCTAATCAAAATCTCTATGCAGGTCATGGACGCAAAACCTTTACTGAAGGAGGCTCTTCAAGCAGCAGTTGGCTTGCCTGTTGACAGGAAGATCCCTTTGATTGGCTTCATCGGCAGACTTGAGGAGCAGAAAGGTTCAGATATTCTTGTTGCTGCAATTCACAAGTTCATCGCATTGGATGTTCAAATAGTAGTCCTTGTAAGTACCAAATGGACTCATGGTATCCTTCTTGTTGTGTTTACTTGTGCCAAAATTGAAATCGATCTGCAACTCATCCTATGCTTCAGGGAACTGGTAAAAAGAAGTTCGAGAAGGAGATTGAACAACTCGAAGTGTTGTACCCTAACAAAGCTAAAGGAGTGGCAAA Solanum_elaeagnifolium_1 GGATCATTGTCGAAA-CCTGCACAGCAGAACGACCCGCGAACACGTTCACAACACCGGGGG-AGCCGCGCGGCGGGGGCGCTTCGGCGTCGCCCGGCGCGGAAAGCGCCAAGGAATACTAAAAC-GAGAGCCC-TCCGCCCGCGCCCC-GTCCGCGGAGCGTGCGGGT-GGGTGCGTGCTCCTTTCGGAACGAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCGTCAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCCCC----GCACGCCGCTCGGCGTGTC---GGGGGGCGGAGACTGGCCCCCCGTGCGCCC-CGCGCGCGCGGCCGGCCCAAATGCGAGTCCACGTCGACGGACGTCGCGGC{AG}AGTGGTGGTTGTAA-CCCAA----CTCTCTCGGCGCCGCGGCCACAGCCCGTCGCGCGTGCGCGCTCCCCGACCCT-TGCGGCGCTC-------GTGCGCTCCGACCGCGACCCCAGGTATCTTAGTTATTAACTAGTCAATCTAGTCAATATTATATT-GAATATTCTAGAGCATAAGGATTAATATAGCGATCTATAATTTCGATTTATCACAATTC--------------TAATACTAATATTATTAAATAGTGA-----TTGTAAATATTGTTAATATTCTTTT------------------------------ATTTTCAATTATTTTCAATTTGAATTGAATGGTAA-----------------ATATTATTTTTCATTTCTTTTTTTGGCATTGGAAATACTTTTT------ATTACAGTTCTATATTTAATTCTATA---------------------TTATATATC------TCTCTCATTCTATATTTAATTTATTGCAAATTCTAATTGTTTAATGGAATGGTTAGTTATAACTAATGAGACATTCCTCCGCTTT------TAGGCGAAAGT-----TAAAAAACAAGAATCGATCGTTCAAGTATTCCAAATTGAATGGCAAAATGACAGGAAGCGAGACATATAGATCGGGTATATATCCATCTATATTGAATTGCGGATTCCGAAATGATAAAATCATTTTTGATTGGAC-----AAAAAAAGGGTCTCCTATAGAAGATAGTTAAGAAAATCAAAGAGGAGAAAACACGTTTTCGAGA-TAGGAATCGGTATCTAATGAATTCAATGGTTCCAGTATAAATGAAAGAAAAAGAAAAAGGAATGACATCCCAACGAGATCCTAATCTCAAAACAAAAAGAAAGGGGG-ATATGGCGAAATTGGTAGACGCTACGGACTTAATTGGATTGAGCCTTGGTATGGAAACTTACTAAGTGATCACTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAACAAAAATGGGCAATCCTGAGCCAAATCCTGTTTTCTCAAAACAAACAAAGGTTCAGAAAAAAAGGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATTCTAACA-----AATGGAGTTAAATGCGTTGGTAGAGGA--CTCTTTACATCGAAACTTCAGAAAGAAAAAGAATGAAGTGAAGGCTAAACGTATATACATACGTATTGAATACTATATCAAATGATTAATGACGACCC------GAATCCGTAGTTTTTCTATAAAAAATAGAAGAATTGGTGTGAATCCATTCTAC---------------ATTGAAGAAAGAATCGAATATTCATTGATCAAAGCATTCACTCCATAGTCTGATAGATCTTTTGAAGAACTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCGTTCTACATGTCAATACCGGCAACAATGAAATTTATAGTAAAAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAAAAGACTAT-TTAACTTCCCAACTATTT-ATCCGACCCCCTTTCCTTAAC-------GGTTCCAAATTCCTTATCTTTATCATTCACTCTATTCTTTTAGAAATGTATTTTTTT---CTAAGAATAAATGGCTTTCTCTTATCACAAGCCTTTT-----GATATCTATGATACACATA-----------------------------GAAATGAACATCTTTGAGCAAGGAATCCCTAGTTGAATGATTCCCGATCAATACAATATCATTACTCATACTGAAACTTACAAAGTCATCTTTTTGAA-----GATCGAAGAAATTCCCCGGCTTTGATAAAATTTTTTAATCGAC-----------TTACTT-------GCCATAGACCC-AGTTCTATGATCCATTGAGGTACTCCTCTCATAACCGCAGATGAT---ACAAT-ATG---TCTCT-TGATTCAAGCATGTGATCCCTACTTTATTGGCAGGTCAAAGTTGGAGACAGCATTGAAATTGTTCGTTTCTTTCACTGCTATAAACGTGGGGTTGATCGTGTTTTTGTTGACCACCCAATGTTCTTGGAGAAAGTAAGCATATTCTGAACCCTTAAGAGAGGTCCTAAGGGATGCTACCATGTGAATGCACAGAACACGTCATTTTTGAA-TTCCTTTTTT-AACTCTGCTGGTGCTTTTATCCTTT-AAGGTTTGGGGCAAAACTGGTTCAAAAATCTATGGCCCCAAAACTGGACAAGATTATTTGGACAATGAACTTAGATTCAGCTTGTTCTGTCAAGTAAGTTACTAGCTGTATGG-TTGTCTTGACTTAATGTGGCATTTTACTTTTGTCTTTAATCCTTTTTTT--AACCTTGTTTTCTTTGTCACTCTCAGGCAGCCCTAGAGGCACCCAGAGTTCTGAATTTGAACTGCAGCAAATACTTCTCAGGACCATATGGTAACACATCCCAGTTTC-AGAAATCTCCTTGGCAATCA{CT}AGTATATCCTTGTAGGTAATCATC---TTTATTTTGC----------AGGAGAAGATGTTCTCTTCATTGCCAATGATTGGCACACAGCTCTCATTCCCTGCTACTTGAAGTCAATGTACCAGTCAAGAGGAATCTATTTGAATGCCAAGGTAAAATCTCTTTGTATTCACTAGATTGCAC--TTTACCCTGCTAATCAACGAGGTTGTACTAATATATGATAAATTTCACATTGCCTCCAGGTCGCTTTCTGCATCCATAACATTGCCTACCAAGGCCGATTTACTTTCTCTGACTTCCCTCTTCTCAATCTTCCCGATGAATTCAGGGGTTCTTTTGATTTCATTGATGGGTATGAAA-TCTAATGCTTCAAATCAGA---TCAACTTTAAAAGCTCTTTTGATGCTAGTAAATTGAGTTTTTAATATTTTACAGACATGAAAAGCCTGTGAAAGGTAGGAAAATCAACTGGATGAAGGCTGCGATATTAGAATCAGATAGGGTGGTTACAGTGAGCCCATACTATGCCCAAGAACTTGTCTCAGCTGTTGATAAGGGTGTTGAATTGGATAATGTCCTTCGTAAGACTAGCATAACTGGTATTGTGAATGGCATGGATACACAAGAGTGGAACCCAGCAACTGACAAATACACAGATGTCAAGTATGATATAACCACTGTAAGATAAGATTGTTCTGACCTCAGCATCTGCTAAAATATTATGTAGGTTTATGAAATTAAATAGTTCTTCCTAATCAAAATATCTATACAGGTCATGGATGCAAAGCCTTTACTAAAGGAGGCTCTTCAAGCAGCAGTTGGCTTGCCTGTTGACAGGAAGATCCCTTTGATTGGCTTCATCGGCAGACTTGAGGAGCAGAAAGGTTCAGATATTCTTGTTGCTGCAATTCACAAGTTCATCGGATTGGATGTTCAAATAGTAGTCCTTGTAAGTACCAAGTGGACTCATGATATCTTTCTTGTTATGTTCACTCGTGCAAAAATTGAAATTGACCTGCAACTCATCCTATGCATCAGGGAACTGGAAAAAAGAAGTTCGAGCAGGAGATTGAACAGCTCGAGGAGTTGTACCCTAACAAAGCTAAAGGAGTGGCAAA Solanum_elaeagnifolium_2 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Solanum_elaeagnifolium_3 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Solanum_ensifolium 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Solanum_euacanthum 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Solanum_furfuraceum 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Solanum_glaucophyllum 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Solanum_glutinosum 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Solanum_hasslerianum_1 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Solanum_hasslerianum_2 GGATCATTGTCGAAA-CCTGCACAGCAGAACGACCCGCGAACACGTTCAAA-CACCGGGGG-AGCCGCGCGGCGGGGGCGCTTCGGCGCCGCCCGGCGTGGAAAGCGCCAAGGAATACTCAACT-GAGAGCCC-TCCCCCCGCGCCCC-GTCCGCGGAGCGTGCGGGT-GGATGCGTGCTTCTTTCGAAACCAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCGTCAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCCC-----GCACGCCGCTCGGCGTCGC----GGGGGCGGATACTGGCCGCCCGTGCGCCC-CGTGCGCGCGGCCGGCCCAAATGCGAGTCCACGTCGACGGACGTCGCGGCAAGTGGTGGTTGGAA-CTCAA----CTCTCTTGGTGCCGCGGCTAATGCCCGTCGCGCGTGCGGACTCCCCGACCCT-CCCTGCGCTC-------TCGCGCTCCGACCGCGACCCCAGGTATCTTAGTTATTAACTAGTCAA---------TATTATATT-GAATATTCTAGAGCATAAGGATTAATATAGCGATCTAGAATTTCGATTTATCACAATTC--------------TAATACTAATATTATTAAATAGTGA-----TTGTAAATATTGTTAATATTCTTTT------------------------------------TTTTTTTTTCAATTTGAATTGAATGGTAA-----------------ATATTCTTTTTCATTTCTTTTTTTGGCATTTGAAATACTTTTT------ATTACAGTTCTATATTTGATTCTATA---------------------TTATATATC------TCTCTCATTCTATATTTAATTTATTTCAAATTCTAATTGTTTAATGGAATGGTTAGTTATAACTAATGAGACATTCCTCCGCTTT------CAGGCGAAAGT-----TAAAAAACAAGAATCGATCGTTCAAGTATTCCAAATTGAATGGCAAAATGACAGGAAGCGAGACATATAGATCGGGTATATATCCATCTATATTGAATTGCGGATTCCGAAATGATAAAATCATTTTTGATTGGAC-----AAAAAAAAGGTCTCCTATAGAAGATAGTTAAGAAAATCAAAGAGGAGAAAACACGTTTTCGAGA-TAGGAATCGGTATCTAATGAATTCAACGGTTCCAGTATAAATGAAAGAAAAAGAAAAAGGAATGACATCCCAACGAGATCCTAATCTCAAAACAAAAATAAAGGGG--ATATGGCGAAATTGGTAGACGCTACGGACTTAATTGGATTGAGCCTTGGTATGGAAACTTACTAAGTGATCACTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAACAAAAATGGGCAATCCTGAGCCAAATCCTGTTTTATGAAAACAAACAAAGGTTCAGAAAAAAAGGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATTCTAACA-----AATGGAGTTAAATGCGTTGGTAGAGGA--CTCTTTACATCGAAACTTCAGAAAGAAAAAGAATGAAGTGAAGGATAAACGTATATACATACGTATTGAATACTATATCAAATGATTAATGACGACCC------GAATCCGTAGTTTTTCTATAAAAAATAGAAGAATTGGTGTGAATCCATTCTAC---------------ATTGAAGAAAGAATCGAATATTCATTGATCAAATCATTCACTCCATAGTCTGATAGATCTTTTGAAGAACTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCGTTCTACATGTCAATACCGGCAACAATGAAATTTATAGTAAAAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAAAAGACTAT-TTAACTCCCCAACTATTT-ATCCGACCCCCTTTCCTTAAC-------GGTTCCAAATTCCTTATCTTTCTCATTCACTCTATTCTTTTAGAAATGGATTTTTT----CTAAGCGTAAATGGCTTTCTCTTATCACAAGCCTTTT-----GATATCTATGATACACATA-----------------------------GAAATGAACATCTTTGAGCAAGGAATCCCTAGTTGAATGATTCCCGATCAATACAATAGCATTACTCATACTGAAACTTACAAAGTCATCTTTTTGAA-----GATCGAAGAAATTCCCCGGCTTTGATAAAATTTTTTAATCGAC-----------TTACTT-------GACATAGACCC-AGTTCTATGATCCATTGAGGTACTCCTATCTTAACTGCATATGAT---ACAAT-ACA---TCTCT-TGATTCAAGCACGTGATCCCTACTTTATCTGCAGGTCGAAGTTGGAGACAGCATTGAAATTGTTCGTTTCTTTCACTGCTATAAACGTGGGGTTGATCGTGTTTTTGTTGACCACCCAATGTTCTTGGAGAAAGTAAGCATATTCTGAACCCTTA-GAGAGATCCTGAGGGATACTACAATGCGAATGCACAGAACACGCCATTTTTGAA-TTCTTTTTTT-GACTCTGCTGGTGCTTTTATCCTTT-AAGGTTTGGGGCAAAACTGGTTCAAAAATCTATGGCCCCAAAACTGGACAAGATTATTTGGACAATGAACTTAGGTTCAGCTTGTTGTGTCAAGTAAGTTACTTGCTGTACTG-TTGTCTTGACTTAATGTGGCATTTTACCTTTGTCTTTAATCCTTTTTTT--AACCTTGTTTTCTTTGTCACTCTCAGGCAGCCCTAGAGGCACCCAGAGTTCTGAATTTGAACTGCAGCAAATACTTCTCAGGACCATATGGTAACACAACCCAGTTTC-AGAAATCTCCTTAGCAATCATAGTATATCCTTGTAGGTAATCATC---TTTATTTTGCCTATTTCTGCAGGAGAAGATGTTCTCTTCATTGCCAATGATTGGCACACAGCTCTCATTCCCTGCTACTTGAAGTCAATGTACCAGTCAAGAGGAATCTATTTGAATGCCAAGGTAAAATCTCTTTGTAATCACTTGATTGCAC--TTTACCCTGCAAATCAACAAGGTTGTACTAATATATGATAAATTTCACATTGCCTCCAGGTCGCTTTCTGCATCCATAACATTGCCTACCAAGGCCGATTTGCTTTCTCTGACTTCCCTCTTCTCAATCTTCCTGATGAATTCAGGGGTTCTTTTGATTTCATTGATGGGTATGAA--TTTAATGCTTG-AATCAGACCACCAACTTTAAAAGCTCTTTTGATGCTAGTAAATTGAGTTTTTAAAATTTTGCAGATATGAAAAGCCTGTTAAGGGTAGGAAAATCAACTGGATGAAGGCTGGGATATTAGAATCAGATAGGGTGGTTACAGTGAGCCCATACTATGCCCAAGAACTTGTCTCAGCTGTTGACAAGGGTGTTGAATTGGATAATGTACTTCGTAAGACTAGCATAACTGGGATTGTGAATGGCA??GATACCCAAGAGTGGAACCCAGCAACTGACAAATACACAGATGTCAAATATGATATAACCACTGTAAGATAAGATATTTCTGACCTCAGCATATACTAAAACATTTTGTATGTTTATGAAATTAAAGAGTTCTTCCTAATCAAAATCTCTGTACAGGTCATGGATGCAAAGCCTTTATTAAAGGAGGCTCTTCAAGCAGCAGTTGGCTTGCCTGTTGACAGGAAGATCCCTTTGATTGGCTTCATTGGCAGACTTGAGGAGCAGAAAGGTTCAGATATTCTTGTTGCTGCAATTCACAAGTTCATCGGATTGGATGTTCAAATAGTAGTCCTTGTAAGTACCAAGTGGACTCATGGTATCTTTCTTGTTATATTCACTCGTGCAAAAATTGAAATTGACCTGCAACTCATCCTATGCATCAGGGAACTGGAAAAAAGAAGTTCGAGCAGGAGATTGAACAGCTTGAGGTGTTGTACCCTAACAAAGCTAAAGGAGTGGCAAA Solanum_hieronymi_1 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Solanum_hieronymi_2 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Solanum_hindsianum 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Solanum_hirtum 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Solanum_hoehnei 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Solanum_homalospermum 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Solanum_jamaicense 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Solanum_juvenale 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Solanum_laciniatum 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Solanum_lanceolatum 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Solanum_lasiocarpum 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Solanum_lycocarpum 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Solanum_melongena 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Solanum_microphyllum 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Solanum_mitlense 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Solanum_mortonii 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Solanum_moxosense_1 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Solanum_moxosense_2 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Solanum_multispinum_1 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Solanum_multispinum_2 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Solanum_multispinum_3 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Solanum_nemorense 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Solanum_palinacanthum 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Solanum_paniculatum 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Solanum_paraibanum 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Solanum_perplexum_1 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Solanum_perplexum_2 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Solanum_perplexum_3 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Solanum_piluiferum 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Solanum_pseudocapsicum 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Solanum_ptychanthum 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Solanum_pumilum_1 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Solanum_pumilum_2 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Solanum_refractum 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Solanum_reineckii_1 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Solanum_rupincola 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Solanum_sisymbriifolium_1 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Solanum_stagnale 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Solanum_stenandrum 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Solanum_stramonifolium 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Solanum_thomasiifolium 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Solanum_torvum 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Solanum_tridynamum 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Solanum_viarum 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Solanum_wendlandii 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; END; BEGIN TREES; TITLE Phylogeny_of_the_Solanum_carolinense_clade; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Solanum_abutiloides, 2 Solanum_accrescens, 3 Solanum_acerifolium, 4 Solanum_adhaerens, 5 Solanum_aethiopicum, 6 Solanum_agrarium, 7 Solanum_arboreum, 8 Solanum_argentinum, 9 Solanum_aridum_1, 10 Solanum_aridum_2, 11 Solanum_aridum_3, 12 Solanum_asterophorum, 13 Solanum_aturense, 14 Solanum_bahamense, 15 Solanum_betaceum, 16 Solanum_buddleifolium, 17 Solanum_campechiense, 18 Solanum_candidum, 19 Solanum_carolinense_1, 20 Solanum_carolinense_2, 21 Solanum_carolinense_3, 22 Solanum_carolinense_4, 23 Solanum_carolinense_floridanum_1, 24 Solanum_carolinense_floridanum_2, 25 Solanum_cinereum, 26 Solanum_comptum_1, 27 Solanum_comptum_2, 28 Solanum_comptum_3, 29 Solanum_comptum_4, 30 Solanum_cordovense, 31 Solanum_crinitipes, 32 Solanum_crinitum, 33 Solanum_crotonoides, 34 Solanum_dimidiatum_1, 35 Solanum_dimidiatum_2, 36 Solanum_dimidiatum_3, 37 Solanum_dimidiatum_4, 38 Solanum_diploconos, 39 Solanum_donianum, 40 Solanum_dulcamara, 41 Solanum_elaeagnifolium_1, 42 Solanum_elaeagnifolium_2, 43 Solanum_elaeagnifolium_3, 44 Solanum_ensifolium, 45 Solanum_euacanthum, 46 Solanum_furfuraceum, 47 Solanum_glaucophyllum, 48 Solanum_glutinosum, 49 Solanum_hasslerianum_1, 50 Solanum_hasslerianum_2, 51 Solanum_hieronymi_1, 52 Solanum_hieronymi_2, 53 Solanum_hieronymi_3, 54 Solanum_hindsianum, 55 Solanum_hirtum, 56 Solanum_hoehnei, 57 Solanum_homalospermum, 58 Solanum_jamaicense, 59 Solanum_juvenale, 60 Solanum_laciniatum, 61 Solanum_lanceolatum, 62 Solanum_lasiocarpum, 63 Solanum_lycocarpum, 64 Solanum_melongena, 65 Solanum_microphyllum, 66 Solanum_mitlense, 67 Solanum_mortonii, 68 Solanum_moxosense_1, 69 Solanum_moxosense_2, 70 Solanum_multispinum_1, 71 Solanum_multispinum_2, 72 Solanum_multispinum_3, 73 Solanum_nemorense, 74 Solanum_palinacanthum, 75 Solanum_paniculatum, 76 Solanum_paraibanum, 77 Solanum_perplexum_1, 78 Solanum_perplexum_2, 79 Solanum_perplexum_3, 80 Solanum_piluiferum, 81 Solanum_pseudocapsicum, 82 Solanum_ptychanthum, 83 Solanum_pumilum_1, 84 Solanum_pumilum_2, 85 Solanum_refractum, 86 Solanum_reineckii_1, 87 Solanum_reineckii_2, 88 Solanum_rostratum, 89 Solanum_rupincola, 90 Solanum_sisymbriifolium_1, 91 Solanum_sisymbriifolium_2, 92 Solanum_stagnale, 93 Solanum_stenandrum, 94 Solanum_stramonifolium, 95 Solanum_thomasiifolium, 96 Solanum_torvum, 97 Solanum_tridynamum, 98 Solanum_viarum, 99 Solanum_wendlandii; TREE Strict = [&R] (60:0.01414078,(40:0.02965328,82:0.02855712,((56:0.00671144,73:0.01629456):0.00317211,(38:0.00715459,(15:0.0098155,47:0.01474773):0.00207695):0.00813741,((85:0.00752465,99:0.00729524):0.01122407,((1:0.00955769,30:0.00803513):0.01024676,(7:0.00848758,(8:0.01242724,81:0.00912292):0.00456043):0.01881244):0.00119616):0.00220729,(((6:0.00756671,65:0.00794219,93:0.00327245):0.01083057,((2:0.00741819,92:0.00669087):0.00297572,((16:0.02439325,95:0.0013693):0.00492557,(76:0.00348495,89:0.00216558):0.00537183):0.00172485):0.00155805):0.00474824,(((74:0.01375131,(3:0.00843427,98:0.00854569):0.00374041):0.00795046,(55:0.00456062,(94:0.00583617,(18:6.2084E-4,62:0.00124658):0.00239891):5.7634E-4):0.01444465):0.00202517,(88:0.02502662,(66:0.00507551,(32:0.00274151,63:0.0074329):0.00331851):0.00345524,(49:0.0058582,91:0.00440863,(50:0.0028817,90:0.00470218):0.0033432):0.0070916,(17:0.01608368,(((51:8.6423E-4,52:0.00364775,53:0.0020022):0.02204785,(((5:0.00553925,64:0.00615848):0.00357809,(25:0.00933598,46:0.00549315):0.00566057):0.00335481,(45:0.00843998,((54:0.00474647,97:0.00446673):0.00409405,(67:0.00659349,(57:0.00459841,(42:0.00224472,(41:0.00292115,43:0.00330904):0.00212859):0.00615873):0.00225986):0.00251891):0.00275119):5.8102E-4):0.00184359):0.00566644,((33:0.00839372,(31:0.00346487,(48:0.00330381,(39:0.00502766,75:0.00641911):0.00173994,(61:0.00126008,96:0.0012491):0.00376814):0.00167757):0.00660773):0.00193492,(((70:9.8501E-4,71:9.6597E-4,72:7.7979E-4):0.0121275,((12:0.00893086,80:0.01817875):0.00940374,(14:0.008,44:0.00440079):0.0237442):0.00124311):0.00116406,((58:0.00946097,(4:0.00126775,13:0.0019005):0.00520069):0.00712534,(((86:0.00101056,87:4.1233E-4):0.0154661,((68:1.0E-8,69:1.0E-8):0.02358695,((59:0.00316536,(9:0.00240222,10:0.00151728,11:7.4918E-4):4.5183E-4):0.01187918,(29:3.0586E-4,(28:0.00160707,(26:7.9527E-4,27:9.5138E-4):7.8126E-4):6.3276E-4):0.0093771):0.00410306):0.00140325):0.00574025,(37:0.01162407,(((36:9.0212E-4,(34:0.00671717,35:1.0E-8):3.8213E-4):0.00161231,(77:1.0E-8,78:0.00208484,79:0.00904151):6.5676E-4):0.00210235,((83:0.00187235,84:0.01259356):0.00815897,(19:9.4746E-4,20:0.01264637,21:3.1399E-4,22:3.1652E-4,(23:3.6873E-4,24:9.1757E-4):9.1757E-4):0.0057198):0.00362758):0.00525429):0.00432876):0.00367936):7.711E-5):8.4492E-4):6.7151E-4):8.3848E-4):0.00570293):0.00411485):0.00242345):0.0107257):0.01046436):0.01414078); 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