#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 17:34 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Mcdade L., Daniel T., Kiel C., & Vollesen K. 2005. Phylogenetic Relationships Among Acantheae (Acanthaceae): Major Lineages Present Contrasting Patterns of Molecular Evolution and Morphological Differentiation. Systematic Botany, 30(4). TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1425] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=43; TAXLABELS Acanthopsis_carduifolia Acanthopsis_disperma Acanthopsis_hoffmannseggiana Acanthus_eminens Acanthus_ilicifolius Acanthus_longifolius Acanthus_mollis Acanthus_montanus Acanthus_pubescens Acanthus_sennii Acanthus_spinosus Aphelandra_verticillata Blepharis_acuminata Blepharis_asteracantha Blepharis_buchneri Blepharis_calcitrapa Blepharis_dhofarensis Blepharis_diversispina Blepharis_edulis Blepharis_integrifolia_11656 Blepharis_integrifolia_11814 Blepharis_katangensis Blepharis_maderaspatensis_1292 Blepharis_maderaspatensis_NAfr Blepharis_natalensis Blepharis_sinuata Blepharis_subvolubilis Blepharis_tenuiramea Blepharis_trispina Crossandra_greenstockii Crossandra_horrida Crossandra_infundibuliformis Crossandra_longipes Crossandra_pungens Crossandra_strobilifera Crossandrella_dusenii Cynarospermum Sclerochiton_harveyanus Sclerochiton_ilicifolius Sclerochiton_triacanthus Sclerochiton_vogelii Stenandrium_guineensis Streptosiphon_hirsutus ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=67; TAXLABELS Acanthopsis_disperma Acanthopsis_hoffmannseggiana Acanthus_ilicifolius Acanthus_mollis Acanthus_montanus Acanthus_pubescens Acanthus_sennii Acanthus_spinosus Achyrocalyx_decaryi Aphelandra_boyacensis Aphelandra_campanensis Aphelandra_castanifolia Aphelandra_dolichantha Aphelandra_fasciculata Aphelandra_fernandezii Aphelandra_gigantiflora Aphelandra_golfodulcensis Aphelandra_guerrerensis Aphelandra_hylaea Aphelandra_impressa Aphelandra_lasia Aphelandra_leonardii Aphelandra_maculata Aphelandra_maximiliana Aphelandra_rubra Aphelandra_runcinata Aphelandra_speciosa Aphelandra_squarrosa Aphelandra_tetragona Aphelandra_tonduzii Aphelandra_tridentata Aphelandra_verticillata Blepharis_calcitrapa Blepharis_dhofarensis Blepharis_edulis Blepharis_katangensis Blepharis_maderaspatensis Blepharis_natalensis Blepharis_sinuata Blepharis_subvolubilis Crossandra_greenstockii Crossandra_horrida Crossandra_infundibuliformis Crossandra_longipes Crossandra_pungens Crossandra_strobilifera Crossandrella_dusenii Cynarospermum Geissomeria_longiflora Geissomeria_tetragona Holographis_ehrenbergiana Holographis_pallida Holographis_velutifolia Justicia_adhatoda Neriacanthus_grandiflorus Neriacanthus_lehmannianus Neriacanthus_purdieanus Odontonema_tubaeforme Salpixantha_coccinea Sclerochiton_harveyanus Sclerochiton_vogelii Stenandrium_afromont Stenandrium_guineensis Stenandrium_mandioccanum Stenandrium_pilosulum Stenandrium_warneckei Streptosiphon_hirsutus ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=43; TAXLABELS Achyrocalyx_decaryi Aphelandra_aurantiaca Aphelandra_boyacensis Aphelandra_campanensis Aphelandra_castanifolia Aphelandra_fasciculata Aphelandra_fernandezii Aphelandra_gigantiflora Aphelandra_golfodulcensis Aphelandra_guerrerensis Aphelandra_hylaea Aphelandra_impressa Aphelandra_lasia Aphelandra_leonardii Aphelandra_maculata Aphelandra_maximiliana Aphelandra_rubra Aphelandra_runcinata Aphelandra_speciosa Aphelandra_squarrosa Aphelandra_tetragona Aphelandra_tonduzii Aphelandra_tridentata Aphelandra_verticillata Crossandra_greenstockii Encephalosphaera_lasiandra Geissomeria_longiflora Geissomeria_tetragona Holographis_ehrengergiana Holographis_pallida Holographis_velutifolia Neriacanthus_grandiflorus Neriacanthus_lehmannianus Neriacanthus_purdieanus_BM Salpixantha_coccinea Sclerochiton_vogelii Stenandrium_afromontanum Stenandrium_guineensis Stenandrium_humile Stenandrium_mandioccanum Stenandrium_pilosulum Stenandrium_thompsonii Stenandrium_warneckei ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1553] TITLE Figure_5; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=4186; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Acanthopsis_hoffmannseggiana 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Acanthus_ilicifolius 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Acanthus_mollis 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Aphelandra_dolichantha 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Aphelandra_fernandezii 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Aphelandra_maculata 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Aphelandra_speciosa 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Aphelandra_squarrosa 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Crossandra_horrida 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Crossandrella_dusenii 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Holographis_pallida 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Holographis_velutifolia 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Neriacanthus_lehmannianus 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Stenandrium_afromont 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Stenandrium_guineensis 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Stenandrium_mandioccanum 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Acanthus_ilicifolius 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Crossandra_horrida 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Crossandra_infundibuliformis 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Crossandrella_dusenii 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Sclerochiton_ilicifolius 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Stenandrium_guineensis 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1549] TITLE 'Figure 7, Two-Lipped Corolla Lineage, Acantheae'; LINK TAXA = Taxa3; DIMENSIONS NCHAR=4187; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Aphelandra_boyacensis 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Aphelandra_fernandezii 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Aphelandra_golfodulcensis 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Aphelandra_leonardii 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Holographis_ehrengergiana 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Holographis_pallida 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Holographis_velutifolia 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Stenandrium_afromontanum 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Stenandrium_guineensis 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Stenandrium_humile 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Stenandrium_mandioccanum 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Stenandrium_pilosulum 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Stenandrium_thompsonii 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Stenandrium_warneckei ????????AATAT-GATTGGTGGTAT?ATAAT-------GGACCTTTTGTCCAACAAG------ACAATTGAGCA?GAT-CACGATAGGATCATCAAAGAATCA-------TCAAAA----------------TGAGAGTGT-TGAACTTTTTTGTGGGTAGATCAAAATTTAA--------TGAGATT-------CCGAAA-----------------------------AGAGGCTTCATTTAATT--TAA-TTA-------AAAT-------GAAATAACGAAAGTTTTCTCTTTT-----GCTGAA------GAAG----------------ATCGAAAAAACACTAAAA--TCATAAGAGAAAAATGCATTG-----TGGAAGAATCG--------CTTTTTTAGTTCGGAAAAT---------------------------------------AAAACAAGAAAAAGG------------------------ATGTAAATAGTCTTTCTTCTTTTTCTTGTTGCTTGAAT-----ATAAAACA--TTCAATTATAT---------ATAAT--------------------------TGAATATGATTA----------TTATCAAAA------------------------------TAATAATATT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAAGTAATAAA--------GTATTTTGGTTGTCAAA---------------------------------TCCGATCTCAGCTAAA-TCATTG-------TAATTTGTTGGAATAAAAAAA-----GGCCCGGCTAGGTACTGACCAGGCCAGGCC-TTCAGAATAAGAAGAGCCCTTTGAACAAA-TGAACAAAATCAACACAAAGAAGCCTTCT-TTATTTTTTT---CTTTAGTTTG------ATTGTTAGC-------GCGCCCGAGCCTCT-CTTTTCGAT-------AAAGGAAATTCCTGATTTGTGT------------------------ATCTCT-ATCTAT-------------------AATAGAAT--------------------AGAGAAAGAC-------------------TCCTTACAT--------------TATGTGTAAT-----------------------------------GTAGTAATTTGTTTTTT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TCAAAAA---GGGGTATGTTGCT????????GAAAGGATTACCA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTTCAGTCCTCT-GCTCTACCAGCTGAGCTATCCCGACCATTCCC-ATGTAGCATCCCATC------CTCATTTTATGGG-ATGACTGGGGTTTATGTCAATT------AAAGGGACAGGGGGGG-ATTACAAAGTTTT-CTCCAAGTCCTGTAATTTCTTGGATCTTCAAAAA----GACGACTTTCTAAGTTTCAG---GAGT-----TGTTGAATGTGAATCATTC---------------AAATATGG---ATT--CCTCGCTT------AATTTGGATGTGTATTTTATATCACATGCGATAAGAGACAGTTATTTAC----------GCCCAAATA-------------CGTTTGTCAAAGAATCAGAACAGAAGGATGAAGGAATTTTGAACCGCTAACG-AAAAAAGGGGATAGGATAATTGGGAGTCAAAT??????????????????????????????????????????????AGTCGACGGATTTTCCTCTTACTATAAATTTCATTGTTGCCGGTATTGGCATGTAGAATAGGACTCTATCTTTATTCTCGTCCGATTGATCAGTTCTTTA------AAAGATCTATCGGACTATGGAGTGAATGATTTGATGAATGAATATTCGATTCTTT-CTTCAATGTGGAATC--------CCAATTCTTCCAATTT-----CATAT---AAAAAAATACGGA-------------TACGGGCTATCTAATCTATTGATATA-----------GTATTCA---------ATAG-ATAC-CTTTATCCTTCATCCTTTCTGAG-GTTTCGATGAAAA-GATTCCTCTACCAAC------GCAGTCAACTCCATTTATTAGAACAGCTTCCATTGAGTCTCTGCACCTATCCTTTTTTTC----GTTTTCTGAACC------TTTGTTTTGAGAAAACA-GGATTTGGCTCAGGATTGCCC-TTTTTATTAATTCCGGGGTTTCTCTGAATTTGAAAGTTATCACTTAGTAGGTTTCCATACCAAGGCTCAATTCAATTAATGGGGGGTTGGTTTTTTTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAGACCCGC-AA-AGTAGACTGTGAACTCGTG-TTT----AA---CTGCATT--GGGGCTGCGGCTC---GTCGGGGGA--AGG---CCTCCCC---GTGCCGTTCGCCCT--GACCCT---GCCCGGTGCGCACTAGTGCACGTTGGGCGGGT-TAACAAACCCCCGGCGCGGAATGCGCCAAGGAAAATTG-AAACGAAGCGCCTCGCCCCT-----TCCC--ACCCC-GTTC-GCGGTGTGCT-TGGGTAAGGGGAAG--AGT-CGTCTAACGTGT-----------ACAATGTCAAAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCAAAGCCATTA-GGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCCC---TCCCCT----------GCTCCCATGGAGCGG----ACGCGGGGTGGGGGG-------CGGACATTGGCCTCCCGTGCA--CTCCCGTGTGCGGCTGGCCCAAATGCGATCCCCCGGCGACGCACGTCGCGACCAGTGGTGGTT----GAA---TGCTCAACTCGCGAGCTGTCTGTCGCGCT-CCACGTCGTTGTCCGGTTGGGTATCAC-GGATGGCCC--TAACT---GCGCGA--GGCAC-TTCCGACCGCGACCCCAGGTCAGGCGGGACTACCCGTTTTTTTTT ; END; BEGIN SETS; CHARSET omit (CHARACTERS = 'Figure 7, Two-Lipped Corolla Lineage, Acantheae') = 3391-3399; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'Figure 7, Two-Lipped Corolla Lineage, Acantheae') = N: 1-4187; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'Figure 7, Two-Lipped Corolla Lineage, Acantheae') = N: 1-4187; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7503; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Acanthopsis_carduifolia, 2 Acanthopsis_hoffmannseggiana, 3 Acanthopsis_disperma, 4 Acanthus_ilicifolius, 5 Blepharis_dhofarensis, 6 Acanthus_eminens, 7 Acanthus_montanus, 8 Acanthus_pubescens, 9 Acanthus_sennii, 10 Acanthus_mollis, 11 Acanthus_spinosus, 12 Acanthus_longifolius, 13 Blepharis_acuminata, 14 Blepharis_subvolubilis, 15 Blepharis_edulis, 16 Blepharis_sinuata, 17 Blepharis_natalensis, 18 Blepharis_diversispina, 19 Blepharis_asteracantha, 20 Blepharis_buchneri, 21 Blepharis_integrifolia_11814, 22 Blepharis_integrifolia_11656, 23 Blepharis_katangensis, 24 Blepharis_tenuiramea, 25 Blepharis_trispina, 26 Blepharis_calcitrapa, 27 Blepharis_maderaspatensis_1292, 28 Blepharis_maderaspatensis_NAfr, 29 Cynarospermum, 30 Sclerochiton_harveyanus, 31 Sclerochiton_vogelii, 32 Sclerochiton_ilicifolius, 33 Sclerochiton_triacanthus, 34 Crossandrella_dusenii, 35 Streptosiphon_hirsutus, 36 Crossandra_greenstockii, 37 Crossandra_horrida, 38 Crossandra_infundibuliformis, 39 Crossandra_longipes, 40 Crossandra_pungens, 41 Crossandra_strobilifera, 42 Stenandrium_guineensis, 43 Aphelandra_verticillata; TREE Fig._6 = [&R] (((((((1,(3,2)),(4,(5,(6,((9,8),(7,(10,12,11))))))),((((13,14),(15,16)),17,18),(((((19,24),20),25),(22,21),23),(26,(28,27))))),29),(((32,33),31,30),34,35)),((36,(40,41)),(37,(38,39)))),(42,43)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7504; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Neriacanthus_purdieanus, 2 Salpixantha_coccinea, 3 Stenandrium_mandioccanum, 4 Stenandrium_pilosulum, 5 Neriacanthus_grandiflorus, 6 Neriacanthus_lehmannianus, 7 Aphelandra_tonduzii, 8 Aphelandra_dolichantha, 9 Aphelandra_boyacensis, 10 Aphelandra_castanifolia, 11 Aphelandra_rubra, 12 Aphelandra_runcinata, 13 Aphelandra_squarrosa, 14 Aphelandra_maculata, 15 Aphelandra_hylaea, 16 Aphelandra_impressa, 17 Aphelandra_campanensis, 18 Aphelandra_fasciculata, 19 Aphelandra_fernandezii, 20 Aphelandra_golfodulcensis, 21 Aphelandra_lasia, 22 Aphelandra_leonardii, 23 Aphelandra_tetragona, 24 Aphelandra_gigantiflora, 25 Aphelandra_guerrerensis, 26 Aphelandra_speciosa, 27 Aphelandra_tridentata, 28 Geissomeria_longiflora, 29 Geissomeria_tetragona, 30 Aphelandra_maximiliana, 31 Justicia_adhatoda, 32 Odontonema_tubaeforme, 33 Holographis_velutifolia, 34 Holographis_pallida, 35 Holographis_ehrenbergiana, 36 Aphelandra_verticillata, 37 Stenandrium_warneckei, 38 Stenandrium_guineensis, 39 Stenandrium_afromont, 40 Achyrocalyx_decaryi, 41 Crossandra_strobilifera, 42 Crossandra_pungens, 43 Crossandra_longipes, 44 Crossandra_infundibuliformis, 45 Crossandra_horrida, 46 Crossandra_greenstockii, 47 Streptosiphon_hirsutus, 48 Sclerochiton_vogelii, 49 Sclerochiton_harveyanus, 50 Crossandrella_dusenii, 51 Cynarospermum, 52 Blepharis_maderaspatensis, 53 Blepharis_calcitrapa, 54 Blepharis_katangensis, 55 Blepharis_natalensis, 56 Blepharis_sinuata, 57 Blepharis_edulis, 58 Blepharis_subvolubilis, 59 Acanthus_spinosus, 60 Acanthus_mollis, 61 Acanthus_sennii, 62 Acanthus_pubescens, 63 Acanthus_montanus, 64 Blepharis_dhofarensis, 65 Acanthus_ilicifolius, 66 Acanthopsis_hoffmannseggiana, 67 Acanthopsis_disperma; TREE Fig._5 = [&R] ((31,32),(((((((67,66)Acanthopsis,(65,64,62,63,61,60,59)Acanthus),(58,57,56,55,54,53,52)Blepharis),51),((48,49)Stenandriopsis,47,50)),(46,45,43,44,42,41)Crossandra)'One-Lipped Corolla Lineage',((40,39,37,38),(((35,36,34,33,1,2),(3,4))Stenandrium,(12,6,5,7,8,9,10,11,29,28,27,30,25,24,23,22,21,26,20,19,18,17,16,15,13,14)))'Two-Lipped Corolla Lineage')Acantheae); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7502; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Sclerochiton_vogelii, 2 Crossandra_greenstockii, 3 Achyrocalyx_decaryi, 4 Stenandrium_afromontanum, 5 Stenandrium_guineensis, 6 Stenandrium_humile, 7 Stenandrium_thompsonii, 8 Stenandrium_warneckei, 9 Aphelandra_verticillata, 10 Holographis_ehrengergiana, 11 Holographis_pallida, 12 Holographis_velutifolia, 13 Neriacanthus_purdieanus_BM, 14 Salpixantha_coccinea, 15 Stenandrium_mandioccanum, 16 Stenandrium_pilosulum, 17 Neriacanthus_grandiflorus, 18 Neriacanthus_lehmannianus, 19 Aphelandra_tonduzii, 20 Aphelandra_boyacensis, 21 Aphelandra_castanifolia, 22 Aphelandra_rubra, 23 Aphelandra_runcinata, 24 Aphelandra_squarrosa, 25 Encephalosphaera_lasiandra, 26 Aphelandra_maculata, 27 Aphelandra_hylaea, 28 Aphelandra_impressa, 29 Aphelandra_campanensis, 30 Aphelandra_fasciculata, 31 Aphelandra_fernandezii, 32 Aphelandra_golfodulcensis, 33 Aphelandra_lasia, 34 Aphelandra_leonardii, 35 Aphelandra_tetragona, 36 Aphelandra_aurantiaca, 37 Aphelandra_gigantiflora, 38 Aphelandra_guerrerensis, 39 Aphelandra_speciosa, 40 Aphelandra_tridentata, 41 Geissomeria_longiflora, 42 Geissomeria_tetragona, 43 Aphelandra_maximiliana; TREE Fig._7 = [&R] ((1,2),((((3,6),7),((4,8),5)),(((((9,11),(10,12)),(13,14)),(15,16)),((17,18),((19,((20,(21,22)),23)),(24,(25,26),(41,(42,43)),(36,((37,40),38),39),((27,28),29,30,31,32,33,34,35))))))); END;