#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 19:15 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Ristau K., Steinfartz S., & Traunspurger W. 2013. First evidence of cryptic species diversity and significant population structure in a widespread freshwater nematode morphospecies (Tobrilus gracilis). Molecular Ecology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S14297] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=11; TAXLABELS Brevitobrilus_stefanskii Epitobrilus_medius Neotobrilus_longus_Isolate_SSU_A Neotobrilus_longus_Isolate_SSU_B Neotobrilus_longus_Isolate_SSU_C Tobrilus_gracilis_Isolate_SSU_A Tobrilus_gracilis_Isolate_SSU_B Tobrilus_gracilis_Isolate_SSU_C Tobrilus_gracilis_Isolate_SSU_D Tobrilus_spp. Tripyla_glomerans ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=18; TAXLABELS Brevitobrilus_stefanskii_Isolate_LSU_A Brevitobrilus_stefanskii_Isolate_LSU_B Epitobrilus_medius_Isolate_LSU_A Epitobrilus_medius_Isolate_LSU_B Epitobrilus_medius_Isolate_LSU_C Neotobrilus_longus_Isolate_LSU_A Neotobrilus_longus_Isolate_LSU_B Neotobrilus_longus_Isolate_LSU_C Tobrilus_cf._helveticus Tobrilus_gracilis_Isolate_LSU_A Tobrilus_gracilis_Isolate_LSU_B Tobrilus_gracilis_Isolate_LSU_C Tobrilus_gracilis_Isolate_LSU_D Tobrilus_gracilis_Isolate_LSU_E Tobrilus_gracilis_Isolate_LSU_G Tobrilus_gracilis_Isolate_LSu_F Tobrilus_spp. Tripyla_glomerans ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=22; TAXLABELS Brevitobrilus_stefanskii Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_A Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_B Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_C Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_D Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_E Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_F Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_G Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_H Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_I Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_J Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_K Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_L Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_M Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_N Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_O Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_P Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_Q Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_R Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_S Tobrilus_spp. Tripyla_glomerans ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M17291] TITLE COI_sequences_of_Tobrilus_gracilis_and_closely_related_tobrilid_species; LINK TAXA = Taxa3; DIMENSIONS NCHAR=429; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Brevitobrilus_stefanskii CATCCTGAGGTTTATATTTTAATTTTACCAGGTTTTGGTATTATTTCACATATTATTATTTCTTCTAGAGGTAAAAAAGAAGTTTTTGGAACTTTAGGTATAATTTATGCTATATTAGCTATTGCTTTATTAGGATGTGTTGTATGAGCTCATCATATGTTTACTGTTGGAATAGATATTGATACACGAGCTTATTTTACAGCAGCTACTATAATTATTGCTATCCCAACAGGAATTAAGATTTTTAGATGATTAGCTTCAATTTTTGGTTCATATTTAAAATTCTCATCAAGAGTTTTATGAGTTTTAGGATTTATTTTTTTATTCTCAATAGGTGGATTAACTGGTATTGTTTTATCTAATTCATCATTAGATATTATCCTCCATGATACTTATTATGTTGTTGCTCATTTTCATTATGTTTTAAGT Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_A 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M17292] TITLE LSU_sequences_of_Tobrilus_gracilis_and_closely_related_tobrilid_species; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=518; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M17293] TITLE SSU_sequences_of_Tobrilus_gracilis_and_closely_related_tobrilid_species; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=804; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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CAAAGCCGCACATGGCTCATTACAACAGCCATAGTTTATTAGATCGTACTTTCCTACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACACGCAGCAAAGCT-CGGACTCACG-AACGAGCGCATTTATTAGAGCAAAACCAATCGGGCTTCGGTCCGTTTTTTGGTGAATCTGAATAACTCTGCAGATCGCACGGTCTCGCACCGGCGACGCATCTTTCAAATGTCTGCCTTATCAACTTTCGATGGTAGTTTATACGCCTACCATGGTTGTAACGGGTAACGGAGAATAAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCACTCCCGGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACGAGGCGGTTCTCTACGAGGCCCGCCATCGGAATGGGTACAATTTAAATCCTTTAACGAGGATCTATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGCGGTCAAGGAATGTGGTCCTCCGACGGATGGTTACTGCTTTTCCTGACCTAACTACTTCGGTTTTCCCTTGATGCTCTTAACCGAGTGTCTTGGGCGACCGAAACGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGCGTTCAGCCTGAATAGTGGTGCATGGAATAATAAAAGAGGATCTCGGTTCTATTTTGTTGGTATTGGATTGAGATAATGATCGACGGGGATAGACGGGGGCAT Tobrilus_gracilis_Isolate_SSU_B CAAAGCCGCACATGGCTCATTACAACAGCCACAGTTTATTAGATCGTACTATCCTACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACACGCAGCAAAGCT-CGGACTCACG-AACGAGCGCATTTATTAGAGCAAAACCAATCGGGCTTCGGCCCGTACTTTGGTGAATCTGAATAACTCTGCAGATCGCACGGTCTCGCACCGGCGACGCATCTTTCAAATGTCTGCCTTATCAACTTTCGATGGTAGTTTATACGCCTACCATGGTTGTAACGGGTAACGGAGAATAAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCACTCCCGGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACGAGGCGGTTCTCTACGAGGCCCGCCATCGGAATGGGTACAATTTAAATCCTTTAACGAGGATCTATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGCGGTCAAGGGAATCGGTCCTCCGACGGATGGT-ACTGGTTTTCCTGACCTAACTACTTCGGTTTTCCCTTGATGCTCTTAACCGGGTGTCTTGGGCGACCGAAACGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGCGTTCAGCCTGAATAGTGGTGCATGGAATAATAAAAGAGGATCTCGGTTCTATTTTGTTGGTATTGGATTGAGATAATGATCGATGGGGATAGACGGGGGCAT Tobrilus_gracilis_Isolate_SSU_C 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CAAAGCCGCACATGGCTCATTACAACAGCCACAGTTTATTAGATCGTACTTTCCTACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACACGCAGCAAAGCT-CGGACTCACG-AACGAGCGCATTTATTAGAGCAAAACCAATCGGGCTTCGGCCCGTTCTTTGGTGAATCTGAATAACTCTGCAGATCGCACGGTCTCGCACCGGCGACGCATCTTTCAAATGTCTGCCTTATCAACTTTCGATGGTAGTTTATACGCCTACCATGGTTGTAACGGGTAACGGAGAATAAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCACTCCCGGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACGAGGCGGTTCTCTACGAGGCCCGCCATCGGAATGGGTACAATTTAAATCCTTTAACGAGGATCTATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGCGGTCAAGGGAATCGGTCCTCCGACGGATGGT-ACTGGTTTTCCTGACCTAACTACTTCGGTTTTCCCTTGATGCTCTTAACCGGGTGTCTTGGGCGACCGAAACGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGCGTTCAGCCTGAATAGTGGTGCATGGAATAATAAAAGAGGATCTCGGTTCTATTTTGTTGGTATTGGATTGAGATAATGATCGATGGGGATAGACGGGGGCAT Tobrilus_spp. CAAAGCCGCAAATGGCTCATTACAACAGCCACAGTTTATTAGATCGTACTATCCTACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACACGCACTTAAGCT-CGGACTCACG-AACGAGCGCATTTATTAGAGCAAAACCAAACGGACTTCGGTCCGCTAATTGGTGAATCTGAATAACTCTGCAGATCGCACGGTCTCGCACCGGCGACGCATCTTTCAAATGTCTGCCTTATCAACTTTCGATGGTAGTTTACACGCCTACCATGGTTGTAACGGGTAACGGAGAATAAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCACTCCCGGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACGAGGCGGTTCTCTACGAGGCCCGCCATCGGAATGGGTACAATTTAAATCCTTTAACGAGGATCTATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGCGGTCAAGGGAAGTGGTCCTCCGACGGATGGCTACTGCTTTTCCTGACCTAACTACTTCGGTTTTCTTTTGATGCTCTTAACCGGGTGTCTTAAGTGACCGAAACGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGCGTTCAGCCTGAATAGTGGTGCATGGAATAATAAAAAAGGATCTCGGTCCTATTTTGTTGGTATTGGATGGAGATAATGATCGATGGGGATAGACGGGGGCAT Tripyla_glomerans TAAAGCCGCGAATGGCTCATTACAACAGCCACAGTTTATTGGGTC---TCCTTTTACTTGGATAACTGAGCTAATTGTTGAGCTAATACACGCACCAAAGCTTCGACCTCACGGAAGGAGCGCATTTATTAGAACAAAACCAATCGGACTTCGGTCCGTCCATTGGTGAATCTAAATAACTCGGCCGATCGCATGGTCTCGCACCGGCGACGCACCTTTCAAATGTCTGCCTTATCACCTTTCGATGGTAGTTTATACGCCTACCATGGGTTTTACGGGTAACGGAGAATAAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCACTCCCGGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACGAGGCGGTTCTCTTTGAGGCCCGCCATCGGAATGGGTACAATCTAAATCCTTTAACGAGGAACTATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGCGGCCGAGGAGAGCGGTCACCCGTTGGGTTGCTACTGCTTTTCCTGGCCTAA-TTCTTCGGTTTTCCCTTGATGCTCTTCATTGAGTGTCTTGGGTGGCCGGAACGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAGGCAAGCTATTAGCTTGAATAGTGGTGCATGGAATAATAAAAGAGGATATTGGTCC-GTTTTGTTGGTAATGGTCTGATATAATGATAGAGGGGGACAATCGGGGGCAT ; END; BEGIN TREES; TITLE SSU_Bayesian_analysis; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Tobrilus_gracilis_Isolate_SSU_B, 2 Tobrilus_gracilis_Isolate_SSU_A, 3 Tobrilus_spp., 4 Tobrilus_gracilis_Isolate_SSU_C, 5 Tobrilus_gracilis_Isolate_SSU_D, 6 Tripyla_glomerans, 7 Epitobrilus_medius, 8 Neotobrilus_longus_Isolate_SSU_C, 9 Brevitobrilus_stefanskii, 10 Neotobrilus_longus_Isolate_SSU_A, 11 Neotobrilus_longus_Isolate_SSU_B; TREE Fig._2c = [&R] (6:0.131472,3:0.02078,10:0.011777,(((1:0.002683,4:0.002663)0.97:0.002659,5:0.001345)0.96:0.006431,(2:0.00564,(7:0.020939,8:0.030986)0.96:0.008158)0.54:0.004317,9:0.180971,11:0.008783)0.77:0.010154); TREE Fig._2c = [&R] (6:0.131472,3:0.02078,10:0.011777,(((1:0.002683,4:0.002663):0.002659,5:0.001345):0.006431,(2:0.00564,(7:0.020939,8:0.030986):0.008158):0.004317,9:0.180971,11:0.008783):0.010154); END; BEGIN TREES; TITLE LSU_Bayesian_analysis; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Tobrilus_gracilis_Isolate_LSU_D, 2 Tobrilus_gracilis_Isolate_LSU_C, 3 Tobrilus_gracilis_Isolate_LSU_E, 4 Tobrilus_gracilis_Isolate_LSU_A, 5 Tobrilus_gracilis_Isolate_LSu_F, 6 Tobrilus_spp., 7 Tobrilus_gracilis_Isolate_LSU_B, 8 Tobrilus_gracilis_Isolate_LSU_G, 9 Epitobrilus_medius_Isolate_LSU_A, 10 Neotobrilus_longus_Isolate_LSU_C, 11 Brevitobrilus_stefanskii_Isolate_LSU_A, 12 Neotobrilus_longus_Isolate_LSU_B, 13 Epitobrilus_medius_Isolate_LSU_B, 14 Neotobrilus_longus_Isolate_LSU_A, 15 Brevitobrilus_stefanskii_Isolate_LSU_B, 16 Tobrilus_cf._helveticus, 17 Tripyla_glomerans, 18 Epitobrilus_medius_Isolate_LSU_C; TREE Fig._2b = [&R] (17:0.084746,((((1:0.00333,2:0.006067)0.72:0.008135,3:0.012018)1.00:0.020865,5:0.011401,8:0.009965)1.00:0.017824,(4:0.003903,7:0.005655)0.98:0.020348,(6:0.026232,(11:0.007938,15:0.004815)1.00:0.31812)0.92:0.05049,(9:0.003401,(13:0.003292,18:0.006229)0.94:0.006297)0.99:0.01268,12:0.017982,16:0.010678)0.95:0.036788,(10:0.06072,14:0.082801)0.81:0.026166); TREE Fig._2b = [&R] (17:0.084746,((((1:0.00333,2:0.006067):0.008135,3:0.012018):0.020865,5:0.011401,8:0.009965):0.017824,(4:0.003903,7:0.005655):0.020348,(6:0.026232,(11:0.007938,15:0.004815):0.31812):0.05049,(9:0.003401,(13:0.003292,18:0.006229):0.006297):0.01268,12:0.017982,16:0.010678):0.036788,(10:0.06072,14:0.082801):0.026166); END; BEGIN TREES; TITLE COI_Bayesian_analysis; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_F, 2 Brevitobrilus_stefanskii, 3 Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_P, 4 Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_J, 5 Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_I, 6 Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_M, 7 Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_B, 8 Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_G, 9 Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_H, 10 Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_O, 11 Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_E, 12 Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_K, 13 Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_L, 14 Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_Q, 15 Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_S, 16 Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_R, 17 Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_N, 18 Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_D, 19 Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_A, 20 Tobrilus_gracilis_Haplotype_COI_C, 21 Tripyla_glomerans, 22 Tobrilus_spp.; TREE Fig._2a = [&R] (21:1.158405,1:0.093717,2:0.157823,11:0.0609,(((7:0.005487,19:0.002916):0.005774,20:0.002915):0.004934,18:0.004791):0.118579,((((3:0.005558,10:0.005872,14:0.005081,16:0.004662,17:0.002767):0.060099,15:0.061998):0.106455,22:0.127723):0.087517,(((4:0.006975,5:0.003442):0.005847,8:0.002948,9:0.005994,12:0.00893):0.008536,6:0.005286,13:0.003076):0.043725):0.048598); TREE Fig._2a = [&R] (21:1.158405,1:0.093717,2:0.157823,11:0.0609,(((7:0.005487,19:0.002916)0.87:0.005774,20:0.002915)0.52:0.004934,18:0.004791)0.98:0.118579,((((3:0.005558,10:0.005872,14:0.005081,16:0.004662,17:0.002767)0.99:0.060099,15:0.061998)1.00:0.106455,22:0.127723)0.96:0.087517,(((4:0.006975,5:0.003442)0.84:0.005847,8:0.002948,9:0.005994,12:0.00893)0.72:0.008536,6:0.005286,13:0.003076)0.91:0.043725)0.64:0.048598); 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