#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 2:41 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Liu J., Wang Y., Wang A., Hideaki O., & Abbott R. 2005. Radiation and diversification within the Ligularia-Cremanthodium-Parasenecio complex (Asteraceae) triggered by uplift of the Qinghai-Tibetan Plateau. Molecular Phylogenetics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1438] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=30; TAXLABELS Cremanthodium_decaisnei Cremanthodium_discoideum Cremanthodium_humile Cremanthodium_stenoglossum Doronicum_stenoglossum Farfugium_japonicum Ligulaira_purdomii Ligularia_brassicoides Ligularia_dentata Ligularia_pleurocaulis Ligularia_rumicifolia Ligularia_sagitta Ligularia_vellerea Ligulariopsis_shich Parasenecio_cyclotus Parasenecio_deltophyllus Parasenecio_hastiformis Parasenecio_maowenensis Parasenecio_taliensis Petasites_japonicum Senecio_argunensis Senecio_thianthanicus Sinacalia_tangutica Sinosenecio_bodinieri Sinosenecio_globerus Sinosenecio_subcoriaceus Syneileisis_palmata Synotis_lucorum Tephroseris_rufa Tussilago_farfara ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=45; TAXLABELS Cremanthodium_decaisnei Cremanthodium_discoideum Cremanthodium_ellisii Cremanthodium_humile Cremanthodium_lineare Cremanthodium_microglossum Cremanthodium_stenoglossum Dendrocacalia_crepidifolius Doronicum_stenoglossum Farfugium_japonicum Ligulaira_purdomii Ligularia_brassicoides Ligularia_cymbulifera Ligularia_dentata Ligularia_lamarum Ligularia_liatroides Ligularia_pleurocaulis Ligularia_przewalskii Ligularia_rumicifolia Ligularia_sagitta Ligularia_tsangchanensis Ligularia_vellerea Ligularia_yunnanensis Ligulariopsis_shichuana Miricacalia_makineana Nemosenecio_nikkosense Parasenecio_cyclotus Parasenecio_deltophyllus Parasenecio_hastiformis Parasenecio_maowenensis Parasenecio_taliensis Petasites_japonicum Robinsonia_berteroi Robinsonia_evenia Robinsonia_gayana Senecio_argunensis Senecio_thianthanicus Sinacalia_tangutica Sinosenecio_bodinieri Sinosenecio_globerus Sinosenecio_subcoriaceus Syneileisis_palmata Synotis_lucorum Tephroseris_rufa Tussilago_farfara ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=39; TAXLABELS Cremanthodium_decaisnei Cremanthodium_discoideum Cremanthodium_ellisii Cremanthodium_humile Cremanthodium_lineare Cremanthodium_microglossum Cremanthodium_stenoglossum Doronicum_stenoglossum Farfugium_japonicum Ligulaira_purdomii Ligularia_brassicoides Ligularia_cymbulifera Ligularia_dentata Ligularia_lamarum Ligularia_liatroides Ligularia_pleurocaulis Ligularia_przewalskii Ligularia_rumicifolia Ligularia_sagitta Ligularia_tsangchanensis Ligularia_vellerea Ligularia_yunnanensis Ligulariopsis_shich Parasenecio_cyclotus Parasenecio_deltophyllus Parasenecio_hastiformis Parasenecio_maowenensis Parasenecio_taliensis Petasites_japonicum Senecio_argunensis Senecio_thianthanicus Sinacalia_tangutica Sinosenecio_bodinieri Sinosenecio_globerus Sinosenecio_subcoriaceus Syneileisis_palmata Synotis_lucorum Tephroseris_rufa Tussilago_farfara ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa4; DIMENSIONS NTAX=61; TAXLABELS Abrotanella_emarginata Achillea_millefolium Aster_cordifolius Barnadesia_caryophylla Blennosperma_nanum Cremanthodium_decaisnei Cremanthodium_discoideum Cremanthodium_ellisii Cremanthodium_humile Cremanthodium_lineare Cremanthodium_microglossum Cremanthodium_stenoglossum Doronicum_pardalianches Doronicum_stenoglossum Eremothamnus_marlothianus Eupatorium_atrorubens Farfugium_japonicum Flaveria_ramosissima Inula_sericea Ligulaira_purdomii Ligularia_brassicoides Ligularia_cymbulifera Ligularia_dentata Ligularia_lamarum Ligularia_liatroides Ligularia_pleurocaulis Ligularia_przewalskii Ligularia_rumicifolia Ligularia_sagitta Ligularia_tsangchanensis Ligularia_vellerea Ligularia_yunnanensis Ligulariopsis_shichuana Lopholaena_coriifolia Mutisia_acuminata Nannoglottis_ravida Parasenecio_cyclotus Parasenecio_deltophyllus Parasenecio_hastiformis Parasenecio_maowenensis Parasenecio_taliensis Petasites_japonicum Senecio_argunensis Senecio_densiserratus Senecio_diver_va_dis Senecio_laetus Senecio_nemorensis Senecio_nigrocinctus Senecio_pseudomairei Senecio_pterdophyllus Senecio_scandens_scan Senecio_thianthanicus Sinacalia_tangutica Sinosenecio_bodinieri Sinosenecio_globerus Sinosenecio_subcoriaceus Syneileisis_palmata Synotis_alata Synotis_lucorum Tephroseris_rufa Tussilago_farfara ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1587] TITLE 'ndhF trnL-F ITS F4'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=3471; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Cremanthodium_decaisnei 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Cremanthodium_stenoglossum 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Ligularia_brassicoides 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Ligularia_sagitta 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Ligularia_vellerea 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Ligulariopsis_shich 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Parasenecio_cyclotus 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Parasenecio_deltophyllus 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Petasites_japonicum 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Senecio_argunensis 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Senecio_thianthanicus ATGGAACAGACATATCAATATGCGTGGATAATACCTTTTCTTCCACTTCCAGTTCCTATGTTAATAGGGTTGGGACTTCTTCTTTTTCCGACGGCAACAAAAAGTCTTCGTCGTATGTGGGCTTTTCAAAGCGTTTTATTGTTAAGTATAGTCATGATTTTTTCCATGAATCTTTCTATTCAGCAAATAAATAGCAGTTCTGTCTATCAATATGTATGGTCTTGGATTATCAATAATGATTTTTCTTTAGAATTCGGATACTTGATTGATCCACTTACTTCTATTATGTCAATATTAATCACTACTGTTGGAATTATGGTTCTTATTTATAGTGATAATTATATGTCTCATGATCACGGATATTTGAGATTTTTTGCTTATATGAGTTTTTTCAGTACTTCCATGTTGGGATTAGTTACTAGTTCAAATTTGATACAAATTTATATTTTTTGGGAATTAGTTGGGATATGTTCGTATCTATTAATAGGGTTTTGGTTCACACGACCTGTTGCAGCAAAGGCTTGTCAAAAAGCGTTTGTAACTAATCGTGTGGGCGATTTTGGTTTATTATTAGGCATTTTAGGGTTTTATTGGGTAACGGGGAGTTTCGAATTTCGTGATTTATTCCAAATAAATAATAACTTGATTTATAATAATGAAGTAAATTTTTTATTTGTTACTTTGTGCGCTGTTCTATTATTTGCTGGTGCCATTGCTAAATCTGCACAATTTCCCCTTCATGTATGGTTACCTGATGCAATGGAAGGGCCGACTCCTATTTCCGCTCTTATACATGCTGCTACGATGGTAGCAGCGGGAATTTTTCTTGTAGCTCGACTTATGCCTCTTTTCATAGTCATACCCCACATAATGAATTTTATCTCTTTGATAGGGATAATAACAGTTTTTTTAGGAGCCACTTTAGCTCTTGCTCAAAAAGACATTAAGAGGGGTTTAGCCTATTCCACAATGTCTCAATTGGGTTATATGATGTTAGCTCTAGGTATGGGGTCGTATCGCAGTGCTTTATTTCATTTGATTACTCATGCTTATTCTAAAGCATTATTGTTTTTAGGATCGGGATCCGTTATTCATTCAATGGAAACTCTTGTTGGATATTGTCCAAAAAAAAGTCAGAATATGGTGCTTATGGGAGGTTTAACAAAACATGTACCAATTACTAAAAATTCTTTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGCGGTATTCCACCCTTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCACCTATTTTTGCAATAATAGCTTGGTCTACGGCGGGATTAACCGCATTTTATATGTTTCGGATCTATTTACTTACTTTTGAAGGACATTTAAACGTTCATTTTCAAAATTACAGTGGAAAAAGGAATACCCCCTTTTATTCAATATCTCTATGGGGTAAAGAAGGTTCAAAAATAAGTAACAAAAACTTTCGTTTGGTAACTTTATTAAAAA-TGAAGAAAAAAAGAGGTCCTTCTTTTTTTTCAAATAAAGTATCTAAATTTGATGAGAATGTAAGAAATATGATCCAACCTGTTCTTTCTATTCCTAATTTTGCCAATATAAAAACTTCTTTGTATCCTTATGAATCGGATAATACTATGTTATTTCCAATACTTTTATTAATTCTATTTACTTTGTTTGTTGGATTCTTAGGAATTCCTTTCAATGAAGACATGGATATATTATCCAAATGGTTAACCCCTTCTATAAATCTTTTACATAAAAATTCAAACAATTCAATAGATTGGTATGAATTTTGTAAAGATGCAGTTTTTTCGGTTAGTATAGCCTCTTTCGGAATATTTATAGCATTTTTTTTATATCAACCTGTTTATTCATCTTTTCAAAATTTGGACTTAATTAATTCATTTGTTAAAATGGGTCCTAAGAGAAATTTTTCTGACAAAATAAAAAATGCTATATATGATTGGTCATATAATCGAGGTTACATAGATGCCTTTTATGGAACATTCTTAACTGCGGGGATGAGAAAATTGGCCGAATTCACTCATTTTTTTGATAGACGAATAATTGATGGAATTCCAAATGGAGTTGGTATTGGATTGAGCCTTGGTATGGAAACTTACTAAGTGATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAATAAAAATGGGTAATCCTGAGCCAAATCACGTTTTCCGAAAACAAACAAAGGTTCAGAAAGCGAAAAGAAAAAAGGATAGGTGCAGAGACTCGATGAAAGTTGTTCTAACGAATGGAGTTGATTGTCTTACATTGGTAGAGGAATCCTTCTATCGAAACTTCAGAAAAGATGAAGGATAAACCTGTATACATAATACAGAAGAATTGGTATGAATCGATTCCATATTGAAGAAAGAATCGAATATCCATTGATCAAACCATTCACTCCATAATCTGATAGATCTTTTGAAGAACTG-----TCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCATTCTACATGTCAATACCGGCAACAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGATTTCAAAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAAAAGACCATTTGACTCCCTAATTATTTATCGTATCCTTT----------------TTATTTATCCTTTTT-CGTTAGCGGTTCAAAACTCCTTATCTTTCTCATTCACTACTCTTTATACAAATGGATCTGAACGGAAATACTGTTCTGTTATCACATCACAATGGATA-----TATGATACATGTACAAATGAACATATTTGAGCAAGGAATCCCCATTTGAATGA---------GATTTTTTTATTCAGACTGAAACTTACAAAGTTGTTTTTTTGACAAATTATAGGACCTGCATGAGACTTTGTAATACCCTTTCAATTGACATAGAAGCATGTTCTCTCATAAAATGAAAATGAGGATGAGACATCAGGAATATCAAAACCTGCAAAGCAGAACGACCCGCGGAACATGTAAAAACA-TATGGTGTCCTT-GGTATTTGGTGCTTGCCTGATTCTTTGGATGCCATGTTAATGT--GTCTTTAGTAGG-TCTTTTGGGTC-TCAATGATGACACATTGACAAAATAACAAACAATC-GGCACGGAATGTGCCAAGGAAAA-AAAAACATAA-AAGGG-TTGGTGCCATG--CATCATCGTTT--GCGGTGATTGCAAGGTATCTTGCTTCTTTTTAATCAACACATTGTGTCACCTCCTAACACACCTTCCA-AAAGGAATGTCGTATTGGGGGTGGAGATTGGTCTCCCGT-TCCTAAGGTTCGGTTGGCTTAAATAAGAGTCCCTTTCGATGGATGCAC-GATTAGTGGTGGTTGACAAGACCCTCTTATTGAGTCGTGTGTTAAAAAGAGCAA-GGAAGA-TCT-CTTA-GA-CACCCTAATGTGTCGTCTTGT-AC-GATGCTTCGACC 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Sinosenecio_bodinieri 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Cremanthodium_microglossum 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Ligularia_brassicoides 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Ligularia_pleurocaulis 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Ligularia_rumicifolia 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Ligularia_vellerea 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Ligularia_yunnanensis 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Ligulariopsis_shich 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Parasenecio_cyclotus 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Parasenecio_deltophyllus 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Parasenecio_hastiformis 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Parasenecio_maowenensis 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Parasenecio_taliensis 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Senecio_argunensis 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Senecio_thianthanicus 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Sinacalia_tangutica 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Sinosenecio_bodinieri 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Sinosenecio_globerus 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Sinosenecio_subcoriaceus 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Synotis_lucorum 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1588] TITLE ITS_F4; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=503; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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TCGAAGCCTGCGAAGCAGAACGACCCGTG-AACTTGTAATAACAACCACCTGCTGTG-AGGATCGGACAC--GTTTGAGACTCATGGCGTTTCGTCGATGTGTGCTCAAGGTCACCTGTCAAGGGCG-GTCATGGACTTCACATCGGCACAACAACAAACCCC-GGCACGGAATGTGCCAAGGAAAA--CAAAACTTGAAAAGGGCCTGTG-CCATGC-ATGCCCC--GTTT--GCGGTGCGCTCGTGGCATGAAGCTTCTTTGTAATTAACGTGTCACGTTCACCCCCATCACGAATCATG-CGTG--------AAATGGGGGTGGAGAATGGTCTCCCGT-TCCCTCGGTGCGGCTGGCCAAAATTAGAGTCCCCTTCGGCGGACGCAC-GACTGGTGGTGGTTGACAAAACCCTCGTATCGAGCCGTGCGTTGTGAGTCGCAAGGGAAGACTCTAC----ATAGACCCTAACGTGTTGTCTTGTGAC-GATGCTTCGATT Farfugium_japonicum 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TCGAAACCTGTATAGCATAACGACCTGTG-AACATGTAACAACAATCAGGTGTTCTA-AGTATTAGGCTCTCGTCCGATTCCTAGGATGCCATGTTTACGTGCGTCTTTGGCAAGCCCATT-AGGTTTCTAAGGATGTCACGTCGACGCAACAACAAACCCCC-GGCACGGCATGTGTCAAGGAAAT--ATAAACTTAAGAAGAGCTTGTT-CCATGC--TTTGCC--GTTC--GCGGTGATTGCATTGAGTCTTGCTTCTTTATAATCAACACATCGCGT-CGCCCCCATCACACCTCTTG-ACGGGGATGTTTGAATGGGGACGGAGATTGGTCTCCCGT-TCCTACGGTGTGGTTGGCTGAATTTTGATTCCTCTTCGATGGACGCAC-GATTAGTGGTGGTTGACAAGACCTTCTTATCGAGTTGTGTGTTCCAAGGAGTAA-GGAAGA-TCT-CTTT-AATGACCCTAATGTGTTGTCTCATAAC-GATGCACTGATT Robinsonia_evenia 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TCAAAACCTGCAAAGCAGAACGACCCGCGGAACATGTAAAAACA-TATGGTGTCCTT-GGTATTTGGTGCTTGCCTGATTCTTTGGATGCCATGTTAATGT--GTCTTTAGTAGG-TCTTTTGGGTC-TCAATGATGACACATTGACAAAATAACAAACAATC-GGCACGGAATGTGCCAAGGAAAA--AAAAACATAA-AAGGG-TTGGTGCCATGC--ATCATC--GTTT--GCGGTGATTGCAAGGTATCTTGCTTCTTTTTAATCAACACATTGTGTCACCTCCTAACACACCTTCCA-AAAGGAATGTCGTATTGGGGGTGGAGATTGGTCTCCCGT-TCCTAAGGTTCGGTTGGCTTAAATAAGAGTCCCTTTCGATGGATGCAC-GATTAGTGGTGGTTGACAAGACCCTCTTATTGAGTCGTGTGTTAAAAAGAGCAA-GGAAGA-TCT-CTTA-GA-CACCCTAATGTGTCGTCTTGT-AC-GATGCTTCGACC Senecio_thianthanicus TCGAAACCTGCATAGCAGAACGACCTGTG-AACATGTAACAACAATCGGGTGTTCGA-AGTATTGGGCTCTTGTTCGATTCCTAGGATGCCTTGTTGAGGTGCGTCTTTGGCAAG-CCCATTGGGTT-CTAAGGACGTCACGTCGACGCAACAACAAACCCCC-GGCACGGCATGTGCCAAGGAAAT--ATAAACTTAAGAAGAGCTTGTT-CCATGC--TTTGCC--GTTC--GTGGTGATTGCATTGAACCTTGCTTCTTTATAATTAACACATCGCGT-TGCCCCCATCACACCTCTTT-ACGGGGATGTTCGAATGGGGACGGAGATTGGTCTCCCGTTTCTTATGGTGCGGTTGGCCGAATTTTGAGTCCTCTTCGATGGACGCACTGATTAGTGGTGGTTGACAAGACCTTCTTATCGAGTCATGTGTTCCAAGGAGTAA-GGAAGA-TCT-CTTT-CATAACCCTAATGTGTCGTCTCGTGACTGATGCTCCGACT Sinacalia_tangutica 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ATTGGATTGAGCCTTGGTATGGAAACTTACTAAGTGATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAATAAAAATGGGTTATCCTGAGCCAAATCACGTTTTCCGAAAACAAACAAAGGTTCAGAAAGCGAAAATAAAAAAGGATAGGTGCAGAGACTCGATGGAAGTTGTTCTAACGAATGGAGTTGATTGTCTTACATTGGTAGAGGAATCCTTCTATCGAAACTTCAGAAAAGATGAAGGATAAACCTGTATACATAATACAGAAGAATTGGTATGAATCAATTCCATATTGAAGAAAGAATCGAATATCCATTGATCAAACCATTCACTCCATAATCTGATAGATCTTTTGAAGAACTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCGTTCTACATGTCAATACCGGCAACAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGATTTCAAAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAAAAGACCATTTGACTCCCTAATTATTTATCGTATTCTTT----------------TGATTTATCCTTTTTTCGTTAGGGGTTCAAAACTCCTTATCTTTCTCATTCACTACTCTTTATACAAATGGATCTGAACGGAAATACTGTTCTCTTATCACATCACA-TGGAAT------ATGATACATGTACAAATGAACATCTTTGAGCAAGGAATCCCCATTTGAATGA---------GATTTTTTTATTCAGACTGAAACTTACAAAGTTGTTCTTTT--------------------GACAAATTATAGGACCTGCATGAGACTTTGTAATACCCTTTCAATTGACATAGACGCACGTTCTCTAGTAAAATGAAAATGAGGATGAGACATCAGGAATA Parasenecio_cyclotus 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ATTGGATTGAGCCTTGGTATGGAAACTTACTAAGTGATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAATAAAAATGGGTAATCCTGAGCCAAATCACGTTTTCCGAAAACAAACAAAGGTTCAGAAAGCGAAAATAAAAAAGGATAGGTGCAGAGACTCGATGGAAGTTGTTCTAACGAATGGAGTTGATTGTCTTAAATTGGTAGAGGAATCCTTCTATCGAAACTTCAGAAAAGATGAAGGATAAACCTGTATACATAATACAGAAGAATTGGTATGAATCAATTCCATATTGAAGAAAGAATCGAATATCCATTGATCAAACCATTCACTCCATAATCTGATAGATCTTTTGAAGAACTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCGTTCTACATGTCAATACCGGCAACAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGATTTCAAAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAAAAGTCCATTTGACTCCCTAATTATTTATCGTATCCTTT----------------TGATTTATCCTTTTTTCGTTAGCGGTTCAAAACTCCTTATCTTTCTCATTCACTACTCTTTATACAAATGGATCTGAACGGAAATACTGTTCTCTTATCACATCACA-TGGAAT------ATGATACATGTACAAATGAACATCTTTGAGCAAGGAATCCCCATTTGAATGA---------GATTTTTTTATTCAGACTGAAACTTACAAAGTTGTTCTTTT--------------------GACAAATTATAGGACCTGCATGAGACTTTGTAATACCCCTTCAATTGACATAGACGCACGTTCTCTAGTAAAATGAAAATGAGGATGAGACATCAGGGATA Parasenecio_maowenensis 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Aster_cordifolius 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Blennosperma_nanum 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Cremanthodium_decaisnei 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Doronicum_stenoglossum 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Eremothamnus_marlothianus 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Eupatorium_atrorubens 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Farfugium_japonicum 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Flaveria_ramosissima 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Ligularia_brassicoides 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Ligularia_cymbulifera 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Ligularia_dentata 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Ligularia_lamarum 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Ligularia_liatroides 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Ligularia_pleurocaulis 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Ligularia_przewalskii 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Ligularia_sagitta 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Ligularia_tsangchanensis 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Ligularia_yunnanensis 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Ligulariopsis_shichuana 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Lopholaena_coriifolia 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Nannoglottis_ravida 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Parasenecio_cyclotus 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Parasenecio_deltophyllus 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Parasenecio_hastiformis 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Parasenecio_maowenensis 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Parasenecio_taliensis 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Petasites_japonicum 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Senecio_argunensis 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Senecio_diver_va_dis 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Senecio_laetus 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Senecio_nemorensis 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Senecio_nigrocinctus 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Senecio_pseudomairei 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Senecio_pterdophyllus 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Senecio_scandens_scan 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Sinacalia_tangutica 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Sinosenecio_bodinieri 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Sinosenecio_globerus 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Sinosenecio_subcoriaceus 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Synotis_alata 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Tephroseris_rufa 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Tussilago_farfara ATGGAACAGACATATCAATATGCGTGGATAATACCTTTTCTTCCACTTCCAGTTCCTATGTTAATAGGGTTGGGACTTCTTCTTTTTCCGACGGCAACAAAAAGTATTCGTCGTATGTGGGCTTTTCAAAGCGTTTTATTGTTAAGTATAGTCATGATTTTTTCCATGAATCTGTCTATTCAGCAAATAAATAGCAGTTCTGTCTATCAATATGTATGGTCTTGGATTATCAATAATGATTTATCTTTAGAATTCGGATACTTGATCGATCCACTTACTTCTATTATGTCAATATTAATCACTACTGTTGGAATTCTGGTTCTTATTTATAGTGATAATTATATGTCTCATGATCACGGATATTTGAGATTTTTTGCTTATATGAGTTTTTTCAGTACTTCCATGTTGGGATTAGTTACTAGTTCAAATTTGATACAAATTTATATTTTTTGGGAATTAGTTGGAATATGTTCGTATCTATTAATAGGATTTTGGTTCACACGACCTGTTGCAGCAAAGGCTTGTCAAAAAGCGTTTGTAACTAATCGTGTTGGCGATTTTGGTTTATTATTAGGCATTTTAGGGTTTTATTGGGTAACGGGGAGTTTCGAATTTCGTGATTTATTCCAAATATTAAATAACTTGATTTATAATAA------TGAAGTCAATTTTGTATTTGTTACTTTGTGCGCTGTTCTATTATTTGCCGGTGCCGTTGCTAAATCTGCACAATTTCCCCTTCATGTATGGTTACCTGATGCAATGGAAGGGCCGACTCCTATTTCCGCTCTTATACATGCTGCTACGATGGTAGCAGCGGGAATTTTTCTTGTAGCTCGACTTATGCCTCTTTTCATAGTCATACCCCACATAATGAATTTTATCTCTTTGATAGGGATAATAACAGTTTTTTTAGGAGCTACTTTAGCTCTTGCTCAAAAAGACATTAAGAGGGGTTTAGCCTATTCCACAATGTCTCAATTGGGTTATATGATGTTAGCTCTAGGTATGGGGTCGTATCGCAGTGCTTTATTTCATTTGATTACTCATGCTTATTCTAAAGCATTATTGTTTTTAGGATCGGGATCCATTATTCATTCAATGGAAACTCTTGTTGGATATTGTCCAAAAAAAAGTCAGAATATGGTGCTTATGGGAGGTTTAACAAAACATGTACCAATTACTAAAAATTCTTTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGCGGTATTCCACCCCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATGCACCTATTTTTGCAATAATAGCTTGGTCTACGGCGGGATTAACCGCATTTTATATGTCTCGGATCTATTTACTTACTTTTGAAGGACATTTAAACGTTCATTTTCAAAATTACAGTGGAAAAAGGAATACCCCCTTTTATTCAATATCTCTATGGGGTAAAGAAGGTTCAAAAAAAAGTAACAAAAACTTTAGTTTGGTAACTTTATTAAAAA-TGAAGAAAAAAAGAGGTCCTTCTTTTTTTTCAAA------TAAAGTATCTAAATTTGATGAGAATGTAAGAAATATGATCCAACCCGTTCTTTCTATTCC---GAATTTTGCCAATATCAAAACTTCTTTGTATCCTTATGAATCGG------ATAATACTATGTTATTTCCAATACTTATATTAATTCTATTTACTTTGTTCGTTGGATTCTTAGGAATTCCTTTCAATGAAGACGTGG---------ATATATTATCTAAATGGTTAACCCCTTCTATAAATCTTTTACATAAAAATTCAAACAATTCAATAGATTGGTATGAATTTTGTAAAGATGCAGTTTTTTCAGTTAGTATAGCCTCTTTCGGAATATTTATAGCATTTTTTTTATATCAACCTGTTTATTCATCTTTTCAAAATTTGGACTTAATTAATTCATTTGTTAAAATGGGTCCTAAGAGAATTTTTTCTGACAAAATAAAAAATGTTATATATGATTGGTCATATAATCGAGGTTACATAGATGCCTTTTATGGAACATTCTTAACTGCGGGGATGAGAAAATTGGCCGAATTCACTCATTTTTTTGATAGACGAATAATTGATGGAATTCCAAATGGAGTTGGT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = ndhF_F1) = N: 1-2131; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = ndhF_F1) = N: 1-2131; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7536; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Parasenecio_hastiformis, 2 Parasenecio_cyclotus, 3 Parasenecio_taliensis, 4 Parasenecio_maowenensis, 5 Parasenecio_deltophyllus, 6 Sinosenecio_globerus, 7 Sinosenecio_subcoriaceus, 8 Sinosenecio_bodinieri, 9 Tephroseris_rufa, 10 Sinacalia_tangutica, 11 Farfugium_japonicum, 12 Syneileisis_palmata, 13 Ligulariopsis_shich, 14 Petasites_japonicum, 15 Tussilago_farfara, 16 Cremanthodium_microglossum, 17 Cremanthodium_lineare, 18 Cremanthodium_ellisii, 19 Cremanthodium_discoideum, 20 Cremanthodium_humile, 21 Cremanthodium_stenoglossum, 22 Cremanthodium_decaisnei, 23 Ligularia_liatroides, 24 Ligularia_pleurocaulis, 25 Ligularia_brassicoides, 26 Ligularia_sagitta, 27 Ligularia_tsangchanensis, 28 Ligularia_przewalskii, 29 Ligularia_lamarum, 30 Ligularia_vellerea, 31 Ligularia_rumicifolia, 32 Ligularia_cymbulifera, 33 Ligularia_yunnanensis, 34 Ligulaira_purdomii, 35 Ligularia_dentata, 36 Senecio_argunensis, 37 Senecio_thianthanicus, 38 Synotis_lucorum, 39 Doronicum_stenoglossum; TREE Fig._S2 = [&R] (39,((38,(37,36)),((35,(34,20,17),33,32,31,30,(29,(10,5,4,(3,2,1))),28,27,26,25,24,((23,16),18),22,(21,13),19,12,11,(9,(8,6)),7),(15,14)))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7538; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Parasenecio_hastiformis, 2 Parasenecio_cyclotus, 3 Parasenecio_taliensis, 4 Parasenecio_maowenensis, 5 Parasenecio_deltophyllus, 6 Sinosenecio_globerus, 7 Sinosenecio_subcoriaceus, 8 Sinosenecio_bodinieri, 9 Tephroseris_rufa, 10 Sinacalia_tangutica, 11 Farfugium_japonicum, 12 Syneileisis_palmata, 13 Ligulariopsis_shich, 14 Petasites_japonicum, 15 Tussilago_farfara, 16 Cremanthodium_discoideum, 17 Cremanthodium_humile, 18 Cremanthodium_stenoglossum, 19 Cremanthodium_decaisnei, 20 Ligularia_pleurocaulis, 21 Ligularia_brassicoides, 22 Ligularia_sagitta, 23 Ligularia_vellerea, 24 Ligularia_rumicifolia, 25 Ligulaira_purdomii, 26 Ligularia_dentata, 27 Senecio_argunensis, 28 Senecio_thianthanicus, 29 Synotis_lucorum, 30 Doronicum_stenoglossum; TREE Fig._4c = [&R] (30,((29,(28,27)),(((26,11),((((25,18),24),7),((23,((21,16),13),20),22),17,(12,(9,(8,6))),((10,((3,2),1)),(5,4))),19),(15,14)))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7537; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Miricacalia_makineana, 2 Dendrocacalia_crepidifolius, 3 Nemosenecio_nikkosense, 4 Robinsonia_berteroi, 5 Robinsonia_evenia, 6 Robinsonia_gayana, 7 Parasenecio_hastiformis, 8 Parasenecio_cyclotus, 9 Parasenecio_taliensis, 10 Parasenecio_maowenensis, 11 Parasenecio_deltophyllus, 12 Sinosenecio_globerus, 13 Sinosenecio_subcoriaceus, 14 Sinosenecio_bodinieri, 15 Tephroseris_rufa, 16 Sinacalia_tangutica, 17 Farfugium_japonicum, 18 Syneileisis_palmata, 19 Ligulariopsis_shichuana, 20 Petasites_japonicum, 21 Tussilago_farfara, 22 Cremanthodium_microglossum, 23 Cremanthodium_lineare, 24 Cremanthodium_ellisii, 25 Cremanthodium_discoideum, 26 Cremanthodium_humile, 27 Cremanthodium_stenoglossum, 28 Cremanthodium_decaisnei, 29 Ligularia_liatroides, 30 Ligularia_pleurocaulis, 31 Ligularia_brassicoides, 32 Ligularia_sagitta, 33 Ligularia_tsangchanensis, 34 Ligularia_przewalskii, 35 Ligularia_lamarum, 36 Ligularia_vellerea, 37 Ligularia_rumicifolia, 38 Ligularia_cymbulifera, 39 Ligularia_yunnanensis, 40 Ligulaira_purdomii, 41 Ligularia_dentata, 42 Senecio_argunensis, 43 Senecio_thianthanicus, 44 Synotis_lucorum, 45 Doronicum_stenoglossum; TREE Fig._4b = [&R] (45,(((44,42),((43,((6,5),4)),2)),((41,(((((40,39),(27,22)),37),(((38,32),((36,33),((35,((34,19),29)),((31,23),24),30),25)),13),26,((18,1),(17,(15,((14,12),3)))),((16,(9,(8,7))),(11,10))),28)),(21,20)))); TREE Fig._4a = [&R] (45,(((44,42),((43,((6,5),4)),2)),((41,(((((40,39),(27,22)),37),(((38,32),((36,33),((35,((34,19),29)),((31,23),24),30),25)),13),26,((18,1),17,(15,((14,12),3))),((16,(9,(8,7))),(11,10))),28)),(21,20)))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7535; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Parasenecio_hastiformis, 2 Parasenecio_cyclotus, 3 Parasenecio_taliensis, 4 Parasenecio_maowenensis, 5 Parasenecio_deltophyllus, 6 Sinosenecio_globerus, 7 Sinosenecio_subcoriaceus, 8 Sinosenecio_bodinieri, 9 Tephroseris_rufa, 10 Sinacalia_tangutica, 11 Farfugium_japonicum, 12 Syneileisis_palmata, 13 Ligulariopsis_shich, 14 Petasites_japonicum, 15 Tussilago_farfara, 16 Cremanthodium_microglossum, 17 Cremanthodium_lineare, 18 Cremanthodium_ellisii, 19 Cremanthodium_discoideum, 20 Cremanthodium_humile, 21 Cremanthodium_stenoglossum, 22 Cremanthodium_decaisnei, 23 Ligularia_liatroides, 24 Ligularia_pleurocaulis, 25 Ligularia_brassicoides, 26 Ligularia_sagitta, 27 Ligularia_tsangchanensis, 28 Ligularia_przewalskii, 29 Ligularia_lamarum, 30 Ligularia_vellerea, 31 Ligularia_rumicifolia, 32 Ligularia_cymbulifera, 33 Ligularia_yunnanensis, 34 Ligulaira_purdomii, 35 Ligularia_dentata, 36 Senecio_argunensis, 37 Senecio_thianthanicus, 38 Synotis_lucorum, 39 Doronicum_stenoglossum; TREE Fig._1b = [&R] (39,((38,(37,36)),(((35,28,13),((34,21,19),(32,24)),(33,29,27),31,30,26,25,((23,16),18),22,((20,17),12),11,(10,5,4,((3,2),1)),(9,(8,6)),7),(15,14)))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7534; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Doronicum_pardalianches, 2 Doronicum_stenoglossum, 3 Parasenecio_hastiformis, 4 Parasenecio_cyclotus, 5 Parasenecio_taliensis, 6 Parasenecio_maowenensis, 7 Parasenecio_deltophyllus, 8 Sinosenecio_globerus, 9 Sinosenecio_subcoriaceus, 10 Sinosenecio_bodinieri, 11 Tephroseris_rufa, 12 Sinacalia_tangutica, 13 Farfugium_japonicum, 14 Syneileisis_palmata, 15 Ligulariopsis_shichuana, 16 Petasites_japonicum, 17 Tussilago_farfara, 18 Cremanthodium_microglossum, 19 Cremanthodium_lineare, 20 Cremanthodium_ellisii, 21 Cremanthodium_discoideum, 22 Cremanthodium_humile, 23 Cremanthodium_stenoglossum, 24 Cremanthodium_decaisnei, 25 Ligularia_liatroides, 26 Ligularia_pleurocaulis, 27 Ligularia_brassicoides, 28 Ligularia_sagitta, 29 Ligularia_tsangchanensis, 30 Ligularia_przewalskii, 31 Ligularia_lamarum, 32 Ligularia_vellerea, 33 Ligularia_rumicifolia, 34 Ligularia_cymbulifera, 35 Ligularia_yunnanensis, 36 Ligulaira_purdomii, 37 Ligularia_dentata, 38 Synotis_lucorum, 39 Synotis_alata, 40 Senecio_pterdophyllus, 41 Senecio_pseudomairei, 42 Senecio_scandens_scan, 43 Senecio_laetus, 44 Senecio_nigrocinctus, 45 Senecio_diver_va_dis, 46 Senecio_densiserratus, 47 Senecio_nemorensis, 48 Senecio_argunensis, 49 Senecio_thianthanicus, 50 Lopholaena_coriifolia, 51 Blennosperma_nanum, 52 Abrotanella_emarginata, 53 Flaveria_ramosissima, 54 Nannoglottis_ravida, 55 Aster_cordifolius, 56 Achillea_millefolium, 57 Eupatorium_atrorubens, 58 Inula_sericea, 59 Eremothamnus_marlothianus, 60 Mutisia_acuminata, 61 Barnadesia_caryophylla; TREE Fig._1a = [&R] (61,(60,(59,((((58,56),((((51,17),((37,13),(36,(34,26),(23,18),21),(35,31,29),33,32,30,28,27,25,(24,(10,8)),(22,19,14),20,15,(12,7,6,((5,4),3)),11,9),16),((50,((49,((47,46,45),(44,40)),41),(48,43))),(42,(39,38)))),(2,1))),((55,54),52)),(57,53))))); END;