#NEXUS

[!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file.


Generated on April 26, 2024; 16:02 GMT

TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Sikes D.S., & Stockbridge J. 2013. Description of Caurinus tlagu, new species, from
Prince of Wales Island, Alaska (Mecoptera, Boreidae, Caurininae). ZooKeys, .

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S14415]

BEGIN TAXA;
        TITLE  Taxa1;
        DIMENSIONS NTAX=13;
        TAXLABELS
            Boreus_hymalis_GB
            Boreus_westwoodi
            Caurinus_dectes_larva.243109
            Caurinus_dectes_larva.243110
            Caurinus_dectes_larva.243111
            Caurinus_dectes_larva.243112
            Caurinus_dectes_larva.243113
            Caurinus_dectes_larva.243114
            Caurinus_dectes_larva.243115
            Caurinus_tlagu_242222.COII
            Caurinus_tlagu_242224.COII
            Caurinus_tlagu_242225.COII
            Caurinus_tlagu_242226.COII
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M17656]

	TITLE Caurinus_COII;
	LINK TAXA = Taxa1;
	DIMENSIONS NCHAR=639;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530       540       550       560       570       580       590       600       610       620       630         ]
[                                         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         ]
Boreus_hymalis_GB                ------------TATTTTTTCACGATCATACAATAATTATTTTAATTATTATTACAATTTTAGTATTATTTATAATAATTTCTGTATTTTTTAACTTTTTTACAAATCGTTTTATTTTACAAAGTCAAAATATTGAAATTATTTGAACAATTTTACCTGCTTTAACCTTAATTTTTATTGCTTTACCTTCTTTACGATTATTATATTTATTAGATGAAATTAATAACCCTATAATAACATTAAAAACAATTGGTAATCAATGATACTGAAGTTATGAATATTCAGATTTTTTAAATTTAGAATTTGATTCCTATATAATTCCTATAAATGAATCAAATTTAAATAACTTTCGTTTATTAGATGTTGATAATCGAGTTATTATTCCTATAAATTCACAAATTCGAATTCTTGTATCATCTACTGATGTTCTACATTCATGAACAATTCCATCACTTGGAGTAAAAATTGATGCCACACCTGGTCGTCTAAATCAAAGAAATTTTATAATTAATCGTTCAGGATTATATTATGGTCAATGTTCAGAAATTTGTGGAGCAAATCACAGATTTATACCAATTATTATTGAAAGAACTCCAATAAATATATTTATTAAATGAATTATTTCTATAAATATTTCAT
Boreus_westwoodi                 --------------TTTTTTCCCGATCAC-CAATAATTATTTTAATTATTATTACAATTTTAGTATTATTTATAATAATTTCTGTATTTTTTAATTTTTTTACAAATCGTTTTATTTTACAAAGTCAAAATATTGAAATTATTTGAACAATTTTACCCGCTTTAACCTTAATTTTTATTGCTTTACCTTCTTTACGATTATTATACTTATTAGATGAAATTAATAACCCAATAATAACCTTAAAAACAATTGGTAATCAATGATACTGAAGTTATGAATATTCAGATTTTTTAAACTTAGAATTTGATTCCTATATAATTCCTATAAATGAATCAAATTTAAATAACTTTCGTTTATTAGATGTAGACAATCGAATTATTATCCCTATAAATTCACAAATTCGAATTCTTGTATCTTCTACAGATGTTCTTCATTCATGAACAATTCCGTCCCTAGGAGTAAAAATTGATGCTACACCTGGACGACTAAATCAAAGAAATTTTATAATTAATCGTTCAGGATTATATTATGGCCAATGTTCAGAAATTTGTGGAGCAAATCATAGATTTATGCCAATTATTATTGAAAGAACTCCAATAAATATATTTATTAAATGAATTATTTCT-------------
Caurinus_dectes_larva.243109     TAGAACAGCTAACCTTTTTTCATGACCACACTATAATTATTTTAATTATTATTACAGTATTAGTAAGATATGTATTGATTTCTCTATTTTTAAACTCTTATACAAATCGTTATCTCCTCCAAAGCCAAGGAATCGAAATTATTTGAACTATTATGCCCGCTTTAACTTTAATCTTTATTGCTCTTCCTTCATTACGGTTATTATATATACTAGACGAAATTAATAATCCAAGTATTACTTTAAAAACAATAGGGAACCAATGATATTGAAATTATGAATACTCAGATTTTATCGACTTAGAATTTGATTCTTATATAATCCCTACAAATGATTTAGAGGCTGATAGATTTCGCTTATTAGAAGTCGATAATCGAATTATTCTCCCTATAAATACACAAGTCCGAATTTTAATCTCGGCGGCTGATGTTTTACACTCATGAACAATCCCTAGTTTAGGGGTAAAAGTAGACGCAACCCCCGGTCGATTAAATCAAACTAATTTTATAATTAATCGGCCAGGATTATTTTTTGGACAATGTTCTGAAATTTGTGGGGCAAATCATAGATTTATGCCAATTGTAATTGAAAGCGTTCCTACTAATATTTTTATTAAATGAATTATTAAAATAAATAATTCAT
Caurinus_dectes_larva.243110     TAGAACAGCTAACCTTTTTTCATGACCACACTATAATTATTTTAATTATTATTACAGTATTAGTAAGATATGTATTGATTTCTCTATTTTTAAACTCTTATACAAATCGTTATCTCCTCCAAAGCCAAGGAATCGAAATTATTTGAACTATTATGCCCGCTTTAACTTTAATCTTTATTGCTCTTCCTTCATTACGGTTATTATATATACTAGACGAAATTAATAATCCAAGTATTACTTTAAAAACAATAGGGAACCAATGATATTGAAATTATGAATACTCAGATTTTATCGACTTAGAATTTGATTCTTATATAATCCCTACAAATGATTTAGAGGCTGATAGATTTCGCTTATTAGAAGTCGATAATCGAATTATTCTCCCTATAAATACACAAGTCCGAATTTTAATCTCGGCGGCTGATGTTTTACACTCATGAACAATCCCTAGTTTAGGGGTAAAAGTAGACGCAACCCCCGGTCGATTAAATCAAACTAATTTTATAATTAATCGGCCAGGATTATTTTTTGGACAATGTTCTGAAATTTGTGGGGCAAATCATAGATTTATGCCAATTGTAATTGAAAGCGTTCCTACTAATATTTTTATTAAATGAATTATTAAAATAAATAATTCAT
Caurinus_dectes_larva.243111     TAGAACAGCTAACCTTTTTTCATGACCACACTATAATTATTTTAATTATTATTACAGTATTAGTAAGATATGTATTGATTTCTCTATTTTTAAACTCTTATACAAATCGTTATCTCCTCCAAAGCCAAGGAATCGAAATTATTTGAACTATTATGCCCGCTTTAACTTTAATCTTTATTGCTCTTCCTTCATTACGGTTATTATATATACTAGACGAAATTAATAATCCAAGTATTACTTTAAAAACAATAGGGAACCAATGATATTGAAATTATGAATACTCAGATTTTATCGACTTAGAATTTGATTCTTATATAATCCCTACAAATGATTTAGAGGCTGATAGATTTCGCTTATTAGAAGTCGATAATCGAATTATTCTCCCTATAAATACACAAGTCCGAATTTTAATCTCGGCGGCTGATGTTTTACACTCATGAACAATCCCTAGTTTAGGGGTAAAAGTAGACGCAACCCCCGGTCGATTAAATCAAACTAATTTTATAATTAATCGGCCAGGATTATTTTTTGGACAATGTTCTGAAATTTGTGGGGCAAATCATAGATTTATGCCAATTGTAATTGAAAGCGTTCCTACTAATATTTTTATTAAATGAATTATTAAAATAAATAATTCAT
Caurinus_dectes_larva.243112     TAGAACAGCTAACCTTTTTTCATGACCACACTATAATTATTTTAATTATTATTACAGTATTAGTAAGATATGTATTGATTTCTCTATTTTTAAACTCTTATACAAATCGTTATCTCCTCCAAAGCCAAGGAATCGAAATTATTTGAACTATTATGCCCGCTTTAACTTTAATCTTTATTGCTCTTCCTTCATTACGGTTATTATATATACTAGACGAAATTAATAATCCAAGTATTACTTTAAAAACAATAGGGAACCAATGATATTGAAATTATGAATACTCAGATTTTATCGACTTAGAATTTGATTCTTATATAATCCCTACAAATGATTTAGAGGCTGATAGATTTCGCTTATTAGAAGTCGATAATCGAATTATTCTCCCTATAAATACACAAGTCCGAATTTTAATCTCGGCGGCTGATGTTTTACACTCATGAACAATCCCTAGTTTAGGGGTAAAAGTAGACGCAACCCCCGGTCGATTAAATCAAACTAATTTTATAATTAATCGGCCAGGATTATTTTTTGGACAATGTTCTGAAATTTGTGGGGCAAATCATAGATTTATGCCAATTGTAATTGAAAGCGTTCCTACTAATATTTTTATTAAATGAATTATTAAAATAAATAATTCAT
Caurinus_dectes_larva.243113     TAGAACAGCTAACCTTTTTTCATGACCACACTATAATTATTTTAATTATTATTACAGTATTAGTAAGATATGTATTGATTTCTCTATTTTTAAACTCTTATACAAATCGTTATCTCCTCCAAAGCCAAGGAATCGAAATTATTTGAACTATTATGCCCGCTTTAACTTTAATCTTTATTGCTCTTCCTTCATTACGGTTATTATATATACTAGACGAAATTAATAATCCAAGTATTACTTTAAAAACAATAGGGAACCAATGATATTGAAATTATGAATACTCAGATTTTATCGACTTAGAATTTGATTCTTATATAATCCCTACAAATGATTTAGAGGCTGATAGATTTCGCTTATTAGAAGTCGATAATCGAATTATTCTCCCTATAAATACACAAGTCCGAATTTTAATCTCGGCGGCTGATGTTTTACACTCATGAACAATCCCTAGTTTAGGGGTAAAAGTAGACGCAACCCCCGGTCGATTAAATCAAACTAATTTTATAATTAATCGGCCAGGATTATTTTTTGGACAATGTTCTGAAATTTGTGGGGCAAATCATAGATTTATGCCAATTGTAATTGAAAGCGTTCCTACTAATATTTTTATTAAATGAATTATTAAAATAAATAATTCAT
Caurinus_dectes_larva.243114     TAGAACAGCTAACCTTTTTTCATGACCACACTATAATTATTTTAATTATTATTACAGTATTAGTAAGATATGTATTGATTTCTCTATTTTTAAACTCTTATACAAATCGTTATCTCCTCCAAAGCCAAGGAATCGAAATTATTTGAACTATTATGCCCGCTTTAACTTTAATCTTTATTGCTCTTCCTTCATTACGGTTATTATATATACTAGACGAAATTAATAATCCAAGTATTACTTTAAAAACAATAGGGAACCAATGATATTGAAATTATGAATACTCAGATTTTATCGACTTAGAATTTGATTCTTATATAATCCCTACAAATGATTTAGAGGCTGATAGATTTCGCTTATTAGAAGTCGATAATCGAATTATTCTCCCTATAAATACACAAGTCCGAATTTTAATCTCGGCGGCTGATGTTTTACACTCATGAACAATCCCTAGTTTAGGGGTAAAAGTAGACGCAACCCCCGGTCGATTAAATCAAACTAATTTTATAATTAATCGGCCAGGATTATTTTTTGGACAATGTTCTGAAATTTGTGGGGCAAATCATAGATTTATGCCAATTGTAATTGAAAGCGTTCCTACTAATATTTTTATTAAATGAATTATTAAAATAAATAATTCAT
Caurinus_dectes_larva.243115     TAGAACAGCTAACCTTTTTTCATGACCACACTATAATTATTTTAATTATTATTACAGTATTAGTAAGATATGTATTGATTTCTCTATTTTTAAACTCTTATACAAATCGTTATCTCCTCCAAAGCCAAGGAATCGAAATTATTTGAACTATTATGCCCGCTTTAACTTTAATCTTTATTGCTCTTCCTTCATTACGGTTATTATATATACTAGACGAAATTAATAATCCAAGTATTACTTTAAAAACAATAGGGAACCAATGATATTGAAATTATGAATACTCAGATTTTATCGACTTAGAATTTGATTCTTATATAATCCCTACAAATGATTTAGAGGCTGATAGATTTCGCTTATTAGAAGTCGATAATCGAATTATTCTCCCTATAAATACACAAGTCCGAATTTTAATCTCGGCGGCTGATGTTTTACACTCATGAACAATCCCTAGTTTAGGGGTAAAAGTAGACGCAACCCCCGGTCGATTAAATCAAACTAATTTTATAATTAATCGGCCAGGATTATTTTTTGGACAATGTTCTGAAATTTGTGGGGCAAATCATAGATTTATGCCAATTGTAATTGAAAGCGTTCCTACTAATATTTTTATTAAATGAATTATTAAAATAAATAATTCAT
Caurinus_tlagu_242222.COII       TAGAACAACTAACCTTTTTCCACGACCATACTATAATTATTTTAATTATTATTACAGTATTGGTAAGATATGTATTAATTTCTTTATTTTTAAATTCTTATACAAACCGTTATCTTCTCCAAAGCCAAGGAATCGAAATTATTTGAACTATTATGCCCGCTTTAACTTTAATCTTTATTGCCCTTCCTTCATTACGACTATTATATATACTAGACGAAATTAATAATCCAAGTATTACTTTAAAAACAATAGGAAACCAATGATATTGAAATTATGAATACTCAGATTTTATAGACTTAGAATTTGATTCTTATATAATCCCCACAAATGATTTAGAAACTAATAGATTTCGCTTATTAGAAGTCGATAATCGAATTATTCTTCCTATAAATACACAAGTCCGAATTTTAATTTCTGCGGCTGATGTTTTACATTCATGAACAGTCCCTAGACTAGGAGTAAAAGTAGACGCAACCCCGGGCCGATTAAACCAAACTAATTTTATAATTAATCGGCCAGGATTATTTTTCGGACAATGTTCTGAAATTTGCGGGGCAAATCATAGTTTTATGCCAATTGTAATTGAAAGCGTTCCCACTAATATTTTTATTAAATGAATTATTAAAATAAATAATTCAT
Caurinus_tlagu_242224.COII       TAGAACAACTAACCTTTTTCCACGACCATACTATAATTATTTTAATTATTATTACAGTATTGGTAAGATATGTATTAATTTCTTTATTTTTAAATTCTTATACAAACCGTTATCTTCTCCAAAGCCAAGGAATCGAAATTATTTGAACTATTATGCCCGCTTTAACTTTAATCTTTATTGCCCTTCCTTCATTACGACTATTATATATACTAGACGAAATTAATAATCCAAGTATTACTTTAAAAACAATAGGAAACCAATGATATTGAAATTATGAATACTCAGATTTTATAGACTTAGAATTTGATTCTTATATAATCCCCACAAATGATTTAGAAACTAATAGATTTCGCTTATTAGAAGTCGATAATCGAATTATTCTTCCTATAAATACACAAGTCCGAATTTTAATTTCTGCAGCTGATGTTTTACATTCATGAACAGTCCCTAGACTAGGAGTAAAAGTAGACGCAACCCCGGGCCGATTAAACCAAACTAATTTTATAATTAATCGGCCAGGATTATTTTTCGGACAATGTTCTGAAATTTGCGGGGCAAATCATAGTTTTATGCCAATTGTAATTGAAAGCGTTCCCACTAATATTTTTATTAAATGAATTATTAAAATAAATAATTCAT
Caurinus_tlagu_242225.COII       TAGAACAACTAACCTTTTTCCACGACCATACTATAATTATTTTAATTATTATTACAGTATTGGTAAGATATGTATTAATTTCTTTATTTTTAAATTCTTATACAAACCGTTATCTTCTCCAAAGCCAAGGAATCGAAATTATTTGAACTATTATGCCCGCTTTAACTTTAATCTTTATTGCCCTTCCTTCATTACGACTATTATATATACTAGACGAAATTAATAATCCAAGTATTACTTTAAAAACAATAGGAAACCAATGATATTGAAATTATGAATACTCAGATTTTATAGACTTAGAATTTGATTCTTATATAATCCCCACAAATGATTTAGAAACTAATAGATTTCGCTTATTAGAAGTCGATAATCGAATTATTCTTCCTATAAATACACAAGTCCGAATTTTAATTTCTGCAGCTGATGTTTTACATTCATGAACAGTCCCTAGACTAGGAGTAAAAGTAGACGCAACCCCGGGCCGATTAAACCAAACTAATTTTATAATTAATCGGCCAGGATTATTTTTCGGACAATGTTCTGAAATTTGCGGGGCAAATCATAGTTTTATGCCAATTGTAATTGAAAGCGTTCCCACTAATATTTTTATTAAATGAATTATTAAAATAAATAATTCAT
Caurinus_tlagu_242226.COII       TAGAACAACTAACCTTTTTCCACGACCATACTATAATTATTTTAATTATTATTACAGTATTGGTAAGATATGTATTAATTTCTTTATTTTTAAATTCTTATACAAACCGTTATCTTCTCCAAAGCCAAGGAATCGAAATTATTTGAACTATTATGCCCGCTTTAACTTTAATCTTTATTGCCCTTCCTTCATTACGACTATTATATATACTAGACGAAATTAATAATCCAAGTATTACTTTAAAAACAATAGGAAACCAATGATATTGAAATTATGAATACTCAGATTTTATAGACTTAGAATTTGATTCTTATATAATCCCCACAAATGATTTAGAAACTAATAGATTTCGCTTATTAGAAGTCGATAATCGAATTATTCTTCCTATAAATACACAAGTCCGAATTTTAATTTCTGCAGCTGATGTTTTACATTCATGAACAGTCCCTAGACTAGGAGTAAAAGTAGACGCAACCCCGGGCCGATTAAACCAAACTAATTTTATAATTAATCGGCCAGGATTATTTTTCGGACAATGTTCTGAAATTTGCGGGGCAAATCATAGTTTTATGCCAATTGTAATTGAAAGCGTTCCCACTAATATTTTTATTAAATGAATTATTAAAATAAATAATTCAT
;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Caurinus_COII) = 
		1: 3-639\3,
		2: 1-637\3,
		3: 2-638\3;
CODONPOSSET  CodonPositions (CHARACTERS = Caurinus_COII) = 
		1: 3-639\3,
		2: 1-637\3,
		3: 2-638\3;
END;
BEGIN TREES;
      TITLE Caurinus_11;
      LINK TAXA = Taxa1;
         TRANSLATE
            1    Boreus_hymalis_GB,
            2    Boreus_westwoodi,
            3    Caurinus_dectes_larva.243115,
            4    Caurinus_dectes_larva.243114,
            5    Caurinus_dectes_larva.243113,
            6    Caurinus_dectes_larva.243112,
            7    Caurinus_dectes_larva.243111,
            8    Caurinus_dectes_larva.243110,
            9    Caurinus_dectes_larva.243109,
            10   Caurinus_tlagu_242222.COII,
            11   Caurinus_tlagu_242224.COII,
            12   Caurinus_tlagu_242226.COII,
            13   Caurinus_tlagu_242225.COII;
      TREE con_50_majrule = [&R] (1:0.03334116059550182,2:0.0213341380545931,((3:0.00107470380731508,4:0.001071574636678833,5:0.001079071056854812,6:0.001044132388093642,7:0.001083879606692321,8:0.00109521089927336,9:0.001072612998716572):0.0304573673174269,(10:0.00148262304423377,(11:0.001114874773149482,12:0.001083131311049277,13:0.001122516406342109):0.002467880508359872):0.0408607286806195):0.5204653522971143);



END;