#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 22:10 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Huyse T., & Volckaert F. 2005. Comparing Host and Parasite Phylogenies: Gyrodactylus Flatworms Jumping from Goby to Goby. Systematic Biology, 54(5): 710-718. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1470] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=10; TAXLABELS Gyrodactylus_arcuatoides Gyrodactylus_arcuatus Gyrodactylus_branchialis_B Gyrodactylus_branchialis_V Gyrodactylus_flavescensis Gyrodactylus_gondae Gyrodactylus_ostendicus_B Gyrodactylus_ostendicus_V Gyrodactylus_rarus Gyrodactylus_sp. ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=9; TAXLABELS Gyrodactylus_arcuatus Gyrodactylus_cf._micropsi Gyrodactylus_cf._micropsi_1 Gyrodactylus_cf._micropsi_2 Gyrodactylus_cf.longidactylus Gyrodactylus_micropsi Gyrodactylus_rarus Gyrodactylus_rugiensis Gyrodactylus_rugiensoides ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=14; TAXLABELS Gyrodactylus_arcuatoides Gyrodactylus_arcuatus Gyrodactylus_branchialis Gyrodactylus_branchicus Gyrodactylus_cf._longidactylus Gyrodactylus_cf._micropsi_1 Gyrodactylus_cf._micropsi_2 Gyrodactylus_flavescensis Gyrodactylus_gondae Gyrodactylus_micropsi Gyrodactylus_ostendicus Gyrodactylus_rugiensis Gyrodactylus_rugiensoides Gyrodactylus_sp. ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa4; DIMENSIONS NTAX=8; TAXLABELS Gobius_paganellus Gobiusculus_flavescens Pomatoschistus_lozanoi Pomatoschistus_marmoratus Pomatoschistus_microps Pomatoschistus_minutus Pomatoschistus_norvegicus Pomatoschistus_pictus ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1035] TITLE All_Parasites_SOAP_alignment; LINK TAXA = Taxa3; DIMENSIONS NCHAR=678; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Gyrodactylus_arcuatoides 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AGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAATTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTTCTGTGTTTGGGTTCTGCTTGGGTATATCTGAGCCGAATCTTCCAGCTGTGTCTGCATAGGGTTTCGGCCTTGTGTGGATAGTTTCGTTGTGCGTGGACTTCC-TCACGGGGGCCTCCGTTACTATACGCTGTAATGCCTTTAATCGGGTGT-CAGTGTGGACAGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCTTCAACTCCATGTGGTGGATCACTCGGCTCACGTATCGATGAAGAGTGCAGCAAACTGTGTTAACCAATGTGAAACGCAAACTGCTCCGATCATCGGTCTCTCGAACGCAAATGGCGGCTAAGGGCTTGCTCTTAGCCACGTTCGATCGAGTGTCGGCCTTTTACCTATCGTAACGCTTAATTAGTTGCGGATTGGGAAGCATACCATGGCTACGAGGTTT-CTTGTTGACTAAAGACCTTTATACACGTTGGCGGTTTGAGTGTTAGTGC-TGTAGTTCTAGTGGTTCTTCCTTAATTGTATGGGTAGTATTGTTGCATAC-TTAATGCTCTGCACAGGGTGCGTGGCTTAGT-CTTTGTAACGCTGTACTGCTGTAGATTTATGTAGCATACCC Gyrodactylus_sp. 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1033] TITLE Gill_Parasites; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1102; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Gyrodactylus_arcuatoides CCGCGCAACCGTTCAGGTTGCATGTGTATCATATACGTGGTGCGTAAGGATCTTGCTGGTAGTCTTCGTTCATGAACTGGTAATGCCCATGAACGGCA-GGTCTGACTACCGGCAAGGTGCTACGGCAACTTAGCACTCAC-GCGGTATTACTACCTCTTGTATTT--CCACTGTGGTT-CT-TCATGTTCCACTCTCGGTAGCTGGATCGTCTTCGGACTTTCCTTTGTACCGGTAGGCGCCCCTCGGGGAAGAAGCTTTCTTTTATTATTTACCTATCGCAAAACTTAATTATTTGCGGATTGGGAAGCATACCATGGCTACGCGCTTAAACTGTCCAGTTGCGCGCATACTCAGGGTCACCTGGGGGTG-GTTGGCTGCCTAGGGTTTTAACGAACTTTACG-----TTAACCCTACGGCTTCCACCACCTATGCTCAATACT--GGGGTTCTTGGCTTGCCTTGAACTTACAGACC-CCCCGTTAAACTCGAACATTTACGGTGCAA-TGGGGGTGTAGTAGCTCTAGTGGTTCTTCCTTAATAACATGAGCAGTACCGTTATGTACGTTAATGACTTGCTCTACACAGGGTGTGTGGCTTAGTGTAAACTTTGTAACGCTGTACTGATGTAGAACTAGTTGTGCATAACTTGTTCATTTATTCAATTGTTTGGAGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAATTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTTCTGGCCTGGGATATCGTGATTTATTCAGGCCGAATCTTCCAGCTGTGTCTGTGTGGTACCTCGGTACTACATAGATAGTGTCGTCGTCTGCGATTGCCTCACGGCTTTCCAGCCTCGACATTATGCACTGCTATGCCTTTAACTGGGTGTACAGTGTGGACAGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCAACTGTATGTGGTGGATCACTCGGCTCACGTATCGATGAAGAGTGCAGCAAACTGTGTTAACCAATGTGAAACGCAGACTGCTTCGATCATCGGTCTCTCGAACGCAAATGGCGGCTTTGGGCTTGCCCTTAGCCACGTTTGATCGAGTGTCGGC Gyrodactylus_arcuatus CCGCGCAGCCATCCAGGTTGCATGTGTATCATATACGTGGTGCGTAAGGATCTTGCTGGTAGTCTTCGTTCATGAACTGGTAATGCCCATGAACGGTT-GGTCTGACTACCGGCAAGGTGCTACGGCAACTTAGCACTCAC-GCGGTATTACTACCCTTTGTATAT--CCACTGTGGTT-CC-TCGTGTTCCACGCTCGCTGGCTGGTTCGTCCTCGGACTTACCTTCTCAACGGTTGGCGCCCCTCGGGGAAGTAGCCTTCGATAATTATTTACCTATCGCGCAACTTAATTCTGCGTGGATTGGGAAGTTTACCATGGCTACGCGCTTAAACTGTCCAGTTGCGGGCATACCCAGGTTCGCCTGGGGGTG-GGTGGTGGTCTAGGGTTTCAACGAACTTTACG-----TTAACCCTA-GGCTATCCCCGCCTATGTCCAATGCT--GGGGTTCTCGGCTTGCCTTGAACTTACAGACC-CCCCGTTTGACTCGAACATA-ACGGTCCTA-TGGGGGTGGAGTAGCTCTAGTGGTTCTTCCTTAATAACATGAGCAGTACCGTTATGTACGTTAATGACTTGCTCTACACAGGGTGTGTGGCTTAGTGTAAACTTTGTAACGCTGTACTGATGTAGAACTAGTTGTGCATAGCTTGTTCATTTATTCAATAGTTTGGAGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAATTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTTCTGGTCTGGGATACCGTGGTTTATCCAGGCAGAATCTTCCAGCTGTGTCTGTGTGGTACTTCGGTACTGCATAGATAGTGCAGTTGTCTGCGCTTGCCTCACGGCTTGCCAGCTTCGGCACTATGCACTGTTATGCCTTTAACTGGGTGTACAGTGTGGACAGCACGTTTACTTTAAACAAATTTGAGTGCAACTGTATGTGGTGGATCACTCGGCTCACGTATCGATGAAGAGTGCAGCAAACTGTGTTAACCAATGTGAAACGCAGACTGCTTCGATCATCGGTCTCTCGAACGCAAATGGCGGCTTTGGGCTTGCCCTTAGCCACGTTTGATCGAGTGTCGGC Gyrodactylus_branchialis_B CCGCGCAACCGTTCAGGTTGCATGTGTATCATATACGTGGTGCGTAAGGATCTTGCTGGTAGTCTTCGTTCATGAACTGGTAATGCCCATGAACGGCA-GGTCTGACTACCGGCAAGGTGCTACGGCAACTTAGCACTCAC-GCGGTATTACTACCTCTTGTATTT--CCACTGTGGTT-CT-TCATGTTCCACTCTCGGTAGCTGGATCGTCTTCGGACTTTCCTTTGTACCGGTAGGCGCCCCTCGGGGAAGAAGCTTTCTTTTATTATTTACCTATCGCAAAACTTAATTATTTGCGGATTGGGAAGCATACCATGGCTACGCGCTTAAACTGTCCAGTTGCGCGCATACTCAGGGTCACCTGGGGGTG-GTTGGCTGCCTAGGGTTTCAACGAACTTTACG-----TTAACCCTACGGCTTCCACCACCTATGCTCAATACT--GGGGTTCTTGGCTTGCCTTGAACTTACAGACC-CCCCGTTAAACTCGAACATTTACGGTGCAA-TGGGGGTGTAGTAGCTCTAGTGGTTCTTCCTTAATAACATGAGCAGTACCGTTATGTACGTTAATGACTTGCTCTACACAGGGTGTGTGGCTTAGTGTAAACTTTGTAACGCTGTACTGATGTAGAACTTGTTGTGCATAGCTTGTTCATTTATTCAATTGTTTGGAGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAATTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTTCTGGCCTGGGATATCGTGATTTATTCAGGCCGAATCTTCCAGCTGTGTCTGTGTGGTGCCTCGGTACTACATAGATAGTGTCGTCGTCTGCGATAGCCTCACGGCTTTCCAGCCTCGACACTATGCACTGCTATGCCTTTAACTGGGTGTACAGTGTGGACAGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCAACTGTATGTGGTGGATCACTCGGCTCACGTATCGATGAAGAGTGCAGCAAACTGTGTTAACCAATGTGAAACGCAGACTGCTTCGATCATCGGTCTCTCGAACGCAAATGGCGGCTTTGGGCTTGCCCTTAGCCACGTTTGATCGAGTGTCGGC Gyrodactylus_branchialis_V 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Gyrodactylus_flavescensis 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Gyrodactylus_rugiensoides TTGCTCTCCACTGTCATTTAGATGGTTGACCTATTAAAA---CCCTTTGATGTGAACTGGTACTCTTTCCAAGCTAAAATTGTAACGACTAGCTTTGGTATGGTCTGTGTATCGGTTGGCTACGGCCACACTCACTGCGG-TTC--CGTTGTTACTAAAACTTTAATTCTACTTT-TGTGGTT-CGATTGCGAACTACTCTCTCT-GCTCCGCCTTCTTCGGATGTATGCGGTTGTGGGGGTTGGCGCCCCGTAAAAAGGGAAGAAGCTTTCTTT-ATTATTTACCTATCGTAACGCTTAATTAGTTGCGGATTGGGAAGCATACCATGGCTACGAGGTTTCTTGTTGTTGAAAGTCGGGACTTTTGGTATTTTCGCCTTTGG-TGGTTTACCTTGAGTAGCTTTGATTGAGAAATGTGAT---CTTTTCTCTTGATTGGTTTTCCCTGATTATTAGGCA----GGTCATTGAGCATTTATGTTTAATGACTAAAGACCTTTCGCTCATACACGC-TGTTGGCGGTTTGAGTGTTAGTGCTGTAGTTCTAGTGGTTCTTCCTTAATTGTATGGGTAGTATTGTTGCATAC-TTAATAGTCTGCTCTGCACAGGGTGCGTGGCTTAGTTCG--CTTTGTAACGCTGTACTGCTGTAGTTTAGATTAGTATGTAGCATACCCTTATA----AAAACTGGGAGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAATTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTTCTGTGTTTGG-GTTCTGCGGTATATCTGAGCCGAATCTTCCAGCTGTGTCTGCATAGGGTTTCGGCCTTGTGTGGATAGTTTCGTTGTGCGTGGACTTCC-TCACGGGGTTCTGCCTCCGTTACTATACGCTGTAATGCCTTTAATCGGGTGT-CAGTGTGGACAGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCAACTCCATGTGGTGGATCACTCGGCTCACGTATCGATGAAGAGTGCAGCAAACTGTGTTAACCAATGTGAAACGCAAACTGCTCCGATCATCGGTCTCTCGAACGCAAATGGCGGCTAAGGGCTTGCTCTTAGCCACGTTCGATCGAGTGTCGGC 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1032] TITLE Host_12S_16S; LINK TAXA = Taxa4; DIMENSIONS NCHAR=786; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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TRANSLATE 1 Gyrodactylus_arcuatoides, 2 Gyrodactylus_arcuatus, 3 Gyrodactylus_branchialis, 4 Gyrodactylus_branchicus, 5 Gyrodactylus_cf._longidactylus, 6 Gyrodactylus_cf._micropsi_1, 7 Gyrodactylus_cf._micropsi_2, 8 Gyrodactylus_flavescensis, 9 Gyrodactylus_gondae, 10 Gyrodactylus_micropsi, 11 Gyrodactylus_ostendicus, 12 Gyrodactylus_rugiensis, 13 Gyrodactylus_rugiensoides, 14 Gyrodactylus_sp.; TREE All_Parasites = [&R] (((12,13),(5,(7,(10,6)))),4,2,(11,(8,(9,((14,1),3))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7621; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Gyrodactylus_arcuatus, 2 Gyrodactylus_rarus, 3 Gyrodactylus_cf._micropsi_1, 4 Gyrodactylus_cf._micropsi, 5 Gyrodactylus_micropsi, 6 Gyrodactylus_cf._micropsi_2, 7 Gyrodactylus_cf.longidactylus, 8 Gyrodactylus_rugiensis, 9 Gyrodactylus_rugiensoides; TREE Fin_Parasites = [&R] (1,(2,(((((5,3),4),6),7),(8,9)))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7623; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Gyrodactylus_ostendicus_B, 2 Gyrodactylus_ostendicus_V, 3 Gyrodactylus_arcuatoides, 4 Gyrodactylus_sp., 5 Gyrodactylus_branchialis_B, 6 Gyrodactylus_branchialis_V, 7 Gyrodactylus_gondae, 8 Gyrodactylus_flavescensis, 9 Gyrodactylus_arcuatus, 10 Gyrodactylus_rarus; TREE Gill_Parasites = [&R] (9,(10,((1,2),(8,(7,(4,(3,(6,5)))))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7624; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Pomatoschistus_marmoratus, 2 Pomatoschistus_microps, 3 Pomatoschistus_minutus, 4 Pomatoschistus_norvegicus, 5 Pomatoschistus_lozanoi, 6 Pomatoschistus_pictus, 7 Gobiusculus_flavescens, 8 Gobius_paganellus; TREE Fig._1.2 = [&R] (8,((6,7),((4,(3,5)),(2,1)))); TREE Fig._1.3 = [&R] (8,((6,7),((5,(4,3)),(2,1)))); TREE Fig._1.1 = [&R] (8,((6,7),((3,(4,5)),(2,1)))); END;