#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 3:40 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Groff P.A., Hale A.M., & Whitlock B. 2014. Chloroplast lineages in disjunct western North American populations of Swertia perennis (Gentianaceae). Systematic Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S14747] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=49; TAXLABELS Comastoma_tenellum.07.OR.5.A2 Frasera_albicaulis.07.NV.2.A1 Frasera_caroliniensis.09.GA.1.B1 Frasera_montana.08.ID.12.A1 Frasera_puberulenta.08.CA.4.A1 Frasera_speciosa.07.OR.4.A1 Frasera_speciosa.08.CA.5.A1 Gentianella_amarella.06.1A.SB.inverted Gentianella_heterosepala.15940.inverted Lomatogonium_rotatum.08.UT.212.A1 Swertia_obtusa.BGBM.133 Swertia_obtusa.BGBM.325 Swertia_perennis.07.OR.3.A.1 Swertia_perennis.08.AZ.7.A1 Swertia_perennis.08.AZ.8.A1 Swertia_perennis.08.CA.6.A1 Swertia_perennis.08.CA.6.B2 Swertia_perennis.08.CO.109.A1 Swertia_perennis.08.CO.109.A2 Swertia_perennis.08.CO.119.A1 Swertia_perennis.08.CO.125.A1 Swertia_perennis.08.CO.142.A1 Swertia_perennis.08.CO.142.A2 Swertia_perennis.08.CO.154.A1 Swertia_perennis.08.CO.156.A1 Swertia_perennis.08.CO.156.A2 Swertia_perennis.08.ID.1.A1 Swertia_perennis.08.ID.13.A1 Swertia_perennis.08.ID.3.A1 Swertia_perennis.08.ID.7.A1 Swertia_perennis.08.MT.13.A1 Swertia_perennis.08.MT.16.A1 Swertia_perennis.08.NM.4.A1 Swertia_perennis.08.NM.4.A2 Swertia_perennis.08.NV.107.A1 Swertia_perennis.08.NV.107.A2 Swertia_perennis.08.UT.209.A1 Swertia_perennis.08.UT.214.A1 Swertia_perennis.08.UT.227.A1 Swertia_perennis.08.UT.231.A1 Swertia_perennis.08.UT.3.A1 Swertia_perennis.08.UT.4.A1 Swertia_perennis.08.WY.2.A1 Swertia_perennis.Coss.730 Swertia_perennis.Cronquist.8097 Swertia_perennis.Glenn.885 Swertia_perennis.Groff.sn.ALA Swertia_perennis.Groff.sn.CO Swertia_perennis.Muller.5462 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=56; TAXLABELS Comastoma_tenellum.07.OR.5.A2 Frasera_albicaulis.07.NV.2.A1 Frasera_caroliniensis.09.GA.1.B1 Frasera_montana.08.ID.12.A1 Frasera_puberulenta.08.CA.4.A1 Frasera_speciosa.07.OR.4.A1 Frasera_speciosa.08.CA.5.A1 Gentianella_amarella.06.1A.SB Gentianella_heterosepala.Higgins15940 Lomatogonium_rotatum.08.UT.212.A1 Swertia_angustifolia.AJ315203 Swertia_calycina.AJ315206.AJ315252 Swertia_cordata.AJ315209.AJ315255 Swertia_obtusa.BGBM.133 Swertia_obtusa.BGBM.325 Swertia_perennis.07.OR.3.A.1 Swertia_perennis.08.AZ.7.A1 Swertia_perennis.08.AZ.8.A1 Swertia_perennis.08.CA.6.A1 Swertia_perennis.08.CA.6.B2 Swertia_perennis.08.CO.109.A1 Swertia_perennis.08.CO.109.A2 Swertia_perennis.08.CO.119.A1 Swertia_perennis.08.CO.125.A1 Swertia_perennis.08.CO.142.A1 Swertia_perennis.08.CO.142.A2 Swertia_perennis.08.CO.154.A1 Swertia_perennis.08.CO.156.A1 Swertia_perennis.08.CO.156.A2 Swertia_perennis.08.ID.1.A1 Swertia_perennis.08.ID.13.A1 Swertia_perennis.08.ID.3.A1 Swertia_perennis.08.ID.7.A1 Swertia_perennis.08.MT.13.A1 Swertia_perennis.08.MT.16.A1 Swertia_perennis.08.NM.4.A1 Swertia_perennis.08.NM.4.A2 Swertia_perennis.08.NV.107.A1 Swertia_perennis.08.NV.107.A2 Swertia_perennis.08.UT.209.A1 Swertia_perennis.08.UT.214.A1 Swertia_perennis.08.UT.227.A1 Swertia_perennis.08.UT.231.A1 Swertia_perennis.08.UT.3.A1 Swertia_perennis.08.UT.4.A1 Swertia_perennis.08.WY.2.A1 Swertia_perennis.AJ315218.AJ315264 Swertia_perennis.AJ580516 Swertia_perennis.AY255695.AY251774 Swertia_perennis.Coss.730 Swertia_perennis.Cronquist.8097 Swertia_perennis.Glenn.885 Swertia_perennis.Groff.sn.ALA Swertia_perennis.Groff.sn.CO Swertia_perennis.Muller.5462 Swertia_perennis.X75708.X76824 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M21295] TITLE Swertia_trnLFtrnH; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1562; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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. . ] Comastoma_tenellum.07.OR.5.A2 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Frasera_speciosa.08.CA.5.A1 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Gentianella_amarella.06.1A.SB.inverted 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Gentianella_heterosepala.15940.inverted 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Swertia_perennis.Groff.sn.CO 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Swertia_perennis.Muller.5462 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Lomatogonium_rotatum.08.UT.212.A1 GGAAACCTACTAAGTGCTAATTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAATAAAAGGGGCAATCCTGAGCCAAATCCTA:::::::::::::::::AAAAAG:AAAAAGAAA::::::GGCTCAGAAAGAAAAAAA::GGATAGGTGCAGAGACTCAACGGAAGCTGTTCTAACAAATGGAGTTGATTGCGTTGGTAAAGAAACCTTTTCACCAAAAATTCCGAAAGGATGAAAAAGAAAGGTATAT::::::ACAAACTGTATCAAATGATTCACCCGCAGCCTGTGGATCTTTTCACGAAATGATTTGATTAATCGGACGAGAATAAAGAGAGAGTCCCGTTCTGCATGTCAATGCCGACAACAATGAAATTTATAGTGAGAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAAAAGCCTATTTGACCTCCCCGACCCTTTT:::::::GCTTATCCACCTTTTT:::::GTTTTGTTCGAGGTTGAAAATTCCTGATGTACCCGCCCTAT:TCT:::::::::AT:ATTCTATTCGTAGTT::::::GATTCGTTTATAAATAGATCTGGGCAGAAATGTTTAATACTATATAATAGTATA:::::::::::::::::::TAGAAATGAACATCTTTGATAAAAAGATAAAAAAACTCGATTTGAACGAAATCGGTACCATTCCTCATACTGAAATTTATAAAGTTTTTTAAGACCCAAGAGCTTCTAGGACCTAGATAAAACTTT:GTAACCTTCTTGC::::GTACTGTTAATTGACAAAGACCCCATCCT:::::::CTAATAAAATAAGGATGCTACATTGGGACTGGTCGGGATAGCTCAGCTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCC????CA?AAC?AAAACAAAAAAACCAAAA Swertia_angustifolia.AJ315203 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Swertia_perennis.Groff.sn.ALA GGAAACCTACTAAGTGCTAATTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAATAAAAAGGGCAATCCTGAGCCAAATCCTATTTTTC::::::::::AAAAAAGCAAAAAGAAAAGA:ACGGCTCA::::GAAAAAAAA:GGATAGGTGCAGAGACTCAACGGAAGCTGTTCTAACAAATGGAGTTGATTGCGTTGGTAAAGAAACCTTTTCACCAAAAATTCCGAAAGGATGAAAAAGAAAGGTATAT::::::ACAGACTGTATCAAATGATTCACCCACAGCTTGTAGATCTTTTCACGAAATGATT:::::AATCGTACGAGAATAAAGAGAGAGTCCCGTTCTGCATGTCAATGCCGACAACAATGAAATTTATAGTGAGAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAAAAGCCTATTTTACTTCCCCGACCCTTTT:::::::GCTTATCCACCTTTTT:::::GTTTTGTTAGAGGTTGAAAATTCCTGATGGACCCGCCCTAT:TCT:::::::::ATGATTCTATTTGTATTT::::::GATTCATTTCTAAATAGATCTGGGCAGAAATACCTTTCTCTTTAGAATAGTATA:::::::::::::::::::TAAAAATGAACATCTTTGAGAAAAA:::::::::ACCCCATTTGAACGAAATCGGTACCATTCCTCATACTTAAATTTACAAAGTTTTTTAAGACCCAAGAGCTTCTAGGACCTAGATAAAACTTT:GTAACCTTCTTGC::::GTACTGTTAATTGACAAAGACCCCATCCT:::::::CTAATAAAATAAGGATGCTACATTGGGACTGGTCGGGATAGCTCAGCTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCAAAAAACACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Swertia_perennis.Groff.sn.CO GGAAACCTACTAAGTGCTAATTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAATAAAAAGGGCAATCCTGAGCCAAATCCTATTTTTC::::::::::AAAAAAGCAAAAAGAAAAGA:ACGGCTCA::::GAAAAAAAA:GGATAGGTGCAGAGACTCAACGGAAGCTGTTCTAACAAATGGAGTTGATTGCGTTGGTAAAGAAACCTTTTCACCAAAAATTCCGAAAGGATGAAAAAGAAAGGTATAT::::::ACAGACTGTATCAAATGATTCACCCACAGCTTGTAGATCTTTTCACGAAATGATT:::::AATCGTACGAGAATAAAGAGAGAGTCCCGTTCTGCATGTCAATGCCGACAACAATGAAATTTATAGTGAGAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAAAAGCCTATTTTACTTCCCCGACCCTTTT:::::::GCTTATCCACCTTTTT:::::GTTTTGTTAGAGGTTGAAAATTCCTGATGGACCCGCCCTAT:TCT:::::::::ATGATTCTATTTGTATTT::::::GATTCATTTCTAAATAGATCTGGGCAGAAATACCTTTCTCTTTAGAATAGTATA:::::::::::::::::::TAAAAATGAACATCTTTGAGAAAAA:::::::::ACCCCATTTGAACGAAATCGGTACCATTCCTCATACTTAAATTTACAAAGTTTTTTAAGACCCAAGAGCTTCTAGGACCTAGATAAAACTTT:GTAACCTTCTTGC::::GTACTGTTAATTGACAAAGACCCCATCCT:::::::CTAATAAAATAAGGATGCTACATTGGGACTGGTCGGGATAG??????????????????????????????AAAAAACACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Swertia_perennis.Muller.5462 GGAAACCTACTAAGTGCTAATTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAATAAAAAGGGCAATCCTGAGCCAAATCCTATTTTTC::::::::::AAAAAAGCAAAAAGAAAAGA:ACGGCTCA::::GAAAAAAAA:GGATAGGTGCAGAGACTCAACGGAAGCTGTTCTAACAAATGGAGTTGATTGCGTTGGTAAAGAAACCTTTTCACCAAAAATTCCGAAAGGATGAAAAAGAAAGGTATAT::::::ACAGACTGTATCAAATGATTCACCCACAGCTTGTAGATCTTTTCACGAAATGATT:::::AATCGTACGAGAATAAAGAGAGAGTCCCGTTCTGCATGTCAATGCCGACAACAATGAAATTTATAGTGAGAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AAAAAACACAAAAAAAA????????????? Swertia_perennis.X75708.X76824 GGAAACCTACTAAGTGATAATTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAATAAAAAGGGCAATCCTGAGCCAAATCCTATTTTTC::::::::::AAAAAAGCAAAAAGAAAAGAGACGGCTCA::::GAAAAAAAA:GGATAGGTGCAGAGACTCAACGGAAGCTGTTCTAACAAA:GGAGTTGATTGCGTTGGTAAAGAAACCTTTTCACCAAAAATTCCGAAAGGATGAAAAAGAAAGGTATAT::::::ACAGACTGTATCAAATGATTCACCCACAGCTTGTAGATCTTTTCACGAAATGATT:::::AATCGTACGAGAATAAAGAGAGAGTCCCGTTCTGCATGTCAATGCCGACAACAATGAAATTTATAGTGAGAGG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AGATCTGGGCAGAAATACCTTTCTCTTTAGAATAGTATA:::::::::::::::::::TAAAAATGAACATCTTTGAGAAAAA:::::::::ACCCCATTTGAACGAAATCGGTACCATTCCTCATACTTAAATTTACAAAGTTTTTTAAGACCCAAGAGCTTCTAGGACCTAGATAAAACTTTTGTAACCTTCTTGC::::GTACTGTTAATTGACAAAGACCCCATCCT:::::::CTAATAAAATAAGGATGCTACGTTGG?????????????????????????????????????????????AAAAAACCCAAAACAAA????????AACAA ; END; BEGIN SETS; CHARSET trnLFindels (CHARACTERS = Swertia_trnLF) = 897-926; CHARSET trnLF (CHARACTERS = Swertia_trnLF) = 1-896; END; BEGIN TREES; TITLE Groff_Swertia_trnLF; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Swertia_obtusa.BGBM.133, 2 Swertia_obtusa.BGBM.325, 3 Swertia_perennis.Groff.sn.ALA, 4 Swertia_perennis.Muller.5462, 5 Swertia_perennis.07.OR.3.A.1, 6 Swertia_perennis.08.NV.107.A1, 7 Swertia_perennis.08.NV.107.A2, 8 Swertia_perennis.08.NM.4.A1, 9 Swertia_perennis.08.NM.4.A2, 10 Swertia_perennis.08.AZ.7.A1, 11 Swertia_perennis.08.AZ.8.A1, 12 Swertia_perennis.Groff.sn.CO, 13 Swertia_perennis.08.CO.109.A1, 14 Swertia_perennis.08.CO.109.A2, 15 Swertia_perennis.08.CO.119.A1, 16 Swertia_perennis.08.CO.125.A1, 17 Swertia_perennis.08.CO.156.A1, 18 Swertia_perennis.08.CO.156.A2, 19 Swertia_perennis.08.CO.142.A1, 20 Swertia_perennis.08.CO.142.A2, 21 Swertia_perennis.08.CO.154.A1, 22 Swertia_perennis.08.ID.1.A1, 23 Swertia_perennis.08.ID.13.A1, 24 Swertia_perennis.08.ID.3.A1, 25 Swertia_perennis.08.ID.7.A1, 26 Swertia_perennis.08.MT.13.A1, 27 Swertia_perennis.08.MT.16.A1, 28 Swertia_perennis.Cronquist.8097, 29 Swertia_perennis.08.WY.2.A1, 30 Swertia_perennis.08.UT.209.A1, 31 Swertia_perennis.08.UT.214.A1, 32 Swertia_perennis.08.UT.227.A1, 33 Swertia_perennis.08.UT.3.A1, 34 Swertia_perennis.08.UT.4.A1, 35 Swertia_perennis.08.UT.231.A1, 36 Swertia_perennis.Glenn.885, 37 Swertia_perennis.Coss.730, 38 Swertia_perennis.08.CA.6.A1, 39 Swertia_perennis.08.CA.6.B2, 40 Swertia_perennis.AJ580516, 41 Swertia_perennis.X75708.X76824, 42 Swertia_perennis.AJ315218.AJ315264, 43 Swertia_perennis.AY255695.AY251774, 44 Swertia_angustifolia.AJ315203, 45 Swertia_calycina.AJ315206.AJ315252, 46 Swertia_cordata.AJ315209.AJ315255, 47 Comastoma_tenellum.07.OR.5.A2, 48 Frasera_albicaulis.07.NV.2.A1, 49 Frasera_caroliniensis.09.GA.1.B1, 50 Frasera_montana.08.ID.12.A1, 51 Frasera_puberulenta.08.CA.4.A1, 52 Frasera_speciosa.07.OR.4.A1, 53 Frasera_speciosa.08.CA.5.A1, 54 Gentianella_amarella.06.1A.SB, 55 Gentianella_heterosepala.Higgins15940, 56 Lomatogonium_rotatum.08.UT.212.A1; TREE Fig._1 = [&R] ((((47,56),(55,54)),(49,((53,52),(51,(50,48))))),((44,46),(45,((40,(41,(42,43))),(39,38,36,37),21,(24,23,22,25,26,27,28,30,31,32,35,33,34,29),(1,3,12,4,2,5,10,11,13,14,15,16,19,20,17,18,9,6,7,8))))); END; BEGIN TREES; TITLE Groff_Swertia_trnLF_trnH; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Swertia_obtusa.BGBM.133, 2 Swertia_obtusa.BGBM.325, 3 Swertia_perennis.Groff.sn.ALA, 4 Swertia_perennis.Muller.5462, 5 Swertia_perennis.07.OR.3.A.1, 6 Swertia_perennis.08.NV.107.A1, 7 Swertia_perennis.08.NV.107.A2, 8 Swertia_perennis.08.NM.4.A1, 9 Swertia_perennis.08.NM.4.A2, 10 Swertia_perennis.08.AZ.7.A1, 11 Swertia_perennis.08.AZ.8.A1, 12 Swertia_perennis.Groff.sn.CO, 13 Swertia_perennis.08.CO.109.A1, 14 Swertia_perennis.08.CO.109.A2, 15 Swertia_perennis.08.CO.119.A1, 16 Swertia_perennis.08.CO.125.A1, 17 Swertia_perennis.08.CO.156.A1, 18 Swertia_perennis.08.CO.156.A2, 19 Swertia_perennis.08.CO.142.A1, 20 Swertia_perennis.08.CO.142.A2, 21 Swertia_perennis.08.CO.154.A1, 22 Swertia_perennis.08.ID.1.A1, 23 Swertia_perennis.08.ID.13.A1, 24 Swertia_perennis.08.ID.3.A1, 25 Swertia_perennis.08.ID.7.A1, 26 Swertia_perennis.Cronquist.8097, 27 Swertia_perennis.08.MT.13.A1, 28 Swertia_perennis.08.MT.16.A1, 29 Swertia_perennis.08.WY.2.A1, 30 Swertia_perennis.08.UT.209.A1, 31 Swertia_perennis.08.UT.214.A1, 32 Swertia_perennis.08.UT.227.A1, 33 Swertia_perennis.08.UT.3.A1, 34 Swertia_perennis.08.UT.4.A1, 35 Swertia_perennis.08.UT.231.A1, 36 Swertia_perennis.Glenn.885, 37 Swertia_perennis.Coss.730, 38 Swertia_perennis.08.CA.6.A1, 39 Swertia_perennis.08.CA.6.B2, 40 Comastoma_tenellum.07.OR.5.A2, 41 Frasera_albicaulis.07.NV.2.A1, 42 Frasera_caroliniensis.09.GA.1.B1, 43 Frasera_montana.08.ID.12.A1, 44 Frasera_puberulenta.08.CA.4.A1, 45 Frasera_speciosa.07.OR.4.A1, 46 Frasera_speciosa.08.CA.5.A1, 47 Gentianella_amarella.06.1A.SB.inverted, 48 Gentianella_heterosepala.15940.inverted, 49 Lomatogonium_rotatum.08.UT.212.A1; TREE Fig._2 = [&R] ((((47,48),(40,49)),(42,((45,46),(44,(41,43))))),((1,2),(21,(19,20)),(13,11,10,14,15,16,17,18,8,9,12),((39,38,37),36),((25,(24,23,22)),((29,34,26,33,32,31,30,28,27),35)),((3,5,6,7),4))); END;