#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 20, 2024; 0:31 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Beati L., Nava S., Burkman E.J., Barros-battesti D., Labruna M.B., Guglielmone A.A., Caceres A.G., Guzman-cornejo C., Leon R., Durden L., & Faccini J.L. 2013. Amblyomma cajennense (Fabricius, 1787) (Acari: Ixodidae), the Cayenne tick: phylogeography and evidence for allopatric speciation. BMC Evolutionary Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S14894] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=29; TAXLABELS 'Amblyomma americanum_AMAME' 'Amblyomma cajennens_FGF_NE' 'Amblyomma cajennense_FGA_NE' 'Amblyomma cajennense_FGE_NE' 'Amblyomma cajennense_RO10_NE' Amblyomma_imitator_AMIMIb 'Amblyomma interandinum_PE68_PE' 'Amblyomma interandinum_PE77_PE' 'Amblyomma interandinum_PE90_PE' 'Amblyomma mixtum_CRVIIIA_NW' 'Amblyomma mixtum_EC18_NW' 'Amblyomma mixtum_EC6_NW' 'Amblyomma mixtum_EC76_NW' 'Amblyomma mixtum_ME04_NW' 'Amblyomma mixtum_ME06_NW' 'Amblyomma mixtum_TX01_NW' 'Amblyomma patinoi_CO05_CO' 'Amblyomma patinoi_COM_CO' 'Amblyomma sculptum_AR09_EA' 'Amblyomma sculptum_AR10_EA' 'Amblyomma sculptum_AR12_EA' 'Amblyomma sculptum_AR13_EA' 'Amblyomma sculptum_AR15_EA' 'Amblyomma sculptum_BRMaG122954_EA' 'Amblyomma sculptum_BRMaG122965_EA' 'Amblyomma sculptum_BRSAF5_EA' 'Amblyomma tonelliae_AR02_AR' 'Amblyomma tonelliae_AR05_AR' 'Amblyomma tonelliae_AR06_AR' ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=34; TAXLABELS Amblyomma_americanum_AMAME Amblyomma_cajennense_FGA_NE Amblyomma_cajennense_FGE_NE Amblyomma_cajennense_FGF_NE Amblyomma_cajennense_RO10_NE Amblyomma_imitator_AMIMI Amblyomma_interandinum_PE68_PE Amblyomma_interandinum_PE77_PE Amblyomma_interandinum_PE90_PE Amblyomma_mixtum_CRVIIIA_NW Amblyomma_mixtum_CRXIIBF_NW Amblyomma_mixtum_CRXIIBN_NW Amblyomma_mixtum_EC18_NW Amblyomma_mixtum_EC6_NW Amblyomma_mixtum_EC76_NW Amblyomma_mixtum_ME03_NW Amblyomma_mixtum_ME04_NW Amblyomma_mixtum_ME06_NW Amblyomma_mixtum_TX01_NW Amblyomma_patinoi_CO05_CO Amblyomma_patinoi_COM_CO Amblyomma_sculptum_AR09_EA Amblyomma_sculptum_AR10_EA Amblyomma_sculptum_AR12_EA Amblyomma_sculptum_AR13_EA Amblyomma_sculptum_AR15_EA Amblyomma_sculptum_BRMaG122954_EA Amblyomma_sculptum_BRMaG122965_EA Amblyomma_sculptum_BRSAF5_EA Amblyomma_tonelliae_AR02_AR Amblyomma_tonelliae_AR05_AR Amblyomma_tonelliae_AR06_AR Amblyomma_tonelliae_AR07_AR Amblyomma_tonelliae_PA01_AR ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M19953] TITLE Amblyomma_cajennense_mtDNA; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=1310; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] 'Amblyomma americanum_AMAME' 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Amblyomma_imitator_AMIMIb 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'Amblyomma mixtum_ME06_NW' 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'Amblyomma tonelliae_AR06_AR' ATTATTAGAAATT-AAATA-TTGTTAGTAAGTAAAAATTATGAAAACAAAAAGTTTTGGCGGTATCTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACGCCAGAATCTTACTAAGATTAGTAAAATCAGTTTGTATACCACTATAAAAACAATTATTAATAATAATTGTTTCAAAATTATAAT-AAATAAAAAATTAAGTCAAGGTGCAGCAAAAATTTTAGTATGAAGTGAATTACAAAGCTTTTTAG-----AAATTTATTTT--TAAATAAAAAAAA--TTAGGATTTGAAAGTAAAAATAT-AATAGAATGATTATTTGAATTAAGTTCTGAGATATGTACTTTCAAATTTCCTTTCCTGATATAAATTCACCCATTATAGAACAAATAGCTTTTTTTCACGATCATTCAATAATAATTATTATTTCAATTACTATTATTACAATATACATAATTAGTAATATTATATTTAACTCTCTCACTAGACGGTCAATAATAGAAGGACAAGAAATCGAAATTGTTTGAACTATCATCCCAGCTTTAACATTAATTTTCATTGCTTTACCTTCTCTACATCTTCTTTATCTAACAGATGAGATCTTCAATGCTCAAACATCAATTAAAATTATTGGTCATCAATGATATTGATCATATGAATACTCAGATTTCAACAAAGAATTTGATTCATTTTTAATCCCCGAATCAGAATTAAATACTAATTCCTTTCGTCTTTTAGAAACAGACAATAACCTAATTATTCCCTTTAACACAATAATTAAATTTTTAATTACTTCAGCTGATGTAATTCATTCATGAACAATTCCATCACTAGGAATAAAAATAGATGCCGTCCCAGGTCGACTTAATCAAACATTTACAATCGCCAAACGTCCAGGAATATTTTAAATTAGCTAGTTTATTTATATAAATTTCAATAATTTTTAATTATTAAATAAAATTCATTTTCTGTTATTTATTTTTT--AGCAAATTCATAAAAAATTTATAATTAATTTTTTAATTAACCAAATCTAATTATTCGTTTAAAACTCCTGTCTATCGGCTAACTCGATCTATTAAAGAAAGGTATGCCAGACTTTACTAGGCTTTTTTGCCTTATTTAAATCAGTACTGATTTAGAGCTAAATGTTTCATCTATTTT-TTTCTCCGAATTTATTATTTAGTAGATGTGTGTTGGACTTAGTATGACCCTTTGTTACATCTATGCGGTCCAGTAAATGTGATAGCCGGTTGTCGCCCCTTATTTAAAATAGATGTAATCATATTCTGCGAAGTAAACCGGCTGGCACCTTCCGCCCATTCCCCGCTCTCAGTCGGCAGCACCCTCGGCGACTGCGAGCGAGACTGGAAGGCACCTCTGGCCAGCACTCGGGACGGCGCGCATCCAG-ATGCACGCGGAACACTGAACGCAGAGAG-TTT-GAGCCCCCGACCGCCGCGGCCGAATGAATTCCCTGCCGTCTCTCTTTCCCTCGAGAGAACGACCTCGGCCTGGCGTAGGGGCATCGTCA--GAGTTTTGCGTCGCCCCCGCCCCAACTGGAGTGGCCCAGTTTTTCGCGGGGCAGAGACTGCGAAGCACTTAGACCGACGGCGGACTGCGCTCGCAACGAGATCGCGTCCGTTCGACCCGTACTCGACTTCGCGCCCACTCGAGGAGGCGGTTCCTTTTCGCA--GGGTCCGGGGGAACCC-TTCGTCGCCGCGCACACGGCGCGCCTCTGCACCTGGCC--AAACTGCGCTGCGCGCACCGCTTTCGCGCCCGTCGCCTCCCCGCACCCCGCGCGAGATCTCCC-TTCTTCTCGCGCAGGCGTGCCCGGA-ACAGGGCGTTCCCGTCTCTGCGTTTCTCGCAGCAGTTTGGCTACTTCTCCGCGGGCCAGCCGCGGCCGCTTCGCCGCGCGTCC--AAAAAGCCTCGTCTCCCGTC-GGACCGCTCTTTCCCTGCAGGTAATCCCTTCCTGCGGCGGTCGTCTTCAGAGGCTAGACGCTCTACGGCTAGCAGCCGCCAGCCCGCGTTACGTCG---GCACAGGGCGACCCGACTCGGCCGCTTTGCGCGCGGCTGAAGGGCTCGACCCACTCTCCTCCTCATTCGCAAAGTC 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americanum_AMAME', 29 Amblyomma_imitator_AMIMIb; TREE PAUP_1 = [&R] ((((((((((1:0.001434,2:5.05E-4):5.04E-4,3:0.0):0.001009,5:0.001433):0.00205,4:0.001905):0.004131,6:4.66E-4):0.002421,7:9.31E-4):7.85E-4,8:0.001157):0.041131,(((9:4.78E-4,10:0.0):0.027427,(((11:0.0,12:9.54E-4):0.001413,13:9.78E-4):0.00223,14:0.001646):0.023766):0.020247,(((15:0.0,16:0.0,20:4.73E-4):4.73E-4,17:0.0,(18:0.0,19:9.5E-4):9.49E-4):0.001541,21:8.47E-4):0.031883):0.011245):0.029624,((22:0.002087,(23:9.48E-4,24:0.0):0.001734):0.042259,((25:9.53E-4,27:0.0):3.76E-4,26:5.82E-4):0.066279):0.024664):0.065781,(28:0.056324,29:0.052479):0.0); END;