#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 0:11 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Ekanayake P.N., Rabinovich M., Guthridge K.M., Spangenberg G.C., Forster J.W., & Sawbridge T.I. 2013. Phylogenomics of fescue grass-derived fungal endophytes based on selected nuclear genes and the mitochondrial gene complement. BMC Evolutionary Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S14923] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=47; TAXLABELS Epichloe_amarillans_AF457506_tef1_P Epichloe_baconii_9707 Epichloe_baconii_AF231193_P Epichloe_baconii_AF231195_P Epichloe_bromicola_JQ513911_P Epichloe_bromicola_JQ513912_P Epichloe_clarkii_AF231207_P Epichloe_festucae_FJ660614_E2368 Epichloe_sylvatica_AF231218_P Epichloe_typhina_9340 Epichloe_typhina_9636 Epichloe_typhina_JF718541_P Epichloe_typhina_JQ513913_P Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_2_NEA17_G1 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_2_NEA17_G2 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_2_NEA32_G1 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_2_NEA32_G2 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_3_NEA21_G1 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_3_NEA21_G2 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_3_NEA23_G1 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_3_NEA23_G2 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_3_like_NEA33_G1 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_3_like_NEA33_G2 Neotyphodium_coenophialum_E34_G1 Neotyphodium_coenophialum_E34_G2 Neotyphodium_coenophialum_E34_G3 Neotyphodium_coenophialum_NEA14_G1 Neotyphodium_coenophialum_NEA14_G2 Neotyphodium_coenophialum_NEA14_G3 Neotyphodium_coenophialum_NEA16_G1 Neotyphodium_coenophialum_NEA16_G2 Neotyphodium_coenophialum_NEA16_G3 Neotyphodium_coenophialum_NEA20_G1 Neotyphodium_coenophialum_NEA20_G2 Neotyphodium_coenophialum_NEA20_G3 Neotyphodium_coenophialum_NEA22_G1 Neotyphodium_coenophialum_NEA22_G2 Neotyphodium_coenophialum_NEA22_G3 Neotyphodium_lolii_ST Neotyphodium_siegelii_AF308132_GC1_P Neotyphodium_siegelii_AF308133_GC2_P Neotyphodium_uncinatum_E81_G1 Neotyphodium_uncinatum_E81_G2 Uncharacterised_Neotyphodium_Species_NEA18_G1 Uncharacterised_Neotyphodium_Species_NEA18_G2 Uncharacterised_Neotyphodium_Species_NEA19_G1 Uncharacterised_Neotyphodium_Species_NEA19_G2 ; 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Epichloe_typhina_9340 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Epichloe_typhina_9636 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Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_3_NEA23_GC2 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Neotyphodium_coenophialum_NEA14_GC3 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Neotyphodium_coenophialum_NEA16_GC3 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ATGAGTAGCGTAACTTTCTTATTTATTCTTGTATGTGCTATAGCTATCTTATTCTTAGTTCTTAATTTCGTATTAGCACCTCATAACCCTTATCAAGAGAAATATAGTATATTCGAATGTGGTTTCCACAGTTTCTTAGGACAGAATAGAGCTCAATTCGGAGTTAAATTCTTCATATTTGCATTAGTATATCTAATATTAGACCTAGAAATATTAGTAATATATCCTTTTGGTATGAGTGGATATGAAAATGGTGTATACGGTTTAATAATAGT-ATTACTATTTATAGGTATCATAACAGCCGGATTCGTATTCGAATTAGGTAAAGGAGCCTTAAAAATAGATAGTAGACAATCATATAACTATTTCAACAAATCAAAAAAATTTGTTAATACATTTATAGAAAACAAATAAATGTTACAATCATCAAAAATATTAGGAGCAGGATTAGCAACAGTAGGTGTTGCAGGAGCTGGAGTAGGGATCGGAGTAGTATTCGGTTGTTTAATTTTAGGTGTTGCTAGAAACCCTTCATTAAAAAACCAATTATTCACTTACTCAATATTAGGATTCGCTTTCTCAGAAGCTACAGCGTTATTCGCTTTAATGATGTCATTACTTTTATTATACGTTGCATAAATGAAAAATTTATTAAATTCATTTGTATCTTTTGACGCACCTGTAGCTTGAGGTATTTACTTCCAAGACAGTGCTACACCACAAATGGAAGGATTAATAGAATTACATGATAACATTATGTATTACTTAGTATTAATCTTATTCGCTGTGGGATGAGTATTATTCTCAATAATAAGAAATTT---TGCTGCAGCAAAAGCACCTATA--TCACACAAATACTTAAATCATGGTACTTTAATCGAATTAATATGAACTATAACACCTGCTGTTATATTAATATTAATCGCATTCCCTTCATTTAAATTATTATATTTAATGGATGAAGTAAACGATCCTTCAATGACTGTTTTAGCAGAAGGTCACCAATGATATTGAA----CCAATACCCTGATTTTATAGATTCTAACGAAGAATTTATAGAATTTGATTCATATATCGTACCAGAATCAGACTTAGAAGACGG-TGGATTAAGAATGTTAGAAGTGGATAACAGAGTTATAGTTCCTGAATTAACACATATCAGATTTGTTATAACATCTGG-AGACGTTATACACTCATTTGCATGTCCTTCATTAGGTATAAAAACTGATGCATATCCTGGTAGATTAAATCAAGTATCAGTATTTATTAACAGAGAAGGTGTATTCTATGGGCAATGTTCAGAAATATGTGGAATCTTACACAGTTCAATGCCTATAGTTATAGAATCTGTAAATATAGACAAATTTGTTCACTGATTATACAACGCTTAAATGAGTTTAACTTTAGTACTTTTTTTAATAGGAATTTTAGGGTTCGTATTTAATAGAAAAAATATAATATTAATG-CTTATTTCAATAGAAATAATGCTATTATCTATAACATTCCTAATATTAATAAGTTCTATTAATCTTGATGATATAATAGGGCAAACATATGCTATATACATTATAGTAGTTG-CCGGTGCAGAATCTGCTTTAGGTTTGGCTATTTTAGTAGCCTTTTAT--------AGAGGAAGTATCGCAATAGAATATAAAT-AATGTATTTAAGTATTATTATATTACCTTTATTAGGGTCTATAGTATCCGGATTTTTTGGTAGAAAAGTCGGTGTGACAGGTAGTCGTATAATTGGTTGTTCAAGTATATTGGCA-ACTACAGTTTTAGCCGTTATCGG-TTTCTTTGAAATAGGATTTAGTAACAATCCTGTTTCTATAACTTTATTCAAATGATTAGATAGT-GAATCATTTAACA-TGGTATGAAATTTCCAATTTGATAGCTTAACAGTGTCAATGTTAATACCTGTATTAGTGATTAGTACTCTAGTTCATTTCTATTCTATAGGTTATATGAGTCATGACCCACACAGTCAAAGATTCTTTAGTTACTTAAGCTTGTTCACTTTTATGATGATCATATTAGTAACAGGTAACAATTACTTAGTAATGTTCGTTGGTTGAGAA-----------TTGTTCATACCTTTTAGTTAGTTTCTGATTCACTAGAATTGCAGCT-AACCAAAGTTCATTATCGGCATTCTTAACTAATAGAGTTGGTGATGCTTTCTTAACAATTGGAATGTTCATATTATTATGATCTTTAGGTAACTTAGATTATAGTACAGTATTCTCAGTTGCTCCTTACATTAACGAAAATGTTATAACAATAATAGGTATTTGCTTATTAATAGGTGCTATGGCAAAAAGTTCACAAGTAGGTCTTCATATATGATTACCTATGGCTATGGAAGGTCCTACACCTGTATCTGCATTAATACACGCAGCTACAATGGTTACAGCTGGAGTTTACTTATTAATACGTTCATCTCCTTTAATAGAATACAGTTCAACAGTTTTATTAATATGTCTATGATTAGGGGCTATTACTACAGTATTTAGTTCTTTAATTGGATTATTCCAACAAGATATTAAAAAAA-TTATTGCTTATTCTACAATGAGTCAATTAGGTATGATGGTTATAGCTATAGGATTATCTTCATATAATATAGCTATTTTCCACTTGATTAATCACGCCTTTTATAAAGGATTATTATTCTTAGGTGCTGGTGCTGTTATACACGCTGTATCAGATAATCAA-GATTTAAGAAGATATGGAGGATTAATATCATTCTTACCTTTAACTTATACAGTTATTTTAATAGCAAGTCTTAGTTTAGTAGCTTTCCCTTTCATGACAGGTTTCTACAGTAAAGATTTTATATTAGAATCTGCTTATGGTCAATATCACTTCAGTAGTATTAATGTTTACTTTATTGCTACTATAGGTGCAATATTTACTACATTATATTCAGTTAAAGTATTATACTTAACTTTCTTAGCTAACCCCAATGGCCCTGTGAATTATTACAAAAATGCTCATGAAGGTGATATCTTCTTAAGCTTACCATTAGTTATATTAGCTATTTTCTCTATATACTTTGGATTCTTAACTAAAGATATATTTATAGGATT-AGGTTCAGGATTCTTTACTGATAATAGTATATTCATACATCCAATGCATGAAATATTAATAGATACAGAATTCGCTGTACCTACTTTCTTCAAATTATTACCATTCTTCTTTACAGTAGGTTTCTCAGCTTTAGCTATAATCTATCCAGAATTTATGCCTAAATCTGTAACAGACTTTAAATTATCTAGGTTAGGATACTATGTATTTGGTTTCTTCAATCAACGTTTCTTAGTAGAATTATTCTATAATAAGTATATAGTTAACACTGTATTAGATTTAGGAGGTC-AAACTACTAAAGTCTTAGATAAAGGAAGTATAGAATGAGTAGGTCCTTATGGAATGAACGTTCTATTAACTAGAACAAGTAAAACTATATCAGGTTTAAGTAAAGGAGTTGTAACAGATTACGCTCTTTATATATTAATAGGAGTTTGTTTCTACTTATCTATATTTAGTTTCGTTTCAGTATATCTTGACTTAGTAAACGTTATAACAGTTACATGTGTAGTAGTTTTACTGGGAATAAGTAATTATGTAGGTAAAGAAGCTTTAAGCTATAATTACCCTATCAAAATAATAATTATTTGCATAATATGCAGTATATATATTATAAATTATTAAATAAAACTAATTAAAAAGTCATCCTTTTTTAAAGTTGCTT--AACGCATACTTAATAGATCATTCACAACCTAGTAATATAAGCTA-CTTATGAAACTTCGGTTCATTATTAGGATTATGTTTAGGAATACAAATAATAACAGGTATAAC-ATTAGCAATGCATTAT-AACCCAAGTGTAGCAGAAGCCTTCAATTCTGTAGAACATATTATGCGTGATGTTAATAACGGTTGATTAGTTCGTTACTTACACAGTAATACAGCATCAGCTTTCTTCTTCTTAGTATACTTACACATAGGTAGAGGATTATACTATGGATCATACAGAGCACCTAGAACATTAGCATGAGTATTAGGAGCAATAATCTTAATTCTTATGATGGGTACAGGTTTCCTGGGTTACTATTACCTTACGGACAAATGTCATTATGAGGTGCTACAGTTATTACTAACTTAATAAGTGCTATACCATGAATAGGACAAGATATAGTTGAGTTCATTTGAGGAGGTTT-TCTGTTAAT-AATGCTACATTAAACAGATTCTTCGCATTACACTTTGTTTTACCTTTCGTATTAGCTGCATTAGCCTTAATGCACTTAATAGCTGTACACGAATCAGCTGGAGCAAGTAACCCATTAGGGGTACCTGGATACTACGATAGAGTGCCTTTCGCACCATACTTCTTATTCAAAGATTTAATAACAATATTTATTTTCTTCTTCGTATTAAGTATGTTCGTATTCTTCATGCCTAATGTATTAGGAGATAGTGAAAACTATGTTGTAGCTAACCCTATGCAAACACCTGCCGCAATAGTACCTGAATGATAATTATTACCATTCTATGCTATATTAAGATCTATACCTAATAAATTATTAGGAGTTATAGCTATGTTTGCTGCATTAGTAGCGATA-TTAGCATTACCTTACACAGATCTAGGTAGAACTAAAGGTTTACAATTTAGACCTTTAAGTAAAATATTATTCTACATATTTGTAGCTAATTTCTTAATACTACAACAATTAGGTGCAAAACACGTTGAAACTCCATTCATAGAATTTGGACAAATAAGTACAGCATTATACTTTGCTCACTTCTTCATATTAGTACCAGTTGTTAGTGTAATAGAAAATACATTGATAGACTTATATCAAATAAATAACAAGTCAAGATAAATAATTTTATTAACTAACGCTAAAGATATAGGAACATTATATCTAATATTTGCTTTATTCTCAGGATTATTAGGTACTGCATTTT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Epichloe_festucae 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Neotyphodium_coenophialum_NEA14 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Neotyphodium_coenophialum_NEA16 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Neotyphodium_coenophialum_NEA20 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Neotyphodium_coenophialum_NEA22 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Uncharacterised_Neotyphodium_Species_NEA18 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Epichloe_typhina_JQ513913_P 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Neotyphodium_coenophialum_NEA16_G1 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; END; BEGIN TREES; TITLE Mito_endo_ML_CDs; LINK TAXA = Taxa5; TRANSLATE 1 Metarhizium_anisopliae, 2 Epichloe_typhina_9430, 3 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_3_NEA21, 4 Neotyphodium_coenophialum_E34, 5 Neotyphodium_uncinatum_E81, 6 Epichloe_typhina_9636, 7 Epichloe_baconii_9707, 8 Uncharacterised_Neotyphodium_Species_NEA19, 9 Neotyphodium_coenophialum_NEA22, 10 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_3_NEA23, 11 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_2_NEA17, 12 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_3_like_NEA33, 13 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_2_NEA32, 14 Uncharacterised_Neotyphodium_Species_NEA18, 15 Neotyphodium_coenophialum_NEA16, 16 Neotyphodium_coenophialum_NEA20, 17 Neotyphodium_coenophialum_NEA14, 18 Epichloe_festucae, 19 Lolium_perenne_Taxonomic_Group_2_NEA11, 20 Neotyphodium_lolii_SE; TREE Figure_6 = [&R] ((((((((19:1.5442E-4,20:0.0)0.9960:4.3397E-4,18:0.00320412)0.8050:3.2011E-4,(3:0.0,10:3.0884E-4)1.0000:8.085E-4)0.4340:1.8434E-4,(11:7.726E-5,13:1.5432E-4)1.0000:9.9305E-4)0.5350:1.9074E-4,12:0.00160226)0.7670:6.1922E-4,(9:0.0,((4:7.721E-5,17:0.00247647)0.6600:7.721E-5,(15:0.0,16:2.3165E-4)0.7040:7.721E-5)0.3930:0.0)1.0000:0.0010561)0.6810:4.5909E-4,((5:0.00111881,6:0.00112191)0.5430:1.4695E-4,((2:0.00118746,7:0.00155042)0.9820:0.00174788,(8:0.0,14:1.5439E-4)1.0000:6.4634E-4)0.3850:9.308E-5)0.7680:0.00108066)0.0000:0.03842993,1:0.04340756)root; END; BEGIN TREES; TITLE perA_all_endo_NJ; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Epichloe_amarillans_E57_contig00045, 2 Epichloe_brachyelytri_JN613323_E4804, 3 Epichloe_elymi_JX402755_E56, 4 Epichloe_typhina_JX402754_E8, 5 Epichloe_typhina_JN640289_E5819, 6 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_3_NEA21_GC1, 7 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_3_NEA21_GC2, 8 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_2_NEA17_GC1, 9 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_2_NEA17_GC2, 10 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_3_like_NEA33_GC2, 11 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_3_like_NEA33_GC1, 12 Epichloe_typhina_9340, 13 Epichloe_typhina_9636, 14 Epichloe_baconii_9707, 15 Epichloe_festucae_AB205145_Fl1, 16 Neotyphodium_coenophialum_NEA16_GC3, 17 Neotyphodium_coenophialum_NEA16_GC2, 18 Neotyphodium_coenophialum_NEA16_GC1, 19 Neotyphodium_coenophialum_NEA20_GC3, 20 Neotyphodium_coenophialum_NEA20_GC2, 21 Neotyphodium_coenophialum_NEA20_GC1, 22 Neotyphodium_coenophialum_NEA14_GC3, 23 Neotyphodium_coenophialum_NEA14_GC2, 24 Neotyphodium_coenophialum_NEA14_GC1, 25 Neotyphodium_coenophialum_E34_GC3, 26 Neotyphodium_coenophialum_E34_GC2, 27 Neotyphodium_coenophialum_E34_GC1, 28 Neotyphodium_coenophialum_NEA22_GC3, 29 Neotyphodium_coenophialum_NEA22_GC2, 30 Neotyphodium_coenophialum_NEA22_GC1, 31 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_3_NEA23_GC1, 32 Festuca_arundinacea_Taxonomic_Group_3_NEA23_GC2, 33 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