#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 20:18 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Larrain J., Quandt D., Stech M., & Muñoz J. 2013. Lumping or splitting? The case of Racomitrium (Bryophytina: Grimmiaceae). Taxon, 62(6). TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S14971] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=62; TAXLABELS Dryptodon_austrofunalis Dryptodon_decipiens Dryptodon_dissimulatus Dryptodon_torquatus Dryptodon_trichophyllus Grimmia_caespiticia Grimmia_funalis Grimmia_ovalis Grimmia_plagiopodia Ptychomitrium_formosicum Ptychomitrium_gardneri Ptychomitrium_sellowianum Racomitrium_aciculare Racomitrium_angustifolium Racomitrium_aquaticum Racomitrium_araucanum Racomitrium_barbuloides Racomitrium_canescens Racomitrium_carinatum Racomitrium_crispipilum Racomitrium_curiosissimum Racomitrium_depressum Racomitrium_didymum_1 Racomitrium_didymum_2 Racomitrium_didymum_3 Racomitrium_elongatum Racomitrium_emersum_1 Racomitrium_emersum_2 Racomitrium_ericoides Racomitrium_fasciculare Racomitrium_geronticum Racomitrium_geronticum_2 Racomitrium_heterostichoides Racomitrium_heterostichum_1 Racomitrium_heterostichum_2 Racomitrium_heterostichum_3 Racomitrium_japonicum Racomitrium_laetum Racomitrium_laevigatum Racomitrium_lamprocarpum Racomitrium_lanuginosum Racomitrium_lawtoniae Racomitrium_muticum Racomitrium_nivale Racomitrium_norrisii Racomitrium_obesum Racomitrium_obtusum Racomitrium_orthotrichaceum Racomitrium_pachydictyon Racomitrium_panschii Racomitrium_pruinosum_AUS Racomitrium_pruinosum_NZ Racomitrium_pygmaeum Racomitrium_rupestre Racomitrium_subcrispipila Racomitrium_subsecundum Racomitrium_sudeticum 'Racomitrium valdon-smithii' Racomitrium_varium Racomitrium_visnadiae Schistidium_apocarpum Schistidium_crassipilum ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M19479] TITLE 'Racomitrium rps4-trnL, trnK/matK-psbA, ITS1 and ITS2'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=6633; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Dryptodon_decipiens 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Dryptodon_dissimulatus 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Dryptodon_torquatus 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Dryptodon_trichophyllus 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Grimmia_caespiticia 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Grimmia_funalis 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Grimmia_ovalis 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Grimmia_plagiopodia 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Ptychomitrium_formosicum 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Ptychomitrium_gardneri 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Ptychomitrium_sellowianum 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Racomitrium_aciculare 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Racomitrium_angustifolium 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Racomitrium_aquaticum 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Racomitrium_araucanum 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Racomitrium_crispipilum 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Racomitrium_curiosissimum 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Racomitrium_depressum 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Racomitrium_didymum_1 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Racomitrium_didymum_2 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Racomitrium_emersum_2 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Racomitrium_geronticum 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Racomitrium_geronticum_2 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Racomitrium_heterostichum_3 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Racomitrium_laetum 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Racomitrium_laevigatum 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Racomitrium_muticum 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Racomitrium_nivale 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Racomitrium_norrisii 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Racomitrium_obesum 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Racomitrium_obtusum 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Racomitrium_orthotrichaceum 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Racomitrium_pachydictyon 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Racomitrium_panschii 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Racomitrium_pruinosum_AUS 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Racomitrium_rupestre 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Racomitrium_subsecundum 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Racomitrium_sudeticum 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'Racomitrium valdon-smithii' 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Racomitrium_varium 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Racomitrium_visnadiae 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Schistidium_apocarpum 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Schistidium_crassipilum ATTTTTTTACTAGATGTTGATTGATTAATCAAACTAGATTTTAATTGGGGTGTCTTATTGGTTAGTCCTGGTAAAGCTCCTAAACGACGTATTATTTTTACACGAGGTCCTCGATAACGGGACATAAAAACTCCTTATTTTTACAATAAAA-TTTTACAAAAAA----GATAA-GATAATAATAAT------ATTAATAATAAAAAAAAAGTAGTCAAAT-------AATCTATTCTTTGTTTACAAA--GTTTTTTACTTTAGATTATTTTAATTTTTTTACTAAAAAAA-TTTATATTTTT-ATTTAATCAAAAACATCATAACATAAGAAACATAACAAAAAAAACAGTATTATTTATTTCTATGAAAATTTTTTAAAAGTGTTTAACTTTAGTATTAT---TAGTTTAAGATTTATTTCTACTAAATTTAAAATTAATTTTTAATAATAAGTTT-------------AGTAATAAAAAAGCCCGCTATCGGAGTCGAACCGATGACCATCGCATTACAAGTGCGGTGCTCTGACCTCTGAGCTAAGCAGGCTT-------T------------------A--------------------TTAA---------TATAA-----------------TAATAAATA----AAATAA---------------------------TTTCAA-----------------AAA-T-------TATTAAA----CAATTTTATTTTTAATAACTGCATTATTATATCAATAAAATTTTAATAATGCAATAATTAA---TA-----------GTTATAAAAAA-TA-----------------CTTAATTTTACTCA------TAAAAAACATACATAAACTATTGCCTTAAAACTTAGAAAATATTATAATTATTTGTCGT------------------AATAAAATTACATT------AATAC-AAAAAAGTT--------TGGTAAAAATAAAAATTTAATTTGAAAAAATCAGGGGG-TATGGCGGAATTGGTAGACGCTACGGACTTAAATAATTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAAGTTGAAAAAAG-------TATAAGCGATCTTTATACATTTAGATGAAATACTAAATTCATCCAAACCATTGAC-------AAGGGTTTGCAAGACTACGACTAATCTTAAAAAGAAATTTACTGGAAAAAATAGCATGTCGTTTTCTCTATTTT-AAGTCAAAAAAATTAATGGATAAAGCTAAATTGCTTAAATCAAAAGTAAAACCAGAAGAACGAGCTTCTATTCAAAATTTTATTTTGAATTCTTTTTATTAATTAAAAAGTTAAAATAAAA-TTAACAGTCAATATAAAAGAGGTTTAGTTTTATATTTAAATAAATAATTAATATAAGACTATTTTTACTAAAAATGAATCCTAAATATTAAAAAAATGTAAATAAATCACCAGTGTGCTGACTAAACTAAAAAAAAATTTAAGTCAGGAGAGCAATCAAAAATTTTACTAACTAAATTAATAAATAAAAATTAATTTACTTTT-TTAGATAAAAATTTATTTAGTTTTATTTGACTAGATTGCATTATGTATTGTTTTATCTTTTAAGAGGTTGAT-AATATGGGAACCGTAGCTAAAGTTTTATCCGAAATTAAAAAGCTAGAAAAAAAGAAAAAAAAAATTGTATGCCAACAACGTTTTTTATATCCACTTTTATTTCAAGATGATCTTTATGCAATTGCATATAATCGTTCTTTAAATAAAATTAATTTAAAAAAAATAGAAAATTTTAATTTAAACGAACAATTTAGTTTTTTAACATTAAAACGTTTAATTAAAAGAATACGTCG------------AAAA------------TCTATAGGAAAATTAAAAAAAAATTATAATAAAATTTTTGATATTAATTGTAATACCTATTTTTATTCGAAAGCACTTCGAGAAGGATTTGCAATAATTTTAGAAATTTTTTTTTCTATACAATTAGAAAAAACTTTTATAAAAGAATTTAACAAAAGGACTAGTTATTACTCTATTCACTCCGTATTTCCTTTTATAGAAGACACTTTTTCGCACTCTAATTCTATATTAAATACAAAATTACCTTATTTTATTCATCCAGAACTTTTAACTCGAATTCTTCGTCGACGCATACAAGACACTTCTTTTTCACATGTATTACGATTAATATTTTATAAAAATAAAAAATTAATTACTTTAAATAAAAATGCATTTCTTTCTCA-AAAAGAAATAACTAGATTATCTATATTTTTGTGGCATTCTTACATTTGTGAATTAGAATTTTTTTTAATTAATCAATGGAAAACTTTCAATTATTTTAAATCACGGCTATATTTAAATTTATTAAATCAACAAAATTGTATTAAAAAAATTCAACATGTTATTAATGATCCTTTATCCATGAAATTACAATCTTTTTTTTACAAAAAAAAAGCATCTTTTCATTATGTAAGATATGATAATAACTATATTCTAGCAATAAGAGCTTCTAATTATTTAACAGAAAATTTGAGTTTTTTTTTTTTTAAATTTTGGTATTATTATTTTTATTATTCATTTAAACCTTTTAGAATAAAAATAAAAAAATTATTTAAAAACTGCTTTTCTTTTTTAGGATATCTTTTTAGTATTCAAACAAAAAATATTCTAGTTGAAATTAAAATGCTATGTAATTTAAAAAAAAGCTATATTATAAAAAAAGAATTATATTCTATTACTCCAATATCATCTTTAATTCAATTGTTAGCTAAAGAAAAATTTTGTGATATTTTAGGACATCCAATAAGTAAACTAGTTTGGACTACTTTAACAGACGACGAAATTTTTAATCGTTTCGATCAAATTTGGAGAAATTTTTTTTATTACTACAGTGGATGCAAAAATAAAAAAAACTTATATCAAGTACAATATATACTTCGATTTTCTTGTGCTAAAACATTAGCTTGCAAACATAAAAGTACCATACGTTATGTTTGGAAAAAACATGGTTCAAATTTTTTTGCAAAATCGTTTTTTTTTAAGAAACAAGAATTAATTAGTTTAAACTTTTTCAAATTATATCCATCTATAAAAAAAATTTGGTATCTTGATATTGTTCAAATAAATTCTTTAGCCAAATTATTGCAAGAAAAAAATATTAA-TAGCAAATAAAAAAATTCAAATT----------TATTGAGT---------------------AA-----AGTCTAACTGA-------------ACAATAGATAAAAAATTA-----CTCATATTAACCTCAAGAAA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CATTG--CACACAC------GCAG---T---TGC-------C-AA-C-----CCCTTTGCGAAC-TGTAC-CA-CTGTCCCCACC-----------C----G-G--------------------T-----------------------------------CC--CT------C-----------------------------------------------CTCC----------ATCTATTCTCTTCTCTTAGATG----TGTTCTGATTCC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G-GCGCGGCG---A--GGGGAG------------------CTC----AAGAAGT---------C------C----TTGC-------C----------------------------GTGTCGG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGACCTTG----------CCGGGGTCATGGT---CGGCAATGCATCAACCC-CTTCGAAAT---------TGTCTG-A--GTG--T-------------------------------------ACC----TGCGA-----------------------CGA---------G----GACTCCTCTT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; END; BEGIN SETS; CHARSET ITS (CHARACTERS = 'Racomitrium rps4-trnL, trnK/matK-psbA, ITS1 and ITS2') = 3794-6633; CHARSET matk_trnk (CHARACTERS = 'Racomitrium rps4-trnL, trnK/matK-psbA, ITS1 and ITS2') = 1142-3793; CHARSET rps4_trnL (CHARACTERS = 'Racomitrium rps4-trnL, trnK/matK-psbA, ITS1 and ITS2') = 1-1141; END; BEGIN TREES; TITLE RAxML_10000_boot_raco_backbone; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Ptychomitrium_formosicum, 2 Ptychomitrium_gardneri, 3 Ptychomitrium_sellowianum, 4 Schistidium_crassipilum, 5 Schistidium_apocarpum, 6 Grimmia_plagiopodia, 7 Grimmia_caespiticia, 8 Grimmia_ovalis, 9 Grimmia_funalis, 10 Dryptodon_torquatus, 11 Dryptodon_austrofunalis, 12 Dryptodon_decipiens, 13 Dryptodon_trichophyllus, 14 Dryptodon_dissimulatus, 15 Racomitrium_geronticum_2, 16 Racomitrium_lanuginosum, 17 Racomitrium_geronticum, 18 Racomitrium_pruinosum_AUS, 19 Racomitrium_pruinosum_NZ, 20 Racomitrium_barbuloides, 21 Racomitrium_japonicum, 22 Racomitrium_panschii, 23 Racomitrium_elongatum, 24 Racomitrium_ericoides, 25 Racomitrium_pygmaeum, 26 Racomitrium_muticum, 27 Racomitrium_varium, 28 Racomitrium_laevigatum, 29 Racomitrium_fasciculare, 30 Racomitrium_canescens, 31 Racomitrium_norrisii, 32 Racomitrium_aciculare, 33 Racomitrium_aquaticum, 34 Racomitrium_depressum, 35 Racomitrium_carinatum, 36 Racomitrium_obesum, 37 Racomitrium_obtusum, 38 Racomitrium_heterostichum_1, 39 Racomitrium_heterostichum_2, 40 Racomitrium_heterostichum_3, 41 Racomitrium_lawtoniae, 42 Racomitrium_laetum, 43 Racomitrium_sudeticum, 44 Racomitrium_subsecundum, 45 Racomitrium_angustifolium, 46 'Racomitrium valdon-smithii', 47 Racomitrium_crispipilum, 48 Racomitrium_nivale, 49 Racomitrium_heterostichoides, 50 Racomitrium_subcrispipila, 51 Racomitrium_orthotrichaceum, 52 Racomitrium_pachydictyon, 53 Racomitrium_rupestre, 54 Racomitrium_lamprocarpum, 55 Racomitrium_visnadiae, 56 Racomitrium_curiosissimum, 57 Racomitrium_araucanum, 58 Racomitrium_didymum_1, 59 Racomitrium_didymum_2, 60 Racomitrium_didymum_3, 61 Racomitrium_emersum_1, 62 Racomitrium_emersum_2; TREE Fig._1 = [&R] (2:0.027268694694367546,1:0.024615476831681384,(3:0.025089283608716033,((6:0.020394276787737156,(8:0.032751253990377496,((7:0.02384634222619939,9:0.030930318729182116):0.006320406529213952,(4:0.014135735250094822,5:0.014538035593265062):0.02242132732850059):0.0037275977385828):0.004621877878685436):0.01831639046273713,(((10:0.030373952103965467,11:0.022138848699659545):0.01493083524257365,(14:0.04040730324599445,(12:0.02344158921621155,13:0.025886292499467067):0.011685866298756366):0.010993114549342415):0.004767793721415694,((16:0.0011269339504878981,((18:1.07298029867279E-6,19:0.0017335422042892524):0.001645592591535056,(15:4.2972660665501183E-4,17:1.07298029867279E-6):0.001908179014660287):5.253054334508223E-4):0.009034926799377707,((((43:0.009748515139738938,46:0.00749419576852166):0.0013481624584525502,(48:0.01531168131305469,(47:0.012050796982342498,(44:0.01953250175036374,45:0.010124607917538808):0.004882409484851564):0.0016924785792441458):0.0034155536803726423):0.005251168072596802,(49:0.008857075185768708,(50:0.009767377442562005,((55:0.01231823902588824,54:0.005899054426335108):0.011619454570715221,(57:0.009859520985433367,((51:0.010352962088821211,(52:0.007322645755700112,53:0.005542788507002752):0.002998116728544735):0.0026267516165176755,(56:0.006469581485163455,((62:0.003543584996484666,61:5.1345098649778E-4):0.0018702923141387117,(58:8.957745926117551E-4,(60:4.5598340435894403E-4,59:4.590213661951611E-4):1.07298029867279E-6):5.480626977997885E-4):0.005156367861179103):0.009806521909595549):0.001038400531744205):4.686228097298726E-4):0.005342510331752163):0.00399257580856509):0.004361909851139462):0.0013698945983015114,((42:0.008217907610351613,41:0.0064567397320820005):0.012258263120753284,((((35:0.0024120763176347466,33:0.009008224619993878):0.009186258763155219,(32:0.028514542061042904,31:0.006617896360149414):0.011195168188136203):0.0013845383382970252,(34:0.023125767953747038,(36:0.006177295957337177,(37:0.004508701461509933,(38:0.0028980069184685914,(40:0.0017860775109294616,39:0.0021093129907526344):0.0024808569257349163):0.0045081467424078975):0.0024174784171034536):0.007543504807592414):0.0029887502070907145):0.006642468356000228,((29:0.02317382090308669,28:0.012169375458524628):0.005505366290594516,((26:0.0018221330898508322,25:0.004509179496533329):0.009489890418801288,((27:0.0251567039577981,(21:0.014850884517727982,20:0.008962083294129328):0.01507273917572337):0.005201573037086248,(22:0.011258743756409692,(23:0.012995824415447749,(30:0.003980296138020077,24:0.001325991364577822):0.014435769163940593):0.0026038706102918282):0.004517068576086632):4.200607676194464E-5):0.021146854588292328):0.004895739554992485):0.01442821536552235):9.545112991194135E-4):0.014205596661165543):0.023589137267385145):0.01181450120679126):0.15156216934999656):0.014923184631263325); END;