#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 15:26 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Joly S., & Bruneau A. 2006. Incorporating Allelic Variation for Reconstructing the Evolutionary History of Organisms from Multiple Genes: an Example from Rosa in North America. Systematic Biology, 55(4): 623-636. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1500] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=66; TAXLABELS Rosa_blanda_1214 Rosa_blanda_1219 Rosa_blanda_1236A Rosa_blanda_1236B Rosa_blanda_160A Rosa_blanda_160B Rosa_blanda_326A Rosa_blanda_326B Rosa_blanda_365A Rosa_blanda_365B Rosa_blanda_421A Rosa_blanda_421B Rosa_blanda_462A Rosa_blanda_462B Rosa_blanda_528A Rosa_blanda_528B Rosa_blanda_567A Rosa_blanda_567B Rosa_blanda_652A Rosa_blanda_652B Rosa_blanda_98016A Rosa_blanda_98016B Rosa_foliolosa_699A Rosa_foliolosa_699B Rosa_foliolosa_795A Rosa_foliolosa_795B Rosa_gymnocarpa_543 Rosa_gymnocarpa_751A Rosa_gymnocarpa_751B Rosa_gymnocarpa_767 Rosa_multiflora_302A Rosa_multiflora_302B Rosa_nitida_570A Rosa_nitida_570B Rosa_nitida_604A Rosa_nitida_604B Rosa_nitida_675A Rosa_nitida_675B Rosa_nitida_812A Rosa_nitida_812B Rosa_palustris_168A Rosa_palustris_168B Rosa_palustris_304A Rosa_palustris_304B Rosa_palustris_317A Rosa_palustris_317B Rosa_palustris_331 Rosa_palustris_386 Rosa_palustris_581 Rosa_pisocarpa_774A Rosa_pisocarpa_774B Rosa_pisocarpa_847A Rosa_pisocarpa_847B Rosa_setigera_298 Rosa_woodsii_4 Rosa_woodsii_492 Rosa_woodsii_498A Rosa_woodsii_498B Rosa_woodsii_700A Rosa_woodsii_700B Rosa_woodsii_733A Rosa_woodsii_733B Rosa_woodsii_741A Rosa_woodsii_741B Rosa_woodsii_800 Rosa_woodsii_807 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=69; TAXLABELS Rosa_blanda_1214 Rosa_blanda_1219A Rosa_blanda_1219B Rosa_blanda_1236A Rosa_blanda_1236B Rosa_blanda_160A Rosa_blanda_160B Rosa_blanda_326A Rosa_blanda_326B Rosa_blanda_365A Rosa_blanda_365B Rosa_blanda_421A Rosa_blanda_421B Rosa_blanda_462A Rosa_blanda_462B Rosa_blanda_528A Rosa_blanda_528B Rosa_blanda_567 Rosa_blanda_652 Rosa_blanda_98016 Rosa_foliolosa_699A Rosa_foliolosa_699B Rosa_foliolosa_795 Rosa_gymnocarpa_543A Rosa_gymnocarpa_543B Rosa_gymnocarpa_751A Rosa_gymnocarpa_751B Rosa_gymnocarpa_767 Rosa_multiflora_302A Rosa_multiflora_302B Rosa_nitida_570A Rosa_nitida_570B Rosa_nitida_604A Rosa_nitida_604B Rosa_nitida_675A Rosa_nitida_675B Rosa_nitida_812A Rosa_nitida_812B Rosa_palustris_168 Rosa_palustris_304A Rosa_palustris_304B Rosa_palustris_317A Rosa_palustris_317B Rosa_palustris_331A Rosa_palustris_331B Rosa_palustris_386 Rosa_palustris_581A Rosa_palustris_581B Rosa_pisocarpa_774A Rosa_pisocarpa_774B Rosa_pisocarpa_847A Rosa_pisocarpa_847B Rosa_setigera_298 Rosa_woodsii_492A Rosa_woodsii_492B Rosa_woodsii_498A Rosa_woodsii_498B Rosa_woodsii_4A Rosa_woodsii_4B Rosa_woodsii_700A Rosa_woodsii_700B Rosa_woodsii_733A Rosa_woodsii_733B Rosa_woodsii_741A Rosa_woodsii_741B Rosa_woodsii_800A Rosa_woodsii_800B Rosa_woodsii_807A Rosa_woodsii_807B ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=66; TAXLABELS Rosa_blanda_1214A Rosa_blanda_1214B Rosa_blanda_1219A Rosa_blanda_1219B Rosa_blanda_1236A Rosa_blanda_1236B Rosa_blanda_160A Rosa_blanda_160B Rosa_blanda_326A Rosa_blanda_326B Rosa_blanda_365A Rosa_blanda_365B Rosa_blanda_421A Rosa_blanda_421B Rosa_blanda_462A Rosa_blanda_462B Rosa_blanda_528A Rosa_blanda_528B Rosa_blanda_567A Rosa_blanda_567B Rosa_blanda_652A Rosa_blanda_652B Rosa_blanda_98016A Rosa_blanda_98016B Rosa_foliolosa_699 Rosa_foliolosa_795A Rosa_foliolosa_795B Rosa_gymnocarpa_543 Rosa_gymnocarpa_751 Rosa_gymnocarpa_767A Rosa_gymnocarpa_767B Rosa_multiflora_302A Rosa_multiflora_302B Rosa_nitida_570 Rosa_nitida_604A Rosa_nitida_604B Rosa_nitida_675A Rosa_nitida_675B Rosa_nitida_812 Rosa_palustris_168 Rosa_palustris_304 Rosa_palustris_317 Rosa_palustris_331 Rosa_palustris_386A Rosa_palustris_386B Rosa_palustris_581A Rosa_palustris_581B Rosa_pisocarpa_774A Rosa_pisocarpa_774B Rosa_pisocarpa_847A Rosa_pisocarpa_847B Rosa_setigera_298A Rosa_setigera_298B Rosa_woodsii_492A Rosa_woodsii_492B Rosa_woodsii_498 Rosa_woodsii_4A Rosa_woodsii_4B Rosa_woodsii_700A Rosa_woodsii_700B Rosa_woodsii_733 Rosa_woodsii_741A Rosa_woodsii_741B Rosa_woodsii_800 Rosa_woodsii_807A Rosa_woodsii_807B ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1089] TITLE 'Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=757; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Rosa_woodsii_498 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1 Rosa_woodsii_807B, 2 Rosa_woodsii_807A, 3 Rosa_woodsii_800, 4 Rosa_woodsii_741B, 5 Rosa_woodsii_741A, 6 Rosa_woodsii_733, 7 Rosa_woodsii_700B, 8 Rosa_woodsii_700A, 9 Rosa_woodsii_498, 10 Rosa_woodsii_492B, 11 Rosa_woodsii_492A, 12 Rosa_woodsii_4B, 13 Rosa_woodsii_4A, 14 Rosa_setigera_298B, 15 Rosa_setigera_298A, 16 Rosa_pisocarpa_847B, 17 Rosa_pisocarpa_847A, 18 Rosa_pisocarpa_774B, 19 Rosa_pisocarpa_774A, 20 Rosa_palustris_581B, 21 Rosa_palustris_581A, 22 Rosa_palustris_386B, 23 Rosa_palustris_386A, 24 Rosa_palustris_331, 25 Rosa_palustris_317, 26 Rosa_palustris_304, 27 Rosa_palustris_168, 28 Rosa_nitida_812, 29 Rosa_nitida_675B, 30 Rosa_nitida_675A, 31 Rosa_nitida_604B, 32 Rosa_nitida_604A, 33 Rosa_nitida_570, 34 Rosa_multiflora_302B, 35 Rosa_multiflora_302A, 36 Rosa_gymnocarpa_767B, 37 Rosa_gymnocarpa_767A, 38 Rosa_gymnocarpa_751, 39 Rosa_gymnocarpa_543, 40 Rosa_foliolosa_795B, 41 Rosa_foliolosa_795A, 42 Rosa_foliolosa_699, 43 Rosa_blanda_98016B, 44 Rosa_blanda_98016A, 45 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