#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 21:20 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Leache A., & Mcguire J. 2006. Phylogenetic Relationships of Horned Lizards (Phrynosoma) Based on Nuclear and Mitochondrial Data: Evidence for a Misleading Mitochondrial Gene Tree. Molecular Phylogenetics and Evolution, 39(3): 628-644. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1507] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=23; TAXLABELS Callisaurus_draconoides Cophosaurus_texanus Holbrookia_maculata Phrynosoma_asio Phrynosoma_blainvillii Phrynosoma_braconnieri Phrynosoma_cerroense Phrynosoma_cornutum Phrynosoma_coronatum Phrynosoma_ditmarsi Phrynosoma_douglasii Phrynosoma_goodei Phrynosoma_goodeixmcallii Phrynosoma_hernandesi Phrynosoma_mcallii Phrynosoma_modestum Phrynosoma_orbiculare Phrynosoma_platyrhinos Phrynosoma_solare Phrynosoma_taurus Phrynosoma_wigginsi Uma_notata Uta_stansburiana ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=22; TAXLABELS Callisaurus_draconoides Cophosaurus_texanus Holbrookia_maculata Phrynosoma_asio Phrynosoma_blainvillii Phrynosoma_braconnieri Phrynosoma_cerroense Phrynosoma_cornutum Phrynosoma_coronatum Phrynosoma_ditmarsi Phrynosoma_douglasii Phrynosoma_goodei Phrynosoma_hernandesi Phrynosoma_mcallii Phrynosoma_modestum Phrynosoma_orbiculare Phrynosoma_platyrhinos Phrynosoma_solare Phrynosoma_taurus Phrynosoma_wigginsi Uma_notata Uta_stansburiana ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=21; TAXLABELS Callisaurus_draconoides Cophosaurus_texanus Holbrookia_maculata Phrynosoma_asio Phrynosoma_blainvillii Phrynosoma_cerroense Phrynosoma_cornutum Phrynosoma_coronatum Phrynosoma_ditmarsi Phrynosoma_goodei Phrynosoma_goodeixmcallii Phrynosoma_hernandesi Phrynosoma_mcallii Phrynosoma_modestum Phrynosoma_orbiculare Phrynosoma_platyrhinos Phrynosoma_solare Phrynosoma_taurus Phrynosoma_wigginsi Uma_notata Uta_stansburiana ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1102] TITLE 'combined nuclear data (Figure 3)'; LINK TAXA = Taxa3; DIMENSIONS NCHAR=2215; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Phrynosoma_coronatum 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Phrynosoma_goodeixmcallii 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Phrynosoma_orbiculare 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Phrynosoma_platyrhinos 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Callisaurus_draconoides 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Cophosaurus_texanus 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Holbrookia_maculata 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Phrynosoma_cerroense 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Phrynosoma_douglasii 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Phrynosoma_goodei 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Phrynosoma_goodeixmcallii 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Phrynosoma_hernandesi 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Phrynosoma_platyrhinos 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Phrynosoma_wigginsi 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Cophosaurus_texanus 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Phrynosoma_cerroense 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Phrynosoma_cornutum 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Phrynosoma_ditmarsi 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Phrynosoma_solare 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Phrynosoma_wigginsi 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Uta_stansburiana 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; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7696; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Phrynosoma_asio, 2 Phrynosoma_cornutum, 3 Phrynosoma_hernandesi, 4 Phrynosoma_modestum, 5 Phrynosoma_orbiculare, 6 Phrynosoma_solare, 7 Phrynosoma_mcallii, 8 Phrynosoma_taurus, 9 Phrynosoma_platyrhinos, 10 Phrynosoma_goodei, 11 Phrynosoma_goodeixmcallii, 12 Phrynosoma_ditmarsi, 13 Phrynosoma_coronatum, 14 Phrynosoma_wigginsi, 15 Phrynosoma_blainvillii, 16 Phrynosoma_cerroense, 17 Uta_stansburiana, 18 Cophosaurus_texanus, 19 Uma_notata, 20 Callisaurus_draconoides, 21 Holbrookia_maculata; TREE Fig._3 = [&R] (((((((3,12),5),((9,10),4)),1,2),((13,(14,(15,16))),((7,8),6)))Phrynosoma,(20,(18,(19,21)))),17); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7697; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Phrynosoma_goodei, 2 Phrynosoma_platyrhinos, 3 Phrynosoma_braconnieri, 4 Phrynosoma_douglasii, 5 Phrynosoma_taurus, 6 Phrynosoma_mcallii, 7 Phrynosoma_ditmarsi, 8 Phrynosoma_orbiculare, 9 Phrynosoma_wigginsi, 10 Phrynosoma_cerroense, 11 Phrynosoma_asio, 12 Phrynosoma_coronatum, 13 Phrynosoma_modestum, 14 Phrynosoma_blainvillii, 15 Phrynosoma_cornutum, 16 Phrynosoma_hernandesi, 17 Phrynosoma_solare, 18 Uta_stansburiana, 19 Callisaurus_draconoides, 20 Holbrookia_maculata, 21 Cophosaurus_texanus, 22 Uma_notata; TREE 'Figs. 4, 5' = [&R] (18,((((20,21),22),19),(11,(15,((3,5)Brevicauda,(((((16,7),4),8)Tapaja,((2,1),13)Doliosaurus),((((14,(10,9)),12),6),17)Anota))))Phrynosoma)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7695; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Phrynosoma_solare, 2 Phrynosoma_hernandesi, 3 Phrynosoma_cornutum, 4 Phrynosoma_goodei, 5 Phrynosoma_goodeixmcallii, 6 Phrynosoma_blainvillii, 7 Phrynosoma_modestum, 8 Phrynosoma_coronatum, 9 Phrynosoma_asio, 10 Phrynosoma_cerroense, 11 Phrynosoma_orbiculare, 12 Phrynosoma_ditmarsi, 13 Phrynosoma_platyrhinos, 14 Phrynosoma_mcallii, 15 Phrynosoma_taurus, 16 Phrynosoma_wigginsi, 17 Phrynosoma_douglasii, 18 Phrynosoma_braconnieri, 19 Holbrookia_maculata, 20 Callisaurus_draconoides, 21 Uma_notata, 22 Cophosaurus_texanus, 23 Uta_stansburiana; TREE Fig._1 = [&R] (((((((((8,(6,(16,10))),(14,((4,5),13))),1),(7,(11,(17,(2,12))))),(18,15)),3),9),((19,22),(21,20))),23); END;