#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 18:50 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Tebbitt M., Forrest L., Santoriello A., Clement W., & Swensen S. 2006. A Phylogeny of Begonia Using Nuclear Ribosomal Sequence Data and Morphological Characters. Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1513] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=52; TAXLABELS Begonia_acetosella_acetosella Begonia_alpina Begonia_alveolata Begonia_amphioxis Begonia_balansana Begonia_boisiana Begonia_brevirimosa Begonia_cathayana Begonia_ceratocarpa Begonia_chloroneura Begonia_chlorosticta Begonia_circumlobata Begonia_cristata Begonia_diadema Begonia_dregei Begonia_geranioides Begonia_goegoensis Begonia_halconensis Begonia_handelii_handelii Begonia_handelii_prostrata Begonia_hayatae Begonia_hemsleyana Begonia_hernandioides Begonia_kingiana Begonia_labordei Begonia_leprosa Begonia_longicarpa Begonia_longifolia_AY044980 Begonia_longifolia_China Begonia_longifolia_Java Begonia_malachosticta Begonia_masoniana Begonia_morsei Begonia_multangula Begonia_muricata Begonia_oxysperma Begonia_palmata Begonia_pavonina Begonia_rajah Begonia_rex Begonia_robusta Begonia_roxburghii_Female Begonia_roxburghii_Male Begonia_rubella Begonia_silletensis Begonia_sp_nov_Sulawesi_254 Begonia_symsanguinea Begonia_taiwaniana Begonia_variabilis Begonia_versicolor Begonia_wenshanensis Begonia_xanthiana ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1115] TITLE rn_ITS; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=919; FORMAT DATATYPE=Standard SYMBOLS= "A B C G T R Y S M W K D V H" MISSING=? 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TTGTCGATTCCT-GC--GAATGCA-GAACAACCTGTGAACTAGTT--T-GCC-------TAACC-TCCTGCCG--CAAGC------------GGGAACGGTGTGTGGCACATCGGAGCT---------GCTT------------------GGTCCC-TG--TGCC--CCGCG-CCGCC----------TAAACGAAC-CAC-GGCGCAAGTCGCGCCAAGGAATCTAAAAATTAGAGCGCAGC--TCCCCTGCCCC-GGGTTTCGGGACGTGGGGG--TCC---TGTGACCTTT-GATCAAAA-TAT---CA-AAC-GACTCTCGACAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGTGAAATGCGATACTT-GGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAA-CCATCG-AGTTTTTGAACGCAA-GTTGCGCCC-GAAGCCTT-TTGGCTGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACACATCG-TAGCCCCCC---------CA-CCTAAA-----CCAAAAAAAAA--------CCAACGTCAATTCGT-C---GGTC--GAAGTT---GTCTC-TGTGCT---GTTTC---GAT----G-GT---------GTTTT----GG-C-GCT-T------------------GGGC---CTT----GGGT-GG--T---CGGG---------------GAGGCAAATTTGGCCTCCCGTGC-GGGCAA-CCTC-GCGGTTGGTCTAAATTGGAGTCCTCGGCGTCTT-GCGG-CGCGATCGACGGTGGTTTT---CAT--GCCCTCG---AATTGCA-TTGTGCTCGCGAGACGTGTTATGGGGAA-CTCTTTGATGACCC--TAA-TGCGTCGACTCGTCGGACAATACT----T-GCGAGAAGACGTTATCGAAGG Begonia_silletensis 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?TGTCGATTCCT-GC-KAAATGCA-GAACAACCCGCGAACTAGTT--T-GCC--------AACK-TCCCGCCC--CGTGC------------GGTGACAGCGCGGAGCATGTTGGAGCTGTGGACAGCGCTTT--------------CGCGCCCCC-TGCCCTGC--ATTCC-CCGCG--CCCCC---TAA-CGAAC-CCC-GGCGCGAGTCGCGTCAAGGAATCTGAAACTTAGAACGCGGC--TCCCCTGCCCC--GATTTCGGGACGCAGGGG--TCC---TGCGAACTT--GATCA----TAT---CA-AAC-GACTCTCGACAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGTGAAATGCGATACTT-GGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAA-CCATCG-AGTTTTTGAACGCAA-GTTGCGCCC-GAAGCCTT-CTGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCG-TAGCCCCCC--------GCA-CCCAAA------CAAAAAAAA---------CCAACGCCAATCCAT-C---GATG--GAAGCA---GACTC--GTGCT---GCTTC---GTT----G-GGG--------GTTTT----GG-T-GGC-T------------------GGCC---TTT----GGGC-GA--T---CGGG---------------GAGGCGACGTTGGCCTCCCGTAT-GGGCAA-CCTG-GCGGTTGGTCTAAATTTGAGTCCTCGGCGTCTT-GCGG-CGCGATCGACGGTGGTTGC---CAT--GCCCTCGACGAATTACA-TTGTGCCTGYGAGGCGCGCTGTGGGGAA-CTCCTCGACGACCC--TAA-TGAGTCGGSTGGTYGGAS????????????????????????????????? Begonia_symsanguinea ?TGTCGATTCCT-GC-AAAATGCA-GAACAACCCGCGAACAAGTT--TTTCC--------AATG-TCCCGCTG--CGCGC------------GGGAATGGCGCGGGGCGCGTCGGAGTTGCAGCTCGCGCTT--------------GCTCGAGCCC-AGCCTCGC--ACGCC-TCGTG--CCCCC---TAA-CGAAC-CCC-GGCGCGAGTCGCGTCAAGGAATCTAGAACTTAGAATGTTGA--TGCCCTGCCCCA-AATTTTGGGACGTAGGGG--TCT---TCTGATCTT--GATCA--CATAT---CA-AAC-GACTCTCGACAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGTGAAATGCGATACTT-GGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAA-CCATCG-AGTTTTTGAACGCAA-GTTGCGCCC-GAAGCCTT-CTGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCG-TAGCCCCCT--------GCA-CCCAAA-------AAAAAAA----------CCAAGT-CAATCCCT-C---GATC--GAAMYA---GACTC--GTGCT---GCTTC---GTT----G-TG---------GTTTT----G--T-----T------------------GGCC---TTT----GGGT-GG--T---CGGG---------------GAGGCGACGTTGGCCTCCCGTGC-GGGTAR-CYTC-GCGGTTGGTCTAAATTTGAGTCCTCGGCGTCTT-GCGG-CGCGATCGACGGTGGTTGT---CAT--GCCCTCGACGAATTACT-TTGCGCTTGCGAGACGCGTGCTTGGGTA-CTCCTCGTCGACCC--TAAATGCGTCGACTCGTTGGACR-CACC----A-GCGAGAAGGCGTTATCGAAGC Begonia_taiwaniana 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??GTCGATTCCT-GC-AGAATGCA-GAACAACCCGCGAACTAGTT--T-GGC--------AACG-TCCCGCCC--CGTGC------------GGGAACGGCGCGGAGCACGTCGGAGCAGTGGACAGCGC----------------------GCCC-TGCCTCGC--ATGCC-CCGCG--CCCCCC--TAA-CGAAC-CCC-GGCGCGAGTCGCGTCAAGGAATCTGAAACTTAGAACGCGGC--TCCCCTGCCCC--GTTTTCGGGATGCAGGGGG-TCC---TGCGAACTT--GATCA----TAT---CA-AAC-GACTCTCGACAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGTGAAATGCGATACTT-GGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAA-CCATCG-AGTTTTGGAACGCAA-GTTGCGCCC-GAAGCCTT-CTGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCG-TAGCCCCCCCCC-----GCA-CCCAAA------CAAAAAGA----------CCAACACCGGTCCAT-C---GATC--GGAGCA---GACTG--GTGCT---GCTTC---GTC----G-GGG--------ATTTC----GG-T-CGC-T------------------GGCC---TTT-GT-GCGC-GG--T---CGGG---------------GAGGCGACGTTGGCCTCCCGTAT-GGGCAA-CCTC-GCGGTTGGTCTAAATTTGAGTCCTCGGCGTCTT-GCGG-CGCGATCGACGGTGGTTGC---CAT--GCCCTCGACGAATTACA-TTGCGCCCGCGAGGCGCGCCGTGGGGAA-CTCCTCGACGACCC--TAA-CGCGTCGACTCGTCGGACAACACC----G-GCGAGGAGACGTTATCGAAGC Begonia_wenshanensis TTGTCGATTCCT-GC-AAAATGCA-GAACAACCCGCGAACTAGTT--T-GCC--------AACG-TCCCGCCC--CGTGC------------GGGAACGGCGCGGAGCACGTCGGAGCTGTGGACAGCGCTT--------------CTGCGCCCCC-TGCCTCGC--ATGCC-CCTCG--CCCCC---TAA-CGAAC-CCC-GGCGCAAGTCGCGTCAAGGAATCTGAAACTTAGAACGTGGA--TCCCCATGCCCC-GTTTTTGGGATGCAGGGG--TCT---TGCGAACTT--GATCA----TAT---CA-AAC-GACTCTCGACAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGTGAAATGCGATACTT-GGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAA-CCATCG-AGTTTTTGAACGCAA-GTTGCGCCC-GAAGCCTT-CTGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCG-TAGCCCCCC--------GCA-CCCAAA------CAAAAAGA----------CCATCACAAATCCAT-C---GATT--AAGCA---G-ACTG--GTGCT---GCTTC---GTT----G-GGA--------AATTT----GG-T-TGC-T------------------GGCC---TTT----GGGC-GG--T---CGGG---------------GAGGCGACGTTGGCCTCCCGTAT-GGGCAAACCTC-GCGGTTGGTCTAAATTTGAGTCCTCGGCGTCTT-GCGG-CGCGATCGACGGTGGTTGC---CAT--GCCCTCGACGAATAACA-TTGTGCCTGCGAGGCGCGCCGTGGGGAT-CTCCTCGACGACCC--TAA-CGCGTCGACTCGTCGGACAACACC----G-GCGAGAAGACGTTATCGAAGC Begonia_xanthiana TTGTCGATTCCT-GC-AAAATGCA-GAACAACCCGCGAACTAGTT--T-GCC--------AATG-TCCCGCCT--TGTGC------------GGGAACAGCGCGGAGCACGTTGGAGCTGTGGACAGCGCTTTT--------------GCGCTCCC-TGCCCTGC--ATGCC-CCGCG--CCCCC---TAA-CGAAC-CCC-GGCGCGAGTTGCGTCAAGGAATCTAAAACTTAGAACGCGGC--TCCCCTGCCCC--GATTTCGGGACGTAGGGG--TCC---TGCGAACTT--GATCA----TAT---CA-AAC-GACTCTCGACAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGTGAAATGCGATACTT-GGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAA-CCATCG-AGTTTTTGAACGCAA-GTTGCGCCC-GAAGCCTT-CTGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCG-TAGCCCCCC--------GCA-CCCAAA------CAAAAAAAA---------CCAACACTAATCCAT-C---CATC--GAAGAA---CACTT--GTGCT---GCTCC---GTT----G-GGG--------GTTTT----GG-T-GGC-T------------------GGCC---AAT----GAGG-G---T---CGGG---------------GAGGCGATGTTGGCCTCCCGTAT-GGGCAA-CCTC-GCGGTTGGTCTAAATTTGAGTCCTCGGCGTCTT-GCGG-CGCGATCGRCGGTGGTTGC---CAT--GCCTTCGACGAATTACA-TTGTGCCTGCGAGGCGCGCCGTGGGGAA-CTCCTCGACGACCC--TAA-TGCGTTGACTCGTCGGACAACACC----G-GCGAGAAGACGTTATCGAAGC ; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7711; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Begonia_hemsleyana, 2 Begonia_hayatae, 3 Begonia_handelii_prostrata, 4 Begonia_handelii_handelii, 5 Begonia_halconensis, 6 Begonia_goegoensis, 7 Begonia_geranioides, 8 Begonia_dregei, 9 Begonia_diadema, 10 Begonia_cristata, 11 Begonia_circumlobata, 12 Begonia_chlorosticta, 13 Begonia_chloroneura, 14 Begonia_ceratocarpa, 15 Begonia_cathayana, 16 Begonia_brevirimosa, 17 Begonia_boisiana, 18 Begonia_balansana, 19 Begonia_amphioxis, 20 Begonia_alveolata, 21 Begonia_alpina, 22 Begonia_acetosella_acetosella, 23 Begonia_xanthiana, 24 Begonia_wenshanensis, 25 Begonia_versicolor, 26 Begonia_variabilis, 27 Begonia_taiwaniana, 28 Begonia_symsanguinea, 29 Begonia_sp_nov_Sulawesi_254, 30 Begonia_silletensis, 31 Begonia_rubella, 32 Begonia_roxburghii_Male, 33 Begonia_roxburghii_Female, 34 Begonia_robusta, 35 Begonia_rex, 36 Begonia_rajah, 37 Begonia_pavonina, 38 Begonia_palmata, 39 Begonia_oxysperma, 40 Begonia_muricata, 41 Begonia_multangula, 42 Begonia_morsei, 43 Begonia_masoniana, 44 Begonia_malachosticta, 45 Begonia_longifolia_Java, 46 Begonia_longifolia_China, 47 Begonia_longifolia_AY044980, 48 Begonia_longicarpa, 49 Begonia_leprosa, 50 Begonia_labordei, 51 Begonia_kingiana, 52 Begonia_hernandioides; TREE Fig._2 = [&R] ((((((((((((33,32),(9,(35,23))),((27,5),29)),(1,11)),((((22,46),(45,10)),(47,2)),(30,(4,3)))),15),(((37,(34,41)),21),38)),((((14,48),25),(24,20)),18)),(26,(((6,40),36),((13,52),39)))),(31,50)),(((((19,44),((16,28),12)),51),(49,(42,43))),17)),7,8); END;