#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 3:18 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Meireles J., Tozzi A., & Lavin M.T. 2014. A Phylogenetic Analysis of Molecular and Morphological Data Reveals a Paraphyletic Poecilanthe (Leguminosae, Papilionoideae). Systematic Botany, 39(2). TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15171] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=35; TAXLABELS Brongniartia_alamosana Brongniartia_inconstans Brongniartia_peninsularis Clathrotropis_nitida Cyclolobium_brasiliense_1 Cyclolobium_brasiliense_2 Cyclolobium_nutans Diplotropis_martiusii_1 Diplotropis_martiusii_2 Harpalyce_brasiliana_1 Harpalyce_brasiliana_2 Harpalyce_hilariana Hovea_elliptica Hovea_purpurea Leptolobium_dasycarpum Leptolobium_elegans Leptolobium_nitens Ormosia_arborea Poecilanthe_amazonica Poecilanthe_effusa_1 Poecilanthe_effusa_2 Poecilanthe_falcata_1 Poecilanthe_falcata_2 Poecilanthe_fluminensis Poecilanthe_grandiflora Poecilanthe_hostmannii Poecilanthe_itapuana_1 Poecilanthe_itapuana_2 Poecilanthe_ovalifolia Poecilanthe_parviflora_1 Poecilanthe_parviflora_2 Poecilanthe_subcordata Poecilanthe_ulei Tabaroa_caatingicola Templetonia_hookeri ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M20162] TITLE Poecilanthe_ITS; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=770; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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TTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGCTGAAGCTCTCACAAGCAACGCGACTCGTGAATCTGTTGGACTGCCG--GGGGGCG---TCAGGGGGTGT-TCTGCACCATGGCCCCTCGCTCGT-GCT-GGGAGG--CACCCGCCTCGCGCGGATTCT---TCTTGGCC---GAGCAACTT---GAAAACCCCGGCGCCGAATGCGCCAAGGAAATCGAAATCGTTTAGCGCG-C--CCAC--GTCGCC-CCGGAGACGGTGC--------GGGTGG-CGCT-GTCGC-----------GAATCCAATATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCC?GAAGCCATTAGGCTGAGGGCACCCCTGCCTGGGTGTCGCACATTGTTGCCCC---AATG--CCGGTGCCTCGCGCTGAGGGGGCATCGA----GCG-GGGCGAGCGTTGG--CTTCCCGTGAGCGTC-GTCTCGCGGTTGGTTGAAAAATCGAGC-CCGTGGTGCGGAGCGCACCGCGATAGACGGTGGTTGAGCAA-AAAGCTC-GAGACCAG----TCGTGCGTGTCAGCCCACCGA---CCTCGGGACTCTGTTACC-CA-CGAGCGCC--GATTGGTCGCGCCCTTAACGGGACCTCAGGTCAGGCGGGGCTACCCGCTGAGTTTAAGCATATCA Harpalyce_brasiliana_1 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Harpalyce_hilariana TTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAAGC-CTCACAAGCAGTGCGACACGAGAATATGTTTGAAT---------------ATC-ACG----------------------------GT-GCC-GGGATG--CGGTCGCCACGTGCGGCCTCC---GGCCGGCCGAAAACCAA------CCAAACCCCGGCGCAGAACGCGCCAAGGAACTCGAAATAGTTCGGCGCG-C--CCCCT-GCCGGC-CCGGAGACGGTGTCTGC--GTGGGGGG-CGTC-GCGAC-ACGCTAATAAAATTCCAAAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCGCACATCGCTGCCCC---AATC--TCGACGCCTCGC----CGCAGGCGCGGG----TCC-GGGCGAATGCTGG--CCTCCCGGGAGCATC-GTCTCGCGGTTGGCTT-AAAGTCGAGC-CCGTGGT--GGAGCGTACCGCGACGGATGGTGGTTGAGGAA--AAGCTC-GAGACCAG----TCGCGCGCGTCGCGCTCCCCT---CTTCGGGACTCCGTGACC-CA-CGAGCGGC--CGTCGGTCGCCCAC--AATGGGACCTCAGGTCAGGCGGGGCTACCCGCTGAGTTTAAGCATATCA Hovea_elliptica ----------------------------ATTGTCGAAGC-CTCACAAGCAGTGCGACTCGCGAATTTGTTTGACTTGAT--TGGGGCG--GGC-AGGGGTGC-TCGACGCCTCGGCCTCCCC--GGT--CT-GGGAGG--AGCCCGCCTAGTGCGGTCTCC---GGCCGGC----AAACAA------CC-AACCCCGGCGCCAAATGCGCCAAGGAACTAGAAATTGTTCGGTGCG-C--CCCC--GTCGGC-CCGGAGACGGTGCTCGT--G-CGGGGG-CGTC-GCGAC-ACG-------AATTCCAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCGCACATCGTTGCCCC---ATTC--CCGGTGCCTCGT----CGCAGGCGCCGG----GCG-TGGCGAATGCTGG--CTTCCCGGGAGCACC-GTCTCGCGGTTGGCTG-AAAGTCGGGC-CCGTGGT--GGAGTGCACCGCGACGGATGGTGGATGAGGG-----ACTC-GAGACCAG----TCGCGCGCGT-GGCCTCCCCT---TTTC-GCACTCTGTGACC-CA-CGAGCGG---ATTCGGTCGCCCAC--AACGGGACCTCAGGTCAGGCGG--------------------------- Hovea_purpurea ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Leptolobium_dasycarpum TTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAAGC-CTCACGAGCAGTGCGACCCGCGAATCTGTTTGACCGCCC--GGGGGTG----------------------CCCGGCCCCTCGCTCGT-GCC-GGGAGGG-TGAATGGCCCGCGCGGTCTCACCGTCACGGCC---GAGCAAACTCAAAAGAATCCCGGCGCCGGACGCGCCAAGGAATCCGAAATCGTCCCGTGCG-C--CCCC--GTCGGC-CCGGGGACGGTGCCCGT--GCGGGTGG-CGTC-GCGAA-GCGAGAACAGAGATCTAGAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCCTGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCGCACATCGTTGCCCC--AGA{CT}G--CCCGCGCCCCGCGCTGAGGGGGCGACGG----GCG-GGGCTAGCGCTGG--CCTCCCGCGAGGAAC-GTCTCGCGGCTGGCTG-AAAATCGAGT-CCGTGGT--GGGTCGCGCCGCGA{AG}GGATGGTGGTTGAGTGA--AGGCTC-GAGACCAG----TCGTGCGCGTGAGCCCACCGG---CCCTGGGACTCCGTGACC-CATCGGGCGCCCGCGTCGGTCGTCCAC--GACGGGACCTCAGGTCAGGCGGGGCTACCCGCTGAGTTTAAGCATATCA Leptolobium_elegans 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TTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGATGC-CTCACGAGCAGTGCGACCCGCGAATTTGTCTGACCACCT--AGGGGTG--GCT-CGCGGTGC-TTAACGCGTCGGCCCCCT----GC-GCC-GGGAGG--CGCCCACCTGGTGCGGCCTCC---TCCTGGCC---GAACAA------CAAAACCCCGGCGTCGAATGCGCCAAGGAACCCGAAATAGTCCAGTGCG-C--CCCC--GTCGAC-CTGGAGACGGTGCTCGT--GGGGGTGG-CGTT-GTGAC-ACGTG------AATCCAAAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCCCTTGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCGCACATCGTTGCCCC--TTACG--CCAGTGCCTCGT----GCTAGGCGCCGA----GCG-GGGTGAATGCTGG--CTTCCCGTGAGCATG-GTCTTGCGGTTGGTTG-AAAACTGGGT-CCGTGGC--GGAGGGCACCACGACGGAGGGTGGTTGAGTGA--AAGCTC-GAGACCGG----TCGTGTGTGTCTCTCTGCCTG---CTCCGGTACTCTGTGACC-CA-TGAGCGCC--AGTGGATTGCCCAT--AACGGGACCTCAGGTCAGGCGGGGCTACCCGCTGAGTTTAAGCATATCA Poecilanthe_amazonica 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TTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAAGC-CTCGCAAGCAGCACGACCCGCGAATATGTTTCACTTCAT--AGGGGTGTAGCC-AGGGGTGC-TCGACTCCTAGGCCCCTCT---GT-GCT-GGGAGG--CGACTGCCTTGTGCGGTCTCC---CCCCGGTCG-AAATTAA------CCAAACCCCGGCGCCAAATGCGCCAAGGAACTCGAAATCATTCGGTGCG-CCACCCC--GTCGGT-CCGGAGACGGTGCCCGT--GCGGGGGT-CATT-GCGAC-ACGCGA--AAGAATCCAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCGCACATCGTTGCCCCAAAAAAG--ACGGCGCCTCAT----CGCAGGAGCCGG----GCT-GGGTGAATGTTGG--CTTCCCGGGAGCATC-GTCTCGCGGTTGGCTG-AAAGACGAGC-CTGTGAT--GGAGTGCACTGCGACGGATGGTGGTTGAGGAA--AAGCTC-GAGGCCAG----TCGCGCGCGTCGCGCTTCCCC---CTTTTGGGCTAATTGACC-CA-CGAGCGGC--AATTGGTCGCCTAC--AACGGGACCTCAGGTCAGGCGGGGCTACCCGCTGAGTTTAAGCATATCA Poecilanthe_effusa_2 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Poecilanthe_falcata_1 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Poecilanthe_falcata_2 --------------------------TCATTGTCGAAGC-CTCGAAAGCAGCGCGACACGTGAATTTGTTTGACTGCAT--GTGGGTG--GCC-AGGGGTGC-TTGACGCCCCGGCCCCTC---GGT-GCT-GGGGGG--GCCCTGCCCTGCGCGGTCTCC---TCCCGGC----AAACAA------CC-AACCCCGGCGCTGTATGCGCCAAGGAACTCGAAATCGTTCAGTACG-C--CCCC--TAAGGC-CCGGAGACGGTGCTCGC--G-GGGCGG-CGCC-ACGAC-GCTTGG-------ATCATAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCGTTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCGCACATCGTTGCCCC---TACG--CCGGT---------------------------GCAGGGGCGAATGTTGG--CTTCCTGTGAGCACT-GTCTCGCGGTTGGCTG-AAAGTCGAAC-CTGTGGT--GGAGTGCACCGCGACGGATGGCGGTTGAAGGA----ACTC-GAGACCAG----TCGCGCGTGTCGCCCTCCGTG---CTTC-GGACTCTGTGACC-CA-CGAGCGA---TGCCAGTCGCCCAC--AACGGGACCTCAGGTCTCGCGG--------------------------- Poecilanthe_fluminensis TTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAAGC-CTCACAAGCAGTGGGACACGCGAATTTGTTTGACTGCAT-AGGGGGTG--GCC-AGGGGTGC-TCGACGCCTCGGCCCCTC---GGT-GCT-GGGAGG--CGCCTGCCCTGCGTGGTCTCC---TCCCGGCC---GATCAA------CCAAACCCCGGCGCTGAATGCGCCAAGGAACCCGGAATCGTTCGTTGCG-C--CCCCTATTAGGC-CCGGAGACGGTGCCCGC----GGGAGG-CGCC-GCGAC-GCGTGT----TAAACCATAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCAAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCGCACATCGTTGCCCC---AACG--CCGGTGCCTCGA----CGCAGGCGCCGG----GCA-GGGCGAATGTTGGCTCTTCCCGGGAGCACT-GTCTCACGGTTGGCTG-AAAGTCGAGC-CCGTGGT--GGAGTGCACCGCGACGGATGGTGGTTGAGGAA-AAAGCTC-GAGACCAG----TCGCGCGTGTCGCCCTCCCCC--GCTTCGGGACTCTGTGACC-CA-CGAGCGGC--TGCCGGTCGCCCAC--AACGGGACCTCAGGTCAGGCGGGGCTACCCGCTGAGTTTAAGCATATCA Poecilanthe_grandiflora ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????------------------???????????????---???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Poecilanthe_hostmannii ----------TGAACCTGCGGTAGGATCATTGTCGAAGC-CTCCCAAGCAGTGCGACACGCGAATTTGTTGGACTTCAA--GGGGGTG--GTC-GGGGTTGC-TCGAAACCTCGGCCCCTC---GGTGGCT-GGGAGG--CGCCCGCCTTGCGCGGTCTCC---GCCCGGCCG-AAAACAA------CCAAACCCGGGCGCGGAATGCGCCAAGGAACTCGAAATCGCTCGGTGCG-C--CCCC--GTCGGC-CCGGAGACGGTGCCCAC--G-CGGGGGTCGTCCGCGAC-AACCGA--AGAAATCCAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTA{AG}CGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGCGTC????????TTGCCCC---AATGCCCCCCTGCCTCGT----CGCATGCACAGG----?CA-GGGCGAAA?TTGG--CTTCCCGGGAGCAGC-GCCTCGCGGTTAGCTG-AAAGTCTA?C-CCGGGGT--GGAGTGCACCGCGAC?GATGGTGGAAGAGGAGAAAAGCTCGAA?ACCAG----TC??????GTC??????CCCG---ACACGG?ACTCCGAGACC-CG-CGAGCGGC--CGTCTGTCGCCCAC--AGCGGGACCTCAGGTCAGGCGGGGCTACCCGCTGAGTTTAAGCATATCA Poecilanthe_itapuana_1 TTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAAGC-CTCACGAGCAGCGTGACACGCGAATTTGTTTGACTGCAT--GAGGGTG--GCC-AGGGGCGCTTTGACGCCTCGGCCCCTC---GGT-GCT-GGGGGTG-CGCCTGCCCTACGCGGTCTCC---TCCCCGGCC--AAACAA------CCAAACCCCGGCGCTGAATGCGCCAAGGAACTCGAAATTGTTCGGTGCG-C-ACCCC--GTAGGC-CCGGAGACGGTGCTCAC----GGGTGG-TGCC-ACGAC-GCTTGG----AAGATCATAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCTGTTAGGCTGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCGCACATCGTTGCCCC---TATC--CTGGT---------------------------GCAGGGGTGAACGTTGG--CTTCCCGTGAGCACT-GTCTCACGGTTGGCTG-AAAGTCGAGC-TTGTGGT--GGAGTGCACCGCGACGGATGGTGGTTGAGGAA-AGAGCTC-GAGACCAG----TTGCGCGTGTCGCTCTCCCGT--GCTTCGAGACTCTGTGACC-CA-CGAGCGAC--TGCCAGTCGCCCAC--AATGGGACCTCAGGTCAGGCGGGGCTACCCGCTGAGTTTAAGCATATCA Poecilanthe_itapuana_2 --------------------------TCATTGTCGAAGC-CTCACGAGCAGCGTGACACGCGAATTTGTTTGACTGCAT--GAGGGTG--GCC-AGGGGCGCTTTGACGCCTCGGCCCCTC---GGT-GCT-GGGGGTG-CGCCTGCCCTACGCGGTCTCC---TCCCCGGCC--AAACAA------CCAAACCCCGGCGCTGAATGCGCCAAGGAACTCGAAATTGTTCGGTGCG-C-ACCCC--GTAGGC-CCGGAGACGGTGCTCAC----GGGTGG-TGCC-ACGAC-GCTTGG----AAGATCATAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCTGTTAGGCTGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCGCACATCGTTGCCCC---TATC--CTGGT---------------------------GCAGGGGTGAACGTTGG--CTTCCCGTGAGCACT-GTCTCACGGTTGGCTG-AAAGTCGAGC-TTGTGGT--GGAGTGCACCGCGACGGATGGTGGTTGAGGAA-AGAGCTC-GAGACCAG----TTGCGCGTGTCGCTCTCCCGT--GCTTCGAGACTCTGTGACC-CA-CGAGCGAC--TGCCAGTCGCCCAC--AATGGGACCTCAGGTCAGGCGGGGCTACCCGCTGAGTTTAAG------- Poecilanthe_ovalifolia ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Poecilanthe_parviflora_1 TTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAAGC-CTCACGAGCAGCGTGACACGCGAATATGTTTGACTGCAT--GAGGGTG--GCC-AGGGGTGCTTTGACGCCTCGGCCCCTC---GGT-GCTGGGGGGGGTGCGCTGCCCTACGCGGTCTCC---TCCCCGGCC--AGACAA------CCAAACCCCGGCGCTGAATGCGCCAAGGAACTCGAAATTGTTCGGTGCG-C-ACCCC--GCTGGC-CCGGAGACGGTGCTCAC----GGGTGG-TGCC-ACGAC-GCTTGG----AAGATCATAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCTGTTAGGC{CT}GAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCGCACATCGTTGCCCC---TGTC--CTGGT---------------------------GCAGGGGCGAACGTTGG--CTTCCCGTGAGCACT-GTCTCATGGTTGGCTG-AAAGTCGAGC-TTGTGGT--GGAGTGCACCGTGACGGATGGTGGTTGAGGAA-GGAGCTC-GAGACCAG----TTGCGCGTGTCGCCCTCCCGT--GCTTCGAGACTCTGTGACC-CA-CGAGCGAC--TGCCAGTTGCCCAC--AATGGGACCTCAGGTCAGGCGGGGCTACCCGCTGAGTT-AAGCATATCA Poecilanthe_parviflora_2 --------------------------TCATTGTCGAAGC-CTCACGAGCAGCGTGACACGCGAACATGTTTGACTGCAT--GAGGGTG--GCC-AGGGGTGCTTTGACGCCTCGGCCCCTC---GGT-GCTGGGGGGG-TGCGCTGCCCTACGCGGTCTCC---TCCCCGGCC--AGACAA------CCAAACCCCGGCGCTGAATGCGCCAAGGAACTCGAAATTGTTCGGTGCG-C-ACCCC--GCTGGC-CCGGAGACGGTGCTCAC----GGGTGG-TGCC-ACGACGGCTTGG----AAGATCATAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCTGTTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCGCACATCGTTGCCCC---TGTC--CTGGT---------------------------GCAGGGGCGAACGTTGG--CTTCCCGTGAGCACT-GTCTCATGGTTGGCTG-AAAGTCGAGC-TTGTGGT--GGAGTGCACCGTGACGGATGGTGGTTGAGGAA-GGAGCTC-GAGACCAG----TTGCGCGTGTCGCCCTCCCGT--GCTTCGAGACTCTGTGACC-CA-CGAGCGAC--TGCCAGTTGCCCAC--AACGGGACCTCTAGTCAGGCGG--------------------------- Poecilanthe_subcordata --------------------------TCATTGTCGAAGC-CTCACGAGCAGCGTGACACGCGAATTTGTTTGACTGCAT--GAGGGTG--TCC-AGGGGCGCTTTGACGCCTTGGCCCCTC---GGT-GCT-GGGGGTG-CGCCTGCCCTACGCGGTCTCC---TCCCCGGCC--AAACAA------CCAAACCCCGGCGCTGAATGCGCCAAGGAACTCGAAATTGTTCGGTGCG-C-ACCCC--GCAGGCACCGGAGACGGTGCTCAC----GGGTGG-TGCC-ACGAC-GCTTGG----AAGATCATAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCTGTTAGGCTGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCGCACATCGTTGCCCC---TATC--TTGGT---------------------------GCAGGGGCGAGCGTTGG--CTTCCCGTGAGCACC-GTCTCACGGTTGGTTG-AAAGTCGAGCTTTGTGGT--GGAGTGCACCGCGATGGATGGTGGTTGAGGAA-ATAGCTC-GAGACCAG----TTGCGCGTGTTTCTACCCCGT--GCTTCGAGGCTCTGTGACC-CA-CGAGCGAC--TGCCAGTCGCCCAC--AATGGGACCTCAGGTCAGGCGGGGCTACCCGCTGAGTTTAAG------- Poecilanthe_ulei ----------TGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAAGC-CTCGAAAGCAGCGCGACACGCGAATTTGTTTGACTGCAT--GTGGGTG--GCCAAGGGGTGC-TTGACGCCTCGGCCCCTC---GGT-GCTGGGGGGGG-C{CG}CTTGCCCTG{CG}TGGTTTTCT---TCCC{CG}GGCA--AACCAA------CCAAA-CCCGGC{CG}{CG}TGTA{AT}GGCCCCAAGAACTT{CG}AAATTCTTTCATGG{CG}{CG}C--CCCCT-{AT}AAGGC-CCGGAGACGGTGCTCGC--G-GGGCGG-CGCC-ACGAC-GCTTGG----AAGATCATAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCGTTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCGCACATCGTTGCCCC---TATG--CCGGT---------------------------GCAGGGGCGAATGTTGG--CTTCCCGTGAGCACT-GTCTCACGGTTGGCTG-AAAGTCGAGC-CTGTGGT--GGAGTGCACCGCGACGGATGGTGGTTGAGGGA-AGAGCTC-GAGACCAG----TCGCGCGTGTCGCCCTCCCGT--GCTTCGGGACTCTGTGACC-CA-CGAGCGAC--TGCCAGTCGCCCAC--AACGGGACCTCAGGTCAGGCGGGGCTACCCGCTGAGTTTAAGCATATCA Tabaroa_caatingicola --------------------------TCATTGTCGAAGC-CTCGCAAGCAGGGCGACGCGCGAATCAGTTTCACCTCAC--GGGGCT----------------------CCTGGGCCCCTCC---TCGGCGCGGGAG---CGGGG-------GCAGTCCCT---GCCCGGCCGAGAACCAA------CCAAACCCCGGCGCGGAATGCGCCAAGGAACTCGAAATCGTTCGGTGCT-{CT}--GCAC--GCCGGCGCCGGAGACGGTGCCCGGC-GCGGCGGG-CGTC-GCGAC-GCGCAA--GAAGATCCAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCGCACATCGTTGCCCC---GACG--CCGGCGCCTCGT----CGCAGGGGCCGGA--TGCG-GGGCGAATGCTGG--CCTCCCGGGAGCGTC-GTCTCGCGGCTGGCCG-AAAGACGAGC-CCGCGGC--GGAGTGCGCGGCGACGGATGGTGGTTGA-------------GAGACCAG----TCGCGCGCGTCGCCCTCCCCG---ATACGGGGCTCCGTGACC-CT-CGAGCGGC--GATCGGCCGTAAAC--AACGGGACCTCAGGTCAGGCGGGGCTACCCGCTGAG------------- Templetonia_hookeri --------------------------TCATTGTCGAAGC-CTCACAAGCAAAGCGACTCGCGAATTTGTTTGACTCGATTGTGGGGCG--GGC-AGGGGTGC-TCGACGCCTCGGCCCCCCC--GGT-GCT-GGGAGG--CGCCGGCCTAGTGCGGTCTCC---GCCCGGCCG-AAAATAA------CCAAACCCCGGCGCTGAATGCGCCAAGGAACTAGAAATCGTTCGGTGCG-C--CCCC--GTCAGC-CCGGAGACGGTGCCCAC--G-CGGGGG--GTC-GCGAC-ACGCGAGTTAAAATCCAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCGCACATCGTTGCCCC---ATTC--CCGGTGCCTCGT----CGCAGGCGCCGG----GGGATGGCGAATGCTGG--CTTCCCGGGAGCACC-GTCTCGCGGTTGGCTG-AAAGTCGAGC-CCGTGGT--GGAGTGCACCGCGACGGATGGTGGTTGAGGG---AAACTC-GAGACCAG----TCGCGCGCGTCGGCCTCCCCG---TTTCGGGACTCTGTGACC-CG-CGAGCGGC--ATTCGGTCGCCCAC--AGCGGGACCTCAGGTCAGGCGGGGCTACCCGCTGAGTTAAGC------- ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M20164] TITLE Poecilanthe_Morphology; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=59; FORMAT DATATYPE=Standard SYMBOLS= "0 1 2 3" MISSING=? GAP= -; CHARSTATELABELS 1 'Leaf type (mostly)' / multifoliolate unifoliolate simple, 2 Leaflet_attachment / opposite alternate, 3 Leaflet_peltate_glands / absent present, 4 'resting buds (size)' / 'inconspicuous (to 2 mm long)' 'conspicuous (over 3 mm long)', 5 Resting_buds_protected_by_scales / absent present, 6 Inflorescence_type / highly_branched_panicle 'single raceme / poorly branched panicle' paired_racemes single_flowers, 7 Floral_symmetry / radial bilaterally_symmetrical asymmetrical, 8 Hypanthium / straight curved, 9 Calyx_lobes_aestivation / valvate imbricate, 10 Calyx_lobes_differentiation / 'equal/subequal' 2_upper_highly_connate strongly_bilabiate, 11 Standard_petal_differentiation / absent present, 12 Standard_petal_base / acute 'obtuse/rounded' distinctly_auriculate, 13 Standard_petal_auricles / straight inflexed, 14 Wing_petals_differentiation_from_the_keel_petals / 'absent (subequal) ' 'present (distinct)', 15 Wing_petal_base / attenuate 'auriculate (upper part)' 'biauriculate (lower auricle smaller)', 16 Wing_petal_articulation_to_the_keel / absent 'upper part depression (plicate wing)' 'inner turgid callous (wing not plicate)', 17 Wing_petal_sculpturing / absent present, 18 Keel_petals / free adherent, 19 Keel_contortion / absent present, 20 'Keel petal boss (lateral protusion)' / absent present, 21 Keel_petals_margin / glabrous ciliate, 22 Stamens_fusion / absent present, 23 Stamens_adelphy / diadelphous diadelphous_to_monadelphous monadelphous, 24 Vexilary_stamen / free adherent_to_the_base_of_the_standard_claw, 25 Filaments_length / 'equal/subequal' two_clearly_distinct_lengths, 26 'Anthers size (among the two whorls)' / equal 'subequal (less than 50% difference)' 'distinctly dimorphic (difference around 100%)', 27 'Anthers (filament attachment)' / all_basifixed all_dorsifixed 'alternating basifixed / dorsifixed', 28 Anther_connective / inconspicuous conspicuous, 29 Ovary_stipe / 'absent (sessile)' 'present (stipitate)', 30 Stigma_shape / 'punctiform (including subcapitate)' capitate bilobed, 31 Fruit_type / samaroid nucoid legume, 32 Fruit_sutural_margin / plane ridged longitudinally_winged, 33 Fruit_septation / absent present, 34 Seed_growth / regular overgrown, 35 Testa_consistency / hard coriaceous 'membranaceous/papery', 36 Testa_colour / Unicoloured bicoloured, 37 Funicle_distinctiveness / indistinct distinct, 38 'Funicle type (when distinct)' / free adherent_to_the_endocarp, 39 Hilum_direction / 'straight (to the suture)' 'curved downward (to the endocarp) ', 40 'Hilum (persistence of a funicle remnant)' / absent present, 41 'Hilar groove (faboid split)' / absent present, 42 Aril / absent poorly_developed well_developed, 43 Aril_type / 'annular (symmetrical)' 'one-lipped (asymmetrical)', 44 Micropyle / not_visible visible, 45 Lens / not_visible visible, 46 Raphe / not_visible_ 'running 1/2 of the seed' 'running 3/4 of the seed', 47 Post_chalazal_ramifications / absent not_reaching_the_hilum reaching_the_hilum, 48 Endosperm / absent present, 49 Seed_position_to_the_fruit_length / longitudinal_ transversal_, 50 Cotyledon_base / obtuse_to_rounded distinctly_auriculate, 51 Cotyledon_lobes_overlapping / absent present, 52 'Epicotyl / hypocotyl-root axis' / shorter 'longer (around twice)', 53 Epicotyl_cataphylls / absent present, 54 'Epicotyl reddish-trichomes' / absent present, 55 Plumule_development / rudimentary bipartite, 56 Plumule_symmetry / symmetric asymmetric, 57 Plumule_vestiture / glabrous villous, 58 'Hypocotyl-root axis' / straight inflexed, 59 'Hypocotyl-root axis concealment' / not_concealed partially_concealed completely_concealed, ; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 ] [ . . . . . . ] Brongniartia_alamosana 000111101111-111010001000220102{02}00101110021100000110001000{12} Brongniartia_inconstans 000111101111-111010001000220102200101110021100000110001000{12} Brongniartia_peninsularis 000111101111-111010001000220102200101110021100000110001000{12} Clathrotropis_nitida 0{01}00001001120010010010-0000101200120100100-0011001000100000 Cyclolobium_brasiliense_1 1-0001101111-11211010100012011020120100100-0020001000010010 Cyclolobium_brasiliense_2 1-0001101111-11211010100012011020120100100-0020001000010010 Cyclolobium_nutans 1-0001101111-11211010100012011020120100100-0020001000010010 Diplotropis_martiusii_1 0100001101121020000000-01111011001200-0000-0?1?001001000010 Diplotropis_martiusii_2 0100001101121020000000-01111011001200-0000-0?1?001001000010 Harpalyce_brasiliana_1 00100120121201110110012002200120101011000211000001100011001 Harpalyce_brasiliana_2 00100120121201110110012002200120101011000211000001100011001 Harpalyce_hilariana 001001201212011101100?2-02200120101011000211000001100011001 Hovea_elliptica 2-0003100111-1110100012002201120001010001201000001?00010001 Hovea_purpurea 2-0003100111-1110100012002201120001010001201000001?00010001 Leptolobium_dasycarpum 0{01}0000000000-000000000-00011100000000-001100000100-00000010 Leptolobium_elegans 0{01}0000000000-000000000-00011100000000-001100000100-00000010 Leptolobium_nitens 000000000000-000000000-00011101000000-001100000100-00000010 Ormosia_arborea 000000101111-010100000-012111220000110001100000000-00000000 Poecilanthe_amazonica 100001101112012211010100012011200120100100-0011001001010010 Poecilanthe_effusa_1 0{01}0000100110-111010001010121002010200-0000-0012011010110102 Poecilanthe_effusa_2 0{01}0000100110-111010001010121002010200-0000-0012011010110102 Poecilanthe_falcata_1 010111101111-1111100012-02201021001011100211000001100010002 Poecilanthe_falcata_2 010111101111-1111100012-02201021001011100211000001100010002 Poecilanthe_fluminensis 2-000110111{01}-1120101012-022010200010111?0211??1001100010002 Poecilanthe_grandiflora 010111101111-1111100012-02201021001011100211000001100010002 Poecilanthe_hostmannii 100001101112012211010100012011200120100100-0011001001010010 Poecilanthe_itapuana_1 0100121011120111010001100220112000101110021?????0?????????? Poecilanthe_itapuana_2 0100121011120111010001100220112000101110021?????0?????????? Poecilanthe_ovalifolia 0{01}000010?111-11??10001010?2?0?????????????????????????????? Poecilanthe_parviflora_1 010012101111-111010001100220102{02}002?100100-112000110001000{12} Poecilanthe_parviflora_2 010012101111-111010001100220102{02}002?100100-112000110001000{12} Poecilanthe_subcordata 01001210111201110100011002201120001011100211000001100010002 Poecilanthe_ulei 010111101111-1111100012-02201021001011100211000001100010002 Tabaroa_caatingicola 0000?010?1120111?101?100022000000020?????21??1??01000010?0{12} Templetonia_hookeri 2-00031??11?-1????0??1????????20??????????????????????????? ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M20163] TITLE Poecilanthe_MATK; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1560; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Diplotropis_martiusii_1 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Diplotropis_martiusii_2 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Harpalyce_brasiliana_2 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Harpalyce_hilariana 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Hovea_elliptica ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Hovea_purpurea 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Leptolobium_dasycarpum 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Leptolobium_elegans 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Leptolobium_nitens 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Ormosia_arborea 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Poecilanthe_amazonica 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Poecilanthe_effusa_1 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Poecilanthe_effusa_2 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Poecilanthe_parviflora_1 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Tabaroa_caatingicola 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Templetonia_hookeri ATGGAGGAATATCCAGTATATTTAGAACTAGCTAGATCTCGCCAACAGGACTTCCTATACCCACTTATTTTTCGAGAGTATATTTATGGACTCGCTTATGGTCATGATTTT------CATAGATCCAATTTTGTAGAAAATGTAGGTTATGACAATAAATCTAGTTTACTAATTGTAAAACGTTTAATTACTCGAATGTATCAACAGAATCATTTGATTATTTCTGCTAATGATTCTAAA------AAAAATCCATTTTGGGGGTATAACAAGGATTTGTATTTTCAAATAATATCAAAGGGTTTTGCCGTCGTCGTGGAAATTCCATTTTCCCTACAATTAAGCTCTTCT------TTAGAGGAGGCGAAAATCATAAAATCCTATACTAATTTGCGATCAATTCATTCCATTTTTCCATTTTTCGAGGATAAATTTACATATTTAAATTATGTGTCAGATGTACGAATACCCTATCCTATCCATCTGGAAATCTTAGTTCAAACCCTTCGATACTGGATAAAAGATGTCCCCTTCTTTCATTTATTAAGGTTATTTTTTTATGAGTATTGGAATTGCAAT------------------ACTCTTATTACTCCA---AAAGAATCGATTTCTACTTTTTCAAAAAGGAATCCAGGATTTTTTTTGTTCCTATATAATTATTATGTATGTGAATACGAATCTATCTTCCTTTTTCTACGTAACAAATCCTCTCATTTACAATTAACTTCTTTTAGTGTTCTCTTTGAACGAATCTATTTTTATGAAAAAATAGAACATCTTGTAGAAGTCTTTGGTAAAGATTTTTCGTATACCTTATCATTCTTCAAGGATCCTTTCATTCATTATGTTAGATATCAAGGAAAATCCATTCTAGCTTCAAAGAATGTGCCCCTTTTGATGAATAAATGGAAATACTATCTTATCCATTTATTCCAATTTCATTTTGATGTTTGGTCTCAACCAGGAACGACCCATATAAATCAATTCTCCGAACATCCATTTCAATTTTTGGGCTATTTTTCAAATGTACGGTTAAATCTTTCAGTGGTACGAAGTCAAATGCTAGAAAATTCATTTCTAATCGCAATTGTTATGAAAAAATTGGATACAATAGTTCCAATTATTCTTCTAATTAGATCATTGGCTAAAGCGAGATTTTGTAATGTATTAGGGCATCCCATTAGCAAGCCGGTCTGGGCCGATTCATCCGATTTTTATATTATTGACCGATTCTTGCGAATATGTAGAAATCTTTCTCATTATTACAACGGATCCTCAAAAAAAAAGAATTTGTATCAAATAAGATATATACTTCGACTTTCATGTATTAAAACTTTGGCTCGTAAACACAAAAGTACTGTACGTACTTTTTTGAAAAGATTGGGTTCAAAAGAATTATTGGAAGAATTCTTTACAGAGGAAGAAGAGATTATTTCTTTGATCTTTCCAAAAGCTTCTTCTATTTTACACAGGTTCTATAGAGGTCGGATTTGGTATTTGGATATTCTTTTCAGCAACGATCTAGTCAATTATGAATGA ; END; BEGIN TREES; TITLE Poecilanthe_MrBayes; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Brongniartia_alamosana, 2 Brongniartia_inconstans, 3 Brongniartia_peninsularis, 4 Clathrotropis_nitida, 5 Cyclolobium_brasiliense_1, 6 Cyclolobium_brasiliense_2, 7 Cyclolobium_nutans, 8 Diplotropis_martiusii_1, 9 Diplotropis_martiusii_2, 10 Harpalyce_brasiliana_1, 11 Harpalyce_brasiliana_2, 12 Harpalyce_hilariana, 13 Hovea_elliptica, 14 Hovea_purpurea, 15 Leptolobium_dasycarpum, 16 Leptolobium_elegans, 17 Leptolobium_nitens, 18 Ormosia_arborea, 19 Poecilanthe_amazonica, 20 Poecilanthe_effusa_1, 21 Poecilanthe_effusa_2, 22 Poecilanthe_falcata_1, 23 Poecilanthe_falcata_2, 24 Poecilanthe_fluminensis, 25 Poecilanthe_grandiflora, 26 Poecilanthe_hostmannii, 27 Poecilanthe_itapuana_1, 28 Poecilanthe_itapuana_2, 29 Poecilanthe_ovalifolia, 30 Poecilanthe_parviflora_1, 31 Poecilanthe_parviflora_2, 32 Poecilanthe_subcordata, 33 Poecilanthe_ulei, 34 Tabaroa_caatingicola, 35 Templetonia_hookeri; TREE TREE1 = [&R] ((4:0.044005596999999966,18:0.04608816):0.01047252549999999,(((8:0.0020215700000000003,9:0.0036739589999999767):0.039950198000000006,(17:0.005206767000000001,(15:0.002483753000000005,16:0.001955334000000003):0.010423359999999993):0.03768968499999999):0.022073859999999987,((24:0.011380344999999986,(((22:9.936283900000148E-4,23:0.0011545090000000119):0.015444669000000008,(25:0.00208099829999997,33:0.00859596299999997):0.011643461000000035):0.004867671999999962,((30:5.489098999999775E-4,31:0.0029646900000000476):0.014639708500000001,(32:0.012500875000000022,(27:0.0018710465999999953,28:7.126359899999879E-4):0.0047384170000000225):0.0024799524999999933):0.014656822499999972):0.017236471000000003):0.01966441350000002,(((11:0.003516285999999952,(10:0.0028502204000000475,12:0.001116872400000038):0.0013671545999999618):0.045973004000000026,(34:0.045230204999999996,(29:0.010733350000000016,(20:9.665617500000112E-4,21:0.001963663750000025):0.013340622250000003):0.02282700699999997):0.00920341700000002):0.011781006999999982,(((19:0.004453913000000004,26:0.007496032999999985):0.020915852999999984,(5:0.002815379799999962,(6:7.097061000000127E-4,7:0.0033262883000000076):0.0015963556999999962):0.03482919399999998):0.011955328000000015,((3:0.006435224800000028,(1:0.004099631700000023,2:0.0017023879999999714):2.5149899999998837E-4):0.011022248000000012,(35:0.02188636114999999,(13:0.001742671300000026,14:0.003307767500000003):0.013374987650000003):0.0030935038499999845):0.020016119):0.003683502000000005):0.006167672499999985):0.044213644500000024):0.01047252549999999); END;