#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 23, 2024; 19:45 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Nelsen M., Luecking R., Aptroot A., Andrew C., Caceres M.E., Rivas plata E., Gueidan C., Canêz L., Knight A., Ludwig L.R., Mercado-díaz J., Parnmen S., & Lumbsch H.T. 2014. Elucidating phylogenetic relationships and genus-level classification within the fungal family Trypetheliaceae (Dothideomycetes: Ascomycota). Taxon, 63: 974-992. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15181] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=85; TAXLABELS Aptrootia_elatior_560B Aptrootia_robusta_235B Aptrootia_terricola_HTL1501 Architrypethelium_nitens_257 Architrypethelium_uberinum_489 Arthopyrenia_bifera_574 Arthopyrenia_cinchonae_333 Arthopyrenia_cinchonae_417 Arthopyrenia_planorbis_334 Astrothelium_aff_scorioides_703 Astrothelium_cf_robustum_754 Astrothelium_cinnamomeum_DUKE Astrothelium_confusum_98 Astrothelium_crassum_335 Astrothelium_eustomum_258 Astrothelium_galbineum_260 Astrothelium_leucoconicum_42 Astrothelium_scorioides_770 Astrothelium_sp_nov_422 Astrothelium_variolosum_43 Astrothelium_versicolor_259 Bathelium_aff_feei_267 Bathelium_degenerans_442 Bathelium_endochryseum_436 Bathelium_feei_397 Bathelium_lineare_741 Bathelium_madreporiforme_354 Bathelium_sp_nov_743 Bathelium_tuberculosum_81 Campylothelium_cartilagineum_268 Campylothelium_puiggarii_399 Campylothelium_sp_nov_646 Cladosporium_cladosporioides Cryptothelium_cecidiogenum_210 Cryptothelium_purpurascens_53C Cryptothelium_sepultum_52C Cryptothelium_sp_63C Cryptothelium_sp_nov_438 Dothiora_cannabineae Hortaea_werneckii Julella_fallaciosa_547 Laurera_aff_megasperma_189 Laurera_gigantospora_590 Laurera_megasperma_190 Laurera_sanguinaria_765 Macrophomina_phaseolina Marcelaria_cumingii_552 Marcelaria_purpurina_323A Mycomicrothelia_hemisphaerica_102 Mycomicrothelia_miculiformis_101B Mycomicrothelia_minutula_567 Mycomicrothelia_oleosa_95 Mycomicrothelia_sp_nov_700 Mycosphaerella_punctiformis Myriangium_duriaei Polymeridium_albocinereum_439 Polymeridium_catapastum_358 Polymeridium_proponens_359 Pseudopyrenula_diluta_362 Pseudopyrenula_diluta_697 Pseudopyrenula_subgregaria_106 Pseudopyrenula_subgregaria_391 Pseudopyrenula_subnudata_292 Pseudopyrenula_subnudata_293 Trypethelium_aeneum_62 Trypethelium_aff_eluteriae_382 Trypethelium_aff_ochroleucum_704 Trypethelium_aff_ochroleucum_713 Trypethelium_aff_platyleucostomum_349 Trypethelium_aff_platystomum_54 Trypethelium_aff_scorioides_336 Trypethelium_cinereorosellum_191 Trypethelium_eluteriae_111 Trypethelium_inamoenum_228 Trypethelium_marcidum_304 Trypethelium_neogalbineum_711 Trypethelium_nitidiusculum_217 Trypethelium_ochroleucum_313 Trypethelium_papulosum_97 Trypethelium_pupula_224 Trypethelium_sp_351 Trypethelium_sp_nov_764 Trypethelium_subeluteriae_49C Trypethelium_tropicum_130 Trypethelium_virens_497 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M20278] TITLE 'Trypetheliaceae nuLSU+mtSSU Matrix'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=3117; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Trypethelium_subeluteriae_49C ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TCTGGCCGAGTTGTACTTTGCAGAGGATGTTTT-GGA-ATCTG--TCTCGTTTAAAGTCCTTTGGAACAGGGCGTCATGGAGGGTGAAAATCCCGTCTTCT-CGATGAC--AGTCTCCG-CGT-AAAACTCCTTCGAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAGTGGGAGGTAAATTTCTTCCAAAGCTAAATATCTGCTAGAGACCGATAGCGGACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGAGTTAAAAAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCTTATGTCATCAGACATGATG-TTCGAGTTCAGCC-TTTT-------GGTGTA--TTCTCG--AGTGTCAGGCTAGCATCAGTTTG---GGTTGCTGGATAAAAGCTTC-GGGAATGTAACTCCTC--------GGAGTGTT-ATAGCCCGATTCAGAATGCGGCAAACTCAGACTGAGGTCCGC---TTA-T-AGGATGCT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATGCCTTATTAGTTTAATAAAAAGAGTATATTAGGTTTAACTTTCTATATTATTTTTATTAAATTAATAATTCAAAACCTTTGAATGTAATTCTAGATAAAATATTGATAATGACAAAGTTTTATCTATATGTCTTGACCAAATCTTGTGCCAGCAGTCGCGGCAACACAAGGAAGACAAGTGTTATTCATCTTAAATCGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGTA------------------------AATTAGGC-CTT----------AA-TT---GGTACGT-TTTTACTAGAGTTATACATGCATGAGGAA--TATGTGAGTATTACCAGAGT-----AGAGATGAAATTTTTTGATACT-GTT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Trypethelium_tropicum_130 ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTAGGCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGATGCTTT-GGACTTTTG--CTCCTTTCCAAGTCCTTTGGAAAAGGGCATCATAGAGAGTGAAAATCTCGTAGGAT-TGGATGC--ACTGTCTG-TGT-AAAGCTCCTTCGAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAGTGGGACGTAAATTTGTTCCAAAGCTAAATATCAGCTAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGAGTTAAAAAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCTCATGCAGCCAGACATGATT-TCGAGGCTCAGCC-TTAT-------GGTGTA--TTCCTC--AAAGTCAGGCTAGCATCAGTTTG---GACAGACGGATAAAAGTTTT-GGGAATGTAGCTCCTT--------GGAGTGTT-ATAGCCCGATTCATAATGCGTCTCGATCAGACTGAGGTTCGC---TTA-T-AGGATGCTGGCGTAATGGTGGCATGAGGCCCGTCTTGAAACACGG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AGCAACTTGGGAG------AATGT-TTTTTAA----------AAAGGA---------------------------------------ATCCTTTTTAAAAAT-TCAAAAA--TTGAATATAGTTCTAGGTAAAATATTGATAATGACAAAATTTTATCTACATGTCTTGACCAAATCTTGTGCCAGCAGTCGCGGCAACACAAGGAAGACTAGTGTTATTCATCTTAAATCGGTTTAACGGGTACCTAGACGGTA------------------------AATTAGGC-CTT----------AA-TC---GGAACAT-TTTTACTAGAGTTATATATGCGTGAGGATGATATGTCAGTATTACCAGAGT-----AGAGATAGAATTTTTTGATACT-GTTAAGACTGGTAAAGGCAAAAGCAAACCTTTATATATTAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTAATAGTCCAGGCAGAGAATTATGAATGTCATAGATTACATGGATTATATTAAGATTATAACCCACTTAGTATGTCCTATACATG-----TATTCTATAAATGAAAGTGTAAGCATTCCACCTCAAGAGTAATGTGGCAACGCAGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGATACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTCAATTTGTTGACCCTCAAACAACCTTACCACAATTTGAATAT-ATATA-------------TATACATAT-------------------ATATATA---------TATATACAAGCGTTGCATTGTTGTCTTCAGTTGATGTTGTGAAAATTTGATTAGATTCATAAAATCGACGTAATCCTATATTCTAT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Trypethelium_virens_497 ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CGAGTTGTAATTTGCAGAGGATGCTTC-GGA-TTCTG--CTCCGGCCTAAGTCTTTTGGAACAAGGCGTCAAGGAGGGTGAAAATCCCGTATTTTCGGATTCC--AGTTTCCA-TGT-GAAGCTCCTTCGAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAAGGGGAGGTAAATTTCTTCCAAAGCTAAATATCTGCTAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGAGTTAAACAGCACGTGAAATGGTTAAAAGGGAAGCTTATGCAGCCAGATATGATT-CAAAGGCTCAGCC-TTAT-------GGTGTA--TTCCTT--TGAATCGGGTCAGCATCAGTCTA---GGCAGCTGGATAAAAGCTTC-GGGAATGTAGCTCTTC--------GGAGTGTT-ATAGCCCGATTCAACATGCAGCTAGCTCAGTCTGAGGTCCGC---TTA-T-AGGATGCTGACG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCAACTTGGGGGAATGCCTTCTTAATATCATAAAATGATATATTAGGTTTTTTTAATTTGATATATTTATTTATTATATTTAAGAATTCAAGAAATTTGAATGTAATTCTAGATAAAATATTGATAATGACAAAGTTTTATCTATATGTCTTGACCAAATCTTGTGCCAGCAGTCGCGGCAACACAAGGAAGACAAGTGTTATTCATCTTAAATCGGTTTAAGGGGTACCTAGACGGTA------------------------AATTAG-C-CTT----------AAATG---TGGAACT-TTTTACTAGAGTTATATATGCGTGAGGATTATATGTAAGTATTACCAGAGT-----AGAGATGGAATTTTTTGATACT-GTTAAGACTGGTATAGGCAAAAGCAAACCTTTATATATTAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTTGGGTCGCAAACAGGATTAGATACCCTAATAGTCCAGGCAGAGAATTATGAATGTTATAGATTAT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; BEGIN TREES; TITLE Trypetheliaceae_MLT; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Cladosporium_cladosporioides, 2 Dothiora_cannabineae, 3 Hortaea_werneckii, 4 Macrophomina_phaseolina, 5 Mycosphaerella_punctiformis, 6 Myriangium_duriaei, 7 Aptrootia_elatior_560B, 8 Aptrootia_robusta_235B, 9 Aptrootia_terricola_HTL1501, 10 Architrypethelium_nitens_257, 11 Architrypethelium_uberinum_489, 12 Arthopyrenia_bifera_574, 13 Arthopyrenia_cinchonae_333, 14 Arthopyrenia_cinchonae_417, 15 Arthopyrenia_planorbis_334, 16 Astrothelium_cf_robustum_754, 17 Astrothelium_cinnamomeum_DUKE, 18 Astrothelium_confusum_98, 19 Astrothelium_crassum_335, 20 Astrothelium_eustomum_258, 21 Astrothelium_galbineum_260, 22 Astrothelium_leucoconicum_42, 23 Astrothelium_aff_scorioides_703, 24 Astrothelium_scorioides_770, 25 Astrothelium_sp_nov_422, 26 Astrothelium_variolosum_43, 27 Astrothelium_versicolor_259, 28 Bathelium_aff_feei_267, 29 Bathelium_degenerans_442, 30 Bathelium_endochryseum_436, 31 Bathelium_feei_397, 32 Bathelium_lineare_741, 33 Bathelium_madreporiforme_354, 34 Bathelium_sp_nov_743, 35 Bathelium_tuberculosum_81, 36 Campylothelium_cartilagineum_268, 37 Campylothelium_puiggarii_399, 38 Campylothelium_sp_nov_646, 39 Cryptothelium_cecidiogenum_210, 40 Cryptothelium_purpurascens_53C, 41 Cryptothelium_sepultum_52C, 42 Cryptothelium_sp_63C, 43 Cryptothelium_sp_nov_438, 44 Julella_fallaciosa_547, 45 Laurera_aff_megasperma_189, 46 Laurera_gigantospora_590, 47 Laurera_megasperma_190, 48 Laurera_sanguinaria_765, 49 Marcelaria_cumingii_552, 50 Marcelaria_purpurina_323A, 51 Mycomicrothelia_hemisphaerica_102, 52 Mycomicrothelia_miculiformis_101B, 53 Mycomicrothelia_minutula_567, 54 Mycomicrothelia_oleosa_95, 55 Mycomicrothelia_sp_nov_700, 56 Polymeridium_albocinereum_439, 57 Polymeridium_catapastum_358, 58 Polymeridium_proponens_359, 59 Pseudopyrenula_diluta_362, 60 Pseudopyrenula_diluta_697, 61 Pseudopyrenula_subgregaria_106, 62 Pseudopyrenula_subgregaria_391, 63 Pseudopyrenula_subnudata_292, 64 Pseudopyrenula_subnudata_293, 65 Trypethelium_aeneum_62, 66 Trypethelium_aff_eluteriae_382, 67 Trypethelium_aff_ochroleucum_704, 68 Trypethelium_aff_ochroleucum_713, 69 Trypethelium_aff_platyleucostomum_349, 70 Trypethelium_aff_platystomum_54, 71 Trypethelium_aff_scorioides_336, 72 Trypethelium_cinereorosellum_191, 73 Trypethelium_eluteriae_111, 74 Trypethelium_inamoenum_228, 75 Trypethelium_marcidum_304, 76 Trypethelium_neogalbineum_711, 77 Trypethelium_nitidiusculum_217, 78 Trypethelium_ochroleucum_313, 79 Trypethelium_papulosum_97, 80 Trypethelium_pupula_224, 81 Trypethelium_sp_351, 82 Trypethelium_sp_nov_764, 83 Trypethelium_subeluteriae_49C, 84 Trypethelium_tropicum_130, 85 Trypethelium_virens_497; TREE tree_1 = [&R] (((((15:0.014022861299069433,(13:0.002659179249515975,14:1.6476287033606596E-6):0.019703460171236364):0.027293247599089965,(52:0.05371187585094178,51:0.025713867352198105):0.05364986252682469):0.006191898214305769,(((61:0.005367690264107827,(64:0.010768204191015318,((62:0.00263817146562767,63:0.007694053330922157):0.014941330727966828,(60:1.6476287032496373E-6,59:0.002330408858745525):0.003275700967860118):0.005229174987018692):0.006328846591543202):0.04682517536802677,((((32:0.017732600594293935,35:0.011528839681344771):0.0245532018018223,(33:0.005778886564891839,34:0.01924852067656624):0.011911138140468125):0.027853711747846233,((8:0.005339119221370203,(9:0.026040763890202406,7:0.004858342518340275):0.005498217299698682):0.02198233061728111,(((71:0.005291748914940553,(29:0.004999106199174874,(30:0.012871790809064643,25:0.03157501061098278):0.004349613898072313):0.003046917583127473):0.01797586134334017,((((72:0.014506038227218743,45:0.010220422213690128):0.0075947909303254735,47:0.015803966305480893):0.006178814341366273,((((26:0.011257304848258903,(16:0.026092482601233757,22:0.010546058162035271):0.0046412899299923815):0.008006199196775754,18:0.004896840103277622):0.004570994299134823,(19:0.015838704416410804,(21:0.03086055969182061,80:0.02005331719248077):0.0035930746874142105):1.6476287033051484E-6):0.00513279750855461,(39:0.010086586433344646,(46:1.6476287033051484E-6,75:0.04374169862589014):0.010221572408517232):0.015708980073756873):0.0049166708517787705):0.004017206963237346,((((42:0.015623006969009284,(41:0.010581626729410015,43:0.009327813929312645):0.005567005808756964):0.005508665107171712,((48:0.009850131096276638,40:0.0024375955137663496):0.01675295958342901,(17:0.007540037373847147,((27:0.002742843755126373,23:1.6476287033051484E-6):0.0027731347259860317,24:0.007675795695209153):0.007327168461524092):0.0048577948955694505):0.0026793953198492038):0.00997460171866224,(((76:0.016882401817726683,(77:0.04460992435778155,65:0.026589479421302353):0.012758057895915775):0.00633676812104883,67:0.019651477599821776):0.03985229896811121,(79:0.01878864991292528,(68:1.6476287033051484E-6,20:0.011438422845427898):0.05389996553553486):0.006666849191519858):0.003170749453327376):0.004882955977544651,((28:0.0017762844868066952,31:0.0028435532980624623):0.02403981231601071,78:0.01758027828490713):0.002107398613839684):0.0018070172263833228):0.028256306000006837):0.006301733537703413,(11:0.02940218517192633,10:0.026493637472293663):0.0411711147461685):0.00414758623537137):0.025919198406527344):0.024562463438472015,((((57:0.01995002367440063,56:0.030440965339655512):0.006600988601875968,84:0.040779010432404894):0.021705602977913796,(((38:9.558636296140288E-4,36:0.015344706112938533):0.004096363849191986,37:0.002923123378829051):0.019604152061157287,(85:0.058090016024759494,82:0.030609623321856794):1.6476287033606596E-6):0.013301408872198162):0.008626830611943304,(58:0.05153789326967889,((50:0.015321590188218714,49:0.022700389289091016):0.008132660276616965,(74:0.030385222927744315,(((70:0.0192069401877924,(73:0.0054284737797721805,66:0.002937060370829858):0.016493127866427815):0.004616723776961429,(83:0.01981162644328155,81:0.020033484590606332):0.0053732358633486466):0.004997592034327203,69:0.05311943350242204):0.010100305527859288):0.008240214249231603):0.014754550172077385):0.0037127748854221543):0.01182849019882054):0.011158233824567543):0.02484370046408302,((12:0.09548336238322741,(55:0.015971123766484796,54:0.006732148514894343):0.064242867857848):0.017042786794479237,44:0.048961321125832735):0.013876582387780723):0.015620724786196527):0.023269617035679313,53:0.0936602079877476):0.08820166187960743,(4:0.048651616585452084,((6:0.1977063234590533,2:0.046474448419366376):0.0246050622227508,(1:0.08459064489070431,(5:0.05368056699472146,3:0.06422419877925789):0.02947810593056846):0.03527078474319817):0.019179330776716658):0.08820166187960743); END;