#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 20, 2024; 0:14 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Li J., Zheng X., Cai Y., Liu S., Zhang X., Yang M., Yue B., & Li J. 2014. DNA barcoding of Murinae (Rodentia: Muridae) and Arvicolinae (Rodentia: Cricetidae) distributed in China. Molecular Ecology Resources, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15265] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=132; TAXLABELS Caryomys_eva_F287 Caryomys_eva_F296 Caryomys_eva_HM165280 Caryomys_eva_HM165281 Caryomys_eva_HM165327 Caryomys_eva_HM165328 Caryomys_eva_HM165329 Caryomys_eva_HM165330 Caryomys_eva_HM165331 Caryomys_eva_HM165358 Caryomys_inez_HM165313 Caryomys_inez_HM165314 Caryomys_inez_HM165315 Eolagurus_przewalskii_KC017825 Eolagurus_przewalskii_KC017826 Eothenomys_cachinus_HM165311 Eothenomys_cachinus_HM165312 Eothenomys_chinensis_HM165287 Eothenomys_chinensis_HM165289 Eothenomys_chinensis_HM165320 Eothenomys_chinensis_HM165322 Eothenomys_chinensis_HM165324 Eothenomys_chinensis_HM165353 Eothenomys_chinensis_HM165354 Eothenomys_chinensis_NC013571 Eothenomys_chinensis_l201 Eothenomys_chinensis_m10 Eothenomys_chinensis_m2 Eothenomys_chinensis_m25 Eothenomys_chinensis_m26 Eothenomys_chinensis_m27 Eothenomys_custos_HM165282 Eothenomys_custos_HM165283 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Caryomys_eva_HM165280, 11 Caryomys_eva_HM165281, 12 Eothenomys_custos_HM165282, 13 Eothenomys_custos_HM165283, 14 Eothenomys_melanogaster_HM165286, 15 Eothenomys_chinensis_HM165287, 16 Eothenomys_proditor_HM165288, 17 Eothenomys_chinensis_HM165289, 18 Eothenomys_custos_HM165292, 19 Myodes_rutilus_HM165297, 20 Microtus_fortis_HM165299, 21 Myodes_rufocanus_HM165300, 22 Myodes_rutilus_HM165301, 23 Myodes_rufocanus_HM165302, 24 Myodes_rufocanus_HM165303, 25 Eothenomys_miletus_HM165304, 26 Eothenomys_miletus_HM165305, 27 Eothenomys_eleusis_HM165306, 28 Eothenomys_miletus_HM165307, 29 Eothenomys_eleusis_HM165308, 30 Eothenomys_eleusis_HM165309, 31 Eothenomys_melanogaster_HM165310, 32 Eothenomys_cachinus_HM165311, 33 Eothenomys_cachinus_HM165312, 34 Caryomys_inez_HM165313, 35 Caryomys_inez_HM165314, 36 Caryomys_inez_HM165315, 37 Eothenomys_custos_HM165317, 38 Eothenomys_custos_HM165318, 39 Eothenomys_melanogaster_HM165319, 40 Eothenomys_chinensis_HM165320, 41 Eothenomys_melanogaster_HM165321, 42 Eothenomys_chinensis_HM165322, 43 Eothenomys_melanogaster_HM165323, 44 Eothenomys_chinensis_HM165324, 45 Eothenomys_melanogaster_HM165325, 46 Eothenomys_melanogaster_HM165326, 47 Caryomys_eva_HM165327, 48 Caryomys_eva_HM165328, 49 Caryomys_eva_HM165329, 50 Caryomys_eva_HM165330, 51 Caryomys_eva_HM165331, 52 Eothenomys_custos_HM165332, 53 Eothenomys_custos_HM165333, 54 Eothenomys_miletus_HM165334, 55 Eothenomys_custos_HM165335, 56 Eothenomys_custos_HM165336, 57 Eothenomys_custos_HM165337, 58 Eothenomys_custos_HM165338, 59 Eothenomys_melanogaster_HM165344, 60 Eothenomys_melanogaster_HM165345, 61 Eothenomys_melanogaster_HM165346, 62 Eothenomys_melanogaster_HM165347, 63 Eothenomys_custos_HM165349, 64 Eothenomys_custos_HM165351, 65 Eothenomys_custos_HM165352, 66 Eothenomys_chinensis_HM165353, 67 Eothenomys_chinensis_HM165354, 68 Eothenomys_proditor_HM165355, 69 Eothenomys_miletus_HM165356, 70 Eothenomys_miletus_HM165357, 71 Caryomys_eva_HM165358, 72 Neodon_irene_HQ318706, 73 Neodon_irene_HQ318707, 74 Neodon_irene_HQ318708, 75 Neodon_irene_HQ318709, 76 Neodon_irene_HQ318710, 77 Neodon_sikimensis_HQ329100, 78 Neodon_sikimensis_HQ329101, 79 Microtus_limnophilus_HQ329102, 80 Microtus_limnophilus_HQ329103, 81 Myodes_rutilus_JF456959, 82 Myodes_rutilus_JF456963, 83 Microtus_agrestis_JF499308, 84 Microtus_agrestis_JF499309, 85 Microtus_agrestis_JF499311, 86 Microtus_agrestis_JF499312, 87 Microtus_agrestis_JF499313, 88 Microtus_arvalis_JF499314, 89 Microtus_arvalis_JF499315, 90 Microtus_arvalis_JF499316, 91 Microtus_arvalis_JF499317, 92 Microtus_maximowiczii_JF723547, 93 Microtus_maximowiczii_JF723548, 94 Microtus_maximowiczii_JF723549, 95 Microtus_maximowiczii_JF723550, 96 Myodes_rufocanus_JF903147, 97 Myodes_rufocanus_JF903171, 98 Myodes_rufocanus_JF903176, 99 Myodes_rufocanus_JF903265, 100 Myodes_rufocanus_JF903266, 101 Myodes_rufocanus_JF903273, 102 Myodes_rufocanus_JF903284, 103 Microtus_fortis_JN311714, 104 Myodes_rufocanus_JN311716, 105 Myodes_rufocanus_JN311717, 106 Myodes_rutilus_JN311719, 107 Myodes_rutilus_JN311720, 108 Myodes_rutilus_JN311721, 109 Myodes_rutilus_JQ599835, 110 Myodes_rutilus_JQ599845, 111 Eothenomys_wardi_JQ818225, 112 Eothenomys_wardi_JQ818226, 113 Eothenomys_wardi_JQ818227, 114 Eothenomys_custos_JQ818229, 115 Eolagurus_przewalskii_KC017825, 116 Eolagurus_przewalskii_KC017826, 117 Meriones_meridianus_KC193080, 118 Meriones_meridianus_KC193081, 119 Eothenomys_chinensis_l201, 120 Eothenomys_chinensis_m10, 121 Eothenomys_chinensis_m2, 122 Eothenomys_chinensis_m25, 123 Eothenomys_chinensis_m26, 124 Eothenomys_chinensis_m27, 125 Microtus_kikuchii_NC003041, 126 Eothenomys_chinensis_NC013571, 127 Microtus_fortis_NC015241, 128 Microtus_fortis_NC015243, 129 Neodon_irene_NC016055, 130 Myodes_regulus_NC016427, 131 Eothenomys_melanogaster_R1, 132 Eothenomys_melanogaster_R6; TREE BI = [&R] 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TREE NJ = [&R] ((117,118),(((115,116),((125,(((127,128),(103,(4,20))),((79,80),((5,6),((92,93),(94,95)))))),((88,(91,(89,90))),((87,(83,(84,(85,86)))),((77,78),((72,73),(76,(75,(74,129))))))))),((((19,22),((81,82),(107,((106,109),(108,110))))),((34,(35,36)),((2,3),(71,((47,51),((10,49),(50,(11,48)))))))),((130,(23,((99,(98,(100,105))),(24,((21,101),(104,(96,(97,102)))))))),((((14,(59,(60,(61,62)))),(31,((39,(45,46)),((131,132),(1,(41,43)))))),((27,30),((7,(29,32)),(33,((54,(69,(8,70))),(25,(28,(9,26)))))))),(((111,(112,113)),((65,114),(63,(37,(18,(38,64)))))),((((17,44),(40,42)),((55,56),(52,(12,(57,(58,(13,53))))))),((16,68),((126,(15,(66,(67,119)))),(120,(121,(122,(123,124))))))))))))); TREE ML = [&U] 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] [%unrooted = on ]; TREE MP = [&R] 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END; BEGIN TREES; TITLE Murinae_COI; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Rattus_norvegicus_AB451019, 2 Rattus_norvegicus_AJ428514, 3 Niviventer_fulvescens_D15, 4 Rattus_nitidus_D21, 5 Niviventer_fulvescens_D22, 6 Rattus_nitidus_D24, 7 Niviventer_fulvescens_D3, 8 Niviventer_fulvescens_D33, 9 Niviventer_fulvescens_D45, 10 Niviventer_fulvescens_D46, 11 Niviventer_fulvescens_D5, 12 Muridae_sp._d50, 13 Rattus_nitidus_D82, 14 Rattus_exulans_EF186532, 15 Rattus_exulans_EF186538, 16 Rattus_exulans_EF186542, 17 Rattus_exulans_EF186544, 18 Rattus_exulans_EF186548, 19 Rattus_norvegicus_EF186576, 20 Rattus_norvegicus_EF186577, 21 Rattus_tanezumi_EF186610, 22 Rattus_tanezumi_EF186619, 23 Rattus_tanezumi_EF186620, 24 Rattus_tanezumi_EF186622, 25 Rattus_nitidus_F104, 26 Rattus_nitidus_F105, 27 Rattus_nitidus_F106, 28 Muridae_sp._f110, 29 Muridae_sp._f14, 30 Muridae_sp._f15, 31 Muridae_sp._f294, 32 Muridae_sp._f298, 33 Muridae_sp._f299, 34 Muridae_sp._f304, 35 Muridae_sp._f306, 36 Muridae_sp._f45, 37 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Apodemus_agrarius_HM034866, 80 Micromys_minutus_HM217482, 81 Micromys_minutus_HM217483, 82 Rattus_nitidus_HM217488, 83 Bandicota_indica_HM217509, 84 Bandicota_indica_HM217517, 85 Rattus_andamanensis_HM217533, 86 Berylmys_bowersi_HM217542, 87 Berylmys_bowersi_HM217544, 88 Berylmys_berdmorei_HM217547, 89 Bandicota_indica_HM217554, 90 Berylmys_berdmorei_HM217559, 91 Berylmys_berdmorei_HM217560, 92 Niviventer_langbianis_HM217561, 93 Leopoldamys_edwardsi_HM217566, 94 Leopoldamys_edwardsi_HM217571, 95 Bandicota_indica_HM217574, 96 Berylmys_berdmorei_HM217575, 97 Leopoldamys_edwardsi_HM217576, 98 Leopoldamys_edwardsi_HM217577, 99 Leopoldamys_edwardsi_HM217578, 100 Bandicota_indica_HM217594, 101 Leopoldamys_edwardsi_HM219589, 102 Leopoldamys_edwardsi_HM219590, 103 Apodemus_chevrieri_HQ318697, 104 Apodemus_chevrieri_HQ318698, 105 Apodemus_chevrieri_HQ318699, 106 Apodemus_chevrieri_HQ318700, 107 Apodemus_latronum_HQ318701, 108 Apodemus_latronum_HQ318702, 109 Apodemus_latronum_HQ318703, 110 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236 Rattus_tanezumi_NC011638, 237 Apodemus_agrarius_NC016428, 238 Apodemus_chevrieri_NC017599, 239 Apodemus_latronum_NC019585, 240 Muridae_sp._r10, 241 Muridae_sp._r11, 242 Muridae_sp._r12, 243 Muridae_sp._r13, 244 Muridae_sp._r9; TREE BI = [&R] 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TREE NJ = [&U] ((122,123),(((95,(44,(83,84))),((89,100),(211,(215,(221,(212,213)))))),((((86,87),(96,(88,(90,91)))),(((82,(220,((4,(6,54)),(13,(37,(25,(26,27))))))),(1,((48,(49,(50,(76,77)))),((206,207),(2,(20,(19,(224,225)))))))),(((14,(15,17)),(16,(18,(154,(155,(156,(157,(158,188)))))))),((208,(167,(85,(219,(168,218))))),(159,((165,(163,(166,(164,(161,(160,162)))))),((209,(124,(125,(126,(174,(175,(176,214))))))),(58,((21,(22,(23,24))),(69,(70,(71,(72,236))))))))))))),((((28,29),(232,(235,(229,(230,233))))),(((41,(35,(43,(30,(34,36))))),((133,134),((137,138),(136,(141,(139,(140,(135,142)))))))),(((216,217),(128,(98,(99,(102,(97,(93,(94,101)))))))),((152,(210,(92,153))),(((181,(182,187)),(183,(185,(184,186)))),((143,(147,(145,(144,146)))),((3,5),((11,151),(150,(7,((78,149),(8,(9,(10,148)))))))))))))),(((129,130),(179,(178,(177,180)))),(((203,204),(127,((80,81),(59,(74,(66,(60,(62,65)))))))),(((131,132),((205,(47,(55,(56,(57,63))))),(173,(172,(169,(170,(171,(222,223)))))))),(((108,((112,239),((107,109),(110,111)))),((118,((117,121),(114,(115,(116,(119,120)))))),(((226,227),(231,234)),(((12,33),(32,40)),(38,(42,(31,39))))))),((202,((194,200),(197,(199,(198,(195,(196,201))))))),(((244,(243,(242,(240,241)))),(228,(106,(113,(238,(103,(104,105))))))),((189,(193,(51,(79,(191,237))))),(190,(192,((61,(52,(53,75))),(45,(64,(67,(68,(46,73))))))))))))))))))); END;