#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 29, 2024; 7:12 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Magallón S. 2010. Using fossils to break long branches in molecular dating: a comparison of relaxed clocks applied to the origin of angiosperms. Systematic Biology, 59(4): 384-399. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15349] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=46; TAXLABELS Abies Amborella Araucaria Asarum Austrobaileya Autunia Bennettitales Brasenia Callistophyton Caytonia Cedrus Cephalotaxus Chloranthus Cordaitales Corystosperms Cryptomeria Cupressus Cycas Drimys Elkinsia Emporia Encephalartos Ephedra Ginkgo Glossopterids Gnetum Illicium Juniperus Lyginopteris Medullosans Nuphar Nymphaea Peltaspermum Pentoxylon Picea Podocarpus Pstrobus Pthunbergii Saururus Schisandra Sequoia Taxus Torreya Trimenia Welwitschia Zamia ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=70; TAXLABELS Abies Acer Acorus Adiantum Amborella Angiopteris Araucaria Asarum Asplenium Austrobaileya Brasenia Calycanthus Canella Capparaceae Carya Cedrus Ceratophyllum Chloranthus Cocculus Coptis Cryptomeria Cupressus Cycas Drimys Encephalartos Enkianthus Ephedra Equisetum Eupomatia Fagus Ginkgo Gnetum Gunnera Hedycarya Huperzia Illicium Juniperus Lilium Liquidambar Magnolia Marchantia Marsilea Nelumbo Nicotiana Nuphar Nymphaea Ophioglossum Oryza Pachysandra Persea Phyllocladus Picea Pinus_strobus Pinus_thunbergii Piper Pisum Platanus Podocarpus Psilotum Saururus Schisandra Sequoia Serenoa Spathiphyllum Taxus Torreya Trochodendron Welwitschia Zamia Zea ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M20719] TITLE 'atpB, psaA, psbB, rbcL'; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=6717; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Araucaria 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Asplenium 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Calycanthus 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Ceratophyllum 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Chloranthus 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Cupressus 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Nicotiana 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Nuphar 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Pachysandra 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Pinus_thunbergii 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Piper 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Pisum 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Podocarpus 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Psilotum 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Saururus 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Schisandra 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Araucaria 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Austrobaileya 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Cedrus 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Chloranthus 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Cryptomeria 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Ephedra 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Lyginopteris 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Medullosans 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Nuphar 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Nymphaea 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Peltaspermum 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Pentoxylon 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Pthunbergii 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Zamia 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Nuphar 10021110?000?0??1????0{23}103??1011101{01}00000?01{01}102200121{01}{02}10{01}01103000013?01302020?01000{01}1{01}010{02}0?10121?01{12}010110200131112010 Nymphaea 10021110?000?0??1????0{23}103??1011101{01}00000?01{01}102200121{01}{02}10{01}01103000013?01302020?01000{01}1{01}010{02}0?10121?01{12}010110200131112010 Peltaspermum ?????????????????????????011??00?0????0000?????010000???????110?0000?????101010??????????????120?????0?????0????????????? Pentoxylon 001?11?00?00?01?00?0?020?1????0000?0??000??????0?0000???????110200000????10?010??????????????110??1111?????1????????????? Picea 00{01}011110100?01?00?20001?4?????000?00?1110?????110100??????0111100000000120?1100??????????????2112100?????100000{01}10001011 Podocarpus 000011110100?01?02?2{01}001?4?????000?00?1110?????110100??????0111100000000120?1101??????????????2112100?????100000010001011 Pstrobus 00{01}011110100?01?00?20001?4?????000?00?1110?????110100??????0111100000000120?1100??????????????2112100?????100000{01}10001011 Pthunbergii 00{01}011110100?01?00?20001?4?????000?00?1110?????110100??????0111100000000120?1100??????????????2112100?????100000{01}10001011 Saururus 100?1110100110011?{01}0111113??101112101??00?0?2??23001211210101103000113?0130?030?01110100111{02}{01}?10121?01010?110210131112011 Schisandra 0002121010010?001110?00101??0111110111000?100002?101200110003003010113?01302020?0000100111100?10121???2{01}11110200130112011 Sequoia 000011110100?01?02?20001?4?????000?00?11{01}1?????110000??????01002000002?0120?{01}100??????????????2{01}121000????100000010001011 Taxus 000011110110?01?02?20001?4?????000?00?00???????110000??????12202000?02?0121??30??????????????12112100?????100000010001011 Torreya 000011110110?01?02?20001?4?????000?00?00???????110000??????12202000?02?0121??30??????????????12112100?????100000010001011 Trimenia 000?11101001{01}00{01}1010?22101??{01}111110011000?{01}00002300120020000??03011113?01302020?1?00002?{01}0000?10121???211111020013011201? Welwitschia 010?11110001?10?00?21221?2????1101?10?200??????{01}01010??????01102100001?0121??11??????????????131121?10?????01101?10111111 Zamia 0?001110{01}000?00?01?20010?1????0000?00?0000?????0100{01}0??????01101000000110003010??????????????{01}11011110????100000000000010 ; END; BEGIN TREES; TITLE 'atpB, psaA, psbB, rbcL'; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Abies, 2 Acer, 3 Acorus, 4 Adiantum, 5 Amborella, 6 Angiopteris, 7 Araucaria, 8 Asarum, 9 Asplenium, 10 Austrobaileya, 11 Brasenia, 12 Calycanthus, 13 Canella, 14 Capparaceae, 15 Carya, 16 Cedrus, 17 Ceratophyllum, 18 Chloranthus, 19 Cocculus, 20 Coptis, 21 Cryptomeria, 22 Cupressus, 23 Cycas, 24 Drimys, 25 Encephalartos, 26 Enkianthus, 27 Ephedra, 28 Equisetum, 29 Eupomatia, 30 Fagus, 31 Ginkgo, 32 Gnetum, 33 Gunnera, 34 Hedycarya, 35 Huperzia, 36 Illicium, 37 Juniperus, 38 Lilium, 39 Liquidambar, 40 Magnolia, 41 Marchantia, 42 Marsilea, 43 Nelumbo, 44 Nicotiana, 45 Nuphar, 46 Nymphaea, 47 Ophioglossum, 48 Oryza, 49 Pachysandra, 50 Persea, 51 Phyllocladus, 52 Picea, 53 Pinus_strobus, 54 Pinus_thunbergii, 55 Piper, 56 Pisum, 57 Platanus, 58 Podocarpus, 59 Psilotum, 60 Saururus, 61 Schisandra, 62 Sequoia, 63 Serenoa, 64 Spathiphyllum, 65 Taxus, 66 Torreya, 67 Trochodendron, 68 Welwitschia, 69 Zamia, 70 Zea; TREE Majority_rule_consensus = [&R] (41:0.08169512,(35:0.10213013,(((47:0.15035108,59:0.0990614):0.02863053,(6:0.0909728,(28:0.2007123,(42:0.1131556,(4:0.13880247,9:0.12850198):0.04585109):0.10525029):0.01603332):0.00912158):0.03328182,(((23:0.02306081,(25:0.00648733,69:0.01420378):0.01361413):0.02014858,(31:0.03069159,(((27:0.10230122,(32:0.09073753,68:0.05560575):0.02287765):0.09290871,((1:0.01939378,16:0.01195185):0.00154361,(52:0.01128006,(53:0.01052587,54:0.0140049):0.0088359):0.00458371):0.03201415):0.00676168,((7:0.03180027,(51:0.01960478,58:0.02671458):0.02512799):0.00784121,((65:0.02847596,66:0.02063732):0.00459215,(62:0.00706221,(21:0.01116989,(22:0.00417182,37:0.00611918):0.01549534):0.0052787):0.02291703):0.02226286):0.01434554):0.01345087):0.00394517):0.01726797,(5:0.03218118,((11:0.01357615,(45:0.00483814,46:0.01163808):0.00196156):0.03530577,((10:0.01575754,(36:0.01026882,61:0.01431311):0.00924882):0.00535274,((18:0.02359777,((8:0.02350017,(55:0.04220684,60:0.02205755):0.01445488):0.00630953,((12:0.02111785,(34:0.01030178,50:0.0120615):0.00336865):0.0055816,((13:0.03891697,24:0.01501115):0.00673049,(29:0.01538498,40:0.00930381):0.00536612):9.0961E-4):9.7062E-4):0.00173433):5.7395E-4,((3:0.04725469,(64:0.04374517,(38:0.04503838,(63:0.0139084,(48:0.02162933,70:0.02415735):0.07123711):0.00527024):0.00888752):0.00613259):0.00910662,(17:0.04850485,((19:0.02922615,20:0.03266916):0.01189738,((43:0.01959903,(57:0.01314818,67:0.01074757):0.0075744):0.00110525,(49:0.0268659,(33:0.02398209,(39:0.01813784,((26:0.03832554,44:0.04351384):0.0079807,((2:0.04081621,14:0.05459732):0.00694572,(56:0.07003919,(15:0.01665157,30:0.01828099):0.01499411):0.00591413):0.0048081):0.00121188):0.0024818):0.01194915):0.00167928):0.00266042):0.01122707):0.0028258):0.0013286):0.00900672):0.00607829):0.00622588):0.07014927):0.07573776):0.01303332):0.08169512); END; BEGIN TREES; TITLE Total_Evidence; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Abies, 2 Amborella, 3 Araucaria, 4 Asarum, 5 Austrobaileya, 6 Autunia, 7 Bennettitales, 8 Brasenia, 9 Callistophyton, 10 Caytonia, 11 Cedrus, 12 Cephalotaxus, 13 Chloranthus, 14 Cordaitales, 15 Corystosperms, 16 Cryptomeria, 17 Cupressus, 18 Cycas, 19 Drimys, 20 Elkinsia, 21 Emporia, 22 Encephalartos, 23 Ephedra, 24 Ginkgo, 25 Glossopterids, 26 Gnetum, 27 Illicium, 28 Juniperus, 29 Lyginopteris, 30 Medullosans, 31 Nuphar, 32 Nymphaea, 33 Peltaspermum, 34 Pentoxylon, 35 Picea, 36 Podocarpus, 37 Pstrobus, 38 Pthunbergii, 39 Saururus, 40 Schisandra, 41 Sequoia, 42 Taxus, 43 Torreya, 44 Trimenia, 45 Welwitschia, 46 Zamia; TREE Strict_consensus = [&R] (20,29,(30,((9,((14,((21,(((((1,35),11),(37,38)),(23,(26,45))),((36,3),(((16,(17,28)),41),(12,(42,43)))))),24)),15,6,33)),((18,(22,46)),((25,34),((10,((2,(5,((44,13),((39,4),19)),(27,40))),(31,32,8))),7)))))); END;