#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 11:54 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Uematsu S., Rahman M.Z., & Kageyama K. 2014. Phytophthora pseudoasparagi sp. nov., a new species causing root rot of asparagus in Japan. Persoonia, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15351] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=25; TAXLABELS Phytophthora_amnicola_ Phytophthora_asparagi Phytophthora_bilorbang Phytophthora_borealis_ Phytophthora_fluvialis_ Phytophthora_gibbosa_ Phytophthora_gonapodyides_ Phytophthora_gregata_ Phytophthora_humicola_ Phytophthora_inundata_ Phytophthora_litoralis_ Phytophthora_megasperma_ Phytophthora_pinifolia_ Phytophthora_rosacearum Phytophthora_sojae Phytophthora_sp._CH98ASP051 Phytophthora_sp._CH98ASP061 Phytophthora_sp._CH98ASP063 Phytophthora_sp._CH98ASP069 Phytophthora_taxon_paludosa_ Phytophthora_taxon_personii_ Phytophthora_taxon_pgchlamydo Phytophthora_taxon_raspberry_ Phytophthora_taxonwalnut_ Phytophthora_thermophila_ ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=33; TAXLABELS Phytophthora_amnicola_ Phytophthora_asparagi_ Phytophthora_bilorbang_ Phytophthora_borealis Phytophthora_fluvalis_ Phytophthora_gemini_ Phytophthora_gibbosa_ Phytophthora_gonapodyides_ Phytophthora_gregata Phytophthora_humicola_ Phytophthora_inundata_ Phytophthora_lacustris_ Phytophthora_litoralis Phytophthora_megasperma_ Phytophthora_mississippiae_ Phytophthora_pinifolia Phytophthora_riparia_ Phytophthora_rosacearum Phytophthora_sojae Phytophthora_sp._CH98ASP051 Phytophthora_sp._CH98ASP061 Phytophthora_sp._CH98ASP063 Phytophthora_sp._CH98ASP069 Phytophthora_sp._personii_ Phytophthora_taxon_cranberry_ Phytophthora_taxon_forestsoil Phytophthora_taxon_oaksoil_ Phytophthora_taxon_paludosa_ Phytophthora_taxon_pgchlamydo_ Phytophthora_taxon_raspberry_ Phytophthora_taxon_riversoil_ Phytophthora_taxon_walnut_ Phytophthora_thermophila_ ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M20731] TITLE Phytophthora_pseudoasparagi__MPrDNAITS; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=742; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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ACATAAAAAACTTTCCACGTGAACCGTATCAACCCAATAGTTTGCTCTGGCGTGCGGCTCTGTCATGGGTGGACGGCTGCTGGGCGGGCTCTATCAGGACTTTGGACCGGTCCGCTCGTAGCCTTTCCATACATACTGAATATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAACCTTGGCTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGATGAGACGCCAGACGTGAAGTGTCTTGCTGCTGGTCTTTCGTCCGGCGGTGAGTCCTTTGAAATGTACTGAACTGTACTTCTCTTTGCTCGAAAAGCGTGGCGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCCATGTGGCCAGTCGGCGACCGGTTTGTCTGCTGTGGCGTTAGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAATGCGCTTATTGGATGCTTTTCCTGCGGGCGGTACGAACTGGTGAACCGTAGCTGTGTGGCTTGGTCTTTGAACCGGCTTTGTTGCGAAGTAGAGTGGCGGCTTCGGCTGTCGAGGGGTCGATCCTATTTGGAAACGTGTGTGCGGCTTCGGCTGCGC Phytophthora_sp._personii_ ACATAAAACACTTTCCACGTGAACCGTATCAACCCCTTAGTCTGCTCGGCGGCGTGCGTCTGTAATGGGTCGGCTGCTGCTGCGCGGGCTCTATCACGACTTTGGGCTGGCTCGCTAGTAGCCTTTCCTTTAATGACTGAAATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTCGTCCTGGAAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAACCTTGGTTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGAGGATATGCCAGACGTGAAGTGTCTTGTTGGCGGTCTTTCGTCTGCCGGCGAGTCCTTTGAAATGTACTGAACTGTACTCCTCTTTGCTCGAAAAGCGTGGCGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCCGTATGGCCAGTCGGCGACCGGTTTGTTCGCGGTAGTGTTAGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAATCTGCTTATTGGTCGCTTTCCTGCTTGTCGGTACAAACTGGTGAACCGTAGCTGTGTGGCTTGGCTTTTGAATCGGCTTTGCTGCGGAGTAGAGTGGCGGCTTCGGCTGCCGAGGGGTCGATCCATTTTGAACTTGTGTGTGCGGCTTCGTGCTGCG Phytophthora_taxon_cranberry_ 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ACCTAAAAAACTTTCCACGTGAACCGTATCAACCCCTTAATCTGCTCGGCGGCGTGCGTCTGTAATGGGTCGGCTGCTGCTGCGCAGGCTCTATCACGACTTTGGGCTGGCTCACTAGTAGCATTTCCTTAAATACTGAACATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAACCTTGGTTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGAGGATATGCCAGACGTGAAGTGTCTTGCTGGCGGTCTTTCGTCTGCCGGTGAGTCCTTTGAAATGTACTGAACTGTACTCCTCTTTGCTCGAAAAGCGTGGCGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCCGTGTGGCCAGTCGGCGACCGGTTTGTTAGCTGTGGCGTTAGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAATCTGCTTATTGGGTGCTTTCCTGTCTGGCGGTACGAACTGGTGAACCGTAGCTGTGTGGCTTGGCTTTTGAACCGGCTTTGCTGCGAAGTAGGGTGGCGGCTTCGGCTGTCGAGGGGTCGATCCATTTTGAAACTGTGTGTGCGGCTTCGTGCTGCG Phytophthora_taxon_raspberry_ ACATAAAAAACTTTCCACGTGAACCGTATCAACCCCTTAATCTGCTCGGCGGCGTGCGTCTGTAATGGGTCGGCTGCTGCTGCGCGGGCTCTATCACGACTTTGGGCTGGCTCGCTAGTAGCTTTCCCTTAAATACTGAACATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAACCTTGGTTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGAGGATATGCCAGACGTGAAGTGTCTTGCTGGCGGTCTTTCGTCTGCCGGTGAGTCCTTTGAAATGTACTGAACTGTACTCCTCTTTGCTCGAAAAGCGTGGCGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCCGTGTGGCTTGTCGGCGACCGGTTTGTTAGCTGTGACGTTAGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAATCTGCTTATTGGGTGCTTTCCTGTCTGGCGATACGAACTGGTGAACCGTAGTCATGTGGCTTGGCTTTTGAACCGGTTTTGCTGCGAAGTAGTGCGGCGGCTTCGGCTGTCGAGGGGTCGATCCATTTTGAAACTGTGTGTGCGGCTTCGTGCTGCG Phytophthora_taxon_riversoil_ 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ACCTAAAAAACTTTCCACGTGAACCGTATCAACCCTTTAATCTGCTCGGCGGCGTGTGTCTGTAATGGGTCGGCTGCTGCTGCGCGGGCTCTATCACGACTTTGGGCTGGCTCGCTAGTAGCCTTTCCTTAAAAACTGAACATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAACCTTGGTTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGAGGATATGCCAGACGTGAAGTGTCTTGCTAGCGGTCTTTCGTCTGCCGGTGAGTCCTTTGAAATGTACTGAACTGTACTCCTCTTTGTCCGAAAAGCGTGGCGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCTGTGTGGCCAGTCGGCGACCGGTTTGTTAGCTGTGGCGTTAGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAATCTGCTTATTGGGTGCTTTCCTGTCTGGCGGTACGAACTGGTGAACCGTAGCTATGTGGCTTGGCTTTTGAACCGGCTTTGCTGCGAAGTAGGGTGGCAGCTTCGGCTGTCGAGGGGTCGATCCATTTTGAAACTGTGTGTGCGGCTTCGTGCTGCG ; END; BEGIN TREES; TITLE Phytophthora_pseudoasparagi_MP_COXI; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Phytophthora_sp._CH98ASP051, 2 Phytophthora_sp._CH98ASP061, 3 Phytophthora_sp._CH98ASP063, 4 Phytophthora_sp._CH98ASP069, 5 Phytophthora_amnicola_, 6 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Phytophthora_sp._CH98ASP061, 2 Phytophthora_sp._CH98ASP063, 3 Phytophthora_sp._CH98ASP069, 4 Phytophthora_sp._CH98ASP051, 5 Phytophthora_amnicola_, 6 Phytophthora_asparagi_, 7 Phytophthora_bilorbang_, 8 Phytophthora_borealis, 9 Phytophthora_fluvalis_, 10 Phytophthora_gemini_, 11 Phytophthora_gibbosa_, 12 Phytophthora_gonapodyides_, 13 Phytophthora_gregata, 14 Phytophthora_humicola_, 15 Phytophthora_inundata_, 16 Phytophthora_lacustris_, 17 Phytophthora_litoralis, 18 Phytophthora_megasperma_, 19 Phytophthora_mississippiae_, 20 Phytophthora_pinifolia, 21 Phytophthora_riparia_, 22 Phytophthora_rosacearum, 23 Phytophthora_thermophila_, 24 Phytophthora_sp._personii_, 25 Phytophthora_taxon_cranberry_, 26 Phytophthora_taxon_forestsoil, 27 Phytophthora_taxon_oaksoil_, 28 Phytophthora_taxon_paludosa_, 29 Phytophthora_taxon_pgchlamydo_, 30 Phytophthora_taxon_raspberry_, 31 Phytophthora_taxon_riversoil_, 32 Phytophthora_taxon_walnut_, 33 Phytophthora_sojae; TREE PAUP_3 = [&R] (1:0.0,(2:0.0,3:1.0):1.0,4:0.0,(((((((5:8.0,(17:5.0,23:3.0):4.0):7.0,(((((9:0.0,14:0.0,15:0.0):5.0,10:14.0):5.0,24:9.0):10.0,(22:9.0,32:8.0):23.0):10.0,(16:1.0,21:3.0):4.0):3.0):1.0,((((((11:2.0,13:3.0):1.0,28:7.0):2.0,30:5.0):5.0,25:6.0):2.0,(12:4.0,19:2.0):2.0):2.0,18:8.0):1.0,26:1.0):1.0,8:0.0,(20:12.0,29:1.0):1.0):1.0,(7:0.0,27:0.0,31:5.0):5.0):30.0,33:84.0):27.0,6:7.0):9.0); END;