#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 7:47 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Alverson A., & Kolnick L. 2005. Intragenomic nucleotide polymorphism among SSU rDNA paralogs in the diatom genus Skeletonema. Journal of Phycology, 41: 1248-1257. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1540] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=62; TAXLABELS Skeletonema_dohrnii_B104_AJ632210 Skeletonema_dohrnii_B105_AJ632211 Skeletonema_grethae_CCAP1077.4_cln1A Skeletonema_grethae_CCAP1077.4_cln1B Skeletonema_grethae_CCAP1077.4_cln1C Skeletonema_grethae_CCAP1077.4_cln1D Skeletonema_grethae_CCAP1077.4_cln2A Skeletonema_grethae_CCAP1077.4_cln2B Skeletonema_grethae_CCAP1077.4_cln2C Skeletonema_grethae_CCAP1077.4_cln2D Skeletonema_grethae_CCAP1077.4_direct Skeletonema_grethae_UBC18C_M54988 Skeletonema_grethae.CCAP1077.3_1A Skeletonema_grethae.CCAP1077.3_X85395 Skeletonema_grethae.CCAP1077.3_direct Skeletonema_grethae.CCMP780_AJ632205 Skeletonema_japonicum_CCMP1281_AY485473 Skeletonema_japonicum_NB02.45__direct Skeletonema_japonicum_NB02.45_cln1A Skeletonema_japonicum_NB02.45_cln2A Skeletonema_japonicum_NB02.45_cln2B Skeletonema_marinoi_B118_AJ632214 Skeletonema_marinoi_B119_AJ632215 Skeletonema_marinoi_B120_AJ632216 Skeletonema_marinoi_B121_AJ632212 Skeletonema_marinoi_B146_AJ632213 Skeletonema_marinoi_CCMP1009_AJ535165 Skeletonema_menzelii_B82_AJ632217 Skeletonema_menzelii_B83_AJ632218 Skeletonema_menzelii_CCMP787_AJ536450 Skeletonema_menzelii_CCMP787_clnA Skeletonema_menzelii_CCMP787_clnB Skeletonema_menzelii_CCMP787_direct Skeletonema_menzelii_CCMP790_AJ535168 Skeletonema_pseudocostatum_B77_AJ632207 Skeletonema_pseudocostatum_B78_AJ632208 Skeletonema_pseudocostatum_B80_AJ632209 Skeletonema_pseudocostatum_CCAP1077.6_X85393 Skeletonema_pseudocostatum_CCAP1077.7_X85394 Skeletonema_pseudocostatum_CCAP1077.7_clnA Skeletonema_pseudocostatum_CCAP1077.7_clnB Skeletonema_pseudocostatum_CCAP1077.7_clnC Skeletonema_pseudocostatum_CCAP1077.7_clnD Skeletonema_pseudocostatum_CCAP1077.7_clnE Skeletonema_pseudocostatum_CCAP1077.7_clnG Skeletonema_pseudocostatum_CCAP1077.7_clnH Skeletonema_pseudocostatum_CCAP1077.7_clnI Skeletonema_pseudocostatum_CCAP1077.7_direct Skeletonema_subsalsum_CCAP1077.8_AJ535166 Skeletonema_subsalsum_CCAP1077.8_clnA Skeletonema_subsalsum_CCAP1077.8_clnB Skeletonema_subsalsum_CCAP1077.8_clnC Skeletonema_subsalsum_CCAP1077.8_clnD Skeletonema_subsalsum_CCAP1077.8_clnE Skeletonema_subsalsum_CCAP1077.8_clnF Skeletonema_subsalsum_CCAP1077.8_clnG Skeletonema_subsalsum_CCAP1077.8_clnH Skeletonema_subsalsum_CCAP1077.8_clnJ Skeletonema_subsalsum_CCAP1077.8_direct Thalassiosira_eccentrica Thalassiosira_oceanica Thalassiosira_pseudonana ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Skeletonema_pseudocostatum_CCAP1077.7_clnE 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Skeletonema_subsalsum_CCAP1077.8_clnC 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Thalassiosira_eccentrica 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Thalassiosira_oceanica 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Thalassiosira_pseudonana AGTTGATCCTGCCAGTAGTCATACGCTCGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTACAA-CCATTATAC-A-GGAAAACTGCGAACGGCTCATTATATCAGTTATTGTTTCTTTGATAGTCCCTTACTACTTGGATACCTGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATCAATACCCGACTGTTCGCGGAAGGGTAGTATTTATTAGGTATAGACCAACCGTCTTCGGGACGTGCTTTGGTGATTCATAATAACTTATCGGATCGCATGGCTCCATGCCGGCGATGGATCATTCAAGTTTCTGCCCTATCA-GCTTTGGATGGTAGTGTATTGGACTACCATGGCTTTAACGGGTAACGAATTGTTAGGGCAAGATTTCGGAGAGGGAGCCTGAGAGACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGTAAATTACCCAATACTGAAACAGTGAGGTAGTGACAATAAATAACAATGCCGGGCCTTTACAGGTCTGGCAATTGGAATGAGAACAATTTAAATCCCTTATCGAGTATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCTGGCGGGAGCGACCGGTCTCACACTCAGTGCGAGAACTCGTGTTGTCTCTGGCCATCCTTGGGGATATCCTGTTTGGCATTAAGTTGTCGGGCAGGGGATACCCATCGTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTG--TTTAAAGCAGGCTTATGCCGTTGAATATATTAGCATGGAATAATAAGATAGGACCCTGGTACTATTTTGTTGGTTTGCGCACCGGGGTAATGATTAAAAGAGACAGGCGGGGCTATTCGTATTGCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTCTGCAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTAGCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAGGGGATCGAGGATGATTAGATACCATCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTCGGGATTGGCGGT-TGTTTTTTGACTCCGCCAGCACCGTATGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATAGT-GAGGATTGACAGATTGAGAGTTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCGCCGCCTGCTAAATAGTTCTGCGAATGGTTTTTCATTGGCAAGAGCTTCTTAGAGGGACGTTCATTCTACAAGATGAAGGAAGATGGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGCACTCAACGAGCATATAACCTTGGCCGAGAGGCCTGGGTAATCTTGTTAACATGCATCGTGATAGGGATAGATTATTGCAATTATTAATCTTGAACGAGGAATTCCTAGTAATCGCAGATCATCAATCTGCAATGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCACCTACCGATTGGATGGTCCGGTGAGGAGTCGAGATTGTGGCCTGGTTCCTTTATTGGGATTTGGCTACGAGAACTTCTCCAAACCTTATCATCTAGAGGAATGCAGAAGGATCAA 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