#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 8:09 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Borovicka J., Miroslav O., Stribrny J., Noordeloos M.E., Parra sanchez L.A., & Gryndler M. 2014. Phylogenetic and chemical studies in the potential psychotropic species complex of Psilocybe atrobrunnea with taxonomic and nomenclatoral notes. Persoonia, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15446] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=34; TAXLABELS Hypholoma_marginatum_P33 Leratiomyces_ceres_HQ604750 Leratiomyces_cucullatus_EU019232 Leratiomyces_erythrocephalus_AF261634 Leratiomyces_laetissimus_P27 Leratiomyces_magnivelaris_AF195600 Leratiomyces_squamosus_P38 Psilocybe_argentipes_AB104648 Psilocybe_atrobrunnea_P23 Psilocybe_atrobrunnea_P25 Psilocybe_atrobrunnea_P32 Psilocybe_atrobrunnea_P36 Psilocybe_atrobrunnea_P54 Psilocybe_caerulescens_HM035072 Psilocybe_cubensis_HM035082 Psilocybe_cubensis_P30 Psilocybe_cyanescens_GU565167 Psilocybe_fasciata_AB158635 Psilocybe_fimetaria_AF261617 Psilocybe_liniformans_AF261618 Psilocybe_medullosa_P11 Psilocybe_medullosa_P17 Psilocybe_medullosa_P20 Psilocybe_medullosa_P37 Psilocybe_mexicana_HM035077 Psilocybe_pelliculosa_P19 Psilocybe_semilanceata_HM035080 Psilocybe_semilanceata_P31 Psilocybe_serbica_GU565172 Psilocybe_silvatica_P24 Psilocybe_subaeruginosa_AF261622 Psilocybe_weraroa_EU019234 Psilocybe_weraroa_EU019235 Psilocybe_weraroa_P34 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=17; TAXLABELS Hypholoma_marginatum_P33 Leratiomyces_laetissimus_P27 Leratiomyces_squamosus_P38 Psilocybe_allenii Psilocybe_atrobrunnea_P32 Psilocybe_atrobrunnea_P36 Psilocybe_atrobrunnea_P54 Psilocybe_azurescens Psilocybe_cubensis_P30 Psilocybe_cyanescens Psilocybe_medullosa_P11 Psilocybe_medullosa_P37 Psilocybe_pelliculosa_P19 Psilocybe_semilanceata_P31 Psilocybe_serbica Psilocybe_silvatica_P24 Psilocybe_weraroa_P34 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=26; TAXLABELS Hypholoma_marginatum_HE994445 Leratiomyces_ceres_HQ604750 Leratiomyces_laetissimus_P27 Leratiomyces_squamosus_P38 Psilocybe_allenii_HE994442 Psilocybe_atrobrunnea_P25 Psilocybe_atrobrunnea_P32 Psilocybe_atrobrunnea_P36 Psilocybe_atrobrunnea_P54 Psilocybe_caerulescens_HM035072 Psilocybe_cubensis_HM035082 Psilocybe_cubensis_P30 Psilocybe_cyanescens_GU565175 Psilocybe_fasciata_AB158635 Psilocybe_medullosa_P11 Psilocybe_medullosa_P17 Psilocybe_medullosa_P20 Psilocybe_medullosa_P37 Psilocybe_mexicana_HM035077 Psilocybe_ovoideocystidiata_HE994454 Psilocybe_pelliculosa_P19 Psilocybe_semilanceata_HM035080 Psilocybe_semilanceata_P31 Psilocybe_serbica_GU565177 Psilocybe_silvatica_P24 Psilocybe_weraroa_P34 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa4; DIMENSIONS NTAX=17; TAXLABELS Hypholoma_marginatum_P33 Leratiomyces_laetissimus_P27 Leratiomyces_squamosus_P38 Psilocybe_allenii_HE994457 Psilocybe_atrobrunnea_P32 Psilocybe_atrobrunnea_P36 Psilocybe_atrobrunnea_P54 Psilocybe_azurescens_GU565159 Psilocybe_cubensis_P30 Psilocybe_cyanescens_GU565158 Psilocybe_medullosa_P11 Psilocybe_medullosa_P37 Psilocybe_pelliculosa_P19 Psilocybe_semilanceata_P31 Psilocybe_serbica_GU565165 Psilocybe_silvatica_P24 Psilocybe_weraroa_P34 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M21047] TITLE Psilocybe_EF1a; LINK TAXA = Taxa4; DIMENSIONS NCHAR=477; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=- GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Hypholoma_marginatum_P33 GCTGATTGCGCCATCCTCATCATCGCCGGTGGAACTGGTGAGTTCGAGGCTGGTATCTCCAAGGATGGCCAGACCCGCGAGCACGCTCTCCTCGCCTTCACCCTCGGTGTCCGTCAGCTCATCGTCGCTGTCAACAAGATGGATACCACCAAGGTAATTTACTCATCTCACGTAAAACATGTTAACTTTTTCAAGTGGTCCGAGGATCGTTTCAACGAAATCATCAAGGAGACTTCCGGCTTCATCAAGAAGGTCGGTTACAACCCCAAGACCGTTGCCTTCGTCCCCATCTCTGGATGGCATGGAGACAACATGTTGGAGGAGTCCCCCAAGTACGTTATCATCGTTGATCTCGTGTCTCACCTTCATTTTTAGCATGCCCTGGTACAAGGGTTGGTCGCGAGAGACCAAGTCTGGCCTCGTCAAGGGCAAGACTCTCCTCGATGCCATTGATGCCATTGAGCCCCCCGTCCGTCC 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M21044] TITLE Psilocybe_LSU; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=575; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=- GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Hypholoma_marginatum_P33 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---------------------------TTGTAGCTGGTCCTCTCGGGGACATGTGCTCGCCTGTCATCTTTATCTATCCACCTGTGAACCTTTTGTAGACTCCTTCTTGAAAGGCCTATGTTTTCATATACCCCAAAGAATGTAACAGAATGTATGTATGGCCTTGTGCCTATAAA-TCTATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCTTACCAGCTTTTGCTGATAA{CT}GGCTTGGATGTGGGGGTTTGCTGGCTTAGGTCGGCTCCCCTCAAATGTATTAGCCGGTACCCTGCGCGGAACCGTCTATTGGTGTGATAATTATCTACGCCGTGGACATCTGCATGAATGGGATGTACTGCTTCTAACCGTCCATCTGGACAACACATGACAATTTGACCTCAAATCAGGTAGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATA Psilocybe_cubensis_HM035082 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GATCATTATTGAATGAACTTGGCTCGGTTGCAGCTGGTCCTTTCGAGGGCATGTGCTCGCCTGTCATCTTTATCTCTCCACCTGTGCAC{AG}TTTTGTAGACCCTTCCTTGCAAGGCCTATGTTTTCATATACCCCAAAGAATGTAACAGAATGTATATATGGCCTTGTGCCTATAAACTATATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCTTACCAGCTTTTGCTAGTAATGGCTTGGATGTGGGGGTTTGCTGGCTTCGGTCGGCTCCCCTTAAATGCATTAGCTGGTGCCCCGCGCGGAACCGTCTATTGGTGTGATAATTATCTACGCCGTGGACGTCTGCATGAATGGGATGCGCTGCTTCTAACCGTCCGTCTGGACAACACATGACAATTTGACCTCAAATCAGGTAGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATA Psilocybe_mexicana_HM035077 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-ATCATTATTGAATGAACTTGGCTCGGTTGTAGCTGGTCCTCTCGGGGGCATGTGCTCGCCTGTCATCTTTATCTCTCCACCTGTGCACCTTTTGTAGACCCCTCCTTGCAAGGCCTACGTTTTCATATACCCCAAAGAATGTAACAGAATGTATTATTGGCCTTGTGCCTATAAACTATATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCTCAACCTTACCAGCTTTTGCTGATAATGGCTTGGATGTGGGGGTTTGCTGGCTTCGGTCTGCTCCCCTTAAATGTATTAGCCGGTGCCCCGCGCAGAGCCGTCTATTGGTGTGATAATTATCTACGCCGTGGACCTTTGCATGAATGGGATGCGCTGCTTCTAACCGTCCTT-TGGACAATACATGACAATTTGACCTCAAATCAGGTAGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATA Psilocybe_semilanceata_P31 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13 Psilocybe_cyanescens_GU565158, 14 Psilocybe_serbica_GU565165, 15 Psilocybe_azurescens_GU565159, 16 Psilocybe_allenii_HE994457, 17 Psilocybe_atrobrunnea_P54; TREE EFml1 = [&R] (8:0.212645,((((14:0.074399,(5:0.132924,(16:0.0,(15:0.0,(13:0.0,9:0.012584)479:0.0)516:0.0)1000:0.115665)490:0.024252)922:0.108161,((7:0.0,(10:0.014191,17:0.102189)565:0.008409)998:0.125696,(3:0.008339,(11:0.0,1:0.0)859:0.004171)991:0.134259)779:0.042942)569:0.065921,(6:0.157878,2:0.140896)710:0.035853)1000:0.166904,(4:0.079226,12:0.106208)820:0.078012):0.0); END; BEGIN TREES; TITLE Psilocybe_LSU; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Psilocybe_medullosa_P11, 2 Psilocybe_pelliculosa_P19, 3 Psilocybe_atrobrunnea_P23, 4 Psilocybe_silvatica_P24, 5 Psilocybe_atrobrunnea_P25, 6 Leratiomyces_laetissimus_P27, 7 Psilocybe_cubensis_P30, 8 Psilocybe_semilanceata_P31, 9 Psilocybe_atrobrunnea_P32, 10 Hypholoma_marginatum_P33, 11 Psilocybe_weraroa_P34, 12 Psilocybe_atrobrunnea_P36, 13 Psilocybe_medullosa_P37, 14 Leratiomyces_squamosus_P38, 15 Psilocybe_medullosa_P17, 16 Psilocybe_medullosa_P20, 17 Psilocybe_liniformans_AF261618, 18 Psilocybe_fimetaria_AF261617, 19 Psilocybe_subaeruginosa_AF261622, 20 Psilocybe_semilanceata_HM035080, 21 Psilocybe_cubensis_HM035082, 22 Psilocybe_weraroa_EU019234, 23 Psilocybe_weraroa_EU019235, 24 Psilocybe_fasciata_AB158635, 25 Psilocybe_argentipes_AB104648, 26 Psilocybe_mexicana_HM035077, 27 Psilocybe_caerulescens_HM035072, 28 Leratiomyces_cucullatus_EU019232, 29 Leratiomyces_erythrocephalus_AF261634, 30 Leratiomyces_magnivelaris_AF195600, 31 Leratiomyces_ceres_HQ604750, 32 Psilocybe_cyanescens_GU565167, 33 Psilocybe_serbica_GU565172, 34 Psilocybe_atrobrunnea_P54; TREE LSUml1 = [&R] (10:0.006366,(((((33:0.008306,(23:0.00201,(32:0.0,(22:0.0,(19:0.0,11:0.002039)686:0.002006)547:0.002008)245:0.0)351:0.0)743:0.00598,(21:0.0,7:0.0)998:0.008466)496:0.008533,((24:0.006226,(25:0.00565,(26:0.006778,27:0.018637)443:0.001882)861:0.006855)463:0.004039,(17:0.002059,(18:0.002,(2:0.0,(20:0.0,8:0.004057)992:0.010347)559:0.004048)343:0.001997)506:0.004109)451:0.002307)161:0.004364,((34:0.0,(12:0.0,(9:0.0,(5:0.0,3:0.0)75:0.0)96:0.0)168:0.0)996:0.010489,(4:0.002007,(16:0.0,(15:0.0,(13:0.0,1:0.0)144:0.0)207:0.0)688:0.0)874:0.008683)871:0.001719)999:0.024345,((31:0.001961,29:0.002068)821:0.002601,(6:0.002071,(28:0.0,(14:0.001999,30:0.0)573:0.00201)870:0.012396)348:0.003635)998:0.020545):0.0); END; BEGIN TREES; TITLE Psilocybe_ITS; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Psilocybe_medullosa_P11, 2 Psilocybe_medullosa_P17, 3 Psilocybe_pelliculosa_P19, 4 Psilocybe_medullosa_P20, 5 Psilocybe_silvatica_P24, 6 Psilocybe_atrobrunnea_P25, 7 Leratiomyces_laetissimus_P27, 8 Psilocybe_cubensis_P30, 9 Psilocybe_semilanceata_P31, 10 Psilocybe_atrobrunnea_P32, 11 Psilocybe_weraroa_P34, 12 Psilocybe_atrobrunnea_P36, 13 Psilocybe_medullosa_P37, 14 Leratiomyces_squamosus_P38, 15 Psilocybe_fasciata_AB158635, 16 Psilocybe_semilanceata_HM035080, 17 Psilocybe_cubensis_HM035082, 18 Psilocybe_allenii_HE994442, 19 Psilocybe_cyanescens_GU565175, 20 Psilocybe_ovoideocystidiata_HE994454, 21 Psilocybe_serbica_GU565177, 22 Psilocybe_caerulescens_HM035072, 23 Psilocybe_mexicana_HM035077, 24 Leratiomyces_ceres_HQ604750, 25 Hypholoma_marginatum_HE994445, 26 Psilocybe_atrobrunnea_P54; TREE ITSml1 = [&R] (25:0.08014,(((((13:0.0,(2:0.0,4:0.0)79:0.0)231:0.002145,(5:0.006569,1:0.002168)547:0.002246)606:0.008522,((23:0.024443,22:0.011315)995:0.03662,(3:0.003722,(9:0.0,(16:0.0,15:0.004325)790:0.006557)945:0.010619)739:0.010085)612:0.007425)759:0.022464,((12:0.0,(26:0.0,(10:0.0,6:0.0)421:0.0)860:0.0)1000:0.019675,(21:0.050301,((20:0.009578,(17:0.026933,8:0.002709)922:0.031389)558:0.012457,(19:0.002159,(18:0.0,11:0.002159)868:0.0)1000:0.02593)985:0.029353)1000:0.064895)898:0.012918)1000:0.146322,(24:0.047678,(7:0.020876,14:0.047763)721:0.024529)644:0.030113):0.0); END; BEGIN TREES; TITLE Psilocybe_3_genes_ML; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Psilocybe_medullosa_P11, 2 Psilocybe_pelliculosa_P19, 3 Psilocybe_silvatica_P24, 4 Leratiomyces_laetissimus_P27, 5 Psilocybe_cubensis_P30, 6 Psilocybe_semilanceata_P31, 7 Psilocybe_atrobrunnea_P32, 8 Psilocybe_weraroa_P34, 9 Psilocybe_atrobrunnea_P36, 10 Psilocybe_medullosa_P37, 11 Leratiomyces_squamosus_P38, 12 Psilocybe_cyanescens, 13 Psilocybe_serbica, 14 Psilocybe_azurescens, 15 Psilocybe_allenii, 16 Hypholoma_marginatum_P33, 17 Psilocybe_atrobrunnea_P54; TREE 3genesml1 = [&R] (16:0.127618,(((((3:0.010372,(10:0.003548,1:0.001779)755:0.005956)999:0.05821,(6:0.095976,2:0.042477)1000:0.091167)913:0.040053,(7:0.0,(9:0.006227,17:0.043753)436:0.002979)1000:0.087307)933:0.054195,(13:0.116251,(5:0.11422,((15:0.001801,12:0.001759)601:9.17E-4,(14:0.0,8:0.008445)832:0.003091)1000:0.074408)702:0.026675)999:0.111604)1000:0.218581,(4:0.057772,11:0.101163)1000:0.099302):0.0); END;