#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 18:09 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Kozak K.M., Wahlberg N., Neild A., Dasmahapatra K., Mallet J., & Jiggins C.D. 2014. Multilocus Species Trees Show the Recent Adaptive Radiation of the Mimetic Heliconius Butterflies. Systematic Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15531] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=82; TAXLABELS Acraea_encedon_fj55_3 Acraea_pseudegina_NW116_16 Actinote_stratonice_NW90_14 Actinote_surima_NW136_19 Agraulis_vanillae_8554_P Cethosia_cyane_NW100_12 Cethosia_cydippe_NW137_4 Cethosia_myrina_NW106_8 Dione_glycera_PE57_Pe Dione_juno_8727_Pe Dione_moneta_8748b_Pe Dryadula_phaetusa_2921_P Dryas_iulia_8648_Pe Eueides_aliphera_555_P Eueides_heliconioides_8947_Pe Eueides_isabella_780_P Eueides_lampeto_8750_Pe Eueides_lineata_2991_P Eueides_lybia_02_2001_Pe Eueides_pavana_C9_B Eueides_procula_2933_E Eueides_tales_09_256_Pe Eueides_vibilia_320_FG Heliconius_antiochus_S Heliconius_aoede_09_347_Pe Heliconius_astraea_MCZ116526_B Heliconius_atthis_8162_E Heliconius_besckei_bes110_B Heliconius_burneyi_8560_Pe Heliconius_charithonia_8830_P Heliconius_clysonymus_9211_E Heliconius_congener_9210_E Heliconius_cydno_cordula_WOM007_C Heliconius_demeter_8562_Pe 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Heliconius_antiochus_P326 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Heliconius_besckei_bes110_B 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Heliconius_cydno_cordula_WOM007_C 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Heliconius_doris_02_1939_Pe 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Heliconius_elevatus_09_270_Pe 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Heliconius_erato_erato_NCS2556_FG 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Heliconius_erato_favorinus_GS012_Pe 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Heliconius_erato_hydara_NCS2609_FG 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Heliconius_erato_lativitta_WOM03_E 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Heliconius_erato_notabilis_BC0140_E 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Heliconius_erato_petiverana_618_P 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Heliconius_hecale_02_1326_Pe 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Heliconius_melpomene_melpomene_9317_FG 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Heliconius_melpomene_meriana_13819_FG 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Heliconius_melpomene_rosina_546_P 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Heliconius_numata_346_FG 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Heliconius_sapho_2739_P 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; END; BEGIN SETS; CHARSET cmdh (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 6142-6931; CHARSET cad (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 5332-6141; CHARSET trh (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 14298-14974; CHARSET cox12 (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 1-1489; CHARSET hcl (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 15697-16457; CHARSET ef1a (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 2846-4034; CHARSET ddc (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 6932-7270; CHARSET wg (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 4035-4408; CHARSET hsp40 (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 12122-12660; CHARSET gts (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 11186-12121; CHARSET idh (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 7993-8670; CHARSET cat (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 10447-11185; CHARSET vas (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 14975-15696; CHARSET tRNA (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 2235-2311; CHARSET lam (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 12661-13540; CHARSET aact (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 9704-10446; CHARSET rps5 (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 9089-9703; CHARSET rps2 (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 8671-9088; CHARSET cox3 (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 1490-2235; CHARSET dpp (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 4409-4723; CHARSET gapdh (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 7271-7992; CHARSET argK (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 4724-5331; CHARSET tada3 (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 13541-14297; CHARSET 16S (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M21427] TITLE 'Heliconiini, Whole mitochondrial genomes'; LINK TAXA = Taxa6; DIMENSIONS NCHAR=15665; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2180 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Eueides_lybia_02_2001_Pe 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Heliconius_cydno_weymeri_1690_P 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Heliconius_doris_02_1939_Pe 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Heliconius_erato_chestertonii_WOM0059_C 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Heliconius_erato_emma_NCS1673_Pe 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Heliconius_erato_erato_NCS2556_FG 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Heliconius_erato_hydara_NCS2609_FG 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Heliconius_erato_notabilis_BC0410_E 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Heliconius_erato_petiverana_618_P 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Heliconius_xanthocles_9106 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Heliconius_cydno_cordula_WOM007_C 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Heliconius_erato_erato_NCS2556_FG 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Heliconius_erato_favorinus_GS012_Pe 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Heliconius_erato_hydara_NCS2609_FG 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Heliconius_erato_lativitta_WOM03_E 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Heliconius_erato_notabilis_BC0140_E 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Heliconius_erato_petiverana_618_P 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Heliconius_melpomene_melpomene_9317_FG 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Heliconius_melpomene_meriana_13819_FG 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Heliconius_melpomene_rosina_546_P 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Heliconius_sapho_2739_P 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Heliconius_erato_erato_NCS2556_FG 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Heliconius_erato_favorinus_GS012_Pe 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Heliconius_erato_petiverana_618_P 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Heliconius_hecuba_8550_E 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Heliconius_melpomene_rosina_546_P 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Heliconius_numata_346_FG 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; END; BEGIN SETS; CHARSET vas (CHARACTERS = 'Heliconiini, BEAST (1 individual per species)') = 14975-15696; CHARSET aact (CHARACTERS = 'Heliconiini, BEAST (1 individual per species)') = 9704-10446; CHARSET cox12 (CHARACTERS = 'Heliconiini, BEAST (1 individual per species)') = 1-1489; CHARSET lam (CHARACTERS = 'Heliconiini, BEAST (1 individual per species)') = 12661-13540; CHARSET gapdh (CHARACTERS = 'Heliconiini, BEAST (1 individual per species)') = 7271-7992; CHARSET ddc (CHARACTERS = 'Heliconiini, BEAST (1 individual per species)') = 6932-7270; CHARSET cat (CHARACTERS = 'Heliconiini, BEAST (1 individual per species)') = 10447-11185; CHARSET ef1a (CHARACTERS = 'Heliconiini, BEAST (1 individual per species)') = 2846-4034; CHARSET argK (CHARACTERS = 'Heliconiini, BEAST (1 individual per species)') = 4724-5331; CHARSET rps5 (CHARACTERS = 'Heliconiini, BEAST (1 individual per species)') = 9089-9703; CHARSET hcl (CHARACTERS = 'Heliconiini, BEAST (1 individual per species)') = 15697-16457; 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((23:0.040335108854422444,(24:0.0385305606129234,25:0.04335844095034697)100:0.014507716142468938)100:0.03740737035667307,(((4:0.01222000992472649,(1:0.003214371249922554,(2:0.0035337999403592026,3:0.0011400103490206734):3.4020948733384717E-4)57:0.005934034961963824)97:0.029053358174258293,((19:0.0032287564693167935,20:0.026317878801943573)100:0.033249543267006375,(11:0.00890239622202409,(10:0.0079899844442541,12:0.005825709200845172)100:0.007086827562162911)100:0.03042434072996333)97:0.007616888223539224)100:0.008993726291771819,((18:0.010116705667669612,(16:5.13375433271447E-6,(15:0.00744379605229135,17:9.673596564550019E-4)77:0.0020550167426292296)88:0.017045740125604444)76:0.017162050620482268,((14:0.024677526886232107,(6:0.02664119961628207,9:0.03526988472837479)37:0.002759700083188039)45:0.003557802295347206,(7:0.026434631831793627,(13:0.014693296962209822,(8:0.005453313949033362,(21:4.979633682581196E-4,22:5.486154973131278E-4)100:0.009116286223030136)68:0.0028610640909470905)100:0.014549575845724244)98:0.007960503864701087)61:0.005195566703890928)96:0.010723655371874025)99:0.03740737035667307); END; BEGIN TREES; TITLE 'Heliconiini, Whole mitochondrial MLT'; LINK TAXA = Taxa6; TRANSLATE 1 Acraea_encedon_fj55_3, 2 Acraea_issoria_gi254833165, 3 Dryadula_phaetusa_2921_P, 4 Eueides_lybia_02_2001_Pe, 5 Eueides_tales_09_256_Pe, 6 Heliconius_besckei_bes110_B, 7 Heliconius_burneyi_8560_Pe, 8 Heliconius_cydno_alithea_8509_E, 9 Heliconius_cydno_chioneus_553_P, 10 Heliconius_cydno_cordula_WOM007_C, 11 Heliconius_charithonia_8830_P, 12 Heliconius_clysonymus_9211_E, 13 Heliconius_cydno_weymeri_1690_P, 14 Heliconius_demeter_8562_Pe, 15 Heliconius_erato_chestertonii_WOM0059_C, 16 Heliconius_erato_emma_NCS1673_Pe, 17 Heliconius_erato_erato_NCS2556_FG, 18 Heliconius_erato_favorinus_GS012_Pe, 19 Heliconius_erato_hydara_NCS2609_FG, 20 Heliconius_erato_lativitta_WOM03_E, 21 Heliconius_elevatus_09_163_Pe, 22 Heliconius_elevatus_09_270_Pe, 23 Heliconius_erato_notabilis_BC0410_E, 24 Heliconius_erato_petiverana_618_P, 25 Heliconius_eratosignis_09_256_Pe, 26 Heliconius_ethilla_09_67_Pe___, 27 Heliconius_hecale_KD9_Pe, 28 Heliconius_hecale_WOMs5_P, 29 Heliconius_hecuba_8550, 30 Heliconius_hermathena_94_15_Pe, 31 Heliconius_heurippa_WOM_001_C, 32 Heliconius_hierax_8149_E, 33 Heliconius_melpomene_amandus_2228, 34 Heliconius_melpomene_cythera_2856_E, 35 Heliconius_melpomene_malleti_16550_B, 36 Heliconius_melpomene_melpomene9317_FG, 37 Heliconius_melpomene_melpomene_genome_ind, 38 Heliconius_melpomene_meriana_13819_FG, 39 Heliconius_melpomene_plesseni_9156_E, 40 Heliconius_melpomene_rosina_546_P, 41 Heliconius_melpomene_vulcanus_519_C, 42 Heliconius_pachinus_3035, 43 Heliconius_pardalinus_09_371_Pe, 44 Heliconius_pardalinus_butleri_KD9_Pe, 45 Heliconius_pardalinus_sergestus_09_202_Pe, 46 Heliconius_sapho_260_C, 47 Heliconius_sara_8862_P, 48 Heliconius_telesiphe_16722, 49 Heliconius_timareta_09_57_Pe, 50 Heliconius_timareta_9178_E, 51 Heliconius_timareta_9223_Pe, 52 Heliconius_wallacei_04_200_Pe, 53 Heliconius_wallacei_8687_Pe, 54 Heliconius_xanthocles_9106, 55 Heliconius_doris_delila_8697_Pe, 56 Heliconius_doris_doris_8684_Pe, 57 Heliconius_doris_02_1939_Pe, 58 Heliconius_aoede_09_347_Pe; TREE Whole_mitochondrial_ML = [&R] 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Heliconius_xanthocles_8758_Pe, 87 Heliconius_xanthocles_9106_E; TREE starBEAST_species_tree_MCC = [&R] ((5:8.235372027813963,1:8.235372027813963)1.000:9.254693166564993,(((31:3.3634465224927026,12:3.3634465224927013)0.950:0.8868699843369248,(72:2.0847359095960556,69:2.0847359095960556)1.000:2.165580597233568)0.978:6.4103709304189005,((8:7.62556578450784,(22:3.0005118657645795,85:3.0005118657645795)1.000:4.62505391874326)0.753:0.8278753528060454,(80:7.725010437328351,((41:1.2963820587203125,(28:0.1740879443526541,64:0.1740879443526541)1.000:1.1222941143676566)1.000:0.610412605208531,(52:0.7966652591942911,(15:0.6249301407950199,(49:0.16269200186465507,76:0.16269200186465507)1.000:0.46223813893036475)1.000:0.17173511839927125)1.000:1.1101294047345514)0.978:5.818215773399501)0.859:0.7284306999855383)0.977:2.2072462999346456)1.000:6.829377757130413)1.000; END; BEGIN TREES; TITLE 'Heliconiini, ML gene phylogenies'; LINK TAXA = Taxa7; TRANSLATE 1 Acraea_encedon_fj55_3, 2 Acraea_encedon_fj556, 3 Acraea_pseudegina_NW116_16, 4 Actinote_stratonice_NW90_14, 5 Actinote_surima_NW136_19, 6 Agraulis_vanillae_8554_P, 7 Agraulis_vanillae_NW152_16_DR, 8 Argynnis_paphia_NW76_12, 9 Cethosia_cyane_NW100_12, 10 Cethosia_cydippe_NW137_4, 11 Cethosia_myrina_NW106_8, 12 Dione_glycera_PE57_Pe, 13 Dione_juno_8727_Pe, 14 Dione_moneta_8748a_Pe, 15 Dione_moneta_8748b_Pe, 16 Dione_moneta_NW2_1_Me, 17 Dryadula_phaetusa_2921_P, 18 Dryadula_phaetusa_NW108_23, 19 Dryas_iulia_293_FG, 20 Dryas_iulia_8648_Pe, 21 Dryas_iulia_NW108_24_CR, 22 Eueides_aliphera_555_P, 23 Eueides_aliphera_8594_Pe, 24 Eueides_aliphera_875_P, 25 Eueides_aliphera_NW126_2_B, 26 Eueides_heliconioides_8947_Pe, 27 Eueides_isabella_780_P, 28 Eueides_lampeto_8750_Pe, 29 Eueides_lineata_2991_P, 30 Eueides_lybia_02_2001_Pe, 31 Eueides_lybia_556_P, 32 Eueides_lybia_8691_Pe, 33 Eueides_pavana_C9_B, 34 Eueides_procula_2933_E, 35 Eueides_procula_browni_AN7_V, 36 Eueides_procula_browni_AN8_V, 37 Eueides_procula_browni_AN9_V, 38 Eueides_procula_edias_AN6_V, 39 Eueides_tales_09_256_Pe, 40 Eueides_tales_2948_E, 41 Eueides_vibilia_320_FG, 42 Eueides_vibilia_8699_Pe, 43 Euptoieta_claudia_NW94_15, 44 Heliconius_antiochus_P326, 45 Heliconius_antiochus_S, 46 Heliconius_aoede_09_347_Pe, 47 Heliconius_aoede_8198_FG, 48 Heliconius_aoede_8569_Pe, 49 Heliconius_aoede_8572_Pe, 50 Heliconius_astraea_MCZ116526_B, 51 Heliconius_atthis_8162_E, 52 Heliconius_besckei_1C_B, 53 Heliconius_besckei_bes110_B, 54 Heliconius_burneyi_8560_Pe, 55 Heliconius_charithonia_2923_E, 56 Heliconius_charithonia_8830_P, 57 Heliconius_clysonymus_2_C, 58 Heliconius_clysonymus_8037_P, 59 Heliconius_clysonymus_9211_E, 60 Heliconius_congener_9210_E, 61 Heliconius_cydno_alithea_8509_E, 62 Heliconius_cydno_chioneus_553_P, 63 Heliconius_cydno_chioneus_557_P, 64 Heliconius_cydno_cordula_2096_V, 65 Heliconius_cydno_cordula_WOM007_C, 66 Heliconius_cydno_weymeri_1690_P, 67 Heliconius_cydno_weymeri_221_C, 68 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END; BEGIN TREES; TITLE 'Heliconiini_ML'; LINK TAXA = Taxa5; TRANSLATE 1 Acraea_encedon_fj556, 2 Acraea_encedon_fj55_3, 3 Acraea_pseudegina_NW116_16, 4 Actinote_stratonice_NW90_14, 5 Actinote_surima_NW136_19, 6 Agraulis_vanillae_8554_P, 7 Agraulis_vanillae_NW152_16_DR, 8 Argynnis_paphia_NW76_12, 9 Cethosia_cyane_NW100_12, 10 Cethosia_cydippe_NW137_4, 11 Cethosia_myrina_NW106_8, 12 Dione_glycera_PE57_Pe, 13 Dione_juno_8727_Pe, 14 Dione_moneta_8748a_Pe, 15 Dione_moneta_8748b_Pe, 16 Dione_moneta_NW2_1_Me, 17 Dryadula_phaetusa_2921_P, 18 Dryadula_phaetusa_NW108_23, 19 Dryas_iulia_293_FG, 20 Dryas_iulia_8648_Pe, 21 Dryas_iulia_NW108_24_CR, 22 Eueides_aliphera_555_P, 23 Eueides_aliphera_8594_Pe, 24 Eueides_aliphera_875_P, 25 Eueides_aliphera_NW126_2_B, 26 Eueides_heliconioides_8947_Pe, 27 Eueides_isabella_780_P, 28 Eueides_lampeto_8750_Pe, 29 Eueides_lineata_2991_P, 30 Eueides_lybia_02_2001_Pe, 31 Eueides_lybia_556_P, 32 Eueides_lybia_8691_Pe, 33 Eueides_pavana_C9_B, 34 Eueides_procula_2933_E, 35 Eueides_procula_browni_AN7_V, 36 Eueides_procula_browni_AN8_V, 37 Eueides_procula_browni_AN9_V, 38 Eueides_procula_edias_AN6_V, 39 Eueides_tales_09_256_Pe, 40 Eueides_tales_2948_E, 41 Eueides_vibilia_320_FG, 42 Eueides_vibilia_8699_Pe, 43 Euptoieta_claudia_NW94_15, 44 Heliconius_antiochus_P326, 45 Heliconius_antiochus_S, 46 Heliconius_aoede_09_347_Pe, 47 Heliconius_aoede_8198_FG, 48 Heliconius_aoede_8569_Pe, 49 Heliconius_aoede_8572_Pe, 50 Heliconius_astraea_MCZ116526_B, 51 Heliconius_atthis_8162_E, 52 Heliconius_besckei_1C_B, 53 Heliconius_besckei_bes110_B, 54 Heliconius_burneyi_8560_Pe, 55 Heliconius_charithonia_2923_E, 56 Heliconius_charithonia_8830_P, 57 Heliconius_clysonymus_2_C, 58 Heliconius_clysonymus_8037_P, 59 Heliconius_clysonymus_9211_E, 60 Heliconius_congener_9210_E, 61 Heliconius_cydno_alithea_8509_E, 62 Heliconius_cydno_chioneus_553_P, 63 Heliconius_cydno_chioneus_557_P, 64 Heliconius_cydno_cordula_2096_V, 65 Heliconius_cydno_cordula_WOM007_C, 66 Heliconius_cydno_weymeri_1690_P, 67 Heliconius_cydno_weymeri_221_C, 68 Heliconius_demeter_8562_Pe, 69 Heliconius_doris_02_1939_Pe, 70 Heliconius_doris_846_P, 71 Heliconius_doris_847_P, 72 Heliconius_doris_8645_Pe, 73 Heliconius_doris_8684_Pe, 74 Heliconius_doris_8697_Pe, 75 Heliconius_egeria_MJ4001_FG, 76 Heliconius_eleuchia_190_C, 77 Heliconius_eleuchia_842_P, 78 Heliconius_elevatus_09_163_Pe, 79 Heliconius_elevatus_09_270_Pe, 80 Heliconius_elevatus_434_FG, 81 Heliconius_elevatus_503_FG, 82 Heliconius_erato_chestertonii_WOM0059_C, 83 Heliconius_erato_demophoon_8054_P, 84 Heliconius_erato_emma_NCS1673_Pe, 85 Heliconius_erato_erato_NCS2556_FG, 86 Heliconius_erato_favorinus_GS012_Pe, 87 Heliconius_erato_hydara_440_FG, 88 Heliconius_erato_hydara_NCS2609_FG, 89 Heliconius_erato_lativitta_WOM03_E, 90 Heliconius_erato_notabilis_BC0140_E, 91 Heliconius_erato_petiverana_618_P, 92 Heliconius_eratosignis_09_256_Pe, 93 Heliconius_ethilla_09_67_Pe, 94 Heliconius_ethilla_3014_A, 95 Heliconius_godmani_Vienna_C, 96 Heliconius_hecale_02_1326_Pe, 97 Heliconius_hecale_261_C, 98 Heliconius_hecale_665_P, 99 Heliconius_hecale_71_C, 100 Heliconius_hecale_NW70_6, 101 Heliconius_hecale_WOM_P, 102 Heliconius_hecale_felix_8682_Pe, 103 Heliconius_hecale_zuleika_8100_P, 104 Heliconius_hecalesia_856_P, 105 Heliconius_hecuba_8549_E, 106 Heliconius_hecuba_8550_E, 107 Heliconius_hermathena_94_15_Pe, 108 Heliconius_hermathena_C3, 109 Heliconius_heurippa_2417_C, 110 Heliconius_heurippa_8_C, 111 Heliconius_heurippa_WOM001_C, 112 Heliconius_hewitsoni_P, 113 Heliconius_hierax_8149_E, 114 Heliconius_hierax_8154_E, 115 Heliconius_himera_2842_E, 116 Heliconius_himera_8076_P, 117 Heliconius_hortense_MB9111, 118 Heliconius_ismenius_666_P, 119 Heliconius_leucadia_RB119, 120 Heliconius_luciana_AN2_V, 121 Heliconius_luciana_AN3_V, 122 Heliconius_melpomene_amandus_2228_Bo, 123 Heliconius_melpomene_cythera_2856_E, 124 Heliconius_melpomene_ecuadorensis_9111_E, 125 Heliconius_melpomene_malleti_16550_B, 126 Heliconius_melpomene_melpomene_9317_FG, 127 Heliconius_melpomene_melpomene_P, 128 Heliconius_melpomene_meriana_13819_FG, 129 Heliconius_melpomene_plesseni_9156_E, 130 Heliconius_melpomene_rosina_546_P, 131 Heliconius_melpomene_rosina_811_P, 132 Heliconius_melpomene_rosina_845_P, 133 Heliconius_melpomene_vulcanus_519_C, 134 Heliconius_metharme_2949_E, 135 Heliconius_nattereri_C2_B, 136 Heliconius_numata_346_FG, 137 Heliconius_numata_o203_m05_Pe, 138 Heliconius_pachinus_3023_P, 139 Heliconius_pachinus_3035_P, 140 Heliconius_pardalinus_09_371_Pe, 141 Heliconius_pardalinus_butleri_09_372_Pe, 142 Heliconius_pardalinus_butleri_MJ2021_CR, 143 Heliconius_pardalinus_sergestus_09_200_Pe, 144 Heliconius_pardalinus_sergestus_09_202_Pe, 145 Heliconius_peruvianus_EC190_E, 146 Heliconius_peruvianus_EC288_E, 147 Heliconius_ricini_1180_FG, 148 Heliconius_sapho_260_C, 149 Heliconius_sapho_2739_P, 150 Heliconius_sapho_8126_E, 151 Heliconius_sara_8211_FG, 152 Heliconius_sara_850_P, 153 Heliconius_sara_8571_Pe, 154 Heliconius_sara_8862_P, 155 Heliconius_telesiphe_16722_E, 156 Heliconius_telesiphe_8525_E, 157 Heliconius_timareta_09_57_Pe, 158 Heliconius_timareta_8520_E, 159 Heliconius_timareta_9178_E, 160 Heliconius_timareta_9223_Pe, 161 Heliconius_tristero_C15_C, 162 Heliconius_wallacei_04_200_Pe, 163 Heliconius_wallacei_286_FG, 164 Heliconius_wallacei_flavescens_8132_E, 165 Heliconius_wallacei_flavescens_8687_Pe, 166 Heliconius_xanthocles_8609_Pe, 167 Heliconius_xanthocles_8758_Pe, 168 Heliconius_xanthocles_9106_E, 169 Philaethria_constantinoi_MG4062_E, 170 Philaethria_diatonica_8749a_Pe, 171 Philaethria_diatonica_8749b_Pe, 172 Philaethria_dido_8700_Pe, 173 Philaethria_neildi_AN4_V, 174 Philaethria_ostara_MG4260_E, 175 Philaethria_pygmalion_MCZ115413_B, 176 Philaethria_pygmalion_MCZ115415_B, 177 Philaethria_wernickei_NW126_5_B, 178 Podotricha_euchroia_NHM808498_C, 179 Podotricha_telesiphe_8146_E, 180 Vindula_arsinoe_NW69_4; TREE ML_tree = [&R] 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END; BEGIN TREES; TITLE 'Trees from "ml_gene_trees.nex"'; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Acraea_encedon_fj55_3, 2 Acraea_encedon_fj556, 3 Acraea_pseudegina_NW116_16, 4 Actinote_stratonice_NW90_14, 5 Actinote_surima_NW136_19, 6 Agraulis_vanillae_8554_P, 7 Agraulis_vanillae_NW152_16_DR, 8 Argynnis_paphia_NW76_12, 9 Cethosia_cyane_NW100_12, 10 Cethosia_cydippe_NW137_4, 11 Cethosia_myrina_NW106_8, 12 Dione_glycera_PE57_Pe, 13 Dione_juno_8727_Pe, 14 Dione_moneta_8748a_Pe, 15 Dione_moneta_8748b_Pe, 16 Dione_moneta_NW2_1_Me, 17 Dryadula_phaetusa_2921_P, 18 Dryadula_phaetusa_NW108_23, 19 Dryas_iulia_293_FG, 20 Dryas_iulia_8648_Pe, 21 Dryas_iulia_NW108_24_CR, 22 Eueides_aliphera_555_P, 23 Eueides_aliphera_8594_Pe, 24 Eueides_aliphera_875_P, 25 Eueides_aliphera_NW126_2_B, 26 Eueides_heliconioides_8947_Pe, 27 Eueides_isabella_780_P, 28 Eueides_lampeto_8750_Pe, 29 Eueides_lineata_2991_P, 30 Eueides_lybia_02_2001_Pe, 31 Eueides_lybia_556_P, 32 Eueides_lybia_8691_Pe, 33 Eueides_pavana_C9_B, 34 Eueides_procula_2933_E, 35 Eueides_procula_browni_AN7_V, 36 Eueides_procula_browni_AN8_V, 37 Eueides_procula_browni_AN9_V, 38 Eueides_procula_edias_AN6_V, 39 Eueides_tales_09_256_Pe, 40 Eueides_tales_2948_E, 41 Eueides_vibilia_320_FG, 42 Eueides_vibilia_8699_Pe, 43 Euptoieta_claudia_NW94_15, 44 Heliconius_antiochus_P326, 45 Heliconius_antiochus_S, 46 Heliconius_aoede_09_347_Pe, 47 Heliconius_aoede_8198_FG, 48 Heliconius_aoede_8569_Pe, 49 Heliconius_aoede_8572_Pe, 50 Heliconius_astraea_MCZ116526_B, 51 Heliconius_atthis_8162_E, 52 Heliconius_besckei_1C_B, 53 Heliconius_besckei_bes110_B, 54 Heliconius_burneyi_8560_Pe, 55 Heliconius_charithonia_2923_E, 56 Heliconius_charithonia_8830_P, 57 Heliconius_clysonymus_2_C, 58 Heliconius_clysonymus_8037_P, 59 Heliconius_clysonymus_9211_E, 60 Heliconius_congener_9210_E, 61 Heliconius_cydno_alithea_8509_E, 62 Heliconius_cydno_chioneus_553_P, 63 Heliconius_cydno_chioneus_557_P, 64 Heliconius_cydno_cordula_2096_V, 65 Heliconius_cydno_cordula_WOM007_C, 66 Heliconius_cydno_weymeri_1690_P, 67 Heliconius_cydno_weymeri_221_C, 68 Heliconius_demeter_8562_Pe, 69 Heliconius_doris_02_1939_Pe, 70 Heliconius_doris_846_P, 71 Heliconius_doris_847_P, 72 Heliconius_doris_8645_Pe, 73 Heliconius_doris_8684_Pe, 74 Heliconius_doris_8697_Pe, 75 Heliconius_egeria_MJ4001_FG, 76 Heliconius_eleuchia_190_C, 77 Heliconius_eleuchia_842_P, 78 Heliconius_elevatus_09_163_Pe, 79 Heliconius_elevatus_09_270_Pe, 80 Heliconius_elevatus_434_FG, 81 Heliconius_elevatus_503_FG, 82 Heliconius_erato_chestertonii_WOM0059_C, 83 Heliconius_erato_demophoon_8054_P, 84 Heliconius_erato_emma_NCS1673_Pe, 85 Heliconius_erato_erato_NCS2556_FG, 86 Heliconius_erato_favorinus_GS012_Pe, 87 Heliconius_erato_hydara_440_FG, 88 Heliconius_erato_hydara_NCS2609_FG, 89 Heliconius_erato_lativitta_WOM03_E, 90 Heliconius_erato_notabilis_BC0140_E, 91 Heliconius_erato_petiverana_618_P, 92 Heliconius_eratosignis_09_256_Pe, 93 Heliconius_ethilla_09_67_Pe, 94 Heliconius_ethilla_3014_A, 95 Heliconius_godmani_Vienna_C, 96 Heliconius_hecale_02_1326_Pe, 97 Heliconius_hecale_261_C, 98 Heliconius_hecale_665_P, 99 Heliconius_hecale_71_C, 100 Heliconius_hecale_NW70_6, 101 Heliconius_hecale_WOM_P, 102 Heliconius_hecale_felix_8682_Pe, 103 Heliconius_hecale_zuleika_8100_P, 104 Heliconius_hecalesia_856_P, 105 Heliconius_hecuba_8549_E, 106 Heliconius_hecuba_8550_E, 107 Heliconius_hermathena_94_15_Pe, 108 Heliconius_hermathena_C3, 109 Heliconius_heurippa_2417_C, 110 Heliconius_heurippa_8_C, 111 Heliconius_heurippa_WOM001_C, 112 Heliconius_hewitsoni_P, 113 Heliconius_hierax_8149_E, 114 Heliconius_hierax_8154_E, 115 Heliconius_himera_2842_E, 116 Heliconius_himera_8076_P, 117 Heliconius_hortense_MB9111, 118 Heliconius_ismenius_666_P, 119 Heliconius_leucadia_RB119, 120 Heliconius_luciana_AN2_V, 121 Heliconius_luciana_AN3_V, 122 Heliconius_melpomene_amandus_2228_Bo, 123 Heliconius_melpomene_cythera_2856_E, 124 Heliconius_melpomene_ecuadorensis_9111_E, 125 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END; BEGIN TREES; TITLE 'Heliconiini, MDC consensus 100 bootstraps'; LINK TAXA = Taxa7; TRANSLATE 1 Acraea_encedon_fj55_3, 2 Acraea_encedon_fj556, 3 Acraea_pseudegina_NW116_16, 4 Actinote_stratonice_NW90_14, 5 Actinote_surima_NW136_19, 6 Agraulis_vanillae_8554_P, 7 Agraulis_vanillae_NW152_16_DR, 8 Argynnis_paphia_NW76_12, 9 Cethosia_cyane_NW100_12, 10 Cethosia_cydippe_NW137_4, 11 Cethosia_myrina_NW106_8, 12 Dione_glycera_PE57_Pe, 13 Dione_juno_8727_Pe, 14 Dione_moneta_8748a_Pe, 15 Dione_moneta_8748b_Pe, 16 Dione_moneta_NW2_1_Me, 17 Dryadula_phaetusa_2921_P, 18 Dryadula_phaetusa_NW108_23, 19 Dryas_iulia_293_FG, 20 Dryas_iulia_8648_Pe, 21 Dryas_iulia_NW108_24_CR, 22 Eueides_aliphera_555_P, 23 Eueides_aliphera_8594_Pe, 24 Eueides_aliphera_875_P, 25 Eueides_aliphera_NW126_2_B, 26 Eueides_heliconioides_8947_Pe, 27 Eueides_isabella_780_P, 28 Eueides_lampeto_8750_Pe, 29 Eueides_lineata_2991_P, 30 Eueides_lybia_02_2001_Pe, 31 Eueides_lybia_556_P, 32 Eueides_lybia_8691_Pe, 33 Eueides_pavana_C9_B, 34 Eueides_procula_2933_E, 35 Eueides_procula_browni_AN7_V, 36 Eueides_procula_browni_AN8_V, 37 Eueides_procula_browni_AN9_V, 38 Eueides_procula_edias_AN6_V, 39 Eueides_tales_09_256_Pe, 40 Eueides_tales_2948_E, 41 Eueides_vibilia_320_FG, 42 Eueides_vibilia_8699_Pe, 43 Euptoieta_claudia_NW94_15, 44 Heliconius_antiochus_P326, 45 Heliconius_antiochus_S, 46 Heliconius_aoede_09_347_Pe, 47 Heliconius_aoede_8198_FG, 48 Heliconius_aoede_8569_Pe, 49 Heliconius_aoede_8572_Pe, 50 Heliconius_astraea_MCZ116526_B, 51 Heliconius_atthis_8162_E, 52 Heliconius_besckei_1C_B, 53 Heliconius_besckei_bes110_B, 54 Heliconius_burneyi_8560_Pe, 55 Heliconius_charithonia_2923_E, 56 Heliconius_charithonia_8830_P, 57 Heliconius_clysonymus_2_C, 58 Heliconius_clysonymus_8037_P, 59 Heliconius_clysonymus_9211_E, 60 Heliconius_congener_9210_E, 61 Heliconius_cydno_alithea_8509_E, 62 Heliconius_cydno_chioneus_553_P, 63 Heliconius_cydno_chioneus_557_P, 64 Heliconius_cydno_cordula_2096_V, 65 Heliconius_cydno_cordula_WOM007_C, 66 Heliconius_cydno_weymeri_1690_P, 67 Heliconius_cydno_weymeri_221_C, 68 Heliconius_demeter_8562_Pe, 69 Heliconius_doris_02_1939_Pe, 70 Heliconius_doris_846_P, 71 Heliconius_doris_847_P, 72 Heliconius_doris_8645_Pe, 73 Heliconius_doris_8684_Pe, 74 Heliconius_doris_8697_Pe, 75 Heliconius_egeria_MJ4001_FG, 76 Heliconius_eleuchia_190_C, 77 Heliconius_eleuchia_842_P, 78 Heliconius_elevatus_09_163_Pe, 79 Heliconius_elevatus_09_270_Pe, 80 Heliconius_elevatus_434_FG, 81 Heliconius_elevatus_503_FG, 82 Heliconius_erato_chestertonii_WOM0059_C, 83 Heliconius_erato_demophoon_8054_P, 84 Heliconius_erato_emma_NCS1673_Pe, 85 Heliconius_erato_erato_NCS2556_FG, 86 Heliconius_erato_favorinus_GS012_Pe, 87 Heliconius_erato_hydara_440_FG, 88 Heliconius_erato_hydara_NCS2609_FG, 89 Heliconius_erato_lativitta_WOM03_E, 90 Heliconius_erato_notabilis_BC0140_E, 91 Heliconius_erato_petiverana_618_P, 92 Heliconius_eratosignis_09_256_Pe, 93 Heliconius_ethilla_09_67_Pe, 94 Heliconius_ethilla_3014_A, 95 Heliconius_godmani_Vienna_C, 96 Heliconius_hecale_02_1326_Pe, 97 Heliconius_hecale_261_C, 98 Heliconius_hecale_665_P, 99 Heliconius_hecale_71_C, 100 Heliconius_hecale_felix_8682_Pe, 101 Heliconius_hecale_NW70_6, 102 Heliconius_hecalesia_856_P, 103 Heliconius_hecale_WOM_P, 104 Heliconius_hecale_zuleika_8100_P, 105 Heliconius_hecuba_8549_E, 106 Heliconius_hecuba_8550_E, 107 Heliconius_hermathena_94_15_Pe, 108 Heliconius_hermathena_C3, 109 Heliconius_heurippa_2417_C, 110 Heliconius_heurippa_8_C, 111 Heliconius_heurippa_WOM001_C, 112 Heliconius_hewitsoni_P, 113 Heliconius_hierax_8149_E, 114 Heliconius_hierax_8154_E, 115 Heliconius_himera_2842_E, 116 Heliconius_himera_8076_P, 117 Heliconius_hortense_MB9111, 118 Heliconius_ismenius_666_P, 119 Heliconius_leucadia_RB119, 120 Heliconius_luciana_AN2_V, 121 Heliconius_luciana_AN3_V, 122 Heliconius_melpomene_amandus_2228_Bo, 123 Heliconius_melpomene_cythera_2856_E, 124 Heliconius_melpomene_ecuadorensis_9111_E, 125 Heliconius_melpomene_malleti_16550_B, 126 Heliconius_melpomene_melpomene_9317_FG, 127 Heliconius_melpomene_melpomene_P, 128 Heliconius_melpomene_meriana_13819_FG, 129 Heliconius_melpomene_plesseni_9156_E, 130 Heliconius_melpomene_rosina_546_P, 131 Heliconius_melpomene_rosina_811_P, 132 Heliconius_melpomene_rosina_845_P, 133 Heliconius_melpomene_vulcanus_519_C, 134 Heliconius_metharme_2949_E, 135 Heliconius_nattereri_C2_B, 136 Heliconius_numata_346_FG, 137 Heliconius_numata_o203_m05_Pe, 138 Heliconius_pachinus_3023_P, 139 Heliconius_pachinus_3035_P, 140 Heliconius_pardalinus_09_371_Pe, 141 Heliconius_pardalinus_butleri_09_372_Pe, 142 Heliconius_pardalinus_butleri_MJ2021_CR, 143 Heliconius_pardalinus_sergestus_09_200_Pe, 144 Heliconius_pardalinus_sergestus_09_202_Pe, 145 Heliconius_peruvianus_EC190_E, 146 Heliconius_peruvianus_EC288_E, 147 Heliconius_ricini_1180_FG, 148 Heliconius_sapho_260_C, 149 Heliconius_sapho_2739_P, 150 Heliconius_sapho_8126_E, 151 Heliconius_sara_8211_FG, 152 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tree of 100 trees from Stored Trees (Trees "MDC 100 bootstrap trees" from file Heliconiini.nex)+++' = [&R] ((180,(43,8)100)100,((3,(1,(5,4)100)100)100,((10,(9,11)73)100,((((6,(14,(13,12)53)91)94,(17,(19,179)58,(170,(177,172)66)100)68)61,((22,(30,39)100)100,(26,29,27,(34,41,28,33)53)100)100)52,((((57,(155,117)73)91,(102,(82,(116,107)78)78)86)88,(((68,92)100,(147,(145,55)99)61)85,(151,44,148,76,60,(119,112)51)99)97)100,(((46,134)100,(75,(162,54)100)100,(106,(69,(113,166)100)100)100)98,((122,((157,138)65,(61,(109,161)95)65)95)95,((93,135)66,(136,52,118)52,(140,96,(51,78)64)53)94)98)89)71)98)98)100); END; BEGIN TREES; TITLE 'BEAST_MCC'; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Acraea_encedon_fj55_3, 2 Acraea_pseudegina_NW116_16, 3 Actinote_stratonice_NW90_14, 4 Actinote_surima_NW136_19, 5 Agraulis_vanillae_8554_P, 6 Cethosia_cyane_NW100_12, 7 Cethosia_cydippe_NW137_4, 8 Cethosia_myrina_NW106_8, 9 Dione_glycera_PE57_Pe, 10 Dione_juno_8727_Pe, 11 Dione_moneta_8748b_Pe, 12 Dryadula_phaetusa_2921_P, 13 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