#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 20, 2024; 6:00 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Dohrmann M., Voigt O., Erpenbeck D., & Woerheide G. 2006. Non-monophyly of most supraspecific taxa of calcareous sponges (Porifera, Calcarea) revealed by increased taxon sampling and partitioned Bayesian analysis of ribosomal DNA. Molecular Phylogenetics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1575] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=49; TAXLABELS Anamixilla_torresi Antipathes_galapagensis Aphroceras_sp Atolla_vanhoeffeni Clathrina_adusta Clathrina_aff_cerebrum Clathrina_cerebrum Clathrina_helveola Clathrina_luteoculcitella Clathrina_sp Clathrina_wistariensis Eilhardia_schulzei Grantia_compressa Grantiopsis_heroni Grantiopsis_sp Guancha_sp Lelapiella_incrustans Leucaltis_clathria Leucandra_aspera Leucandra_nicolae Leucascandra_caveolata Leucascus_sp Leucetta_chagosensis Leucetta_microraphis Leucetta_sp Leucetta_villosa Leuconia_nivea Leucosolenia_sp Levinella_prolifera Murrayona_phanolepis Mycale_fibrexilis Paraleucilla Pericharax_heteroraphis Petrobiona_massiliana Plectroninia_neocaledoniense Rhabdocalyptus_dawsoni Saccharomyces_cerevisiae Soleneiscus_radovani Soleneiscus_stolonifer Suberites_ficus Sycettusa_sp Sycettusa_tenuis Sycon_calcaravis Sycon_capricorn Sycon_ciliatum Sycon_raphanus Syconessa_panicula Ute_ampullacea Vosmaeropsis_sp ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=48; TAXLABELS Anamixilla_torresi Antipathes_galapagensis Aphroceras_sp Atolla_vanhoeffeni Clathrina_adusta Clathrina_aff_cerebrum Clathrina_cerebrum Clathrina_helveola Clathrina_luteoculcitella Clathrina_sp Clathrina_wistariensis Eilhardia_schulzei Grantia_compressa Grantiopsis_heroni Grantiopsis_sp Guancha_sp Lelapiella_incrustans Leucaltis_clathria Leucandra_aspera Leucandra_nicolae Leucascandra_caveolata Leucascus_sp Leucetta_chagosensis Leucetta_microraphis Leucetta_sp Leucetta_villosa Leuconia_nivea Leucosolenia_sp Levinella_prolifera Murrayona_phanolepis Mycale_fibrexilis Paraleucilla_magna Pericharax_heteroraphis Petrobiona_massiliana Plectroninia_neocaledoniense Rhabdocalyptus_dawsoni Saccharomyces_cerevisiae Soleneiscus_radovani Soleneiscus_stolonifer Suberites_ficus Sycettusa_sp Sycettusa_tenuis Sycon_capricorn Sycon_ciliatum Sycon_raphanus Syconessa_panicula Ute_ampullacea Vosmaeropsis_sp ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=49; TAXLABELS Anamixilla_torresi Antipathes_galapagensis Aphroceras_sp Atolla_vanhoeffeni Clathrina_adusta Clathrina_aff_cerebrum Clathrina_cerebrum Clathrina_helveola Clathrina_luteoculcitella Clathrina_sp Clathrina_wistariensis Eilhardia_schulzei Grantia_compressa Grantiopsis_heroni Grantiopsis_sp Guancha_sp Lelapiella_incrustans Leucaltis_clathria Leucandra_aspera Leucandra_nicolae Leucascandra_caveolata Leucascus_sp Leucetta_chagosensis Leucetta_microraphis Leucetta_sp Leucetta_villosa Leuconia_nivea Leucosolenia_sp Levinella_prolifera Murrayona_phanolepis Mycale_fibrexilis Paraleucilla_sp Pericharax_heteroraphis Petrobiona_massiliana Plectroninia_neocaledoniense Rhabdocalyptus_dawsoni Saccharomyces_cerevisiae Soleneiscus_radovani Soleneiscus_stolonifer Suberites_ficus Sycettusa_sp Sycettusa_tenuis Sycon_calcaravis Sycon_capricorn Sycon_ciliatum Sycon_raphanus Syconessa_panicula Ute_ampullacea Vosmaeropsis_sp ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1227] TITLE Fig._3; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=9743; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCT-AGCAATGCAC-GCC-TGTGGTTCAGCC-GGCTAGTCCTGT--GCG--TCGTT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTGTGGC-GGATCC-GAACGGACC-GTCCGC-GGC--GGCGGCGCTGGGC-GAGC-TGTGGTGCAC-TCCATGGGC-ATGCG----------------------C-GTCAGC-GTC--GGTTCTCGG---------CG--AGTGA-TGAGGTGC--CGGGGGAAGGTGGC-TC---------------------GCCTCTTCG-GAGGGGAGTG-TTATAGACCCTGG--TGCTGGGCTCGCTG---------TGGGACCGAGGAGAGAG--------ATGATCGCT-----------------------------------------------GCGGCACCTGCCTCTC--------------------GGGGCTAGCCAGCTGTC---GTCAGATGT-GTGTCAGGCGTTGAGGACTGC--ACGCA-GTGCTTGG---TGTC---TTGGCGTGGTCTGGAGG--TGGTGTGGG-CA-TAGAGGTGCCTAGGACGCTGG----------------------------------------------------------------CGTCCAAAT-GGCCGTGCGCGACCCGTCTTG-AAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGTGCGCGAGTCTTA-GGG-TG---------------------------------------------------------------------------TGCAAGCCC-TC------------GGGCGCAATGAAAGTGAAGGTT-CAG---CGTTGG-------------------------TTGAGCTGAGGTGAGAGCCGTTG---------------CTGGCCTGAC-GCCACGGCGGCGCATCATCGGCCGGTCCA------------------------------------------------------------------------------------------------TCCTGCTCTCAGGA-GGATCCGAGCAAGAGCGTATTTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGTAGGGATT-CTAACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGC-G-AAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGG-ATAGCT-GGAACTCGT----------?A---------ACACA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Clathrina_luteoculcitella 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Leucaltis_clathria 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Leucandra_aspera 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Leucetta_microraphis 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Leucetta_villosa 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Levinella_prolifera 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Pericharax_heteroraphis 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Petrobiona_massiliana 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Plectroninia_neocaledoniense 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Rhabdocalyptus_dawsoni 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Saccharomyces_cerevisiae 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Soleneiscus_radovani 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Soleneiscus_stolonifer 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Sycon_calcaravis 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Sycon_capricorn 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Sycon_ciliatum 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Sycon_raphanus 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Syconessa_panicula 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Anamixilla_torresi GTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCGCTCTTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGTTGACTTACTACTTGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCGTTAAAGTCCTGACCTGGGAAGGGATGTATTTATTAGATCCAAAACCGATGCAGCCGTCAG--TGGTTATTGGTGATTCATGGTAACTGAACGGATCGCATGGTCTTGCGCCGGCGATGACTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTAGTGGCTTACCATGGTTGCAACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTATCCAATCCCGACACGGGGAGATAGTGACGATAAATAACAATGCAGGACTCTAACGAGTCTTGCAATTGGAATGAGAACAATTTAAACCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCGGAGCGGAGC-TCACGGTCCGCCGGTGTGTACTGTGCT-GTTCTGTTCTTCTTCTCGTGGAGCGTGTGTGCTCTTCACTGAGTGTGCACGTAACTCGGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGCCTTGGCTTGAATACATTAGCATGGAATAATGAAATAGGACTTTGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGAACCAAGGTAATGACTAATAGGGACAGTTGGGGGCATTCGTATTCAATTGTCAGAGGTGAGATTCTTGGATTTATGGAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTTCCAACCATAAACGATGCCGACTAGGGATCGGTGGATGTTATT-GAATGACTCCATCGGCACCTTGTGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATAATCGCAAGATCGGAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGA--CTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGTTACGCGATTCTCGAATCGCGGCCAACTTCTTAGAGGGACTATTGGTGTTTAACCGATGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGAAGTCAGCGAGTTCT-TCCTTCACCGATAGGTGTGGGTAATCTTGTGAAACTTCATCGTGCTGGGGATAGACCATTGCAATTATTGGTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGTGAGATCTTCGGATTGCCGGCTACTGCTCGGCGAGAAGTTGATCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAAGTTTC Antipathes_galapagensis 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Clathrina_adusta 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Clathrina_aff_cerebrum 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Clathrina_wistariensis 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Grantia_compressa 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Grantiopsis_heroni 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Grantiopsis_sp 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Leucandra_nicolae 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Leucascus_sp 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Leucetta_chagosensis 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Leucetta_sp 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Levinella_prolifera 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Murrayona_phanolepis 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Mycale_fibrexilis 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Paraleucilla_sp 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Pericharax_heteroraphis 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Petrobiona_massiliana 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Plectroninia_neocaledoniense 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Saccharomyces_cerevisiae 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Soleneiscus_radovani 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Soleneiscus_stolonifer 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Suberites_ficus 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Sycettusa_tenuis 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Sycon_calcaravis 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Sycon_capricorn 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Sycon_ciliatum 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Sycon_raphanus 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Syconessa_panicula 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Ute_ampullacea 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Antipathes_galapagensis 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Aphroceras_sp 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Atolla_vanhoeffeni 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Clathrina_adusta 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Clathrina_aff_cerebrum 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Clathrina_cerebrum 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Clathrina_helveola 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Clathrina_luteoculcitella 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Clathrina_sp 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Clathrina_wistariensis 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Grantia_compressa 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Grantiopsis_heroni 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Grantiopsis_sp 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Guancha_sp 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Lelapiella_incrustans 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Leucaltis_clathria 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Leucandra_aspera 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Leucandra_nicolae 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Leucascandra_caveolata 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Leucascus_sp 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Leucetta_chagosensis 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Leucetta_microraphis 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Leucetta_sp 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Leucetta_villosa 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Leuconia_nivea 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Leucosolenia_sp 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Paraleucilla_magna 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Pericharax_heteroraphis 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Petrobiona_massiliana 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Plectroninia_neocaledoniense 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Rhabdocalyptus_dawsoni 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Saccharomyces_cerevisiae 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Soleneiscus_radovani 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Soleneiscus_stolonifer 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Suberites_ficus 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Sycon_capricorn 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Sycon_ciliatum 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Sycon_raphanus 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Syconessa_panicula 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Ute_ampullacea 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Vosmaeropsis_sp 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Fig._2) = N: 1-8004; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Fig._2) = N: 1-8004; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7837; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Plectroninia_neocaledoniense, 2 Petrobiona_massiliana, 3 Leuconia_nivea, 4 Eilhardia_schulzei, 5 Grantiopsis_heroni, 6 Grantiopsis_sp, 7 Syconessa_panicula, 8 Sycettusa_tenuis, 9 Sycettusa_sp, 10 Vosmaeropsis_sp, 11 Anamixilla_torresi, 12 Leucandra_aspera, 13 Leucandra_nicolae, 14 Paraleucilla_magna, 15 Leucascandra_caveolata, 16 Ute_ampullacea, 17 Aphroceras_sp, 18 Grantia_compressa, 19 Sycon_raphanus, 20 Sycon_ciliatum, 21 Sycon_capricorn, 22 Leucosolenia_sp, 23 Lelapiella_incrustans, 24 Murrayona_phanolepis, 25 Pericharax_heteroraphis, 26 Leucetta_villosa, 27 Leucetta_microraphis, 28 Leucetta_chagosensis, 29 Leucetta_sp, 30 Guancha_sp, 31 Clathrina_adusta, 32 Clathrina_wistariensis, 33 Clathrina_sp, 34 Clathrina_luteoculcitella, 35 Clathrina_helveola, 36 Clathrina_aff_cerebrum, 37 Clathrina_cerebrum, 38 Leucaltis_clathria, 39 Levinella_prolifera, 40 Soleneiscus_stolonifer, 41 Soleneiscus_radovani, 42 Leucascus_sp, 43 Suberites_ficus, 44 Mycale_fibrexilis, 45 Rhabdocalyptus_dawsoni, 46 Antipathes_galapagensis, 47 Atolla_vanhoeffeni, 48 Saccharomyces_cerevisiae; TREE Fig._2 = [&R] (48,(47,46)Cnidaria,((45,(44,43)Demospongiae)Silicea,((((((42,(((38,36),(((29,27),(28,26)),25)Leucettidae),23)),24),((((37,30),34),(35,32)),31)),33),(41,40,39))Calcinea,((22,((21,((20,(10,9)),(8,7))),((((19,12),11),((18,15),((17,(6,5)),16),(14,13))),(4,(3,2))Baeriidae))),1)Calcaronea)Calcarea)Porifera); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7835; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Plectroninia_neocaledoniense, 2 Petrobiona_massiliana, 3 Leuconia_nivea, 4 Eilhardia_schulzei, 5 Grantiopsis_heroni, 6 Grantiopsis_sp, 7 Syconessa_panicula, 8 Sycettusa_tenuis, 9 Sycettusa_sp, 10 Vosmaeropsis_sp, 11 Anamixilla_torresi, 12 Leucandra_aspera, 13 Leucandra_nicolae, 14 Paraleucilla, 15 Leucascandra_caveolata, 16 Ute_ampullacea, 17 Aphroceras_sp, 18 Grantia_compressa, 19 Sycon_raphanus, 20 Sycon_ciliatum, 21 Sycon_calcaravis, 22 Sycon_capricorn, 23 Leucosolenia_sp, 24 Lelapiella_incrustans, 25 Murrayona_phanolepis, 26 Pericharax_heteroraphis, 27 Leucetta_villosa, 28 Leucetta_microraphis, 29 Leucetta_chagosensis, 30 Leucetta_sp, 31 Guancha_sp, 32 Clathrina_adusta, 33 Clathrina_wistariensis, 34 Clathrina_sp, 35 Clathrina_luteoculcitella, 36 Clathrina_helveola, 37 Clathrina_aff_cerebrum, 38 Clathrina_cerebrum, 39 Leucaltis_clathria, 40 Levinella_prolifera, 41 Soleneiscus_stolonifer, 42 Soleneiscus_radovani, 43 Leucascus_sp, 44 Suberites_ficus, 45 Mycale_fibrexilis, 46 Rhabdocalyptus_dawsoni, 47 Antipathes_galapagensis, 48 Atolla_vanhoeffeni, 49 Saccharomyces_cerevisiae; TREE Fig._3 = [&R] (49,(46,(45,44)Demospongiae)Silicea,(48,47)Cnidaria,((((((43,(((39,37),((30,28),(29,27),26)Leucettidae),24)),25),((((38,31),35),(36,33)),32)),34),((42,41),40))Calcinea,((23,((((22,(20,(10,9))),(21,8,7)),(4,(3,2))Baeriidae),(((((19,12),11),18),(17,16),15),((14,13),(6,5))))),1)Calcaronea)Calcarea); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7836; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Plectroninia_neocaledoniense, 2 Petrobiona_massiliana, 3 Leuconia_nivea, 4 Eilhardia_schulzei, 5 Grantiopsis_heroni, 6 Grantiopsis_sp, 7 Syconessa_panicula, 8 Sycettusa_tenuis, 9 Sycettusa_sp, 10 Vosmaeropsis_sp, 11 Anamixilla_torresi, 12 Leucandra_aspera, 13 Leucandra_nicolae, 14 Paraleucilla_sp, 15 Leucascandra_caveolata, 16 Ute_ampullacea, 17 Aphroceras_sp, 18 Grantia_compressa, 19 Sycon_raphanus, 20 Sycon_ciliatum, 21 Sycon_calcaravis, 22 Sycon_capricorn, 23 Leucosolenia_sp, 24 Lelapiella_incrustans, 25 Murrayona_phanolepis, 26 Pericharax_heteroraphis, 27 Leucetta_villosa, 28 Leucetta_microraphis, 29 Leucetta_chagosensis, 30 Leucetta_sp, 31 Guancha_sp, 32 Clathrina_adusta, 33 Clathrina_wistariensis, 34 Clathrina_sp, 35 Clathrina_luteoculcitella, 36 Clathrina_helveola, 37 Clathrina_aff_cerebrum, 38 Clathrina_cerebrum, 39 Leucaltis_clathria, 40 Levinella_prolifera, 41 Soleneiscus_stolonifer, 42 Soleneiscus_radovani, 43 Leucascus_sp, 44 Suberites_ficus, 45 Mycale_fibrexilis, 46 Rhabdocalyptus_dawsoni, 47 Antipathes_galapagensis, 48 Atolla_vanhoeffeni, 49 Saccharomyces_cerevisiae; TREE Fig._1 = [&R] (49,(((43,25),((42,41),40,34),(39,(38,37),((30,28),(29,27),26)),(36,33),(35,31),32,24)Calcinea,(((23,(((22,(21,8,7)),(20,(10,9))),(4,(3,2))Baeriidae)),((((19,(12,11)),18),((17,16),15)),((14,13),(6,5)))),1)Calcaronea)Calcarea,((48,47)Cnidaria,(46,(45,44)Demospongiae)Silicea)); END;