#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 20, 2024; 3:18 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Fulton T., & Strobeck C. 2006. Molecular phylogeny of the Arctoidea (Caniformia: Carnivora): Effect of missing data on supertree and supermatrix analyses of multiple gene data sets. Molecular Phylogenetics and Evolution, 41(1): 165-181. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1587] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=85; TAXLABELS Ailuropoda_melanoleuca Ailurus_fulgens Alopex_lagopus Amblonyx_cinereus Aonyx_capensis Arctocephalus_australis Arctocephalus_forsteri Arctocephalus_gazella Arctonyx_collaris Bassariscus_astutus Canis_familiaris Canis_lupus Conepatus_mesoleucus Cystophora_cristata Eira_barbara Enhydra_lutris Erignathus_barbatus Eumetopias_jubatus Felis_domesticus Galictis_vittata Gulo_gulo Halichoerus_grypus Helarctos_malayans Hydrurga_leptonyx Ictonyx_striatus Leptonychotes_weddelli Lobodon_carcinophagus Lontra_canadensis Lontra_felina Lontra_longicaudis Lutra_lutra Lutra_maculicollis Lynx_canadensis Lynx_rufus Martes_americana Martes_flavigula Martes_foina Martes_martes Martes_melampus Martes_pennanti Martes_zibellina Meles_meles_anakuma Meles_meles_meles Melogale_moschata Melursus_ursinus Mephitis_mephitis Mirounga_angustirostris Mirounga_schauinslandi Monachus_monachus Mustela_altaica Mustela_ermina Mustela_eversmannii Mustela_frenata Mustela_itatsi Mustela_lutreola Mustela_nivalis Mustela_putorius Mustela_putorius_furo Mustela_sibirica Mustela_vison Nasua_narica Nasua_nasua Odobenus_rosmarus Ommatophoca_rossii Otaria_byronia Panthera_leo Panthera_tigris_altaica Phoca_caspica Phoca_groenlandica Phoca_hispida Phoca_largha Phoca_vitulina Potos_flavus Procyon_cancrivorous Procyon_lotor Pteronura_brasiliensis Puma_concolor Spilogale_gracilis_latifrons Taxidea_taxus Tremarctos_ornatus Ursus_americanus Ursus_arctos Ursus_maritimus Ursus_thibetanus Vulpes_velox ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1257] TITLE Gaps; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=39; FORMAT DATATYPE=Standard SYMBOLS= "0 1 2" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 ] [ . . . ] Ailuropoda_melanoleuca 1?????????????????????????????????????? Ailurus_fulgens 100000011001110111100101011110100111010 Alopex_lagopus 110011111101110011100110011010011??0010 Amblonyx_cinereus ?00000011001100110100101111110100111010 Aonyx_capensis ?00000011001100110100101111110100111010 Arctocephalus_australis 10000101110011011110110101111011010100? Arctocephalus_forsteri 1???0101110011011????????????011010100? Arctocephalus_gazella 1???0101110011011????????????011010100? 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1258] TITLE 'IRBP, FES, RHO, CHRNA1, GHR'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=2935; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Ailurus_fulgens 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Alopex_lagopus 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Canis_familiaris 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Canis_lupus 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Felis_domesticus 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Galictis_vittata 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Leptonychotes_weddelli 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Lobodon_carcinophagus 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Lontra_canadensis 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Lontra_felina 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Lontra_longicaudis 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Lutra_lutra 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Lutra_maculicollis 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Martes_zibellina 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Meles_meles_anakuma GCCCATGTGCTGACCACTGGGGTGCAGAGCTCCTTGAACGATCCTCGCCTGGTCATCTCCTATGAGCCCAGCACCCTGGAGGCTCCCCGGCAAGCTCCAGCCCTCACCAACCTCACCCAAGAGGAACTGCTTGCCCGCTTGCAGAAAGGCATCCGCCACGAGGTTCTGGAGGGCAACGTGGGCTACTTGCGTGTGGACGACATCCCAGGCCAGGAGGTGGTGAGCAAGCTGGGGAGCTTCCTGGTGGCCAGCGTCTGGAGGAAGCTCATGGGCACCTCCGCTTTGGTGCTGGACCTCCGACACTGCACTGGGGGCCACATTTCTGGTATCCCCTACTTCATCTCCTACCTGCACCCAGGGAACACAGTCCTGCACGTGGATACCATCTACGACCGCCCCTCCAATACAACCACTGAGATCTGGACCCTGCCCCAGGTCCTGGGAGAAAGGTACAGTGCGGACAAGGACGTGGTGGTCCTCACCAGCGGCCACACTGGGGGCGTGGCTGAGGACATCACTTACATCCTCAAACAGATGCGCAGGGCCATTGTGGTGGGCGAGCGGACTGGGGGGGGTGCCCTGGACCTCCAGAAGCTAAGGATAGGCCAGTCCGACTTCTTCCTCACCGTGCCCGTGTCCAGGTCTCTAGGGCCCTTGGGAGGGGGCAGCCAGACCTGGGAGGGCAGCGGGGTGCTGCCCTGTGTGGGGACACCAGCAGAGCAGGCCCTAGAGAAAGCCCTGGCCATCCTCACTTTGCGACGGGCCCTGCCCGGAGTGGTGCGGCGCCTGCAGGGGGCGCTCCAGGCCTACTACACGCTGGTGGACCGCGTGCCCGCCCTGCTGCACCACCTGGCCAACATGGACTTCTCTGCGGTGGTCTCCGAGGAGGACCTGGTAGCGAAGCTCAACGCAGGTCTGCAGACTGCGTCCGAGGACCCCAGGCTCCTGGTACGGGCCGTGAGGCCCAAGGAAACCTCTTCTGGGCCCGAGGTT------GGAGAGGACGACCTTCCGGAGGTGGTCCCCACGGTGCCCGACAATGAGGCTGCCCGGCAAGCCCTAGTGGGTGCTATGTTCCAGGTGTCTGTGCTGCCCGGCAACGTGGGCTACCTCCGCTTTGACAGCTTTGCCAACGCCTCGGTGCTGGAGGCGCTGAGCCCCTACATCGTGCGTCAGGTGTGGGGGCCCCT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Meles_meles_meles 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Melogale_moschata 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Melursus_ursinus GCCCATGTGCTGACCACTGGGGTGCAGAGCTCCTTGAACGACCCTCGCCTTGTCATCTCATATGAGCCCAGCACCCTCGAGGCTCCCCGGCAAGCCCCAGCACTCACCAACCTCACACAAGAGGAACTGCTTGCCCGGTTGCAGAAGGGCATCCGCCACGAGGTTCTGGAGGGCAATGTGGGCTACCTGCGTGTGGACGACATCCCAGGCCAGGAGGTGGTGAGCAAGCTGGGGGGCTTCCTGGTGGCCAGCGTCTGGAGGAAGCTCATGGGCACCTCTGCCTTGGTACTGGACCTCCGGCACTGCACTGGGGGCCGCATTTCCGGCATCCCCTACGTCATCTCTTACCTGCACCCCGGGAACACGGTCCTGCACGTGGATACCATCTACGACCGCCCCTCCAACACGACCACTGAGATCTGGACCCTGCCCCAGGTCCAAGGAGAAAGGTACAGTGCCGACAAAGATGTGGTGGTCCTCACCAGCGGCCACACGGGGGGCGTGGCTGAGGACATCACCTACATCCTCAAACAGATGCGCAGGGCCATCGTGGTGGGTGAGCGGACTGTGGGGGGTGCCCTGGACCTCCAGAAACTGAGGATAGGCCAGTCCGACTTCTTCCTCACCGTGCCCGTGTCCCGGTCCCTAGGGCCCCTGGGAGGGGGCAGCCAGACATGGGAGGGCAGCGGGGTGCTGCCCTGTGTGGGGACACCAGCCGAGCAGGCCCTCGAGAAAGCCCTGGCCATCCTCACTCTGCGCCGGGCCCTGCCAGGGATAGTGCGGCGCCTGCAGGAGGCCCTGCAGGCCTACTACACGCTGGTGGACCGTGTGCCCACCCTGCTGCACCACCTGGCCAACATGGACTTCTCTGCGGTGGTCTCTCAGGAGGACCTGGTCACGAAGCTCAACGCTGGCCTACAGACTGTGTCTGAGGACCCCAGGCTCCTGGTGCGGGCCGTCAGGCCCAAGGAAAGCTCTGCTGAGCCCGAGATC------GGAGACGACGACCTTCCGGAGGTGGTCCCCACAGTGCCCGGGGATGAGGCTGCCCGGCGGGCCCTGGTGGACTCTATGTTCCAGGTGTCCGTGCTGCCAGGCAACGTGGGCTACCTCCGCTTTGACAGCTGTGCCGACGCCTCGGTGCTGGAGGTGCTGAGCCCACACATCATGCGCCAGGTGTGGGAGCCCCTCGTCATATTCTTCTGCTACGGGCAGCTCGTCTTCACGGTCAAGGAGGTACGGTCCC-GGGCTGGGTGCTGGGGACACACGCGGCGGTCGGTCGGGTGGAGCCCGGCCTCCGCCCCGAGGGA------GTCTGGGTAGCAGGCCCTGTGTCCTTGCAGGCGGCGGCCCAGCAGCAGGAGTCGGCCACCACCCAGAAGGCTGAGAAGGAGGTCACACGCATGGTCATCATCATGGTCATCGCCTTCCTGATCTGCTGGCTGCCCTACGCCGGTGTCGCGTTGTCGAGAGACACTCCCCCCTGACCTCAAGGCCAAGTTTCTACAGGAAGCGAGGTAGGTGGTAAAGTAACGATCCCACAGTTCCACACACAAAGGGTTTTCTC-----TGTGTGTGGCCTGAGGTAAAGTG--CTTGACTTAACCCTCATGCCCC-GTCCCCCATACCGTGCAGGTCGTACCCCCC-----------ACTTAGTGCCGAGGGGGAGAGGCTCCGTGACCCACCCGAGGT---CACACGGCCAGGTCTGCTGGCCTCAGAGGCCACGCTCTCCTCTTCTGGGGCCTTCTCCCATCC----------TCCCTCGGGCTCCCTGGGGCTCCCGGGGCTCC-------------------CCGAGGTGGGCTTCTAAGCG-GCGGTGCCCTCCAGGATCCTGAAGCAGTACAGCCACCCCAACATCGTGCGCCTCATAAGTTATCTAAGTGACAGATCACACTAATCAAATGCTACC----------------TGTGTTGAGAGCTTTTGCAGGCTCTGTGTATCCCATTCAATTTTTTAACCCCTCTGGGAAAAAAAAAAGTTTCAAAATAAT-----ATATCTTAAAATTATGAGAATGTCTTG-TATATTTAAGA--GTTCTACACTCA--TGTGTTTTTTATTATATGGTTTTGTTACTATT---GTTCTTATTGTAACCGTAATTTTAGTCTCTGGGTGTTATTTGTCAGATCCTTTAATCATTGTGAGTTTCTTTTCGTAGATTTCATTTTCTTTCTGTTTCCTAGGAAGGAAAATTAGAAGAGGTGAACACAATCTTAGCCATTCATGACAACTATAAACCTGAATTCTACAACGATGACTCTTGGGTTGAATTCATTGAGCTGGATATTGATGACCCAGACGAAAAGACTGAAGGATCAGACACAGACAGACTTCTCAGCAACGACCGTGAGAAGTCACTCAACATCCTTGGAGCAAAGGATGATGACTCTGGACGTACCAGCTGTTATGAACCTGACATTCTGGAGACTGATTTCAATGCCAGTGACGTGTGCGATGGTACATCAGAGGTTGCTCAGCCACAGAGGTCGTAAGTTCCGTGGCTTGAAACCCACACCTCCAGGTTTAAATGATCAAATACTTGAG-TGCAGATGGAC------AGGTTTATCTTGACGGGTAGGCTGGCATTCAAGA---GGCAGCTGCTGACCGACGATGTGCCTTGGTGACCA----CCTCTCAGCCGCCTTTGTGAGCCATCCC-ATGGTGAATAA---TCTATTGGAATGATAAGGA-TCACCATCCCAGCC-------AAGGGATGCCGAGGGCTTTGAGATCTCCAGATTGAGTGGGTCCTAGA{CT}GATGCATAACATGAACACTCTGAGTCTAACGACT-ACCTTAAGGAAATTCTAACACTCTT-CTCTCTCCCAGGCGGCCGAGGAATGGAAGTACGTTGCA Mephitis_mephitis 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Mirounga_angustirostris 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Mirounga_schauinslandi 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Monachus_monachus 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Mustela_altaica 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Mustela_ermina 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Mustela_eversmannii 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Mustela_frenata 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Mustela_itatsi 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Mustela_lutreola GCCCATGTGCTGACCACCGGGGTGCAGAGCTCCTTGAATGACCCTCGCCTGGTCATCTCTTATGAGCCCAGCACCCTCCAGGCTCCCCGGCAAGCTTCAGCCCTCACCAACCTCACCCAAGAGGAACTGCTTGCCCGCTTGCAGAAGGGCATCCGCCACGAGGTTCTGGAAGGCAATGTGGGATACTTGCGTGTGGACGACATCCCAGGCCAGGAGGTGGTGAGCAAGCTGGGGAGCTTCCTGGTGGCCAGCGTCTGGAGGAAGCTCATGGGCACCTCTGCCTTGGTCCTGGACCTCCGACACTGCACTGGGGGCCACATTTCTGGTATCCCCTACTTCATCTCCTACCTGCACCCAGGGAACACAGTCCTGCACGTGGATACCATCTACGACCGCCCCTCCAATACAACCACTGAGATCTGGACCCTGCCCCAGGTCCTGGGAGAAAGGTACAGTGCGGACAAGGATGTGGTGGTCCTCACCAGCGGCCACACGGGGGGTGTGGCTGAGGACATCACTTACATCCTCAAACAGATGCGCAGAGCCATTGTGGTGGGCGAGCGGACTGTGGGGGGTGCCCTTGACCTCCAGAAGCTAAGGATAGGCCAGTCCGACTTCTTCCTCACTGTGCCGGTGTCCAGGTCTCTAGGGCCCTTGGGAGGGGGCAGCCAGACCTGGGAGGGCAGCGGGGTACTGCCCTGTGTGGGGACACCAGCGGAGCAGGCCCTAGAGAAAGCCCTGGCCATCCTCACTTTGCGTCGGGCCCTGCCTGGAGTGGTGCGGCGCCTGCAGGGGGCTCTCCAGGCCTACTACACACTGGTGGACCGTGTGCCCGCTCTGCTGCACCACCTGGCCAATATGGACTTCTCTGCGGTGGTCTCTGAGGAGGACCTGGTTGCGAAGCTCAACGCAGGTCTGCAGACTGCGTCCGAGGACCCCAGGCTCCTGGTGCGGGCAGTCAGGCCCAAGGAAACT---TCTGGGCCGGAAGTT------GGAGAGGACGACCCTCCGGAGGTGGTCCCCACTGTGCCCAACAATGAGGCTGCCCGGCGAGCCCTAGTGGGCGCTATGTTCCAGGTGTCCGTGCTGCCCGGCAATGTGGGCTACCTCCGCTTTGACAGCTTTGCCAACGCCTCGGTGCTGGAGGCGCTGAGCCCCTACATCATGAGTCAGGTGTGGGGGCCCCT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Mustela_nivalis 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Mustela_putorius 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Mustela_putorius_furo 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Mustela_sibirica 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Mustela_vison 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Nasua_narica 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Nasua_nasua 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Odobenus_rosmarus 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Otaria_byronia 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Panthera_tigris_altaica 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Phoca_caspica 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Phoca_groenlandica 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Phoca_hispida 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Phoca_largha 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Phoca_vitulina 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Potos_flavus 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Procyon_cancrivorous 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Pteronura_brasiliensis 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Puma_concolor 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Spilogale_gracilis_latifrons 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Taxidea_taxus 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Tremarctos_ornatus 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Ursus_americanus 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Ursus_arctos 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Ursus_maritimus 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Ursus_thibetanus 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Vulpes_velox GCCCACGTACTGACCACCGGGGTGCAGAGCTCCTTGAACGACCCTCGCCTGGTCATCTCGTACGAGCCCAGCACCCTCGAGACTCCCCGGCAAGTCCCGGCCCTCACCAACCTCACCCGGGAGGAACTGCTTGCCCGCCTGCAGAAGGGCATCCGCCACGAGGTGCTGGAGGGCAACGTGGGCTACCTGCGCGTGGATGACATCCCCGGCCAGGAGGTGGTGGACAAGCTGGGCAGCTTCCTTGTGGCCAGCATCTGGAGGAAGCTCATGGGCACCTCTGCCCTGGTGCTGGACCTCCGGCACTGCACGGGCGGCCACATTTCTGGCATCCCCTACGTCGTCTCCTACCTGCACCCAGGGAACACAGTTCTGCACGTGGATACCATCTACGACCGCCCCTCCAACACCACCACTGAGATCTGGACCCTGCCCCAGGTCCTGGGGGAAAGGTACAGCGCTGACAAGGACGTGGTGGTCCTCACCAGCGGCCACACGGGCGGCGTGGCAGAGGACGTCACTTACATCCTCAAGCAGATGCGCCGGGCCATTGTGGTGGGCGAGCGGACTGTCGGGGGGGCCCTGGACCTCCAGAAGCTGAGGATAGGCCAGTCCGACTTCTTCCTCACCGTGCCCGTGTCCAGGTCCCTGGGGCCCCTGGGAGGGGGCAGCCAGACGTGGGAGGGCAGCGGGGTACTGCCCTGTGTGGGGACGCCGGCCGAGCAGGCCCTGGAGAAAGCCCTGGCCATCCTGACCCTGCGCCGCGCCCTGCCCGGCGTGGTACGGCGCCTGCAGGAGGCCCTGCAGGCCTACTACACACTGGTGGACCGCGTGCCCGCCCTGCTGCACCACCTGGCCAGCATGGACTTCTCCGCCGTGGTCTCTAGGGAGGACCTGGTCACCAAGCTCAATGCTGGTCTGCAGACCGTGTCCGAGGACCCCAGGCTCCTGGTGCGGGCTGTGAGGCCCAGGGAGGGTCCTTTGGGGCCCGAGGCG------GGGGACGACGACCCGCCGGAGGCGGTGCCCACGGTGCCAGATGACGAGGCTGGCCGCCAGGCCCTGGTGGACTCCATGTTCCAAACGTCCGTGCTGCCGGGCAATGTGGGCTACCTCCGCTTCGACAGCTTCGCGGCCGCCCCGGTGCTGGAGGTGCTGAGCCCGTACGTGGCACGCCAGGTGTG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AAATTATCTAAGAGATCAATAACACTAATCAAAGGCTTCCTAAAGACCATTTGTCTTATGTTGAAAGTTTTTGCAAGCTATCTGTATCACATTTCACTTTTTAACCCCTCTGGAGAAAAG---TGTTTCAAAGTAAT-----ATATCTTAAAATTATGAGAAGTTCTAAAACATTTTTTTTAGGAAAAGTTCTACACTGTGTTTTTGATTATATGGTTTTGTTACTATT---GTTCTTATTGCAACCATAATTTCAGTCTCTGAATGTTGTTTGTG-----------------TGAGTTTCTTTTCAGAGATTTCATTTTCTCTCTGTTTCCTAGGAAGGAAAATTAGAAGAGGTGAATACAATCTTAGCCATTCATGACAACTATAAACCTGAATTCTACAACGATGACTCTTGGGTTGAATTCATTGAGCTGGATATTGATGACC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; 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CHARSET CHRNA (CHARACTERS = 'IRBP, FES, RHO, CHRNA1, GHR') = 2554-2935; CHARSET IRBP (CHARACTERS = 'IRBP, FES, RHO, CHRNA1, GHR') = 1-1193; CHARSET GHR (CHARACTERS = 'IRBP, FES, RHO, CHRNA1, GHR') = 1915-2553; CHARSET POS2 (CHARACTERS = 'IRBP, FES, RHO, CHRNA1, GHR') = 77 80 83 86 89 92 95 98 101 104 107 110 113 116 119 122 125 128 131 134 137 140 143 146 2 5 8 11 14 17 20 23 26 29 32 35 38 41 44 47 50 53 56 59 62 65 68 71 74 539 542 545 548 551 554 557 560 563 566 569 572 575 578 581 584 587 590 593 596 599 602 605 608 149 152 155 158 161 164 167 170 173 176 179 182 185 188 191 194 197 200 203 206 209 212 215 218 221 224 227 230 233 236 239 242 245 248 251 254 257 260 263 266 269 272 275 278 281 284 287 290 293 296 299 302 305 308 311 314 317 320 323 326 329 332 335 338 341 344 347 350 353 356 359 362 365 368 371 374 377 380 383 386 389 392 395 398 401 404 407 410 413 416 419 422 425 428 431 434 437 440 443 446 449 452 455 458 461 464 467 470 473 476 479 482 485 488 491 494 497 500 503 506 509 512 515 518 521 524 527 530 533 536 1001 1004 1007 1010 1013 1016 1019 1022 1025 1028 1031 1034 1037 1040 1043 1046 1049 1052 1055 1058 1061 1064 1067 1070 611 614 617 620 623 626 629 632 635 638 641 644 647 650 653 656 659 662 665 668 671 674 677 680 683 686 689 692 695 698 701 704 707 710 713 716 719 722 725 728 731 734 737 740 743 746 749 752 755 758 761 764 767 770 773 776 779 782 785 788 791 794 797 800 803 806 809 812 815 818 821 824 827 830 833 836 839 842 845 848 851 854 857 860 863 866 869 872 875 878 881 884 887 890 893 896 899 902 905 908 911 914 917 920 923 926 929 932 935 938 941 944 947 950 953 956 959 962 965 968 971 974 977 980 983 986 989 992 995 998 1073 1076 1079 1082 1085 1088 1091 1094 1097 1100 1103 1106 1109 1112 1115 1118 1121 1124 1127 1130 1133 1136 1139 1142 1145 1148 1151 1154 1157 1160 1163 1166 1169 1172 1175 1178 1181 1184 1187 1190 1193; CHARSET RHO (CHARACTERS = 'IRBP, FES, RHO, CHRNA1, GHR') = 1194-1470; CHARSET FES (CHARACTERS = 'IRBP, FES, RHO, CHRNA1, GHR') = 1471-1914; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'IRBP, FES, RHO, CHRNA1, GHR') = N: 1-2935; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'IRBP, FES, RHO, CHRNA1, GHR') = N: 1-2935; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7871; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Ursus_arctos, 2 Ursus_maritimus, 3 Ursus_americanus, 4 Ursus_thibetanus, 5 Helarctos_malayans, 6 Melursus_ursinus, 7 Tremarctos_ornatus, 8 Ailuropoda_melanoleuca, 9 Procyon_lotor, 10 Procyon_cancrivorous, 11 Nasua_narica, 12 Nasua_nasua, 13 Bassariscus_astutus, 14 Potos_flavus, 15 Ailurus_fulgens, 16 Mephitis_mephitis, 17 Spilogale_gracilis_latifrons, 18 Conepatus_mesoleucus, 19 Enhydra_lutris, 20 Lontra_canadensis, 21 Martes_pennanti, 22 Martes_americana, 23 Gulo_gulo, 24 Mustela_vison, 25 Martes_zibellina, 26 Mustela_ermina, 27 Mustela_putorius_furo, 28 Mustela_frenata, 29 Mustela_nivalis, 30 Mustela_putorius, 31 Mustela_sibirica, 32 Mustela_eversmannii, 33 Mustela_itatsi, 34 Mustela_lutreola, 35 Martes_flavigula, 36 Martes_foina, 37 Martes_martes, 38 Martes_melampus, 39 Mustela_altaica, 40 Taxidea_taxus, 41 Meles_meles_meles, 42 Arctonyx_collaris, 43 Meles_meles_anakuma, 44 Melogale_moschata, 45 Arctocephalus_australis, 46 Arctocephalus_forsteri, 47 Otaria_byronia, 48 Eumetopias_jubatus, 49 Arctocephalus_gazella, 50 Odobenus_rosmarus, 51 Cystophora_cristata, 52 Erignathus_barbatus, 53 Hydrurga_leptonyx, 54 Lobodon_carcinophagus, 55 Mirounga_angustirostris, 56 Mirounga_schauinslandi, 57 Monachus_monachus, 58 Phoca_hispida, 59 Ommatophoca_rossii, 60 Phoca_groenlandica, 61 Halichoerus_grypus, 62 Phoca_vitulina, 63 Leptonychotes_weddelli, 64 Phoca_largha, 65 Phoca_caspica, 66 Canis_familiaris, 67 Canis_lupus, 68 Alopex_lagopus, 69 Vulpes_velox, 70 Felis_domesticus, 71 Lynx_canadensis, 72 Puma_concolor, 73 Panthera_tigris_altaica, 74 Lynx_rufus, 75 Panthera_leo, 76 Aonyx_capensis, 77 Amblonyx_cinereus, 78 Lutra_lutra, 79 Pteronura_brasiliensis, 80 Lontra_felina, 81 Lontra_longicaudis, 82 Lutra_maculicollis, 83 Galictis_vittata, 84 Ictonyx_striatus, 85 Eira_barbara; TREE MPBP = [&R] ((((((((1,2),3),4,5,6),7),8),((((((((9,10),13),(11,12)),14),(((((((((19,82),((76,77),78)),(20,(80,81))),79),(83,84)),((24,28),(26,((((27,30),31,32,33),34),(29,39))))),44),((21,(((22,25,36,37,38),23),35),85),((41,43),42))),40)),15),((16,17),18)),(((((45,46),47,49),48),50),(((51,58,60,(61,65),62,64),52),((((53,63),54,59),55),(56,57)))))),((66,67),(68,69))),(70,((71,74),72,(73,75)))); TREE MP_MRcons = [&R] (((((((((1,2),(3,4)),5),6),7),8),((((((((9,10),13),(11,12)),14),(((((((((19,82),((76,77),78)),(20,(80,81))),79),(83,84)),((24,28),(26,((((((27,30),31),32),33),34),(29,39))))),44),((((21,(((22,25,36,38),37),23)),35),85),((41,43),42))),40)),15),((16,17),18)),((((((45,46),47),49),48),50),(((51,((58,(61,65),62,64),60)),52),(((((53,63),54),59),55),(56,57)))))),((66,67),(68,69))),(70,(((71,74),72),(73,75)))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7872; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Ursus_arctos, 2 Ursus_maritimus, 3 Ursus_americanus, 4 Ursus_thibetanus, 5 Helarctos_malayans, 6 Melursus_ursinus, 7 Tremarctos_ornatus, 8 Ailuropoda_melanoleuca, 9 Procyon_lotor, 10 Procyon_cancrivorous, 11 Nasua_narica, 12 Nasua_nasua, 13 Bassariscus_astutus, 14 Potos_flavus, 15 Ailurus_fulgens, 16 Mephitis_mephitis, 17 Spilogale_gracilis_latifrons, 18 Conepatus_mesoleucus, 19 Enhydra_lutris, 20 Lontra_canadensis, 21 Martes_pennanti, 22 Martes_americana, 23 Gulo_gulo, 24 Mustela_vison, 25 Martes_zibellina, 26 Mustela_ermina, 27 Mustela_putorius_furo, 28 Mustela_frenata, 29 Mustela_nivalis, 30 Mustela_putorius, 31 Mustela_sibirica, 32 Mustela_eversmannii, 33 Mustela_itatsi, 34 Mustela_lutreola, 35 Martes_flavigula, 36 Martes_foina, 37 Martes_martes, 38 Martes_melampus, 39 Mustela_altaica, 40 Taxidea_taxus, 41 Meles_meles_meles, 42 Arctonyx_collaris, 43 Meles_meles_anakuma, 44 Melogale_moschata, 45 Arctocephalus_australis, 46 Arctocephalus_forsteri, 47 Otaria_byronia, 48 Eumetopias_jubatus, 49 Arctocephalus_gazella, 50 Odobenus_rosmarus, 51 Cystophora_cristata, 52 Erignathus_barbatus, 53 Hydrurga_leptonyx, 54 Lobodon_carcinophagus, 55 Mirounga_angustirostris, 56 Mirounga_schauinslandi, 57 Monachus_monachus, 58 Phoca_hispida, 59 Ommatophoca_rossii, 60 Phoca_groenlandica, 61 Halichoerus_grypus, 62 Phoca_vitulina, 63 Leptonychotes_weddelli, 64 Phoca_largha, 65 Phoca_caspica, 66 Canis_familiaris, 67 Canis_lupus, 68 Alopex_lagopus, 69 Vulpes_velox, 70 Felis_domesticus, 71 Lynx_canadensis, 72 Puma_concolor, 73 Panthera_tigris_altaica, 74 Lynx_rufus, 75 Panthera_leo, 76 Aonyx_capensis, 77 Amblonyx_cinereus, 78 Lutra_lutra, 79 Pteronura_brasiliensis, 80 Lontra_felina, 81 Lontra_longicaudis, 82 Lutra_maculicollis, 83 Galictis_vittata, 84 Ictonyx_striatus, 85 Eira_barbara; 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TREE Fig._2ML = [&R] (((((((((1,2),3,4),6),5),7),8),((((((((9,10),13),(11,12)),14),((((((((((19,82),((76,77),78)),(20,(80,81))),79),(83,84)),((24,28),(26,((((27,30),31,32,33),34),(29,39))))),44),(21,((((22,37),25,36,38),23),35),85)),((41,43),42)),40)),15),((16,17),18)),(((((45,46),(47,49)),48),50),(((((51,(61,65)),58,(62,64)),60),52),(((((53,63),54),59),55),(56,57)))))),((66,67),(68,69))),(70,((71,74),(72,(73,75))))); END;