#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 5:17 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Colgan D., Ponder W., & Costa P. 2006. Mitochondrial DNA variation in an endemic aquatic snail genus, Caldicochlea (Hydrobiidae; Caenogastropoda) in Dalhousie Springs, an Australian arid-zone spring complex. Molluscan Research, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1589] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=27; TAXLABELS Austropyrgus_rectus Caldicochlea_globosa_A1_1 Caldicochlea_globosa_A1_2 Caldicochlea_globosa_A1_3 Caldicochlea_globosa_A1_4 Caldicochlea_globosa_A1_5 Caldicochlea_globosa_Ca1_1 Caldicochlea_globosa_Ca1_4 Caldicochlea_globosa_Ca1_6 Caldicochlea_globosa_Ca5B_5 Caldicochlea_globosa_Cd1_1 Caldicochlea_globosa_Cd1_4 Caldicochlea_globosa_Cd1_5 Caldicochlea_harrisi_Ca1_3 Caldicochlea_harrisi_Cd1_3 Caldicochlea_harrisi_Db4_1 Caldicochlea_harrisi_Db4_5 Caldicochlea_harrisi_E1_1 Caldicochlea_harrisi_E1_3 Caldicochlea_harrisi_E1_4 Caldicochlea_harrisi_E1_5 Caldicochlea_harrisi_H1_1 Caldicochlea_harrisi_H1_2 Caldicochlea_harrisi_H1_4 Fonscochlea_zeidleri Jardinella_isolata Trochidrobia_punicea ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=75; TAXLABELS Austropyrgus_rectus Caldicochlea_CA8_6 Caldicochlea_Ca8_1 Caldicochlea_Ca8_2 Caldicochlea_Ca8_4 Caldicochlea_Ca8_8 Caldicochlea_Cd2_1 Caldicochlea_Cd2_12 Caldicochlea_Cd2_2 Caldicochlea_Cd2_3 Caldicochlea_Cd2_4 Caldicochlea_Cd2_5 Caldicochlea_Cd2_6 Caldicochlea_Cd2_8 Caldicochlea_ca8_3 Caldicochlea_globosa_A1_1 Caldicochlea_globosa_A1_2 Caldicochlea_globosa_A1_3_2 Caldicochlea_globosa_A1_5 Caldicochlea_globosa_B2_1 Caldicochlea_globosa_B2_2 Caldicochlea_globosa_B2_3 Caldicochlea_globosa_B2_4 Caldicochlea_globosa_Ca1_1 Caldicochlea_globosa_Ca1_4 Caldicochlea_globosa_Ca1_5 Caldicochlea_globosa_Ca1_6 Caldicochlea_globosa_Cb2_1 Caldicochlea_globosa_Cb2_2 Caldicochlea_globosa_Cb2_3 Caldicochlea_globosa_Cb2_4 Caldicochlea_globosa_Cd1_1 Caldicochlea_globosa_Cd1_2 Caldicochlea_globosa_Cd1_4 Caldicochlea_harrisi_Ca1_3 Caldicochlea_harrisi_Ca2_4 Caldicochlea_harrisi_Ca2_5 Caldicochlea_harrisi_Ca2_6 Caldicochlea_harrisi_Ca5_2 Caldicochlea_harrisi_Ca5b_1 Caldicochlea_harrisi_Ca5b_5 Caldicochlea_harrisi_Cb2_5 Caldicochlea_harrisi_Cd3_3 Caldicochlea_harrisi_Db4_2 Caldicochlea_harrisi_Db4_3 Caldicochlea_harrisi_Db4_4 Caldicochlea_harrisi_Db4_5 Caldicochlea_harrisi_E1_1 Caldicochlea_harrisi_E1_2 Caldicochlea_harrisi_E1_4 Caldicochlea_harrisi_E1_5 Caldicochlea_harrisi_E2_2 Caldicochlea_harrisi_E7a_2 Caldicochlea_harrisi_E7a_4 Caldicochlea_harrisi_E7a_5 Caldicochlea_harrisi_F1_1 Caldicochlea_harrisi_F1_2 Caldicochlea_harrisi_F1_3 Caldicochlea_harrisi_F1_5 Caldicochlea_harrisi_F2_2 Caldicochlea_harrisi_F2_3 Caldicochlea_harrisi_F2_5 Caldicochlea_harrisi_Ga6_2 Caldicochlea_harrisi_H1_1 Caldicochlea_harrisi_H1_2 Caldicochlea_harrisi_H1_4 Caldicochlea_harrisi_H3_1 Caldicochlea_harrisi_H3_2 Caldicochlea_harrisi_H3_3 Caldicochlea_harrisi_H3_4 Caldicochlea_harrisi_H3_5 Fonscochlea_variabilis Fonscochlea_zeidleri Jardinella_isolata Trochidrobia_punicea ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1263] TITLE COI; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=540; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1262] TITLE Caldicochlea_16S; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=446; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Caldicochlea_harrisi_H3_4 ????????????CGGCCGCGGTACTCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTTATAATTGAAGGCTAGCATGAATGGTTTGATGAGAACAAAGCTGTCTCCTTTTAATTTTATAAAACTTGATTTTTGGGTGAAGAAGCCCAAATAAAATTGATAGACGAGAAGACCCTATCGAGCTTAAAAAAATTTTATTAAAATAAAATTTGCTTGCAAAAGACTAATTATAATAAAAAATTTTA?TTGGGGCGACTAAGGAACAA-TAAAGCTTCCATTTTTAATATTATAGCATATTAGCTATGATCCAAAATTTTTGATTAAAAGAATTAGTTACCGTAGGGATAACAGCATAATCTTTTTTGAGAGTTCTTATCGAAAAAA?GGTTTGTGACCTCGATGT?GGACTAAAATATCCTAAAAGATGC?????????????????? Caldicochlea_harrisi_H3_5 ??????????AACGGCCGCGGTACTCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTTATAATTGAAGGCTAGCATGAATGGTTTGATGAGAACAAAGCTGTCTCCTTTTAATTTTATAAAACTTGATTTTTGGGTGAAGAAGCCCAAATAAAATTGATAGACGAGAAGACCCTATCGAGCTTAAAAAAATTTTATTAAAATAAAATTTGCTTGCAAAAGACTAATTATAATAAAAAATTTTAGTTGGGGCGACTAAGGAACAA-TAAAGCTTCCATTTTTAATATTATAGCATATTAGCTATGATCCAAAATTTTTGATTAAAAGAATTAGTTACCGTAGGGATAACAGCATAATCTTTTTTGAGAGTTCTTATCGAAAAAAAGGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAAAA????????????????????????????????? Fonscochlea_variabilis ATATATATTTAACGGCCGCGGTACTCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTTATAATTGAAGGCTAGTATGAATGGTTTGACGAAAACAAAGCTGTCTCCTTTTAATTTTATAGAACTTGATTTTTGGGTGAAGAAGCTCAAATAAAATTGATAGACGAGAAGACCCTATCGAGCTTAAAAAAATTTTATTAAAATAAAATT??ACTGGTAAAGATTAATTGTAATAAAAAATTTTAGTTGGGGCGACTAAGGAACAA-TAAAGCTTCCATTTTTAATATTATAGCATATTGGCTATGATCCAAAATTTTTGATTAAAAGAATTAGTTACCGTAGGGATAACAGCATAATCTTTTTTAAGAGCTCTTATCGAAAAAAAGGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGAATATCCTAAACGAAGCAGAAGTCTTTAAGGGTTG Fonscochlea_zeidleri ATATATATTTAACGGCCGCGGTACTCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTTATAATTGAAGGCTAGTATGAATGGTTTGACGAAAACAAAGCTGTCTCCTTTTAATTTTATAGAACTTGATTTTTGGGTGAAGAAGCTCAAATAAAATTGATAGACGAGAAGACCCTATCGAGCTTAAAAAAATTTTATTAAAATAAAATT??ACTGGTAAAGATTAATTGTAATAAAAAATTTTAGTTGGGGCGACTAAGGAACAA-TAAAGCTTCCATTTTTAATATTATAGCATATTGGCTATGATCCAAAATTTTTGATTAAAAGAATTAGTTACCGTAGGGATAACAGCATAATCTTTTTTAAGAGCTCTTATCGAAAAAAAGGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGAATATCCTAAACGAAGCAGAAGTCTTTAAGGGTTG Jardinella_isolata ATATATATTTAACGGCCGCGGTACTCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTTATAATTGAAGGCTTGTATGAATGGTTTAACGAGAACAAAGCTGTCTCTTTTTAATTTTATAAAACTTGATTTTTAGGTGAAGAAGCCTAAATAAAATTGAAAGACAAGAAGACCCTATCGAGCTTTAAAAACTTTTATTAACATA?AAT??GACTAAAATAGATCAGCTATAGTAAAAGATTTTAGTTGGGGCGACTAAGGAACAA-AAAAGCTTCCATTTTTAA?GTTAAAGCAAATTAGCCATGATCCAAAATTTTTGATTAAAAGAATTAGTTACCGTAGGGATAACAGCATAATCTTTTTTAAGAGCTCTTATCGAAAAAAAGGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGAATATCCTAAATGATGCAGAAGTCTTTAAAGGTTG Trochidrobia_punicea TGATATTTTTAACGGCCGCGGTACTCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTTATAATTAAAGGCTAGTATGAATGGTTTGACGAAAACATGACTGTCTCCTTTTAATTTTATAAAACTTGATTTTTAGGTGAAGAAGCCTAAATGTAATTGATAGACGAGAAGACCCTATCGAGCTTAAAAAAATTCTATTAATATATAATT??ATTATTAAAAACAAAATATAATAAAAAATTTTAGTTGGGGCGACTAAGGAACAAATAAAGCTTCCATCAT?AATATTATAACATATAAGTTATGATCCAAAATCTTTGATTAAAAAAATTAGTTACCGTAGGGATAACAGCATAATCTTTTTTAAGAGTTCTTATCGAAAAAAAGGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGAATATCCTAAATGATGCAGAAGTCTTTAAGGGTTG ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Caldicochlea_16S) = N: 1-446; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Caldicochlea_16S) = N: 1-446; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7875; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Fonscochlea_variabilis, 2 Jardinella_isolata, 3 Austropyrgus_rectus, 4 Fonscochlea_zeidleri, 5 Trochidrobia_punicea, 6 Caldicochlea_harrisi_H3_5, 7 Caldicochlea_harrisi_H3_3, 8 Caldicochlea_harrisi_H3_4, 9 Caldicochlea_harrisi_H3_2, 10 Caldicochlea_harrisi_H3_1, 11 Caldicochlea_harrisi_H1_4, 12 Caldicochlea_harrisi_H1_2, 13 Caldicochlea_harrisi_H1_1, 14 Caldicochlea_harrisi_Ga6_2, 15 Caldicochlea_harrisi_F2_5, 16 Caldicochlea_harrisi_F2_3, 17 Caldicochlea_harrisi_F2_2, 18 Caldicochlea_harrisi_F1_5, 19 Caldicochlea_harrisi_F1_3, 20 Caldicochlea_harrisi_F1_2, 21 Caldicochlea_harrisi_F1_1, 22 Caldicochlea_harrisi_E7a_5, 23 Caldicochlea_harrisi_E7a_4, 24 Caldicochlea_harrisi_E7a_2, 25 Caldicochlea_harrisi_E2_2, 26 Caldicochlea_harrisi_E1_5, 27 Caldicochlea_harrisi_E1_4, 28 Caldicochlea_harrisi_E1_2, 29 Caldicochlea_harrisi_E1_1, 30 Caldicochlea_harrisi_Db4_5, 31 Caldicochlea_harrisi_Db4_4, 32 Caldicochlea_harrisi_Db4_3, 33 Caldicochlea_harrisi_Db4_2, 34 Caldicochlea_harrisi_Cd3_3, 35 Caldicochlea_Cd2_4, 36 Caldicochlea_Cd2_12, 37 Caldicochlea_Cd2_8, 38 Caldicochlea_Cd2_6, 39 Caldicochlea_Cd2_5, 40 Caldicochlea_Cd2_3, 41 Caldicochlea_Cd2_2, 42 Caldicochlea_Cd2_1, 43 Caldicochlea_harrisi_Cb2_5, 44 Caldicochlea_harrisi_Ca5_2, 45 Caldicochlea_harrisi_Ca5b_5, 46 Caldicochlea_harrisi_Ca5b_1, 47 Caldicochlea_harrisi_Ca2_6, 48 Caldicochlea_harrisi_Ca2_5, 49 Caldicochlea_harrisi_Ca2_4, 50 Caldicochlea_harrisi_Ca1_3, 51 Caldicochlea_globosa_B2_4, 52 Caldicochlea_globosa_B2_3, 53 Caldicochlea_globosa_B2_2, 54 Caldicochlea_globosa_Cd1_4, 55 Caldicochlea_globosa_Cd1_2, 56 Caldicochlea_globosa_Cd1_1, 57 Caldicochlea_globosa_Cb2_4, 58 Caldicochlea_globosa_Cb2_3, 59 Caldicochlea_globosa_Cb2_2, 60 Caldicochlea_globosa_Cb2_1, 61 Caldicochlea_ca8_3, 62 Caldicochlea_Ca8_8, 63 Caldicochlea_CA8_6, 64 Caldicochlea_Ca8_1, 65 Caldicochlea_Ca8_4, 66 Caldicochlea_Ca8_2, 67 Caldicochlea_globosa_Ca1_1, 68 Caldicochlea_globosa_Ca1_4, 69 Caldicochlea_globosa_Ca1_6, 70 Caldicochlea_globosa_Ca1_5, 71 Caldicochlea_globosa_B2_1, 72 Caldicochlea_globosa_A1_3_2, 73 Caldicochlea_globosa_A1_2, 74 Caldicochlea_globosa_A1_1, 75 Caldicochlea_globosa_A1_5; TREE Fig._2 = [&R] (((((75,74,73,72),67),71,70,69,68,66,65,64,63,62,61,60,59,58,57,56,55,54),((53,43,14),52,51,50,49,48,47,46,45,44,42,41,40,39,38,37,36,35,34,33,32,31,30,29,28,27,26,25,24,23,22,21,20,19,18,17,16,15,13,12,11,10,9,8,7,6)),((5,(3,2)),(4,1))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7876; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Jardinella_isolata, 2 Austropyrgus_rectus, 3 Fonscochlea_zeidleri, 4 Trochidrobia_punicea, 5 Caldicochlea_harrisi_H1_4, 6 Caldicochlea_harrisi_H1_2, 7 Caldicochlea_harrisi_H1_1, 8 Caldicochlea_harrisi_E1_5, 9 Caldicochlea_harrisi_E1_4, 10 Caldicochlea_harrisi_E1_3, 11 Caldicochlea_harrisi_E1_1, 12 Caldicochlea_harrisi_Db4_1, 13 Caldicochlea_harrisi_Cd1_3, 14 Caldicochlea_harrisi_Db4_5, 15 Caldicochlea_globosa_Ca5B_5, 16 Caldicochlea_globosa_Cd1_4, 17 Caldicochlea_globosa_Cd1_5, 18 Caldicochlea_globosa_Cd1_1, 19 Caldicochlea_globosa_Ca1_6, 20 Caldicochlea_globosa_Ca1_1, 21 Caldicochlea_globosa_Ca1_4, 22 Caldicochlea_harrisi_Ca1_3, 23 Caldicochlea_globosa_A1_1, 24 Caldicochlea_globosa_A1_4, 25 Caldicochlea_globosa_A1_3, 26 Caldicochlea_globosa_A1_2, 27 Caldicochlea_globosa_A1_5; TREE Fig._4 = [&R] ((((((((27,26,25,24),20),21,(17,16)),18),19),(15,((7,6,5),11,10,9,8))),22),(3,(2,1))); END;