#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 11:58 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Friar E., Prince L., Roalson E., Mcglaughlin M., Cruse-sanders J., Porter J., & Degroot S. 2006. Ecological speciation in the East Maui-endemic Dubautia (Asteraceae) species. Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1597] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=10; TAXLABELS Argyroxiphium_sandwicense_subsp._macrocephalum_Asap3A Dubautia_laxa_subsp._hirsuta_Asap3A Dubautia_sp_Asap3A_haplotype1 Dubautia_sp_Asap3A_haplotype2 Dubautia_sp_Asap3A_haplotype3 Dubautia_sp_Asap3A_haplotype4 Dubautia_sp_Asap3A_haplotype5 Dubautia_sp_Asap3A_haplotype6 Dubautia_sp_Asap3A_haplotype7 Dubautia_sp_Asap3A_haplotype8 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=8; TAXLABELS Argyroxiphium_sandwicense_subsp._macrocephalum_Asap3B Dubautia_laxa_subsp._hirsuta_Asap3B Dubautia_sp._Asap3B_haplotype1 Dubautia_sp._Asap3B_haplotype2 Dubautia_sp._Asap3B_haplotype3 Dubautia_sp._Asap3B_haplotype4 Dubautia_sp._Asap3B_haplotype5 Dubautia_sp._Asap3B_haplotype6 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3481] TITLE Asap3B_sequence; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=1216; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Asap3B_sequence) = N: 1-1216; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Asap3B_sequence) = N: 1-1216; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2809] TITLE East_Maui_Dubautia_Asap3A_sequence; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1022; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Dubautia_sp_Asap3A_haplotype2 TACAAACAGGCAGGTGACATACTCAAAGAGAAGAAATGGGATATTCAAGAAAGCTCATGAGCTCACTGTTCTCTGTGATGCCAAGGTTTCTCTTATTATGTTCTCCAACACTGGAAAATTCCATGAGTACATCAGCCCTTCCACCACGTACGTACATATCTTGTATCTATAATCTATATCTCGATCGATCGATCTTCTACACCTTCTGCTTGCTTGCTTTCAAGAAACAACTAACTCAACATCATCTCTGAAAATAATATCGAATTTTGTCAATTTGATTAATTTTACGCAGGACTAAGAAAATTTATGATATGTATCAGACTACTCTTGGGTTTGATCTCTGGACCTCCCACTATGAGGTCATCTCTCTCCTCTACCACTTCATATTCTATCCTCATACCATCTTGATCATCACGACTCGACTACTTGACTTTTTAAACCTTGAATGTGTCAATGTTTGACCAAGTTAAACTTTTTAGAAGGCCAGTCGTCCCTCTTTATTCATATATGACCTTCTCACTTTTTTTCAAGTTTAAAAAGTTAGACGGTCATACAATATACAATGGTGTTGGCGGATGGTTGTTCAACTTATAATTGACCATAGTGGTGCTGTGAGATTAGGAAAAAAATGGTTAATTCGTTAATAGCAACACCGGCCTCTAGAGCCTAGTTTATCATAAAAAATTAGTTTCAAGGATGTTACCAATAATATTTCAAGAACTCGAAAATCGCCTAAAATTGCGAGGTTTCACATCCTCTTATAAGTGTAATGTTGGGTACTTTGGTTGTATTTTAAGAAAAGAATTGCTGTTGTGTCGAGTGATGAAACTAATCTAGTATGTATACAAATGTGTAGAGGATGACAGAAACAATGAAGAAGCTTAAAGAGAGCAACAATAAACTTAGAAGAGAGATCAGGTGATTCTAATACAATAAAGATTGAAATTTTGTTGTAGGTTCAATAAATTAATTGGTTAACTCTTAAGATTTAACTGATAAACTTGAATGGGTTTGCAGGCAAT Dubautia_sp_Asap3A_haplotype3 TACAAACAGGCAGGTGACATACTCAAAGAGAAGAAATGGGATATTCAAGAAAGCTCATGAGCTCACTGTTCTCTGTGATGCCAAGGTTTCTCTTATTATGTTCTCCAACACTGGAAAATTCCATGAGTACATCAGCCCTTCCACCACGTACGTACATATCTTGTATCTATAATCTATATCTCGATCGATCGATCTTCTACACCTTCTGCTTGCTTGCTTTCAAGAAACAACTAACTCAACATCATCTCTGAAAATAATATCGAATTTTGTCAATTTGATTAATTTTACGCAGGACTAAGAAAATTTATGATATGTATCAGACTACTCTTGGGTTTGATCTCTGGACCTCCCACTATGAGGTCATCTCTCTCCTCTACCACTTCATATTCTATCCTCATACCATCTTGATCATCACGACTCGACTACTTGACTTTTTAAACCTTGAATGTGTCAATGTTTGACCAAGTTAAACTTTTTAGAAGGCCAGTCGTCCCTCTTTATTCATATATGACCTTCTCACTTTTTTTCAAGTTTAAAAAGTTAGACGGTCATACAATATACAATGGTGTTGGCGGATGGTTGTTCAACTTATAATTGACCATAGTGGTGCTGTGAGATTAGTAAAAAAATGGTTAATTCGTTAATAGCAACACCGGCCTCTAGAGCCTAGTTTATCATAAAAAATTAGTTTCAAGGATGTTACCAATAATATTTCAAGAACTCGAAAATCGCCTAAAATTGCGAGGTTTCACATCCTCTTATAAGTGTAATGTTGGGTACTTTGGTTGTATTTTAAGAAAAGAATTGCTGTTGTGTCGAGTGATGAAACTAATCTAGTATGTATACAAATGTGTAGAGGATGACAGAAACAATGAAGAAGCTTAAAGAGAGCAACAATAAACTTAGAAGAGAGATCAGGTGATTCTAATACAATAAAGATTGAAATTTTGTTGTAGGTTCAATAAATTAATTGGTTAACTCTTAAGATTTAACTGATAAACTTGAATGGGTTTGCAGGCAAT Dubautia_sp_Asap3A_haplotype4 TACAAACAGGCAGGTGACATACTCAAAGAGAAGAAATGGGATATTCAAGAAAGCTCATGAGCTCACTGTTCTCTGTGATGCCAAGGTTTCTCTTATTATGTTCTCCAACACTGGAAAATTCCATGAGTACATCAGCCCTTCCACCACGTACGTACATATCTTGTATCTATAATCTATGTCTCGATCGATCGATCTTCTACACCTTCTGCTTGCTTGCTTTCAAGAAACAACTAACTCAACATCATCTCTGAAAATAATATCGAATTTTGTCAATTTGATTAATTTTACGCAGGACTAAGAAAATTTATGATATGTATCAGACTACTCTTGGGTTTGATCTCTGGACCTCCCACTATGAGGTCATCTCTCTCCTCTACCACTTCATATTCTATCCTCATACCATCTTGATCATCACGACTCGACTACTTGACTTTTTAAACCTTGAATGTGTCAATGTTTGACCAAGTTAAACTTTTTAGAAGGCCAGTCGTCCCTCTTTATTCATATATGACCTTCTCACTTTTTTTCAAGTTTAAAAAGTTAGACGGTCATACAATATACAATGGTGTTGGCGGATGGTTGTTCAACTTATAATTGACCATAGTGGTGCTGTGAGATTAGGAAAAAAATGGTTAATTCGTTAATAGCAACACCGGCCTCTAGAGCCTAGTTTATCATAAAAAATTAGTTTCAAGGATGTTACCAATAATATTTCAAGAACTCGAAAATCGCCTAAAATTGCGAGGTTTCACATCCTCTTATAAGTGTAATGTTGGGTACTTTGGTTGTATTTTAAGAAAAGAATTGCTGTTGTGTCGAGTGATGAAACTAATCTAGTATGTATACAAATGTGTAGAGGATGACAGAAACAATGAAGAAGCTTAAAGAGAGCAACAATAAACTTAGAAGAGAGATCAGGTGATTCTAATACAATAAAGATTGAAATTTTGTTGTAGGTTCAATAAATTAATTGGTTAACTCTTAAGATTTAACTGATAAACTTGAATGGGTTTGCAGGCAAT Dubautia_sp_Asap3A_haplotype5 TACAAACAGGCAGGTGACATACTCAAAGAGAAGAAATGGGATATTCAAGAAAGCTCATGAGCTCACTGTTCTCTGTGATGCCAAGGTTTCTCTTATTATGTTCTCCAACACTGGAAAATTCCATGAGTACATCAGCCCTTCCACCACGTACGTACATATCTTGTATCTATAATCTATGTCTCGATCGATCGATCTTCTACACCTTCTGCTTGCTTGCTTTCAAGAAACAACTAACTCAACATCATCTCTGAAAATAATATCGAATTTTGTCAATTTGATTAATTTTACGCAGGACTAAGAAAATTTATGATATGTATCAGACTACTCTTGGGTTTGATCTCTGGACCTCCCACTATGAGGTCATCTCTCTCCTCTACCACTTCATATTCTATCCTCATACCATCTTGATCATCACGACTCGACTACTTCACTTTTTAAACCTTGAATGTGTCAATGTTTGACCAAGTTAAACTTTTTAGAAGGCCAGTCGTCCCTCTTTATTCATATATGACCTTCTCACTTTTTTTCAAGTTTAAAAAGTTAGACGGTCATACAATATACAATGGTGTTGGCGGATGGTTGTTCAACTTATAATTGACCATAGTGGTGCTGTGAGATTAGGAAAAAAATGGTTAATTCGTTAATAGCAACACCGGCCTCTAGAGCCTAGTTTATCATAAAAAATTAGTTTCAAGGATGTTACCAATAATATTTCAAGAACTCGAAAATCGCCTAAAATTGCGAGGTTTCACATCCTCTTATAAGTGTAATGTTGGGTACTTTGGTTGTATTTTAAGAAAAGAATTGCTGTTGTGTCGAGTGATGAAACTAATCTAGTATGTATACAAATGTGTAGAGGATGACAGAAACAATGAAGAAGCTTAAAGAGAGCAACAATAAACTTAGAAGAGAGATCAGGTGATTCTAATACAATAAAGATTGAAATTTTGTTGTAGGTTCAATAAATTAATTGGTTAACTCTTAAGATTTAACTGATAAACTTGAATGGGTTTGCAGGCAAT Dubautia_sp_Asap3A_haplotype6 TACAAACAGGCAGGTGACATACTCAAAGAGAAGAAATGGGATATTCAAGAAAGCTCATGAGCTCACTGTTCTCTGTGATGCCAAGGTTTCTCTTATTATGTTCTCCAACACTGGAAAATTCCATGAGTACATCAGCCCTTCCACCACGTACGTACATATCTTGTATCTATAATCTATATCTCGATCGATCGATCTTCTACACCTTCTGCTTGCTTGCTTTCAAGAAACAACTAACTCAACATCATCTCTGAAAATAATATCGAATTTTGTCAATTTGATTAATTTTACGCAGGACTAAGAAAATTTATGATATGTATCAGACTACTCTTGGGTTTGATCTCTGGACCTCCCACTATGAGGTCATCTCTCTCCTCTACCACTTCATATTCTATCCTCATACCATCTTGATCATCACGACTCGACTGCTTGACTTTTTAAACTTTGAATGTGTCAATGTTTGACCAAGTTAAACTTTTTAGAAGGCCAGTCGTCCCTCTTTATTCATATATGACCTTCTGACTTTTTT-CAAGTTTAAAAAGTTAGACGGTCATACAATATACAATGGTGTTGGCGGATGGTTGCTCAACTTATAATTGACCATAGTGGTGCTGTGAGATTAGGAAAAAAATGGTTAATTCGTTAATAGCAACACCGGCCTCTAGAGCCTAGTTTATCATAAAAAATTAGTTTCAAGGATGTTACCAATAATATTTCAAGAACTCGAAAATCGCCTAAAATTGCGAGGTTTCACATCCTCTTATAAGTGTAATGTTGGGTACTTTGGTTGTATTTTAAGAAAAGAATTGCTGTTGTGTCGAGTAATGAAACTAATCTAGTATGTATACAAATGTGTAGAGGATGACAGAAACAATGAAGAAGCTTAAAGAGAGCAACAATAAACTTAGAAGAGAGATCAGGTGATTCTAATACAATAAAGATTGAAATTTTGTTGTAGGTTCAATAAATTAATTGGTTAACTCTTAAGATTTAACTGATAAACTTGAATGGGTTTGCAGGCAAC Dubautia_sp_Asap3A_haplotype7 TACAAACAGGCAGGTGACATACTCAAAGAGAAGAAATGGGATATTCAAGAAAGCTCATGAGCTCACTGTTCTCTGTGATGCCAAGGTTTCTCTTATTATGTTCTCCAACACTGGAAAATTCCATGAGTACATCAGCCCTTCCACCACGTACGTACATATCTTGTATCTATAATCTATATCTCGATCGATCGATCTTCTACACCTTCTGCTTGCTTGCTTTCAAGAAACAACTAACTCAACATCATCTCTGAAAATAATATCGAATTTTGTCAATTTGATTAATTTTACGCAGGACTAAGAAAATTTATGATATGTATCAGACTACTCTTGGGTTTGATCTCTGGACCTCCCACTATGAGGTCATCTCTCTCCTCTACCACTTCATATTCTATCCTCATACCATCTTGATCATCACGACTCGACTGCTTGACTTTTTAAACTTTGAATGTGTCAATGTTTGACCAAGTTAAACTTTTTAGAAGGCCAGTCGTCCCTCTTTATTCATATATGACCTTCTGACTTTTTT-CAAGTTTAAAAAGTTAGACGGTCATACAATATACAATGGTGTTGGCGGATGGTTGCTCAACTTATAAT-GACCATAGTGGTGCTGTGAGATTAGAAAAAAAATGGTTAATTCGTTAATAGCAACACCGGCCTCTAGAGCCTAGTTTATCATAAAAAATTAGTTTCAAGGATGTTACCAATAATATTTCAAAAACTCGAAAATCGCCTAAAATTGCGAGGTTTCACATCTTCTTATAAGTGTAATGTTGGGTACTTTGGTTGTATTTTAAGAAAAGAATTGCTGTTGTGTCGAGTAATGAAACTAATCTAGTATGTATACAAATGTGTAGAGGATGACAGAAACAATGAAGAAGCTTAAAGAGAGCAACAATAAACTTAGAAGAGAGATCAGGTGATTCTAATACAATAAAGATTGAAATTTTGTTGTAGGTTCAATAAATTAATTGGTTAACTCTTAAGATTTAACTGATAAACTTGAATGGGTTTGCAGGCAAC Dubautia_sp_Asap3A_haplotype8 TACAAACAGGCAGGTGACATACTCAAAGAGAAGAAATGGGATATTCAAGAAAGCTCATGAGCTCACTGTTCTCTGTGATGCCAAGGTTTCTCTTATTATGTTCTCCAACACTGGAAAATTCCATGAGTACATCAGCCCTTCCACCACGTACGTACATATCTTGTATCTATAATCTATATCTCGATCGATCGATCTTCTACACCTTCTGCTTGCTTGCTTTCAAGAAACAACTAACTCAACATCATCTCTGAAAATAATATCGAATTTTGTCAATTTGATTAATTTTACGCAGGACTAAGAAAATTTATGATATGTATCAGACTACTCTTGGGTTTGATCTCTGGACCTCCCACTATGAGGTCATCTCTCTCCTCTACCACTTCATATTCTATCCTCATACCATCTTGATCATCATGACTCGACTGCTTGACTTTTTAAACTTTGAATGTGTCAATGTTTGACCAAGTTAAACTTTTTAGAAGGCCAGTCGTCCCTCTTTATTCATATATGACCTTCTGACTTTTTT-CAAGTTTAAAAAGTTAGACGGTCATACAATATACAATGGTGTTGGCGGATGGTTGCTCAACTTATAAT-GACCATAGTGGTGCTGTGAGATTAGAAAAAAAATGGTTAATTCGTTAATAGCAACACCGGCCTCTAGAGCCTAGTTTATCATAAAAAATTAGTTTCAAGGATGTTACCAATAATATTTCAAAAACTCGAAAATCGCCTAAAATTGCGAGGTTTCACATCTTCTTATAAGTGTAATGTTGGGTACTTTGGTTGTATTTTAAGAAAAGAATTGCTGTTGTGTCGAGTAATGAAACTAATCTAGTATGTATACAAATGTGTAGAGGATGACAGAAACAATGAAGAAGCTTAAAGAGAGCAACAATAAACTTAGAAGAGAGATCAGGTGATTCTAATACAATAAAGATTGAAATTTTGTTGTAGGTTCAATAAATTAATTGGTTAACTCTTAAGATTTAACTGATAAACTTGAATGGGTTTGCAGGCAAC ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = East_Maui_Dubautia_Asap3A_sequence) = N: 1-1022; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = East_Maui_Dubautia_Asap3A_sequence) = N: 1-1022; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7895; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Dubautia_sp_Asap3A_haplotype8, 2 Dubautia_sp_Asap3A_haplotype6, 3 Dubautia_sp_Asap3A_haplotype7, 4 Dubautia_sp_Asap3A_haplotype3, 5 Dubautia_sp_Asap3A_haplotype2, 6 Dubautia_sp_Asap3A_haplotype1, 7 Dubautia_sp_Asap3A_haplotype4, 8 Dubautia_sp_Asap3A_haplotype5, 9 Dubautia_laxa_subsp._hirsuta_Asap3A, 10 Argyroxiphium_sandwicense_subsp._macrocephalum_Asap3A; TREE Fig._6A = [&R] (10,(9,((((8,7),6,5,4),2),(3,1)))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7896; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Dubautia_sp._Asap3B_haplotype6, 2 Dubautia_sp._Asap3B_haplotype5, 3 Dubautia_sp._Asap3B_haplotype4, 4 Dubautia_sp._Asap3B_haplotype2, 5 Dubautia_sp._Asap3B_haplotype3, 6 Dubautia_sp._Asap3B_haplotype1, 7 Dubautia_laxa_subsp._hirsuta_Asap3B, 8 Argyroxiphium_sandwicense_subsp._macrocephalum_Asap3B; TREE Fig._6B = [&R] (8,(7,(6,(5,3),4,(2,1)))); END;