#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 24, 2024; 3:54 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Colgan D., Hutchings P., & Braune M. 2006. A multigene framework for polychaete phylogenetic studies. Organisms Diversity & Evolution, 6(3): 220-235. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1600] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=56; TAXLABELS Amaeana_trilobata Amphicteis_dalmatica Amphiglena_terebro Amphitritides_harpa Amphitritides_sp Anadara_trapezia Anodonta_SWH2004 Austrocochlea_porcata Bonellia_sp Cambarincola_pamelae Cellana_tramoserica Ceratonereis_longiceratophora Cirratulus_sp Depressigra_globulus Dodecaceria_sp Epitonium_jukesianum Euclymene_trinalis Eunice_australis Eurythoe_sp Fauveliopsis_banyuls Galeolaria_caespitosa Glossiphonia_complanata Glycera_tridactyla Haemadipsa_sumatrana Hyboscolex_sp Idanthyrsus_pennatus Ischnochiton_australis Lamellibranchia_satsuma Liolophura_japonica Loimia_sp. Lumbricus_terrestris Lumbrineris_latreilli Lysilla_pacifica Malacoceros_sp. 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Amphicteis_dalmatica GGACAACCAGGCTCA???TTTTTAGGAAGAGACCAATTATATAACACAATTGTTACTGCCCACGCATTCTTAATAATTTTCTTTCTTGTTATACCCGTTTTTATCGGAGGATTCGGAAACTGACTGCTACCTCTTATACTAGGGTCTCCAGATATAGCATTCCCACGTCTAAACAATCTAAGATTTTGGTTACTCCCTCCAGCTCTTACCCTGCTTTTAGAATCAGCAGCAGTAGAAAAAGGAGCCGGAACAGGATGGACAGTATACCCCCCTTTAGCCAGGAACATTGCTCATAGAGGACCATCAGTAGATTTTGCTATTTTTTCTCTTCACCTAGCCGGAATTTCATCAATTCTAGGAGCATTAAATTTTATTACTACTATCATAAACATACGTCTAAAGAAATACGAACTAGAAAATATTCCCTTATTTGTATGAGCTGTTTTTGTAACAGTAATTCTTCTTCTACTCTCTCTCCCAGTGTTAGCAGGAGCAATCACCATGCTTCTTACAGACCGAAACATTAATACATCTTTTTTTGATCACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCTTAGTAACGGCGAGTGAAGTGGGAAG-GACCCAGCACC-GAATCCCCTGCCCTA--GC---GGTA----GCGGG--AACTGTGGTGTTTGGGACG-TCGGC---TGTGCGGTC----TGCCCATCGTCCGA-GTC-CTCA-TGATCGGGGCC--------------------CTTCCATGGCGGGTGTCAGGC-CCATA----CGGC-----TC--GGCGTCGTCG------TCCTACG-GAC---TTCTCGGGAGTCGGGTTGTTTGAGATTGCAGCCCAAA-GTGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACTTGC-ACGAGTCCGATAGC????????CGTTGCAAAGCTCCACGAAAACAACTGGCCACCAAGGCTGCTCGTAAGAGCGCCCCAGCCACCGGTGGAGTGAAGAAGCCCCATCGTTACAGGCCCGGAACCGTGGCTCTCCGTGAGATCCGTAGGTACCAGAAGAGCACCGAACTCCTGATCAGGAAACTGCCATTCCAGCGTCTGGTTCGCGAGATCGCCCAGGACTTCAAGACCGACCTTCGTT?CCAGAGCTCTGCTGTCATGGCTCTCCAGGAGGCTAGCGAGGCTTATCTGGTCGG?CTGTTTGAGGACACCAACTTGTGGATCAAAGTGTAGTATCTGTTCTTATCAGCTTAATATCTGATACGTACCCT-ACCAGGGTACTTCGATATTAAACTGATTTTTGGAACTGGGAGGAGAGCCA-GGAGCTTGCTCCGACTCCT-CCACGTGTTGGC?????????TACTTACTATCTGGCGAAACC?CAGCCAAGGGAACGGGCTTGGCGAAAACAGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACTCTAGTCC??GACTCTGTGAAGAGACATGAG-AGGTGTAGCATAAGTGGGAG????????GTCCTCACG?????GGCCGACGATGAAATACCACTACTTTCA-TCGTTTCTTTACTTATCCGGTGAGAC-GGAGGGAGGCCC-------------------GGCATGCG-ATGCCGTGGCGA--CTTCTGGCG-CC-AAGCTG-----GGGACCGTCCA-----CGTGGCG------------------------------------GCCCCTGGCGATC-CGCACCGGA-------GACAGTGTCAGGCGGGG--AGTTTGACTGGGGCGGTACATCTGTCAAAAGGTAACGCAGGTGTCCTAAGGCCAGCTCAGCGA-GGACGGAAACCTCGCGTAGAGCGAAAGGGCAAATGCTGGCTTGATCTTGATTCTCAGTACGAATACGGACC-GCGAAAGCGTGGCCTATCGATCCTTTTGAC----------TTTA-AGA--------------------GTTTTAAGCAAGAGGTGTCA-GAAAAGTTACCA-CAGGGATAACTGGCTTGTGGC?GCCAAGCGTTCATAGCGACGTTG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Anadara_trapezia 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Ceratonereis_longiceratophora 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Lamellibranchia_satsuma 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Liolophura_japonica 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Loimia_sp. 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Lumbricus_terrestris 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Mytilus_edllis 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Myzostoma_cirriferum 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Nautilus_scrobiculatus 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Notomastus_torquatus 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CHARSET u2 (CHARACTERS = 'Polychaete multi-segment') = 1219-1354; CHARSET dvixuncertain (CHARACTERS = 'Polychaete multi-segment') = 1490-1519 1586-1608 1623-1628 1647-1710 1734-1740; CHARSET h3 (CHARACTERS = 'Polychaete multi-segment') = 920-1218; CHARSET CO1 (CHARACTERS = 'Polychaete multi-segment') = 1-542; CHARSET co1p1 (CHARACTERS = 'Polychaete multi-segment') = 1 4 7 10 13 16 19 22 25 28 31 34 37 40 43 46 49 52 55 58 61 445 448 451 454 457 460 463 466 469 472 475 478 481 484 487 490 493 496 499 502 505 508 511 514 517 520 523 64 67 70 73 76 79 82 85 88 91 94 97 100 103 106 109 112 115 118 121 124 127 130 133 136 139 142 145 148 151 154 157 160 163 166 169 172 175 178 181 184 187 190 193 196 199 202 205 208 211 214 217 220 223 226 229 232 235 238 241 244 247 250 253 256 259 262 265 268 271 274 277 280 283 286 289 292 295 298 301 304 307 310 313 316 319 322 325 328 331 334 337 340 343 346 349 352 355 358 361 364 367 370 373 376 379 382 385 388 391 394 397 400 403 406 409 412 415 418 421 424 427 430 433 436 439 442 526 529 532 535 538 541; CHARSET 18s (CHARACTERS = 'Polychaete multi-segment') = 2043-4023; CHARSET dvix (CHARACTERS = 'Polychaete multi-segment') = 1355-2042; CHARSET h3p3 (CHARACTERS = 'Polychaete multi-segment') = 1012 1015 1018 1021 1024 1027 1030 1033 1036 1039 1042 1045 1048 1051 1054 1057 1060 1063 1066 1069 1072 1075 1078 1081 1084 1087 1090 1093 1096 1099 1102 1105 1108 1111 1114 1117 1120 1123 1126 1129 1132 1135 1138 1141 1144 1147 1150 1153 1156 1159 1162 1165 1168 1171 1174 1177 1180 1183 1186 1189 1192 1195 1198 1201 1204 1207 1210 1213 1216 931 934 937 940 943 946 949 952 955 958 961 964 967 970 973 976 979 982 985 988 991 994 997 1000 1003 1006 1009 919 922 925 928; CHARSET 18suncertain (CHARACTERS = 'Polychaete multi-segment') = 2224-2259 2296-2374 2814-2948 3034-3037 3636-3713; CHARSET co1p2 (CHARACTERS = 'Polychaete multi-segment') = 2 5 8 11 14 17 20 23 26 29 32 35 38 41 44 47 50 53 56 59 62 65 68 71 74 77 80 83 86 89 92 95 98 101 104 107 110 113 116 119 122 125 128 131 134 137 140 143 407 410 413 416 419 422 425 428 431 434 437 440 443 446 449 452 455 458 461 464 467 470 473 476 479 482 485 488 491 494 497 500 503 506 509 512 515 518 521 524 527 530 533 536 539 542 146 149 152 155 158 161 164 167 170 173 176 179 182 185 188 191 194 197 200 203 206 209 212 215 218 221 224 227 230 233 236 239 242 245 248 251 254 257 260 263 266 269 272 275 278 281 284 287 290 293 296 299 302 305 308 311 314 317 320 323 326 329 332 335 338 341 344 347 350 353 356 359 362 365 368 371 374 377 380 383 386 389 392 395 398 401 404; CHARSET co1p3 (CHARACTERS = 'Polychaete multi-segment') = 39 42 45 48 51 54 57 60 63 66 69 72 75 78 81 84 87 90 93 96 99 102 105 108 111 114 117 120 123 126 129 132 135 138 141 144 147 150 153 156 159 162 165 168 171 174 177 180 183 186 189 192 195 198 201 204 207 210 213 216 219 222 225 228 231 234 237 3 6 9 12 15 18 21 24 27 30 33 36 501 504 507 510 513 516 519 522 525 528 531 534 537 540 240 243 246 249 252 255 258 261 264 267 270 273 276 279 282 285 288 291 294 297 300 303 306 309 312 315 318 321 324 327 330 333 336 339 342 345 348 351 354 357 360 363 366 369 372 375 378 381 384 387 390 393 396 399 402 405 408 411 414 417 420 423 426 429 432 435 438 441 444 447 450 453 456 459 462 465 468 471 474 477 480 483 486 489 492 495 498; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'Polychaete multi-segment') = N: 1-4023; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'Polychaete multi-segment') = N: 1-4023; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7899; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Mytilus_edllis, 2 Anodonta_SWH2004, 3 Haemadipsa_sumatrana, 4 Cambarincola_pamelae, 5 Glossiphonia_complanata, 6 Liolophura_japonica, 7 Scololepis_squamata, 8 Myzostoma_cirriferum, 9 Sipuncula_sp, 10 Phoronis_sp, 11 Epitonium_jukesianum, 12 Bonellia_sp, 13 Lumbricus_terrestris, 14 Phylo_felix, 15 Polyophthalmus_pictus, 16 Hyboscolex_sp, 17 Notomastus_torquatus, 18 Euclymene_trinalis, 19 Eunice_australis, 20 Marphysa_macintoshi, 21 Lumbrineris_latreilli, 22 Eurythoe_sp, 23 Ceratonereis_longiceratophora, 24 Nephtys_australiensis, 25 Glycera_tridactyla, 26 Sigalion_bandaensis, 27 Paralepidonotus_ampulliferae, 28 Phyllodoce_sp, 29 Mesochaetopterus_sp, 30 Malacoceros_sp., 31 Rhinothelepus_lobatus, 32 Pista_australis, 33 Loimia_sp., 34 Amaeana_trilobata, 35 Lysilla_pacifica, 36 Amphitritides_harpa, 37 Amphitritides_sp, 38 Trichobranchus_sp, 39 Amphicteis_dalmatica, 40 Cirratulus_sp, 41 Dodecaceria_sp, 42 Lamellibranchia_satsuma, 43 Sternaspis_sp, 44 Fauveliopsis_banyuls, 45 Owenia_australis, 46 Galeolaria_caespitosa, 47 Amphiglena_terebro, 48 Idanthyrsus_pennatus, 49 Depressigra_globulus, 50 Notocrater_houbricki, 51 Austrocochlea_porcata, 52 Cellana_tramoserica, 53 Nautilus_scrobiculatus, 54 Anadara_trapezia, 55 Trichomya_hirsuta, 56 Ischnochiton_australis; TREE Fig._1 = [&R] (((((56,6),(((55,1),54),2)),(52,((51,50),49))),(53,11))Mollusca,((((((((((48,39),43),(41,40)),((47,((46,7),30)),44)),(((((38,12),31),(((37,(36,(35,34))),32),33)),17),((18,16),15))),(42,(20,19)),(21,(13,((5,3),4)))Clitellata),(((28,24),25),(((27,26),(14,8)),23))),22),((45,9),29))Annelida,10)); END;