#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 19:04 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Yuzon J., Roux C., Lendemer J.C., & Gueidan C. 2014. Molecular phylogeny and taxonomy of the endolithic lichen genus Bagliettoa (Verrucariaceae: Ascomycota). Taxon, 63(6): 1177-1192. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S16208] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=31; TAXLABELS Bagliettoa_baldensis_CG1760 Bagliettoa_baldensis_CG1951 Bagliettoa_baldensis_CG1952 Bagliettoa_baldensis_ET1344 Bagliettoa_baldensis_RCH48178 Bagliettoa_calciseda_CG1762 Bagliettoa_cazzae_CG1531 Bagliettoa_cazzae_CG1532 Bagliettoa_cazzae_CG1533 Bagliettoa_cazzae_CG1534 Bagliettoa_cazzae_CG1535 Bagliettoa_cazzae_CG1536 Bagliettoa_cazzae_CG1755 Bagliettoa_cazzae_CG1756 Bagliettoa_cazzae_CG1758 Bagliettoa_cazzae_CG2038 Bagliettoa_cf_suzaeana_CG1763 Bagliettoa_cf_suzaeana_CG1764 Bagliettoa_cf_suzaeana_CG1848 Bagliettoa_cf_suzaeana_CG2042 Bagliettoa_cf_suzaeana_CG2082 Bagliettoa_marmorea_CG1526a Bagliettoa_parmigera_CG1759 Bagliettoa_parmigera_CG1847 Bagliettoa_parmigerella_CG1528 Bagliettoa_parmigerella_CG1529 Bagliettoa_parmigerella_CG1530 Bagliettoa_parmigerella_CG1754a Bagliettoa_parmigerella_CG1754b Bagliettoa_sp_JCL26474 Bagliettoa_steineri_CG1516 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=82; TAXLABELS Bagliettoa_baldensis_CG1760 Bagliettoa_baldensis_CG1951 Bagliettoa_baldensis_CG1952 Bagliettoa_baldensis_ET1344 Bagliettoa_baldensis_RCH48178 Bagliettoa_calciseda_BC20695 Bagliettoa_calciseda_CG1762 Bagliettoa_calciseda_CG1953 Bagliettoa_calciseda_CG1954 Bagliettoa_calciseda_CG43 Bagliettoa_calciseda_CG614 Bagliettoa_calciseda_CRsn Bagliettoa_calciseda_RCH44393 Bagliettoa_calciseda_WRB46575 Bagliettoa_cazzae_CG1531 Bagliettoa_cazzae_CG1532 Bagliettoa_cazzae_CG1533 Bagliettoa_cazzae_CG1534 Bagliettoa_cazzae_CG1535 Bagliettoa_cazzae_CG1536 Bagliettoa_cazzae_CG1755 Bagliettoa_cazzae_CG1756 Bagliettoa_cazzae_CG1758 Bagliettoa_cazzae_CG2038 Bagliettoa_cazzae_CG572 Bagliettoa_cf_marmorea_WRB38392 Bagliettoa_cf_marmorea_WRB44214 Bagliettoa_cf_parmigerella_SFL607 Bagliettoa_cf_parmigerella_SFL608b Bagliettoa_cf_suzaeana_AO16333 Bagliettoa_cf_suzaeana_CG11 Bagliettoa_cf_suzaeana_CG1757 Bagliettoa_cf_suzaeana_CG1763 Bagliettoa_cf_suzaeana_CG1764 Bagliettoa_cf_suzaeana_CG1765 Bagliettoa_cf_suzaeana_CG1846 Bagliettoa_cf_suzaeana_CG1848 Bagliettoa_cf_suzaeana_CG1955 Bagliettoa_cf_suzaeana_CG2042 Bagliettoa_cf_suzaeana_CG2082 Bagliettoa_cf_suzaeana_CG2084 Bagliettoa_cf_suzaeana_CG27 Bagliettoa_cf_suzaeana_RCH49634 Bagliettoa_limborioides_CG1748 Bagliettoa_limborioides_CG1749 Bagliettoa_limborioides_CG1750 Bagliettoa_limborioides_CG1752 Bagliettoa_limborioides_CG1753 Bagliettoa_marmorea_CG1522 Bagliettoa_marmorea_CG1523 Bagliettoa_marmorea_CG1524 Bagliettoa_marmorea_CG1525 Bagliettoa_marmorea_CG1526a Bagliettoa_marmorea_CG1526b Bagliettoa_marmorea_CG1527 Bagliettoa_marmorea_CG2034 Bagliettoa_marmorea_CG739 Bagliettoa_parmigera_CG1759 Bagliettoa_parmigera_CG1847 Bagliettoa_parmigera_CG2035 Bagliettoa_parmigera_CG611 Bagliettoa_parmigerella_CG1528 Bagliettoa_parmigerella_CG1529 Bagliettoa_parmigerella_CG1530 Bagliettoa_parmigerella_CG1754a Bagliettoa_parmigerella_CG1754b Bagliettoa_parmigerella_CG21 Bagliettoa_parmigerella_CG23 Bagliettoa_parmigerella_CG37 Bagliettoa_parmigerella_CG506 Bagliettoa_parmigerella_CG573 Bagliettoa_sp_JCL26474 Bagliettoa_steineri_BC20640 Bagliettoa_steineri_CG1516 Bagliettoa_steineri_CG355 Parabagliettoa_cf_dufourii_BC21177 Parabagliettoa_cyanea_CG1761 Parabagliettoa_cyanea_CG1956 Parabagliettoa_cyanea_CG2083 Parabagliettoa_cyanea_CG497 Parabagliettoa_dufourii_CG2081 Parabagliettoa_dufourii_CG579 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M23528] TITLE Bagliettoa_Matrix_mtSSU_unrooted; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=768; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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TREE combined = [&R] (((7:0.020333013487263976,(5:0.029416431824546528,6:2.22086372030003E-6):0.006218581296359376):0.007003298239208369,(4:0.002175373349422335,(1:2.22086372030003E-6,(2:2.22086372030003E-6,3:2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6):3.9085487285401167E-4):0.022856050758346264):0.03591257670040038,(((52:2.22086372030003E-6,(56:2.22086372030003E-6,(54:5.689819004210558E-4,58:0.002840928426543951):2.22086372030003E-6):0.0029829990896799202):0.022913776534268494,((73:0.007267124377571876,(72:0.0028429270627914967,81:0.0029792367220913144):0.0014011900506066596):0.004220831294625802,(82:0.006562037175008486,(71:0.006567420709674542,((11:0.006640512382313674,79:2.22086372030003E-6):0.0038933228947403337,((78:0.003036833913533779,(53:0.005856454779715919,(51:0.002189259657593332,(55:2.22086372030003E-6,57:2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6):0.0030658697708330863):0.0033697644107326466):0.002502262689412126,(77:2.22086372030003E-6,(76:0.002328162276554984,(80:2.22086372030003E-6,(74:2.22086372030003E-6,75:2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6):0.0034740079315407125):0.0020242217180432872):0.0011366009639044267):2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6):0.001532565926479815):0.012402589026139988):0.0061691060019394865,((((12:2.22086372030003E-6,13:2.22086372030003E-6):0.004957458021997916,(10:2.22086372030003E-6,(8:2.22086372030003E-6,9:2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6):0.006495183321042178):0.03053120508815226,(39:0.014410657217135045,(38:2.22086372030003E-6,(35:2.22086372030003E-6,(36:2.22086372030003E-6,(34:2.22086372030003E-6,37:2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6):0.00731478903959451):0.03790383710273072):0.0029558431310257403,((((24:2.22086372030003E-6,31:2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6,(25:2.22086372030003E-6,(30:5.719010571899548E-4,33:2.22086372030003E-6):5.52388466531359E-4):2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6,(23:2.22086372030003E-6,(26:0.0011006771381231939,(28:0.0011158296265005392,(27:2.22086372030003E-6,(29:2.22086372030003E-6,32:2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6):5.464467161385682E-4):2.22086372030003E-6):0.02885316050239692,(((49:0.0028147449240798436,50:2.22086372030003E-6):0.059378175605072664,((46:2.22086372030003E-6,47:2.22086372030003E-6):0.012401282278159264,(48:0.00455189306009196,(41:2.22086372030003E-6,((43:2.22086372030003E-6,44:2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6,(42:2.22086372030003E-6,(40:2.22086372030003E-6,45:2.22086372030003E-6):0.002433905574786816):0.011688853266937013):2.22086372030003E-6):0.001156834846472219):0.004189905246235911):0.019081919572784514):0.016673524752904807,((14:0.013495872400311304,((21:0.004504312139278022,(22:0.007009466350200524,(15:2.22086372030003E-6,19:2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6):0.0034940261365840365,((16:2.22086372030003E-6,17:2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6,(18:6.249934326474363E-4,20:2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6):0.007653886906543362):0.02027765167744538):0.01919277314314533,(60:0.018239045757324237,((69:0.00771139228845879,70:0.00894517272668774):0.0075099471774815255,(61:2.22086372030003E-6,(62:2.22086372030003E-6,(59:2.22086372030003E-6,((65:2.22086372030003E-6,66:2.22086372030003E-6):8.648214686530226E-4,(64:0.0011404549303564203,(68:2.22086372030003E-6,(63:0.0028016470973005747,67:0.0010934778614195922):2.22086372030003E-6):0.001080137491755619):7.924003791046394E-4):2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6):2.22086372030003E-6):0.006008903141027426):0.01090167972392106):0.016048312043874594):0.008305045480606472):0.003852584408800376):0.001972141328273721):0.005974262403389223):0.03591257670040038); 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