#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 21:33 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Udayanga D., Castlebury L.A., Rossman A., Chukeatirote E., & Hyde K.D. 2014. The Diaporthe sojae species complex: phylogenetic re-assessment of pathogens associated with soybean, cucurbits and other field crops. Fungal Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S16646] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=83; TAXLABELS Diaporthe_angelicae_CBS111591 Diaporthe_angelicae_CBS111592 Diaporthe_angelicae_DP0488 Diaporthe_arctii_DP0482 Diaporthe_batatas_CBS122.21 Diaporthe_convolvuli_CBS124654 Diaporthe_convolvuli_FAU649 Diaporthe_cuppatea_CBS117499 Diaporthe_endophytica_CBS133811 Diaporthe_ganjae_CBS180.91 Diaporthe_gulyae_BRIP53158 Diaporthe_gulyae_BRIP54025 Diaporthe_helianthi_CBS592.81 Diaporthe_hordei_CBS481.92 Diaporthe_infecunda_CBS133812 Diaporthe_infecunda_LGMF912 Diaporthe_kongii_YPT2011c Diaporthe_longicolla_ATCC60325 Diaporthe_longicolla_CBS116023 Diaporthe_longicolla_CBS127267 Diaporthe_longicolla_CBS659.78 Diaporthe_longicolla_FAU601 Diaporthe_longicolla_FAU642 Diaporthe_longicolla_FAU643 Diaporthe_longicolla_FAU644 Diaporthe_longicolla_FAU645 Diaporthe_longicolla_FAU657 Diaporthe_lucitanicae_CBS123212 Diaporthe_lucitanicae_CBS123213 Diaporthe_manihotia_CBS505.76 Diaporthe_melonis_CBS507.78 Diaporthe_melonis_FAU626 Diaporthe_melonis_FAU628 Diaporthe_melonis_FAU640 Diaporthe_melonis_FAU641 Diaporthe_neoarctii_CBS10949 Diaporthe_novem_AR4855 Diaporthe_novem_CBS127269 Diaporthe_novem_CBS127270 Diaporthe_novem_CBS127271 Diaporthe_novem_DP0378 Diaporthe_phaseolorum_AR4203 Diaporthe_schini_CBS133181 Diaporthe_sojae_Ar2 Diaporthe_sojae_BRIP54033 Diaporthe_sojae_CBS116019 Diaporthe_sojae_CBS116020 Diaporthe_sojae_DP0601 Diaporthe_sojae_DP0605 Diaporthe_sojae_DP0616 Diaporthe_sojae_DP0623 Diaporthe_sojae_FAU455 Diaporthe_sojae_FAU456 Diaporthe_sojae_FAU457 Diaporthe_sojae_FAU458 Diaporthe_sojae_FAU459 Diaporthe_sojae_FAU499 Diaporthe_sojae_FAU604 Diaporthe_sojae_FAU635 Diaporthe_sojae_FAU636 Diaporthe_sojae_FAU637 Diaporthe_sojae_MAFF410444 Diaporthe_sojae_MAFF410445 Diaporthe_sojae_PS03 Diaporthe_sp._CBS199.39 Diaporthe_sp._CBS230.52 Diaporthe_sp._FAU501 Diaporthe_sp._LGMF946 Diaporthe_stewartii_CBS193.36 Diaporthe_subordinaria_CBS101711 Diaporthe_subordinaria_CBS464.90 Diaporthe_tectomae_CBS100547 Diaporthe_terebinthifolii_CBS133180 Diaporthe_ueckerae_CBS119639 Diaporthe_ueckerae_CBS136.25 Diaporthe_ueckerae_DOAM42078 Diaporthe_ueckerae_FAU656 Diaporthe_ueckerae_FAU658 Diaporthe_ueckerae_FAU659 Diaporthe_ueckerae_FAU660 Diaporthe_ueckerae_LGMF947 Diaporthe_vexans_CBS127.14 Diaporthe_vexans_FAU597 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M24881] TITLE 'Diaporthe sojae 5-genes'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=2672; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2180 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Diaporthe_batatas_CBS122.21 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Diaporthe_gulyae_BRIP54025 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Diaporthe_helianthi_CBS592.81 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Diaporthe_hordei_CBS481.92 AGAAGGAAGGTTAGTAAACATCACCCA---------------ATCTGCAGCTTGAACTCCATAGCC-----CGCCACATGCCCA---TCAAATTCG-----ACGCG------------CGACTCTCTGCGAGGCTTCGTCATACCTGTC----AAGGCATTTTCACCCCTCCCTCTTGA----TTTTCCATTTTCAGT----GC-------------------GGGTGCGGGGTCCGCTTATCAGGCC-GCTTATCTC-TTAC--ACCAAAACCCTGTC----GCACCT--ACCATTATTC---GCCAGCGCC-ACCCCAACATC---ATCACCGTCAT-TACCATTTCTTGCGCAAATGAGC-TGGTTCTAATGGC-----TGGAAAATCATGCTGACTC-------CTATACAGCCGCTGAGCTGGGTAAGGGT???GCGGAGGGATCATTGCTGGAACGCG-CCTC-GGCGCA-CCCAGAAACCCTTTGTGAACTTATACCTAT-CTGTTGCCTC-GGCG-CAGGCCGGCCCCCTC--ACCGGGGCCCCCTGGAGACAGGGAGCAGCCCGCCGGCGGCCAACCAAACTCTTGTTTCTACAGTGAATCTCTGAGTAAAAAAACATAAATGAATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTCTGGTATTCCGGAGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCAAGCCTGGCTTGGTGATGGGGCACTGCCTGTG---AAAGGGCAGGCCCTGAAATCTAGTGGCGAGCTCGCCAGGACCCCGAGCGTAGTAG-TTATATCTCGCTCTGG-AAGGCCCTGGCGGTGCCCTGCCGTTAAA-CCCCCAACTTCTGAAAATTTGACCTCGGATCAGGTAGGAATACCCGCTGAACTTAAGCATA???GTGCTGCTTTCTGGTGCGTCCCAG------------------------CTTCAG----CTCCGAG-CCTACC---ACCGCG-ACG-CTCGACGCGCGACA-AGGCTAGCTCGTAGCCTCG--ATACTGACCTCGGCTCTTTAGGCAAACCATCTCTGGCGAGCACGGTCTCGACAGCAATGGCGTGTATGCACCTCCTATT-CCC--TGACTTCTG-----ACCTCGTCCTCTCCTGC-----GGCTT-GGCACTGATGATCGCACAGTTACAACGGCACTTCCGAGCTCCAGCTCGAGCGCATGAATGTCTACTTCAACGAGGTAAGT----CAACA-GCCACGTCGCCAATTTCAGA-TTTGA----------CCGTCT-CGGCATGG-TTGACTGCCACCG-C-----CAAG----GACTTGCTAACGCGT-TTTCGCCCAGGCCTCCGGCAACAAGTATGTGCCCCGGGCCGTCCTCGTCGACCTCGAGCCCGGTACCATGGACGCCGTC???CTTCTCCCTCTTTGTAAGTTATCTTC------AAGA---GCCTTAAGCT---TCCCCGCCGTTCTCTCTGCCGTTGCGCATG--GTGCTAACGGACCGTTTTCGGCCTGCAGGATAAGGATGGTGATGGTTAGTGCGGTCACCGCTTCCCTCCCTCCCTCTTTCTCAGCTTTGAACGCGTCATACTCGATCCGCCGCGACGGTCTGCGCTTGCAATATACTC-CGAGCGA-CCA-ATCTTCAA----------ATCTATCACGAGTAGTATGCTAAGGCGGGC--GTGTAGGACAAATCACCACCAAGGAGCTCGGCACAGTCATGCGGTCCCTTGGTCAAAACCCTTCCGAGTCCGAGCTGCAGGACATGATCAACGAGGTCGACGCCGACAACAATGGCACCATTGACTTCCCTGGTAAGTCTAGATTC-TCTCACACTGAATATCGGGCGGTAGAGGGTT------------------ATGC------GCCGGTGC-------------GGTGCTTGTCCTATACCACATTGTGGGTGCG-AATTACTGA--CGCGTTCGACGCAGAGTTCCTGACCATGAT???GGCTCCCCGCAAGCAGCTCGCCTCCAAGGCTGCCCGCAAGTCCGCGCCATCCACCGGAGGTGTCAAGAAGCCTCACCGCTACAAGCCTGGTACCGTCGCTCTGCGTGAGATCCGTCGCTACCAGAAGAGCACTGAGCTGCTGATCCGCAAGCTCCCCTTCCAGCGCCTGGTATGT-CTGCA-------CCTGCAA-----------AATCAATCCCATGCTCGT---------------ACTTGGCCCCTGCTGACCGTCGCCCT--CTTTCCTTTCCAGGTCCGTGAGATCGCCCAGGACTTCAAGTCCGACCTGCGCTTCCAGTCTTCCGCCATCGGTGCCCTTCAGGAGTCCGTCGAGTCTTACCTCGTCTCCCTCTTTGAGGACACCAACCTGTGCGCCATCCACGCCAAGCGTGTCACCATCCAGTCGGTACGTCATA--CAC------TTCCAA-CC--------------------------AACGCA-----CGCGCGACGCG--------TCTTGGGGG----ACATACACTAACAA-CCTCACAGAAGGACAT Diaporthe_infecunda_CBS133812 AGAAGGAAGGTCAGTAAATATCACACA---------------TGCCGCATCATGAACCCCATCAAG---TCCCCCACACGCACA---TCGTCACCATGG--GCGCG------------CGACTGTTTGCGCGGCTGCGTCGCACCCTTC----AAGCCATTTTCACCCCTCCCTCTGGA---TTTTTCCATTTTCAGT----GC-------------------GGGTGCGGGGTGCGCTTATCAGGCC-GCTTATCTT-CCACA-TGCAAAACCCTGCT---GGTGTCA--ATCACTTCCT---TGCACTGCCAGCACCAACGTC---ACAAACCTCAA-CCCCCATCAACCTCTACTTGCGC-G-ACAGAACTGTT-----CGGACAATCATGCTGACTTAC--TTCCCACACAGCCGCCGAGCTGGGTAAGGGT???GCGGAGGGATCATTGCTGGAACGCG-CTTC-GGCGCA-CCCAGAAACCCTTTGTGAACTTATACCTA--TTGTTGCCTC-GGCGTTAGGCCGGCCTCTTC--ACCGAGGCCCCCTGGAAACAGGGAGCAGCCCGCCGGCGGCCAACTAAACTCTTGTTTCTATAGTGAATCTCTGAGT-AAAAAACATAAATGAATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCAAGCCTGGCTTGGTGATGGGGCACTGCTTCGA---AAGGAGCAGGCCCTGAAATTCAGTGGCGAGCTCGCCAGGACCCCGAGCGTAGTAG-TTATATCTCGCTTTGG-AAGGCCCTGGCGGTGCCCTGCCGTTAAA-CCCCCAACTTCTGAAAATTTGACCTCGGATCAGGTAGGAATACCCGCTGAACTTAAGCATA???GTGCTGCTTTCTGGTGCGTACCAG------------------------CTCCAG----CTCCGAG-CCTGCC---ACCGCG-ATG-CTCGACGCGCGACA-AGACCACCTCCAAGCATCG--TTACTGACCTTGTTTCTTTAGGCAAACCATCTCTGGCGAGCACGGTCTCGACAGCAATGGCGTGTATGTACCTCCTATT-CCC--TGCCCACCG-----ATCTCGTCCTCTCCTCC-----GGCTT-GGCACTGATGATCGCACAGTTACAACGGCACTTCCGAGCTCCAGCTCGAGCGCATGAACGTCTACTTCAACGAGGTAAGC----CTATG-GCCACGTCTTCAA-TCCAAG-TTTGA----------CCGTCT-CGGCATGG-TTTACTGCCGCCG-C-----CAGG----GCCTTGCTAATGCGC-TCTTGCCCAGGCCTCCGGCAACAAGTATGTGCCTCGCGCCGTCCTCGTCGATCTCGAGCCCGGTACCATGGACGCCGTC???CTTCTCCCTCTTTGTAAGTTATCTTC------GGAG---GCCTGGAGCT---TCCCCGCCGT--CCTGTGCTTTTGCGCATG--ATGCTAACGGACCGTTTTCGGCCTGCAGGATAAGGATGGCGATGGTTAGTGTGGTCACCGCT----TTCTTCCCTCTTGCTCAGCTACGCACGCGTCATACTCGATCCGCCGCGACGGTCTGCGCGCGCAGCATGCTC-CGAGCGA-CCG-ATCATCAC----------GTCTATCACGAGTAACATGCTAAGTC-GGC--GTGTAGGACAAATCACCACCAAGGAGCTCGGCACAGTCATGCGGTCCCTTGGTCAAAACCCTTCCGAGTCCGAGCTGCAGGACATGATCAACGAGGTCGACGCCGACAACAATGGCACCATTGACTTCCCTGGTAAGTCTGGATGC-TCATCCCCTAGACGTTGAGGGGTAGAGGGGG------------------ATGT------GCGGCTGCT------------GCTGGTC-CTCTCTCCCGCAGCTTGGTAGCG-ATTTACTGA--CAGGTTCCAACCAGAGTTCCTGACCATGAT???GGCTCCCCGCAAGCAGCTCGCCTCCAAGGCTGCCCGCAAGTCCGCGCCCTCCACCGGAGGTGTCAAGAAGCCTCACCGCTACAAGCCTGGTACCGTCGCTCTGCGTGAGATCCGTCGCTACCAGAAGAGCACCGAGCTGCTGATCCGCAAGCTGCCCTTCCAGCGTCTGGTATGT-CTGCA-------CCTGCCA------------AACTCCCTTGTCC--------------------TGCCTCCCCTGCTGACCGTCGCCC---GCTTTCCCTCTAGGTCCGTGAGATCGCCCAGGACTTCAAGTCCGACCTGCGCTTCCAGTCATCCGCCATCGGTGCCCTTCAGGAGTCCGTCGAGTCTTACCTCGTCTCCCTCTTTGAGGACACCAACCTGTGCGCCATCCACGCCAAGCGTGTCACCATCCAGTCGGTACGTCACA--TAC------TTCTGA-TC--------------------------CACACA-----TGCGCGACGCG--------CCTTGGC------ACACATGCTAACAA-CCTCACAGAAGGACAT Diaporthe_infecunda_LGMF912 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Diaporthe_longicolla_ATCC60325 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Diaporthe_longicolla_CBS116023 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Diaporthe_stewartii_CBS193.36 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Diaporthe_subordinaria_CBS101711 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Diaporthe_ueckerae_CBS136.25 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Diaporthe_ueckerae_LGMF947 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; END; BEGIN TREES; TITLE Diaporthe_sojae_species_complex; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Diaporthe_melonis_FAU641, 2 Diaporthe_melonis_FAU640, 3 Diaporthe_melonis_CBS507.78, 4 Diaporthe_melonis_FAU628, 5 Diaporthe_melonis_FAU626, 6 Diaporthe_sojae_MAFF410444, 7 Diaporthe_sojae_DP0601, 8 Diaporthe_sojae_DP0605, 9 Diaporthe_sojae_DP0623, 10 Diaporthe_sojae_FAU459, 11 Diaporthe_sojae_FAU458, 12 Diaporthe_sojae_FAU457, 13 Diaporthe_sojae_FAU455, 14 Diaporthe_sojae_FAU456, 15 Diaporthe_sojae_MAFF410445, 16 Diaporthe_sojae_DP0616, 17 Diaporthe_sojae_CBS116020, 18 Diaporthe_sojae_BRIP54033, 19 Diaporthe_sojae_CBS116019, 20 Diaporthe_sojae_FAU604, 21 Diaporthe_sojae_Ar2, 22 Diaporthe_sojae_PS03, 23 Diaporthe_sojae_FAU499, 24 Diaporthe_sojae_FAU636, 25 Diaporthe_sojae_FAU635, 26 Diaporthe_sojae_FAU637, 27 Diaporthe_kongii_YPT2011c, 28 Diaporthe_endophytica_CBS133811, 29 Diaporthe_convolvuli_FAU649, 30 Diaporthe_convolvuli_CBS124654, 31 Diaporthe_sp._FAU501, 32 Diaporthe_ueckerae_FAU660, 33 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(((((51,(((31,((1,2),(3,4,5))),(50,(48,49))),(((((6,7,8,9,11,13,14,15,16,(10,12),(17,18,19)),(20,21,22,(23,(24,25,26)))),(27,28)),(29,30)),((36,(37,(33,(32,(34,35))))),(40,(38,39,41,42,43,44,45,(46,47))))))),(54,(58,(52,53)))),(57,(55,56))),((79,(((((59,60),((63,(61,62)),((66,(64,65)),(67,68)))),(72,73)),(69,(70,71))),(75,(76,78,(74,77))))),(80,81))),(82,83)); END;