#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 9:53 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Resl P., Schneider K., Westberg M., Printzen C., Thor G., Fryday A., Mayrhofer H., & Spribille T. 2015. Diagnostics for a troubled backbone: testing topological hypotheses of trapelioid lichenized fungi in a large scale phylogeny of Ostropomycetidae (Lecanoromycetes). Fungal Diversity, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S16680] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=205; TAXLABELS Absconditella_sp_Spribille_39168_P143 Acarospora_laqueata_X170 Agyrium_rufum_P122 Ainoa_geochroa_X125 Ainoa_mooreana_T1088 Ainoa_mooreana_X124 Alectoria_sarmentosa_T638 Anamylopsora_pulcherrima_P108 Anamylopsora_pulcherrima_X147 Anzina_carneonivea_X174 Arctomia_delicatula_P166 Aspicilia_caesiocinerea_X110 Aspicilia_cinerea_X115 Baeomyces_heteromorphus_P128 Baeomyces_placophyllus_X126 Baeomyces_rufus_P78 Cetraria_sepincola_T639 Circinaria_hispida_X161 Circinaria_hispida_X162 Circinaria_vagans_T1329 Coccotrema_cucurbitula_X118 Coccotrema_hahriae_T646 Coccotrema_maritimum_X116 Coenogonium_leprieurii_X119 Coenogonium_luteum_X102 Coenogonium_pineti_P167 Dibaeis_baeomyces_X101 Diploschistes_cinereocaesius_X106 Diploschistes_ocellatus_X120 Fissurina_insidiosa_P131 Fissurina_insidiosa_X108 Geoglossum_nigritum_X168 Gyalecta_hypoleuca_X123 Gyalecta_jenensis_P142 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M34138] TITLE Ostropomycetidae_8_gene_alignment; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=8978; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Hymenelia_melanocarpa_T1046 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Lambiella_fuscosora_R19 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Lambiella_globulosa_R05 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Lambiella_gyrizans_R20 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Lambiella_impavida_R04 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Mycoblastus_sanguinarius_T77 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Phlyctis_argena_P188 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Placynthiella_uliginosa_X137 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Rimularia_badioatra_T1264 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Rimularia_gibbosa_T1293 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Rimularia_limborina_R08 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Trapeliopsis_gelatinosa_CP945 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Trapeliopsis_granulosa_CP949 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Trapeliopsis_granulosa_KS66 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; END; BEGIN TREES; TITLE Ostropomycetidae_final_bayesian; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Trapelia_coarctata_KS18, 2 Trapelia_glebulosa_KS19, 3 Trapelia_glebulosa_KS20, 4 Trapelia_glebulosa_KS21, 5 Trapelia_glebulosa_KS22, 6 Trapelia_coarctata_KS23, 7 Trapelia_coarctata_KS24, 8 Trapelia_obtegens_KS28, 9 Trapelia_glebulosa_KS30, 10 Trapeliopsis_granulosa_KS32, 11 Trapeliopsis_granulosa_KS33, 12 Trapeliopsis_sp_KS34, 13 Trapeliopsis_granulosa_KS36, 14 Trapeliopsis_pseudogranulosa_KS38, 15 Trapelia_coarctata_KS46, 16 Trapelia_glebulosa_KS47, 17 Trapelia_obtegens_KS57, 18 Trapelia_coarctata_KS61, 19 Trapelia_coarctata_KS62, 20 Trapelia_coarctata_KS64, 21 Trapeliopsis_granulosa_KS65, 22 Trapeliopsis_granulosa_KS66, 23 Trapeliopsis_gelatinosa_KS70, 24 Placopsis_lambii_KS72, 25 Trapeliopsis_granulosa_KS76, 26 Trapelia_glebulosa_KS81, 27 Trapelia_glebulosa_KS83, 28 Schizoxylon_albescens_L547, 29 Trapeliopsis_sp_P104, 30 Anamylopsora_pulcherrima_P108, 31 Trapelia_macrospora_P109, 32 Siphula_ceratites_P110, 33 Placopsis_clavifera_P116, 34 Placopsis_gelida_P118, 35 Agyrium_rufum_P122, 36 Ionaspis_ventosa_P126, 37 Ochrolechia_subplicans_subsp_hultenii_P127, 38 Baeomyces_heteromorphus_P128, 39 Thelotrema_lepadinum_P129, 40 Fissurina_insidiosa_P131, 41 Trapelia_antarctica_P133, 42 Lithographa_tesserata_P134, 43 Trapelia_coarctata_P141, 44 Gyalecta_jenensis_P142, 45 Absconditella_sp_Spribille_39168_P143, 46 Gyalectaria_diluta_P145, 47 Trapelia_antarctica_P147, 48 Ochrolechia_sp_Spribille_38907_P150, 49 Stictis_radiata_P164, 50 Arctomia_delicatula_P166, 51 Coenogonium_pineti_P167, 52 Ochrolechia_frigida_P168, 53 Thrombium_epigaeum_P171, 54 Thamnolia_vermicularis_P173, 55 Phlyctis_argena_P188, 56 Loxospora_elatina_P196, 57 Trapelia_coarctata_P201, 58 Trapelia_coarctata_P202, 59 Trapeliopsis_flexuosa_P218, 60 Baeomyces_rufus_P78, 61 Lambiella_caeca_P83, 62 Lambiella_caeca_P86, 63 Lambiella_caeca_P87, 64 Trapelia_corticola_P92, 65 Lithographa_tesserata_P95, 66 Lambiella_impavida_R04, 67 Lambiella_globulosa_R05, 68 Lambiella_furvella_R06, 69 Rimularia_badioatra_R07, 70 Rimularia_limborina_R08, 71 Lambiella_globulosa_R09, 72 Lambiella_impavida_R10, 73 Lambiella_impavida_R11, 74 Lambiella_impavida_R12, 75 Rimularia_intercedens_R16, 76 Lambiella_insularis_R17, 77 Lambiella_insularis_R18, 78 Lambiella_fuscosora_R19, 79 Lambiella_gyrizans_R20, 80 Rimularia_intercedens_R21, 81 Lambiella_spacelata_R22, 82 Trapeliopsis_aeneofusca_CP1030, 83 Trapeliopsis_colensoi_CP1033, 84 Hymenelia_melanocarpa_T1046, 85 Xylographa_trunciseda_T1050, 86 Rimularia_limborina_T1062, 87 Lambiella_caeca_T1072, 88 Lambiella_caeca_T1073, 89 Placopsis_cribellans_T1074, 90 Loxosporopsis_corallifera_T1087, 91 Ainoa_mooreana_T1088, 92 Lambiella_insularis_T1091, 93 Trapelia_obtegens_T1097, 94 Trapelia_corticola_T1099, 95 Ptychographa_xylographoides_T1123, 96 Xylographa_pallens_T1133, 97 Rimularia_gibbosa_T1116, 98 Rimularia_badioatra_T1264, 99 Rimularia_gibbosa_T1265, 100 Schaereria_dolodes_T1290, 101 Schaereria_fuscocinerea_T1291, 102 Schaereria_cinereorufa_T1292, 103 Rimularia_gibbosa_T1293, 104 Ochrolechia_subplicans_subsp_hultenii_T1300, 105 Circinaria_vagans_T1329, 106 Pertusaria_subvelata_T1331, 107 Umbilicaria_polyphylla_T1324, 108 Xylographa_lagoi_T162, 109 Lambiella_caeca_T586, 110 Usnea_intermedia_T609, 111 Pseudevernia_cladonia_T611, 112 Ramboldia_cinnabarina_T624, 113 Heterodermia_speciosa_T636, 114 Alectoria_sarmentosa_T638, 115 Cetraria_sepincola_T639, 116 Coccotrema_hahriae_T646, 117 Japewia_subaurifera_T764, 118 Mycoblastus_sanguinarius_T77, 119 Trapeliopsis_aeneofusca_CP937, 120 Trapeliopsis_colensoi_CP940, 121 Trapeliopsis_flexuosa_CP942, 122 Trapeliopsis_flexuosa_CP943, 123 Trapeliopsis_gelatinosa_CP945, 124 Trapeliopsis_glaucolepidea_CP946, 125 Trapeliopsis_glaucolepidea_CP947, 126 Trapeliopsis_glaucopholis_CP948, 127 Trapeliopsis_granulosa_CP949, 128 Trapeliopsis_haumanii_CP950, 129 Trapeliopsis_percrenata_CP951, 130 Trapeliopsis_percrenata_CP952, 131 Trapeliopsis_steppica_CP954, 132 Trapeliopsis_viridescens_CP955, 133 Trapeliopsis_wallrothii_CP956, 134 Trapeliopsis_viridescens_CP959, 135 Trapeliopsis_subconcolor_CP960, 136 Orceolina_kerguelensis_X100, 137 Dibaeis_baeomyces_X101, 138 Coenogonium_luteum_X102, 139 Stictis_radiata_X104, 140 Diploschistes_cinereocaesius_X106, 141 Fissurina_insidiosa_X108, 142 Aspicilia_caesiocinerea_X110, 143 Ochrolechia_juvenalis_X111, 144 Loxospora_ochrophaea_X113, 145 Loxospora_cismonica_X114, 146 Aspicilia_cinerea_X115, 147 Coccotrema_maritimum_X116, 148 Gyalectaria_gyalectoides_X117, 149 Coccotrema_cucurbitula_X118, 150 Coenogonium_leprieurii_X119, 151 Diploschistes_ocellatus_X120, 152 Thelotrema_lepadinum_X121, 153 Ionaspis_lacustris_X122, 154 Gyalecta_hypoleuca_X123, 155 Ainoa_mooreana_X124, 156 Ainoa_geochroa_X125, 157 Baeomyces_placophyllus_X126, 158 Orceolina_antarctica_X128, 159 Placopsis_perrugosa_X129, 160 Placopsis_bicolor_X130, 161 Trapelia_chiodectonoides_X131, 162 Lambiella_psephota_X133, 163 Phyllobaeis_erythrella_X134, 164 Phyllobaeis_imbricata_X135, 165 Placynthiella_icmalea_X136, 166 Placynthiella_uliginosa_X137, 167 Placopsis_pycnotheca_X138, 168 Placopsis_contortuplicata_X139, 169 Placopsis_santessonii_X140, 170 Placopsis_lambii_X141, 171 Placopsis_macrophthalma_X142, 172 Trapelia_coarctata_X143, 173 Trapeliopsis_percrenata_X145, 174 Tremolecia_atrata_X146, 175 Umbilicaria_muehlenbergii_X148, 176 Umbilicaria_arctica_X149, 177 Umbilicaria_mammulata_X150, 178 Lasallia_pustulata_X151, 179 Wawea_fruticulosa_X160, 180 Circinaria_hispida_X161, 181 Circinaria_hispida_X162, 182 Megaspora_verrucosa_X163, 183 Megaspora_verrucosa_X164, 184 Lobothallia_radiosa_X165, 185 Ochrolechia_yasudae_X166, 186 Geoglossum_nigritum_X168, 187 Peltula_auriculata_X169, 188 Acarospora_laqueata_X170, 189 Protothelenella_sphinctrinoidella_X172, 190 Protothelenella_corrosa_X173, 191 Anzina_carneonivea_X174, 192 Xylographa_carneopallida_T1024, 193 Xylographa_hians_T1053, 194 Xylographa_opegraphella_T1068, 195 Xylographa_soralifera_T1117, 196 Xylographa_bjoerkii_T1129, 197 Xylographa_constricta_T1147, 198 Xylographa_parallela_T1151, 199 Xylographa_vitiligo_T1152, 200 Xylographa_septentrionalis_T2402, 201 Pertusaria_pertusa_T1298, 202 Xylographa_difformis_T2404, 203 Xylographa_erratica_T820, 204 Trapeliopsis_steppica_T1323, 205 Anamylopsora_pulcherrima_X147; TREE BIT = [&R] 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END; BEGIN TREES; TITLE Ostropomycetidae_final_ML; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Trapelia_coarctata_KS18, 2 Trapelia_glebulosa_KS19, 3 Trapelia_glebulosa_KS20, 4 Trapelia_glebulosa_KS21, 5 Trapelia_glebulosa_KS22, 6 Trapelia_coarctata_KS23, 7 Trapelia_coarctata_KS24, 8 Trapelia_obtegens_KS28, 9 Trapelia_glebulosa_KS30, 10 Trapeliopsis_granulosa_KS32, 11 Trapeliopsis_granulosa_KS33, 12 Trapeliopsis_sp_KS34, 13 Trapeliopsis_granulosa_KS36, 14 Trapeliopsis_pseudogranulosa_KS38, 15 Trapelia_coarctata_KS46, 16 Trapelia_glebulosa_KS47, 17 Trapelia_obtegens_KS57, 18 Trapelia_coarctata_KS61, 19 Trapelia_coarctata_KS62, 20 Trapelia_coarctata_KS64, 21 Trapeliopsis_granulosa_KS65, 22 Trapeliopsis_granulosa_KS66, 23 Trapeliopsis_gelatinosa_KS70, 24 Placopsis_lambii_KS72, 25 Trapeliopsis_granulosa_KS76, 26 Trapelia_glebulosa_KS81, 27 Trapelia_glebulosa_KS83, 28 Schizoxylon_albescens_L547, 29 Trapeliopsis_sp_P104, 30 Anamylopsora_pulcherrima_P108, 31 Trapelia_macrospora_P109, 32 Siphula_ceratites_P110, 33 Placopsis_clavifera_P116, 34 Placopsis_gelida_P118, 35 Agyrium_rufum_P122, 36 Ionaspis_ventosa_P126, 37 Ochrolechia_subplicans_subsp_hultenii_P127, 38 Baeomyces_heteromorphus_P128, 39 Thelotrema_lepadinum_P129, 40 Fissurina_insidiosa_P131, 41 Trapelia_antarctica_P133, 42 Lithographa_tesserata_P134, 43 Trapelia_coarctata_P141, 44 Gyalecta_jenensis_P142, 45 Absconditella_sp_Spribille_39168_P143, 46 Gyalectaria_diluta_P145, 47 Trapelia_antarctica_P147, 48 Ochrolechia_sp_Spribille_38907_P150, 49 Stictis_radiata_P164, 50 Arctomia_delicatula_P166, 51 Coenogonium_pineti_P167, 52 Ochrolechia_frigida_P168, 53 Thrombium_epigaeum_P171, 54 Thamnolia_vermicularis_P173, 55 Phlyctis_argena_P188, 56 Loxospora_elatina_P196, 57 Trapelia_coarctata_P201, 58 Trapelia_coarctata_P202, 59 Trapeliopsis_flexuosa_P218, 60 Baeomyces_rufus_P78, 61 Lambiella_caeca_P83, 62 Lambiella_caeca_P86, 63 Lambiella_caeca_P87, 64 Trapelia_corticola_P92, 65 Lithographa_tesserata_P95, 66 Lambiella_impavida_R04, 67 Lambiella_globulosa_R05, 68 Lambiella_furvella_R06, 69 Rimularia_badioatra_R07, 70 Rimularia_limborina_R08, 71 Lambiella_globulosa_R09, 72 Lambiella_impavida_R10, 73 Lambiella_impavida_R11, 74 Lambiella_impavida_R12, 75 Rimularia_intercedens_R16, 76 Lambiella_insularis_R17, 77 Lambiella_insularis_R18, 78 Lambiella_fuscosora_R19, 79 Lambiella_gyrizans_R20, 80 Rimularia_intercedens_R21, 81 Lambiella_spacelata_R22, 82 Trapeliopsis_aeneofusca_CP1030, 83 Trapeliopsis_colensoi_CP1033, 84 Hymenelia_melanocarpa_T1046, 85 Xylographa_trunciseda_T1050, 86 Rimularia_limborina_T1062, 87 Lambiella_caeca_T1072, 88 Lambiella_caeca_T1073, 89 Placopsis_cribellans_T1074, 90 Loxosporopsis_corallifera_T1087, 91 Ainoa_mooreana_T1088, 92 Lambiella_insularis_T1091, 93 Trapelia_obtegens_T1097, 94 Trapelia_corticola_T1099, 95 Ptychographa_xylographoides_T1123, 96 Xylographa_pallens_T1133, 97 Rimularia_gibbosa_T1116, 98 Rimularia_badioatra_T1264, 99 Rimularia_gibbosa_T1265, 100 Schaereria_dolodes_T1290, 101 Schaereria_fuscocinerea_T1291, 102 Schaereria_cinereorufa_T1292, 103 Rimularia_gibbosa_T1293, 104 Ochrolechia_subplicans_subsp_hultenii_T1300, 105 Circinaria_vagans_T1329, 106 Pertusaria_subvelata_T1331, 107 Umbilicaria_polyphylla_T1324, 108 Xylographa_lagoi_T162, 109 Lambiella_caeca_T586, 110 Usnea_intermedia_T609, 111 Pseudevernia_cladonia_T611, 112 Ramboldia_cinnabarina_T624, 113 Heterodermia_speciosa_T636, 114 Alectoria_sarmentosa_T638, 115 Cetraria_sepincola_T639, 116 Coccotrema_hahriae_T646, 117 Japewia_subaurifera_T764, 118 Mycoblastus_sanguinarius_T77, 119 Trapeliopsis_aeneofusca_CP937, 120 Trapeliopsis_colensoi_CP940, 121 Trapeliopsis_flexuosa_CP942, 122 Trapeliopsis_flexuosa_CP943, 123 Trapeliopsis_gelatinosa_CP945, 124 Trapeliopsis_glaucolepidea_CP946, 125 Trapeliopsis_glaucolepidea_CP947, 126 Trapeliopsis_glaucopholis_CP948, 127 Trapeliopsis_granulosa_CP949, 128 Trapeliopsis_haumanii_CP950, 129 Trapeliopsis_percrenata_CP951, 130 Trapeliopsis_percrenata_CP952, 131 Trapeliopsis_steppica_CP954, 132 Trapeliopsis_viridescens_CP955, 133 Trapeliopsis_wallrothii_CP956, 134 Trapeliopsis_viridescens_CP959, 135 Trapeliopsis_subconcolor_CP960, 136 Orceolina_kerguelensis_X100, 137 Dibaeis_baeomyces_X101, 138 Coenogonium_luteum_X102, 139 Stictis_radiata_X104, 140 Diploschistes_cinereocaesius_X106, 141 Fissurina_insidiosa_X108, 142 Aspicilia_caesiocinerea_X110, 143 Ochrolechia_juvenalis_X111, 144 Loxospora_ochrophaea_X113, 145 Loxospora_cismonica_X114, 146 Aspicilia_cinerea_X115, 147 Coccotrema_maritimum_X116, 148 Gyalectaria_gyalectoides_X117, 149 Coccotrema_cucurbitula_X118, 150 Coenogonium_leprieurii_X119, 151 Diploschistes_ocellatus_X120, 152 Thelotrema_lepadinum_X121, 153 Ionaspis_lacustris_X122, 154 Gyalecta_hypoleuca_X123, 155 Ainoa_mooreana_X124, 156 Ainoa_geochroa_X125, 157 Baeomyces_placophyllus_X126, 158 Orceolina_antarctica_X128, 159 Placopsis_perrugosa_X129, 160 Placopsis_bicolor_X130, 161 Trapelia_chiodectonoides_X131, 162 Lambiella_psephota_X133, 163 Phyllobaeis_erythrella_X134, 164 Phyllobaeis_imbricata_X135, 165 Placynthiella_icmalea_X136, 166 Placynthiella_uliginosa_X137, 167 Placopsis_pycnotheca_X138, 168 Placopsis_contortuplicata_X139, 169 Placopsis_santessonii_X140, 170 Placopsis_lambii_X141, 171 Placopsis_macrophthalma_X142, 172 Trapelia_coarctata_X143, 173 Trapeliopsis_percrenata_X145, 174 Tremolecia_atrata_X146, 175 Umbilicaria_muehlenbergii_X148, 176 Umbilicaria_arctica_X149, 177 Umbilicaria_mammulata_X150, 178 Lasallia_pustulata_X151, 179 Wawea_fruticulosa_X160, 180 Circinaria_hispida_X161, 181 Circinaria_hispida_X162, 182 Megaspora_verrucosa_X163, 183 Megaspora_verrucosa_X164, 184 Lobothallia_radiosa_X165, 185 Ochrolechia_yasudae_X166, 186 Geoglossum_nigritum_X168, 187 Peltula_auriculata_X169, 188 Acarospora_laqueata_X170, 189 Protothelenella_sphinctrinoidella_X172, 190 Protothelenella_corrosa_X173, 191 Anzina_carneonivea_X174, 192 Xylographa_carneopallida_T1024, 193 Xylographa_hians_T1053, 194 Xylographa_opegraphella_T1068, 195 Xylographa_soralifera_T1117, 196 Xylographa_bjoerkii_T1129, 197 Xylographa_constricta_T1147, 198 Xylographa_parallela_T1151, 199 Xylographa_vitiligo_T1152, 200 Xylographa_septentrionalis_T2402, 201 Pertusaria_pertusa_T1298, 202 Xylographa_difformis_T2404, 203 Xylographa_erratica_T820, 204 Trapeliopsis_steppica_T1323, 205 Anamylopsora_pulcherrima_X147; TREE MLT = [&R] 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