#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 20:01 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Davis J., Petersen G., Seberg O., Stevenson D., Hardy C., Simmons M., Michelangeli F., Goldman D., Campbell L., Specht C., & Cohen J. 2006. Are mitochondrial genes useful for the analysis of monocot relationships?. Taxon, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1674] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=137; TAXLABELS Acanthochlamys Acorus_calamus Acorus_gramineus Akebia Aletris Alisma Alpinia Alstroemeria Amborella Ananas Anigozanthos Annona Anomochloa Arisaema Aristolochia Asarum Astelia Atherosperma Austrobaileya Avetra Baloskion Bambusa Baxteria Blandfordia Borya Brocchinia Butomus Calathea Caldesia Calectasia Calochortus Calopogon Calycanthus Canna Carex Carludovica Catopsis Ceratophyllum Chamaelirium Chimonanthus Chloranthus Chlorophytum Clintonia Costus Croomia Curculigo Cymodocea Cypripedium Dasypogon Dianella Dioscorea_communis Dioscorea_retusa Doryanthes Doryphora Drimys Eichhornia_azurea Epidryos Epimedium Epipactis Eriocaulon Euterpe Flagellaria Freycinetia Gymnostachys Gyrocarpus Hanguana Hechtia Hedyosmum Heliconia Hemerocallis Houttuynia Hypoxis Idiospermum Illicium Ixiolirion Japonolirion Joinvillea Juncus Lactoris Lilium Liriodendron Luzula Luzuriaga Magnolia Mahonia Maranta Michelia Monochoria Myristica Narthecium Nelumbo Neolitsea Neomarica Neuwiedia Nuphar Nymphaea Orchidantha Orontium Oryza Ottelia Peperomia Petrosavia Pharus Philesia Philydrella Philydrum Phoenix Piper Platanus Pleea Pontederia Potamogeton Puya Rapatea Ravenala Saruma Saururus Sisyrinchium Smilax Sparganium Stauntonia Stegolepis Stemona Strelitzia Streptochaeta Tacca Talbotia Thamnochortus Tillandsia Tofieldia Trichopus Triglochin Trillium Typha Veratrum Victoria Wurmbea ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1701] TITLE atpA_rbcL_cob_matK; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=8000; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Acorus_calamus 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Aletris 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Alstroemeria 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Anigozanthos 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Arisaema 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Astelia 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Baxteria 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Brocchinia 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Caldesia 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Calopogon 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Ceratophyllum 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Chloranthus 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Chlorophytum 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Dianella 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Dioscorea_retusa 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Doryanthes 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Eichhornia_azurea 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Flagellaria 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Freycinetia 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Gyrocarpus 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Hedyosmum 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Houttuynia 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Illicium 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Lilium 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Luzuriaga 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Maranta 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Myristica 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Neolitsea 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Peperomia 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Petrosavia 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Philesia 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Smilax 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Stegolepis 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Streptochaeta 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Thamnochortus 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Trichopus 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Wurmbea AAAATGGTCTCAGTTGGAGATGGGATTGCACGTGTTTATGGATTGAACGAGATTCAAGCATCCGAAATGGTGGAATTTGCCAGCGGTGTGAAAGGAATAGCCTTGAATCTTGAGAATGAGAATGTAGGTATTGTTGTCTTTGGTAGTGATACCGCTATTAAAGAAGGAGATCTTGTCAAGCGCACTGGATCTATTGTGGATGTTCCTGCGGGAAAGGCCATGTTAGGCCGTGTGGTCGACGCGTTGGGAGTACCTATTGATGGAAGAGGGGCTTGGCGCGATCACGAACGAAGACGTGTCGAAGTGAAAGCCCCAGGGATTATTGAACGTAAATCTGTGCACGAACCCATGCAAACAGGCTTAAAAGCGGTGGATAGCCTGGTTCCTATAGGCCGTGGTCAACGAGAACTGATCATCGGGGACAGACAAACGGGAAAAACTGCTATAGCTATCGATACTATATTAAACCAAAAGCAAATTCACTCAA------GGGGCACAAGA---------GAGAGTGAGACAT---TGTATTGTGTCTATGTAGCGATTGGACAGAAACGCTCGACTGTGGCACAATTAGTTCAAATTCTTTCAGAAGCGAATGCTATGGAATATTCCATTCTTGTAGCAGCCACCGCTTCAGATCCTGCTCCTCTGCAATTTCTTGCCCCATATTCTGGGTGTGCCATGGGGGAATATTTCCGCGATAATGGAATGCACGCATTAATAATATATGATGATCTTAGTAAACAGGCGGTGGCATATCGACAAATGTCATTATTGTTACGCCGACCACCAGGCCGTGAGGCTTTCCCTGGGGATGTTTTCTATTTACATTCCCGTCTCTTAGAAAGAGCCGCTAAACGATCGGACCAGACAGGTGCAGGTAGCTCGACTGCGTTACCCGTCATTGAAACACAAGCTGGAGACGTATCGGCCTATATCCCCACCAATGTGATCCCCATTACAGATGGACAAATCTGTTCGGAAACAGAGCTCTTTTATCGCGGAATTAGACCAGCTATTAACGTTGGCTTATCTGTCAGTCGCGTCGGGTCTGCCGCTCAGTTGAGAGCTATGAAACAAGTCCGCGGTAGTTCAAAACTTGAATTGGCACAATATCGCGAAGTGGCCGCCTTCGCTCAATTTGGGTCAGACCTTGATGCTGCGACTCAGGCATTACTCAATAGAGGTGCAAGGCTTACAGAAGTGCCCAAACAACCACAATATTCACCACTGGAAATTGAAAAACAAATTGTAGTGATTTATGCAGCT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCTGGATTCAAAGCCGGTGTTAAAGATTACAAATTGACTTATTATACTCCTGAATACCAAACCAAGGATACGGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCGCAACCGGGGGTTCCACCCGAAGAAGCAGGGGCTGCAGTAGCTGCCGAGTCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACTGATGGACTTACCAGTCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACAGCATCGAGAAAGTTATTGGGGAAGAGAATCAATTTATTGCTTATGTAGCTTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGTTTTAAAGCCTTACGAGCTCTACGCTTAGAGGATCTACGAATTCCCCCTGCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGCCCGCCCCACGGCATCCAAGTTGAACGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTATTGGGATGTACCATTAAACCAAAATTAGGATTATCCGCAAAGAACTACGGTAGGGCGGTTTATGAATGTCTACGCGGTGGACTTGATTTTACCAAGGATGATGAAAACGTGAATTCCCAACCATTTATGCGTTGGAGAGATCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCAATTTATAAAGCGCAAGCCGAAACGGGCGAAATCAAAGGACATTACTTGAATGCAACTGCGGGTACGTGTGAAGAAATGATCAAAAGAGCCGTATTTGCTAGAGAATTGGGAGTTCCTATCGTAATGCATGACTATTTAACCGGGGGCTTCACCGCAAATACTAGCTTGGCTCATTATTGCCGCGACAACGGCCTACTTCTTCACATTCACCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAAAATCATGGTATGCATTTTCGTGTACTAGCGAAAGCATTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACTCCGGTACAGTAGTAGGTAAACTAGAAGGGGAACGTGAGATGACTTTAGGTTTTGTCGATTTATTACGTGATGATTTTATTGAAAAAGACCGAAGTCGTGGTATTTTCTTCACCCAAGATTGGGTCTCTATGCCAGGTGTTTTGCCCGTGGCTTCCGGGGGTATTCATGTTTGGCATATGCCTGCCTTGACTGAAATCTTCGGGGATGATTCCGTGCTACAGTTCGGCGGGGGAACTTTAGGACATCCTTGGGGGAATGCACCGGGTGCAGTAGCTAATCGAGTAGCTTTAGAAGCATGTGTACAAGCTCGCAATGAGGGACGTGATCTTGCTAGTGAAGGTAATGAAATTATCCGTGAAGCTTGTAAATGGAGTCCTGAGCTAGC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CACTTAACCAGCATTTGATAGATTATCCAACCCCGAGCAATCTTAGTTATTGGTGGGGGTTCGGTTCGTTAGCTGGTATTAGTTTAGTCATTCAGATAGTGACTGGCGTTTTTTTAGCTATGCATTACACACCTCATGTGGATCTAGCTTTCAACAGCGTAGAACACATTATGAGAGATGTTGAAGGGGGCTGGTTGCTCCGTTATATGCATGCTAATGGGGCAAGTATGTTTCTCATTGTGGTTCACCTTCATCTTTTTCGTGGTCTATATCATGCGAGTTATAGCAGTCCTAGGGAATTGGTTCGGTGTCTCGGAGTTGTCATATTCCTATTAATGATTGTGACAGCTTTTATAGGATACGTACCACCTTGGGGTCAGATGAGCTTTTGGGGAGCTACAGTAATTACAAGCTTAGCTAGCGCCATACCTGTAGTAGGAGATACCATAGTGACTTGGCTTTGGGGTGGTTTCTCCGTGGACAATGCCACCTTAAATCGTTTTTTTAGTCTCCATCATTTACTCCCCTTTATTTTAGTAGGCGCCAGTCTTCTTCATCTGGCCGCATTGCATCAATATGGATCAAATAATCCATTGGGTGTACATTCAGAGATGGATAAAATGGCTTCTTACCCTTATTTTTATGTAAAGGATCTAGTAGGTCGGGTAGCTTCTGCTATCTTTTTTTCCATTTGGATTTTTTATGCTCCTAATGTTTTAGGGCATCCCGACAATTATATACCTGCTAATCCGATGCCCACCCCGCCTCATATTGTGCCGGAATGGTATTTCCTACCGATCCATGCCATTCTTCGCAGTATACCTGACAAATCGGGAGGTGTAGCCGCAATAGCACCAGTTTCTATATCTCTGTTGGCCTTACCCTTTTTAAAAAGTATGTATGTGCGTAGTTCAAGTTTTCGCCCGATTCACCAAGGAATATTTTGGTTGCTTTTGGCGGATTGCTTCCTACTAGGTTGGATCGGATG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; END; BEGIN SETS; CHARSET matK (CHARACTERS = atpA_rbcL_cob_matK) = 6001-7652; CHARSET cob (CHARACTERS = atpA_rbcL_cob_matK) = 4001-5043; CHARSET rbcL (CHARACTERS = atpA_rbcL_cob_matK) = 2001-3371; CHARSET atpA (CHARACTERS = atpA_rbcL_cob_matK) = 1-1281; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = atpA_rbcL_cob_matK) = N: 1-8000; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = atpA_rbcL_cob_matK) = N: 1-8000; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8069; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Idiospermum, 2 Doryphora, 3 Atherosperma, 4 Neolitsea, 5 Gyrocarpus, 6 Annona, 7 Myristica, 8 Michelia, 9 Magnolia, 10 Liriodendron, 11 Piper, 12 Peperomia, 13 Saururus, 14 Houttuynia, 15 Lactoris, 16 Aristolochia, 17 Saruma, 18 Asarum, 19 Drimys, 20 Stauntonia, 21 Akebia, 22 Mahonia, 23 Epimedium, 24 Platanus, 25 Nelumbo, 26 Ceratophyllum, 27 Hedyosmum, 28 Chloranthus, 29 Illicium, 30 Austrobaileya, 31 Victoria, 32 Nymphaea, 33 Nuphar, 34 Amborella, 35 Chlorophytum, 36 Streptochaeta, 37 Pharus, 38 Oryza, 39 Bambusa, 40 Anomochloa, 41 Joinvillea, 42 Thamnochortus, 43 Baloskion, 44 Flagellaria, 45 Luzula, 46 Juncus, 47 Carex, 48 Eriocaulon, 49 Tillandsia, 50 Puya, 51 Hechtia, 52 Catopsis, 53 Brocchinia, 54 Ananas, 55 Typha, 56 Sparganium, 57 Stegolepis, 58 Rapatea, 59 Epidryos, 60 Pontederia, 61 Monochoria, 62 Eichhornia_azurea, 63 Hanguana, 64 Philydrum, 65 Philydrella, 66 Anigozanthos, 67 Alpinia, 68 Maranta, 69 Calathea, 70 Orchidantha, 71 Heliconia, 72 Canna, 73 Costus, 74 Strelitzia, 75 Ravenala, 76 Phoenix, 77 Euterpe, 78 Dasypogon, 79 Calectasia, 80 Baxteria, 81 Hemerocallis, 82 Dianella, 83 Sisyrinchium, 84 Neomarica, 85 Ixiolirion, 86 Doryanthes, 87 Hypoxis, 88 Curculigo, 89 Astelia, 90 Blandfordia, 91 Borya, 92 Cypripedium, 93 Epipactis, 94 Calopogon, 95 Neuwiedia, 96 Wurmbea, 97 Alstroemeria, 98 Luzuriaga, 99 Lilium, 100 Clintonia, 101 Calochortus, 102 Smilax, 103 Philesia, 104 Veratrum, 105 Chamaelirium, 106 Trillium, 107 Carludovica, 108 Freycinetia, 109 Stemona, 110 Croomia, 111 Talbotia, 112 Acanthochlamys, 113 Narthecium, 114 Aletris, 115 Trichopus, 116 Avetra, 117 Dioscorea_communis, 118 Dioscorea_retusa, 119 Tacca, 120 Petrosavia, 121 Japonolirion, 122 Potamogeton, 123 Cymodocea, 124 Triglochin, 125 Ottelia, 126 Butomus, 127 Caldesia, 128 Alisma, 129 Acorus_gramineus, 130 Acorus_calamus, 131 Tofieldia, 132 Pleea, 133 Orontium, 134 Gymnostachys, 135 Arisaema, 136 Chimonanthus, 137 Calycanthus; TREE 'Figs. 2-4' = [&R] (34,(33,(32,31)),((30,29),(((28,27),(((19,(((18,17),(16,15)),((14,13),(12,11)))),((((10,(9,8)),6),7),(((5,4),(3,2)),(1,(137,136))))),(((135,134,133),(132,131),((130,129),((128,127),126,125,(124,(123,122))))),((121,120),((((((119,(118,117)),(116,115)),(114,113)),((112,111),((110,109),(108,107)))),(((95,((94,93),92)),((91,(86,85,(84,83),((82,81),35))),(90,(89,(88,87))))),(((80,(79,78)),((((59,57),58),((48,(47,(46,45))),(44,((43,42),(41,((40,36),((39,38),37))))))),((56,55),((54,(52,49),51,50),53)))),((77,76),(((((75,74),70),((73,67),(72,(69,68)))),71),((66,(65,64)),(63,((62,61),60)))))))),((106,(105,104)),(103,(102,(101,(100,99)))),((98,97),96))))))),(26,((25,24),((23,22),(21,20))))))); END;