#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 14:34 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Skaloud P., Steinova J., Ridka T., Vancurova L., & Peksa O. 2015. Assembling the challenging puzzle of algal biodiversity: species delimitation within the genus Asterochloris (Trebouxiophyceae, Chlorophyta). Journal of Phycology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S16886] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=34; TAXLABELS Asterochloris_cf_glomerata Asterochloris_echinata Asterochloris_erici Asterochloris_excentrica Asterochloris_friedlii Asterochloris_gaertneri Asterochloris_glomerata_IB_349 Asterochloris_glomerata_IB_355 Asterochloris_irregularis_Peksa_999_and_1_additional_sequence Asterochloris_italiana Asterochloris_leprarii Asterochloris_magna Asterochloris_phycobiontica Asterochloris_sp_CG572 Asterochloris_sp_LIsn Asterochloris_woessiae Botryococcus_sp Elliptochloris_bilobata Myrmecia_biatorellae_and_2_additional_sequences Myrmecia_israelensis Myrmecia_sp_CG62 Myrmecia_sp_OB14_461 Myrmecia_sp_OB4791 Trebouxia_aggregata_and_Trebouxia_arboricola Trebouxia_angustilobata Trebouxia_anticipata_and_Trebouxia_gelatinosa Trebouxia_australis Trebouxia_crenulata Trebouxia_decolorans Trebouxia_flava Trebouxia_jamesii Trebouxia_potteri Trebouxia_showmanii Trebouxia_simplex ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=21; TAXLABELS Asterochloris_erici_and_15_additional_sequences Asterochloris_magna Botryococcus_sp Elliptochloris_bilobata Myrmecia_astigmatica Myrmecia_biatorellae Myrmecia_israeliensis 'Myrmecia sp BCP_MX216_VF7' Myrmecia_sp_H1VF1 Myrmecia_sp_OB14 Myrmecia_sp_SH2018 Trebouxia_aggregata Trebouxia_arboricola Trebouxia_asymmetrica Trebouxia_impressa Trebouxia_jamesii Trebouxia_sp_BPE026 Trebouxia_usneae 'environmental sample clone Amb 18S_1244' 'environmental sample clone Amb 18S_402' 'environmental sample clone Amb 18S_672 and 2 additional sequences' ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=63; TAXLABELS Asterochloris_echinata_Peksa_185 Asterochloris_echinata_Peksa_186 Asterochloris_echinata_Peksa_551 Asterochloris_erici_Normore_375 Asterochloris_erici_UTEX_911_and_UTEX_910 Asterochloris_excentrica_UTEX_1714 Asterochloris_friedlii_Nelsen_3960 Asterochloris_friedlii_Nelsen_3965 Asterochloris_friedlii_Nelsen_3966 Asterochloris_friedlii_Nelsen_3974 Asterochloris_friedlii_Peksa_225 Asterochloris_friedlii_Peksa_234 Asterochloris_friedlii_Peksa_235 Asterochloris_gaertneri_Peksa_236_and_Peksa_877 Asterochloris_gaertneri_Peksa_886 Asterochloris_gaertneri_Peksa_900 Asterochloris_glomerata_Peksa_498 Asterochloris_glomerata_SAG_33_85 Asterochloris_glomerata_UTEX_1712 Asterochloris_glomerata_UTEX_895 Asterochloris_irregularis_Talbot_153 Asterochloris_irregularis_UTEX_2236_and_2_additional_sequences Asterochloris_italiana_CCAP_519_5B_and_2_additional_sequences Asterochloris_italiana_Hammer_7090 Asterochloris_leprarii_Peksa_173_and_Peksa_204 Asterochloris_leprarii_Peksa_183 Asterochloris_leprarii_Peksa_207 Asterochloris_lobophora_Nelsen_3950_ Asterochloris_lobophora_Peksa_182_and_2_additional_sequences Asterochloris_lobophora_Peksa_192 Asterochloris_lobophora_Peksa_194 Asterochloris_lobophora_Peksa_233 Asterochloris_lobophora_Peksa_866 Asterochloris_magna_Ridka_PA3 Asterochloris_magna_T51501 Asterochloris_magna_UTEX_902_and_Peksa_518 Asterochloris_phycobiontica_and_3_additional_sequences Asterochloris_sp_Nelsen_2181b Asterochloris_sp_Nelsen_2211a Asterochloris_sp_Nelsen_2233f Asterochloris_sp_Nelsen_2585 Asterochloris_sp_Normore_4728 Asterochloris_sp_Peksa_495 Asterochloris_sp_Peksa_796 Asterochloris_sp_Peksa_815 Asterochloris_sp_Peksa_855 Asterochloris_sp_Peksa_860 Asterochloris_sp_Peksa_872_and_Peksa_870 Asterochloris_sp_Peksa_873 Asterochloris_sp_Peksa_921 Asterochloris_sp_Peksa_OP787 Asterochloris_sp_Ridka_IH20 Asterochloris_sp_Talbot_101 Asterochloris_sp_Talbot_281 Asterochloris_sp_Talbot_400 Asterochloris_woessiae_Bayerova_3401_and_2_additional_sequences_ Asterochloris_woessiae_Bayerova_3402 Asterochloris_woessiae_MACB_95602 Asterochloris_woessiae_Nelsen_2166a Asterochloris_woessiae_Nelsen_3637b Asterochloris_woessiae_Peksa_1008 Asterochloris_woessiae_Peksa_888 Asterochloris_woessiae_Talbot_KIS_187 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa4; DIMENSIONS NTAX=64; TAXLABELS Asterochloris_echinata_Peksa_185 Asterochloris_echinata_Peksa_186 Asterochloris_echinata_Peksa_551 Asterochloris_erici_Normore_375 Asterochloris_erici_UTEX_911_and_UTEX_910 Asterochloris_excentrica_UTEX_1714 Asterochloris_friedlii_Nelsen_3960 Asterochloris_friedlii_Nelsen_3965 Asterochloris_friedlii_Nelsen_3966 Asterochloris_friedlii_Nelsen_3974 Asterochloris_friedlii_Peksa_225 Asterochloris_friedlii_Peksa_234 Asterochloris_friedlii_Peksa_235 Asterochloris_gaertneri_Peksa_236_and_Peksa_877 Asterochloris_gaertneri_Peksa_886 Asterochloris_gaertneri_Peksa_900 Asterochloris_glomerata_Peksa_498 Asterochloris_glomerata_SAG_33_85 Asterochloris_glomerata_UTEX_1712 Asterochloris_glomerata_UTEX_895 Asterochloris_irregularis_Talbot_153 Asterochloris_irregularis_UTEX_2236_and_2_additional_sequences Asterochloris_italiana_CCAP_519_5B_and_2_additional_sequences Asterochloris_italiana_Hammer_7090 Asterochloris_leprarii_Peksa_173_and_Peksa_204 Asterochloris_leprarii_Peksa_183 Asterochloris_leprarii_Peksa_207 Asterochloris_lobophora_Nelsen_3950_ Asterochloris_lobophora_Peksa_182_and_2_additional_sequences Asterochloris_lobophora_Peksa_192 Asterochloris_lobophora_Peksa_194 Asterochloris_lobophora_Peksa_233 Asterochloris_lobophora_Peksa_866 Asterochloris_magna_Ridka_PA3 Asterochloris_magna_T51501 Asterochloris_magna_UTEX_902_and_Peksa_518 Asterochloris_phycobiontica_and_3_additional_sequences Asterochloris_sp_Nelsen_2181b Asterochloris_sp_Nelsen_2211a Asterochloris_sp_Nelsen_2233f Asterochloris_sp_Nelsen_2585 Asterochloris_sp_Normore_4728 Asterochloris_sp_Peksa_495 Asterochloris_sp_Peksa_796 Asterochloris_sp_Peksa_815 Asterochloris_sp_Peksa_855 Asterochloris_sp_Peksa_860 Asterochloris_sp_Peksa_872_and_Peksa_870 Asterochloris_sp_Peksa_873 Asterochloris_sp_Peksa_921 Asterochloris_sp_Peksa_OP787 Asterochloris_sp_Ridka_IH20 Asterochloris_sp_Talbot_101 Asterochloris_sp_Talbot_281 Asterochloris_sp_Talbot_400 Asterochloris_woessiae_Bayerova_3401_and_2_additional_sequences_ Asterochloris_woessiae_Bayerova_3402 Asterochloris_woessiae_MACB_95602 Asterochloris_woessiae_Nelsen_2166a Asterochloris_woessiae_Nelsen_3637b Asterochloris_woessiae_Peksa_1008 Asterochloris_woessiae_Peksa_888 Asterochloris_woessiae_Talbot_KIS_187 mask ; 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M25516] TITLE Trebouxiales_SSU_rDNA_alignment; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=1772; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Asterochloris_erici_and_15_additional_sequences 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Asterochloris_magna 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Botryococcus_sp 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Elliptochloris_bilobata 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Myrmecia_astigmatica 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Myrmecia_biatorellae 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Trebouxia_asymmetrica 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Trebouxia_impressa 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Asterochloris_echinata 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Asterochloris_italiana 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Asterochloris_leprarii 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Asterochloris_magna 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Asterochloris_phycobiontica 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Asterochloris_sp_CG572 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Asterochloris_sp_LIsn 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Asterochloris_woessiae 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Trebouxia_aggregata_and_Trebouxia_arboricola 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Trebouxia_flava 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Trebouxia_jamesii 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Trebouxia_potteri 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Trebouxia_showmanii 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Trebouxia_simplex 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M25535] TITLE 'Asterochloris concatenated ITS rDNA - actin alignment'; LINK TAXA = Taxa3; DIMENSIONS NCHAR=1142; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Asterochloris_erici_Normore_375 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Asterochloris_sp_Peksa_873 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Asterochloris_sp_Peksa_921 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Asterochloris_sp_Peksa_OP787 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Asterochloris_sp_Talbot_101 GCCTGGCTGCCAAAGATTCACCCTTTGGCGGTCACCTGCAGCCCGGCTGGCTTGCCAGCCCGACTGTGGGGGCCGGGTTCACACCTGGCCGGCTGTTTCTCCCACTCAAACCAATATATGAAGGCAATTGCTTGCTCACACGAGCGGCGACTAACAAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCCCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCACGGCCTCGGCCCAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCTGTTTACCCCCTCTTCCCCCTTTCACATATTGTGTGAGATCGGGAAGGTTGTGGTCTTGTGCTGCGGCACTTGGCCGAAATTCAGTGATACTGCAGGGACCGTTAATCGGACTCCAGCTTGGTAGGCTTTTCCCTTGTGGAATTATGCATGCCGCTGTTGGCCGTGGACCGCTGCAGCTGTCAAGCAGGGAAACCTTTCAAATT????????????????????-??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGTGTGCAGCCGGCGACTCTGCTTTGCTGGTGCATGACACACTCTCACAGTGGGCAGGCTGCTTGTCTGTGGACTGCATGCAGAGCGTGAAATTGTGAGGGATATCAAGGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCGTCCAGCTCAACCATTGAGAAGAGCTATGAGCTGCCTGACGGACAGGTGGGCCGGGCAGAATGCACAGCCAGCATGCTGTCAGGTCGTCAGCCA-ATACAGAACAAAAGCT-AAAGCTGAGAGAAGACTGTGGAGTCTGCTGTTGGCCTCTGCGTGTGGTGTCCAGGCCTGCAGGG-----AAT----GTGTTTTGGTACTGGCAGGCTTGCGAGCGCATCTGCTTCCAGTCAGTAGTAAGCAGCACTGGGGCTCACCTGCATG-----------GCCC-CTTCTCTGCTACTGTCAA----------CTTTGCACACCCCACCCTGCTGCTGC???? Asterochloris_sp_Talbot_281 GCCTGGCTGCCAAAGGT-C-CCCTTTGGCGGTCACCTGCAGGCCGGCTGTCTTGCCAGCCCGACTGTGGGGGCCGGGTTCACACCTGGCCGGCTGTTTCTCCCATTCAAACCAATATCTGAAGGCAATTGCTTGCTCACACGAGTGGCGACTAACAAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCCCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCACGGCCTCGGCCCAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCTGTTTACCCCCTCTCCCCCCTTTCACATAT--AGTGGGATCGGGAAGGTTGTGGTCTTGTGCTGCGGCACTTGGCCGAAATTCAGTGACACTGCAGGGACCGTTAATCGGACTCCAGCTTGGTAGGCTTTTCCCTTGTGGAAGTATGCATGCCGCTGTTGGCCGTGGACCACTGCAGCTGTCAAGCAGGGAAACCTTTCAAATT????????????????????-???????????????????????????????-???????????????????????????????????????????????TCTCTAGGATCTGTTGGCAGCTCTGTGTGCAGCTGGTTACTGTGCTCTGCTGTTGCATAGCACCCTCTCGCAGGCCGAAGGCTGAATCTCTGTAATTTGCACGCAGAGCGTGAAATTGTGCGGGATATCAAAGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCTTCCAGCTCAACCATCGAGAAGAGTTATGAGCTGCCTGACGGACAGGTGGGCTGGGCAGACTGCACTGCCAGCTTGCTGTCAGGGCGTCAGCCACATGC--------------AGTTCTTGAGGAGCCCACAGAGCCTGGTGCTGGCCTCTTTCTGTTGTGTCCAGGTCTGCAGGGGCATGGTTGCCAGGACTGGTGCCGTGGCAGGCATGCAAACGTATCTGCTGCCTGCCAGTAGTGAGCGGCA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????-????????-????????? 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Asterochloris_woessiae_Bayerova_3401_and_2_additional_sequences_ GCCTGGCTGCCAAAGGT-C-TCCTTTGGCGGTCACCTGCAGCCCGGCTGGCTTGCCAGCCCGACTGCAGGGGCCGGGTTCACACCTGGCCGGCTGTTTCTCCCATTCAAACCAATATTTGAAGGCAATTGCTTGCTCACACGAGCGGCGACTAACAAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCCCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCACGGCCTCGGCCCAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCTGTTTACCCCCTCTCCCCCCTTTCACACACTGTGTGAGATCGGGAAGGTTGTGGTCTTGTGCTGCGGCACTTGGCCGAAATTCAGTGACACTGCAGGGACCGTTAATCGGACTCCAGCTTGGTAGGCTTTTCCCTTGTGGAATTATGCATGCCGCTGTTGGCCGTGGACCACTGCAGCTGTCAAGCAGGGAAACCTTTCAAATTAGCCAGCTAGCTTCATTGCTGTGATCTTGCTGGCCTGCCATGTTGACCCTCTCCTTGTGTGTGCAACGCTGTCTGCGCCAGCACCTGCCCTGCTGCTGGTTCTCCAGGATGTGTTGGCAGCTCTGCGTGCAGCT-GCGGCTGTCCTTTGCCGGTGCATGGCACACTCTCACAGTTGGCAGGCTGCTTGTCTGTGGACTGCATGCAGAGCGTGAAATCGTGCGGGATATCAAGGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCGTCCAGCTCCACCATTGAGAAGAGCTATGAGCTGCCTGACGGACAGGTGGGCTGAGCAGACTGCACACCCAGCATGCTGTCAGGGTGTCAGCCACAGGCAACA--AACAGCAAATGCTGAGAGAAGACCAAGGGGCCTGCTGCTGACCACCGTGTGTGTGGTCCAGGCCTGCTGCTGCTGCAATGGCTGTGTTGTGGCT--GGCAGGCTTGCAAGCATGTTTGCTGCCAGTCAGTAATGAGCAGCACTGGTGCTCACCGGCAGGCATGAAGATCTGCCCTGCTCTCCGCTTT----GACTGTACAACCCTTTGCTAACGCCACCCTGCCGCCGCA??? Asterochloris_woessiae_Bayerova_3402 GCCTGGCTGCCAAAGGT-C-TCCTTTGGCGGTCACCTGCAGCCCGGCTGGCTTGCCAGCCCGACTGCAGGGGCCGGGTTCACACCTGGCCGGCTGTTTCTCCCATTCAAACCAATATTTGAAGGCAATTGCTTGCTCACACGAGCGGCGACTAACAAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCCCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCACGGCCTCGGCCCAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCTGTTTACCCCCTCTCCCCCCTTTCACACACTGTGTGAGATCGGGAAGGTTGTGGTCTTGTGCTGCGGCACTTGGCCGAAATTCAGTGACACTGCAGGGACCGTTAATCGGACTCCAGCTTGGTAGGCTTTTCCCTTGTGGAATTATGCATGCCGCTGTTGGCCGTGGACCACTGCAGCTGTCAAGCAGGGAAACCTTTCAAATT???????TAGCTTCATTGCTGTGATCTTGCTGTCCTGCCATGTTGACCCTCTCC--GTGTGTGCAACGCTGTCTGCGCCAGCACCTGCCCTGCTGCTGGTTCTCCAGGATGTGTTGGCAGCTCTGCGTGCAGCT-GCGGCTGTCCTTTGCCGGTGCATGGCACACTCTCACAGTTGGCAGGCTGCTTGTCTGTGGACTGCATGCAGAGCGTGAAATCGTGCGGGATATCAAGGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCGTCCAGCTCCACCATTGAGAAGAGCTATGAGCTGCCTGACGGACAGGTGGGCTGAGCAGACTGCACACCCAGCATGCTGTCAGGGTGTCAGCCACAGGCAACA--AACAGCAAATGCTGAGAGAAGACCAAGGGGCCTGCTGCTGACCACCGTGTGTGTGGTCCAGGCCTGCT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Asterochloris_woessiae_MACB_95602 GCCTGGCTGCCAAAGGT-C-TCCTTTGGCGGTCACCTGCAGCCCGGCTGGCTTGCCAGCCCGACTGCAGGGGCCGGGTTCACACCTGGCCGGCTGTTTCTCCCATTCAAACCAATATTTGAAGGCAATTGCTTGCTCACACGAGCGGCGACTAACAAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCCCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCACGGCCTCGGCCCAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCTGTTTACCCCCTCTCCCCCCTTTCACACACTGTGTGAGATCGGGAAGGTTGTGGTCTTGTGCTGCGGCACTTGGCCGAAATTCAGTGACACTGCAGGGACCGTTAATCGGACTCCAGCTTGGTAGGCTTTTCCCTTGTGGAATTATGCATGCCGCTGTTGGCCGTGGACCACTGCAGCTGTCAAGCAGGGAAACCTTTCAAATT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Asterochloris_woessiae_Nelsen_2166a GCCTGGCTGCCAAAGGT-T-CCCATTGGCGGTCACCTGCAGCCCGGCTGGCTTGCCAGCCCGACTGCGGGGGCCGGGTTCACACCTGGCCGGCTGTTTCTCCCATTCAAACCAATATTTGAAGGCAATTGCTTGCTCACACGAGCGGCGACTAACAAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCCCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCACGGCCTCGGCCCAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCTGTTTACCCCCTCTCCCCCCTTTCACACACTGTGTGTGATCGGGAAGGTTGTGGTCTTGTGCTGCGGCACTTGGCCGAAATTCAGTGACACTGCAGGGACCGTTAATCGGACTCCAGCTTGGTAGGCTTTTCCCTTGTGGAATTATGCATGCCGCTGTTGGCCGTGGACCACTGCAGCTGTCAAGCAGGGAAACCTTTCAAATT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-???????????????????????????????????????????????????TGTCTGTGGACTGCATGCAGAGCGTGAAATCGTGCGGGATATCAAGGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCGTCCAGCTCCACCATTGAGAAGAGCTATGAGCTGCCTGACGGACAGGTGGGCTGAGCAGACTCCACACCCAGCATGCTGTCAGGGTGTCAGCCACAGGCAACAGAAACAGCAGATGCTGAGAGAAGACCATGGGGCCTGCTGCTGGCCACCGTGTGTGTGGTCCAGGCCTGCTGCTGCTGGAATGGCCGTATTGTGGCT--GGCAGGCTAGCAAGCATGCTTGCTGCCAGTCAGTA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Asterochloris_woessiae_Nelsen_3637b GCCTGGCTGCCAAAGGT-T-CCCTTTGGCGGTCACCTGCAGCCCGGCTGGCTTGCCAGCCCGACTGCGGGGGCCGGGTTCACACCTGGCCGGCTGTTTCTCCCATTCAAACCAATATTTGAAGGCAATTGCTTGCTCACACGAGCGGCGACTAACAAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCCCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCACGGCCTCGGCCCAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCTGTTTACCCCCTCTCCCCCCTTTCACACACTGTGTGACATCGGGAAGGTTGTGGTCTTGTGCTGCGGCACTTGGCCGAAATTCAGTGACACTGCAGGGACCGTTAATCGGACTCCAGCTTGGTAGGCTTTTCCCTTGTGGAATTATGCATGCCGCTGTTGGCCGTGGACCACTGCAGCTGTCAAGCAGGGAAACCTTTCAAATT???????????????????????????????????????????????????TCCTTGTGTGCGCAACGCTGTCTGCGCAAGCACCTGCCCTGCTGCTGGTTCTCCAGGATGTGGTGGCAGCTCTGCGTGCAGCT-GCGGCTGTCCTTTGCCGGTGCATGGCACACTCTCACAGTTGGCAGGCTGCTTGTCTGTGGACTGCATGCAGAGCGTGAAATCGTGCGGGATATCAAGGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCGTCCAGCTCCACCATTGAGAAGAGCTATGAGCTGCCTGACGGACAGGTGGGCTGAGCAGACTGCACACCCAGCATGCTGTCAGGGTGTCAGCCACAGGCAACAGAAACAGCAGATGCTGAGAGAAGACCATGGGGCCTGCTGCTGGCCACCGTGTGTGTGGTCCAGGCCTGCTGCTGCTGGAATGGCCGTGTTGTGGCT--GGCAGGCTAGCAAGCATGCTTGCTGCCAGTCAGTAGTGAGCAGCATTGGCACTCACCAGCAGGCATGAAGATCCGCCCTGCTCTCCGC-------GACTGTACAACCCTTTGC???????????????????????? Asterochloris_woessiae_Peksa_1008 GCCTGGCTGCCAAAGGT-C-TCCTTTGGCGGTCACCTGCAGCCCGGCTGGCTTGCCAGCCCGACTGCAGGGGCCGGGTTCACACCTGGCCGGCTGTTTCTCCCATTCAAACCAATATTTGAAGGCAATTGCTTGCTCACACGAGCGGCGACTAACAAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCCCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCACGGCCTCGGCCCAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCTGTTTACCCCCTCTCCCCCCTTTCACACACTGTGTGAGATCGGGAAGGTTGTGGTCTTGTGCTGCGGCACTTGGCCGAAATTCAGTGACACTGCAGGGACCGTTAATCGGACTCCAGCTTGGTAGGCTTTTCCCTTGTGGAATTATGCATGCCGCTGTTGGCCGTGGACCACTGCAGCTGTCAAGCAGGGAAACCTTTCAAATTAGCCAGCTAGCTTCATTGCTGTGATCTTGCTGGCCTGCCATGTTGACCCTCTCCTTGTGTGTGCAACGCTGTCTGCGCCAGCACCTGCCCTGCTGCTGGTTCTCCAGGATGTGTTGGCAGCTCTGCGTGCAGCT-GCGGCTGTCCTTTGCCGGTGCATGGCACACTCTCACAGTTGGCAGGCTGCTTGTCTGTGGACTGCATGCAGAGCGTGAAATCGTGCGGGATATCAAGGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCGTCCAGCTCCACCATTGAGAAAAGCTATGAGCTGCCTGACGGACAGGTGGGCTGAGCAGACTGCACACCCAGCATGCTGTCAGGGTGTCAGCCACAGGCAACA--AACAGCAAATGCTGAGAGAAGACCAAGGGGCCTGCTGCTGACCACCGTGTGTGTGGTCCAGGCCTGCTGCTGCTGCAATGGCTGTGTTGTGGCT--GGCAGGCTTGCAAGCATGTTTGCTGCCAGTCAGTAATGAGCAGCACTGGTGCTCACCGGCAGGCATGAAGATCTGCCCTGCTCTCCGCTTT----GACTGTACAACCCTTTGCTAACGCCACCCTGCCGC??????? Asterochloris_woessiae_Peksa_888 GCCTGGCTGCCAAAGGT-T-CCCTTTGGCGGTCACCTGCAGCCCGGCTGGCTTGCCAGCCCGACTGCGGGGGCCGGGTTCACACCTGGCCGGCTGTTTCTCCCATTCAAACCAATATTTGAAGGCAATTGCTTGCTCACACGAGCGGCGACTAACAAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCCCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCACGGCCTCGGCCCAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCTGTTTACCCCCTCTCCCCCCTTTCACACACTGTGTGAGATCGGGAAGGTTGTGGTCTTGTGCTGCGGCACTTGGCCGAAATTCAGTGACACTGCAGGGACCGTTAATCGGACTCCAGCTTGGTAGGCTTTTCCCTTGTGGAATTATGCATGCCGCTGTTGGCCGTGGACCACTGCAGCTGTCAAGCAGGGAAACCTT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-?????????????????GTGCATGGCACACTCTCACAGTTGGCAGGCTGCTTGTCTGTGGACTGCATGCAGAGCGTGAAATCGTGCGGGATATCAAGGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCGTCCAGCTCCACCATTGAGAAGAGCTATGAGCTGCCTGACGGACAGGTGGGCTGAGCAGACTGCACACCCAGCATGCTGTCAGGGTGTCAGCCACAGGCAACAGAAACAGCAGATGCTGAGAGAAGACCATGGGGCCTGCTGCTGGCCACCGTGTGTGTGGTCCAGGCCTGCTGCTGCTGGAATGGCCGTGTTGTGGCT--GGCAGGCTAGCAAGCATGCTTGCTGCCAGTCAGTAGTGAGCAGCATTGGCACTCACCAGCAGGCATGAAGATCCGCCCTGCTCTCCGC????????????????????????????????????????????????? Asterochloris_woessiae_Talbot_KIS_187 GCCTGGCTGCCAAAGGT-C-TCCTTTGGCGGTCACCTGCAGCCCGGCTGGCTTGCCAGCCCGACTGCGGGGGCCGGGTTCACACCTGGCCGGCTGTTTCTCCCATTCAAACCAATATTTGAAGGCAATTGCTTGCTCACACGAGCGGCGACTAATAAAAACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCCCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCACGGCCTCGGCCCAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCTGTTTACCCCCTCTCCCCCCTTTCACACACTGTGTGAGATCGGGAAGGTTGTGGTCTTGTGCTGCGGCACTTGGCCGAAATTCAGTGACACTGCAGGGACCGTTAATCGGACTCCAGCTTGGTAGGCTTTTCCCTTGTGGAATTATGCATGCCGCTGTTGGCCGTGGACCACTGCAGCTGTCAAGCAGGGAAACCTTTCAAATT??????????????????????GATCTTGCTGGTCTGCCATTTTGACCCTCTCCTTGTGTGCGCAATGCTGTCTGCGCATGCACCTGCCCGGCTGCTGGTTCTCCAGGATGTGTTGGCAGCTCTGCGTGCAGCT-GCGGCTGTCCTTTGCCGGTGCATGGCACACTCTCACAGTTGGCAGGCTGCTTGTCTGTGGACTGCATGCAGAGCGTGAAATCGTGCGGGATATCAAGGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCGTCCAGTTCCACCATTGAGAAGAGCTATGAGCTGCCTGACGGACAGGTGGGCTGGGCAGACTGCACACTCAGCATGCTGTCAGGGTATCAGCCACAGGCAAC-----------ATGCTGAGAGAAGGCCATGGGGCCTGCTGCTGGCCACCATGTGT--------------------------------------GGCT--GGCAGGCTAGCAAGCCTGTTTGCTGCCAGTCAGCAATGAGCAGCACTGGTGCTCACCGGCAGGCATGAAGATCCGCCCTGCTCTCCGCTTT----GACTGTACAACCCTTGGCTCACA??????????????????? ; END; BEGIN TREES; TITLE Bayesian_analysis_of_Trebouxiales_SSU_rDNA_alignment; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Botryococcus_sp, 2 Elliptochloris_bilobata, 3 Trebouxia_asymmetrica, 4 Trebouxia_jamesii, 5 Trebouxia_usneae, 6 Trebouxia_aggregata, 7 Trebouxia_arboricola, 8 Trebouxia_impressa, 9 Trebouxia_sp_BPE026, 10 Myrmecia_astigmatica, 11 Myrmecia_sp_OB14, 12 'Myrmecia sp BCP_MX216_VF7', 13 Myrmecia_biatorellae, 14 Myrmecia_israeliensis, 15 Myrmecia_sp_SH2018, 16 Myrmecia_sp_H1VF1, 17 Asterochloris_magna, 18 Asterochloris_erici_and_15_additional_sequences, 19 'environmental sample clone Amb 18S_402', 20 'environmental sample clone Amb 18S_1244', 21 'environmental sample clone Amb 18S_672 and 2 additional sequences'; TREE Fig._1a_ = [&R] (((((18:9.439761E-4,17:0.001738416):0.01803682,(20:0.001056989,(19:0.001073993,21:4.412909E-4):4.675799E-4):0.02940289):0.03775727,((13:5.215672E-4,15:5.21984E-4):0.005133329,(10:0.001072278,(12:0.001059213,(11:5.175359E-4,(14:0.001715443,16:0.001084619):5.590704E-4):0.002242705):6.027303E-4):0.003543706):0.01172665):0.009750988,(8:0.00823588,(5:0.008751532,((4:5.418885E-4,9:0.002098375):0.001377229,(3:0.002343896,(6:0.002456958,7:0.001156134):0.001752211):0.008151055):0.002622992):0.007613553):0.020397):0.010487405,(1:0.06681333,2:0.04381187):0.010487405); END; BEGIN TREES; TITLE 'Bayesian analysis of concatenated ITS rDNA - actin alignment of Asterochloris'; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Asterochloris_phycobiontica_and_3_additional_sequences, 2 Asterochloris_lobophora_Peksa_233, 3 Asterochloris_lobophora_Peksa_182_and_2_additional_sequences, 4 Asterochloris_lobophora_Peksa_192, 5 Asterochloris_lobophora_Peksa_194, 6 Asterochloris_lobophora_Peksa_866, 7 Asterochloris_lobophora_Nelsen_3950_, 8 Asterochloris_echinata_Peksa_185, 9 Asterochloris_echinata_Peksa_551, 10 Asterochloris_echinata_Peksa_186, 11 Asterochloris_sp_Peksa_855, 12 Asterochloris_sp_Peksa_495, 13 Asterochloris_woessiae_Bayerova_3401_and_2_additional_sequences_, 14 Asterochloris_woessiae_Bayerova_3402, 15 Asterochloris_woessiae_Peksa_1008, 16 Asterochloris_woessiae_Talbot_KIS_187, 17 Asterochloris_woessiae_Nelsen_3637b, 18 Asterochloris_woessiae_Nelsen_2166a, 19 Asterochloris_woessiae_MACB_95602, 20 Asterochloris_woessiae_Peksa_888, 21 Asterochloris_friedlii_Peksa_234, 22 Asterochloris_friedlii_Peksa_235, 23 Asterochloris_friedlii_Nelsen_3974, 24 Asterochloris_friedlii_Nelsen_3965, 25 Asterochloris_friedlii_Nelsen_3966, 26 Asterochloris_friedlii_Peksa_225, 27 Asterochloris_friedlii_Nelsen_3960, 28 Asterochloris_leprarii_Peksa_183, 29 Asterochloris_leprarii_Peksa_173_and_Peksa_204, 30 Asterochloris_leprarii_Peksa_207, 31 Asterochloris_sp_Normore_4728, 32 Asterochloris_sp_Peksa_860, 33 Asterochloris_gaertneri_Peksa_236_and_Peksa_877, 34 Asterochloris_gaertneri_Peksa_886, 35 Asterochloris_gaertneri_Peksa_900, 36 Asterochloris_sp_Peksa_872_and_Peksa_870, 37 Asterochloris_sp_Peksa_873, 38 Asterochloris_glomerata_UTEX_895, 39 Asterochloris_glomerata_Peksa_498, 40 Asterochloris_glomerata_UTEX_1712, 41 Asterochloris_glomerata_SAG_33_85, 42 Asterochloris_sp_Talbot_281, 43 Asterochloris_irregularis_UTEX_2236_and_2_additional_sequences, 44 Asterochloris_irregularis_Talbot_153, 45 Asterochloris_magna_UTEX_902_and_Peksa_518, 46 Asterochloris_magna_T51501, 47 Asterochloris_magna_Ridka_PA3, 48 Asterochloris_erici_UTEX_911_and_UTEX_910, 49 Asterochloris_erici_Normore_375, 50 Asterochloris_excentrica_UTEX_1714, 51 Asterochloris_sp_Peksa_796, 52 Asterochloris_sp_Peksa_OP787, 53 Asterochloris_sp_Nelsen_2233f, 54 Asterochloris_sp_Nelsen_2181b, 55 Asterochloris_sp_Nelsen_2211a, 56 Asterochloris_sp_Ridka_IH20, 57 Asterochloris_sp_Talbot_101, 58 Asterochloris_sp_Peksa_815, 59 Asterochloris_sp_Peksa_921, 60 Asterochloris_italiana_CCAP_519_5B_and_2_additional_sequences, 61 Asterochloris_italiana_Hammer_7090, 62 Asterochloris_sp_Nelsen_2585, 63 Asterochloris_sp_Talbot_400; TREE Fig._2 = [&R] (((((38:0.028519,40:0.012776):0.006324,39:0.006976):0.054731,41:0.031134):0.6396809999999999,(42:0.107322,(44:0.012634,43:0.01262):0.039208):0.524506,((45:0.098517,(46:0.032176,47:0.070658):0.069624):0.32327,(49:0.10805,48:0.045618):0.317451):0.1642):0.0750715,(((32:0.416252,(50:0.768404,(31:0.289421,((30:0.013206,28:0.004774):0.012172,29:0.005406):0.169255):0.218121):0.025371):0.05306,((36:0.004473,37:0.012195):0.121207,(34:0.006782,(35:0.01305,33:0.005098):0.01324):0.063724):0.268147):0.145298,((((51:0.005664,52:0.019989):0.326506,(55:0.243679,(56:0.332529,(54:0.163309,53:0.103307):0.155757):0.064427):0.248623):0.055516,((((((13:0.005393,15:0.011705):0.007687,14:0.015603):0.029458,19:0.02836):0.086755,16:0.131904):0.026902,(18:0.060166,(20:0.007237,17:0.015735):0.012142):0.076582):0.371114,(26:0.026671,((27:0.014691,25:0.032433):0.00585,((24:0.014387,23:0.020559):0.005939,(22:0.005567,21:0.013145):0.005453):0.006072):0.015119):0.478136):0.037521):0.040676,(62:0.500601,(((59:0.013503,58:0.017662):0.022381,57:0.061714):0.388973,((60:0.076601,61:0.028617):0.270915,((((9:0.012411,8:0.005718):0.008436,10:0.009484):0.264826,(12:0.01091,11:0.005707):0.344284):0.039213,(63:0.113309,(1:0.079915,((7:0.027345,4:0.004742):0.012035,((6:0.011441,5:0.011764):0.005091,(2:0.018618,3:0.004893):0.004999):0.019069):0.04715):0.072844):0.208728):0.026253):0.04193):0.046988):0.013292):0.130681):0.0750715); END; BEGIN TREES; TITLE Bayesian_analysis_of_Trebouxiales_rbcL_alignment; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Asterochloris_erici, 2 Asterochloris_glomerata_IB_349, 3 Asterochloris_cf_glomerata, 4 Asterochloris_glomerata_IB_355, 5 Asterochloris_irregularis_Peksa_999_and_1_additional_sequence, 6 Asterochloris_phycobiontica, 7 Asterochloris_leprarii, 8 Asterochloris_gaertneri, 9 Asterochloris_woessiae, 10 Asterochloris_friedlii, 11 Asterochloris_echinata, 12 Asterochloris_excentrica, 13 Asterochloris_italiana, 14 Asterochloris_magna, 15 Asterochloris_sp_CG572, 16 Asterochloris_sp_LIsn, 17 Myrmecia_biatorellae_and_2_additional_sequences, 18 Myrmecia_israelensis, 19 Myrmecia_sp_CG62, 20 Myrmecia_sp_OB14_461, 21 Myrmecia_sp_OB4791, 22 Trebouxia_anticipata_and_Trebouxia_gelatinosa, 23 Trebouxia_aggregata_and_Trebouxia_arboricola, 24 Trebouxia_angustilobata, 25 Trebouxia_australis, 26 Trebouxia_crenulata, 27 Trebouxia_decolorans, 28 Trebouxia_flava, 29 Trebouxia_jamesii, 30 Trebouxia_potteri, 31 Trebouxia_showmanii, 32 Trebouxia_simplex, 33 Elliptochloris_bilobata, 34 Botryococcus_sp; TREE Fig._1b = [&R] (1:0.01998497,14:0.004673042,((((((2:0.003322748,3:9.149003E-4):0.001466576,(4:0.001471568,5:6.169739E-4):7.59518E-4):0.01149884,12:0.001354191):0.002030642,(((7:0.009897624,13:0.005021742):0.001431747,8:0.00522321):0.00194405,11:0.001076722):0.001471473):0.001236636,6:0.001465422):0.002339788,((((9:0.005573107,15:0.006964564):0.002349656,16:0.00295194):0.003030695,10:0.00741726):0.003529721,(((17:0.03920306,((18:0.002964255,19:6.478904E-4):0.001541858,(20:6.528062E-4,21:0.001564942):7.09472E-4):0.02710822):0.05530263,(33:0.1771684,34:0.2501255):0.1826655):0.02742102,((22:0.01558691,(28:0.001844571,30:0.002596495):0.008664287):0.03311497,((((23:0.005603813,26:0.001682545):0.003802012,27:0.004292544):0.002125279,(29:0.01777919,31:0.007626684):0.002883921):0.01534568,((24:0.002550415,25:0.003923692):0.004846649,32:0.01273173):0.02218475):0.02718231):0.06164282):0.1107319):0.004897287):0.003490079); END;